Virulence de l'entomophthoraleZoophthora radicans [zygomycetes] à l'égard des adultes deAedes aegypti [Dipt.: Culicidae]

Résumé Les auteurs ont mis au point un procédé d'estimation de la virulence des Entomophthorales à l'égard des adultes du moustiqueAedes aegypti. Ce paramètre est estimé en termes de CL 50 de conidies/mm². C'est la 1^re fois qu'une telle méthodologie est appliquée à ces champignons vis-à-vis de Diptères. L'activité de 2 souches deZoophthora radicans isolées le même jour dans la même localité a ainsi pu être comparée à des intervalles successifs après la mise en culture. Au début de l'expérience, les 2 souches se sont révélées capables d'entra?ner des taux de mortalité de 100% et leur virulence était comparable. La symptomatologie de la mycose était caractéristique, avec formation de conidiophores chez la quasitotalité des cadavres. Par la suite, une discordance a été notée dans le comportement respectif des 2 souches. Alors que la virulence de l'une est restée stable pendant les 6 mois qu'a duré l'expérience, celle de l'autre a diminué très rapidement, le taux maximum de mycose ne dépassant plus 20% après le 1^er essai. Le passage sur l'h?te expérimental n'a pas eu pour effet de modifier cette situation. Ces résultats, ainsi que leurs implications, sont discutés. Ils soulignent l'importante variabilité comportementale qui peut exister au sein d'une même espèce d'Entomophthorale. Avec la collaboration technique deMonique Arnault et deNelly Delatre.     

READER REACTION

Lors d'une récente discussion sur les critères de Prentice (1989) concernant les variables de remplacement (surrogate endpoints) et le rôle joué dans ce contexte par les meta‐analyses, Alonso et al. (Biometrics 60, 724–728) développent quelques idées, parmi lesquelles une proposition de construire une mesure chiffrant la puissance d'une variable de remplacement par rapport aux critères de Prentice, quantifiés par la réduction de la vraisemblance. Quoique nouvelle ici on peut rencontrer la même idée ailleurs et la mesure d'Alonso et col, telle que présentée dans leur article, aura besoin de modification afin de pouvoir être utilisée en général. Sans cela la mesure est influencée par la censure même quand cette dernière reste indépendante du mécanisme de survie. Toutefois il existe une solution simple. La mesure d'Alonso et coll s'encadre facilement avec une théorie bien établie. Une fois modifiée alors pour la présence de censure la mesure peut être utilisée sans difficulté. Il est particulièrement intéressant de constater la grande disponibilité d'un logiciel, SAS, fournissant un coefficient qui, moyennant une transformation élémentaire, s'approche d'une valeur équivalente dans la population.     

A granulosis ofEupsilia transversa Hufn. (Lepidoptera,Noctuidae) in West Norway

Résumé La NoctuelleEupsilia transversa Hufn. était abondante dans l'Ouest de la Norvège en 1962, la chenille causant de graves dégats aux arbres fruitiers. En 1963, une infestation de granulose apparut sur les chenilles et en deux années réduisit la population à un niveau très bas. Le syndrome de la larve malade est décrit. Les résultats de quelques essais d'infection à petite échelle permettent de considérer ce virus comme capable de réduire effectivement la population deE. transversa dans les conditions de laboratoire. La granulose semble être léthale à tous les stades du ravageur sauf le dernier.      

Ergebnisse der integrierten Schädlingsbekämpfung im Zwetschenbau

Résumé Les pruniers présentent des conditions spécialement favorables à l'étude des possibilités de la lutte intégrée, un seul traitement post floral avec des insecticides — sans addition de fongicides — étant nécessaire pour lutter contre les ennemis typiques des arbres à noyaux. L'observation de la biocoenose duran't des périodes plus longues fait para?tre des différences prononcées après l'application des produits chimiques usuels et de celle du Dipterex qui est moins dangereux pour la plupart des espèces d'acariens prédateurs et considéré de ce fait comme utilisable dans la lutte intégrée. Contre les insectes typiques pour les arbres à noyaux, la combinaison Parathion-Métasystémox s'est avérée être la plus efficace parmi les produits chimiques usuels; il en est de même pour le Dipterex. Les différences entre les deux produits précités se manifestent chez les araignées rouges; les produits usuels, après avoir exercé une action assez persistante, permettent vers la fin de l'été une ponte massive d'œufs d'hiver, ce qui entra?ne la menace d'une pullulation permanente pour les arbres. Tout en assurant la destruction des générations printanières de l'araignée rouge, le Dipterex épargne les acariens prédateurs qui, de leur c?té, amènent une diminution des pontes d'œufs d'hiver de cet ennemi. Son application répétée annuellement peut constituer une lutte efficace et être suivie de la disparition graduelle de l'araignée rouge.      

The sugarcane borer sex attractant

Investigations with the sugarcane borer sex pheromone have been conducted in the laboratory and field since 1964 to: (1) develop a suitable synthetic diet for rearing large numbers of larvae; (2) develop a reliable bioassay to aid chemical studies of the pheromone; (3) study male response in the field to the pheromone; (4) determine the effects on natural populations of trapping males in small field plots; and (5) identify the pheromone. More than 1,000,000D. saccharalis have been reared on synthetic diets during the past 4 years. Bioassay techniques for detecting active fractions separated during chemical studies have been developed. Statistically significant reductions in sugarcane borer infestations and damage to sugarcane have been attained in small replicated field plots. Male movement in the field has been studied utilizing marking and release techniques. About 1400 males of the bluegrass webworm,C. teterrellus, responded to cagedD. saccharalis females during two years of field work, thus providing evidence for a lack of species specificity of the pheromone.

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Résumé La découverte en 1964 d’une phéromone sexuelle efficace chez le foreur de la canne à sucre,Diatraea saccharalis (F.) a stimulé la recherche pour identifier et synthétiser la phéromone et faire l’étude de ses possibilités d’emploi dans la lutte contre ces ravageurs.D. saccharalis est le principal insecte nuisible à la canne à sucre en Louisiane où il cause environ 13% des pertes annuelles. Les femelles vierges commencent à émettre ce produit chimique après l’émergence et elles sont le plus attractives pendant les trois premiers jours de vie, ensuite l’attraction diminue avec l’age. Généralement les femelles cessent d’attirer les males après l’accouplement et la majorité des femelles s’accouplent seulement une fois dans la nature, où l’activité sexuelle a lieu entre une heure et quatre heures du matin. Plus d’un million de larves ont été élevées en laboratoire ces quatre dernières années. Environ 75% des abdomens des femelles obtenues ont été utilisés par les chimistes qui cherchent à identifier la phéromone. Des réductions significatives de l’infestation par le foreur et des préjudices à la canne à sucre ont été enregistrées dans de petites parcelles où étaient disposés 400 à 800 pièges par acre, chaque piège contenant une femelle vierge. Il n’y a pas eu de réductions significatives l’année suivante quand la densité des pièges a été réduite à 80 par acre, cependant les captures de males ont augmenté de presque 2,5 fois. Les nombres de males marqués recapturés au point de lacher ne diffèrent pas significativement si les lachers ont été faits à des distances de 40, 80, 160 et 320 pieds du piège renfermant les femelles vierges, et seulement 4,44 pour cent des males ont été recapturés. Ces phénomènes sont peut être dus à la dispersion des males à partir des points de lacher avant leur réponse à la phéromone. Le manque de spécificité de la phéromone a été déjà signalé. Pendant les deux ans d’essais dans la nature, les pièges avec les femelles vierges deD. saccharalis ont attiré beaucoup de males deCrambus teterrellus Zincken.

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Presented at the symposium OILB on borers of graminaceous plants. Paris, 24th sept. 1970.     

DISCUSSION PAPER

Principal Stratification Designs to Estimate Input Data Missing Due to Death Nous nous intéressons à des études portant sur des cohortes d'individus après la survenue d'un événement critique, comme une blessure, et ayant les caractéristiques suivantes. Premièrement, les études sont conçues pour mesurer des variables d'“input”, qui décrivent la période avant l'événement critique, et pour caractériser la distribution des variables d'“input” dans la cohorte. Deuxièmement, les études sont conçues pour mesurer des variables d'“output”, principalement la mortalité après l'événement critique et pour caractériser la distribution prédictive (conditionnelle) de la mortalité connaissant les variables d'“input” dans la cohorte. De telles études présentent souvent la complication que les données d'“input” manquent pour ceux qui meurent peu après l'événement critique car le recueil des données est réalisé après l'événement. Les méthodes standard de prise en compte des “inputs” manquants, telles que les méthodes d'imputation ou de pondération basées sur l'hypothèse que l'on peut ignorer le processus de données manquantes, sont connues comme étant en général non valides quand le processus de données manquantes ne peut être ignoré, c'est à dire quand la distribution des “inputs” est différente chez ceux qui meurent et ceux qui survivent. Pour répondre à ce problème, nous proposons un nouveau schéma qui recueille et utilise l'information sur une autre variable importante—un traitement ou une variable sous contrôle externe, qui, si elle avait étéà son niveau optimal aurait pu empêcher le décès de ceux qui sont morts. Nous montrons que ce nouveau schéma peut être utilisé pour faire des inférences valides pour la distribution marginale des “inputs” dans la cohorte entière et pour la distribution conditionnelle de la mortalité connaissant les “inputs”, également dans la cohorte entière, même si le processus de données manquante ne peut être ignoré. Le contexte crucial que nous utilisons est la stratification principale basée sur les “outputs” potentiels, comme ici la mortalité après les deux niveaux de traitement. Nous montrons aussi à l'aide de données préliminaires sur des blessures, que notre approche peut donner des résultats qui sont plus raisonnables que les résultats obtenus par les méthodes standard, et ceci de façon relativement dramatique. Ainsi notre approche suggère que le recueil en routine de données sur des variables qui pourraient être utilisées comme traitement possible dans de telles études d'“inputs” et de mortalité devrait être fait en routine.     

Les possibilités de l'application des germes pathogènes dans la lutte contre les chenilles défoliatrices

Résumé L'utilisation des germes pathogènes est une solution du problème de la sélectivité. Des solutions concurrentes existent avec certains pesticides chimiques. L'utilisation des germes pathogènes est donc envisagée d'une manière pragmatique en négligeant les problèmes de recherches fondamentales. Pour cette raison les mycoses et les protozoonoses ne sont pas retenues. Les viroses offrent un exemple de la plus grande spécificité d'action. L'application des virus d'insectes a été surtout développée en sylviculture. Une grande difficulté est la multiplication des virus sur organismes vivants. Les bactérioses peuvent être seules retenues pour l'agriculture et l'arboriculture intensives: elles ont un spectre d'action assez étendu mais suffisamment sélectif; les bactéries qui nous intérresent peuvent être multipliées industriellement. Le statut deBacillus thuringiensis Berliner et les propriétés des préparations commerciales ont fait l'objet de développements récents. Dans une revue critique des applications de ces préparations en arboriculture fruitière, on considère d'abord le cas des Mineuses et des Tordeuses. Presque toutes ces chenilles sont susceptibles àB. thuringiensis. Mais la difficulté d'utilisation des préparations est de nature éthologique. De bons résultats sont obtenus au Canada contreArgyrotaenia et en U.R.S.S. contreHyponomcuta. En U.R.S.S. on utilise des produits mixtes à concentration réduite (0,5%) de préparation bactérienne et à concentration extrêmement faible (0,002%) de D.D.T. Les résultats contre le Carpocapse sont négatifs. Les résultats contre les chenilles défoliatrices sont très satisfaisants: en Hollande et au Canada contreMalacosoma; au Canada contre les Géométrides,Operophtera etAlsophila espèces très susceptibles àB. thuringiensis, à la dose de 1 à 2 pounds de préparation (titrant 30×10⁹ spores viables par gramme) pour 100 gallons, soit environ, 1,5%; en France, ces résultats sont confirmés. En conclusion, l'utilisation en verger des prépararations commerciales deBacillus thuringiensis doit être ?intégrée? dans un programme général de protection comprenant à la fois les traitements chimiques et les méthodes culturales. De tels programmes sont actuellement expérimentés dans certains vergers de Pommiers par l'I.P.O. et le T.N.O. en Hollande.     

Influence de la présence de la fourmi Wasmannia auropunctata (Roger 1863) (Hymenoptera : Formicidae) sur les autres espèces de fourmis dans la réserve de la Lopé (centre du Gabon)

Résumé

Wasmannia auropunctata (Roger 1863) est une fourmi originaire d’Amérique du Sud. Elle a été introduite au Gabon vers 1920 par des agronomes qui l’ont utilisée comme agent de lutte biologique contre certains insectes parasites du cacaoyer. Aujourd’hui, cette fourmi se retrouve en zone forestière même hors des anciennes plantations de cacaoyers. Depuis 1984, sa présence a été signalée dans le parc national de la Lopé qui fait partie des réserves protégées du Gabon. Des études antérieures réalisées en Nouvelle-Calédonie ont montré que la présence de W. auropunctata a d’énormes conséquences sur la biodiversité car elle a fait disparaître l’ensemble des fourmis de cette région. Quel peut donc être l’impact de sa présence au Gabon dans la zone de la Lopé? Ces études préliminaires de l’impact de W. auropunctata sur la biodiversité de la Lopé ont consisté à évaluer la dispersion de cette espèce et la densité relative des autres espèces de fourmis en présence sur le site. Les résultats montrent que W. auropunctata se répartit selon un gradient décroissant du point d’introduction vers l’intérieur de la forêt jusqu’à une distance de 120 m. Il n’y a pas de W. auropunctata au-delà de cette distance. Du point d’introduction jusqu’à 80 m de distance, la densité relative des autres espèces de fourmis varie de 0 à 10 %. Lorsqu’il y a forte densité de W. auropunctata, les autres espèces de fourmis sont absentes.     

Imported and indigenous natural enemies of citrus coccids and aphids in Cyprus,and an assessment of their potential value in integrated control programmes

Résumé L'application d'insecticides de contact sur lesCitrus à Chypre a apporté des perturbations à l'équilibre naturel si bien que certains insectes nuisibles ont pris une importance accrue et de sévères infestations d'insectes normalement sans importance sont survenues. Ceci est particulièrement sensible dans le cas des Coccides. La situation dans les cultures non traitées révèle de fa?on évidente que, à partLepidosaphes beckii newm., les cochenilles nuisibles ont des ennemis naturels capables d'assurer un contr?le économique en l'absence de facteurs adverses susceptibles de freiner leur activité. L'équilibre naturel du Pou rouge (Aonidiella aurantii mask) est très facilement bouleversé. Il devient spécialement dangereux quand les insecticides de contact sont utilisés. Les ennemis les plus fréquents des Cochenilles desCitrus sont répertoriés. Dans quelques cas, l'importance relative des espèces attaquant certains insectes nuisibles dans des situations variées, est précisée. L'importation de 5 espèces d'Aphytis est notée. L'intégration de la lutte chimique qui est nécessaire avec la lutte biologique est discutée. Enfin, les moyens de détermination des programmes de traitements sont esquissés.      

Biological control ofCuscuta spp. II. Biology and host-plant range ofMelanagromyza cuscutae Hering [Dipt. agromyzidae]

Résumé Melanagromyza cuscutae Hering était considéré comme un agent biotique prometteur pour la lutte biologique contre la Cuscute. Dans les conditions de laboratoire, les imagos en présence de Cuscute et d'une solution de miel s'accouplent 1 à 4 jours après leur émergence, habituellement le matin, pendant 2 à 5 heures. Les femelles pondent 2 à 8 jours plus tard et cela durant 6 à 15 jours; au cours de leur vie (8 à 21 jours), chaque femelle dépose 11 à 132 œufs avec un maximum de 31 œufs dans une journée. L'éclosion des œufs se produit après 1 ou 2 jours. Les 3 stades larvaires et le stade pupe durent respectivement 7 à 8 et 8 à 13 jours. La ponte détermine une hyperplasie des cellules de la plante h?te et le forage des tiges entra?ne leur durcissement, leur noircissement puis leur dessiccation sur 10 cm. Un fort parasitisme (60–70%) par 6 espèces d'Hyménoptères a été observé en mai et juin. La Mouche était active en mars-avril et septembre–novembre en plaine et en juin–juillet en montagne, lorsque les températures étaient comprises entre 17 et 23°C. Les périodes défavorables sont passées à l'état de pupe dans les tiges minées. Les tests de spécificité ont montré que les femelles fécondées refusent de pondre dans 81 espèces de plantes appartenant à 42 familles. Seuls,Tradescantia sp. etIpomoea batatas re?urent chacune 1 œuf qui évolua normalement tandis que la larve n'a pas poursuivi son développement. L'alimentation de l'adulte surCuscuta semble essentielle pour la reproduction: en l'absence de cette plante, l'accouplement et le développement ovarien n'ont pas lieu.      

Hyphomycètes prédateurs de nématodes dans une prairie du Limousin

Résumé Une étude a été réalisée en Limousin sur une prairie permanente paturée par des moutons pour mettre en évidence la présence d'hyphomycètes prédateurs et étudier leur répartition dans le temps. Nous avons isolé 390 souches réparties en 5 genres et 13 espèces. Les champignons sont présents tout le temps; certains ont été isolés d'une manière plus sporadique et d'autres n'ont été trouvés qu'à des moments précis. Nous avons pu démontrer la large répartition géographique d'espèces signalées jusqu'ici de biotopes particuliers. Deux des especes identifiées semblent présenter les qualités requises pour être utilisées en lutte biologique:Dactylaria brochopaga Drechsler et unMonacrosporium sp.

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Summary We have researched the presence of nematophagous fungi during 17 months in a permanent pasture grazed by a flock of sheep. 390 strains were isolated and identified. 13 species from 5 genera were found. One of these species (Arthrobotrys oligospora Fresenius) was present every month, other fungi (8 species) from time to time and 4 species were recovered only once. Some species were evenly distributed on the pasture and could be isolated from all the sites sampled whereas other species were found only in specific sites. Several of the species isolated were reported previously only from very distant geographical regions. Their isolation from France demonstrates their world-wide distribution. The species most commonly encountered were:Arthrobotrys oligospora, A. irregularis Mekhtieva,Dactylaria candida Saccardo andMonacrosporium salinum Cooke & Dickinson. The possible use of 2 speciesD. brochopaga andMonacrosporium sp. in biological control is discussed.

     

Réflexion sur l'utilisation des auxiliaires entomophages contreDiprion pini [Hym. Diprionidae]

Résumé Le problème de la lutte biologique en forêt, par utilisation d'entomophages indigènes, est discuté dans le cas d'un hyménoptère, le diprion du pin,Diprion pini L. Des études de dynamique des populations montrent que le schéma de progression spatiale des populations de cet insecte dans le sud du Bassin Parisien semble se renouveler à chaque pullulation. De plus les parasites représentent un véritable “facteur clé”. Leur incidence varie notamment de génération en génération: en faible nombre au début d'une gradation, ils ne peuvent alors en empêcher le développement; mais ensuite leur multiplication assure une régression brutale du ravageur. Dans ces conditions, des interventions assez peu onéreuses et faciles à réaliser, comme de simples transports de matériel parasité pourraient être efficaces; elles supposent toutefois le développement d'un foyer initial d'infestation. En revanche l'élevage d'espèces régulatrices commeAchrysocharella ruforum Krausse etPleolophus basizonus Grav. permettrait d'assurer la préservation permanente des massifs forestiers.

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Summary The spatial pattern of insect populations progression in southern “Bassin Parisien”, showed by population dynamics studies, seems to happen again for every outbreak. Parasites are moreover a true “key-factor”. Their effect is quite different from one generation to another one; scarce at the beginning of an outbreak, they cannot stop its evolution; but then, their increase allows a brutal collape of the pest. In such a case, cheap and easily achieved operations as simple carryings of parasited insects may be efficient, but they need the development of a first infestation focus. In return breeding of regulating species asAchrysocharella ruforum Krausse andPleolophus basizonus Grav. would be able to sure forest stands permanently.

     

Variation du comportement chezMetaphycus lounsburyi [Hym.: Encyrtidae]

Résumé L'étude du comportement de trois populations naturelles deMetaphycus lounsburyi Howard de Californie, Espagne, Italie, montre d'importantes (comportement de ponte, accouplements hétérogamiques) ou de faibles différences (réceptivité de l'h?te, décalage des niches écologiques), sans différences morphogiques.M. lounsburyi est considéré comme une super-espèce. Deux semi-espèces sont reconnues (méditerranéenne, californienne importée d'Australie) qui sont jugées comme suffisamment isolées génétiquement, pour être utilisées dans les mêmes vergers en vue de la lutte biologique contre la cochenille noire de l'olivier et des agrumes,Saissetia oleae (Olivier).

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Summary Behavioural study of 3 natural populations ofM. lounsburyi Howard from California, Spain, Italy, shows large (egg-laying behaviour, heterogamic matings) or little differences (host acceptance, shifting of ecological niches), without morphological differences.M. lounsburyi is considered as a super-species. Two semi-species are recognized (Mediterranean, Californian imported from Australia) which are sufficiently isolated genetically, to be used in the same orchards for biological control against the Olive and Citrus Black Scale,Saissetia oleae (Olivier).

     

Industrial and international standardization of microbial pesticides — II. Insect viruses

Nuclear polyhedrosis virus (Baculovirus) (NPV) preparations, designed for biological control of insects, have to be standardized by bioassay in nearly the same way asBacillus thuringiensis preparations. Specific problems and bioassay techniques of NPV preparations are discussed. It seems necessary to use a standard reference sample in each bioassay. For each particular NPV virus an experimental standard reference preparation could be prepared by those laboratories already involved in biological control studies of a given virus. They should pay particular attention to the study of storage conditions.

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Résumé Les préparations à base de virus à polyèdres nucléaires (Baculovirus) destinées à la lutte biologique contre les insectes, doivent être étalonnées par des essais biologiques selon une méthodologie analogue à celle utilisée pour les préparations à base deBacillus thuringiensis. Les problèmes spécifiques aux virus et les techniques de titrage biologique qui leur sont adaptées sont discutés. Il semble nécessaire d'employer dans chaque cas une préparation de référence. Pour chaque virus à polyèdres nucléaires cette préparation de référence est à mettre au point par les laboratoires qui sont déjà concernés par les recherches sur l'utilisation en lutte biologique du virus considéré. Une attention particulière doit être portée à l'étude des conditions de conservation de ces étalons.

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In cooperation with the Texas Agricultural Experiment Station, Texas A & M University, College Station 77843. Paper read at the Symposium “Standardization and Safety of Microbial Pesticides” XVth. International Congress of Entomology, Washington 19–27 August 1976.     

Economic importance ofRhagoletis cerasi L., the feasibility of genetic control and resulting research problems

The authors — all members of the recently established O.I.L.B. working group — give in this first report a brief introduction into the pest problem and the biological, economic and environmental aspects which are favourable for the application of genetic control methods againstR. cerasi.

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Résumé En vue du développement des recherches sur la Mouche des cerises en Europe, un groupe de travail de l'O.I.L.B. pour la lutte génétique contreRhagoletis cerasi a été formé par les 4 auteurs. Des contributions du groupe seront désormais publiées sur le problème de la lutte autocide sous ce titre. Les hautes exigences imposées par le marché à la qualité intérieure et extérieure des cerises de table et de conserves d'une part, les pertes financières importantes causées par la disqualification des fruits infestés pour la distillation d'autre part, exigent des moyens de lutte efficaces. L'influence des mesures de lutte sur la biocénose doit cependant être minime. Les possibilités et avantages ainsi que les limites de l'application de la lutte génétique sont discutés en fonction de la situation favorable des points de vue topographique, écologique et biologique. En conclusion, la situation pour l'application de la lutte génétique peut être jugée favorable dans des cas choisis. Les taches de recherche qui en résultent sont commentées et complétées par un exposé sur la situation actuelle des travaux en cours.

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First Report of the O.I.L.B. working group on genetic control of the European cherry fruit fly,Rhagoletis cerasi L.     

CONSULTANT'S FORUM

R. A. Betensky , C. K. Christian , M. L. Gustafson , J. Daley , and M. J. Zinner 598 Le Groupe Leapfrog, un consortium de plus de 100 grands employeurs, qui déclare fournir collectivement l'assurance santéà plus de 33 millions de personnes, s'est réuni en 2000 dans le but d'utiliser les ressources du marché pour améliorer la qualité des soins de santé. Le résultat de l'initiative du groupe Leapfrog suggère la référence sélective des procédures complexes aux hôpitaux d'activitéélevée et détermine des seuils d'activité d'ensemble pour cinq procédures. Ceci a été basé sur l'hypothèse que les hôpitaux à faible volume d'activité présentent une mortalité plus élevée, ce qui peut être perçu comme l'hypothèse, en termes statistiques simplifiés, que le paramètre p de la binomiale est une fonction décroissante de n. L'analyse de la corrélation entre les rapports normalisés de la mortalité des hôpitaux (SMR, ie, le rapport de décès observés par rapport aux décès prévus) et les volumes d'activité des hôpitaux est révélatrice au sujet de l'hypothèse volume/mortalité. Cela présente un exemple pédagogique peu commun dans lequel la détection de la corrélation en présence de la dépendance non linéaire est d'intérêt primaire, alors que la corrélation au sens de Pearson est parfaitement adaptée. Les mesures non paramétriques fréquemment utilisées de l'association bivariée sont inadéquates, car elles ne peuvent pas faire de distinction entre la notion de corrélation et la notion de dépendance. T. A. Alonzo and J. M. Kittelson 605 La précision (sensitivité et spécificité) d'un nouveau test de dépistage peut être comparéà celui d'un test standard en appliquant les deux tests à un groupe de sujets pour lesquels le statut vis‐à‐vis de la maladie peut être déterminé par un « gold standard » (GS). Cependant, il n'est pas toujours possible d'utiliser le GS pour tous les sujets de l'étude. Par exemple, une étude est planifiée pour évaluer si le nouveau test de dépistage des cancers cervicaux (« ThinPrep ») est meilleur que le test standard (« Pap »), et dans ce cas, il n'est pas faisable (ou éthique) de déterminer le statut vis‐à‐vis de la maladie en réalisant une biopsie, dans le but d'identifier des femmes avec ou sans pathologie pour participer à l'étude. Quand le statut vis‐à‐vis de la maladie ne peut être connu pour tous les sujets de l'étude, la précision relative de deux tests de dépistage peut toujours être estimée en utilisant un schéma de dépistage positif apparié (PSP), dans lequel tous les sujets reçoivent les deux test de dépistage, mais n'ont le GS que si l'un des deux tests de dépistage est positif. Malheureusement, dans l'exemple des cancers cervicaux, le protocole PSP n'est pas non plus praticable puisqu'il n'est techniquement pas possible d'administrer et le ThinPrep et le Pap au même moment. Dans ce papier, nous évaluons un schéma de dépistage positif apparié randomisé (RPSP), dans lequel les sujets sont randomisés pour recevoir dans un premier temps un des deux tests de dépistage, et ils reçoivent l'autre test et le GS seulement si le premier test de dépistage est positif. Nous calculons les estimations du maximum de vraisemblance et les intervalles de confiance de la précision relative des deux tests de dépistage, et évaluons le comportement de ces estimations, sur petit échantillon, par des études de simulations. Des formules de calcul du nombre de sujets nécessaires sont appliquées à l'exemple d'essai de dépistage du cancer cervical, et l'efficacité du schéma DAPR est comparé avec d'autres schémas. G. Qin and X.‐H. Zhou 613 Pour un test diagnostic sur une échelle continué, l'indicateur le plus communément utilisé pour résumer la courbe ROC est l'aire sous la courbe (AUC) pour refléter la justesse de ce test diagnostic. Dans cet article, nous proposons une approche de vraisemblance empirique pour l'inférence sur l'AUC. Nous définissons tout d'abord un rapport de vraisemblance empirique pour l'AUC et nous montrons que sa distribution limite est un khi‐deux ajusté. Nous obtenons alors un intervalle de confiance pour l'AUC basé sur la vraisemblance empirique en utilisant la distribution du khi‐deux ajusté. Cette inférence par vraisemblance empirique pour l'AUC peut être étendue à des échantillons stratifiés, la distribution limite qui en résulte est alors une somme pondérée de khi‐deux indépendants. De plus nous avons réalisé des simulations pour comparer la performance relative de l'intervalle obtenu par l'approche de vraisemblance empirique par rapport aux intervalles obtenus avec l'approximation normale et par rééchantillonnage de type ?bootstrap?.     

REGULAR ARTICLES

Generalized Additive Modeling with Implicit Variable Selection by Likelihood‐Based Boosting L'utilisation des modèles additifs généralisés dans l’analyse statistique de données souffre de la restriction à quelques variables explicatives et du problème du choix des paramètres de lissage. Le «boosting» d’un modèle additif généralisé contourne ces problèmes par l’intermédiaire d’un ajustement par étapes d’algorithmes d'apprentissage faibles. Une procédure d’ajustement est dérivée qui fonctionne pour toutes les familles de distribution exponentielle simple, incluant les variables réponse binomiale, de Poisson et normales. La procédure combine la sélection de variables et la détermination du degré approprié de lissage. Comme algorithmes d’apprentissages faibles, sont considérés les splines de régression pénalisés et les «stumps» pénalisés nouvellement introduits. Les estimations des déviations standard et les critères d’arrêt qui sont des problèmes notoires dans les procédures itératives sont basés sur une matrice chapeau approchée. La méthode est montrée comme étant un fort compétiteur par rapport aux procédures habituelles pour ajuster des modèles additifs généralisés. En particulier, il fonctionne très bien dans des situations à haute dimensionnalité avec beaucoup de variables de nuisance dans le prédicteur. Variable Selection for Logistic Regression Using a Prediction‐Focused Information Criterion L’utilisation de critères d’information pour guider la sélection des variables est habituelle en biostatistique. Nous proposons de nouvelles versions du critère de l’information ciblée (CIC) pour sélectionner les variables en régression logistique. Ce critère fournit des ensembles de variables qui dépendent de la cible à estimer. Sous sa forme standard, le CIC mesure l’erreur quadratique moyenne associée à l’estimateur de la quantité d’intérêt dans le modèle sélectionné. Nous proposons des formulations plus générales du CIC, autorisant d’autres mesures de risque, comme celles fondées, par exemple, sur l’erreur‐L_p. Quand on s’intéresse à la prédiction d’un événement, comme c’est souvent le cas dans les applications médicales, nous construisons un CIC fondé sur une mesure naturelle du risque, le taux d’erreurs. Une étude par simulation et l’application à une étude concernant la rétinopathie diabétique illustrent l’intérêt d’un critère de l’information dépendant à la fois de la quantité d’intérêt et de la mesure de risque choisie. A Goodness‐of‐Fit Test for Multinomial Logistic Regression Cet article propose un test d’adéquation d’un modèle logistique à des réponses multinomiales ou binomiales. Il s’agit d’un test du score de l’hypothèse nulle d’adéquation contre l’hypothèse alternative que les résidus de sous‐échantillons proches dans l’espace des covariables ont tendance à se ressembler. La statistique de test est une somme de carrés de résidus lissés qui peut s’interpréter comme un test du score dans un modèle mixte. La spécification de la distance dans l’espace des covariables permet de choisir l’hypothèse contre laquelle le test est dirigé et d’en faire soit un test omnibus, soit un test ad hoc de l’adéquation par rapport à l’effet de certaines covariables du modèle ou par rapport à certaines modalités d’une réponse multinomiale. A Generalized Response Surface Model with Varying Relative Potency for Assessing Drug Interaction Lors de l’administration simultanée de plusieurs traitements les investigateurs cherchent souvent àétablir quel est le type d’interaction entre les substances: potentialisation, synergie ou antagonisme. De nombreux modèles de surface de réponse, basés sur le modèle d’additivité de Loewe, exigent que le rapport d’activité (ou la puissance relative) soit constant et certains d’entre eux utilisent un seul paramètre pour décrire le type d’interaction. L’hypothèse d’un rapport d’activité constant est cependant trop restrictive et les modèles à un paramètre sont inadéquats quand le type d’interaction varie en fonction des combinaisons des substances. Nous proposons un modèle généralisé de surface de réponse utilisant une fonction de la dose au lieu d’un paramètre unique pour décrire l’écart à l’additivité. Le modèle proposé peut incorporer également des variations des rapports d’activité variables entre plusieurs substances. La capacité du modèle à décrire les différentes formes d’interaction est illustrée par des exemples et des simulations. Semiparametric Analysis of Zero‐Inflated Count Data La recherche médicale et de santé publique est souvent impliquée dans l’analyse de données de comptage qui contiennent une grande proportion de zéros, telles que le nombre d’attaques cardiaques et le nombre de jours d’arrêt de travail dans une période donnée. Pour modéliser de telles données, on utilise généralement un modèle de régression de Poisson avec un grand nombre de zéros, qui suppose une hétérogénéité en deux points dans la population caractérisée par un effet binaire aléatoire. Les sujets sont grossièrement séparés en deux catégories, le groupe à faible risque pour les comptages à zéro, et le groupe à haut risque (ou normal) pour lequel on peut utiliser un modèle de régression de Poisson. Le but principal est d’identifier les variables explicatives qui ont des effets significatifs sur (i) la probabilité que le sujet appartienne au groupe à faible risque au moyen d’une régression logistique; et (ii) la taille des comptages sachant que le sujet est issu du groupe à haut risque, au moyen d’un modèle de régression de Poisson où les effets des covariables sont supposés liés linéairement au logarithme naturel de la moyenne des comptages. Dans cet article, nous construisons un modèle semi‐paramétrique de régression de Poisson à zéro augmenté qui postule une relation possiblement non linéaire entre le logarithme naturel de la moyenne des comptages et une covariable particulière. Nous proposons une méthode de criblage pour l’estimation par maximum de vraisemblance. Les propriétés asymptotiques de cette méthode d’estimation sont discutées. Nous montrons que, sous certaines conditions assez faibles, les estimateurs sont asymptotiquement efficaces et normalement distribuées. Des études de simulation ont été réalisées pour voir les performances de la méthode proposée. Pour l’illustrer, cette méthode a été utilisée sur un jeu de données provenant d’une enquête de santé publique en Indonésie, où la variable d’intérêt est le nombre de jours d’arrêt de travail dus à la maladie pendant une période de quatre semaines Semiparametric Analysis of Two‐Level Bivariate Binary Data Dans les études médicales, des réponses binaires appariées sont souvent observées pour des sujets étudiés au cours du temps ou pour des grappes. L'intérêt premier est d'étudier comment l'association bivariée et les risques marginaux univariés sont affectés par des mesures répétées sur chaque sujet. Pour atteindre ce but, nous proposons une classe très générale de modèles binaires bivariés semi‐paramétriques. Les effets spécifiques du sujet inclus dans le log odds‐ratio bivarié et les composantes logit univariées sont supposées suivre un processus non paramétrique de Dirichlet (DP). Nous proposons une méthode hybride pour faire de l'inférence basée sur le modèle. Dans la construction de la méthode hybride proposée, l'estimation des paramètres est faite en implémentant un algorithme de Monte‐Carlo EM (MCEM). La méthodologie proposée est illustrée par une étude de l'efficacité du Tibolone, pour réduire les problèmes liées à la ménopause rencontrés par les femmes indiennes. Une étude de simulation est aussi conduite pour évaluer l 'efficacité de la nouvelle méthodologie. A Nonlinear Model with Latent Process for Cognitive Evolution Using Multivariate Longitudinal Data La cognition n’est pas directement mesurable. Elle est évaluée à l’aide d’une batterie de tests psychométriques qui peuvent être considérés comme des mesures quantitatives bruitées de la cognition. L’objectif de cet article est de proposer un modèle permettant de décrire la cognition non observée chez les personnes âgées et d’évaluer l’impact de variables explicatives directement dessus. Le processus latent défini en temps continu et représentant la cognition est modélisé par un modèle linéaire mixte prenant en compte des variables dépendantes du temps et les tests psychométriques sont ensuite définis comme des transformations nonlinéaires paramétrées du processus latent. L’estimation des paramètres à la fois dans le modèle mixte et dans les transformations nonlinéaires est obtenue en maximisant la vraisemblance observée et des méthodes graphiques sont utilisées pour évaluer l’adéquation du modèle. La méthode est appliquée aux données de la cohorte prospective française PAQUID. Low‐Rank Scale‐Invariant Tensor Product Smooths for Generalized Additive Mixed Models Une méthode générale est présentée pour construire des fonctions de lissage basées sur des produits tensoriels de faible rang et utilisées comme composantes de GAMs ou de GAMMs. Une approche de type régression pénalisée est adoptée dans laquelle chaque produit tensoriel de plusieurs variables est construit à partir des lisseurs de chaque variable prise séparément, ces lisseurs «marginaux»étant définis avec une fonction de faible rang et associée à une pénalité quadratique sur les fluctuations. Les lisseurs offrent plusieurs avantages (i) ils ont une pénalité sur les fluctuations pour chaque covariable et sont donc insensibles à une transformation linéaire des covariables, les rendant utiles quand il n’y a pas de façon naturelle pour mettre à l’échelle les covariables entre elles; (ii) ils ont un plage utile du degré de lissage personnalisable, à la différence de la pénalité unique des lisseurs par produit tensoriels qui sont invariants à l’échelle; (iii) le rang relativement bas des lisseurs fait qu’ils sont numériquement efficients; (iv) les pénalités des lisseurs sont aisément interprétables en terme de forme de la fonction; (v) les lisseurs peuvent être générés complètement automatiquement à partir des fonctions de lissage marginales et des pénalités quadratiques associées, donnant au modélisateur une flexibilité considérable pour choisir la combinaison de base des pénalités la plus apporpriée à chaque tâche de modélisation; (vi) les lisseurs peuvent aisément être écrits comme des composants d’un modèle mixte linéaire ou linéaire généralisé standard, permettant de les utiliser comme des composants de la riche famille de tels modèles implémentés dans des logiciels standard et d’avoir l’avantage de méthodes numériques efficientes et stables qui ont été développées pour de tels modèles. Une petite étude de simulation montre que les méthodes peuvent favorablement se comparer aux méthodes ANOVA avec splines lissants récemment développées. Joint Modeling of Survival and Longitudinal Data: Likelihood Approach Revisited L’approche par le maximum de vraisemblance a permis de modéliser conjointement, dans les études longitudinales, le délai de survie et ses covariables longitudinales. Des effets aléatoires dans le processus longitudinal est souvent utilisé pour modéliser les délais de survie au travers d’un modèle à risques proportionnels, et cela fait appel à un algorithme EM pour rechercher l’Estimateur du Maximum de Vraisemblance (MLEs). Plusieurs problèmes sont étudiés ici, à savoir la robustesse du MLEs par rapport à un écart à l’hypothèse de normalité des effets aléatoires, ainsi que les difficultés pour obtenir des estimateurs fiables de l’écart type du MLEs via l’approche par la vraisemblance. Nous apportons des éclaircissements sur la propriété de robustesse et suggérons de passer outre les difficultés de la fiabilité de l’estimateur des écart‐types en utilisant des procédures de bootstrap. Des simulations et des analyses de données illustrent nos propos. Bayesian Semiparametric Dynamic Frailty Models for Multiple Event Time Data Beaucoup d’études biomédicales collectent des données sur le délai d’apparition d’un événement de santé, qui peut se produire de manière répétitive, comme les infections, les hospitalisations, les rechutes de la maladie, ou les évolutions tumorales. Pour analyser de telles données, il est nécessaire de prendre en compte la dépendance intra‐sujet entre les délais de ces multiples événements. Motivé par des données d’étude sur les tumeurs palpables, cet article propose un modèle dynamique de fragilité, et une approche inférentielle Bayesienne semi‐paramétrique. Le modèle à risques proportionnels est généralisé pour incorporer une fragilité spécifique à l’individu qui change de manière dynamique avec l’âge, tout en s’accommodant aux risques non‐proportionnels. Les hypothèses paramétriques sur la distribution de fragilité sont évitées en utilisant le processus de Dirichlet comme un a priori pour la fragilité partagée ainsi que pour les innovations multiples sur cette fragilité. En centrant le modèle semi‐paramétrique sur un modèle gamma dynamique conditionnellement‐conjugué, nous facilitons la programmation a postériori et nous évaluons convenablement le manque d’ajustement du modèle paramétrique. La méthode que nous proposons est appliquée à des données issues d’une étude de chimio‐prévention. Interval Mapping of Quantitative Trait Loci for Time‐to‐Event Data with the Proportional Hazards Mixture Cure Model Les modèles de mélange normaux pour établir des cartes génétiques par intervalle ont été un outil fondamental pour l’analyse de traits quantitatifs (QTL) sur des organismes expérimentaux. Quand le phénotype principal étudié est un événement retardé dans le temps, il est naturel d’utiliser alors des modèles de survie, tels que le modèle à risques proportionnels de Cox plutôt que le modèle de mélange normal pour modéliser un tel phénotype. Un enjeu supplémentaire dans la modélisation du temps jusqu’àévénement est de considérer que la population étudiée peut être composée de sujets susceptibles et de sujets non susceptibles. Dans cet article, nous proposons un modèle de mélange semi‐paramétrique à risques proportionnels permettant de prendre en compte une fraction de sujets non atteints, et qui permette de considérer des valeurs manquantes parmi les covariables. Nous discutons les applications de ce modèle à la cartographie des régions chromosomiques QTL, quand le trait principal est un événement apparaissant dans le temps au sein d’une population mixte de patients susceptibles ou non de présenter l’événement. Ce modèle peut être utilisé pour caractériser ces effets QTL, à la fois sur la susceptibilité et sur la distribution du temps jusqu’àévénement, et d’estimer la position de ces QTL. Ce modèle peut intégrer naturellement l’effet conjoint d’autres facteurs de risque. Les estimations par maximum de vraisemblance des paramètres du modèle ainsi que de leur variance peuvent être obtenues numériquement à l’aide d’un EM algorithme. Les méthodes proposées sont évaluées par des simulations sous des conditions couramment rencontrées en pratique et illustrées sur un jeu de données réelles comportant des temps de survie de souris infectées par Listeria monocytogenes. Une extension du modèle aux intervalles multiples est également discutée. Feature‐Specific Penalized Latent Class Analysis for Genomic Data Les données de la génomique sont souvent caractérisées par un nombre important de variables catégorielles mesurées chez un nombre relativement faible d’individus. Certaines de ces variables peuvent être absentes ou non informatives. Un exemple de telles données est la perte d’hétérozygocité (PH), une variable dichotomique observée sur un nombre limité de marqueurs génétiques. Nous considérons d’abord un modèle de classes latentes où, conditionnellement à l’appartenance non observée à l’une des k classes, les variables sont indépendantes avec des probabilités déterminées par un modèle régressif de faible dimension q. A l’aide d’une famille de pénalités incluant l’arête et le lasso, nous étendons ce modèle aux problèmes de plus grande dimension. Enfin, nous présentons une carte orthogonale qui transforme l’espace marqueurs en un espace de ‘caractéristiques’ pour lequel le modèle contraint a un meilleur pouvoir prédictif. Nous illustrons ces méthodes sur des données de PH recueillies sur 19 marqueurs chez 93 patients présentant une tumeur cérébrale. Pour ce jeu de données, la méthode de classe latente non pénalisée ne produit pas d’estimations. De plus, nous montrons que les classes a posteriori obtenues avec cette méthode sont associées à la survie des patients. Quantifying Genomic Imprinting in the Presence of Linkage L’analyse de liaison génétique classique confère le même poids à l’analyse des transmissions des allèles marqueurs paternels et maternels ce qui conduit à une nette baisse de puissance si les gènes étudiés sont soumis au phénomène d’empreinte parentale. Plusieurs stratégies ont été proposées pour prendre en compte les empreintes parentales dans le cadre de l’analyse de liaison modèle‐indépendante des traits binaires. Cependant, aucune de ces méthodes ne propose l’identification et la quantification du phénomène d’empreinte parentale en présence de liaison. En outre, les méthodes disponibles reposent sur l’analyse de paires de germains atteints et décomposent artificiellement les fratries de taille supérieure au prix d’une perte de puissance certaine. Nous proposons ici une approche globale, le MLB‐I (Maximum Likelihood Binomial – Imprinting), pour l’analyse de fratries de toute taille, qui associe i) un test de liaison prenant en compte le phénomène d’empreinte parentale, ii) un test d’empreinte parentale en présence de liaison, iii) un test du caractère complet ou partiel de l’empreinte. Par ailleurs, l’empreinte parentale est quantifiée au moyen d’un indicateur original. La distribution des trois statistiques proposées est dérivée et validée sous leur hypothèse nulle respective par étude de simulation sous différents modèles de transmission génétique. La puissance des tests est également évaluée. Cette méthode est directement applicable au criblage entier du génome comme l’illustre l’analyse de fratries avec des germains atteints de lèpre. Notre approche fournit un nouvel outil pour la dissection de l’empreinte parentale en analyse de liaison modèle‐indépendante, et sera d’un intérêt majeur pour identifier et évaluer la contribution des gènes soumis à empreinte parentale dans les maladies génétiques complexes. A Method for Estimating Penetrance from Families Sampled for Linkage Analysis Quand on découvre un variant génétique en ségrégation avec une maladie, il peut être intéressant d’estimer le risque de la maladie (ou le risque spécifiquement associéà l’âge) pour les individus porteurs du variant. Les familles ayant contribuéà la découverte du variant doivent généralement compter plusieurs porteurs et, de ce fait, si le variant est rare, elles peuvent constituer une source intéressante de sujets d’étude pour l’estimation du risque. Mais ces familles, qui ont attiré l’attention des chercheurs sur le gène en question, peuvent de ce fait ne pas être représentatives de la relation existant entre le statut de porteur du gène et le risque de maladie dans la population. Utiliser ces familles pour estimer le risque pourrait affecter d’un biais l’association trouvée entre le variant et le risque. Le but de cet article est de présenter une méthode d’ajustement pour ce biais potentiel quand on utilise les familles de l’analyse de liaison pour estimer le risque. A Unified Approach for Simultaneous Gene Clustering and Differential Expression Identification Bien que la classification non‐supervisée et l’identification de gènes différentiellement exprimés soient d’importance égale dans la plupart des études utilisant les puces à ADN, ces deux problèmes sont souvent traités de façon indépendante. Clairement, cette stratégie n’est pas la plus efficace pour extraire l’information. L’objectif principal de cet article est de développer une méthode statistique cohérente qui permette de classifier et de détecter simultanément les gènes différentiellement exprimés. Grâce à l’échange d’informations entre ces deux opérations, l’approche proposée produit une classification des gènes plus adéquate et est plus sensible pour identifier les gènes différentiellement exprimés. L’amélioration par rapport aux méthodes existantes est illustrée à la fois par nos résultats de simulations et par une étude de cas. Shrunken p‐Values for Assessing Differential Expression with Applications to Genomic Data Analysis Pour beaucoup de problèmes liés aux technologies produisant des données à grande échelle, l’inférence statistique implique des centaines ou des milliers d’hypothèses. Récemment, beaucoup d’attention a été dévolue aux tests multiples; on s’est concentré en particulier sur le taux de faux positifs. Dans cet article, nous considérons une autre procédure d’estimation nommée «p‐valeurs rétrécies pour l’évaluation de l’expression différentielle» (SPADE). Les estimateurs sont inspirés du principe de risque issu de la théorie de la décision et conduisent à une méthode complètement nouvelle d’ajustement des p‐valeurs obtenues lors de tests multiples. De plus, la théorie de la décision permet de dériver une règle de décision pour contrôler le nombre de faux positifs. Nous présentons des résultats théoriques et illustrons la méthodologie proposée à l’aide de simulations et d’une application à des données d’expression issues d’une étude sur le cancer de la prostate. Fragment Length Distributions and Collision Probabilities for AFLP Markers L’AFLP est une technique d'empreinte digitale d'ADN fréquemment utilisée en sciences végétales et animales. Un de ses inconvénients est l'occurrence de fragments multiples d'ADN de même longueur dans une simple ligne d'AFLP, que nous appelons une collision. Dans cet article nous quantifions le problème. Le problème bien connu du jour de naissance joue un rôle. Le calcul des probabilités de collision exige une distribution de la longueur du fragment (fld). Nous discutons trois manières d'estimer le fld: basé sur des considérations théoriques, sur la détermination in‐silico en utilisant des données de séquence d'ADN d'Arabidopsis thaliana, ou sur l'estimation directe à partir des données d'AFLP. Dans le dernier cas nous employons un modèle linéaire généralisé avec lissage monotone des probabilités de longueur de fragment. Des probabilités de collision sont calculées à partir de deux perspectives, en supposant des comptages connus de fragment et en supposant de comptages connus de bande. Nous comparons des résultats pour un certain nombre de fld, s'étendant de l'uniformitéà la dissymétrie la plus forte. La conclusion est que les collisions se produisent souvent, avec des probabilités plus élevées pour des nombres plus élevés de bandes, pour des distributions plus dissymétriques et, à un moindre degré, pour de plus petits intervalles de marquage. Pour un génome végétal typique un AFLP avec 19 bandes est susceptible de contenir la première collision. Des implications pratiques des collisions sont discutées. Des exemples d'AFLP de la laitue et de la chicorée sont employés en guise d’illustration. Susceptibility of Biallelic Haplotype and Genotype Frequencies to Genotyping Error Avec la mise à disposition de techniques de génotypage à haut débit ainsi que des bases de données génétiques, la recherche d'association entre des polymorphismes de substitution et un trait complexe est devenue un domaine important de recherche méthodologique en génétique médicale. Cependant, les erreurs de génotypage même relativement faibles peuvent conduire à de fausses associations et diminuer la puissance statistique. Nous proposons une approche systématique pour étudier comment des erreurs de génotypage peuvent changer les distributions génotypiques d'un échantillon. Le cas général à M‐marqueurs est réduit à celui d'un seul marqueur en identifiant la structure sous‐jacente du produit tenseur de la matrice des errors. La méthode et les conclusions s'appliquent au modèle général d'erreur; nous donnons des résultats détaillés pour le modèle à“erreur allélique" qui dépend à la fois du locus marqueur et de l'allèle présent. Les erreurs multiples sont traitées à partir du processus de diffusion associéà l'espace des distributions génotypiques. Nous montrons que certaines distributions génotypiques et haplotypiques restent inchangées en présence d'erreurs de génotypage et que ces erreurs rendent généralement la distribution plus proche de la distribution stable. Dans le cadre d'étude d'association cas‐témoins, cela conduit à une perte de puissance en présence d'erreurs de génotypage non‐différentielles et à une augmentation de l'erreur de type I pour des erreurs différentielles. De plus, nous montrons que des erreurs de génotypage sous le modèle à“erreur allélique" ne modifient pas l'équilibre d'Hardy‐Weinberg au niveau génotypique. Sous ce type d'erreurs, nous identifions les distributions les plus affectées. Comme elles correspondent aux situations où les allèles sont rares et les marqueurs en fort déséquilibre de liaison, une attention toute particulière aux erreurs de génotypage est recommandée en présence d'associations cas‐témoins observées au niveau allélique ou haplotypique. Statistical Analysis for Haplotype‐Based Matched Case–Control Studies En utilisant des données génotypiques déphasées, nous étudions l’inférence statistique de l’association entre une maladie et un haplotype dans des études cas‐témoins. L’inférence statistique pour les données d’haplotype est compliquée due à l’ambiguïté des phases de génotypes. Une méthode basée sur une équation d’estimation est développée pour estimer des odds ratios et tester des associations maladie – haplotype. La méthode peut potentiellement être appliquée au test de l’interaction haplotype – environnement. Des études de simulations montrent les bonnes performances de la méthode. La performance de la méthode en présence de déviations de l’équilibre de Hardy‐Weinberg est aussi étudiée. Optimization of Two‐Stage Genetic Designs Where Data Are Combined Using an Accurate and Efficient Approximation for Pearson's Statistic Dans la recherche des gènes associés à telle ou telle pathologie, les études cas‐témoin réalisées en deux étapes successives suscitent un intérêt croissant, en raison de la réduction des coûts de génotypage qu’elles permettent. De plus, au lieu d’analyser séparément les données de la deuxième étape, on peut effectuer un test plus puissant en regroupant les données des deux étapes. Cependant, il n’est alors pas possible d’utiliser les tests classiques, puisque seuls sont sélectionnés, pour la deuxième étape, les marqueurs jugés significatifs lors de la première étape; de surcroît, parce qu’elles portent en partie sur les mêmes données, les statistiques de test utilisées lors de chacune des deux étapes sont nécessairement corrélées entre elles. Or, on ne dispose pas d’approximations théoriques pour les tests les plus courants; quant aux simulations, leur lourdeur calculatoire, dans ce contexte spécifique, peut s’avérer problématique. C’est pourquoi nous proposons une approximation performante – c’est‐à‐dire à la fois précise et rapide en termes de temps de calcul CPU – pour la distribution de la statistique de Pearson associée à des tables de contingence 2 x m dans les études en deux étapes avec données poolées. Nous avons utilisé cette approximation dans le cadre d’une méthode itérative de recherche de plans optimaux en deux étapes. Les simulations effectuées étayent la fiabilité de notre approximation, et les résultats numériques confirment que l’utilisation de plans en deux étapes réduit de façon substantielle la quantité des génotypages à réaliser. En choisissant de pooler les données (plutôt que ne pas les pooler), on diminue en moyenne les tailles d’échantillons de 15% et le nombre de génotypages de 5%. Case‐Cohort Designs and Analysis for Clustered Failure Time Data Les plans de type cas‐cohorte apportent un schéma efficient et économique pour l’étude de facteurs de risque de maladies non fréquentes dans une large cohorte. Ils demandent le recueil de covariables pour les événements vérifiés au sein de toute la cohorte, et pour les individus d’une sous‐cohorte sélectionnée au début du suivi. Dans la littérature, les plans cas‐cohorte ont été très étudiés mais seulement dans le cadre de données univariées. Dans cet article, nous proposons des plans de type cas‐cohorte pour des données de durée multivariées. Une procédure d’estimation s’appuyant sur un modèle d’indépendance est utilisée pour estimer les paramètres de régression dans le modèle marginal des hasards proportionnels, où on laisse non spécifiée la structure de corrélation entre individus d’une même classe. On développe les propriétés statistiques des estimateurs proposés. Des études de simulations permettent d’étudier la performance des estimateurs proposés, et de comparer les qualités statistiques. On illustre la méthode proposée à l’aide de données provenant de l’étude TRIAD. A Semiparametric Empirical Likelihood Method for Biased Sampling Schemes with Auxiliary Covariates Nous considérons une procédure d’inférence semi‐paramétrique pour des données d’études épidémiologiques conduites selon un plan d’échantillonnage à deux composantes oùà la fois un échantillonnage aléatoire simple et des échantillons de résultats multiples ou de résultats auxiliaires sont observés. Ce plan de sondage permet aux enquêteurs de sur‐échantillonner certaines sous‐populations dans le but d’avoir plus d’informations sur le modèle de régression tout en améliorant la connaissance de la population sous‐jacente à travers le plan d’échantillonnage aléatoire simple. Nous restreignons notre étude à des dispositifs dans lesquels il n’y a pas d’information additionnelle sur la cohorte‐parent et où la probabilité d’échantillonnage est non identifiable. Notre problématique est motivée par une étude destinée àévaluer l’association entre le niveau de mutation du gène EGFR et la réponse anti‐tumorale à une thérapie ciblée EGFR parmi des patients ayant un cancer pulmonaire (hors anaplasique à petites cellules). La méthode proposée s’applique à la fois à des réponses binaires et multinomiales et admet une fonction de lien arbitraire dans le cadre des modèles linéaires généralisés. Des études de simulations montrent que l’estimateur proposé a des bonnes propriétés pour des petits échantillons. La méthode est illustrée par un exemple. Augmented Designs to Assess Immune Response in Vaccine Trials Ce papier introduit des méthodes utilisables dans les essais cliniques de vaccins pour aider à savoir si la réponse immunitaire à un vaccin est vraiment la cause d’une réduction du taux d’infection. Cela n’est pas facile car la réponse immunitaire à un vaccin(par exemple, contre le VIH) n’est observée que dans le groupe vacciné. Si nous savions ce qu’aurait été la réponse immunitaire spécifique au vaccin anti‐VIH dans le groupe placebo s’il avait été vacciné, cette réponse pourrait être traitée comme une covariable et son interaction avec le traitement pourrait être évaluée. De même, le taux d’infection en fonction de la valeur de cette covariable pourrait être comparé entre les deux groupes et appuierait le rôle causal de la réponse immunitaire si le risque infectieux diminuait en relation avec une réponse immunitaire accrue au vaccin uniquement dans le groupe vacciné. Nous introduisons deux méthodes d’inférence sur la réponse immunitaire spécifique. La première consiste à vacciner tout le monde avant le démarrage de l’essai par un autre vaccin sans rapport avec le vaccin anti‐VIH, par exemple le vaccin anti‐rabique. La randomisation garantit que la relation entre les réponses immunitaires au vaccin anti‐rabique et au vaccin anti‐VIH observée dans le groupe vacciné est la même que celle qui aurait pu être observée dans le groupe placebo. Nous déduisons une réponse au vaccin anti‐VIH pour les sujets sous placebo à partir de leur réponse au vaccin anti‐rabique et d’un modèle de prédiction dans le groupe vacciné. La deuxième méthode consiste à vacciner tous les sujets du groupe placebo non infectés à la fin de l’essai par le vaccin anti‐VIH et à enregistrer leur réponse immunitaire. Nous supposons que la réponse à la fin de l’essai est la même que ce qu’elle aurait été au début. Nous pouvons donc en déduire quelle aurait été la réponse immunitaire chez les sujets infectés du groupe placebo. De tels schémas peuvent aider àélucider le rôle de la réponse immunitaire dans la prévention des infections. Plus précisément, ils pourraient aider à décider l’amélioration ou l’abandon d’un vaccin anti‐VIH ayant montré une efficacité médiocre dans un essai de phase III. Statistical Inference in a Stochastic Epidemic SEIR Model with Control Intervention: Ebola as a Case Study Un modèle stochastique susceptible‐exposé‐infecté‐résistant (SEIR) à temps discret pour les maladies infectieuses est développé dans le but d’estimer les paramètres à partir de la série d'incidence quotidienne et de la série de mortalité d’une épidémie d'Ebola dans la république démocratique du Congo en 1995. La série d’incidence montre beaucoup de comptages faibles voir nuls ce qui nécessite une approche de modélisation stochastique. Pour identifier la nature stochastique des transitions entre les compartiments, nous spécifions des distributions binomiales conditionnelles appropriées. De plus, une fonction temporelle simple du taux transmission est introduite pour prendre en compte l’effet des interventions. Nous développons des méthodes MCMC pour l’inférence basée sur les distributions a posteriori des paramètres. L’algorithme est étendu pour intégrer numériquement des variables d’état du modèle non observées. Ceci conduit à un modèle stochastique réaliste qui peut être utiliser par des épidémiologistes pour étudier les dynamiques d’une maladies et l’effet des interventions. Measurement Error in a Random Walk Model with Applications to Population Dynamics Les abondances des populations naturelles sont rarement connues. Elles sont estimées avec une certaine imprécision. Cette erreur de mesure a des conséquences sur les analyses ultérieures, comme la modélisation de la dynamique de la population et l'estimation des abondances probables dans le futur. Cet article analyse certaines questions encore ouvertes sur les conséquences de l'erreur de mesure sur la dynamique d'un modèle simple, la marche aléatoire avec dérive, et propose de nouvelles méthodes de correction de l'erreur de mesure. Nous présentons un éventail large de modèles d'erreur de mesure qui tolèrent à la fois l'hétéroscédasticité et de possibles corrélations entre erreurs de mesure, et nous fournissons des résultats analytiques sur les biais des estimateurs ignorant l'erreur de mesure. Nos nouveaux estimateurs incluent à la fois la méthode des moments et des «pseudo estimateurs» résultant de la synthèse d'estimations observées d'abondances de population et d'estimations de paramètres du modèle d'erreur de mesure. Nous dérivons les propriétés asymptotiques de notre méthode et des méthodes existantes et comparons leurs performances en échantillons finis par simulation. Nous analysons aussi les implications pratiques de ces méthodes en les utilisant pour analyser deux jeux de données réels de dynamique de populations. Multistage Evaluation of Measurement Error in a Reliability Study Nous proposons des procédures de tests séquentiels pour la planification et l’analyse dans des études de fiabilité pour évaluer l’erreur de mesure d’une exposition. Nos schémas permettent l’évaluation répétitive de la fiabilité des mesures, et un arrêt de test lorsque l’erreur de mesure est mise en évidence précocement dans les limites de tolérance. Nos méthodes sont développées et les valeurs critiques calculées pour un certain nombre de schémas à deux étapes. Nos méthodes sont illustrées à l’aide d’un exemple évaluant la fiabilité de bio marqueurs associés au stress oxydatif. Effects of Residual Smoothing on the Posterior of the Fixed Effects in Disease‐Mapping Models Les modèles de cartographie de maladies pour des données aréolaires ont souvent des effets fixes pour mesurer l'effet de covariables variant spatialement et des effets aléatoires avec un a priori autorégressif conditionnel (CAR) pour prendre en compte la corrélation spatiale. Dans de telles régressions spatiales, l'objectif peut être d'estimer les effets fixes en prenant en compte la corrélation spatiale. Mais ajouter les effets aléatoires CAR peut provoquer de grands changements dans la moyenne et la variance a posteriori des effets fixes, comparé au modèle de régression non‐spatial. Ce papier explore l'impact de l'ajout des effets aléatoires spatiaux sur les estimations des effets fixes et la variance a posteriori. Des diagnostiques sont proposés pour mesurer l'inflation de la variance a posteriori due à la colinéarité entre les covariables à effets fixes et les effets aléatoires CAR et de mesurer chaque influence des régions sur le changement des estimations des effets fixes lorsque des effets aléatoires CAR sont ajoutés. Un nouveau modèle qui allège la colinéarité entre les covariables à effet fixe et les effets aléatoires CAR est développé. Des extensions des ces méthodes à des modèles pour données ponctuellement référencées sont discutées. Equivalence of Truncated Count Mixture Distributions and Mixtures of Truncated Count Distributions Ce papier porte sur la modélisation de données de comptage avec une troncation en zéro. Une famille de densités paramétrique de comptage est considérée. Le mélange tronqué de densités de cette famille est différent du mélange de densités tronquées de la même famille. Alors que le premier modèle est plus naturel à formuler et interpréter, le deuxième est théoriquement plus facile à traiter. Il est montré que pour n'importe quelle distribution mélangeante conduisant à un mélange tronqué, une distribution mélangeante (d'habitude différente) peut être trouvée, si bien que le mélange associé de distributions tronquées est égale au mélange tronqué et vice versa. Ceci implique que les surfaces de vraisemblance pour les deux situations s'accordent, et dans ce sens les deux modèles sont équivalents. Les modèles de données de comptage avec troncation en zéro sont utilisés fréquemment en capture‐recapture pour estimer la taille de la population et il est montré que les deux estimateurs de Horvitz‐Thompson associés à ces deux modèles sont en accord. En particulier il est possible d'obtenir des résultats forts pour les mélanges de densités de Poisson tronquées incluant une construction globale fiable de l'unique estimateur NPMLE de la distribution mélangeante, ce qui implique un estimateur unique pour la taille de la population. Le bénéfice de ce résultat réside dans le fait qu'il est valide de travailler avec le mélange de densités de comptage tronquées, qui est moins attractif pour le praticien mais théoriquement plus facile. Les mélanges de densités de comptage tronquées forment un modèle linéaire convexe, pour lesquels une théorie a été développée incluant une théorie du maximum de vraisemblance globale aussi bien que des approches algorithmiques. Une fois que le problème a été résolu dans cette classe, il devrait être facile de revenir au problème original par une transformation explicitement donnée. Des applications de ces idées sont données, spécialement dans le cas de la famille de Poisson tronquée. New Approximations to the Malthusian Parameter Des approximations du paramètre malthusien d’un processus de branchement age‐dépendant sont obtenues en fonction des moments de la distribution du temps de survie, en utilisant un lien avec la théorie du renouvellement. Plusieurs exemples montrent que nos nouvelles approximations sont plus précises que celles actuellement utilisées, même lorsqu’elles ne sont basées que sur les deux premiers moments. Ces nouvelles approximations sont étendues pour s’adapter à une forme de division cellulaire asymétrique rencontrées chez certaines espèces de levures. Nous montrons qu’elles sont d’efficience élevée lorsqu’on les utilise dans un cadre inférentiel. Adaptive Web Sampling Une classe flexible d'échantillonnage adaptatif est introduit pour échantillonner dans un contexte de réseau ou spatial. Les sélections sont réalisées séquentiellement avec un mélange de lois basé sur un ensemble actif qui change lorsque l'échantillonnage progresse en utilisant des relations de réseau ou spatiales ainsi que des valeurs de l'échantillon. Les nouveaux plans de sondage ont des avantages certains comparés aux plans adaptatifs préexistants et aux plans par dépistage de liens, incluant un contrôle sur les tailles d'échantillons et sur la proportion de l'effort alloué aux sélections adaptatives. Une inférence efficace implique un moyennage sur tous les chemins consistant avec la statistique suffisante minimale. Une méthode de réechantillonnage par chaîne de Markov permet de réaliser l'inférence. Les plans sont évalués dans des dispositifs de réseaux ou spatiaux en utilisant deux populations empiriques: une population humaine cachée à risque pour le VIH/Sida et une population d'oiseaux irrégulièrement distribuée. Motor Unit Number Estimation—A Bayesian Approach Toute contraction musculaire dépend de l’état de fonctionnement des unités motrices. Dans des maladies comme la sclérose latérale amyotrophique (SLA), la perte progressive des unités motrices conduit à la paralysie. Une difficulté majeure dans la recherche d’un traitement pour ces maladies réside dans l’absence d’une mesure fiable de la progression de la maladie. Une mesure possible serait l’estimation du nombre d’unités motrices restant en vie. Toutes les méthodes proposées pour l’estimation du nombre d’unités motrices (ENUM) pendant près de 30 ans ont été confrontées à des objections pratiques et théoriques. Notre but est de développer une méthode ENUM surmontant ces objections. Nous enregistrons le potentiel d’activité musculaire composé (PAMC) d’un muscle donnée, en réponse à un stimulus électrique gradué appliqué au nerf. Lorsque l’intensité du stimulus augmente le seuil de chaque unité motrice est dépassé, et la valeur du PAMC augmente jusqu’à ce qu’une réponse maximale soit atteinte. Cependant, le potentiel seuil requis pour l’excitation d’un axone n’est pas une valeur précise, mais fluctue dans un petit intervalle, ce qui conduit à une activation probabiliste des unités motrices, en réponse à un stimulus donné. En cas de recouvrement des intervalles seuils des unités motrices, on peut être en présence d’alternatives dues à un nombre variable d’unités motrices activées en réponse au stimulus. Ceci signifie que les incréments de la valeur du PAMC correspondent à l’activation de différentes combinaisons d’unités motrices. Pour un stimulus fixé la variabilité du PAMC, rapportée par sa variance, peut être utilisée pour piloter une ENUM à l’aide d’une méthode de Poisson. Cependant cette méthode repose les hypothèses d’une part de distribution de Poisson pour le nombre d’unités motrices activées, et d’autre part de taille fixe et identique pour tous les potentiels d’activation des unités motrices (PAUM) simples. Ces hypothèses ne sont pas nécessairement justifiées. Nous proposons une méthodologie bayésienne pour l’analyse des données électrophysiologiques en vue de l’estimation du nombre d’unités motrices. Notre méthode ENUM incorpore la variabilité des seuils, la variabilité intra‐ et inter‐ PAUM simples, et une variabilité de base. Notre modèle ne donne pas seulement le nombre le plus probable d’unités motrices, mais fournit également des informations sur la population formée par ces unités, et sur les unités individuelles. Nous utilisons les méthodes MCMC pour obtenir l’information sur les caractéristiques des unités motrices individuelles, sur la population des unités motrices, et le BIC pour ENUM. Nous testons notre méthode ENUM sur trois sujets. Notre méthodes fournit une estimation reproductible pour un patient atteint de SLA sévère mais stable. Dans une étude de série, nous montrons la chute du nombre des unités motrices chez un patient présentant une maladie rapidement évolutive. Enfin, avec le dernier patient, nous montrons que notre méthode permet d’estimer de grands nombres d’unités motrices. Extension of the Rank Sum Test for Clustered Data: Two‐Group Comparisons with Group Membership Defined at the Subunit Level Le test de somme des rangs de Wilcoxon est largement utilisé pour comparer deux groupes de données non normales. Ce test suppose l'indépendance des unités d'échantillonnage à la fois entre les groupes et à l'intérieur des groupes. En ophtalmologie, les données concernent souvent les deux yeux d'un même individu, qui sont hautement corrélées. Dans les essais cliniques en ophtalmologie, la randomisation est effectuée au niveau de l'individu, mais l'unité d'analyse est l'?il. Si l'?il est utilisé comme unité dans l'analyse, alors la formule usuelle de la variance du test de somme des rangs de Wilcoxon doit être modifiée pour tenir compte de la dépendance à l'intérieur des grappes. Dans certains dispositifs avec données en grappes, où l'unité d'analyse est la sous‐unité, l'appartenance au groupe doit être définies au niveau de la sous‐unité. Par exemple, dans certains essais cliniques en ophtalmologie, des traitements différents peuvent être appliqués à chaque ?il de certains patients, alors que le même traitement peut être appliqué aux deux yeux d'autres patients. En général, il peut y avoir des covariables binaires spécifiques de l'?il (cotées comme ‘exposé' ou ‘non exposé') et l'on souhaite comparer des résultats distribués non normalement entre yeux exposés ou non exposés au moyen d'un test de somme des rangs de Wilcoxon tout en prenant en compte les grappes. Dans cet article, nous présentons une formule corrigée pour la variance de la statistique de la somme des rangs de Wilcoxon en présence de covariables spécifiques de l'?il (sous‐unité). Nous l'appliquons pour comparer des scores de démangeaison chez des patients qui ont une allergie oculaire entre yeux traités par des gouttes actives ou des gouttes placebo, sachant que certains patients reçoivent les mêmes gouttes dans les deux yeux, alors que d'autres patients reçoivent des gouttes différentes dans chaque oeil. Nous présentons également des comparaisons entre le test de Wilcoxon pour des grappes, et chacune des approches par tests de rangs signés et modèle mixte, et nous montrons des différences très notables de puissance en faveur du test de Wilcoxon pour grappes dans certains dispositifs.     

Une cellule endocrine au cœur du métabolisme: l’adipocyte

Ces quelques exemples montrent bien l’importance que peut jouer le tissu adipeux dans la régulation de l’homéostasie glucidique et lipidique chez l’homme.Ses produits de sécrétions peuvent être bénéfiques (adiponectine) ou délétères quand ils sont produits en excès (IL-6 et TNFα). La localisation des dép?ts de tissu adipeux est aussi importante puisque, à degré d’obésité égal, l’excès de graisse viscérale est associé à une morbidité plus importante. Enfin, il ne faut pas oublier que si nous ne sommes pas tous égaux en ce qui concerne la surcharge pondérale, nous ne le sommes pas non plus en ce qui concerne la répartition des graisses puisque ces deux composants sont sous le contr?le de facteurs génétiques.     

INFLUENCE DE LA DURÉE D'EXPOSITION DES GOUSSES MÛRES DE PHASEOLUS VULGARIS SUR LA DISTRIBUTION DES PONTES D‘ACANTHOSCELIDES OBTECTUS EN PLEIN CHAMP

Dans la nature, les ♀♀ d'A. obtectus pondent dans les gousses sèches de P. vulgaris, par des fentes de déhiscence, ou après avoir pratiqué avec leurs mandibules une perforation sur une suture de la gousse (généralement la suture ventrale). Le taux de contamination est déjà très fort (0.40) après seulement 2 à 3 jours d'exposition au stade phénologique propice à la ponte. Ce taux augmente avec la durée d'exposition mais se stabilise assez vite pour des durées supérieures à 5 jours. Par contre, le nombre d'?ufs déposés par gousse contaminée augmente régulièrement en fonction de la durée d'exposition, les ♀♀ concentrant leur ponte dans certaines gousses en utilisant la même perforation. Ces résultats permettent de discuter les hypothèses émises à la suite de travaux ayant mis en évidence, au laboratoire, l'existence, chez A. obtectus, de «phéromones répulsives» de marquage du lieu de ponte. A. obtectus — P. vulgaris — Oviposition behaviour— Eggs distribution. A. obtectus — P. vulgaris — comportement de ponte — distribution des pontes. Nous remercions le Professeur V. Labeyrie pour son aide critique.     

Biogéographie et systématique des abeilles rubicoles du genre Ceratina Latreille au Turkestan (Hymenoptera,Apoidea, Xylocopinae)

Les affinités fauniques et la délimitation même du Turkestan en tant qu’entité biogéographique sont mal connues ou controversées. Elles sont discutées ici dans le cadre d’une révision systématique des espèces d’abeilles rubicoles du genre Ceratina. Onze espèces, dont une nouvelle: Ceratina (Euceratina) haladai n. sp., y sont répertoriées. Trois espèces sont redécrites et une clé d’identification est proposée. Toutes ces espèces sont soit présentes dans la région ouest-paléarctique, soit de proches parentes d’espèces méditerranéennes. Aucune espèce ne présente d’affinités notables avec les taxons orientaux ou est-paléarctiques. La carte de distribution de chaque espèce est établie et comparée à la distribution des biomes régionaux. Comme elles sont très largement polylectiques, les plantes butinées ne constituent probablement pas un facteur limitant de leur distribution. A l’inverse, leur nidification rubicole les cantonne à des biotopes riches en ronces (Rubus species) ou en autres plantes à tiges creuses ou médullaires (par ex. Verbascum species). Ceci explique leur implantation plutôt synanthrope en montagne et le long des fleuves.