南四湖泥鳅和大鳞副泥鳅随机扩增多态DNA分析初报

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对南四湖的泥鳅（Misgurnus anguillicaudatus）和大鳞副泥鳅（Paramisgurnus dabryanus）进行了初步分析。共用10个10bp的OPG组寡核苷酸片段作为引物,筛选出结果好的5个引物,从泥鳅4个体基因组DNA中扩增出142个片段,共有片段12个,特有片段5个;从大鳞副泥鳅3个体基因组DNA中扩增出101个片段,共有片段18个,特有片段5个,在总扩增出的243个片段中,共有片段仅4个。所有扩增片段大小介于0.2-3kb之间。用PoPGen32软件计算出个体间的遗传距离,依此进行UPGMA聚类得到的分子系统树与形态分类学的结果一致,这7个体被聚成2大类,正对应着形态学的2个种：泥鳅和大鳞副泥鳅。     

具有内含子的大鳞副泥鳅Sox8基因

鱼类在脊椎动物系统进化过程中起着承先启后的作用,其性别决定具有原始性、多样性和可塑性。深入研究鱼类的性别决定和分化具有重大的理论意义。Sox基因家族是九十年代发现的一个新的基因家族,其中的许多成员都与性别决定和分化具有直接的关系。大鳞副泥鳅是一种常见的小型鱼类,属于鲤形目鳅科,是少数具有异形性染色体中的一种。本文根据已发表的Sox蛋白质的序列资料,选择在不同物种中保守程度最高的区段设计兼板,在扩增产物中有三条主带,其大小分别为220bp550 bp和1500bp,另有一条相当弱的带,大小为700bp（Fig.1)。雌雄个体中扩增结果一致。经克隆和DNA序列分析,从550bp扩增带中得到一新的基因片段,长500bp,编码53个氨基酸;其余部分长340bp,可能为一内含子,且符合“GT…AG”规律（Fig．2)。其可能编码的蛋白质氨基酸序列与小鼠的Sox8,9,10,SRY基因的相似性分别为96％,94％,90％和47％;与人类SOX8,9,10,SRY基因的相似性分别为64％,94％,58％和40％（Fig.3)。根据这些特性将命名为PdSox8。Northern杂交结果表明PdSox8在成体脑及肝脏组织中有宏量表达（Fig.4）。     

大鳞副泥鳅精子结构研究

用光学显微镜和透射电子显微镜对大鳞副泥鳅精子的结构进行研究。结果表明,大鳞副泥鳅的精子主要分为头部、中段和尾部;头部无顶体,在光学显微镜下近圆形,在透射电子显微镜下纵切亦近圆形,主要由细胞核组成,核内染色质致密,核内有核空泡,核外可见清晰核膜,核外可见细胞质,细胞质很少且紧贴细胞核,细胞质外是质膜,质膜在细胞质外呈波浪状;头部后端有一较浅的植入窝,约占核的1/4,植入窝的长轴几乎与细胞核的长轴平行,植入窝内有中心粒复合体;精子的中片与头部无明显分割,位于头部的后方,由中心粒复合体和袖套组成,袖套两边不对称,中心粒复合体由近端中心粒和远端中心粒组成,近端中心粒与远端中心粒之间呈一钝角;精子尾部无侧鳍,可分为主段和末段,尾部主段具有典型的＂9＋2＂的轴丝结构。精子头长为（1.79±0.28）μm,中片长为（1.86±0.42）μm,尾长为（28.06±2.78）μm,全长为（31.65±2.82）μm。     

大鳞副泥鳅雌雄个体的形态分析

本文利用数理统计手段研究南四湖大鳞副泥鳅雌雄个体形态差异,结果表明大鳞副泥鳅雌雄个体形态整体差异不显著,但体长/吻腹长指标差异显著;1龄鱼、3龄鱼雌性个体体长、体重大于雄性个体,2龄鱼则呈相反趋势;t检验表明,仅3龄鱼雌雄个体间体长、体重差异显著。     

大鳞副泥鳅、泥鳅和北方泥鳅肉质比较分析

文章采用组织切片、生化组分分析以及实时荧光定量PCR等方法,研究了大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)、泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)和北方泥鳅(Misgurnus bipartitus)肉质差异。结果显示:大鳞副泥鳅、泥鳅和北方泥鳅的肌纤维横截面积分别为(3589.17±2326.01)、(2809.7±1818.69)和(2511.93±1949.03)μm2。粗蛋白和粗脂肪含量均是大鳞副泥鳅最高[分别为(17.07±0.31)%和(2.57±0.38)%],依次为泥鳅[分别为(14.57±0.59)%和(1.37±0.12)%]和北方泥鳅[分别为(12.33±0.15%和0.57±0.06%]。必需氨基酸指数(EAAI)依次为泥鳅(74.38)、大鳞副泥鳅(65.11)和北方泥鳅(60.14);呈味氨基酸含量依次为泥鳅(32.60±1.64)%、大鳞副泥鳅(27.75±2.13)%和北方泥鳅(24.86±1.00)%;除亚油酸以外的总多不饱和脂肪酸含量依次为北方泥鳅(24.43±0.26)%、泥鳅(24.18±1.99)%和大...     

泥鳅和大鳞副泥鳅卵雌核的紫外辐射灭活条件筛选

采用紫外线对泥鳅和大鳞副泥鳅卵雌性原核进行干法灭活以及在合成卵巢液、TC-199溶液、Ringer氏溶液和Holtfreter氏溶液中灭活,结果表明:当辐射剂量为90-180mJ/cm~2时,卵子在四种溶液中的单倍体诱导率均较高。合成卵巢液组的最佳辐射剂量为120-180mJ/cm~2;TC-199和Ringer氏溶液组的最佳辐射剂量为120mJ/cm~2;原液使用Holtfreter氏溶液效果欠佳,干法灭活效果最差。在上述各辐射剂量下,畸形苗经染色体组鉴定92％为雄核发育单倍体。综合评价,灭活效果依次是:人工合成卵巢液>TC-199溶液>Ringer氏溶液>Holtfreter氏溶液>干法。     

大鳞副泥鳅鳞片表面结构的扫描电镜观察

对大鳞副泥鳅的鳞片作了扫描电镜观察。结果表明,大鳞副泥鳅具圆鳞;基区、侧区和顶区均具有辐射沟及环沟,二者交织成网状,将鳞片分割成块状,可增加鳞片的柔软度;次级辐射沟发出部位可作为确定年轮的主要依据。     

大鳞副泥鳅雄核单倍体的早期发育

目前,有关鱼类雄核发育的研究已见于川鲽(Platichthys flesus)、马苏大麻哈鱼(Oncorhynchus masou)、虹鳟(Oncorhynchus mykiss)、红点溪鳟(Salvelinus fontinalis)、鲤鱼(Cyprnus carpio)、尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)、泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)、斑马鱼(Danio rerio)等(Purdom,1969;Arai et al., 1979; Scheerer et al., 1991; May et al., 1988; Bongers et al., 1994;Grunina et al., 1990; Meyers, 1995; Masaoka et al., 1995; 赵振山等,1998;Corley-Smith et al., 1996).     

大鳞副泥鳅3个Dmrt基因DM保守区的序列分析

摘要: 利用简并PCR克隆技术, 扩增和克隆了大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)Dmrt基因的DM结构域, 获得了3个具有不同DM序列的克隆。结果表明, 在大鳞副泥鳅基因组中存在Dmrt基因家族的多个成员。同源性比较和系统进化分析显示不同进化地位脊椎动物的Dmrt基因存在高度的进化保守性     

SRY和SRY盒基因比较树

性别决定区Ｙ（ＳＲＹ）基因是人类和哺乳动物睾丸决定因子（ＴＤＦ）的最佳候选基因。本文基于ＳＲＹ／Ｓｒｙ和ＳＲＹ盒基因保守区氨基酸序列相似性,采用聚类分析方法,将该基因家族聚类为四个亚族,即ＳＯＸＳ１,ＳＯＸＳ２,ＳＯＸＳ３和ＳＯＸＳ４,各亚族间同源性小于６０％。所有哺乳动物和人类ＳＲＹ／Ｓｒｙ都聚在ＳＯＸＳ１亚族内。该亚族由ＳＯＸＳ１１和ＳＯＸＳ１２两组组成,真兽亚纲哺乳动物和人类ＳＲＹ／Ｓｒｙ基因都集中在ＳＯＸＳ１２组内。     

PCR AMPLIFICATION OF NUCLEAR AND PLASTID GENES FROM ALGAL HERBARIUM SPECIMENS AND ALGAL SPORES1

Plastid and nuclear ribosomal genes were amplified from an 11-year-old herbarium specimen using simple, rapid, nontoxic, and inexpensive methods. Gonimoblast tissue, isolated from either dried or fresh red algal cystocarps, was ground using the polyvalent, metal chelating resin Chelax 100. After boiling and centrifuging, the supernatant yielding enough DNA for 20 or more polymerase chain reactions. Using these methods, we also amplified plastid and nuclear genes from as few as two red algal spores. These methods should facilitate future studies of algal systematics, evolutionary biogeography, and phylogeny as well as studies of algal dispersal patterns and population biology.     

苏云金芽胞杆菌肠毒素基因的PCR检测

采用多重引物PCR进行了 45株苏云金芽胞杆菌、2株蜡状芽胞杆菌和 2株球形芽胞杆菌溶血素BL ,肠毒素T和entS基因的检测 ,结果表明 95 6%苏云金芽胞杆菌含溶血素hblA基因 ,91 1 %含bceT基因 ,93 3%含entS基因。用两种商业化肠毒素检测试剂盒TECRA和RPLA进行所有菌株肠毒素的体外免疫测定 ,大部分苏云金芽胞杆菌和阳性蜡状芽胞杆菌都能产生不同水平的肠毒素活性 ,同hblA基因PCR检测结果基本相符。尽管DBT0 0 7和T2 4 0 0 1含有hblA基因 ,但用TECRA却检测不到肠毒素 ;Dmu39菌株不含肠毒素基因 ,但用TECRA却检测出高的肠毒素活性。苏云金芽胞杆菌BDT2 4 8和球性芽孢杆菌不含肠毒素基因和肠毒素。结果表明昆虫病原菌苏云金芽胞杆菌的安全性有待进一步研究     

两种泥鳅不同核质关系下LDH同工酶基因表达的研究

采用聚丙烯酰胺不连续系统凝胶电泳方法分析了泥鳅和大鳞副泥鳅不同杂交组合不同核质关系下胚发育阶段（0－145h）中乳酸脱氢酶（LDH）同工酶的分化表达谱式,ＬＤＨ同工酶的基因表达随细胞质、细胞核不同及胚胎发育各个时期具有不同的个体发育谱式,以泥鳅卵子为细胞质的Ⅰ、Ⅱ两组,杂交组（Ⅱ）ＬＤＨ同工酶基因在受精后３min至原肠中期雄核基因参与表达与调控,部分基因位点比本交组（Ⅰ）启动与表达的时间要早,两组的管家酶主要来自细胞质。以大鳞副泥鳅为细胞质的Ⅲ、Ⅳ两组,各酶均以细胞质调控为主,其管家酶与泥鳅有很大不同。并具体分析和讨论了不同核质关系ＬＤＨ同工酶基因的表达和调控的时空顺序。     

PCR OPTIMIZATION AND TROUBLESHOOTING,WITH SPECIAL REFERENCE TO THE AMPLIFICATION OF RIBOSOMAL DNA IN LICHENIZED FUNGI

Abstract: Factors affecting the outcome of a PCR is discussed. Nested PCR is described and a protocol that has been shown to work well for the amplification of ribosomal genes in ascomycetes is described. It is claimed that DNA extracts of lichenized fungi, contrary to many other organism groups, are often contaminated by other fungi. This poses a problem due to the preferential amplification of short intron-lacking sequences over longer, intron-containing ones, particularly when extension time is limited. A simple protocol for optimizing and troubleshooting PCRs is presented.     

牛SRY同源基因的PCR扩增和克隆

本文采用人SRY基因的一对引物,通过PCR扩增获得了雄性牛(Bos taurus)SRY同源基因片段。进一步证实牛存在与人SRY基因同源的相应基因。将PCR产物与载体pUC—Eco—T连接后,用以转化JM109菌,经过与人SRY基因探针菌落杂交,筛选获得了牛SRY同源基因克隆pBosY O.6后者的插入片段为相应于人SRY基因保守区在内的一段约609bp DNA。此外还比较分析了人和牛SRY同源基因片段限制酶图谱。     

应用PCR扩增对分枝杆菌分类鉴定及标本检测的研究

用对结核分枝杆菌特异性很强的引物 b对 2 1种分枝杆菌和 13种非分枝杆菌进行 PCR扩增 ,并对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。结果表明 :受试菌种用引物 b在退火温度 6 1℃时 ,扩增的敏感性为 50 fg,且只能扩出结核分枝杆菌、胃分枝杆菌 ,且他们扩增片段的分子量也不相同。可见 ,用引物 b,必要时辅以引物a,对分枝杆菌 16 S～ 2 3S r DNA间隔区序列进行扩增 ,可以快速有效地鉴定分枝杆菌临床分离株 ,是分枝杆菌鉴定的一种新方法。     

黄海沉积物柱状样中有孔虫古DNA的提取和PCR扩增的方法学初探

海洋沉积物柱状样有孔虫古DNA是近年来国际新兴的研究技术,对于解释海洋全球变化可以获取到传统形态学检获不到的遗传信息,并对其进行比较和补充。目前国际上有孔虫古DNA的研究主要开展于深海和极地等有利于DNA保存的环境,但对于近海陆架海域尚无相关有效的技术研究。为了探索适合提取和扩增陆架浅海环境沉积物柱状样中的有孔虫古DNA的方法,本实验以采自山东半岛附近的黄海沉积物柱状样为研究对象,通过改进DNA提取过程的涡旋震荡时间和洗脱液体积、比较不同的PCR扩增条件和引物对,对陆架浅海地区沉积物柱状样中有孔虫古DNA提取和PCR扩增的方法进行了探索。借助ImageJ软件对PCR产物的凝胶电泳图像进行了定量分析与比较。研究结果显示,延长涡旋震荡时间和减少洗脱液体积可以提高对海洋沉积物环境总古DNA的提取效能,使用引物对s14F0和s15以及优化后的PCR条件能成功扩增陆架浅海环境沉积物中的有孔虫古DNA。本文探索了适用于陆架浅海环境沉积物柱状样的有孔虫古DNA的研究技术,可为古海洋和古环境研究提供新的研究思路。     

快速制备酵母质粒和基因组DNA PCR模板

发展了一个利用煮沸法快速制备酵母质粒和基因组DNA PCR模板的程序,成功地从低拷贝的ARSCEN酵母质粒和酵母基因组扩增到了相应基因。