开发SSR引物方法之研究动态

SSR标记是一种基于DNA长度多态性的分子标记技术,是进行群体遗传结构分析、构建遗传连锁图谱非常有效的工具。由于SSR标记是特异引物标记,必须在知道某个物种DNA序列的前提下,才能设计引物进行PCR扩增,故而存在一个引物开发的问题。从SSR标记的发展历程来看,开发SSR引物的方法有经典的构建与筛选基因组文库的方法、微卫星富集法、省略筛库法和数据库搜索法等四种。本文综述了这四种方法的操作流程及其在实际应用中的优缺点,并对近年来SSR引物在相近的物种间转移使用的情况作了介绍. Abstract: SSRs is one of molecular markers technology based on DNA length polymorphism and an efficient tool for population genetic studies and primary genetic linkage maps construction. Because of a special primer marker, It’s necessary to know a species DNA sequence in order to design primers for PCR testing. That is to say, there is a problem of SSR primer development. For the progress of SSR marker technology, the methods of developing SSR primer could be divided into four kinds: traditional constructing and screening genome library procedure, the SSR richment procedure, avoiding screening genome library procedure and database search procedure. This paper reviewed these four methods’operation processes and their advantages and disadvantages. In addition, transferability of SSR primers in closely related species were introduced in recent years.     

SSR分子标记开发策略及评价

SSR标记以其多态性丰富、提供遗传信息多、操作便利并在基因组中分散分布等优点已成为最受人们欢迎的分子标记之一,在许多领域广泛应用。但SSR标记的主要缺点是首先要从该物种中获取重复序列两侧的序列信息,并设计引物,而后才能被利用。综述了几种有代表性的SSR标记开发策略,旨在为各物种SSR标记的开发提供参考信息。Abstract: SSR molecular markers have been used widely in many genetic studies and become one of the most popular molecular markers due to their high polymorphism, abundant informativeness, convenience of assay by PCR and distribution throughout the genome. The major drawback of SSR molecular markers is that their primers need to be designed according to the isolated sequence flanking the SSR from species that are being examined for the first time. The aim of the present paper is to review the several representative methods of SSR isolation described in the literature and provide useful information in making appropriate choices among the large number of currently available options.     

基于SSR标记的荔枝种质遗传多样性分析

从53对本课题组自主开发设计的SSR特异引物对中筛选出22对多态性引物,对46份荔枝材料的基因组DNA进行扩增,共得到54个等位基因,其中每对引物的平均等位基因数为2.4,共获得23个特异性标记,各标记的平均观察杂合度值、平均期望杂合度和PIC值分别为0.451、0.355和0.507。其中L it6位点各数值最高,是最理想的选择标记。利用22对多态性引物对46份荔枝种质进行聚类分析,构建树状图,结果表明:大多数种质相似系数在0.63～0.95之间,说明它们之间的亲缘关系较近,并发现淮枝(广东)与淮枝(海南)两者可能为同名异物品种。     

SSR分子标记在荔枝上的研究进展

SSR作为第二代基于PCR的一种新型DNA分子遗传标记,数量丰富、多态性高、重复性好、分布于整个基因组、特异位点扩增、发生频率高、共显性遗传等,在果树育种中具有极大的应用价值和开发潜力.本文主要简述了SSR标记的原理和特点,并从分子指纹图谱构建、种质资源的遗传多样性分析、核心种质的发掘、品种鉴定、分子标记辅助育种、遗传图谱构建与基因定位等多方面介绍了近年来SSR技术在荔枝上的应用现状及前景.     

小麦SSR标记的发展及应用

微卫星是以1～6个碱基为基本单元的串联重复序列,由于具有共显性、多态性高和容易用PCR方法检测等特点,是非常有用的遗传标记。在小麦中,SSR标记已广泛应用于遗传图谱的构建、遗传多样性、品种及基因型鉴定、目的基因,以及QTL的标记和标记辅助选择育种。 Abstract:Microsatellites are simple,tandemly repeated one to six nucleotide sequence motifs.They are very useful as genetic markers because they are co-dominant,detect high levels of allelic diversity,and are easily assayed by the polymerase chain reaction ( PCR ).In wheat,SSR markers have been applied to genetic mapping,detection of genetic diversity,identification of varieties and genotypes,gene tagging,QTL analysis,and marker-assisted selection.     

应用RAPD标记研究野生荔枝种质资源

应用RAPD方法对海南60份野生荔枝进行基因组多态性分析,20个随机引物共产生165条RAPD带,DNA片段大小在200～1500bp之间,其中121条为多态性带,占总带数的73．3％,并利用遗传距离进行聚类分析。结果表明,60份野生荔枝可归为6类,表明种群存在一定的遗传变异,也为分析野生荔枝群体间及群体内的遗传多样性探索了有效方法。     

小麦种质抗吸浆虫鉴定及抗虫SSR标记开发

麦红吸浆虫(Sitodiplosis mosellana Géhin)是严重威胁小麦生产的重要害虫,其生活习性隐蔽,防治困难,筛选抗虫小麦种质及可用于抗虫性辅助选择的分子标记意义重大.本研究对我国不同麦区、不同时期的566份小麦种质资源进行了吸浆虫抗性鉴定,并尝试从抗虫性主效QTL所在基因组区段开发新的SSR标记.结果...     

培育具有安全选择标记或无选择标记的转基因植物

转基因植物中选择标记的安全性已成为植物基因工程研究的热点之一。从两个方面可以解决转基因植物中的选择标记问题。一是选用安全的正向选择标记,主要是与糖代谢和激素代谢相关的基因。二是构建能去除选择标记基因的转化系统,主要有共转化系统、双T-DNA边界载体系统、位点特异性重组系统和转座子系统等。这些植物基因工程的方法将有助于培育安全的转基因植物。 Abstract:The bio-safety of selective markers in transgenic plants has been a hot spot in the field of plant genetic engineering.To solve the problem of selective markers in the transgenic plants,two means of producing transgenic plants have been developed.One is the utilization of bio-safe positive selective markers which are genes mainly related to metabolism of auxins and carbohydrates.The other is the establishment of transformation systems allowing marker genes to be eliminated from the transgenic plants,which include co-ransformation,double T-DNA border vectors,site-specific recombination and transposition.All these approaches of plant genetic engineering will benefit breeding transgenic plants with bio-safety.     

利用SSR标记构建江西稻种资源核心种质库的研究

以3187份江西地方稻种资源为材料,依据籼粳、早中晚、粘糯、糙米色和谷粒形状等5个质量性状进行分组,组内按8个稻作区再分为不同的亚组。利用SSR标记对各亚组和组内种质资源进行遗传多样性和聚类分析,建立了包括296份种质的江西地方稻种资源核心种质库,占资源总数的9.28%。     

用SSR标记分析辣椒属种质资源的遗传多样性

利用21对引物在33个辣椒材料中共检测到54个等位基因,每对SSR引物检测到2~4个等位基因变异,平均为2.6个,说明辣椒种质资源的遗传多样性相对较少。通过MVSP3.13f软件对SSR数据进行聚类分析,把33个辣椒材料分为五类,同个种的辣椒种质资源基本聚在一起,说明用SSR标记来区分辣椒种质是可行的,是研究辣椒种质资源遗传多样性的有效手段。     

Development and characterization of SSR markers in lychee (Litchi chinensis)

Sixteen microsatellite loci were isolated from lychee (Litchi chinensis), all of which exhibited polymorphism (two or three alleles per locus), with levels of heterozygosity ranging from 0.021 to 0.900. These loci can help assess the genetic structure of lychee.     

荔枝果实发育过程中内源多胺含量的变化

荔枝果实中多胺含量以亚精胺(Spd)最高,腐胺(Put)其次,精胺(Spm)最低,三者分别于花后7 d和28 d各出现1个高峰.果皮、假种皮和种子中总多胺含量以各自发育初期为最高,随后急速下降,快速膨大期间的变化则不大.花后0～21 d,单果中Put、Spd和Spm含量最低;花后28 d,出现第1个小高峰;果实快速膨大期Spd含量急剧升高,Put和Spm升高较慢.     

利用RAPD技术鉴定海南荔枝品种光明

应用RAPD标记对6份无性系材料进行检验,20个引物对6份材料均扩增出完全相同的125条带,不具多态性,证明6份材料遗传基础高度相似。利用30个引物对光明和其他42份材料的基因组进行多态性分析,多态性位点为212个,占总数的80、83％,显示多态性较高。光明和其他荔枝品种间的相似系数均较高,与大丁香的相似系数（0．884）最高。在相似系数0．78水平上,可将供试材料分成4大类,这些类型与成熟期有一定相关,光明属于第3类。光明不具特征谱带,但可用少数引物组合将其和很多品种区别开,如利用AP09、AM16和AK17即可将光明从其他荔枝材料中鉴别出来。     

向日葵种质的SSR分析

以向日葵种质‘阜8321,的114份单株为材料,利用23对引物进行SSR分析.结果表明,23对引物扩增共获得57条带,其中24条多态性带,多态性比率为42.11％.聚类分析显示114个个体间遗传相似性较高,遗传相似系数为0.86～1.00,在遗传相似系数0.87附近,可将114份单株分为两个类群,第一类群包括4份样品,其余110个单株为第二类群.PopGen 3.2软件分析得出种质内个体间平均有效基因位点数、平均香农指数和位点预期杂合度分别为1.4682、0.4078和0.2606.说明该种质个体间SSR位点存在一定的差异,为异质型种质,在繁种更新中应注意维持其遗传完整性.     

荔枝花蜜腺发育解剖学研究

荔枝花蜜腺呈盘状,位于子房和花萼之间的花托上。花盘蜜腺由表皮、产蜜组织、维管束组成。蜜腺的原始细胞由花托表面的2~3层细胞脱分化产生。成熟蜜腺产蜜组织细胞含有淀粉粒,为淀粉型蜜腺,表皮细胞内无淀粉粒。产蜜组织出现分化:PAS反应颜色深的细胞成网状分布,与表皮下方的1~2层细胞相连,构成蜜汁的运输通道;颜色浅的细胞分布于网眼处。蜜腺表皮上的角质层波状皱折,有泌蜜孔。表皮毛主要起保护作用,大部分蜜汁通过泌蜜孔排出。     

荔枝基因组DNA的提取

介绍一种提取荔枝基因组DNA的有效方法,即在传统CTAB法的基础上,于CTAB抽提液中加入1％的PVP。影响荔枝基因组DNA提取质量的因素有3个：第一是取材,第二是磨样与温育时间,第三是防止褐化。