大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒基因特征分析

目的了解大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒的基因特征。方法采用荧光定量RT-PCR对2016年大连市食源性疾病监测哨点医院采集的1 900份粪便标本进行诺如病毒核酸检测,用逆转录PCR对阳性毒株的ORF1-ORF2连接区扩增并测序,分析其基因亚型和同源性。结果 1 900份标本中,检出诺如病毒核酸阳性25份,阳性率1.32%,其中GⅠ型阳性3份,GⅡ型阳性19份,GⅠ型和GⅡ型均阳性3份。26株病毒基因序列比对,发现3株为GⅠ.3,2株为GⅠ.6,9株为GⅡ.17,5株为GⅡ.4,2株为GⅡ.2,GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15各1株。结论大连地区食源性腹泻病例中诺如病毒呈基因多样性,2016年流行优势株为GⅡ.17。GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.6、GⅡ.13、GⅡ.14、GⅡ.15在大连地区首次检出。     

诺如病毒CHN02/LZ35666株RdRp和VP1基因序列分析

诺如病毒（Noroviruses,NVs）为杯状病毒科的一个属,是引起人类病毒性胃肠炎暴发的重要病原。在美国、欧洲和日本,病毒性胃肠炎暴发中由NV引起的占93％。NV的基因组为单股正链RNA,全长约7．7kb,由3个开放阅读框（open reading frames,ORFs）组成,ORF1编码非结构蛋白,其中包括RNA聚合酶（RNA dependent RNA polymerase,RdRp）,0RF2和0RF3分别编码主要（VP1）和次要（VP2）衣壳蛋白。VP1蛋白折叠成两个区域,壳区（Shell,S）和突出区（Protruding,P）,S区形成内壳,P区形成拱样结构突出于内壳外。P区进一步分为P1和P2亚区,后者位于衣壳的最外面,P2区相对于S区和P1区序列高度变异,被认为是免疫识别和受体结合的关键部位。     

2019-2022年南京市急性胃肠炎暴发疫情中诺如病毒分子流行病学分析

诺如病毒是引起急性胃肠炎的主要病原体之一,本研究通过分析2019-2022年南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的流行特征和主要基因型变化,为疫情防控提供依据。收集2019年9月至2022年8月南京市疑似诺如病毒急性胃肠炎暴发样本,通过荧光定量PCR和一步法RT-PCR检测,对阳性样本进行序列测定并分型,挑选48株南京代表株与国内外参考株进行同源性分析。2019-2022年南京市诺如病毒急性胃肠炎暴发的高峰为冬春季,场所主要分布在小学和幼儿园,暴发以诺如病毒GII为主,共检测到11种基因型,包括4种GI和7种GII。主要流行株在三个流行季间有所变化,GII.2[P16]为2019-2021年的优势流行株,2021/2022流行季中GII.4 Sydney 2012[P16]亚型、GII.17[P17]亚型占比最大,多种亚型毒株共存。同源分析发现,2021年2株GII.6[P7]南京株分属于两类不同来源的GII.6衣壳基因型,2019-2022年的GII.2[P16]和GII.4 Sydney 2012[P16]南京株的部分聚合酶区序列变化较衣壳蛋白区大。2019-2022年间南京市诺如病毒急性...     

香蕉束顶病毒基因Ⅰ的克隆及序列分析

以中国漳州地区感染ＢＢＴＶ的香蕉组织总ＤＮＡ为模板,根据我国台湾地区ＢＢＴＶ分离物基因组Ⅰ序列,设计并合成了一对引物,通过ＰＣＲ扩增出约５００ｂｐ的片段。利用ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔⅡＳＫ Ｔ－载体获得此片段的克隆,经测序表明为ＢＢＴＶ组分Ⅰ的部分序列。由已测知的ＢＢＴＶ基因组Ⅰ序列设计一对相邻引物,以我国漳州的感染ＢＢＴＶ香蕉组织总ＤＮＡ为模板,通过ＰＣＲ坟增出约１．１ｋｂ的片段。利用ｐＢｌｕｅｓ     

急性胃肠炎暴发中GⅠ.5[P4]型诺如病毒的遗传进化分析

近年来,南京市急性胃肠炎暴发呈上升趋势,主要是由GⅡ型诺如病毒(norovirus,NoV)引起,GⅠ型较为少见.本研究通过对南京市输入性病例和本地性暴发急性胃肠炎疫情中GⅠ.5[P4]型NoV进行遗传进化分析,为本地疫情控制和处置提供科学依据.对两起暴发疫情采集的18份样本进行荧光定量RT-PCR检测,并对NoV阳性样本部分聚合酶区和衣壳蛋白区进行一步法RT-PCR扩增、测序,结合参考株进行序列比对和进化树分析.18份样本中,GⅠ型NoV阳性5份,其中4份扩增出条带,其N/S区域序列与2016-2018年已公布的GⅠ.5[P4]同源性高达99.0％以上.其部分聚合酶区同1987年之后检出的GⅠ.P4进化距离较近,变异不大.部分衣壳蛋白区在2003-2013年发生较为明显的进化,形成新的簇,期间在2008年又继续进化,慢慢趋于稳定.这是南京市首次在输入性病例和本地暴发疫情中均检出同源性极高的GⅠ.5[P4],该NoV虽然在聚合酶区和衣壳蛋白区并没有发生较大进化,但是通过重组已在亚洲地区人群特别是中国多个城市导致了急性胃肠炎流行.因此,该型病毒株将是本市今后监测的重点.     

诺如病毒在我国鲜食农产品中污染情况的研究进展

本文结合近年我国多地对鲜食农产品中诺如病毒的污染调查研究,总结了不同地区和不同鲜食农产品中诺如病毒的污染分布情况和发生季节特点,并对鲜食农产品中诺如病毒的污染来源进行了初步分析。诺如病毒是一种新型食物安全危害因子。自2006年以来,我国由诺如病毒引起的食源性疾病数量逐年持续增长。鲜食农产品是诺如病毒的主要传播载体之一,在生产中易被诺如病毒污染,且后期难以消除。我国对鲜食农产品中诺如病毒的污染研究起步较晚,相关数据积累较少,仅在少数地区检测并发现生菜和浆果中存在诺如病毒污染。在国外被污染的灌溉水被证实是农产品中致病微生物的主要污染来源,在国内由于缺乏灌溉水中诺如病毒污染的相关研究,鲜食农产品中诺如病毒的污染源头尚无法明确。本文通过对鲜食农产品和污水/河水中分离出的诺如病毒进行基因序列比对,初步分析了鲜食农产品的潜在污染来源,为后期开展农产品中诺如病毒的源头防控提供参考,以利于保障鲜食农产品的安全。     

湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中诺如病毒的分子生物学特点初步研究

本文初步研究了湖州市非细菌性急性胃肠炎暴发中检出的诺如病毒的分子生物学特征。收集湖州市2008年和2009年2起非细菌性急性胃肠炎暴发疫情中采集的患者粪便标本,采用荧光定量RT-PCR方法对其进行诺如病毒核酸检测,并对核酸阳性标本进行RNA多聚酶部分区域的RT-PCR扩增。选取阳性扩增产物进行纯化及序列测定,结合诺如病毒GI、GII各基因型参考株进行核苷酸序列遗传进化分析。结果2起疫情均同时检出了GI和GII型诺如病毒。随后对其中4份RNA多聚酶区扩增阳性的标本进行测序及序列分析,结果发现2008年检出的2株GI型诺如病毒均为GI/2基因型;而2009年检出的1株GI型诺如病毒为GI/3基因型,另一株GII型诺如病毒则与近些年欧洲和亚洲相继出现的遗传组GII的新基因型GIIb的各代表株同源性最高,为GIIb基因型。这说明湖州地区流行的诺如病毒存在很高的遗传多样性,并且不同时间流行的基因型也存在一定差异。这也是国内首次在急性病毒性胃肠炎暴发中检出诺如病毒GIIb变异株。     

对一起诺如病毒感染疫情的流行病学调查分析

分析一起发生在某幼儿园的诺如病毒暴发疫情,为预防预警此类事件提供科学参考依据。采用现场流行病学调查的方法描述疫情的发生过程、三间分布、临床特征、确认检验。采集相关人员肛拭子标本、可疑食物、剩余食品、餐具样品、饮用水样本等,开展有效的实验室检测。在搜索的34例病例中,临床诊断病例为29例,实验室确诊病例为 5例,隐性感染者16例,罹患率为16.59 %,无重症和死亡病例。病例分布在各楼层的5个班级,年龄2-5岁之间。症状主要为呕吐(100%)、腹泻(23.52%)、恶心(55.88%)、腹痛(58.82%)、发热(67.65%)。实验室检验结果为诺如病毒GII型和GI型、GII型混合,常见肠道致病菌均为阴性。依据《诺如病毒感染暴发调查和预防控制技术指南(2015版)》,结合流行病学调查资料、病例临床表现及实验室检测结果,研判本起事件为人员交叉感染诺如病毒引起的暴发性疫情。加强对幼儿园全方位管理、开展相关健康教育宣传和防控培训,对有效预防和减少类似疫情的发生尤为重要。     

2010年深圳地区诺如病毒的基因分型

了解2010年深圳地区诺如病毒的基因型别及分子流行病学特点。 用诺如病毒特异性引物（GI-SKF/GI-SKR、COG2F/G2-SKR）,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收纯化并测序,用Clustal W和MEGA4.0生物软件对诺如病毒序列进行序列比对和系统进化分析。 85份阳性标本中有79株诺如GⅡ型和6株诺如GⅠ型,其中55株为GⅡ/4(2006b)型,16株为GⅡ/4(2008variant)型,2株为GⅡ/1型,4株为GⅡ/5型,2株为GⅡ/11型,1株为GI/4型,2株为GI/5型,3株为GI/6型。 2010年深圳地区诺如病毒的主要型别是GI和GⅡ,并且以GⅡ/4型为主,流行优势株为GⅡ/4（2006b）。     

2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒感染状况

目的 了解2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒的感染情况,及时掌握诺如病毒的流行趋势,提高防控能力。方法 对2015年大连市10家哨点医院采集的1 247份标本进行诺如病毒荧光定量RT-PCR检测。结果 诺如病毒核酸检测总阳性率为1.92%,其中GⅡ型 性率1.60%,GⅠ型阳性率0.32%。结论 大连市首次在急性胃肠炎病例中监测到GⅠ型诺如病毒,2015年大连市急性胃肠炎病例中诺如病毒感染以GⅡ型为主。     

Detection of Norovirus and Sapovirus from diarrheic dogs and cats in Japan

Norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) are important causes of human diarrhea. In this study, between 2007 and 2014 fecal samples were collected from 97 dogs and 83 cats with diarrhea and examined to determine the prevalence of NoV and SaV infections in Japan. To detect caliciviruses, approximately 300 bases targeting the polymerase gene were amplified using RT‐PCR and subjected to phylogenetic and homology analyses. Specific PCR products were obtained from four canine and nine feline samples: two canine and one feline isolate were classified as NoV, two canine isolates as SaV and the remaining eight feline isolates as vesivirus (VeV). The three NoV isolates were classified into the same clade as that of known canine and feline NoVs; their homologies (75.9–92.3%) were higher than those with human genogroup IV (GIV) NoVs (59.1–65.9%). The homology of the feline NoV isolate with previously reported feline NoV isolates was particularly high (91.7–92.3%). Regarding SaV, the two canine isolates were classified into the same clade as known canine SaVs and their homologies (72.5–86.5%) were higher than those with other mammal SaVs (20.7–58.0%). The eight feline VeV isolates were assumed to be feline calicivirus. The present study is the first report of the presence of NoV‐ and SaV‐infected dogs and cats in Japan. The findings suggest there are species‐specific circulations of NoV and SaV among dogs and cats, in Japan.     

翘嘴鳜线粒体DNA细胞色素b基因序列分析

测定了翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）的线粒体细胞色素b基因编码区全序列1140个核苷酸序列,并且由此推导出对应的氨基酸序列,A/T所占比例为53.4％,G C约占46.6％。该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡,第2位核苷酸中T的使用率较高,G的使用率较低;而密码子第3位C/A的使用率高,而G的使用率仅为3.7％;在氨基酸序列中Leu所占比例16.36％,远高于其它氨基酸;而Cys使用比例仅为0.79％。本研究为鳜类的系统发育,资源保护和利用提供了核苷酸序列方面的资料,至于翘嘴鳜线粒体细胞色素b基本序列中密码子不同位置碱基使用比率以及氨基酸组成是翘嘴鳜特有还是鳜类共有特征,尚有待进一步研究。     

诺瓦克病毒ORF2的原核表达及其产物分析

诺瓦克病毒(Norovirus,NV)是1972年在美国首次发现的新生病毒,直到1995年国内才有报道.该病毒是严重危害人类健康的重要食源性病毒,可导致不同年龄阶段人群的急性病毒性腹泻.实验以提取临床NV阳性腹泻样本的基因组RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增得到全长为1623 bp编码NV主要衣壳蛋白VP1的ORF2全基因序列.将测序结果进行进化分析,结果表明该病毒属于NV GⅡ.将ORF2亚克隆到原核表达载体pET-28a构建原核表达载体,鉴定后转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞.经IPTG诱导表达,获得大小约62 kD的融合蛋白并命名为rVP1.以纯化的rVP1免疫新西兰大白兔后制备高免血清,Western Blot结果表明,实验所获得的多克隆抗体可以特异性识别临床样本中NV VP1.因此,rVP1具有良好的免疫原性和反应原性.对小于rVP1的蛋白条带进行Western Blot分析,结果表明所有条带均为rVP1的部分蛋白.双向琼脂扩散试验结果显示实验所获得的高效价多克隆抗体与纯化的原核表达产物仅形成单一沉淀带.     

An unusually high number of direct repeats detected by sequence analysis of the dispersed EcoRI-family fragments in Lupinus luteus L.

The Lupinus luteus genome contains a highly repetitive fraction of sequences named the EcoRI family. Two EcoRI molecules, 1071 and 1079 base pairs in length, were cloned, sequenced and compared. Analysis of the internal-sequence organization revealed a number of short direct repeats. Their involvement in the formation of the EcoRI-family fragments is postulated. Evidence is presented for the dispersed type of genomic organization of the EcoRI-family fragments.Abbreviations AluI, BspRI, EcoRI, Mbo, PstI restriction nucleases - bp base pair - G, A, T, C deoxynucleotides: dGMP, dAMP, dTMP and dCMP - pBR322 and pUC18 plasmids used as cloning vehicles     

恒河猴五日热巴尔通体的分离和柠檬酸合成酶基因的序列分析

目的初步研究巴尔通体在恒河猴体内的存在情况,并分析其柠檬酸合成酶（gltA）的基因序列,判断巴尔通体的种属。方法 16只来自福建的恒河猴,用血琼脂培养基分离可能存在的巴尔通体。根据NCBI数据库上的巴尔通体gltA的基因序列,设计一对引物,以巴尔通体菌落为模板进行扩增,将获得的序列进行克隆测序。结果从3只恒河猴体内成功分离到了巴尔通体病原,并获得了巴尔通体gltA全长基因序列,测序结果表明该序列与五日热巴尔通体同源性99%。结论福建来源的恒河猴种群携带巴尔通体病原,巴尔通体流行地区可能存在鼠与灵长类动物之间病原体的流行和传播。     

Characterization of a novel plasmid from extremely halophilic Archaea: nucleotide sequence and function analysis

We determined the complete nucleotide sequence of the 16341 bp plasmid pHH205 of the extremely halophilic archaeon Halobacterium salinarum J7. The plasmid has a G+C content of 61.1%. A number of direct and inverted repeat sequences were found in pHH205, while no insertion sequences were found. Thirty-eight large open reading frames (ORFs) were identified in both strands, and most of them had no significant similarities to known proteins. A putative protein encoded by ORF31 showed 20-41% homology to some hypothetical proteins, which are annotated in several archaeal genome databases as predicted nucleic acid-binding proteins containing PIN domain. Sequence analysis using the GC skew procedure predicted a possible origin of replication. A 4.8 kb PvuII-SnaBI fragment containing both this region and ORF31 was shown to be able to restore replicate of pWL102, a replicon-deficient plasmid in Haloferax volcanii and in H. salinarum R1. Several methods failed to completely cure H. salinarum J7 of pHH205, suggesting that the plasmid probably played an important role in the growth and metabolism of the host. Our work describes a novel haloarchaeal replicon, which may be useful in the construction of cloning and shuttle vectors.     

恶性疟原虫abstrakt同源基因的克隆及DEAD盒家族蛋白的序列分析

DEAD盒蛋白家族的ATP依赖性的RNA解旋酶类参与细胞内几乎所有的RNA代谢过程 ,在几乎所有生物的细胞生长发育过程中扮演着众多不可或缺的角色。在本实验中 ,通过PCR和探针杂交相结合的筛选方法 ,筛选恶性疟原虫 (Plasmodiumfalciparum)的基因组文库 ,克隆了FH1F———abstrakt同源基因的完整序列。通过搜索已经完成测序的恶性疟原虫基因组数据库 ,推测FH1F序列定位在第 5条染色体上。FH1F全长2 80 4bp,包含一个 1 1 6 1bp的完整阅读框 ,编码一个由 386个氨基酸组成的蛋白。对FH1F蛋白序列用BlastP进行搜索和分析以及用DNAStar与许多典型的DEAD盒蛋白序列进行比对分析 ,结果均提示FH1F蛋白应该是DEAD盒家族的一个Abstrakt蛋白。另一方面 ,用DNAStar对已知所有完整的DEAD盒蛋白进行详细的序列分析以及用Mega对这些序列进行系统发育研究的结果都显示 :DEAD盒家族的蛋白聚类成为若干不同的亚群 ;与DEAD盒蛋白的一般保守序列相比 ,Abstrakt,eIF 4A ,Vasa ,P6 8等不同亚群的DEAD盒蛋白在保守区具有各自不同的结构特征。本文对不同的DEAD盒蛋白的结构特征进行了总结并试图给出不同亚群分类上的结构标准 ,对Abstrakt蛋白在本应高度保守的位点上异常于其它DEAD盒蛋白的氨基酸残基的取代也进行了相关的初步分析     

Molecular characterization and sequence analysis of human astroviruses circulating in Hungary

Human astroviruses (HAstVs) are major pathogens in viral gastroenteritis worldwide. Twenty-five HAstV strains were detected from stool specimens of children hospitalized for acute gastroenteritis in Budapest, Hungary, between 1995 and 1999. Sequence analysis was performed at the 3' end of the capsid gene to determine genotypic diversity of HAstVs circulating in Hungary. Five different genotypes of HAstVs were identified: HAstV-1 was predominant, followed by types 5, 8, 3 and 4. Two different subtypes of HAstV-1 were detected, but only one at a time in the community. This is the first report on the genetic diversity of HAstVs in Hungary and Central/Eastern Europe.     

中国不同地区和人群HDV cDNA的筛选、克隆及抗原编码区基因异质性的分析

为研究我国不同地区不同人群中ＨＤＶ毒株的感染分子特征,从我国河南、内蒙、北京、四川、广西、西藏、新疆、辽宁、上海等地的ＨＤＶ健康携带者、慢性丁肝病人与重症肝炎病人中筛选获得１０余份ＨＤＶ－ＲＮＡ阳性血清。经逆转录一多聚酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）交叉扩增获得ＨＤＶ抗原编码区的ｃＤＮＡ片段并克隆到ＰＧＥＭ－３Ｚｆ（－）或ＰＧＥＭ－Ｔ载体上,经序列分析研究其基因结构特点,结果表明：中国的ＨＤＶ毒株基因型均为Ⅰ型,但至少存在ⅠＡ、ⅠＢ两个亚型,ＨＤＶ毒株在不同地区间存在异质性,其中河南－１、－２、－３株及新疆株与台湾株同源性较高（核苷酸与氨基酸同源性分别大于９２．１％与８６．９％）．当为ⅠＡ型;内蒙－１、四川、广西、西藏－１、辽宁、北京株与美国－１株同源性较高（核苷酸与氨酸同源性分别大于９４．３％与８８．８％）,当为ⅠＢ亚型;上海株与意大利株的核昔酸同源性最高,为９８．１％。研究证明我国新疆、内蒙、西藏等地区抗ＨＤ阳性率比其他省市高并不是由于存在其他基因型所致。