基于暴露分析与关键控制点方法对医院开展严重急性呼吸综合征冠状病毒2型检测的可行性研究

评估2019新型冠状病毒病暴发期间在医院开展严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)核酸检测的可行性,为最终在医院开展核酸检测提供参考。熟悉暴露分析和关键点控制(exposure analysis and critical control points,EACCP)工作框架的专业人员在基于医院现实条件下,对SARS-CoV-2检测过程中可能的感染暴露风险和途径进行梳理,建立整个检测流程,验证在配备有发热门诊的医院开展的可行性,并明确降低暴露风险的关键控制点。高风险是在发热门诊标本的采集和灭活处理,中风险是未灭活标本的储运,低风险是灭活标本的储运和检测。优化检验流程能降低检测过程中感染暴露风险,对于高风险的操作,可在生物安全二级实验室(发热门诊或移动采集点等)和相应的安全防护等级下进行操作; EACCP分析方法可用于新发感染性疾病暴发期间的管理。     

2020年湖北省襄阳市601份冷冻食品新冠肺炎病毒检测结果分析

自新冠疫情暴发以来,食品或其包装袋不断被检测出新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸阳性,均与冷冻生鲜相关。为评估SARS-CoV-2污染冷冻食品的风险,本研究采集湖北省襄阳市各大商超、批发市场和餐饮企业的601批次冷冻食品进行新型冠状病毒核酸检测,分析国内外不同品种和不同经营场所的冷冻食品的新型冠状病毒核酸检测结果。结果显示,该601批次的冷冻食品的新型冠状病毒核酸检测结果全部为阴性。本研究提示,襄阳市的冷冻食品被SARS-CoV-2污染的风险较低,其作为SARS-CoV-2传染源的可能性较小。     

胶体金免疫层析法检测新型冠状病毒IgM/IgG抗体的临床评价与应用

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染暴发流行已成为全球公共卫生事件,急需快速有效的现场诊断试剂。为探讨SARS-CoV-2病毒IgM/IgG抗体胶体金免疫层析法检测效果及临床应用价值,本研究选取304例新冠肺炎临床诊断病例、114例SARS-CoV-2核酸检测阴性的正常人(138)及其他发热伴呼吸道症状病例(64),采用胶体金法对采自上述病例的血浆或血清标本进行IgM和IgG抗体检测,并选取部分病例进行了全血和血浆或血清标本的检测同源性比较,进一步对304例临床诊断病例的病毒核酸、IgM/IgG抗体的时间分布进行了分析。结果显示,304临床诊断病例中,SARS-CoV-2核酸检测阳性病例为105例,胶体金法检测SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体的敏感性分别为76.2%(80/105)和86.6%(91/105),IgM/IgG抗体阳性总体符合率为96.1%(101/105);核酸、抗体均为阴性者为73例;其余126例临床诊断病例中,IgM阳性率为69.2%(87/126),IgG阳性率为98.3%(125/126),IgM/IgG总体符合率为100%(126/126)。健康人和其他发热病人中,IgM和IgG检测特异性分别为99%(200/202)和98%(198/202)。同源全血与血浆或血清标本抗体检测结果的总符合率为99%,显示两者具有高度一致性。本研究提示,胶体金法检测SARS-CoV-2抗体有较好的敏感性及特异性,可用于临床辅助诊断和流行病学调查等,具有较广泛的应用场景,在新冠肺炎疫情防控中具有一定的应用价值。     

COVID-19确诊病例居住环境病毒检测结果分析及防控探讨

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)传播速度快、感染范围广,其感染方式主要是聚集性感染,感染途径主要是呼吸道飞沫和接触传播。了解环境中,特别是COVID-19确诊病人生活环境中的病毒存在情况,是做好环境消毒,阻断新型冠状病毒(SARS-CoV-2)传播的重要步骤,对COVID-19防控具有重要意义。本研究旨在探讨COVID-19患者生活环境中SARS-CoV-2的存在情况,从SARS-CoV-2存在的空间部位、病毒核酸含量、消毒效果等方面对SARS-CoV-2的相关特点做出初步研究,为制定有效的SARS-CoV-2防控措施提供科学依据。本研究以COVID-19病例治疗前的3个家庭居住环境和治疗出院后隔离期间的2个宾馆居住环境中采集的样本为研究材料,采用RT-PCR方法检测样本中的SARS-CoV-2核酸并进行比较分析。结果显示,首次从3个家庭环境中采样48份,RTPCR检测SARS-CoV-2核酸阳性5份(10.42%),3个家庭的环境样本中均有阳性样本检出。首次采样48h后在家庭3进行第二次采样16份,SARS-CoV-2核酸检测阳性2份(12.5%),检测Ct值比首次升高。家庭3消毒后24h采集的16份样本SARS-CoV-2核酸检测均为阴性,并且两处宾馆环境采集的24份样本SARS-CoV-2核酸检测也均为阴性。本研究提示,COVID-19病例的生活环境中可以检出SARS-CoV-2,病毒存在区域、存在物品、病毒核酸含量均有差异;对外环境进行消毒可以达到消毒目的,能够起到阻断SARS-CoV-2传播的防控效果。     

我国部分地区犬冠状病毒感染状况调查

本研究旨在调查新冠疫情期间我国部分地区犬新型冠状病毒(SARS-CoV-2)以及犬冠状病毒(CCoV)感染状况。从14个城市的动物医院收集表现为呼吸道症状和或腹泻症状的犬的鼻拭子和直肠拭子样品,RTPCR检测样品是否存在SARS-CoV-2和CCoV核酸。结果显示,206只犬鼻拭子和直肠拭子样品均未检出SARS-CoV-2,24只犬检出CCoV,阳性率为11.65%,以犬肠道冠状病毒(CECoV)感染为主(19/24),CECoVⅠ和Ⅱ型均在我国流行。CECoV的M基因序列与人α冠状病毒属病毒相似性为47.3-61.3%,犬呼吸道冠状病毒(CRCoV)的M和N基因的部分基因序列与人β冠状病毒属病毒相似性为9.2%-46.2%。结果说明,新冠疫情期间,我国14个城市动物医院就诊犬未感染SARS-CoV-2,CCoV与SARS-CoV-2亲缘关系较远,表现呼吸道和消化道症状的犬应高度关注CCoV感染。     

新型冠状病毒肺炎感染病例中鼻咽拭子与咽拭子标本的病毒核酸检验结果分析

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)主要通过飞沫和密切接触传播,传染性强,目前在全球蔓延,给人的身体健康及世界公共卫生安全造成了严重的损害。病毒核酸检验是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)病例确诊的金标准。本研究分别采集武汉江夏方舱医院67例确诊为COVID-19病例的鼻咽拭子与咽拭子标本送检,进行SARS-CoV-2核酸检验。其中28例患者鼻咽拭子病毒核酸呈阳性,13例患者咽拭子病毒核酸呈阳性,26例患者鼻咽拭子与咽拭子病毒核酸均为阴性。本研究结果提示,鼻咽拭子送检标本病毒核酸检验结果优于咽拭子标本(P<0.05)。     

用于新型冠状病毒检测的核酸等温扩增技术研究进展

核酸检测作为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)筛查诊断和病情监测的主要手段,在疫情防控中发挥了重要作用。虽然实时荧光定量PCR被认为是新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的金标准,但其依赖荧光定量PCR仪且扩增检测时间较长,难以实现现场快速检测。因此许多基于核酸等温扩增的SARS-CoV-2检测方法相继诞生。等温扩增对仪器温控要求不高,通过与微流控芯片和可视化检测技术结合,可进一步简化操作、降低成本,为SARS-CoV-2现场快速筛查提供有力的技术支撑。本文围绕已报道的SARS-CoV-2等温扩增检测方法原理、检测性能及优缺点进行探讨,为进一步发展SARS-CoV-2现场快速检测平台提供参考。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测技术

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的迅速传播,导致了新冠肺炎(COVID-19)的全球大流行。COVID-19给世界各国的经济发展和健康生活带来了巨大影响,已成为全球公共卫生关注的核心问题。控制COVID-19大流行的一种有效策略是开发快速识别和隔离SARS-CoV-2感染者的高精度方法。因此,本文总结了SARS-CoV-2病毒核酸检测的技术方法、标本类型和质量控制,对比了各种核酸检测技术的优势和不足及其研究进展和应用,分析了标本和质量控制对检测结果的影响,以期为未来的发展趋势与面临的挑战提供思路。     

新型冠状病毒突变株Omicron核酸检测的TaqMan探针设计

Omicron（奥密克戎）作为最新的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）突变株，其带有大量的突变位点，且突变位点主要位于S蛋白上，这不仅会增加再次感染病毒的风险，同时也会大幅降低疫苗和抗体疗法的的效果。Omicron携带的突变虽不影响国内现使用的核酸检测试剂，但这些检测试剂不能有效地鉴别出Omicron突变株。本研究通过对Omicron以及其他SARS-CoV-2突变株的基因序列进行分析，设计了能特异性检测Omicron突变株的TaqMan探针。同时，该探针可与现有的核酸检测体系进行结合，实现SARS-CoV-2核酸检测和Omicron突变株鉴别的双重功能。     

41例新型冠状病毒肺炎患者血清抗体检测分析

目的比较新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)不同临床分型患者血清中新冠病毒(SARS-CoV-2)特异性IgM和IgG抗体的差异和不同时期的浓度变化,并以抗体水平变化判断核酸复阳是否为二次感染。方法选取2020年2—3月南华大学附属南华医院收治的41例COVID-19患者,共收集其患病15-65天血清标本126份;作为对照,同时选取91例发热门诊核酸检测阴性患者采集血清各1份。采用化学发光免疫分析法(chemiluminescence immunoassay, CLIA)检测血清中新冠病毒IgM和IgG抗体水平,经组间t检验和Mann-Whitney U检验对抗体浓度变化进行统计学分析。结果无症状感染者IgM和IgG抗体平均浓度高于阴性对照组,低于普通型和重型患者,差异均具有统计学意义(P0.05);普通型患者IgM和IgG抗体浓度均低于重型患者,IgM抗体差异有统计学意义(P0.05),但IgG抗体差异没有统计学意义(P=0.06);COVID-19患者急性期的IgM和IgG抗体浓度均高于康复期,差异均有统计学意义(P0.05)。复阳后,患者体内IgM和IgG抗体浓度没有增加,持续下降。结论 COVID-19患者的SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体浓度,依无症状感染、普通型、重症型患者临床类型逐次升高,康复期逐渐降低,但大部分体内仍存在较高水平的IgG抗体。核酸复阳之后的SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体浓度并未增高,说明未发生二次感染。     

SARS-CoV-2与SARS-CoV:病原学、流行病学、临床与病理

2019年12月在武汉暴发了由SARS-CoV-2感染引起的新型冠状病毒肺炎(Coronavirus disease 2019,COVID-19),并迅速扩散至全国.SARS-CoV-2和SARS冠状病毒(SARS-CoV)都属于套式病毒目、冠状病毒科、冠状病毒属中的SARS相关冠状病毒种,本文总结了两者在来源、病毒结构、流行病学、临床表现和病理学特征等方面的差异,以期更全面认识SARS-CoV和SARS-CoV-2,为COVID-19的防治研究提供帮助.     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2的预存免疫

新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)由严重急性呼吸综合征冠状病毒2 (severe acute respiratory syndrome-coronavirus 2, SARS-CoV-2)感染引起,临床表现多样。近来,在未感染SARS-CoV-2的人群检测出了SARS-CoV-2特异性记忆CD4~+、CD8~+ T细胞和能识别SARS-CoV-2的抗体,这揭示了人群中存在SARS-CoV-2的预存免疫。这种预存免疫可由4种人冠状病毒(human coronavirus, HCoVs)感染诱导。这些HCoVs是季节性感冒的致病因子,其抗原表位和SARS-CoV-2有广泛的同源性。HCoV诱导的SARS-CoV-2的预存免疫可影响SARS-CoV-2感染的发生和COVID-19症状的轻重。该发现有助于SARS-CoV-2感染的血清学检测方法的改进和SARS-CoV-2疫苗的升级换代。     

严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2感染/疫苗接种引起的免疫印记

先前发生的病毒感染或疫苗接种引起的免疫应答,强烈影响机体对该病毒后续暴露的免疫应答,这种现象被称为免疫印记。免疫印记也可出现在感染严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)或接种SARS-CoV-2疫苗的个体。发生了免疫印记的个体对再次遇到的完全相同的SARS-CoV-2毒株发动更强的免疫反应,而对新暴露的SARS-CoV-2变异株仅能发动微弱的免疫反应。免疫印记是SARS-CoV-2变异株在以前感染SARS-CoV-2或接种SARS-CoV-2疫苗的人群形成突破感染的一个不可忽略的原因。克服免疫印记是研制能预防未来SARS-CoV-2突变株感染的SARS-CoV-2疫苗的迫切任务。     

新型冠状病毒N蛋白单克隆抗体制备及双抗体夹心ELISA抗原检测方法的建立

由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染引起的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）自暴发以来,严重威胁着人类健康。建立一种快速、可靠、易操作的可用于SARS-CoV-2感染早期诊断的检测方法,对于疫情防控至关重要。SARS-CoV-2核衣壳蛋白（Nucleocapsid protein,NP）是抗原检测的理想靶点。为了建立一种可快速对SARS-CoV-2 NP进行定量检测的诊断方法,本研究通过免疫山羊制备羊抗SARS-CoV-2多克隆抗体并作为包被抗体,通过杂交瘤细胞技术制备鼠抗NP单克隆抗体并作为检测抗体,建立了双抗体夹心ELISA抗原检测方法。对反应条件进行优化,并验证其线性范围及检测下限、敏感性、特异性、稳定性及准确度。结果显示,建立的方法检测线性范围为1 000 ng/mL～7.8 ng/mL,R2>0.99,检测下限为3.9 ng/mL;敏感性为96.875%,特异性良好,与Vero细胞、SARSCoV-2刺突蛋白、流感病毒等不发生交叉反应;批内和批间变异系数分别为2.1%～11.7%和4.3%～11.8%;检测样品回收率在94.3%～104.8%之间。结果表明,该方...     

对24例宠物临诊病例检测未发现新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸阳性

2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是一种在人体中新发现的冠状病毒,来源于野生动物。SARS-CoV-2属于冠状病毒科β冠状病毒属,而感染宠物犬猫类的冠状病毒主要来自α冠状病毒属。SARS-CoV-2是否感染犬、猫等宠物是当前抗击新冠肺炎疫情的重要公共卫生问题,也是大众关切的热点问题之一。本研究试图通过对有明晰腹泻和呼吸道症状的宠物犬和猫进行病原学检测,来阐明SARS-CoV-2是否感染宠物的科学问题,探究腹泻和呼吸症状宠物感染的普遍病因。本研究采用SARS-CoV-2的荧光定量PCR试剂和已经建立的诊断方法,对SARSCoV-2流行期间北京地区有腹泻和呼吸道症状的(特别是有发烧、严重咳嗽症状)临床宠物猫病例(20例)和宠物犬病例(4例)采集咽拭子,并进行SARS-CoV-2核酸荧光定量PCR检测和犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)、犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)、犬腺病毒Ⅱ型(Canine adenoviru-2,CAV-2)、犬副流感病毒(Canine parainfluenza virus,CPIV)、猫疱疹病毒I型(Feline herpesvirus-1,FHV-1)及猫杯状病毒(Feline calicivirus,FCV)、支原体(Mycoplasma,MY)及衣原体(Chlamydophila,CPS)等病原的检测。结果表明,所有样本SARS-CoV-2均为阴性,但分别存在其它病原感染。     

关于新型冠状病毒动物宿主和动物感染的研究进展

新型冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2）是一种全新的病毒,是继严重急性呼吸综合征冠状病毒（Severe acute respiratory syndrome coronavirus, SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（Middle East Respiratory Syndrome Syndrome Coronavirus, MERS-CoV）之后引起人类大范围感染的第三种冠状病毒。目前不少研究提示SARS-CoV-2可能来源于动物,动物在疫情的发生与传播过程中起着重要作用。这篇综述总结了目前关于SARS-CoV-2动物宿主和动物易感性的最新研究进展。现有研究提示,SARS-CoV-2很可能起源于蝙蝠,穿山甲是中间宿主。恒河猴,水貂、白尾鹿,动物园里的老虎、狮子,以及宠物猫、狗等动物可能在暴露后发生SARS-CoV-2感染,此外实验室动物感染实验也证明了一些动物对SARS-CoV-2易感,提示下一步需要加强对动物宿主中的SARS-CoV-2监测,为病毒溯源、变异进化规律与传播机制分析...     

对775份毛皮动物样品检测未发现新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸阳性

目前,2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)在我国各地暴发和流行,但其主要来源尚不清楚。曾有报道称该病毒来源于野生动物,如蝙蝠。而有关SARS-CoV-2在我国北方地区人工养殖的水貂、狐狸和貉等毛皮动物中的溯源性研究尚未见报道。本研究收集2016～2019年吉林、黑龙江、辽宁、河北和山东5个省份14个地区的不明原因死亡的水貂、狐狸和貉的625份组织样品,以及2019年8～12月在吉林省采集的水貂、狐和貉的150份粪便样品,通过WHO推荐的Real-time RT-PCR检测方法对上述组织及粪便样品中SARS-CoV-2进行检测。结果显示,上述775份样品中SARS-CoV-2核酸检测结果均为阴性。     

关于重庆地区在治疗后的“新冠”病人粪便中发现2019新型冠状病毒核酸阳性的病例报告

2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)引起的肺炎(以下简称"新冠"),已经迅速席卷全国并传播到全球20多个国家。目前确诊依据为患者呼吸道标本中2019-nCoV核酸检测结果阳性;而患者症状消失,且间隔24 h连续2次呼吸道标本2019-nCoV核酸检测阴性为出院标准。作者对近期重庆市某医院收治的27例新冠病人的呼吸道及粪便标本采用RT-PCR方法进行连续多次2019-nCoV核酸检测。结果显示,6例患者粪便标本2019-nCoV核酸检测呈阳性,其中有2例呼吸道标本2019-nCoV核酸未检出,提示标本类型影响核酸检测的阳性率。综上所述,新冠病人不同类型的标本核酸检测结果一致性有差别,还需要开展更多更深入的研究以揭示该疾病在不同进程阶段核酸检测结果的规律。     

新型冠状病毒快速检测研究进展

当前全球大流行的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染的一种高传染性肺炎,其通过呼吸道飞沫、气溶胶、直接或间接接触、粪口传播或者冷链运输等途径在人群中进行传播,处在潜伏期或尚无明显症状的患者也具备传染他人的能力。SARS-CoV-2是一种有包膜的单股正链RNA病毒,拥有线性RNA片段,每个病毒粒子直径为60～140 nm。与其他冠状病毒相似,SARS-CoV-2主要包括4种结构蛋白,即：刺突蛋白(S)、膜蛋白(M)、包膜蛋白(E)和核衣壳蛋白(N)。迄今为止,基于病毒结构基础和病原学特点开发出了多种检测SARS-CoV-2的方法,为疑似COVID-19患者的确诊和疫情防控提供了有力的保障。简要介绍了SARS-CoV-2的病原学特征,并综述了核酸检测、免疫学检测和新型生物传感器等最新检测方法的研究进展,以期为COVID-19的早期诊断与防控提供帮助。     

丽水市早期新冠肺炎无症状感染者SARS-CoV-2全基因组序列分析

对1例新型冠状病毒肺炎疫情流行早期的无症状感染者临床标本进行SARS-CoV-2实验室鉴定和全基因组测定,在分子水平了解新型病毒的基因特点和变异情况,追溯病毒潜在来源.实时荧光定量PCR扩增丽水市庆元县首例确诊患者密切接触者的痰液标本SARS-CoV-2核酸,阳性RNA逆转录为cDNA构建文库后进行基于NGS的宏基因组深度测序,生物学软件分析处理数据.该密接无任何症状及体征,痰液标本SARS-CoV-2核酸阳性.测序数据包含有足够的病毒序列,组装成功后hCoV-19/Lishui/LS556/2020长29 887bp,G+C含量37.99％,在ORF1ab和N区域发现4个SNP,对应1个错义突变和3个同义突变.LS556与SARS-CoV-2参考序列核苷酸/氨基酸同源性在99.2％/97.4％以上,不同序列之间存在4～17个核苷酸差异,与蝙蝠病毒RaTG13核苷酸差异仅3.7％,存在1141个SNP,与穿山甲病毒Guangdong/1相似性90.9％.LS556属于β冠状病毒Lineage B谱系,与LS003和ZJU-06共享完全相同的病毒,与蝙蝠/穿山甲冠状病毒进化上最相关.结合流行病学、核酸诊断、病毒溯源判定其为无症状感染者.LS556组成和结构符合SARS-CoV-2典型的基因特征,为高覆盖率序列,在流行早期与其他SARS-CoV-2基因组具有高度的同一性,突变率保持在较低水平,多数导致氨基酸位点保守置换.