肠道病毒B组山东地方株的基因型分布

为明确源自急性弛缓性麻痹(AFP)病例的HEV-B组病毒山东地方株的基因型分布,探讨其优势基因型的变迁与疾病暴发之间的关系,本研究对山东省1994年~2008年AFP监测系统分离到的HEV-B组病毒进行了VP1区核酸扩增和序列测定。序列测定结果显示HEV-B山东地方株共包括29种基因型,其中CVA 1种(CVA9),CVB 5种(CVB1~5),ECHO 20种以及新型肠道病毒EV73、75、97。其中ECHO11、CVB3、ECHO6、ECHO14、ECHO25是AFP监测系统中最常分离到的B组病毒。同源性比较显示,相同血清型HEV-B山东地方株型内核苷酸同源性最小75.4%,最大99.6%,与原型株核苷酸同源性最小73.8%,最大85.2%,但氨基酸变异不大。研究表明,不同基因型病毒具有不同的时间循环模式,相同基因型毒株内部根据其遗传距离的远近又可划分为不同的基因亚型,从而帮助确定HEV的传播途径和传播范围。     

人类肠道病毒B组73、75和97型山东地方株的鉴定及其基因特征分析

本研究对3例急性弛缓性麻痹患者标本的阳性病毒分离物进行了分子生物学定型。按照文献报道的方法,用扩增人类肠道病毒(Human Enterovirus,HEV)VP1完整编码区通用引物008-013、011-012进行逆转录-聚合酶链反应,反应产物纯化后进行序列测定。所得序列通过BLAST程序进行基因定型,显示3株病毒分别为HEV B组中新型病毒HEV73、HEV75和HEV97。将获得的序列与GenBank数据库中已有的各型病毒株VP1基因序列进行同源性分析并构建系统发生树,结果显示与各自的原型株相比有较大的变异,提示本次发现的HEV B组73、75、97型山东地方株与各型原型株相比具有不同的基因特征,这是在国内首次发现HEV97。     

人类肠道病毒74、80和87型山东地方株的鉴定及基因特征分析

随着基于VP1序列分析的分子定型方法的推广应用,许多新型人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)陆续被发现。本研究通过对1989～2010年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的非脊髓灰质炎肠道病毒进行VP1完整编码区的序列扩增及分子定型,共发现1株EV74,3株EV80和1株EV87。同源性分析显示EV74、EV80和EV87山东分离株与原型株的核苷酸同源性分别为81.4%,76.4%～81.7%以及80.3%。系统发生学分析显示山东地方株与国内外其他分离株的亲缘关系均较远。这是在中国大陆地区首次发现EV74和EV87,其中EV87山东分离株为全球第2个鉴定出的分离株。这3种新型HEV在AFP监测系统中的分离率较低,提示尚未在我国导致大规模流行。     

2010年7～12月肠道病毒B组河南株的血清学分布

本文对河南省2010年7~12月的HFMD监测标本进行了肠道病毒B组的血清型分布研究。来自HFMD病例的阳性病毒分离物进行分子分型方法鉴定并进行VP1完整编码区核苷酸序列测定和分析。所获VP1全序与其他B组各基因型代表株和中国大陆株进行比较并构建系统发生树。共获得14株HEV-B河南株,分为E1、E6 、E11、 E13、 E25、 E30共6个血清型。VP1系统进化分析显示2010年河南HEV-B分离株与原型株亲缘关系较远,E25、E11和E6均与山东株亲缘关系最近,E1和E13均与云南株亲缘关系最近,E30与2008年河南株亲缘关系最近。E6病毒存在两种基因型的共循环现象。     

柯萨奇病毒A组2、6、8、12型山东地方株型别鉴定及其基因特征分析

在前期研究中,对山东省1989～2011年急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)和手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)患者标本中分离到的部分人类肠道病毒(Human enteroviruses,HEVs)进行分子定型,发现了8个HEV-A血清型。为进一步探究HEV-A组病毒在山东省的基因型分布及分子进化特征,本研究继续对剩余分离株进行核酸提取,以HEV-A组特异性引物对VP1完整编码区进行序列扩增、测序和分子定型,又鉴定出4个血清型,分别为柯萨奇病毒A组(Coxsackievirus A,CVA)2、6、8、12型,共7株病毒。同源性分析显示,7株HEV-A山东分离株与其原型株核苷酸同源性介于80.8%～85.0%之间。系统进化树表明,CVA8、12型山东分离株与国内分离株存在一定亲缘关系,而CVA2、6型山东株同国内外分离株亲缘关系均较远,并且CVA2、6型在山东省内可能存在多个传播链。本研究将我省HEV-A组的血清型别增加至12个,进一步丰富了HEV-A山东地方株的遗传进化特征,并且发现CVA2、6、8、12血清型在山东省甚至全国范围内存在不同基因特征的传播链的共循环。     

人类肠道病毒74型山东地方株的全基因组序列分析

人类肠道病毒(HEV)74型是人类肠道病毒B组(HEV-B)的新成员。为了解其进化和重组特性,本研究对2005年山东省急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)监测系统分离到的人类肠道病毒74型山东地方株05293/SD/CHN/2005进行了全基因组序列测定和分析。与GenBank中的另2株HEV74全基因组序列比对,发现在5’NTR和3’NTR区有核苷酸缺失和插入;核苷酸序列的同源性分别为80.8%和80.6%,氨基酸同源性为96%和95.9%。山东株与原型株USA/CA75-10213间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.5%、80.0%和79.7%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.0%和96.2%;山东株与西藏株Rikaze-136间P1、P2和P3区核苷酸同源性分别为81.9%、78.8%和79.5%,氨基酸同源性分别为95.9%、96.1%和95.7%。通过系统发生树和同源重组分析,发现该病毒可能与其他HEV-B组肠道病毒间发生重组。     

云南省2006～2010年非脊灰肠道病毒分子流行病学特征分析

为了解云南省非脊髓灰质炎(脊灰)肠道病毒(NPEV)的基因型分布及分子进化特征,对2006～2010年间从急性迟缓性麻痹(AFP)病例中分离到的105株NPEVs进行VP1区部分核苷酸扩增和序列测定。所获得的云南地方株基因序列与各基因型原型株进行核苷酸与氨基酸同源性比较,并与GenBank中选取的代表株构建基因进化关系树。结果分析显示:105株NPEVs分别属于HEV-A、HEV-B、HEV-C,其中HEV-A 18株(7个血清型)所占比例为17.1%;HEV-B 77株(22个血清型)所占比例为73.3%,表明云南省AFP病例中流行的NPEV还是以HEV-B为主;HEV-C 10株(4个血清型)所占比例为9.5%;没有分离到HEV-D组肠道病毒;基因进化树中各种血清型病毒与对应原型株及代表株聚集一起,除CA2、EV90和EV76外,云南地方株与原型株位于不同分支。相同型别的毒株在5年的流行过程中变异程度亦不同,亲缘关系远近不一,表明这些病毒在云南省存在不同的传播链。     

全球EV-A71的基因型分布

肠道病毒A组71型(EV-A71)是引起手足口病暴发流行的主要病原体,也是除脊髓灰质炎病毒以外最为重要的人肠道病毒病原体。截止2017年2月,全球报道的EV-A71共包括7个基因型(A~G)和14个基因亚型,其中B基因型和C基因型是目前全球流行的优势基因型,目前已鉴定B基因型有8个基因亚型(B0~B7),C基因型有6个基因亚型(C1~C6)。C4基因亚型中C4a进化分支是引起中国大陆近年手足口病大规模暴发流行的主要病原之一,也是引起手足口病重症和死亡的绝对优势病原体。本文对全球流行的EV-A71基因(亚)型的地理和年代分布、新基因型的发现进行了系统的归纳分析,为中国检测和监测引起HFMD流行的EV-A71基因型或亚型的动态变化提供基础数据。     

巴彦淖尔市2008—2015年急性弛缓性麻痹病例的监测结果分析

目的分析内蒙古巴彦淖尔市2008—2015年急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例的流行病学特征,评价AFP信息监测管理报告系统,为制定本地区预防AFP提供科学依据。方法采用描述性流行病学方法,对巴彦淖尔市2008—2015年15岁以下儿童AFP病例监测数据进行流行病学特征分析,并对AFP监测系统进行评价。结果巴彦淖尔市2008—2015年共报告15岁以下儿童AFP病例65例,年平均报告发病率3.20/10万,无脊髓灰质炎野毒株检出和脊髓灰质炎病例报告;发病时间以夏秋6—9月为多;临河区位居报告病例数首位,占总报告病例数的52.3%;男性多于女性,男女性别比为1.24∶1;1~<5岁儿童占总报告病例数的53.8%;完成全程免疫的儿童占61.0%,未完成免疫史和免疫史不详者占39.0%。各项监测指标均达到国家监测方案要求。结论巴彦淖尔市AFP监测系统灵敏性较高,AFP病例的监测应关注重点地区和重点人群免疫接种情况,继续保持无脊灰状态。     

郑州市2014—2016年急性弛缓性麻痹病例监测结果分析

目的分析郑州市2014—2016年报告的15岁以下儿童急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例和AFP监测系统运行情况,为AFP防控策略提供科学依据。方法对郑州市2014—2016年报告的15岁以下儿童AFP病例的监测数据进行流行病学特征分析,并对AFP监测系统进行评价。结果郑州市2014—2016年AFP监测系统共报告406例,其中AFP病例378例,非AFP病例28例;发病时间以夏秋季为主;报告病例居首位的地区是二七区,报告病例157例;378例AFP病例中,完成脊髓灰质炎疫苗全程免疫史有351例;AFP病例各项监测指标除2016年合格便采集率较低外,其他均符合"全国AFP病例监测方案"的要求;AFP病例监测敏感性指标显示:378例AFP病例中,283例为外地病例。结论郑州市AFP监测系统灵敏度较高,应继续关注AFP监测重点地区、发病集中季节和重点人群的情况。     

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%～94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%～84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%～100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%～93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%～92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998～2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.     

肠道病毒71型分子流行病学研究进展

肠道病毒71型(Enterovirus type71,EV71),自1974年首次报道以来,在世界范围内引起多次爆发与流行[1].EV71感染主要引起患者手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD),在临床上与柯萨奇病毒A16(Coxsakie A16,CA16)感染所引起的手足口病难以区别,但EV71还能够引起多种与神经系统相关的疾病[2].近年来,EV71病毒的流行在亚太地区呈上升趋势[3～5],其中最令人关注的是在该地区的EV71感染引起越来越严重的中枢神经系统症状.     

2009年广州人肠道病毒EV71型分离株重组分析

对人肠道病毒EV71型2009年广州分离株Guangzhou09构建序列系统进化树并分析其重组特点。P1、P2和P3区种系发生进化树提示该分离株发生重组,相似性曲线以及bootscan进一步分析显示该分离株于非结构编码蛋白2B片段区(核苷酸位置4 027bp)处存在EV71亚型C4Shanghai-FJ713137与CVA409-HQ728260型间重组。该分离株与中国大陆目前优势株流行趋势一致,是广州首例发生型间重组且由C4亚型及CVA4型发生重组。     

漯河市2012年急性弛缓性麻痹病例监测系统运转情况分析

目的：了解漯河市2012年急性弛缓性麻痹（ AFP ）病例监测系统运行情况,提高监测质量,维持无脊髓灰质炎（脊灰）状态。方法使用描述流行病学方法分析个案数据。结果2012年AFP病例监测系统共报告25例,其中AFP病例22例,非AFP病例3例。各项监测指标均符合卫生部相关要求,AFP病例首诊报告率63．64％,异地报告率9．10％。结论漯河市2012年AFP病例监测系统保持较高的运行质量,仍需提高AFP病例首诊报告率,确保监测系统敏感性。     

景德镇市2004-2005年急性弛缓性麻痹病例分析

对景德镇市2004-2005年报告急性弛缓性麻痹(AFP)病例进行的流行病学分析,按AFP监测系统主要指标进行了评价。期间,全市监测系统共报告AFP病例16例,其中外地6例,本地实际报告10例,15岁以下儿童AFP平均报告率1.25/10万。监测系统主要指标除14天内双份合格大便标本采集率未达标准外,其余均达标准。