大口黑鲈生长性状的微卫星DNA标记筛选

本研究在人工养殖的大口黑鲈（Micropterus salmoides L.）群体中对40个微卫星位点进行扩增, 运用卡方检验分析微卫星位点在极端大个体组和极端小个体组中的基因型分布差异, 选择差异显著的16个微卫星位点对大口黑鲈随机群体进行基因型与性状的关联分析, 同时分析群体的遗传多样性。结果表明: 关联分析得到7个微卫星位点(JZL60、JZL67、JZL72、JZL124、MiSaTPW76、MiSaTPW117和MiSaTPW173)与体重、体长和体高显著或极显著相关(P<0.05或P<0.01), 同时对差异显著的位点进行不同基因型间与生长性状的多重比较, 找到了与体重、体长和体高性状相关的最有利基因型为JZL60位点的AA、JZL67位点的BB、JZL72位点的AC、MiSaTPW76位点的BB和MiSaTPW117位点的BC。应用这16个微卫星位点对随机群体进行遗传多样性分析, 共检测到47个等位基因,平均等位基因2.938个,每个位点检测到的等位基因数为2~5个、群体的平均观测杂合度、平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.515、0.500和0.445, 表明该群体遗传多样性处于中等水平。     

微卫星DNA标记分析德国镜鲤的遗传潜力

结合体重、体长、体高等数量性状, 用30个微卫星分子标记, 评估了3个德国镜鲤群体的遗传潜力, 共检测到287个等位基因, 559种基因型, 片段长度109~400 bp, 有效等位基因数1.1014~6.4665, 观察杂合度0.0968~0.9892, 期望杂合度0.0926~0.8554, 位点多态信息含量0.08787~0.8559, 其中中度多态(0.25≤PIC≤0.5)13个, 高度多态(PIC≥0.5)13个。统计结果显示: 3个群体的遗传潜力处于中度水平, 双来养殖群体的遗传潜力比换新和松浦繁殖群体低。同时, 用30个基因座的不同等位基因和基因型与双来群体的体重、体长、体高进行了连锁分析, 得到2个与镜鲤体长相关的微卫星分子标记(HLJ319, HLJ693)和1个与体高相关的位点(HLJ677), 与体长相关的1个位点(HLJ693)还与体重连锁。将此遗传标记在鲤鱼重组自交系中验证, 结果显示: 主要经济性状相连锁的3个遗传标记中HLJ319与鲤鱼体长性状的QTL定位结果基本一致。     

中国7个地方绵羊品遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率,平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（Ne）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne在2.1288-13.3924之间;26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间,聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊,黑藏羊聚为一类,湖羊和晋中羊聚为一类,各绵羊各种的聚类关系与其来源,育成史及地理分布基本一致。     

中国7个地方绵羊品种遗传多样性的微卫星分析

利用26个微卫星标记分析了中国7个地方绵羊（Ovis aries）品种的遗传多样性。通过计算基因频率、平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数（N_e）,并根据Nei氏标准遗传距离,利用UPGMA法进行了聚类分析,评估其种内遗传变异和品种间遗传关系。结果表明：26个微卫星位点共检测到278个等位基因,Ne 在2.1288-13.3924之间;以等位基因频率为基础,得出位点的平均杂合度在0.0629-0.5903之间,品种平均杂合度在0.3633-0.4489之间。26个位点均为高度多态位点,PIC在0.6628-0.8712之间。聚类分析表明哈萨克羊、阿勒泰羊和巴音布鲁克羊遗传关系最近;然后与白藏羊、黑藏羊聚为一类;湖羊和晋中羊聚为一类。各绵羊品种的聚类关系与其来源、育成史及地理分布基本一致。     

勐养保护区亚洲象微卫星位点筛选及种群遗传多样性分析

本文以亚洲象肌肉样品提出的DNA为模板,从非洲象31个微卫星位点和5个已知亚洲象微卫星位点中筛选勐养亚洲象的微卫星位点,进而对在西双版纳勐养保护区3年采集到的191 份亚洲象粪便样品中提出的DNA进行特异性PCR扩增、基因分型、检测位点信息和遗传多样性分析.结果表明:36个位点中有14个位点能在亚洲象肌肉样品提出的DNA中成功扩增,且经测序证实为微卫星位点.其中9个多态位点能在185份粪便样品DNA中稳定扩增.勐养种群中,3个位点可能偏离Hardy Weubberg平衡,至少8个位点间无明显连锁存在,平均等位基因数3.78±1.72,平均期望杂和度0.32 ± 0.06,平均观察杂和度0.36±0.02,平均多态信息含量0.28 ,说明这9个位点适用于勐养亚洲象的遗传学研究.根据微卫星位点的杂合度和等位基因频率,相比于其他亚洲象种群,勐养亚洲象种群遗传多样性较低且等位基因频率具有特异性.     

微卫星标记对WHBE兔封闭群、日本大耳白兔和新西兰兔的遗传分析

目的分析比较大耳白黑眼兔（WHBE兔）封闭群与日本大耳白兔（Jw兔）、新西兰兔（NZW兔）基因组存在的微卫星结构,研究WHBE兔封闭群的微卫星多态性。方法利用21个微卫星位点,通过微卫星分子标记技术对WHBE兔封闭群、Jw兔和NZW兔进行遗传多样性检测和对比。结果根据初步结果,在21对微卫星引物中筛选出扩增产物稳定并且具有多态性的11对引物。WHBE兔封闭群在每个位点上的等位基因数为3～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．0402个,平均杂合度为0．4810;Jw兔在每个位点上的等位基因数为2～8个不等,11个位点的平均有效等位基因数为3．6077个,平均杂合度为0．5039;NZW兔在每个位点上的等位基因数为3～9个不等,11个位点的平均有效等位基因数为2．6537个,平均杂合度为0．5334。WHBE兔封闭群在11个微卫星位点上的平均多态信息含量（PIC）为0．6005,多位点累积个体识别率达到100％,多位点累积非父排除概率（CPE）在双亲信息都是未知情况下的为0．9613,而在得知任一亲本信息的情况下,CPE值高达0．9973。在11个微卫星座位中,9个位点上出现了WHBE兔封闭群特有等位基因,其中在Sat2、Sat5、Sat7、Sat12、Sat13、Sat16、S0144和INRACCDDV0003八个位点上WHBE兔封闭群的特有等位基因为一个,在sat8位点上为两个。结论WHBE兔8个位点的平均杂合度、平均有效等位基因数均比JW兔及NZW兔低,说明WHBE兔群体的基因纯合度高于其他两个品系,具有更优的遗传稳定性。9个WHBE兔特有的等位基因可作为区分WHBE兔封闭群和其它两个品系实验兔的分子标记。     

滩羊微卫星标记多态性及与体尺性状关联分析

滩羊是我国特有的蒙古羊品种,肉质鲜美但生长缓慢。通过筛选的29个高多态性微卫星标记,对宁夏盐池滩羊种羊场基础母羊群体用随机抽样法检测了96个成年个体,测量了体重和体尺数据,分析了其微卫星标记遗传多样性、群体遗传结构及分子标记与表型的相关关系。结果显示,微卫星标记平均等位基因数9.5,平均有效等位基因数4.5,平均期望杂合度0.72,平均观测杂合度0.64,平均多态信息含量0.69;滩羊基础母羊群体保持了丰富的遗传多样性;关联分析结果显示MAF33与滩羊的体高、胸深显著相关,BMS1788与荐高、胸围显著相关,而BL41、BMS835、BOVILS56、MAF33和BMS500与管围极显著关联。这些标记对未来滩羊的分子辅助育种有所帮助。     

我国新引进吉富品系尼罗罗非鱼群体的遗传多样性分析

选取罗非鱼(Oreochromis spp.)第二代遗传连锁图谱中的26个微卫星位点,对淡水渔业研究中心引进的、由60个家系组成的吉富品系尼罗罗非鱼(O.niloticus)群体进行遗传结构分析。结果显示,26个微卫星位点在吉富罗非鱼群体中共检测到124个等位基因,各位点的等位基因数为3～7个,平均4.8个。片段长度104～322 bp,平均杂合度观测值为0.622 1,平均杂合度期望值为0.642 3,平均多态信息含量(PIC)为0.633 4。所检测的26个位点中,有25个位点属于高度多态位点(PIC0.5),占所检测位点的96.15%;1个位点属于中度多态位点。结果表明,该吉富罗非鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高。因而该群体仍然具有较大的选育潜力,可以作为选育的基础群体开展进一步的选育工作。     

近缘种扩增法对黑叶猴微卫星位点的筛选及特征分析(英文)

微卫星位点近缘种筛选法使得在探讨各种灵长类种群遗传结构和生殖策略上更加便捷。我们利用138条人类微卫星引物在黑叶猴中进行筛选,得到了23个具有多态性位点。在28个检测个体中,每个位点的等位基因数为3到9个,期望杂合度为0.62,观测杂合度为0.50,其中有7个位点偏离Hardy-Weinberg平衡,9个位点存在无效等位基因现象。但是各位点之间均未检测到连锁不平衡现象。这些位点将在黑叶猴种群遗传结构的研究中发挥重要作用。     

秦川母牛群体遗传特性的微卫星标记研究

为了从DNA分子水平揭示秦川牛群体遗传多态性和群体遗传结构,寻找可用于秦川牛的微卫星标记,本研究选择了12个普通牛（Bos taurus）微卫星标记检测了90头秦川母牛各微卫星位点的遗传变异及多态性。结果表明,在秦川母牛群体中,12个微卫星位点共检测到了247个等位基因,各位点的等位基因数在13（INRA005）～33个（HEL13）之间,平均每个微卫星位点的等位基因数为21个;总有效等位基因数和平均每个位点平均有效等位基因数（Ne）分别分为142．6229和11．8852。各位点平均基因频率取样方差（V（pij））为2．6036×10^-4。12个微卫星位点平均观察杂合度（Ho）和平均期望杂合度（He）在0．7842（INRA005）～0．9775（BM315）和0．7952（BM315）～0．9446（HEL13）之间。12个位点平均多态信息含量（PIC）在0．7653（INRA005）～0．9420（HEL13）之间,平均为0．8965．12个微卫星位点均属于高度多态位点,这表明秦川母牛群体中所检测各微卫星位点具有丰富的遗传多态性,具备较大的选择潜力。12个微卫星位点的平均固定指数（F）为-0．0076,即各位点杂合子的缺陷度不高,即偏离Hardy—Weinberg平衡的程度不大。     

基于转录组平台的蛤仔微卫星标记筛选

以菲律宾蛤仔转录组测序所得拼接序列为基础,采用MISA软件进行微卫星分析,对其中的145个微卫星位点进行引物设计,得到具有清晰扩增条带的微卫星位点58个。对大连庄河野生蛤仔群体的扩增结果表明,18个位点显示单态性,40个位点表现为多态性。该群体40个多态性微卫星位点得到的等位基因数在2—6之间,平均等位基因数为3.4250±0.9718,观测杂合度和期望杂合度分别在0.0000—1.0000和0.0615—0.7996之间,平均值分别为0.2727±0.2272和0.4739±0.1902,群体平均Nei指数为0.4664±0.1872。多态信息含量(PIC)在0.0586—0.7529之间,平均值为0.4148±0.1707,其中16个微卫星位点的PIC值大于0.5,为高度多态性,15个位点0.25PIC0.5,为中度多态性,其余9个为低度多态性。经Sequential Bonferroni校正的Hardy-Weinberg平衡检验,有10个位点尚未偏离平衡。基于转录组平台筛选微卫星标记的方法,在很大程度上推动了DNA分子标记的开发。研究开发的微卫星标记可用于蛤仔群体遗传学、遗传连锁图谱构建及其他相关研究,为蛤仔分子标记辅助育种及群体种质保护等工作提供技术支持。     

利用微卫星标记分析东平湖黄颡鱼的遗传多样性

采用27对鲤微卫星引物对山东东平湖黄颡鱼进行全基因组扫描,结果有19对引物能获得稳定的扩增条带,其中有6个微卫星位点具有多态性。对这6个位点的扩增产物进行分析,结果显示:6个位点共检测到22个等位基因,每个位点的等位基因数从2个到6个不等;平均基因纯合率为41.67%,平均多态信息含量(PIC)为0.488,平均杂合度为0.5833。这表明东平湖黄颡鱼种群结构合理,群体遗传多样性较丰富,种质资源处于安全状态。     

无特定病原体金定鸭微卫星DNA遗传多样性分析

目的利用微卫星标记对无特定病原体金定鸭群进行遗传多样性分析。方法采用微卫星标记,对SPF金定鸭种群中71个个体进行遗传多样性分析。结果 SPF金定鸭种群中17个位点上共检测到119个等位基因,每个微卫星上等位基因数介于3~13;该SPF金定鸭群体中有13个位点(PIC0.5)呈现出高度多态,平均杂合度为(0.5816±0.0142),其他位点均呈现出中度多态。仅有5个位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,其余12个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡,达到极显著水平(P0.01)。结论该SPF金定鸭群体内均存在丰富的遗传多样性,满足建立封闭群的遗传特征,可以利用该群体继续开展无特定病原体金定鸭封闭群的建立。     

菲律宾蛤仔EST_SSR标记与生长性状的相关分析

研究利用20个微卫星标记对菲律宾蛤仔斑马蛤F2代家系107个个体进行遗传多样性分析,并对标记位点与生长相关性状进行分析。在20个微卫星位点共检测到41个等位基因,各位点等位基因数为2—3个,等位基因片段大小为109—430 bp,平均等位基因数为2.05个。平均有效等位基因数为1.71个,观测杂合度平均值为0.504,期望杂合度的平均值为0.431,平均多态信息含量为0.324。经卡方检验,3个位点SSR11,SSR164和SSR213的基因型分布显著偏离了孟德尔定律(P0.01)。运用SPSS 20.0对20个微卫星位点与菲律宾蛤仔斑马蛤家系生长性状的相关性(壳长、壳宽、壳高和体重)进行连锁显著性检验。结果表明,SSR9位点与壳高存在显著的相关关系(P0.05),SSR135和SSR164位点与壳宽呈显著相关(P0.05),SSR142位点与体重呈显著性相关(P0.05)。研究结果可为菲律宾蛤仔的分子标记辅助选育提供参考。     

两个镜鲤半同胞家系的遗传多样性及经济性状分析

在两个镜鲤半同胞家系中,各随机选取47尾作为实验鱼,测量体重、体长、全长等数量性状,利用24个微卫星分子标记对其进行遗传检测,共检测到57个等位基因,每个基因座的等位基因数为1－6个不等,平均等位基因3.21个,片段长度在134－371bp之间,有效等位基因数Ne为1.00－2.89, 平均观察杂合度Ho为0.00－0.83,平均期望杂合度He为0.00－0.66,平均多态信息含量PIC为0.00－0.58。结果表明：2个家系的遗传多样性处于中度水平,但连锁不平衡分析表明这两个家系在较大的选择压力下,已严重偏离Hardy-Wenberg平衡。利用SPSS程序下的GLM过程对24个微卫星位点与主要经济性状的相关性进行分析,结果发现：HLJ519,HLJ848、HLJ855、HLJE8 4个微卫星位点对镜鲤体重显著影响(p<0.05),其中,位点HLJ519,HLJ848、HLJ855还对体长和全长存在显著影响(p<0.05)。对这些位点基因型所对应的表型均值进行了多重比较,找到了一些对主要经济性状有利的基因型。     

大黄鱼快长相关微卫星标记的筛选与验证

为了筛选与大黄鱼生长性状紧密相关的分子标记,并对这些标记的有效性进行鉴定,研究以大黄鱼家系和群体为材料,经标记筛选、两次验证共三个步骤,找到2个与大黄鱼生长性状紧密相关的微卫星标记:LYC0088和LYC0143,其中LYC0088与体高、体质量均极显著相关（P0.01）,与体长显著相关（P0.05）,LYC0143与体长和体质量显著相关（P0.05）,与体高的相关性极显著（P0.01）。LYC0088与LYC0143位点的优势等位基因分别为E、A,优势等位基因型均为AB,优势等位基因型组合为AB/AB,两个位点呈加性效应。该结果为开展大黄鱼分子标记辅助育种提供了有价值的遗传标记。       

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

微卫星DNA与生化标记分析对长爪沙鼠群体遗传分析的比较

目的比较生化标记和微卫星DNA标记方法对长爪沙鼠群体遗传分析的可靠性。方法应用27个生化位点和13个微卫星DNA位点,采用已建立的生化标记和微卫星DNA标记分析方法对国内2个长爪沙鼠群体进行遗传分析,计算并比较两种方法测得的各群体遗传参数。结果生化基因位点中有13个位点在整体中呈现遗传多态性,多态率为48.1%;微卫星位点中有11个位点在整体中表现出多态性,多态率均为84.6%。两种方法测得的平均有效等位基因数趋于一致,微卫星DNA的多态位点百分率和平均杂合度均明显高于生化标记方法。但生化标记和微卫星DNA检测对两个长爪沙鼠群体的遗传多样性差异反映一致,所反映的群体平衡状况也基本一致。结论生化标记分析和微卫星DNA方法均可较好地反映长爪沙鼠群体遗传结构。     

利用17个微卫星标记分析鳙鱼的遗传多样性

选用本实验室克隆的17个鳙鱼微卫星分子标记分析四川泸州和江西鄱阳湖的两个种群鳙鱼的遗传多样性及种质特性,计算和统计了杂合度、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数、等位基因频率、遗传距离、遗传相似系数、Hardy-Weinberg平衡偏离指数等方面内容。结果表明：选择使用17个微卫星标记,其中有4个为单态标记,13个为多态标记。江西和四川鳙鱼群体每个微卫星位点的平均等位基因数分别为3.325及3.882,平均有效等位基因数分别为3.531及2.676,多态位点百分率分别为82.4及70.5, 17个微卫星标记共有等位基因71个,多态微卫星位点的PIC在0.114~0.960之间变动,平均为0.417 ,两群体位点平均观测杂合度为0.385和0.452,平均期望杂合度为0.360和0.422,两个群体间的遗传相似系数为0.897,群体间的遗传距离为0.109。     

鲤鱼微卫星标记与体重、体长和体高性状的相关分析

利用47个鲤鱼微卫星标记, 对柏氏鲤和荷包红鲤抗寒品系自交F2代的92个个体基因组DNA进行检测, 得到162个等位基因, 各座位等位基因数2~6个, 片段长度100~444 bp, 有效等位基因数1.3069~4.2288, 杂合度0.2361~0.7677, 位点多态信息含量0.5368。利用统计软件SPSS的GLM程序对47个微卫星标记与鲤鱼体重、体长和体高相关性进行了分析, 结果表明HLJ695、HLJ716、HLJ739、HLJ759、HLJ774、K16与体重、体长和体高相关, HLJ776与体高相关。对同一标记不同基因型间进行多重比较, 找到与3种性状相关的基因型。