末端终止法测定非特异性降解的DNA片段的顺序

用末端终止法测定DNA顺序的方法之一是用限制性内切酶将被测DNA降解,再与噬菌体M_(13)DNA重组、克隆。提取单链DNA做为模板,进行顺序测定。寻找一些非特异性的降解工具取代内切酶,有一定的经济价值,而且还可以扩大方法的应用范围。尤其在多酶切点的载体M_(13)mp系列出现后,更为DNA重组提供了方便。本文用酶法及超声波法切剪,得到了适合在M_(13)mp_8载体中以平齐末端重组的片段。一、材料与方法 1.材料小牛胸腺DNA及质粒PJDB     

蓖麻蚕基因组中5S DNA的组织

用Southern方法研究了蓖麻蚕(Attacus ricini)5S核糖体RNA (5S rRNA)的基因在基因组中的组织情况。5S rRNA基因以顺向串联的多拷贝形式组成了5S DNA家族。家族的每个成员(5S DNA的重复单位)的大小为260bp(碱基对),即由120bp的基因区和140bp的空间区顺序所组成。在5S DNA的家族中没有限制性内切酶EcoRI、BamHI、PstI和BglⅡ的切点。限制性内切酶MboI、Hhal在每个重复单位中有一个切点,都是位于基因的顺序中。5S DNA重复单位的空间区顺序是不均一的,这一点可由限制性内切酶Hae Ⅲ和Alu Ⅰ切点的不规则分布而得以揭示。     

臭鼩高重复顺序DNA的核苷酸顺序分析及其与树鼩TSr(Bgl Ⅱ)-1顺序的比较

将臭鼩DAN经过Bam H Ⅰ酶切得到的高重复顺序DNA最小片段重组到质粒pAT153上,转化后得到了含有臭鼩BMS(Bam H Ⅰ)-1高重复顺序DNA片段的克隆。再把此片段重组到M_(13)mp19噬菌体DNA上。用末端终止法测得全部苷酸顺序为495个碱基对。对臭鼬BMS(Bam H Ⅰ)-1片段的结构特点进行了分析,并和树鼩TSr(BglⅡ)-1高重复顺序DNA进行了比较。为确定树鼩在分类学上的地位,提供了一定的分子遗传学证据。     

人、恒河猴和牛DNA的复性动力学曲线及重复顺序的比较

本文报道了对人、恒河猴和牛DNA的复性动力学曲线及其重复顺序的分析。实验结果表明,在这三种哺乳动物DNA中,牛DNA重复顺序的含量较多。牛天然DNA的T_m值较高。复性的重复顺序DNA的T_m值一般比原天然DNA的T_m值低7～12℃。应用~(125)I标记的人DNA重复顺序与恒河猴或牛DNA进行杂交,人与恒河猴DNA之间杂交百分率比人与牛DNA之间的杂交百分率高。杂交产物的热稳定性比相应的人DNA重复顺序的热稳定性低2～4.5℃,人与恒河猴DNA重复顺序杂交产物的T_m值高于人与牛DNA重复顺序杂交产物的T_m值。这些结果似乎说明在三种DNA中,重复顺序的含量及碱基顺序等的相似程度和它们亲缘关系的远近有一定关系。     

人、恒河猴和牛DNA的复性动力学曲线及重复顺序的比较

本文报道了对人、恒河猴和牛DNA的复性动力学曲线及其重复顺序的分析。实验结果表明,在这三种哺乳动物DNA中,牛DNA重复顺序的含量较多。牛天然DNA的T_m值较高。复性的重复顺序DNA的T_m值一般比原天然DNA的T_m值低7～12℃。应用~(125)Ⅰ标记的人DNA重复顺序与恒河猴或牛DNA进行杂交,人与恒河猴DNA之间杂交百分率比人与牛DNA之间的杂交百分率高。杂交产物的热稳定性比相应的人DNA重复顺序的热稳定性低2～4.5℃,人与恒河猴DNA重复顺序杂交产物的T_m值高于人与牛DNA重复顺序杂交产物的T_m值。这些结果似乎说明在三种DNA中,重复顺序的含量及碱基顺序等的相似程度和它们亲缘关系的远近有一定关系。     

重组DNA技术在神经科学中的应用

重组DNA技术是生物工程的主要技术,它在神经科学研究中发挥着重要的作用,形成为一个新的前沿——分子遗传神经科学。重组DNA技术主要包括四方面:(1)用限制性内切酶将DNA切割成特定的片段,(2)用核酸杂交钓出特定的DNA或RNA顺序,(3)DNA克隆和扩增,(4)DNA顺序测定,再根据三联密码推断蛋白质的氨基酸排列顺序,其速度远超过经典的蛋白质化学方法。换言之,重组DNA技术可以将特定的基因从基因库中分离开来,进     

基因重组与基因合成实验设计软件系统的建立

本文报导了用于基因重组与基因合成实验设计的软件系统的建立.此系统由30个功能模块组成,为研究者提供了包括在DNA分子上寻找限制性内切酶位点、核酸分子片段之间同源性比较,基因化学合成的实验设计、特定顺序分析引物及核酸杂交探针的设计、阅读框的查找等功能.此外,本系统可以对外来数据库的资料进行援引和进一步分析,为分子生物学的研究提供有价值的信息.     

人U_1和U_2snRNA基因定位缺失和取代突变

 用寡聚核苷酸诱导的定位突变法,将人U_1和U_2snRNA基因的5'-端调控区域的一段能与SV_(40)T抗原相结合的DNA删去,造成缺失突变,改变这段DNA核苷酸的排列顺序,造成取代突变。突变株用原位杂交法筛选,由限制性内切酶电泳图谱分析和DNA顺序测定得到证实。突变率约为5％。     

一组DNA序列分析的微机程序

本文介绍了作者编制的一组用于分析DNA序列资料的计算机程序。程序用BASIC语言写成,在IBM微型机伤调试运行,包括序列打入、核苷酸频率统计、转译及限制酶切点查找等级部分。     

染色体端粒研究进展

染色体端粒(telomere)是真核生物线性染色体两端的特殊DNA--蛋白质复合体结构,由随机重复序列组成的DNA序列和与之相结合的蛋白质分子构成。端粒DNA无论在DNA顺序、功能及其特殊的复制方式都与其它DNA顺序显著不同。本文将近年来对端粒的DNA结构、与端粒DNA相结合的蛋白质分子和在端粒复制中起重要作用的反转录酶--端粒酶(telomerase)的研究进展以及端粒对于真核生物的重要作用作一综述。     

限制性片段长度多态性（RFLPS）及其原因

DNA是绝大多数生物(RNA病毒除外)携带和传递遗传信息的复杂的生物聚合体。能被限制性核酸内切酶在特定的核苷酸顺序上切割,形成各种长度的DNA片段,通过电源能将这些片段分开。 生物个体间的差异,本质上是DNA水平上的差异。这是由于进化过程中染色体DNA上核苷酸顺序发生了改变,当这种改变涉及到限制性酶切位点时,酶切后产生的DNA片段长度     

树鼩高重复顺序TSr(Bgl-Ⅱ)-1的核苷酸顺序分析及与灵长类α-顺序的比较

为了确知树鼩高重复顺序与灵长类动物的类α顺序有无相似处,我们再次把TSr(BglⅡ)-1片段克隆在质粒pWR33上,用“双链引物测序法”测得全部核苷酸顺序为353bp。并将此顺序与灵长类动物的类α顺序进行比较,发现其中有三个对应位置上与类α顺序的“冷点”保守区序列相似,其中还有一个有碱基变异的EcoRⅠ酶切点和四个潜在的HindⅢ酶切点,另外有两个与“凉点”区一致的小顺序,对这些相似性进行了讨论。     

实验5 DNA片段的亚克隆

DNA片段的亚克隆通常包括连接、转化、筛选、鉴定等步骤。 一、载体的选择 根据待亚克隆的DNA片段的两端顺序、用途(如准备作DNA顺序分析、大量扩增或作酶切图谱分析等)和载体DNA分子带有的限制酶位置,选定合适的载体。     

两株艾滋病病毒的核酸序列酶切位点的电子计算机分析

HTLV—Ⅲ和致淋巴腺病变病毒(LAV)做为AIDS病毒(现称HIV)的代表毒株,在形态.致病性等性质上很相似,但基因组组成有些差异(核酸的多态性)。我们用电子计算机对这两株病毒的核酸序列进行酶切位点分析,显示了它们在酶切点上的异同,为基因工程研究提供了方便。选用的64种酶,为《分子克隆》一书中所列的重组DNA技术最常用内切酶,计算机为美国IBM公司微机IBM—PC,程序自编。     

合成编码蛋白质基因的设计

 本文以牛生长激素基因为例,对合成编码蛋白质基因的微机设计原理进行了探讨。微机程序的编制采用高级BASIC语言,在IBM-PC微机上完成。设计合成编码蛋白质基因的要点为:(1)按照宿主系统中高表达蛋白质基因对密码子的使用频率选用氨基酸密码子,以期合成基因得到高效表达;(2)对较大的合成基因设计有能够进行分段克隆的酶切位点,从而将一个大的基因分解成为多个基因片段的合成,减少了酶促连接化学合成DNA片段的步骤;(3)对于酶促连接化学合成DNA片段有干扰的重复顺序和互补顺序,则利用变换简并密码子的办法予以消除。     

组建油桐尺蠖核型多角体病毒基因组物理图谱的计算机方法

 本文报道了一种双酶混合切割后用计算机对结果进行分析、比较及组建出物理图谱的方法。用Bam HⅠ、BglⅡ等限制性内切酶进行单酶双酶切割,计算出油桐尺蠖核型多角体病毒基因组DNA的分子量为120.23Kb,BamHⅠ切割DNA后产生10条带;BglⅡ切割后产生7条带。经计算机分析后打印出前者在物理图谱中的顺序为A(GE)C(HI)B(DFJ),后者在物理图谱中的顺序为AGC(EF)BD。在本文中还提出了组建图谱的计算机程序思想,并讨论了此法的可靠性。     

DNA长链分子上核酸内切限制酶识别位置的预测

本文报道了我们自编的能在TRS-80(Ⅰ)型微处理机上执行的用于构造DNA分子的限制性内切酶酶谱的计算机程序。并给出了73种不同专一性的限制性内切酶在噬菌体M13 DNA(6407个核苷酸残基)上的识别位置(或切点位置)处理结果。该程序的最大优点是被检索的核酸序列,其长度在原则上是不受限制的(即不受计算机内存容量的限制),用户可根据需要对输入的序列进行任意的插入和删改。     

恒河猴高重复顺序DNA的分子克隆

哺乳动物基因组中高重复顺序可用限制性内切酶消化DNA经用电泳分离获得,本文用限制性内切酶Bam HI消化恒河猴DNA分离得到一系列高重复片段。用其中最小片段与质粒pBR 322共价连接,转化到大肠杆菌后得到3个带有重组子的克隆。其中PMBI克隆用Bam HI,Pst I酶解,杂交鉴定,证明此克隆是含有重组的恒河猴高重复片段,此片段大小约为340碱基对。哺乳动物基因组相当繁杂,一般在10~9碱基对(b.p)以上,应用复性动力学方法可将其分成高重复顺序、中重复顺序及单拷贝顺序。高重复顺序在基因组中重复频率很高。可达百万次。它有许多家族,这些家族核苷酸顺序相近,但不相同,目前有证据表明,高重复顺序与基因表达及调控有关,与生物进化有关,而且还与DNA的复制及调控有关,因此具有重要的生理功用。为了得到纯的单一高重复顺序,我们应用分子克隆技术,建立了恒河猴高重复顺序DNA的分子克隆。     

高效液相色谱法在脱氧核糖核酸酶解动力学

为了更好地对脱氧核糖核酸酶解动力学过程进行研究,建立脱氧核糖核酸(DNA)酶解液中4种脱氧核苷酸(腺嘌呤脱氧核苷酸(dAMP)、鸟嘌呤脱氧核苷酸(dGMP)、胞嘧啶脱氧核苷酸(dCMP)、胸腺嘧啶脱氧核苷酸(dTMP))的高效液相测定方法,能将酶解液中4种脱氧核苷酸完全分离并准确定量.在此基础上,对DNA酶解的动力学进行初步研究,其反应机理为不存在底物和产物抑制的双底物顺序反应,动力学方程为x=1/bln(1+abt)(其中a=0.372 3ρ0-0.974;b=-0.049 3ρ20+1.115 3ρ0 - 1.110 3),该方程可以很好地描述DNA酶解过程,误差仅为3.31%.