目的Ribozyme两侧长片段附加序列（LAS）的去除及其转录载体构建

选择小鼠腺苷脱氨酶ｍＲＮＡ特异Ｒｉｂｏｚｙｍｅ做为目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ（Ｒｚ）,在目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ两侧分别设计５＇－顺式Ｒｚ和３＇－顺式Ｒｚ,在目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ上设计ＢａｍＨＩ酶切位点,并构建了上述Ｒｉｂｏｚｙｍｅ转录载体ｐＳＣＲｚ２６２,采用该质粒进行体外转录,并对转录靶ＲＮＡ分子进行了切割反应。结果显示ｐＳＣＲｚ２６２在转录过程中发生了自身切割,并释放出目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ－Ｒｚ２６２,该目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ不但去除了两侧长片段附加序列,而且保持了正确的生物学活性,通过ＢａｍＨＩ切点的设计简化了该质粒的筛选。     

目的Ribozyme两侧长片段附加列（LAS）的去除及其转录载体构建

选择小鼠腺苷脱氨酶ｍＲＮＡ特异Ｒｉｂｏｚｙｍｅ做为目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ（Ｒｚ）,在目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ两侧分别设计５－顺式Ｒｚ和３－顺式Ｒｚ,在目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ上设计ＢｍＨＩ酶切位点,并构建了上述Ｒ８ｂｏｚｙｍｅ转录载体ｐＳＣＲｚ２６２,采用该质粒进行体外转录,并对转录靶ＲＮＡ分了进行了切割反应,结果显示ｐＳＣＲｚ２６２在转录过程哪生了自身切割,并释放出目的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ－Ｒｚ２６２,该目的     

人造Ribozyme

人造Ｒｉｂｏｚｙｍｅ“ＲＮＡ世界”的假说认为,生命所需的所有化学反应可由ｒｉｂｏｚｙｍｅ催化。但自然界中ｒｉｂｏｚｙｍｅ种类很少,催化速率比蛋白质酶慢很多很多。于是,科学家就想制造有新功能的ｒｉｂｏｚｙｍｅ。１９９３年,美国的ＤａｖｉｄＰ．Ｂａｒｔｅ...     

Ribozyme—具有催化功能的RNA

简要介绍了一类具有酶功能的ＲＮＡ物质（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ），及Ｒｉｂｏｚｙｍｅ在科研和各方面的重要作用。     

Rib9ozyme在基因治疗中的研究进展

８０年代嫁妆 ，由美国科学家Ｃｅｃｈ和Ａｌｔｍａｎ发现了Ｒｉｂｏｚｙｍｅ（核酶），随着人类基因工程研究的深入，部分临床实验室工作者和基础科学研究人员开始注意到Ｒｉｂｏｚｙｍｅ在基因治疗中的应用潜力。近几年来，人们利用Ｒｉｂｏｚｙｍｅ可以特异性地切靶ＲＮＡ序列的特点，设计适合的Ｒｉｂｏｚｙｍｅ阻断特定基因的表达，相继对艾滋病、肿瘤、生殖系统疾病、肝炎、白血病、移植排斥反应等疾病进行了大量研究。试验结     

蛋白质共进化分析研究进展

一些对蛋白质活性很重要的残基在进化过程中是高度保守的,另有一些残基通过共进化来维持蛋白质结构和功能上的稳定。由于共进化残基分析可在未知蛋白质结构时,仅依据序列推断残基间的相互作用,因此在蛋白质结构和功能预测上具有重要的研究意义。当前分析共进化残基的方法主要有基于相关系数的方法、基于微扰理论的方法、参数检验法等。然而,由于存在蛋白质系统进化的背景干扰,目前共进化残基分析的精度仍有待进一步提高。本文概述了蛋白质共进化分析的方法及其研究进展,并对其发展趋势进行了预测。     

体内连续进化——从噬菌体到真核基因组的进化故事（英文）

进化是生物多样性产生和保留的自然进程。通过对编码蛋白质的基因进行有目的地设计和改造,获得性能更优异的蛋白质用于生产生活,是蛋白质工程的目的所在。为了在实验室中通过定向进化的蛋白质工程模拟自然进化的实现过程,研究人员通过在快速增殖的原核生物和简单的真核生物中引入靶向诱变元件,建立了各种体内连续进化系统。本综述介绍了体内连续进化平台的现状,重点关注噬菌体和酵母中人工进化技术的研究进展,并对其在生物技术领域中的成功应用进行了总结,最后简要展望了体内连续进化这一新兴领域的发展方向。     

核酶（Ribozyme）在剪切病毒核酸中的应用

核酶（Ｒｉｂｏｚｙｍｅ）在剪切病毒核酸中的应用陈士友,金由辛（南京农业大学动物医学系,南京２１００９５）（中国科学院上海生化研究所,上海２０００３１）ＲｉｂｏｚｙｍｅＵｓｅｄｉｎＣｌａｖｉｎｇＮｕｃｌｅｉｃＡｃｉｄｏｆＶｉｒｕｓ￥ＣｈｅｎＳｈｉｙｏｕ...     

脊椎动物血浆蛋白质的进化

分子生物学的迅猛发展,使我们有可能从分子水平来探讨生物进化这一经典命题。分子进化遂成为进化生物学中的一个新的研究领域。脊椎动物血浆中有数百种蛋白质,依据其一级结构的类似性可划分为仅仅几个家族。蛋白质的进化主要涉及到基因复制(包括加倍)和外显子改组。对不同种属同一种蛋白质的氨基酸排列顺序的比较,可以给出一些有关蛋白质进化的知识。这方面业已取得的成就极大地推进了进化生物学的发展。     

丝氨酸蛋白酶超家族分子结构进化研究

采用刚体结构比较法进行蛋白质的结构比较,根据结构比较分数构建分子进化树, 研究丝氨酸蛋白酶超家族分子的进化规律。对分子进化树进行了一些初步分析,得到了一些有意义的结果。根据蛋白质的进化,可以比较精确的确定某物种的进化地位,对于物种的分类具有重要意义。通过对超家族分子进化的研究可以了解蛋白质超家族不同蛋白质之间的亲缘关系和蛋白质之间的进化差异,对于蛋白质工程分子设计提供帮助,对蛋白质结构预测具有一定意义     

蛋白质进化

《蛋白质进化》(ＰｒｏｔｅｉｎＥｖｏｌｕｔｉｏｎ)由Ｌ偄ｓｚｌ幃Ｐａｔｔｙ编著 ,1999年ＢｌａｃｋｗｅｌｌＳｃｉｅｎｃｅＬｔｄ出版 ,2 2 8页。　　随着基因和蛋白质测序信息的大量涌现 ,使分子和进化生物学发生了革命性变化 ,导致基因组学研究的迅速发展。新的基因 /蛋白质功能的可靠预测 ,需要对基因组和蛋白质测序信息进行复杂的计算分析 ,揭示出控制蛋白质结构和功能进化的原理。　　本书的目的是提供蛋白质进化原理的最新概述 ,并讨论可用于分析蛋白质进化史和预测构效关系的方法。蛋白质进化$上海文献情报中心@朱根娣 @赵泳根…     

蛋白质体外进化建库技术研究

蛋白质体外进化技术是蛋白质工程发展的一个里程碑,也是改造蛋白质的一种有效工具。它不仅具有重要的应用价值,而且有助于蛋白质结构与功能的研究。通过蛋白质体外进化技术已成功地改造了许多蛋白质,有些已应用于工农业生产。体外进化技术分为两步:建库和筛选。本文主要对蛋白质体外进化策略及对体外随机突变技术、DNA重组技术、利用活细胞自身修复系统构建突变文库等几种定向进化突变文库建立技术进行了介绍与论述,同时还对蛋白质体外进化技术的应用及与其它学科结合的研究前景进行了分析,为获得具有改进功能或全新功能的蛋白质提供理论基础。     

哺乳动物锌指蛋白家族中KRAB功能域的进化

KRAB锌指基因是哺乳动物中最大的转录调控因子家族,它的多数成员在基因组上成簇分布,具有五种不同的亚家族,在功能行使上承担着不同的作用。本文通过对人类、黑猩猩、小鼠、大鼠和狗五种哺乳动物全蛋白质组序列及mRNA组织表达谱分析,验证了C2H2锌指结构在单个KRAB蛋白质中出现的数目多于一般锌指蛋白质;KRAB功能域在各物种中分布显著不同且与分化时间不成正比,这表明KRAB相关功能域多样性在灵长类进化过程中潜在的适应性进化。同时,提出KRAB亚家族进化的路线：即KRAB—Aa为起始家族,Ba由Aa直接演变形成,而Ca,blonga和XRCC-Z种亚型可能经过Ba或直接从Aa演变形成;此外,锌指结构在单个蛋白质中出现个数伴随KRAB功能域自身的进化路线逐渐递增,反映了KRAB功能域在形成新转录调控因子方面的积极作用。     

蛋白质的图式及其辨认

蛋白质是由有限种图式的构件组成的,其中大多数图式参与蛋白质分子的一般折叠,另外一些在催化作用和配体结合中有重要意义。后一种常被分子生物学家用作蛋白质指纹,来推断未知蛋白的功能,所以这种图式又称为功能图式。这种功能图式可以作为蛋白质超族的标记,超族的成员由同一祖先分岔而成,逐渐丧失同一性,只剩下了最重要的共同功能区域。此功能图式也可以是会聚进化的结果,能在非相关蛋白中出现。目前,人们还很难区分是分岔进化还是会聚进化。而且,没有普适的图式指纹,例如许多不同的ATP结合蛋白(例如     

基于新杂合进化算法的蛋白质折叠计算

蛋白质能量最小化是蛋白质折叠的重要内容。用于蛋白质折叠的新的杂合进化算法结合了交叉和柯西变异。基于toy模型的蛋白质能量最小化算例表明,这个新的杂合进化算法是有效的。     

蛋白质相互作用网络进化分析研究进展

近年来,随着高通量实验技术的发展和广泛应用,越来越多可利用的蛋白质相互作用网络数据开始出现．这些数据为进化研究提供了新的视角．从蛋白质、蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络五个层次,综述了近年来蛋白质相互作用网络进化研究领域的主要进展,侧重于探讨蛋白质相互作用、模体、模块直到整个网络对蛋白质进化的约束作用,以及蛋白质相互作用网络不同于随机网络特性的起源和进化等问题．总结了前人工作给学术界的启示,探讨了该领域未来可能的发展方向．     

无序蛋白质的判定及其结构、功能和进化特征

固有无序蛋白质(intrinsically disordered proteins,IDPs)是天然条件下自身不能折叠为明确唯一的空间结构,却具有生物学功能的一类新发现的蛋白质.这类蛋白质的发现是对传统的"结构-功能"关系认识模式的挑战.本文首先总结了无序蛋白质的实验鉴定手段、预测方法、数据库;并介绍了无序蛋白质结构(包括一级结构、二级结构、结构域无序性及变构效应)和功能特征;然后重点总结了无序蛋白质在进化角度研究的进展,包括无序区域产生的进化机制、进化速率,蛋白无序性的进化在蛋白质功能进化及生物学复杂性增加等方面的重要作用;最后展望了无序蛋白质在医药方面的应用前景.本文对于深入认识无序蛋白质的形成机制、结构和功能特征及其潜在的临床应用前景具有重要意义.     

蛋白质体外表达与进化技术

蛋白质体外表达与进化技术包括核糖体展示技术和mRNA展示技术。与蛋白质体内表达系统相比,体外表达技术可产生较大容量的蛋白质文库（约10^12～10^13左右）,同时在回收编码蛋白质的信息时对文库进行了进化,增加了蛋白质文库的多样性,促进了抗体或配体类蛋白质的亲和成熟能力。该文介绍了蛋白质体外表达技术在新蛋白质（如抗体或配体等）表达筛选中的应用。     

基于结构的单绕蛋白聚类图构建与分析

蛋白质分子进化规律研究是分子进化研究的重点,对揭示生命起源与进化机制有重要意义。本文对已知空间结构及物种信息的单绕蛋白,利用结构比对信息,构建了不同层次单绕样本系统聚类图。分析发现:功能相似蛋白存在明显聚集现象,同一超家族样本基本聚在一个大支中,同一家族样本集中在所属超家族下的小支中,功能约束下单绕样本聚类图与物种进化图有较好对应关系。结果表明:单绕蛋白的结构演化反映了蛋白质功能的约束,特定功能单绕样本的结构差异具有种属特异性,结构演化包含了物种进化信息。     

核酸资料在植物系统与进化研究中的意义

对系统与进化学家来说,化石的作用是十分重要的,但目前普遍缺乏化石材料。在这种情况下,比较形态解剖学发挥了很大作用,但这类方法不能获得进化的时间尺度。近年来,分子钟(molecular clock)概念的出现使分子生物学为系统与进化的研究提供了新的工作方法。这种方法是基于核酸的碱基顺序及蛋白质的氨基酸顺序的变化速率的稳定性。由于在亿万年的进化历程中,核酸顺序和蛋白质顺序的变化相当缓慢,所以这些遗传语言(demantides)