利用Red重组系统敲除大肠杆菌 O157:H7的waaL 基因

目的:利用λ噬菌体Red重组系统敲除大肠杆菌O157:H7的waaL基因。方法:以pKD4为模板扩增出与waaL基因上下游同源的、含有卡那霉素抗性基因的PCR产物。然后电击转化到大肠杆菌 O157:H7 中,利用Red重组系统,通过卡那霉素抗性基因两侧的waaL基因序列在体内与waaL基因发生同源重组,置换了 O157:H7 基因组中的waaL基因。并进一步利用卡那霉素抗性基因两侧的FRT位点,通过FLP位点专一性重组将卡那霉素抗性基因敲除。结果:成功构建了敲除waaL基因且不带卡那霉素抗性基因的菌株。     

大肠杆菌O157:H7的sRNA伴侣蛋白Ufq的基因克隆、表达及纯化

目的:克隆、表达并纯化肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157:H7的sRNA伴侣蛋白Hfq.方法:利用PCR方法从EHEC O157:H7基因组中扩增出基因hfq,并插入含6xHis标签序列的原核表达载体pET28a(+)的多克隆位点中,构建重组表达质粒pET28a(+)-hfq,以重组质粒转化大肠杆菌BL21(DE3)...     

肉类中大肠杆菌O157:H7多重PCR检测方法的建立

以编码大肠杆菌O157抗原的rfbE基因、 编码H7抗原的fliC基因以及编码毒力因子的eaeA基因为靶基因, 选择3对引物, 建立并优化了检测大肠杆菌O157:H7的多重PCR体系, 扩增产物分别为291 bp、625 bp、368 bp, 采用30株细菌验证了该多重PCR具有特异性。PCR检测的灵敏度在DNA水平上达到91.35 pg; 在存在干扰菌鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella?typhimurium)的情况下, 当起始污染量为1.4 CFU/mL时, 37 ℃培养6 h 即可检出。在30份肉类样品中, 有3份检出了大肠杆菌O157:H7。本研究建立的多重PCR方法可特异、灵敏地实现对大肠杆菌O157:H7的检测。     

肉类中大肠杆菌O157:H7多重PCR检测方法的建立

以编码大肠杆菌 O157 抗原的 rfbE 基因、编码 H7 抗原的 fliC 基因以及编码毒力因子的eaeA 基因为靶基因,选择3对引物,建立并优化了检测大肠杆菌 O157:H7 的多重 PCR 体系,扩增产物分别为291 bp、625 bp,368 bp,采用30株细菌验证了该多重 PCR 具有特异性.PCR 检测的灵敏度在 DNA 水平上达到91.35 Pg;在存在干扰菌鼠伤寒沙门氏(Salmonella typhimurium)的情况下,当起始污染量为1.4 CFU/mL时,37℃培养6 h即可检出.在30份肉类样品中,有3份检出了大肠杆菌 O157:H7.本研究建立的多重 PCR 方法可特异、灵敏地实现对大肠杆菌 O157:H7 的检测.     

科学家公布最新的人类基因组图谱

新华网北京 2月 1 2日专电 (记者谢培 ,毛磊 ,姜岩 ) :继去年 6月 2 6日科学家公布人类基因组“工作框架图”之后 ,中、美、日、德、法、英等 6国科学家和美国塞莱拉公司今天联合公布人类基因组图谱及初步分析结果 .来自科技部和中国科学院的消息说 ,这次公布的人类基因组图谱是在原“工作框架图”的基础上 ,经过整理、分类和排列后得到的 ,它更加准确、清晰、完整 .对它的初步分析表明 ,人类基因组由31 .647亿个碱基对组成 ,共有 3万至 3.5万个基因 ,比蚯蚓仅多 1万个 ,比果蝇多 2万个 ,远小于原先 1 0万个基因的估计 .另外 ,科学家还发现…     

大肠杆菌nhaB基因的克隆及序列分析

采用PCR扩增的方法,从大肠杆菌DH5α中克隆获得了1.5kb的Na^ /H^ 反向运输体DNA片段,经过测序和序列分析,发现该基因片段包含了nhaB基因完事的读码框架。采用DNA序列同源性分析方法,结果显示大肠杆菌DH5α nhaB基因与E.-coliK12 nhaB基因同源性高达99%,与E.coli O157:H7和Shigella flexneri的同源性均为98%,与Salmonella enterica的同源性为79%,表明nhaB基因在细菌中是普遍存在的一种Na^ /H^ 反向运输体基因。nhaB基因与大肠杆菌的耐盐性有着密切的关系,编码的功能性蛋白可能在改良生物耐盐性方面具有重要意义。     

改变世界的科学计划——人类基因组计划

1　人类科学史上的又一次革命2 0 0 0年 6月 2 6日 ,参与人类基因组计划的美、英、日、法、德和中国六国科学家 ,同时向全世界宣布人类基因组“工作框架图”绘制完成。2 0 0 1年 2月 1 2日 ,中、美、德、日、法、英等 6国科学家和美国塞莱拉公司又联合公布了人类基因组图谱及对它的初步分析结果 ,为新千年献上了一份厚礼 ,它标志着生命科学又向纵深迈进一步 ,科学家们的最新研究表明 :人类基因组有 31 647亿个碱基对组成 ,共有 3万至 3 5万个基因 ,比线虫仅多 1万个 ,比果蝇多 2万个 ,远小于原先 1 0万个基因的估计。而且在人类基因组中还…     

印度发现24种新的植物基因

AgBiotechReporter 2 0 0 3年 2 0卷 2期 15～ 16页报道 :在“印度生物多样性图谱和数据库”建成之初 ,印度科学家已利用这一图谱和数据库 ,在 2 7种印度本地植物中 ,鉴定出 2 4种新的基因。出于保密的考虑 ,没有能够公布这些植物物种的名称。目前 ,科学家已为这些新基因申请了     

大肠杆菌O157:H7 sRNA基因E40缺失突变株的构建

目的:利用Red系统构建肠出血性大肠杆菌O157:H7的sRNA基因E40缺失突变株。方法:选取本实验室预测并经过实验验证的sRNA基因,根据NCBI上相应的序列,设计2对引物分别扩增该sRNA基因的上下游分别长464和455bp的同源臂,经PCR扩增,构建到相应的载体,最后以构建好的含上下游同源臂和卡那霉素抗性基因的长约2500bp的线性片段作为打靶片段,在Red重组系统的作用下与sRNA基因E40的上下游同源区域发生同组,从而把sRNA基因从基因组上置换下来,之后利用质粒pCP20将FRT位点间的卡那霉素抗性基因消除。结果与结论:构建了出血性大肠杆菌O157:H7的sRNA基因E40的缺失突变株,为进一步研究sRNA基因在出血性大肠杆菌O157:H7生长及致病过程中所起的功能奠定了良好的基础。     

基于信息离散性度量方法的大肠杆菌全基因组比较研究

应用方伟武教授提出的一种新的信息离散性度量方法---FDOD(functionofdegreeofdisagreement)方法对致病性大肠杆菌O157∶H7和非致病性大肠杆菌K12的全基因组序列进行了比较,分析了二者的相似序列部分,及差异较大的序列部分,证实了大肠杆菌O157∶H7核酸序列注释中可能致病的特有序列与正常序列的不同。     

Tir细胞骨架偶联蛋白:大肠杆菌O157：H7的一种新的毒力因子

肠出血性大肠杆菌O157:H7是一种重要的传染性病原菌,可引起多种致死性疾病的爆发流行。Tir细胞骨架偶联蛋白(TccP)是近年来发现的O157:H7的一种新的重要的毒力因子,在O157:H7黏附宿主细胞造成黏附擦拭(A/E)损伤过程中起重要作用,TccP相关研究对阐明O157:H7致病机制具有重要意义。     

变性高效液相色谱检测沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌

应用多重PCR 反应(multiplex PCR,mPCR)结合变性高效液相色谱(denaturing high-performance liquid chromatography,DHPLC)技术建立食品中沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7的快速检测方法.以编码沙门氏菌的fimY基因、编码空肠弯曲菌的gyrA基因和编码肠出血性大肠杆菌O157:H7的rfbE基因为靶基因,选择3对引物,建立并优化了快速鉴别沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7的多重PCR体系,扩增产物分别为284、159和499 bp,并验证了该多重PCR具有特异性.沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7标准菌株稀释成不同梯度,做灵敏度检测.试验结果表明该方法有很好的特异性,且灵敏度高,检测限可达到:沙门氏菌1.5 CFU/ml、空肠弯曲菌15 CFU/ml、肠出血性大肠杆菌O157:H7 15 CFU/ml.在随机采集的226份冷冻鸡肉类样品中,检出了7份样品为沙门氏菌阳性、10份为空肠弯曲菌阳性、1份为肠出血性大肠杆菌O157:H7阳性.研究建立的多重PCR-DHPLC方法可特异、灵敏地实现对沙门氏菌、空肠弯曲菌和肠出血性大肠杆菌O157:H7的快速检测.     

改良环介导等温扩增技术快速检测肉类中的大肠杆菌O157: H7

针对大肠杆菌O157:H7(Escherichia coli O157:H7,E.coli O157:H7)传统检测方法检测周期长的问题,建立了肉类中的E.coli O157:H7的改良环介导等温扩增(LAMP)快速检测方法。以E.coli O157:H7的O157特异性抗原rfbE基因、鞭毛H7特异性抗原fliC基因序列作为靶序列,分别设计2套增加了环引物的改良LAMP引物序列,单管同时检测,通过肉眼观察白色沉淀,判断检测结果。采用36株细菌验证了该改良LAMP引物的特异性。热裂解法提取的DNA经改良LAMP体系扩增20 min,检测E.coli O157:H7的灵敏度为1.4 CFU/mL,人工污染肉中的E.coli O157:H7检出限为1.8 CFU/g。137份实样中,检测出1份E.coli O157:H7假阳性,与行业标准SNT0973-2000符合率达到99.3%。     

基因芯片技术检测3种食源性致病微生物方法的建立

建立一种运用多重PCR和基因芯片技术检测和鉴定志贺氏菌、沙门氏菌、大肠杆菌O157的方法, 为3种食源性致病菌的快速检测和鉴定提供了准确、快速、灵敏的方法。分别选取编码志贺氏菌侵袭性质粒抗原H基因(ipaH)、沙门氏菌肠毒素(stn)基因和致泻性大肠杆菌O157志贺样毒素(slt)基因设计引物和探针, 进行三重PCR扩增, 产物与含特异性探针的芯片杂交。对7种细菌共26株菌进行芯片检测, 仅3种菌得到阳性扩增结果, 证明此方法具有很高的特异性。3种致病菌基因组DNA和细菌纯培养物的检测灵敏度约为8 pg。对模拟食品样品进行直接检测, 结果与常规细菌学培养结果一致, 检测限为50 CFU/mL。结果表明：所建立的基因芯片检测方法特异性好, 灵敏度高, 为食源性致病菌的检测提供了理想手段, 有良好的应用前景。     

《自然-遗传学》：科学家首获“辣基因”

最近,一个科学家团队完成了对辣椒的首次高质量参照基因组测序。科学家通过对比辣椒和其近亲植物的基因组。在两种植物中都发现了可产生刺激性辣椒素的基因。番茄中含有该基因的4种无功能副本。辣椒中则有7种无功能副本和1种可起作用的该基因副本。研究团队将报告在线发表于1月19日的《自然-遗传学》上。     

利用CRISPR/Cas9核酸酶靶向细菌必需基因的特异性抗菌剂研究（英文）

CRISPR/Cas9核酸酶是一种高效和精确的基因组DNA编辑工具。目前,CRISPR/Cas9被开发成一种新型抗菌剂,通过靶向破坏目标基因,例如抗生素耐药基因来诱导细菌死亡。本研究利用CRISPR携带多靶点优势,同时靶向大肠杆菌必需基因gyrA、gyrB和folA,以达到杀菌作用。本设计针对3个内源基因的CRISPR系列载体,分别含有1个、2个或3个靶点。当IPTG诱导Cas9表达后,CRISPR RNA (crRNA)和反式作用CRISPR RNA (trans-activating CRISPR RNA, tracrRNA)复合物募集Cas9切割靶基因,导致细菌死亡。随着crRNA中靶点数量的增加,杀菌效率显著提高。当含有3个靶点的crRNA作用于细菌基因组时,杀菌效率达到99.35%。此外,在存活的大肠杆菌中,crRNA表达质粒的靶序列和直接重复序列发现碱基缺失,而内源靶基因和Cas9基因均未发生突变。最后,该CRISPR系统还应用于其他大肠杆菌实验室菌株和产肠毒素K88菌株,并表现出高效的杀菌作用。我们设计了一种基于CRISPR/Cas9核酸酶的新型抗菌剂,为抗菌剂的研发提供新策略。     

大肠杆菌Ⅲ型分泌系统2毒力岛研究进展

许多革兰氏阴性菌借助Ⅲ型分泌系统黏附在宿主细胞表面,然后跨越胞膜将特异性蛋白注入宿主细胞内,破坏宿主细胞内的多种信号通路,从而有利于细菌的感染及定殖。在肠致病性大肠杆菌(Enteropathogenic Escherichia coli,EPEC)中,除了肠细胞脱落位点(Locus of entericyte effacement,LEE)毒力岛编码的Ⅲ型分泌系统(Type Ⅲ secretion system,T3SS)外,在分析肠出血性大肠杆菌O157:H7的基因组序列时发现一个新的Ⅲ型分泌系统,大肠杆菌Ⅲ型分泌系统2(Escherichia coli type Ⅲ secretion system 2,ETT2)毒力岛。研究显示,ETT2可能在大多数菌株中不具有完整的分泌系统功能,但是其对于细菌毒力的发挥具有重要作用。因此,本文简要综述了大肠杆菌ETT2的基因特征、ETT2的分布与流行、ETT2的功能与机制等方面的主要研究进展。     

大肠杆菌O157:H7致病因子及其保护性免疫研究现状

大肠杆菌O157:H7是肠出血型大肠杆菌(EHEC)的主要病原血清型,它可产生特殊的粘附因子粘附靶细胞,产生Vero毒素和肠溶血素毒力因子.近几年对大肠杆菌O157:H7的毒力因子有了深入的了解,对致病机理作了一些探讨,用实验动物对保护性免疫进行了研究.本文对近几年来0157:H7大肠杆菌的致病因子及其主要的保护性免疫的研究作一简要综述.     

大肠杆菌O157:H7的毒力岛与毒力因子的研究进展

大肠杆菌O157:H7是肠出血性大肠埃希菌的主要血清型,能引起人的出血性肠炎和溶血性尿路综合征。大肠杆菌O157:H7致病机制与其毒力岛编码的毒力因子有关,这些毒力岛包括染色体上的LEE岛、前噬菌体上的slt基因、大质粒上的hly、ka tP、espP、toxB、stcE基因。大肠杆菌O157:H7致病机理不是由单一毒力因子所决定,而是多种毒力因子共同作用的结果。     

科学家绘制出海胆基因组序列草图

由多国科学家组成的研究小组11月9日报告说,他们绘制出了海胆的基因组序列草图。基因分析显示,这一无脊椎动物的基因组与人类基因组的相似程度高得出乎意料。由美国贝勒大学医学院领导的“海胆基因组测序项目”小组的科学家们报告说,他们的基因测序对象是一种雄性加利福尼亚紫海胆。研究显示,这种紫海胆含有超过8.14亿个碱基