DDRT—PCR方法克隆小鼠精子发生早期相关基因的EST

为了避免差异显示技术中的放射性污染。并用之于筛选。克隆精子发生早期的相关基因。分离纯化了小鼠的原始精原细胞及B型精原细胞,提取其总RNA。逆转录获得cDNA,以荧光差异显示方法筛选差异表达基因。利用斑点杂交技术对差异片段进行快速鉴定以排除假阳性,选取16条差异显著的片段做克隆测序。通过Gen-Bank/Blast比较,有7个片段属于新的EST,且均表现为在B型精原细胞中表达强度高于原始精原细胞,提交GenBank获得注册号,从中选取较有意义的3条基因片段通过半定量RT-PCR方法进一步验证其表达特征,和传统的差异显示方法比较,文中所采用的mRNA差异显示技术可快速排除假阳性结果。避免同位素标记带来的放射性污染,结果表明所获得的7个新EST均表现为B型精原细胞中高表达,这些表达升高的基因可能与其后精子发生过程中的一系列特殊现象（如减数分裂,变态成形）有关,为生精细胞的分化做物质上的准备。     

筛选代表小鼠植入前胚胎紧密化相关基因的EST

分别收集181及241枚昆明白小鼠8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎,采用SMART PCR方法直接合成胚胎双链cDNA.进而运用抑制消减杂交技术(SSH)对8细胞早期胚胎及8细胞紧密化胚胎的基因表达进行研究,并将所获得的差异表达产物按片段大小分段分离纯化后克隆入pUCm-T载体中,经PCR鉴定后挑选阳性克隆进行测序,筛选出27个代表8细胞早期胚胎和紧密化8细胞胚胎差别表达基因的cDNA片段;经与GenBank中收录的序列进行同源性匹配分析,证实其中17个eDNA片段为新的EST,提交GenBank后被接受并给予了新序列编号.这1 7个片段均可能为与紧密化密切相关的新基因的表达片段,为今后进一步克隆新的紧密化相关基因的全长cDNA及后续新基因的结构和功能研究打下基础.通过采用不同长度大小片段分别克隆的方法,可获得较长片段的EST,避免差异表达大片段的丢失.     

降低mRNA差异显示技术假阳性率的一种方法

为了探讨降低mRNA差异显示技术假阳性率的方法 ,进一步提高此技术的可靠性 ,提取了手术切除肝癌及非癌肝组织成对标本的总RNA ,逆转录获得cDNA片段 ,以mRNA差异显示方法筛选差异表达基因 ,选取较明显的一条差异表达条带 ,行进一步PCR扩增 .分别对PCR产物及其经TA克隆后随机挑选的 6个单克隆质粒DNA进行序列分析 ,并通过GenBank BLAST数据库进行序列的同源性比较 ,以Northern杂交予以来源确认 .自 72 0余条扩增条带中共选出 2 8条差异条带 .序列分析及同源性比较表明 ,所选择条带的PCR产物为一可能的新基因片段 ;而随机选择的 6个TA克隆质粒DNA中 ,有 4个为同一已知基因片段 ,一个为另一已知基因片段 ,一个为一可能的新基因片段 .同源性比较表明 ,PCR产物直接测序所得序列与TA克隆质粒DNA的 6个片段不具同源性 .结果表明 ,mRNA差异显示条带可能由 1条以上分子量相似的片段构成 ,直接对PCR产物行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,是导致出现假阳性片段的原因之一 .将PCR产物进行TA克隆 ,对单克隆质粒DNA进行序列分析并以其为探针进行Northern杂交 ,可能是解决此问题的一种较好方法 .     

海州香薷Actin基因片段克隆及表达分析

通过克隆海州香薷Actin基因片段并分析其组织表达,为研究海州香薷重金属抗性相关基因的表达调控奠定基础。根据Gen Bank中其他植物Actin基因保守序列设计兼并引物,以海州香薷根总RNA为模板,利用RT-PCR技术分离得到Actin基因片段。序列分析结果表明,海州香薷Actin基因片段长576 bp,编码192个氨基酸,与其他植物同源基因的氨基酸序列相似性为84%-97%,所克隆的序列为Actin基因的同源片段,将其命名为Eh ACT,在Gen Bank中提交序列,获得登录号AGT37260。半定量RT-PCR分析结果表明,Eh ACT在海州香薷的根、茎和叶中表达相对稳定,初步表明其可作为研究海州香薷基因表达的内参基因。     

mRNA差异显示条件的优化

运用优化的mRNA差异显示技术分离受内生真菌诱导的差异基因。优化差异显示条件表现在增如指定引物和随机引物的长度、改变PCR参数和再扩增程序、运用银染显色等。应用这些条件共获得7个阳性差异片段。用未优化的PCR程序1筛选35条差异带,得到3个两端均为随机引物的差示片段。而用优化的PCR程序2,52条差异带中得到9条只能用锚定引物和随机引物才能扩增出的片段。地高辛标记的反向-Northern鉴定为阳性后进行克隆和测序。PCR方法1所得的3个差示片段均无开放的阅读框。PCR程序2得到7个差异表达的基因中,2个为已知基因,5个为未知基因。因此可运用优化的差显技术分离差异表达的基因。     

精子发生相关基因片段CG14的克隆及其蛋白的表达

为研究与精子发生相关的基因并探讨其功能 ,用差异显示法发现了 1个与精子发生相关的基因片段CG14 .将该基因片段克隆到表达载体pGEX 3X上 ,在大肠杆菌中表达了融合蛋白 .通过谷胱甘肽 Sepharose 4B亲和柱纯化该融合蛋白 .经Xa因子酶切后Western印迹方法证明 ,靶蛋白分子量约为 8kD ,与预期分子量相符 .用融合蛋白免疫家兔获得抗血清 .免疫印迹实验表明 ,血清中含有CG14蛋白的特异性抗体 ,为进一步研究CG14基因及其表达蛋白的功能打下基础     

用改良消减杂交筛选类风湿性关节炎滑膜细胞中高表达基因

 为了研究类风湿性关节炎 (rheumatoid arthritis,RA)滑膜细胞 (fibroblast- like synovialcells,FLS)过度增殖和破坏软骨的分子机理 ,利用改良消减杂交法以骨性关节炎 (osteoarthritis,OA)病人滑膜细胞为对照 ,筛选 RA滑膜细胞中的高表达基因 .将得到的基因片段克隆入质粒载体 ,通过反向点杂交排除假阳性克隆后 ,将阳性克隆进行核酸序列分析 ,最后用 Northern杂交方法检测一些高表达基因在 RA和 OA病人滑膜细胞中的表达水平 .结果显示 ,共分离到 1 50个 RA高表达基因片段 ,其中长于 1 0 0 0 bp的片段占 8% (1 2 /1 50 ) ,长于 40 0 bp的片段占 36.7% (55/1 50 ) ,在大于 40 0 bp的片段中 ,假阳性率为 2 3.7% (1 3/55) .在测序的 1 8个片段中 ,已知基因有 1 2个 ,其中包括 IGF- 1结合蛋白 (IGFBP)特异性丝氨酸蛋白酶、层粘连蛋白受体和组织蛋白酶 B等 .新序列有 6个 ,其中两个序列分别与 Ring- box蛋白 1和 SON DNA结合蛋白同源 .对 IGFBP特异性丝氨酸蛋白酶、层粘连蛋白受体和组织蛋白酶 B基因的 Northern杂交分析显示 ,在 RA病人滑膜细胞中 ,这些基因的表达水平高于 OA病人滑膜细胞 .这些结果提示 ,这种改良消减杂交法是一种简便有效的分离差异表达基因的方法 ;IGF- 1结合蛋白特异性丝氨酸蛋白酶、层粘     

一种新的cDNA末端快速扩增获取全长cDNA的方法

为克隆精子发生相关基因的全长cDNA,根据mRNA差异显示获得的ESTs设计引物。利用一种新的cDNA末端快速扩增方法（SMART RACE）扩增该EST的5′末端,并进行克隆测序,与cDNA差异显示获得ESTs拼接后,获得了三个新的全长cDNA。结果表明：SMAR RACE是一种简便、有效的克隆cDNA5′末端未知序列的技术。     

芽变毛白杨生根相关基因片段的克隆与序列分析

目的:克隆芽变毛白杨生根相关基因片段.方法:采用诱导生根和抑制生根两种处理,分别提取芽变毛白杨(Mutant Populus tomentosa)皮部 RNA,进行逆转录和差异显示,筛选和克隆特异片段.结果:研究表明不同处理基因表达有一定差别.经Northem鉴定,诱导生根处理的扩增产物中有一条与生根相关的差异片段.将其克隆和测序,该片段编码序列长度 316bp.Cen Bank 中查询没有发现同源性较高的基因.结论:成功地获得了长度 316bp 的芽变毛白杨生根相关基因片段,可能为新基因的一部分.该基因片段的获取将为分离全长生根相关基因,查明该基因表达调控的机理提供基础.     

猪白细胞介素17A基因的克隆与鉴定

猪白细胞介素17A(IL-17A)是猪白介素17家族的重要成员,在猪体内发挥重要作用的细胞因子。本研究将猪的外周血单核细胞分离后,用Con A刺激22 h后提取细胞的总RNA,RT-PCR方法扩增出猪IL-17A基因,将其PCR产物回收纯化克隆至p MD-18T载体上,转化至大肠杆菌DH5α,PCR和双酶切鉴定筛选阳性重组克隆质粒。结果显示,筛选的重组克隆质粒为阳性克隆质粒,基因片段为目的基因。克隆获得的猪IL-17A基因的序列与Gen Bank上公布的猪IL-17A基因序列同源性高,为99.4%。本研究成功克隆了IL-17A基因,有助于研究其在猪病毒性疾病中的作用。     

中外两品种鸡胸肌组织差异表达基因的研究

运用mRNA差异显示技术对北京油鸡和AA肉鸡胸肌组织基因的差异表达进行研究, 从分子水平分析导致两品种肌肉组织基因差异表达的机制。通过反向Northern dot blot技术验证共筛选出差异表达基因7条, 经与GenBank数据库进行相似性比对, S1与HMGN3基因有较高同源性; S3与ChEST294a8有很高同源性, 但功能未知; S4和S5与鸡的磷酸葡萄糖变位酶Ⅰ同源性很高; S6和S2与已有核酸数据库中的基因克隆或EST具有较高同源性, 为已知的EST, 但功能未知; 序列S7未在数据中发现同源序列, 可以确定其在AA肉鸡中特异表达,确定为新发现的EST(GenBank登录号: EU594549)。为进一步研究中外两品种鸡胸肌组织基因差异表达机制奠定了基础。     

北京油鸡与AA肉鸡脂肪组织差异表达基因的研究

运用mRNA差异显示技术对AA肉鸡和北京油鸡脂肪组织基因的差异表达进行研究,从分子遗传学角度分析导致两品种脂肪组织差异表达的原因,对了解性状形成的遗传基础和调控机理是十分必要的。通过反Northern杂交验证共筛选出脂肪组织差异表达基因10条,经与GenBank数据库进行相似性比对,XF1 与已知基因有较高同源性,该基因是人类cDNA全长开放阅读框（ORF）的一段; XF2、YF1、YF2及YF4经与nr数据库进行同源性比对,均可找到同源性较高的基因,但功能未知;XF4 与克隆人类胎盘CL0BA010ZF08基因的一段cDNA序列同源性为83%;YF3与预测原鸡MLL5 (LOC417712)基因有一定的同源性,目前尚无功能报道;XF5和YF5 与原鸡高迁移率族蛋白（HMGN3）有较高同源性;XF3 在nr库中未找到同源序列,确定为新发现的EST,提交数据库获得GenBank登录号(Accession number: EU594549)。为进一步研究北京油鸡与AA肉鸡脂肪组织差异基因的功能与脂肪发育的关系奠定基础。     

反向斑点杂交法检测HBV基本核心启动子区A1762T／G1764A突变的实验研究

目的建立一种基于尼龙膜的反向斑点杂交法,用于检测乙型肝炎病毒（HBV）基本核心启动子区（BCP）A1762T／G1764A突变。方法根据我国HBV主要流行的基因型为B和C,从GenBank上查出4种HBVBCP序列。利用在线工具ClustalW进行比对,针对该突变位点设计引物和检测探针。探针经合成和修饰后点在带正电的尼龙膜上。将反向斑点杂交法结合地高辛检测试剂盒用于检测A1762T／G1764A突变,以测序法确定该区域序列的标本为检测对象。结果反向斑点杂交法分别检测5例A1762／G1764病毒株、2例T1762／G1764病毒株、5例A1762／A1764病毒株和4例T1762／A1764病毒株,结果与测序完全相同。结论应用本方法可以快速、准确地HBV相关的热点突变。     

猪早期孤雌激活胚不同发育阶段差异基因表达的研究

收集2细胞、4细胞、8-16细胞时期的猪孤雌激活胚,采用SPEDDRT-PCR方法挑选不同时期的差异表达产物,通过反向northern杂交去除假阳性的条带。将阳性条带克隆入T载体中,经过PCR鉴定后挑选其中的阳性克隆进行测序,筛选了8个代表不同时期表达差异的cDNA片段,编号为DD1-DD8。经过与GenBank中的数据进行同源性分析,发现其中DD1和DD2没有相似的数据, 提交数据库获得GenBank登录号(EU545158, EU545159);其余的DD3-DD8发现了相似性较高的数据,但除DD3外均无基因功能说明需要进行进一步的研究。     

利用抑制差减杂交技术分离受水稻抗性调控的褐飞虱基因

为分离受水稻抗性调控的褐飞虱Nilaparvata lugens基因, 以取食感虫水稻台中1号和高抗水稻B5的2叶1芯秧苗24 h的褐飞虱4龄若虫为起始材料, 采用抑制差减杂交技术构建了两个群体间的正反向差减cDNA文库。通过斑点杂交从差减文库中筛选代表受水稻抗性调控的基因的cDNA克隆, 进行测序和功能分析, 挑选具功能的基因进行Northern杂交验证。结果表明, 通过斑点杂交筛选到的98个阳性克隆代表92个互不重复的单基因, 其中25个与动物的已知蛋白基因存在较高的同源性。Northern杂交表明, 这25个基因有11个表达上调, 8个表达下调, 提示它们可能在褐飞虱适应抗性水稻过程中发挥了重要作用。本研究结果为克隆上述新基因的全长cDNA序列及进一步研究其在褐飞虱与水稻互作中的功能奠定了基础。     

仔猪腹泻抗性相关特异表达ESTs的筛选

以久仰香猪、剑白香猪和长白猪3个品种的脾脏为材料,以品种间同一组织不同的发病状态为对照,将DDRT—PCR技术与银染法相结合进行差异显示研究,筛选与仔猪腹泻抗性相关的特异表达ESTs。在脾脏未发病RNA池中检测到5条特异表达ESTs,其中一条与Nck转导蛋白同源,一条与长散布元件反转录酶同源,一条为相似性较高的未知功能序列,两条为新序列。