基于单核苷酸多态性的基因互作分析方法学进展

基于单核苷酸多态性的关联分析已成为当前解析人类常见复杂疾病遗传机制的重要手段之一, 然而, 目前普遍使用的单位点分析策略仅能发现部分单独效应显著的易感SNP位点, 因此遗漏了重要的遗传力组分——基因上位效应或联合效应。识别全基因组多基因间复杂的互作关系已成为全面解析复杂疾病致病分子机制必不可少的一项任务。已有很多方法被应用于全基因组交互作用分析, 加深了人类对复杂疾病遗传机制的进一步认识。基于各类方法的理论基础及算法的异同, 文章对目前应用较为广泛的基于遗传互作模型的方法、不基于互作模型的方法和数据挖掘类算法3类方法进行了系统地评述, 着重介绍了这些方法的主要思想、实现过程及应用中的注意事项等, 并指出开展大规模全基因组范围互作检测面临的问题, 以期能为相关领域的研究者提供方法学参考。     

基于功能一致性预测冠心病致病基因

目的:为了解疾病致病机理和改进临床治疗,基于功能一致性挖掘潜在的疾病致病基因.方法:本文基于功能一致性基因的共定位特性,结合蛋白质互作网络拓扑结构,获取疾病候选基因集,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因.结果:挖掘得到的59个冠心病致病基因通过文献证实绝大部分基因与疾病的发生发展存在着联系.结论:本方法具有可行性,研究者能够在此基础上很好地进行疾病致病机理的研究.     

Avr／Cf互作诱发番茄Pto互作因子Pti编码基因的表达

植物抗病基因Pto和Cf产物具完全不同的结构域,其细胞定位也不同。二决定的抗病性产生机制的异同令人关注。采用两种过敏性反应（hypersensitive response,HR）产生系统研究了Pro互作蛋白Pti4,Pti5和Pti6编码基因在Avr/Cf互作中的时序表达：（1）通过杂交方法获取同含互补基因对Avr4/Cf-4和Avr9/Cf-9的番茄（Lycoper-sicon esculentum Mill.）种子,常温下这些种子发芽后形成的苗产生HR坏死斑。（2）先将Avr/Cf苗置于33℃下培养,此时番茄苗生长正常,不形成HR坏死斑。然后将温度降至25℃,数小时内这些苗即形成HR坏死斑。不同方法研究结果均表明,随Avr/Cf苗中HR坏死斑的形成,Pti4、Pti5和Pti6均受显诱导表达。但它们的表达水平和动态不同,这些结果表明,这些Pti在功能上互补,可能同时涉及Pto和Cf决定性抗性的调节作用。     

连锁条件下基因互作形式的判定

如何根据子代的表型判断基因互作形式,是遗传学上重要也是困难的问题.文[l～2］在自由组合条件下给出了判定方法.本文得到了基因连锁时互作形式的判定法则,它是文［l～2］的推广．     

基因互作与基因型判定的代数方法

如何根据子代的表型判断基因互作的形式以及确定亲代的基因型，是遗传学上重要的也是困难的问题．本文在完全显性及不考虑非遗传因素的条件下，利用文[1]给出了解决上述问题的代数方法．在应用上，要比以往的方法更为优越．     

R-Avr基因互作介导的植物抗病性

Ｒ－Ａｖｒ基因互作介导的植物抗病性李汝刚范云六伍宁丰李茂林（中国农业科学院生物技术研究中心,北京１０００８１）植物在整个生长发育周期中面临着种类繁多的病原微生物袭击,但真正能引起植物病害的病原并不多,这表明植物能抵抗大多数病原微生物袭击,表现非亲合性...     

基于蛋白质互作评价差异表达基因的重复性

利用高通量基因表达谱数据可以识别在肿瘤与正常组织中差异表达的基因,为研究癌机理提供重要的线索。目前,在研究同种癌型的不同实验中发现的差异表达基因的交叠比例很低。这种高通量基因表达谱数据低重复性的现象严重制约了基因芯片在癌症研究中的应用。然而,已有研究表明从研究同种癌型的不同实验数据中得到的不交叠的差异表达基因倾向于扰动相同的功能。因此,在评价差异表达基因重复性时,应考虑其在生物学功能上的一致性。本文结合基因共表达和蛋白质互作关系,设计了功能重复性指标来评价差异表达基因列表的可重复性。通过分析两套卵巢癌数据,发现对同种癌型得到的差异表达基因具有很高的功能一致性(p<0.0001)。结果表明,在功能水平上评估差异表达基因的一致性具有合理性。     

人类基因组致病SNP与良性SNP分布模式探究

基因组变异与生物学功能,乃至人体健康紧密相关。不同种类的基因组变异会对人类健康产生不同的影响,可能出现致病、良性或未知的临床症状。深入研究临床上表现为致病性或良性的基因组变异,能够有效加深我们对基因组变异与疾病发生发展的认识,对评估基因组变异所带来的影响具有一定的意义。本研究选择Clinvar数据库中与疾病相关的SNP,探究临床表现为致病与良性的SNP位点分别在基因组上的分布模式以及对蛋白序列的影响。本研究发现,致病SNP与良性SNP在外显子与内含子上的分布以及蛋白结构域内外的分布上具有非常显著差异,致病SNP在外显子和蛋白结构域内的分布密度更高。从蛋白编码区的SNP突变类型来看,致病SNP位点中的同义突变与非同义突变所占比例分别是0.64%和99.36%,而良性SNP位点中两类突变的比例相差较小,检验结果显示致病SNP位点中非同义突变更多。此外,本研究通过分析致病SNP与良性SNP中的同义突变与非同义突变在蛋白质结构域内外的分布情况,发现两类SNP变异中同义突变的分布没有显著差异,但非同义突变的分布具有显著差异,其中致病SNP变异分布在蛋白质结构域内外的比例是53.22%和46.78%,良性SNP变异分布比例为31.96%和68.04%。随后,我们对非同义突变所在基因进行了功能注释和富集分析,发现两类变异所在基因的功能范围几乎一致。     

基于基因互作网络熵量化细胞分化状态

细胞动态过程的研究表明,细胞在动态过程中会发生状态变化,主要由细胞内部的基因表达情况控制.随着高通量测序技术的发展,大量的基因表达数据能够在单细胞水平上获得细胞真实的基因表达信息.然而,现有大多数研究方法需要使用除基因表达以外其他的信息,带来了额外的复杂度和不确定性.此外,普遍存在的"缺失值"事件更是影响了对细胞动态发...     

有利基因和有利的基因互作能够提高籼粳杂种育性

利用一套籼粳交ＤＨ系与两份具有广亲和性的水稻光（温）敏核不育系测交,构建两个测交Ｆ１群体,同时用９２个多型性的ＲＦＬＰ标记分析了杂交亲本和另外３０个不同类型的籼、粳品种（对照组）的基因型。利用对照组籼或粳表型与分子标记的关联性,检测出４１个与籼粳分化高度相关的ＲＦＬＰ标记。结果表明,８７．８％的这种标记参与了对杂种优势显著或极显著的影响,表明在水稻的演化过程中,参与适应性进化的基因与控制经济产量的     

同型半胱氨酸与冠心病

随着社会的进步以及人类生活水平的提高,冠心痛的发病率也逐年提高,目前已经成为全球死亡率最高的疾病之一,同时医学水平的不断发展也使得人们对冠心病有了更进一步的研究.近年来同型半胱氨酸越来越受到人们的关注,众多研究表明,高同型半胱氨酸血症是冠心痛的独立危险因子,可以影响冠心病的严重程度及预后.但是迄今为止,同型半胱氨酸在冠心病发病中的确切机制尚不完全明确,认为主要与血管内皮损伤、血管平滑肌细胞增殖凋亡、破坏凝血纤溶系统、影响糖、蛋白质、脂质代谢等方面有关.针对高同型半胱氨酸血症的治疗,对于改善冠心病患者的预后有一定疗效.因此,本文就同型半胱氨酸冠心痛的关系作一综述,从而为临床更好的防治冠心痛提供相关的资料.     

He—Ne激光血管内照射血液治疗冠心病的临床研究

应用低强度Ｈｅ－Ｎｅ激光血管内照射（ＩＬＩＢ）疗法试治３２例冠心病患者,同时设正常对照２０例,进行血液流变学、血清ＭＤＡ水平及其它相关指标的疗前后对比检测。结果表明所有指标在ＩＬＩＢ治疗后比疗前有显著改善（Ｐ〈０．０１）,与病情好转一致。作者认为ＩＬＩＢ不失为冠心病治疗的有效手段之一,其疗效机理有待进一步研究。     

同期行冠状动脉旁路移植和心脏瓣膜置换术治疗冠心病合并心脏瓣膜病的临床研究

目的:总结同期行冠状动脉旁路移植(CABG)和心脏瓣膜置换术治疗冠心病合并心脏瓣膜病的临床经验。方法:回顾性分析我院收治的41例接受冠状动脉旁路移植同期行心脏瓣膜置换术的冠心病合并心脏瓣膜病患者的临床资料,对手术方法、主要并发症和术后处理方法进行分析总结。结果:41例患者中,行二次开胸4例(9.76%),应用IABP 2例(4.88%),发生低心排综合征6例(14.63%)、肾功能不全6例(14.63%)、肺功能不全7例(17.07%)、脑合并症1例(2.44%)、胸腔积液4例(9.77%),死亡6例(13.63%),其余患者康复出院。结论:CABG同期行心脏瓣膜置换术治疗冠心病合并心脏瓣膜病的近期疗效满意。术前改善心功能,成熟的手术技术,完全的心肌再血管化,良好的心肌保护,停机困难者尽早应用主动脉内球囊反搏(IABP)及加强术后处理是提高CABG同期行心脏瓣膜置换术疗效的重要措施。     

中性粒细胞与淋巴细胞比值和冠心病的关系

炎性作用在心血管疾病中的作用越来越重要,尤其是炎性标记物与冠心病之间的相互作用及关系,近年来被广泛研究,大多研究结果呈现一致性。中性粒细胞与淋巴细胞比值是近些年新兴的炎症标记物,其简易、普及、易获取的特点受到了广泛学者的肯定。NLR与动脉粥样硬化相关,相关研究显示动脉僵硬度、钙化积分与NLR密切相关,另外,高NLR者更易发现易损斑块。NLR可预测急性冠脉综合征的短期及长期心血管事件发生率及死亡率,以及预测稳定性心绞痛预后情况及侧支循环是否丰富。在冠脉造影的应用中,发现NLR不仅与冠脉病变严重程度密切相关,能预测完全闭塞病变的发生,及预测无复流的发生。在已有心血管危险因素的基础上,NLR可作为新成员,为冠心病的发现及其预后的风险评价提供依据。     

冠心病患者静息心率与血小板活性相关研究

目的:探讨冠心病患者静息心率与血小板活性的相关研究。方法:选择2013年1月至2014年9月于我院住院患者474例,按静息心率快慢分为三组,心率70 bmp为第一组(Q1)150例,心率位于70~85 bmp为第二组(Q2)265例,心率85 bmp为第三组(Q3)59例,三组患者均于病情稳定时行血栓弹力图(TEG)中MA值检测,同时随访3个月,观察和比较三组患者MA值变化及预后。结果:三组患者MA值分别为61.16±7.29 mm、62.02±7.46 mm、65.32±6.56 mm,第三组患者MA值与第一组或第二组患者MA值比较差异均存在统计学意义(P0.05),通过血栓弹力图检测三组经花生四烯酸(AA)途径的血小板抑制率和经二磷酸腺苷(ADP)途径的血小板抑制率发现,静息心率高低与抗血小板药物作用疗效无相关关系(P0.05)。随访3个月,三组患者心绞痛、再住院、脑血管病及死亡的总发生率分别为28%、28.68%、40.67%。结论:冠心病患者静息心率越快,MA值越大即血小板活性越高,静息心率的高低与抗血小板药物作用疗效无关。     

HMGB1与冠心病关系的研究进展

高迁移率族蛋白B1(high mobility group box1protein,HMGB1)是一种高度保守的核内非组蛋白,可由致病因素引发细胞被动释放或损伤、凋亡和坏死细胞主动分泌而产生。HMGB1可以在真核细胞坏死过程中被释放到细胞外。越来越多的研究证明,HMGB1是一种重要的潜在炎性介质,通过与其特异性受体结合而发挥着重要的炎症细胞因子作用。近年来研究表明,HMGB1通过参与炎症过程而影响动脉粥样硬化斑块的进展。因此,HMGB1可能是机体冠状动脉炎性疾病的重要靶点。本文对HMGB1及其作用机制进行综述,为心血管疾病的预防和治疗提供文献依据。     

冠心病患者冠脉支架术后发生再狭窄的危险因素回归分析

目的:探讨冠心病患者冠脉支架手术后发生再狭窄的危险因素,为提高临床治疗效果和改善预后提供指导。方法:回顾性分析2014年1月至2015年12月我院收治的226例行冠脉支架手术的冠心病患者临床病历资料,采用SPSS21.0分析冠脉再狭窄的发生情况及危险因素。结果:51例冠心病患者冠脉支架术后发生冠脉再狭窄(22.57%)。单因素分析显示,不同吸烟史、糖尿病史、脂蛋白a(Lp(a))水平、空腹血糖、尿素氮(BUN)、总胆红素、术前病变狭窄程度、植入支架支数、长度以及直径组冠心病患者的冠脉再狭窄发生率比较,差异有统计学意义(P0.05)。多因素Logistic回归分析,吸烟史、糖尿病史、Lp(a)水平、术前病变狭窄程度、植入支架支数、长度是冠心病患者冠脉支架术后再狭窄发生的独立危险因素,OR分别为2.261、1.944、3.593、2.798、2.449、3.823,差异有统计学意义(P0.05),植入支架直径是冠脉再狭窄发生的保护因素,OR为0.261,差异有统计学意义(P0.05)。结论:冠脉植入支架的总长度、数量,术前病变的狭窄程度、Lp(a)水平、糖尿病以及吸烟是冠心病患者冠脉支架术后发生再狭窄的独立危险因素,临床应不断优化支架并根据再狭窄的危险因素采取针对性的防治措施。     

冠心病患者数量皮纹学特征波动性不对称的研究

本文研究了宁夏汉族男性256例(正常: 128例; 冠心病患者: 128例) 双手数量皮纹学特征及其波动性不对称, 比较了其均值的差异性。结果表明: 1)冠心病患者组与正常对照组相比较, 指纹嵴线数、指纹总嵴线数及a-b嵴线数均值均低于正常对照组; 2)冠心病患者组双手atd角及a-b间距均值均高于对照组, 双手atd角表现为显著增高(P<0.05), 右手a-b嵴线数均值表现为患者组低于对照组, 有显著性差异(P<0.01); 3)冠心病患者组数量皮纹性状波动性不对称水平与对照组在FAⅡ(a-b嵴线数, P<0.01)及FAⅤ(atd角, P<0.05)两项上表现出显著增高; 冠心病患者组a-b嵴线数FA分布在|R-L|≥7组显著增高(P<0.05)。     

磺达肝癸钠应用于冠心病合并肾功能不全患者的临床研究

目的:观察磺达肝癸钠应用于冠心病急性冠脉综合征合并肾功能不全患者抗凝治疗的疗效及安全性。方法:216例急性冠脉综合征患者分为肾功能正常组及肾功能不全组,皮下注射磺达肝癸钠2.5毫克,一日一次,连用8天,比较两组治疗9天内主要不良心脏事件(MACE)及出血并发症的发生率和30天及180天的随访情况。结果:治疗9天内及随访30天、180天期间,两组患者主要不良心脏事件发生率无统计学差异(P0.05),治疗及随访期间两组均未出现严重出血及中度出血,肾功能不全组轻微出血8例,肾功能正常组轻微出血5例,两组间比较差异无统计学意义(P0.05)。结论:磺达肝癸钠对于冠心病合并肾功能不全患者的抗凝治疗是一种安全有效的药物。     

冠状动脉旁路移植术后老年患者早期肺部并发症危险因素分析

目的:探讨老年冠心病(CHD)患者冠状动脉旁路移植术(CABG)后早期肺部并发症危险因素。方法:收集296例在我院接受CABG的老年冠心病患者(≥60岁)的临床资料,按照术后早期是否出现肺部并发症将患者分为肺部并发症组和非肺并发症组,比较两组一般临床资料及相关围术期指标的差异,利用Logistic回归分析探讨影响早期术后肺部并发症的危险因素。结果:296例CABG手术患者中有52例出现肺部并发症(发生率17.6%);两组在年龄、吸烟、体质量指数(BMI)、术前心功能分级、术前左室射血分数(LEVF)、三支病变、左主干病变、体外循环、体外循环时间、主动脉阻断时间、手术时间、术后24 h输红细胞(RBC)量、术后24 h胸腔引流量、术后24 h平均血糖存在统计学差异(P0.05);年龄(OR=1.137)、BMI(OR=1.636)、术前LEVF(OR=1.733)、左主干病变(OR=1.532)、体外循环(OR=2.134)、术后24 h输RBC量(OR=1.243)、术后24 h平均血糖水平(OR=1.335)是影响术后肺部并发症发生的危险因素(P0.05)。结论:老年冠心病患者CABG术后早期肺部并发症受到多种因素影响,临床中应当重视此类高危因素,以制定相关干预措施降低肺部并发症的发生率。