GeXP多重基因表达遗传分析系统在手足口病病原分型检测中的应用

利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,建立一种多重逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法,同时检测引起手足口病的9种常见的人肠道病毒—人肠道病毒71型(HEV71)、柯萨奇病毒A组(CVA)16、4、5、9、10型和柯萨奇病毒B组(CVB)1、3、5型。优化多重反应体系中针对5’UTR区的肠道病毒通用引物和11对针对9种血清型人肠道病毒VP1区的特异性引物的浓度比例,分别以病毒细胞培养物和阳性粪便标本来验证多重反应体系的特异性,以TCID50定量的细胞培养物和克隆质粒体外转录的RNA梯度稀释液来检测多重检测体系的灵敏度。结果表明,优化后的多重检测体系,可扩增出人肠道病毒共有的保守片段的和型特异性片段,HEV71和CVA16细胞培养物的检测下限为100.5TCID50/μL,并可在103copies/μL水平同时、特异地检测出9种病毒RNA。该方法灵敏度高、特异性强,可快速对大量临床样本进行高通量检测,用于手足口病的分子流行病学调查。     

8种脑炎相关虫媒病毒GeXP检测方法的初步建立

利用GeXP多重基因表达遗传分析系统,建立一种多重逆转录-聚合酶链反应(mRT-PCR)方法,同时检测与病毒性脑炎相关的乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)等8种虫媒病毒。优化多重反应体系及反应条件,分别以病毒分离培养物和阳性标本来验证多重反应体系的特异性,以克隆质粒体外转录的RNA梯度稀释液来检测多重检测体系的灵敏度。结果表明,优化后的多重检测体系,可扩增出各病毒对应的特异片段,并可在102拷贝/μL水平同时并特异地检测出8种(共13个特异片段)脑炎相关病毒RNA。该方法具有高通量、灵敏度高、特异性强且快速等优点,对病毒性脑炎的分子诊断及流行病学调查具有重要意义。     

GeXP多重PCR技术同时检测12种常见呼吸道病毒

本研究建立了一种基于GeXP多重基因表达遗传分析系统的多重RT-PCR检测方法,该方法可以同时检测12种呼吸道病毒,包括流感病毒A型和B型、季节性H1N1、副流感病毒1～3型、人鼻病毒、人偏肺病毒、腺病毒、呼吸道合胞病毒A型和B型、人博卡病毒。针对病原体保守区序列设计12种病毒的特异性引物,分别用已验证的阳性标本为模板检验多重体系的特异性。多重检测体系在10~3拷贝/μL水平可同时检测到12种病毒。另检测24份临床标本,以real-time RT-PCR为参考标准,进一步验证检测体系。结果表明,这种基于GeXP系统的新方法灵敏度高、特异性强,可以快速同时检测12种常见呼吸道病毒。     

2009～2011年上海市手足口病流行病学和病原学特征

为分析2009～2011年上海地区手足口病流行病学特征和病原构成,从国家疾病监测信息报告管理系统获取上海市2009～2011年手足口病流行病学资料;采用实时荧光反转录聚合酶链反应（RT-PCR）对来自上海18个区（县）的6676例手足口病病例标本进行肠道病毒核酸检测,对其中257份标本进行病毒分离;对27份人肠道病毒71型（HEV71）毒株进行VPl基因序列全长测定和分析。结果显示,2009～2011年上海市18个区（县）均有手足口病病例报道,地区分布元显著差异;≤5岁的婴幼儿为疾病高发年龄段;4～11月为发病高峰期。HEV71和柯萨奇病毒A组16型（CAl6）为主要病原,不同地区病原构成有所不同。实时荧光RT—PCR对6676例病例标本进行核酸检测,其中肠道病毒通用核酸检测阳性率为69．61％,HEV71和CAl6阳性率分别为38．83％和21．26％。对257份HEV71核酸阳性标本进行病毒分离,获得毒株57株,分离阳性率为22．18％。对其中27株进行VPl基因全长测序,均属C4a基因亚型。     

2008～2009年青岛地区手足口病病原学的调查分析

本研究对2008～2009年青岛地区手足口病的病原学进行调查研究。首先对HFMD病例的咽拭子标本直接进行病毒核酸的提取,然后采用多重荧光逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法对总肠道病毒(Enterovirus,EV)、肠道病毒71型(Enterovirus Type 71,EV71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus Group A 16,CVA16)进行检测,对EV阳性而EV71和CVA16均阴性的标本采用半巢式反转录PCR进行肠道病毒VP1基因部分序列的扩增和序列分析以鉴定其血清型别。结果提示2008～2009年青岛地区手足口病的主要病原为EV71和CVA16,无论轻症和重症病例,EV71的比例都大于CVA16。2008年共获得5个(8株)其它血清型,分别是柯萨奇病毒(Cox-sackievirus,CV)的A5、A6、A10、A12及埃可病毒9(Echovirus 9,E9),血清型分布比较分散、均匀。2009年共获得3个其它血清型(13株),分别是CVA9、CVA12及CVB2,CVA12所占比例较大(11/13),分布比较集中。CVA12成为2009年青岛地区HFMD病原中除EV71和CVA16外,新的较为流行的病原。     

2013年大连市手足口病病原监测结果分析

目的通过对2013年大连市手足口病（HFMD）的病原进行鉴定,以了解其型别分布。方法采用realtime-PCR方法对754份标本进行肠道病毒（EV）通用引物和肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A组16型（CVA16）、柯萨奇病毒A组6型（CVA6）型特异性引物检测,对EV通用引物检测结果为阳性,但EV71、CVA16和CVA6检测结果均为阴性的标本采用巢氏PCR进行肠道病毒VP1基因部分序列的扩增、测序和生物信息学分析以鉴定其型别。结果 2013年引起大连市HFMD的主要病原CVA6占44.30%（334/754）、CVA16占19.12%（114/754）、EV71占11.54%（87/754）,另有少数病例由CVA2、4、5、8型,CVB2、4型,ECHO9型及EV的其他型别引起。结论 CVA6取代EV71和CVA16成为2013年大连市HFMD病原的主要流行型别,后续应加强对HFMD病原的监测,全面了解其型别分布及毒株变异情况以更有效地控制疾病流行。     

湘潭地区2013-2014年手足口病病原监测结果分析

目的:分析2013-2014年湖南省湘潭市手足口病(HFMD)病原体型别及分布特征,为进一步完善HFMD的预防和治疗提供依据。方法:采用RT-PCR方法,对571例HFMD患儿进行肠道病毒通用型核酸(EV-RNA)、EV71及柯萨奇病毒A16(CA16)检测。结果:2013年除EV71及CA16外其他EV核酸阳性率75.30%,明显高于EV71的17.65%和CA16的7.05%(P0.05),2014年EV71型核酸阳性率为50.68%,明显高于CA16的19.93%和其他EV的29.39%(P0.05)。重症HFMD患儿EV71感染率明显高于轻症。结论:2013年湘潭地区HFMD患儿以除EV71及CA16外的其他EV病毒感染为主,2014年湘潭地区HFMD患儿以EV71感染为主。     

濮阳市2008—2012年手足口病流行病学特征分析

目的了解濮阳市手足口病流行病学特征,为制定防控策略提供科学依据。方法通过国家疾病监测信息管理系统收集的全市2008—2012年6月6日手足口病疫情资料进行描述和分析,并对部分病例和重症病例标本进行肠道病毒病原学检测。结果全市共报手足口病16 492例,发病高峰是每年的3-5月(第12～20周),呈典型的单峰型曲线;发病年龄以0～4岁居多;男性多于女性;散居儿童多于托幼机构儿童,爆发病例多发生在托幼机构,手足口病病原有EV71、CoxA16和其他肠道病毒,以EV71和CoxA16为主。结论手足口病发病有明显的季节性、年龄和性别差异,小年龄组儿童是手足口病预防控制重点人群,流行年度和流行季节的优势毒株为EV71,重症患者中EV71占到86.35%;非流行年和季节手足病例主要由CoxA16和其他肠道病毒引起。手足口病防控重点应体现在对病例分类管理上,同时应继续加强重症病例疫情监测和爆发控制。     

2014-2018年辽宁省手足口病病原构成及其他肠道病毒基因进化特征

目的 了解辽宁省2014-2018年手足口病病原构成以及其他(非EV71和非CA16的肠道病毒)肠道病毒基因进化特征。 方法 采用2014-2018年辽宁省14个市送检的手足口病确诊病例的阳性标本,通过细胞培养法分离肠道病毒,提取病毒RNA,采用RT PCR法对肠道病毒VP1区基因进行扩增和序列测定。利用BLAST对测序结果比对后确定病毒基因型别,并构建系统进化树。 结果 手足口病阳性标本病原构成以其他肠道病毒为主,构成比为51.96%,在重症病例中阳性标本构成比是59.29%。优势流行病原在2014和2016年以CA16为主,其他年份以其他肠道病毒为主。CA10、CA6和CA4肠道病毒的分离株与相应的原型株的亲缘关系较远,与国内的分离株的亲缘关系较近。 结论 EV71和CA16感染的构成比总体呈下降趋势,其他肠道病毒的构成比缓慢上升,是本地手足口病的优势病原,要加强对其他肠道病毒的检测和分型工作,有效预防和控制手足口病。     

菏泽地区2009年肠道病毒71型与其他肠道病毒所致手足口病临床差异研究

目的:探讨EV71引起小儿手足口病与其他肠道病毒所致手足口病的临床特点的差异.方法:回顾性分析2009年3月-9月菏泽地区各定点医院收治的病原学检测为阳性的320例小儿手足口病的临床资料,筛出EV71感染的手足口病患儿进行分析,其他肠道病毒所致手足口痛患儿作为对照组.结果:菏泽地区2009年抽取的病原学检测为阳性的320例患儿,肠道病毒71型引起手足口病占106例,其余为其他肠道病毒所致手足口病.(1)男女发病基本相同,发病年龄1～3岁居多,农村患儿占绝大多数.(2)EV71感染的患儿临床主要表现高热、神经系统症状、无皮疹,大多数外周血象高、血糖高,可合并心肌损害,心电图异常、部分发现胸片、脑电图及核磁异常,部分符合重症手足口病标准.(3)其他肠道病毒感染的惠儿临床症状以皮疹、低热、上感症状为主,少数患儿有精神差,基本不出现神经系统症状,少数发现外周血象高、血糖高、合并心肌损害,一般胸片不会发现异常.(4)56例出现神经系统症状的患儿收集脑脊液进行两次RT-PCR扩增,发现50例EV71阳性.结论:EV71导致的手足口病,病情凶险,易致神经损害及肺水肿,早期识别重症病例,及时救治,普及病原体的检测对提高诊治能力,加强疾病的认识,对减少致残率及死亡率很有帮助.     

建立新型的常见腹泻相关病毒的多重检测方法

利用GenomeLab(tm)GeXP遗传分析系统建立一种同时检测A组轮状病毒、诺如病毒GI、GII型、札如病毒、肠道腺病毒、星状病毒、人博卡病毒II型7种常见腹泻相关病毒的方法。对反应条件进行优化后,非同日三次重复实验表明至少在104拷贝/μL水平可同时特异地检测出7种病毒,对Enterovirus71、Human Parechovirus、Picobir-navirusII阳性标本无交叉反应。本研究初步建立了一种高通量、快速的常见腹泻相关病毒的检测方法,为腹泻病原的分子诊断提供了新的方法。     

2007年北京地区儿童手足口病病原的初步筛查

2007年4～6月儿童手足口病流行期间,对北京地区51例皮损症状典型、伴/不伴发热、无重症合并症的手足口病患儿采样,建立RT-PCR方法,以5'非编码区(5'UTR)肠道病毒通用引物、CA16和EV71 VP1区特异性引物直接对82份临床标本进行了初步筛查,肠道病毒阳性率达70.6%。检测病例中CA16阳性25例(25/51)、EV71阳性4例(4/51)、非CA16和EV71的肠道病毒阳性病例7例(7/51),三者比例约为6:1:2。2007年北京地区儿童轻症手足口病主要病原包括CA16和EV71,同时还存在一定比例其它肠道病毒。部分EV71毒株经测序验证及系统进化分析显示为C4基因亚型。     

2013～2018年泰安地区手足口病病原学构成及流行病学分析

近年来手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)对我国儿童的健康造成了严重的危害。为了解山东省泰安地区HFMD的感染状况,本研究对2013～2018年度3 043份HFMD标本,应用实时荧光定量PCR进行肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)、柯萨奇病毒A组16型(Coxsachievirus A16,CV-A16)和其他肠道病毒(其他EV)的病原体检测和分析。结果显示,肠道病毒检出阳性率为86.82%,确诊病例中其他EV所占比例最高,为42.92%,EV-A71和CV-A16分别占30.62%和26.46%。EV-A71是引起重症HFMD的主要病原,占73.09%。2013～2016年EV-A71和CV-A16为优势病原,占比例达50%以上,在2014年和2016年出现两个增长高峰。其他肠道病毒与EV-A71、CV-A16出现交替流行状况,2017年所占比例达到54.27%,2018年继续上升至77.78%。本地区HFMD夏季高发,集中在5～8月份,1～4岁幼儿易感,占确诊病例总人数的82.95%,特别是1～2岁年龄段发病...     

2009年上海市手足口病流行病学和病原学特征

本研究对上海市手足口病(Hand-foot-and-mouth disease,HFMD)的流行病学和病原学特征进行了分析。从国家疾病监测信息报告管理系统获取上海市2009年HFMD的流行病学数据;采用荧光定量RT-PCR方法对来自上海15个区县的799例HFMD进行肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸检测;对部分肠道病毒71型(Enterovirus71,EV71)的VP1区和部分其它EV的VP4区序列进行测定和分析。采用Office excel软件进行简单数据统计分析,用BioEdit和MEGA软件进行病毒基因特征分析,通过BLAST服务器的在线比对进行EV型别鉴定。分析显示:上海市18个区县均有病例报告,地区分布无显著特点;小于6岁的婴幼儿期为疾病高发年龄段;4～7月为发病高峰期;EV71和柯萨奇病毒A16(Coxsackie virus A16,CA16)为主要病原,不同地区、不同月份的病原构成各不相同,CA16为轻症病例的主要病原,EV71则为重症病例的主要病原;基于VP1区序列分析,上海EV71毒株与C4a亚型毒株具有最近的亲缘性和最高的同源性;2株其它肠道病毒经鉴定属于CA2和CA10型。结果表明:EV71和CA16为2009年上海HFMD流行的主要病原,EV71属于C4a亚型;除EV71和CA16外,还存在小部分其它EV(如:CA2和CA10)引起的HFMD。     

2010年上海部分地区440例手足口病病例的病原谱及分子流行病学分析

本文旨在对上海部分地区2010年440例临床手足口病病例进行病原谱及分子流行病学特征分析,为上海地区手足口病防治工作提供依据.采集4所哨点医院440例手足口病病例的咽拭子、粪便和脑脊液标本,进行肠道病毒核酸检测、反转录-聚合酶链反应扩增、DNA测序和序列分子系统发生树分析.结果显示,引起手足口病的肠道病毒主要为肠道病毒...