冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。     

基于16S rDNA技术研究隔药饼灸对高脂血症兔肠道菌群属水平的影响

目的 研究隔药饼灸对高脂血症兔属水平肠道菌群的作用，筛选相关菌属。方法 将24只兔按随机数表法分为正常组、模型组和隔药饼灸组，每组8只；干预12周后，观察TC、TG、LDL-C水平的变化，采用16S rDNA高通量测序技术分析属水平菌落差异。结果 与模型组比较，隔药饼灸组兔血清LDL-C、TG、TC水平均下降（均P<0.05）。隔药饼灸组肠道菌群结构发生改善，un＿f＿Muribaculaceae、un＿o＿Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度均显著提高（均P<0.05），毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度均降低（均P<0.05）。结论 隔药饼灸能改善异常血脂及调整菌群结构，可能与上调un＿f＿Muribaculaceae、un＿o＿Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度，降低毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度有关。     

采用高通量测序技术 研究抗生素对小鼠肠道菌群的影响

目的探讨不同浓度抗生素对小鼠肠道菌群多样性和结构的影响,并预测相关功能变化。方法 15只SPF级ICR小鼠随机分为正常组、低浓度抗生素组和高浓度抗生素组,连续灌胃5 d后,采集小鼠新鲜粪便样本。利用Illumina MiSeq测序平台,对细菌的16S rRNA V3-V4区进行高通量测序,并对测序的结果进行生物信息学分析。结果高、低浓度抗生素组小鼠肠道菌群组成与正常组存在明显差异。与正常组相比,高剂量组小鼠肠道肠球菌属、志贺埃希菌属相对丰度显著升高(t=-2.71,P=0.026;t=-2.30,P0.05);分节丝状菌属、拟普雷沃菌属相对丰度显著降低(t=2.88,P=0.020;t=2.49,P=0.037),理研菌属极显著降低(t=3.79,P=0.005)。低剂量组小鼠肠道菌群变形菌纲成为优势菌,芽胞杆菌属、粪球菌_2、苏黎世杆菌属、普雷沃菌属_2、普雷沃菌属_7、志贺埃希菌属、沙雷菌属和放线菌属等相对丰度显著升高(均P0.05);梭杆菌属、泛菌属极显著升高(t=-3.19,P=0.013;t=-3.50,P=0.008);分节丝状菌属、理研菌属相对丰度显著降低(t=2.69,P=0.028;t=2.33,P=0.048)。PICRUSt功能预测分析显示,抗生素组显著增加人类疾病、细胞过程和环境信息处理功能层的基因拷贝数,显著降低有机系统、遗传信息处理和代谢功能层的基因拷贝数。结论广谱抗生素能破坏小鼠肠道的微生态平衡,有必要深入研究抗生素对心血管、免疫性、感染性及神经退行性疾病发展的潜在作用。     

高脂饮食中添加短链菊粉对小鼠肠道菌群的影响

目的:探究高脂饮食中添加短链菊粉对小鼠肠道菌群的影响。方法:选择8周龄雄性小鼠,5只喂食高脂饲料,5只喂食10%菊粉复合型高脂饲料,喂食8周后收集小鼠粪便,检测小鼠粪便中三种主要的短链脂肪酸。同时,提取小鼠粪便中的细菌基因组,对菌群基因组16S rRNA基因V4高变区进行测序,对数据进行PCoA分析、Alpha多样性分析、LEfSe分析和16S功能预测。结果:菊粉添加后,小鼠粪便中含有的细菌DNA量增多,短链脂肪酸增加。菊粉组和对照组PCoA图可以看到明显聚类。菊粉组物种多样性低于对照组。菊粉组小鼠粪便中S24_7菌科丰度上升;Lachnospiraceae(毛螺菌科),Ruminococcaceae(瘤胃菌科)和Deferribacteraceae(脱铁杆菌科)丰度下降。16S基因功能预测发现22个第二层级的KEGG通路发生变化。结论:高脂饮食情况下短链菊粉的添加会改变小鼠肠道菌群,继而影响肠道菌群的功能。     

乳腺炎小鼠肠道菌群改变 及与炎性因子的相关性分析

目的采用高通量测序技术分析乳腺炎小鼠肠道菌群的丰度特征与组织炎性因子的关系。方法选用24只泌乳10 d的昆明雌鼠,随机分成4组(每组6只):健康对照组、低剂量攻菌组(含金黄色葡萄球菌10~3 CFU/25μL)、中剂量攻菌组(含金黄色葡萄球菌10~4 CFU/25μL)和高剂量攻菌组(含金黄色葡萄球菌10~5 CFU/25μL)。用非损伤方法经乳头管分别注入不同浓度的金黄色葡萄球菌悬浊液于小鼠的第4对(腹部)乳腺内。观察小鼠、组织病理学变化以及乳腺组织中TNF-α和Cav-1含量变化;收集小鼠粪便,采用高通量测序技术对小鼠粪便菌群进行分析。结果 (1)与健康对照组小鼠相比,高剂量攻菌组乳腺组织呈明显的炎性病理变化,TNF-α表达明显升高(P0.05),Cav-1表达明显降低(P0.05);(2)不同组小鼠肠道菌群物种丰度不同,对照组肠道菌群以拟杆菌门和厚壁菌门为主;与对照组相比,高剂量攻菌组乳腺炎模型小鼠厚壁菌门丰度增高,拟杆菌门、疣微菌门丰度降低,变形菌门无显著差异;进一步比较后发现,从属以上水平看,后者拟杆菌属、另枝菌属、普雷沃菌属丰度相对较低。结论提示乳腺炎发生和进展与肠道菌群的平衡有密切的关系,结果为研究乳腺炎的免疫学、病理学提供实验依据。     

基于16S rRNA基因测序研究蜥蜴胃康方对胃癌肝转移裸鼠肠道菌群的影响

目的 观察不同剂量蜥蜴胃康方对胃癌肝转移裸鼠肠道菌群的影响。方法 60只裸鼠随机分为正常对照组(10只)和造模组(50只),造模组用HGC-27胃癌细胞通过脾脏注射制备胃癌肝转移模型,造模4周时,随机取正常对照组1只与造模组5只,取裸鼠肝组织通过病理切片对比验证造模是否成功。随后剩余造模组45只裸鼠随机分为模型组、5-氟尿嘧啶(5-FU)组以及蜥蜴胃康方高(2.6 g/mL)、中(1.3 g/mL)、低(0.6 g/mL)剂量组,每组9只。取最后一次灌胃2 h后各组裸鼠新鲜粪便进行16S rRNA基因测序。结果 16S rRNA测序结果显示,与正常对照组相比模型组裸鼠肠道菌群在门水平表现为拟杆菌门、厚壁菌门丰度下降,放线菌门、蓝藻菌门丰度富集。属水平表现为Muribaculaceae丰度显著降低(t=3.514 4,P=0.024 6),拟普雷沃菌属丰度显著富集(t=-4.660 1,P=0.009 6),副拟杆菌属丰度显著富集(t=-4.284 7,P=0.012 8),瘤胃球菌属丰度显著降低(t=3.342 7,P=0.028 8)。经蜥蜴胃康方干预后,胃癌肝转移裸鼠的肠道菌群结构...     

链球菌与香菇多糖联用对PM_(2.5)暴露肺癌小鼠呼吸道菌群的影响CSCD

目的观察潜在益生菌链球菌C17、D19株与香菇多糖联合应用对PM_(2.5)暴露肺癌荷瘤小鼠呼吸道菌群多样性的影响。方法尾静脉注射A549细胞悬液构建荷瘤SCID小鼠模型,气管滴注40μL 20mg/mL的PM_(2.5)溶液,每周1次,持续4周。实验组(LS组)给予链球菌C17、D19株混合菌液喷雾给药,每周2次,同时腹腔注射3mg/kg香菇多糖。对照组(PM组)仅喷雾生理盐水。比较组(LE组)喷雾生理盐水同时给予香菇多糖。全部小鼠均持续处理4周。利用高通量测序对咽拭子样本中的菌群进行16SrDNA序列检测,进行OTU统计、物种组成分析、指示物种分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析。结果PM组小鼠OTU数量大于LE组、LS组。各组主要优势菌为厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、蓝细菌门、拟杆菌门。与PM组比较,LE组(t=3.2064,P=0.0071)、LS组(t=3.4061,P=0.0098)放线菌门丰度增加显著,LE组蓝细菌门丰度减少显著(t=2.7316,P=0.0340)。属水平上,LS组与LE组各优势菌属总丰度显著高于PM组。与PM组比较,LS组小鼠呼吸道嗜气杆菌属(t=7.1686,P=0.0008)和普雷沃菌属(t=2.2702,P=0.0230)丰度显著增加,LE组嗜气杆菌属(t=2.5238,P=0.0429)、加德纳菌属(t=2.4720,P=0.0445)、奇异菌属(t=4.8123,P=0.0030)、弧菌属(t=2.4597,P=0.0210)、普雷沃菌属(t=2.6076,P=0.0319)丰度差异显著。种水平上,与PM组比较,LS组小鼠呼吸道酸性链球菌(t=2.4456,P=0.0450)、Rodentibacter_heylii(t=7.1686,P=0.0008)增加显著,LE组普雷沃菌(t=2.2751,P=0.0462)、Rodentibacter_heylii(t=2.5238,P=0.0340)增加显著。Alpha多样性分析显示,LE组与PM组间、LS组与PM组间菌群Chao指数(t=2.3867,P=0.0388;t=5.8780,P=0.0006),Ace指数(t=2.8267,P=0.0192;t=6.1316,P=0.0009)差异有统计学意义。Beta多样性分析显示,LS组与PM组间(t=2.9994,P=0.0056)、LE组与PM组间(t=4.8938,P<0.0001)OTU水平比较差异有统计学意义。结论潜在益生菌C17、D19株与香菇多糖联合应用可调节PM_(2.5)暴露肺癌小鼠呼吸道的菌群多样性。     

克罗恩病患者肠道菌群多样性变化研究初探

目的探讨克罗恩病(CD)患者肠道菌群多样性变化。方法收集8例确诊CD患者的粪便标本(CD组),以同期8例健康人群粪便作为对照组(CN组)。收集新鲜粪便样本提取DNA,并将样本进行PCR扩增,最终进行16SrRNA数据分析。结果测序共获得990 890条高质量序列,CD组和CN组多样性指数Shannon和Simpson比较差异有统计学意义(t=-3.802和t=-2.886,P0.05)。OTUs(可操作分类学单位)比较韦恩图显示CD组共有7 437株菌种,而CN组共有7 744株菌种,其中3 438株菌种重叠。LDA差异贡献分析图提示CD患者肠道菌群以芽胞杆菌、变形菌、乳杆菌目、放线菌目、异常球菌纲、栖热菌目、假单胞菌目和交替单胞菌目等为主要特征差异细菌菌类,而CN组则以双歧杆菌目及双歧杆菌科,Odoribacteraceae、Christensenellaceae、弧菌目及弧菌科等为主要特征差异细菌菌类。据物种进化树的样本菌落分布图显示:两组样本厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门、变形菌门、疣微菌门、酸杆菌门和螺旋菌门占主要门类分布。CD组及CN组细菌科类分析结果:毛螺菌科、韦荣球菌科、瘤胃菌科、丹毒丝菌科、红蝽菌科、紫单胞菌科、双歧杆菌科、普雷沃菌科、拟杆菌科、产碱菌科和链球菌科在两组样本中共同存在。同时从该进化树可发现,CD组中红蝽菌科、产碱菌科、丹毒丝菌科和链球菌科相对于CN组优势丰度分布,而普雷沃菌科、拟杆菌科和双歧杆菌科比CN组丰度明显减少。此外,Dethiosulfovibrionaceae、丙酸杆菌科、盐单胞菌科、希万菌科等为CD组特有菌种。结论 CD组的菌群多样性明显少于CN组,CD组有其特有优势菌群。     

结直肠癌瘀毒内阻证与气血两虚证患者肠道菌群差异性研究CSCD

目的 探索瘀毒内阻证、气血两虚证结直肠癌患者肠道菌群结构的差异,为该类患者的治疗提供参考。方法 收集原发性结直肠癌患者的粪便标本,根据中医辨证分型分为瘀毒内阻证组(SPOS组)和气血两虚证组(QBDS组),其中SPOS组患者17例,QBDS组患者13例。使用16S rRNA基因扩增测序法鉴定2组患者肠道菌群的多样性和丰度,并分析组间物种差异。结果SPOS组患者肠道菌群Chao1指数(414.08±52.21vs803.07±294.53, P<0.001)、 Ace指数(419.84±52.83vs830.28±310.28, P<0.001)均低于QBDS组。组间差异分析显示组内差异大于组间差异(Anosim,R=0.138 7,P=0.017)。2组患者肠道菌群主要为厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidota)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteriota)和疣微菌门(Verrucomicrobiota)。LEfSe分析显示SPOS组有7个生物标志物菌群,在属水平上为栖粪杆菌属(Faecalibacterium)、普雷沃菌属(Prevotella)、瘤胃球菌属(Ruminococcus);QBDS组有10个生物标志物菌群,在种、属水平上为阿克曼菌属(Akkermansia),嗜黏蛋白阿克曼菌(Akkermansia_muciniphila),差异均具有统计学意义(均P<0.05)。结论 结直肠癌瘀毒内阻证、气血两虚证患者的肠道菌群多样性和丰度存在显著差异,其差异可能有助于区分临床中医证型。     

抑郁症患者肠道菌群研究

目的研究抑郁症患者肠道微生物群落分布情况。方法选择2017年1月-2018年1月在本院临床心理科就诊的确诊为抑郁症的患者79例,以及同时期在本院体检的健康者80例。收集患者新鲜粪便,利用16SrRNA基因测序技术分析患者肠道菌群。结果对159例粪便标本进行16SrRNA基因测序,共获得1 276 841条有效16SrRNA基因序列,抑郁组Shannon指数明显高于对照组。在门水平,共发现20个细菌门,抑郁患者肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要为拟杆菌科、普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。对照组肠道菌群丰度前3位的分别是厚壁菌门、拟杆菌门、梭杆菌门;在科水平,前3位主要是拟杆菌科,普雷沃氏菌科和瘤胃菌科;在属水平,前3位分别是多形拟杆菌属、普氏菌属、另枝菌属。抑郁组多形杆菌属、普氏菌属、另枝菌属、栖粪杆菌属、考拉杆菌属丰度明显低于对照组,抑郁组毛螺菌属、副杆菌属、布劳特氏菌属、巨单胞菌属丰度明显高于对照组。抑郁组拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度与SDS评分成负相关,毛螺菌属丰度与SDS评分成正相关。结论抑郁症患者病情严重程度与抗炎性细菌拟杆菌属和栖粪杆菌属丰度成反比,与毛螺菌属丰度成正比。     

罗伊氏乳酸杆菌SL001对AD模型小鼠和C57BL/6小鼠肠道微生物的影响

本研究旨在调查阿尔茨海默症模型小鼠(APP/PS1双转基因小鼠,AD小鼠)与野生型小鼠(C57BL/6小鼠)肠道菌群的多样性差异,以及添食罗伊氏乳酸杆菌SL001 (Lactobacillus reuteri SL001)对两种小鼠肠道微生物菌群结构组成的影响,探讨其是否可对AD小鼠起到积极的改善作用。首先将雄性AD模型和野生型小鼠分别分成添食组和未添食组(每组5只),添食组小鼠每天用0.2 mL浓度为5×10~(11) CFU/mL的L. reuteri SL001菌悬液灌胃,未添食组则每天接受等量的无菌PBS,通过口服管饲法进行给物,周期为45 d。实验结束后,采集小鼠的粪便样本,通过高通量测序技术测定了16S rRNA V3–V4区序列,并对群落结构和多样性进行比较分析。结果显示4个处理组小鼠的肠道微生物OTUs总共包括19个门、40个纲、64个目、104个科和175个属。AD模型小鼠的α多样性大于野生型小鼠,但是两者之间的差异不显著。添食L. reuteri SL001后,两种小鼠的α多样性均增加,AD模型小鼠的增幅较小。在门水平上,4组小鼠的优势菌门均为拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria),AD模型小鼠中的拟杆菌门丰度低于野生型,厚壁菌门的丰度高于野生型,添食L. reuteri SL001会降低小鼠的厚壁菌门/拟杆菌门的比例(F/B)。在目水平上,AD模型小鼠中的拟杆菌目(Bacteroidales)、乳酸杆菌目(Lactobacillales)、芽胞杆菌目(Bacillales)和双歧杆菌目(Bifidobacteriales)的相对丰度低于野生型小鼠。在属水平上,丰度较高的属有Allobaculum、毛螺旋菌属(Lachnospiraceae_NK4A136_group)、拟杆菌属(Bacteroides)、乳酸菌属(Lactobacillus)。AD模型小鼠的拟杆菌属、乳酸菌属、双歧杆菌属(Bifidobacterium)、和拟普雷沃菌属(Alloprevotella)的相对丰度低于野生型小鼠,添食L. reuteri SL001会增加这些属以及拟杆菌目、乳酸杆菌目、芽胞杆菌目和双歧杆菌目在AD模型小鼠中的丰度。AD模型小鼠的丁酸弧菌属(Butyrivibrio)相对丰度也低于野生型,添食L. reuteri SL001后,其相对丰度在两种小鼠中均出现降低。野生型小鼠的优势菌种为杆菌纲(Bacilli)中的乳酸杆菌科(Lactobacillaceae),AD模型小鼠中未发现优势菌群,这一结果与不同比例物种分类树结果相符。文中结果揭示了AD模型小鼠与野生型小鼠肠道微生物多样性差异,也表明添食L. reuteri SL001可以改善小鼠肠道细菌群落结构组成,对AD模型小鼠能够起到一定程度的积极调整作用。     

地衣芽胞杆菌BL63516对 DSS诱导的小鼠结肠炎的调节作用

目的探索地衣芽胞杆菌BL63516对DSS诱导的小鼠结肠炎的缓解作用和可能机制,为临床疾病的治疗提供新思路。方法用BALB/C雌性小鼠构建动物模型,将30只小鼠分为CON组、DSS组和BL组,每组10只,除CON组外,其余两组均给予3%(m/v)DSS自由饮用,并给予地衣芽胞杆菌BL63516干预。第8天摘眼球处死小鼠,取血、结肠、粪便样本。以ELISA法检测小鼠血清和结肠研磨液中的细胞因子。用PCR-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)方法分析小鼠肠道菌群结构。结果 DSS组小鼠血清IL-10及结肠MPO水平均与CON组有明显差异,地衣芽胞杆菌干预后有不同程度改变;使用非加权成对算术平均算法(UPGMA)对PCR-DGGE图谱中各泳道条带类型聚类分析结果显示各组小鼠结肠菌群结构具有显著差异,其中BL组增加双歧杆菌属Bifidobacterium saguini及疣微菌门的噬黏蛋白阿克曼菌(Akkermansia muciniphila)数量。结论地衣芽胞杆菌可以有效改善DSS诱导的结肠炎症状,其作用机制与肠屏障功能和肠道菌群的调节有密切关系。     

口服硫酸链霉素对帕金森小鼠症状的改善及其对肠道菌群的影响

【目的】探讨硫酸链霉素对慢性帕金森病(Parkinson’sdisease,PD)小鼠症状的改善及肠道菌群的影响。【方法】将40只C57BL/6小鼠分为正常对照组、硫酸链霉素对照组、帕金森病模型组和硫酸链霉素干预帕金森病模型组。帕金森病模型组在实验的前5周采用1-甲基-4-苯基-1,2,3,6-四氢吡啶(1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine,25 mg/kg)和丙磺舒(250 mg/kg)联合诱导帕金森病模型;硫酸链霉素干预帕金森病模型组在模型构建的同时连续饮用链霉素水溶液(500μg/mL)至实验第8周末。综合运用转棒实验、爬杆实验、免疫组织化学、荧光定量PCR、高通量测序等多种实验方法,检测各组实验小鼠相关症状与指标。【结果】慢性PD模型小鼠与正常对照小鼠相比,表现出极显著的运动障碍(P0.01),脑黑质纹状体中多巴胺(Dopamine,DA)能神经元及其纤维极显著减少(P0.01),肠道出现显著的功能紊乱和炎症,同时肠道菌群结构发生了显著的变化:厚壁菌门/拟杆菌门(Firmicutes/Bacteroidetes,F/B)比值升高,疣微菌科(Ruminococcaceae)丰度极显著增加(P0.01),普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)及Prevotellaceae_UCG-001丰度极显著降低(P0.01)。硫酸链霉素干预显著提高慢性PD小鼠的运动能力(P0.05),缓解脑黑质纹状体系统中DA能神经元及其纤维的减少(P0.05),改善肠道功能障碍和肠道炎症,同时可降低F/B的比值,显著降低Ruminococcaceae、理研菌科(Rikenellaceae)和乳杆菌科(Lactobacillaceae)的丰度,增加Prevotellaceae和Prevotellaceae_UCG-001的丰度。【结论】硫酸链霉素可改善PD小鼠相关症状,且影响了PD小鼠的肠道菌群结构。     

舜皇山母猪与长×大二元杂母猪肠道微生物多样性的比较分析

为了解舜皇山母猪耐粗饲与抗病等方面的特性与其肠道微生物组成的关系,运用16S r DNA高通量测序技术分析同一养殖场舜皇山母猪和长×大二元杂母猪肠道微生物的组成和多样性。结果发现:舜皇山母猪的肠道微生物多样性高于长×大二元杂母猪。两种品系猪肠道微生物均以厚壁菌门、拟杆菌门、螺旋体门为主,其在舜皇山母猪和长×大二元杂母猪肠道中的总丰度分别为92.86%和94.05%。在属水平上,两种品系猪肠道微生物均以Muribaculaceae、普雷沃氏菌科、产粪甾醇真细菌、瘤胃球菌科、密螺旋体属、Christensenellaceae等为主,但它们的相对丰度存在较明显的差异;另外,毛螺菌科和链球菌属细菌在舜皇山土猪肠道中的含量显著高于长×大二元杂母猪。Lefse分析显示:长×大二元杂母猪肠道微生物中差异显著的物种有15种;舜皇山母猪有28种,其中10种属于毛螺菌科,推测毛螺菌科在舜皇山母猪的抗病能力以及耐粗饲方面具有重要作用。此外,舜皇山母猪肠道中含有稀有细菌,如红杆菌,它们可能存在潜在的研究价值。     

铁皮石斛和百令胶囊对老年SD大鼠肠道菌群的影响

目的探讨铁皮石斛和百令胶囊对自然衰老SD大鼠肠道菌群组成和多样性的影响。方法选取自然衰老SD雄性大鼠30只随机分为5组,分别为铁皮石斛高(400 mg/kg)、中(200 mg/kg)、低(100 mg/kg)剂量组及百令胶囊组(40 mg/kg)、空白对照组,每组6只,对各组大鼠连续灌胃8周。在灌胃结束后,取各组大鼠的新鲜粪便,通过16S rRNA测序技术分析粪便菌群,采用生物信息学方法对大鼠肠道菌群结构和多样性进行分析。结果与空白对照组相比,PCoA和韦恩图分析结果显示铁皮石斛和百令胶囊使大鼠肠道菌群结构发生显著变化;铁皮石斛高剂量组放线菌门(Actinobacteria)菌群数量增多,Patescibacteria和厚壁菌门(Firmicutes)菌群数量减少,并且铁皮石斛高剂量组增加了肠道菌群种类的丰富度,如新增疣微菌门(Verrucomicrobia);百令胶囊组肠道菌群组成差异不显著,在原菌群的基础上调整其组成比例,表现为厚壁菌门数量增多,变形菌门(Proteobacteria)数量减少。结论铁皮石斛和百令胶囊对自然衰老大鼠肠道菌群具有调节作用,不同剂量的铁皮石斛对肠道菌群有不同的调节作用。铁皮石斛高剂量组对肠道菌群的调节具有重要意义,可增加有益菌的丰度,降低有害菌的丰度。     

深海鱼油治疗阿尔茨海默病大鼠的作用及对其肠道菌群的影响

目的研究深海鱼油对阿尔茨海默病(AD)大鼠的治疗作用及其对大鼠肠道菌群的影响。方法从60只SD大鼠中随机选择50只建模并随机分为5组,其余为假手术组。石杉碱甲组灌胃石杉碱甲注射液20 μg/kg,深海鱼油高、中、低剂量组分别灌胃0.21 g/kg、0.42 g/kg、0.84 g/kg深海鱼油,假手术组和模型组大鼠灌胃等体积生理盐水,大鼠给药体积按照1 mL/kg。结果第2、3、4、5 d大鼠逃避潜伏期,Aβ40、Aβ42含量,拟杆菌门、瘤胃菌科、拟杆菌科、普雷沃氏菌科、拟杆菌属、螺杆菌属、普雷沃氏菌属、链球菌属水平,模型组高于假手术组(P<0.05),石杉碱甲组和深海鱼油高、中、低剂量组均低于模型组(P<0.05);大鼠跨越平台次数,厚壁菌门、变形菌门、乳杆菌科、毛螺菌科、韦荣球菌科、乳杆菌属、瘤胃球菌属、毛螺菌属、肠球菌属、韦荣球菌属水平,模型组低于假手术组(P<0.05),石杉碱甲组和深海鱼油高、中、低剂量组均高于模型组(P<0.05)。模型组神经组织显著改变,石杉碱甲组和深海鱼油高、中、低剂量组均出现好转。结论深海鱼油可改善AD模型大鼠学习能力和记忆能力、减轻大鼠海马组织病变,改善大鼠肠道菌群。     

基于16S rRNA测序分析两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群的影响

目的 探究T1L和NBV两种呼肠孤病毒对小鼠肠道菌群结构的影响。方法 将25只小鼠随机分为5组(对照组、NBV滴鼻组、NBV灌胃组、T1L滴鼻组、T1L灌胃组),每组5只。对照组用PBS灌胃,其余组别均用2×10⁷ PFU/mL病毒滴度感染小鼠。7 d后采集小鼠粪便,从每组5个样本中选出粪便重量较重的3个样本,对粪便DNA进行V3+V4可变区特异性扩增,运用16S rRNA测序分析小鼠粪便中菌群的丰度、多样性及物种组成结构。结果 T1L和NBV灌毒后的小鼠肠道菌群丰度和多样性与对照组相比有所下降,且T1L滴鼻组下降最为显著(P<0.05);与NBV灌胃组相比,NBV滴鼻组的菌群丰度和多样性增加显著(P<0.05)。在门的级别上,T1L和NBV灌胃组中厚壁菌(Firmicutes)丰度明显减少,T1L和NBV滴鼻组中拟杆菌(Bacteroidetes)丰度明显减少;在属的级别上,T1L滴鼻组、T1L灌胃组和NBV灌胃组中罗姆布茨菌(Romboutsia)丰度明显减少,T1L滴鼻组中别样杆菌(Alistipes)丰度明显增加(P<0.05)。结论 T...     

脑卒中后抑郁症患者粪便微生物种群多样性和均衡性分析CSCD

目的分析脑卒中后抑郁症患者粪便中的微生物种群多样性和均衡性。方法选择我院2018年10月至2020年10月神经内科住院部收治的68例脑卒中后抑郁症患者为试验组。在同一时期选择我院体检中心的68例健康体检者作为对照组。采用第二代高通量测序技术对其粪便中的微生物种群多样性和均衡性进行分析。结果(1)两组对象粪便样本微生物种群Good′s Coverage指数差异无统计学意义(P>0.05),而试验组OTU种类、Chao 1指数和Ace指数高于对照组(均P<0.05)。(2)两组对象粪便样本微生物种群Shannon指数、Simpson指数和Evenness指数差异均无统计学意义(均P>0.05)。(3)两组对象粪便样本微生物种群均包括变形菌门、拟杆菌门、梭杆菌门以及厚壁菌门,其中试验组厚壁菌门相对丰度显著低于对照组,而其他3种菌门则高于对照组(均P<0.05)。(4)试验组患者粪便样本微生物种群理研菌科、氨基球菌科、梭杆菌科、Erigeronaceae、肠杆菌科和紫单胞菌科的相对丰度较高,而瘤胃菌科、普雷沃菌科、毛螺菌科以及单毒丝菌科的相对丰度较低(均P<0.05)。(5)在属水平上,试验组对象粪便样本微生物种群有11种菌属的相对丰度高于对照组,有3种菌属的相对丰度低于对照组(均P<0.05)。结论脑卒中后抑郁症患者粪便中微生物种群与健康人群存在较大差异。     

圈养食叶猴的肠道菌群特征

目的 充分认识圈养食叶猴的肠道菌群组成特征,为饲养管理方法的改进提供参考依据。方法 通过MiSeq高通量测序平台对3个物种的19个个体[黑叶猴(n=5)、川金丝猴(n=9)和西非黑白疣猴(n=5)]的肠道菌群16S rRNA V4-V5区进行测序和分析。结果 食叶猴肠道菌群以厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,瘤胃菌科、普氏菌科、理研菌科和毛螺菌科为优势菌科,普氏菌属、密螺旋体属和瘤胃球菌属为优势菌属;食叶猴物种间肠道菌群组成存在显著差异,肠道菌群按照宿主物种聚类,而不受环境因素的影响。结论 宿主物种是决定肠道微生物组成的重要因素,食叶猴肠道菌群特征反映了宿主对其食性的适应。     

内毒素血症对新生鼠肠道菌群的影响

目的 利用高通量测序技术分析内毒素血症新生鼠肠道菌群的变化,探究肠道菌群与内毒素血症的关系,为临床诊治提供思路。方法 复制新生大鼠内毒素损伤模型,注射LPS后第24小时、第3天、第7天分别处死新生大鼠,留取粪便并将对照组(C1组6只、C3组5只、C7组7只)和LPS组(L1组5只、L3组5只、L7组5只)按处死天数各分为3组。高通量测序分析各组间菌群多样性及相对丰度差异。结果 (1)Alpha多样性分析提示对照组和LPS组菌群多样性及丰度有显著差异,C3组较L3组Shannon指数均值小(t=-3.386 8,P=0.009 5),Simpson指数均值大(t=3.102 4,P=0.014 6);C7组较L7组Shannon指数均值大(t=2.459 4,P=0.033 7),Simpson指数均值小(t=-2.475 6,P=0.032 8)。(2)物种组成分析表明LPS组的菌群结构发生改变,在门水平LPS组较对照组变形菌门相对丰度高,厚壁菌门相对丰度低;在属水平上LPS组较对照组埃希菌-志贺菌属相对丰度高,乳杆菌属相对丰度低;且随着天数的递增LPS组埃希菌-志贺菌属呈递增趋势,红...