新书介绍

正现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相     

新书介绍

<正>现代分子生物学技术及实验技巧本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相     

现代分子生物学技术及实验技巧

<正>化学工业出版社出版本书系统介绍了现代分子生物实验技术。第1~6章包括质粒的提取和目的基因的获得、基因的克隆和重要分子的筛选以及目的基因的表达和检测;第7~14章涉及近年来发展起来的一些新技术,包括报告基因分析、差异基因表达谱分析、蛋白质-核酸相互作用技术、蛋白质-蛋白质相互作用技术、细菌体内同源重组技术、转基因动物、基因打靶技术和流式细胞术;第15~17章介绍了一些最新的分子生物学     

《医学分子细胞生物学——研究策略和技术原理》

现代生物技术前沿罗建红著出版时间:2012年3月书号:978-7-03-023811-5装帧:平装开本:16开定价:$58.00《医学分子细胞生物学:研究策略与技术原理》从生物医学相关前沿领域的研究主题切入,着重介绍所涉及的分子生物学和细胞生物学的技术原理与研究策略。全书共分14章,内容涉及基因组学、基因克隆、基因的表达与调控、非编码小RNA、蛋白质组学、蛋白质结构、细胞显微成像、细胞内信号转导及组织细胞电生理学等分子和细胞生物学的     

活细胞内RNA标记和成像技术

RNA根据其定位、结构、修饰以及与其他生物分子的动态相互作用,复杂而精确地执行丰富多彩的功能。RNA-蛋白质相互作用和RNA在细胞内定位的异常与多种疾病的发生发展密切相关。活细胞RNA标记和成像技术已成为研究RNA定位和运动、基因转录调控及RNA-蛋白质相互作用等生物学过程的有力工具。活细胞RNA标记和成像技术的开发已成为国际科学研究领域的热点。将目前存在的活细胞内RNA标记和成像技术方面的研究进展进行概述。     

科学出版社新书

《现代分子生物学实验原理与技术》(生命科学实验指南系列)陈德富,陈喜文主编ISBN7-03-016433-4定价:40.00元出版时间:2006-03本书全书共五篇三十章,包括分子生物学实验基本操作、DNA相关实验、RNA相关实验、基因表达及附录,介绍了广泛使用的现代分子生物学实验技术的基本原理、实验流程和注意事项。原理介绍在先,随后是详细的实验流程,最后是为巩固所学内容提出的思考题。在介绍原理和流程过程中,穿插一些实用的重点提示、试剂作用及可能出现的现象。本书所列流程都是作者研究室正在使用的、在教学中进行过实践的、切实可行的方法,符…     

基于质谱技术的蛋白质互作研究进展

蛋白质作为生命活动的执行者,其功能往往体现在与其他蛋白质的相互作用中,研究蛋白-蛋白相互作用对于人们深入了解和预防传染病、靶向治疗多基因疾病、阐明蛋白质的分子作用机制及各种复杂的生命现象具有重要意义。目前,有多种技术被用来研究蛋白间的相互作用,研究难点在于实时捕获瞬时或弱蛋白质间的相互作用,质谱技术（mass spectrometry, MS）可在某种程度上解决该难点。由于质谱技术可研究简单的蛋白质复合物再到大规模的蛋白质组实验,基于质谱技术研究蛋白质间相互作用被越来越多地应用于科学研究中。综述了蛋白质间相互作用检测方法的研究进展,重点介绍了氢氘交换质谱法和化学交联质谱法研究蛋白质间相互作用的优缺点及其应用,最后对基于质谱技术研究蛋白质间相互作用进行了总结与展望,以期为深入开展相关研究提供借鉴。     

非编码RNA的生物信息学研究方法:RNA结构预测及其应用

近10多年来的研究逐步揭示了RNA的各种生物学功能。RNA不仅是信息从DNA传递到蛋白质的中间体,还直接参与基因沉默、表观遗传学修饰等生物学过程。单链的RNA在体内通过碱基配对折叠成一定的二级结构。介绍了现在预测RNA二级结构的主要算法及其应用,其中包括基于热力学、同源比对和统计学习的各种算法,以及如何引入实验数据辅助预测。二级结构预测算法被广泛用于寻找RNA功能单元和预测新非编码RNA等各种问题。如何利用高通量实验数据帮助结构预测,探索长非编码RNA功能,研究RNA与蛋白质相互作用,是RNA二级结构预测算法和应用的一些前沿方向。     

体外翻译系统在分子生物学研究中的应用

体外翻译系统又称无细胞蛋白质合成系统,是分子生物学中一种常规的表达系统,该系统可用于蛋白质快速分析鉴定,基因转录和翻译的调控机理的研究以及分子间的相互作用的研究,如蛋白质和蛋白质的相互作用,蛋白质与DNA的相互作用,蛋白质与RNA的相互作用等。     

蛋白质表面氨基酸特性研究进展

分布在蛋白质分子表面的暴露于溶剂的氨基酸所具有的一些特性对蛋白质的折叠和聚合过程、蛋白质-蛋白质相互作用以及蛋白质的功能具有重要影响。本文分析了蛋白质表面氨基酸在疏水性、保守性、静电势及结构方面的一些特性,阐述了近年来国际上利用这些特性对蛋白质-蛋白质相互作用界面进行预测的方法,最后介绍了几款预测蛋白质表面氨基酸的软件。     

单增李斯特菌hfq基因的克隆及分子特征分析

目的:了解单增李斯特菌(Listeria monocytogenes,LM)SB5野毒株ncRNA伴侣分子hfq基因及其编码蛋白质的分子生物学特征。方法:利用PCR方法对hfq基因进行扩增、克隆及测序,对hfq基因分子特征进行分析,预测其编码蛋白质的二三级结构及功能活性位点,对其进行同源性及遗传变异分析。结果:LM hfq基因全长234 bp,编码77个氨基酸,对推导的Hfq氨基酸序列分析发现从N端到C端包含1个α-螺旋及5个β-折叠,具有RNA结合位点及六聚体结合位点。LM-SB5 hfq基因核苷酸序列与李斯特菌属各菌株同源率为94.5~100%,与其他种属细菌同源率为36.19~62.39%。结论:Hfq蛋白具有RNA的结合位点,可能在细菌ncRNA调节基因表达过程中发挥重要作用。     

节肢动物Kv2基因A～IRNA编辑位点的鉴定和进化分析及机制研究

A～I RNA编辑可以改变氨基酸编码而增加蛋白质的多样性,但是其分子机制和在进化中的特征依然不清楚.通过对节肢动物门5个纲的物种Kv2基因RNA编辑的研究,检测到17个A～I RNA编辑位点,由保守和物种特异的编辑位点构成,其中编辑位点15(I/V)起源于4.5亿年前,是迄今为止非脊椎动物中最保守的;同时还发现一些A～I RNA编辑位点具有趋同进化现象.在此基础上,通过共转染实验表明了果蝇Kv2基因RNA编辑是RNA编辑酶和由外显子形成的RNA二级结构相互作用的结果,暗示一些外显子除了编码蛋白质的功能,本身也具有重要的基因表达调控功能.     

重组微生物生理学

重组微生物生理学主要研究外源基因与宿主的相互作用以及细胞生理状态对这种相互作用的影响。宿主与外源基因的相互作用可发生在复制、分配、表达、代谢等各种水平,主要的分子机制为核酸-核酸、核酸-蛋白质的相互作用,一些小分子化合物可作为信号或效应子参与大分子的相互作用。重组微生物生理学研究主要包括下列三方面工作:1.噬菌体、质粒与宿主的相互作用以及基因工程菌中目的基因的复制、分配和表达规律。2.微生物响答系统的响答及适应的分子机制及其对外源基因调控的影响。3.细胞生长速率对宿主基因和外源基因调控的影响。这些工作融合了分子水平和细胞水平的研究,模糊了分子生物学和生理学的界限,成为基因工程的理论基础之一。美国微生物学会自1987年起把重组微生物生理学列为年会的一个独立专题。 外源基因与宿主的相互作用 噬菌体和质粒等染色体外基因与宿主基因处于一种依赖、互补和竞争的复杂关系。     

长链非编码RNA的功能与疾病治疗的潜力

人类基因组转录本长度>200 nt（核苷酸）、不编码蛋白质的RNA分子为长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA)。lncRNA可在多个层面调节基因表达,其功能失调与包括肿瘤在内的很多人类疾病密切相关。本文概述lncRNA的种类、功能与疾病的关系,讨论基于lncRNA基因编辑、干细胞修饰及其与miRNA、蛋白质相互作用等的治疗潜能。     

蛋白质-核酸复合物界面氨基酸与核苷酸偏好性分析

蛋白质-核酸相互作用机制到目前还不是很清楚,尤其是蛋白质与RNA的相互作用。目前,可得到的蛋白质-核酸复合物结构数据不断增多,作者收集了Protein Data Bank数据库中所有的蛋白质-核酸复合物结构数据,对复合物中结合残基和结合核苷酸的偏好性进行了统计分析。发现：1）不同功能的蛋白质-核酸复合物间的结合残基数量存在显著差异;2）在蛋白 质-DNA和蛋白质-RNA复合物界面,碱性氨基酸都是最受欢迎的;3）氨基酸的极性大小及方向在决定它是否与RNA分子进行结合时起到重要的作用,同时发现氨基酸侧链形成的空间位阻会影响氨基酸残基与RNA分子的相互作用;4）随着定义结合残基距离阈值的增大,其氨基酸使用的特异性降低,而受欢迎与不受欢迎的氨基酸种类均没有变化。     

鹅膏毒肽与RNA聚合酶II相互作用的分子机制研究

研究鹅膏毒肽与RNA聚合酶II相互作用的分子机制,利用分子对接方法获得了9种鹅膏毒肽与RNA聚合酶II相互作用的结合模式、结合位点、对接能和抑制常数等信息,并对鹅膏毒肽的毒性与结构间的构效关系进行了考察。结果表明：利用分子对接方法获得的鹅膏毒肽与RNA聚合酶II相互作用的信息与实验结果相一致;不同R2取代基引起毒素与聚合酶II结合能力强弱不同,从而导致鹅膏毒肽分子间的毒性差异。结果证实了运用分子对接方法探索多肽分子与蛋白质相互作用的可行性,为在分子水平上研究多肽与蛋白质的相互作用开拓了新的思路。     

分子系统发生学

内容简介:分子系统发生学是应用分子数据重建系统发生关系的学科。本书全面系统地论述了分子系统发生学的基础、原理、方法及应用。全书由18章组成,可以归纳为五大部分:第一部分包括第1～3章,分别介绍了系统发生和系统树的基本知识;第二部分包括第4～7章,是分子系统发生分析的基础,其中第4章和第5章是分子系统发生学的信息学     

蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究进展

蛋白质-蛋白质相互作用在细胞活动和生命过程中扮演着非常重要的角色。基因调节、免疫应答、信号转导、细胞组装等等都离不开蛋白质-蛋白质的相互作用。近几年,靶向蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究也逐渐成为研究的热点;但是蛋白质复合物相互作用界面的一些特点和性质,如相互作用界面较大、结合界面较为平坦等,使蛋白质-蛋白质相互作用及其抑制剂研究充满了挑战。本文主要总结了蛋白质-蛋白质相互作用界面的一些性质和特点,分析了界面特性与其抑制剂设计的关系,并讨论了蛋白质-蛋白质相互作用的理论预测方法及其抑制剂的类型和特点,最后又通过实例说明了如何进行蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的设计。     

RNA和蛋白质的相互作用

RNA与蛋白质的相互作用是许多基本的细胞生理过程得以实现的决定性因素.近年来,随着技术的改进和新方法的建立,RNA和蛋白质的相互作用研究取得了长足进步.目前科研人员已经鉴定了许多RNA上的蛋白质结合位点,也发现了许多蛋白质中的RNA结合结构域,并对它们的结构特征进行了比较详细的研究.这些都为最终探明RNA和蛋白质相互作用的分子机制,从而从本质上认识相关的细胞生理过程打下了坚实的基础.     

基于生物信息学分析miRNA-195-5p在肝癌中的表达及其临床意义

为了研究miRNA-195-5p在肝癌(liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及对预后的影响,并对其潜在靶基因进行生物学信息学分析,评估miRNA-195-5p在LIHC中的临床意义和诊断价值,本文利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达;利用Kaplan-Meier plotter数据库分析miRNA-195与肝癌患者预后的相关性;利用miRWalk 2.0数据库获取预测的与实验数据支持的miRNA-195-5p的靶基因,同时采用DAVID 6.8数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析,以Cytoscape 3.6.1软件构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选PPI网络中的核心基因;通过公开访问的数据库进一步验证筛选出的核心基因。TCGA数据库分析结果显示, miRNA-195-5p在肝癌组织中的表达水平显著低于正常组织。Kaplan-Meier生存分析显示, miRNA-195低表达LIHC患者的总生存时间明显低于高表达患者。GO分析显示,miRNA-195-5p的靶基因主要显著富集到蛋白质磷酸化、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的负调节等生物学过程。KEGG分析显示, miRNA-195-5p的靶基因显著富集于癌症相关通路。miRNA-195-5p潜在靶基因所编码蛋白质之间存在复杂的相互作用,其中POLR2A、MIB1、MAPK3、ACACA、ASH1L以及MAP3K3是PPI网络中的核心基因。6个核心基因中,仅MAPK3的蛋白质与m RNA表达水平在LIHC组织中均显著上调。Kaplan-Meier生存分析进一步显示, MAPK3 m RNA水平升高预示LIHC患者总生存时间缩短。以上生物信息学分析结果初步表明, miRNA-195-5p表达下调在肝癌相关的生物学过程中起到重要调控作用,可能与其潜在靶基因MAPK3表达上调有关,这为肝癌的生物标志物研究提供了线索。