贵州白山羊GOLA-DQA1基因多态性及其与血液免疫指标的关联性

为了解贵州白山羊GOLA-DQA1基因SNPs与血液免疫指标的相关性,本研究采用PCR直接测序技术对122只贵州白山羊周岁羊群体GOLA-DQA1基因Exon1及部分内含子进行多态性的检测,进一步将各突变位点与血液免疫指标进行关联性分析。结果:在试验群体中共发现7个SNPs位点,其中C+36G、C+48T、A+49G、T+65G位于外显子上;A+122G、T+125C、A+129G位点位于内含子上,属于中度多态性(0.5PIC0.25)。存在连锁不平衡现象且各位点均偏离了Hardy-Weinberg平衡,分析发现C+48T、A+49G位点与中间细胞比率具有显著的相关性,其中CT基因型个体的中间细胞比率显著高于CC基因型(p0.05);AG基因型个体中间细胞比率值显著高于AA基因型。由此推断GOLA-DQA1基因C+48T、A+49G位点与贵州白山羊血液免疫指标具有一定的相关性,为山羊抗病育种的辅助选择标记的选择提供一定的参考。     

贵州白山羊LEPR基因多态性

为探究LEPR基因多态性的遗传特性,本研究以贵州白山羊为试验材料,运用DNA池结合直接测序方法进行LEPR基因的SNPs位点的筛选,继而对LEPR基因RNA的二级结构以及其所编码蛋白质的二级结构和三级结构进行生物信息分析。结果表明,在试验群体LEPR基因中共发现4个SNPs,分别为exon4-G246A(Asp-Asn)、exon8-C39T(同义突变)、intron8-G59A(内含子突变)和exon18-C94T(Ser-Leu)。经生物信息学软件分析表明,exon4-G246A(Asp-Asn)和exon18-C94T(Ser-Leu)位点突变前后的等位基因频率、LEPR m RNA的二级结构、LEPR蛋白质二级结构和三级结构均有改变。     

贵州地方黄牛IGF-1基因多态性及生物信息学分析

为分析黄牛IGF-1基因多态性,筛选出对贵州本地黄牛生长性状有显著影响的SNPs位点,本研究以贵州关岭牛、思南牛、威宁牛和黎平牛为试验对象,构建DNA混池,PCR扩增IGF-1基因所有外显子及部分内含子,采用直接测序法检测IGF-1基因多态性,利用生物信息学软件对IGF-1基因进行分析。结果表明:在贵州4个地方牛群体种中,共筛选出3个SNPS,分别为Intron2-A5123G、Exon3-G56419A、Intron3-C56464A,Exon3-G56419A属于同义突变。其中2个SNPS (Intron2-A5123G, Intron3-C56464A)为4个牛种所共有,而Exon3-G56419A突变仅存在黎平牛中。生物信息学分析表明,牛IGF-1编码蛋白为分泌蛋白,含有信号肽序列,相对分子质量为16 937.68,理论等电点为9.36,且突变前后IGF-1基因m RNA二级结构发生改变,自由能升高,稳定性降低。研究结果显示,4个牛种IGF-1基因具有较高的遗传多样性,可为贵州地方牛种的保种选育提供参考。     

贵州白山羊GFI1B基因多态性与生长性状的相关性

本试验旨在研究贵州白山羊GFI1B基因第八外显子的多态性,及其与生长性状的相关性.通过PCR-RFLP技术对贵州白山羊外显子SNPs位点进行检测,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性.结果显示,供试群体中在外显子上检测到2个SNPs位点,即第八外显子263(G/T)和340(G/A).最小二乘法分析表明,G340A位点,CC型和DD型的体重、体长、胸深和胸宽对CD型达到差异及显著水平(p约0.01).本研究检测到的GFI1B基因第八外显子340(G/A)多态性位点可作为贵州白山羊生长性状的候选分子标记.     

贵州本地山羊TFB1M基因启动子区多态性生物信息学分析

目的:采用DNA池结合PCR技术,筛选TFB1M基因启动子区SNP位点,并分析其对启动子区的影响。方法:利用多种生物信息学软件预测TFB1M基因核心启动子范围、转录因子结合位点、CpG岛。结果:TFB1M基因启动子区发现1个SNP位点G-234A。TFSEARCH软件预测结果显示TFB1M基因启动子区转录因子ADR1与Sp1位置调换,且ADR1位置的提前导致TFB1M基因转录效率增高。结论:G-234A位点可能影响TFB1M基因转录,试验结果为进一步分析TFB1M基因启动子区功能奠定基础。     

贵州地方山羊RBP4基因多态性及生物信息学分析

[目的]对贵州黑山羊和黔北麻羊进行RBP4基因多态位点的筛选,为从分子水平探究RBP4基因对动物繁殖性能的调控机制提供理论依据。[方法]采用DNA混池结合直接测序法分析RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中的单核苷酸多态性,利用生物信息学软件分析SNP位点对RBP4基因mRNA二级结构的影响。[结果]RBP4基因外显子4在贵州黑山羊和黔北麻羊中均存在4-T214C突变位点,且为同义突变。生物信息学分析结果表明,外显子4-T214C突变导致RBP4基因mRNA二级结构发生变化,自由能降低,结构稳定性增大。[结论]在贵州黑山羊和黔北麻羊中检测到RBP4基因外显子4的1个SNP位点,该突变位点影响了RBP4基因mRNA的二级结构。     

贵州宗地花猪的GDF9基因多态性及生物信息学分析

以贵州宗地花猪和贵州从江香猪2个地方猪种为研究对象,构建基因组DNA池,扩增GDF9基因第1外显子和第2外显子序列,采用直接测序法对2个品种的GDF9基因进行单核苷酸多态性进行检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对GDF9基因m RNA二级结构、蛋白质二级结构的影响。结果表明,在2个品种中共检测到T~(997)A、C~(1009)T、T~(1014)C、G~(1137)T和A~(1196)T 5个SNPs位点,其全位于第二外显子上。T~(997)A、C~(1009)T和A~(1196)T均为错义突变。T~(997)A导致编码的苯丙氨酸(Phe)变为异亮氨酸(Ile)、C~(1009)T导致编码的亮氨酸(Leu)变为苯丙氨酸(Phe)、A~(1196)T导致编码的赖氨酸(Lys)变为甲硫氨酸(Met)。SNPs位点对于GDF9基因的m RNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。     

高坡猪PRKAA1基因多态性检测及生物信息学分析

为了对PRKAA1基因的遗传机理进行更进一步的研究,本试验以高坡猪为研究对象,利用PCR技术对PRKAA1基因的全部外显子进行克隆扩增,并对扩增产物进行正反向直接测序,运用生物信息软件进行序列分析;结果表明,仅在第7外显子75 bp处发现了A/G 1个单核苷酸突变位点,且该位点突变导致氨基酸密码子由CAA变为CAG,所对应编码的氨基酸也由谷酰胺酸(Gln)变为精氨酸(Arg),由于氨基酸的改变导致了PRKAA1基因的mRNA二级结构和蛋白质三级结构发生了构象改变。突变前后该蛋白分子量分别为136.152 k D和136.166 k D,PRKAA1蛋白无跨膜结构,不属于分泌蛋白。本研究结果可为高坡猪的PRKAA1基因表达载体的构建提供依据。     

番鸭CRHBP基因多态性及生物信息学分析

为研究促肾上腺皮质激素释放激素结合蛋白(corticotropin-releasing hormone binding protein,CRHBP)作为番鸭异常行为研究候选基因的可能性。实验以半番鸭为实验材料,设计9对引物对CRHBP基因内含子和外显子序列进行扩增,其PCR产物经测序后,利用生物信息学软件分析SNPs位点突变前后CRHBP基因及其蛋白结构的变化。结果表明,在扩增的CRHBP基因中筛选出12个SNPs:Exon3-G~(5805)A、Exon3-C~(5906)T、Exon7-A~(10747)G、Intron3-A~(5984)G、Intron3-T~(6019)G、Intron3-C~(6021)T、Intron3-G~(6035)A、Intron3-G~(6036)A、Intron7-C~(10506)T、Intron7-A~(10613)G、Intron8-G~(12097)A和Intron8-G~(12118)A,其中Exon3-G~(5805)A和Exon7-A~(10747)G为同义突变;Exon3-C~(5906)T是错义突变,导致编码的缬氨酸(Val)突变为异亮氨酸(Ile);Intron3-A~(5984)G、Intron3-T~(6019)G、Intron3-C~(6021)T、Intron3-G~(6035)A、Intron3-G~(6036)A、Intron7-C~(10506)T、Intron7-A~(10613)G、Intron8-G~(12097)A和Intron8-G~(12118)A处于内含子区域,不参与氨基酸编码。     

贵州白山羊DRA和DRB1基因的表达差异分析

本研究旨在利用实时荧光定量PCR技术检测贵州白山羊DRA和DRB1基因在心、肝、肾以及免疫组织共9种动物组织中的相对表达差异。分析数据得到,贵州白山羊DRA、DRB1基因在9种组织中均有表达,在脾组织中两个基因的表达量均明显高于其他组织,在心、肝、肾和颌下腺四中组织中DRA和DRB1基因的表达量均明显低于其他组织,其中在心和肝两种组织中表达量最低。结果表明,在5种免疫组织中除颌下腺外,DRA和DRB1基因的表达量都较高且都在脾脏组织中高表达。     

猪CD4基因多态性及生物信息学分析

本研究利用PCR-RFLP方法检测猪CD4基因部分外显子区的单核苷酸多态性,分析CD4基因SNPs之间的连锁不平衡程度,并采用生物信息学软件预测SNPs对CD4蛋白的潜在影响,为猪的抗病育种研究提供相应的分子标记。研究表明,大白猪CD4基因外显子4、6和7都存在一个突变位点,分别可使CD4蛋白T80S、P290L和M348I发生改变;每个SNP位点都有三种基因型,多态信息含量均处于中等多态(0.25PIC0.5)。三个SNPs呈强连锁不平衡状态(r~20.8),而且仅构成两种主要单倍型CTC和GCG型(两者的频率占99%以上)。经序列预测分析可知,两种CD4单倍型纯合子的理化性质和二级结构存在差异,但三个错义突变是否能影响猪CD4蛋白的功能需进一步研究。     

山羊GOLA-DQA2基因多态性与血液免疫性状的相关分析

文章采用PCR-RFLP技术对莱芜黑山羊、波尔山羊、鲁波山羊3个山羊种群的GOLA-DQA2基因外显子2进行遗传多态性研究, 并对其血液免疫指标的效应进行分析。结果表明, 3个山羊种群共检测到4种基因型, 由3个等位基因控制; GOLA-DQA2基因外显子2的第77、79、80和169位的碱基表现出多态性; 多数血液免疫指标品种效应是主要效应; 鲁波山羊中, AB基因型的红细胞计数、白细胞计数分别显著高于BB基因型、BC基因型(P<0.05); AB基因型的红细胞压积显著高于BB、BC 基因型(P<0.05); BC基因型的噬中性粒细胞比率显著高于BB基因型(P<0.05); 波尔山羊和莱芜黑山羊中, 基因型与血液免疫指标之间也有一定的相关性, 但没有达到显著水平。由上述结果初步推测, 在鲁波山羊中, AB、BC基因型是影响红细胞计数、白细胞总数、噬中性粒细胞比率等血液免疫指标的重要因素。研究结果揭示GOLA-DQA2基因与血液免疫指标之间有一定的相关性, 可为山羊的抗病育种提供一定的参考。     

贵州地方山羊ADAMTS1基因序列多态性及生物信息学研究

本研究选择黔北麻羊和贵州黑山羊为试验对象,分别构建DNA池,结合PCR产物直接测序法分析两品种中ADAMTS1基因外显子2~8中可能与繁殖性状相关的单核苷酸多态位点。结果表明在黔北麻羊和贵州黑山羊两个群体中共检测到ADAMTS1基因的10个SNPs位点,其中该基因第2、5、6外显子中各存在1个SNP位点,依次是C266T、T2210C、C2513A,均引起所编码氨基酸的同义突变,第3、4、6、8内含子中各存在1个SNPs位点,依次是C1073T、A1326G、G2698A、T4261A,第7内含子中同时存在3个SNPs位点,为T3401C、T3045T、T3064C,其中9个SNPs位点(C266T,C2513A,C1073T,A1326G,G2698A,T4261A,T3401C,T3045G,T3064C)为两品种所共有,T2210C仅存在黔北麻羊中。位点A1326G的A和G等位基因频率在检测的两个羊种间差异较大,通过后续的生物信息学分析显示,ADAMTS1基因外显子2的C266T和外显子6的优势突变C2513A的位点变异共同引起m RNA二级结构发生显著改变。     

家兔UCP3基因SNP多态性及生物信息学分析

以比利时兔、加利福尼亚兔和新西兰兔为实验对象构建其DNA池,直接测序筛选SNP位点,结果在兔UCP3基因中筛选到5个多态性位点:intron4-C1298T、exon6-G208A、exon6-G281A、exon6-T303C和exon6-G443A。其中exon6-G208A、exon6-G281A和exon6-G443A为错义突变,exon6-T303C为同义突变,而exon6-G208A导致编码的精氨酸(Arg)变为丝氨酸(Ser),exon6-G281A和exon6-G443A导致编码的丝氨酸(Ser)变为酪氨酸(Tyr)。通过生物信息学软件对兔UCP3基因突变前后RNA二级结构和蛋白质的二级结构进行预测分析,发现其结果均有差异。     

三穗鸭DRD4基因多态性及生物信息学分析

本实验以三穗鸭为材料,采用PCR扩增并采用直接测序技术对三穗鸭DRD4基因进行SNP多态位点检测,共筛查出4个SNP位点:exon2-C12406T、exon3-A13144G、intron2-C12777T、intron2-T12789C。其中exon2-C12406T、exon3-A13144G位点突变为同义突变。对DRD4进行生物信息学分析表明,突变前后的等位基因频率估算有差异,但其m RNA二级结构预测,蛋白质二级、三级结构预测分析均无差异。     

hRFT2基因单核苷酸多态性的生物信息学分析

旨在筛选可能与人类疾病有关的hRFT2基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)和突变位点,从SNP数据库中检索并筛选出395个有效的hRFT2基因SNPs,其中包括30个同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和31个非同义SNPs(non-synonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs)。分别采用SIFT、SNPs3D和PolyPhen-2方法分析nsSNPs引起的氨基酸替换是否可能影响hRFT2的功能。结果表明,5个nsSNPs(rs11477762、rs146302587、rs146492942、rs76947760和rs145431028)可能严重影响hRFT2蛋白的功能,其中rs76947760和rs145431028的影响已得到临床证明,另外3个nsSNPs(rs148387972、rs140391358和rs3746802)也可能对hRFT2有较大的影响。     

贵州黑山羊、贵州白山羊TFB1M基因第7外显子SNP研究

目的:研究TFB1M基因编码区多态性,筛选出对山羊肉质有显著影响的SNPs位点,以期为山羊品种选种选育提供科学依据。方法:采用DNA池结合PCR直接测序技术分析TFB1M基因在贵州本地山羊的多态性,估算等位基因频率,利用在线软件分析TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白二级、三级结构。结果:在TFB1M基因中筛选到2个SNPs:A76G和T221G,其中A76G为同义突变;T221G错义突变,导致编码的半胱氨酸(Cys)变为甘氨酸(Gly)。RNA二级结构最小自由能改变,贵州黑山羊RNA二级结构稳定性增强。贵州黑山羊β折叠链增加1%,α螺旋增加4%,混乱度也上升1%。β转角减少4,α螺旋增加6,自由卷曲减少3,延伸链增加1。结论:SNPs位点对TFB1M基因RNA二级结构及其蛋白结构均有影响。     

贵州汉族人群HLA-DM基因多态性分析

为了探讨贵州汉族人群HLA-DM基因多态性的分布情况, 采用PCR-RFLP法对125 例贵州汉族人进行HLA-DM基因分型。结果显示, 贵州汉族人群DMA*0101~0103等位基因频率依次是0.720、0.244、0.036, DMB*0101~0104等位基因频率分布依次是0.620、0.156、0.188和0.036; 贵州汉族人群中DMA的基因型以DMA*0101/0101和0101/0102为主, 而DMB的基因型以DMB*0101/0101、0101/0102和0101/0103为主。结果表明, HLA-DM基因多态性具有地区性、民族性的遗传特征。     

从江香猪MC4R基因多态性及生物信息学分析

[目的]旨在对3个群体猪MC4R基因进行SNPs筛选,为从江香猪选种选育提供一定的理论基础。[方法]以从江香猪作为研究对象,野猪×从江香猪二元杂交猪和杜×大×长外三元杂交猪作为对照,构建品种DNA池,PCR扩增MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列,采用直接测序法对3个群体的MC4R基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对MC4R基因mRNA二级结构和蛋白质二级结构的影响。[结果]在3个群体中共检测出10个SNPs位点,其中,C860T、G1392A和G1577A位于第2外显子区;G1699A、T1702A、A1870C、G1875A、C2025T、G2073A和A2111T位于3’非编码区序列。C860T为同义突变,G1392A和G1577A为错义突变,分别导致了精氨酸变为组氨酸、天冬氨酸变为天冬酰胺。经分析软件预测,处于第二外显子中的3个SNPs位点对MC4R基因的mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定的影响。[结论]DNA池结合测序技术检测到MC4R基因外显子、内含子和3’非编码区序列共10个SNPs。     

贵州白山羊Bmp15和Gdf9基因多态性及其编码蛋白的进化分析(英文)

BMP15和GDF9是转化生长因子β（TGFβ）超家族的成员,对绵羊的繁殖性状有直接的调节作用,从中发现的多个高产突变位点直接提高了排卵数和产羔数。在之前的研究中,作者从贵州白山羊中找到了一个高产突变位点。为了进一步揭示Bmp15和Gdf9基因突变与繁殖性状之间的关系,对贵州白山羊Bmp15和Gdf9基因编码区进行了克隆,以人BMP7的晶体结构为模板构建了贵州白山羊BMP15和GDF9成熟肽的三维模型。贵州白山羊Bmp15和Gdf9基因分别编码394和453个氨基酸的蛋白前体。对BMP15和GDF9成熟肽序列进行分析发现,除了之前确认的BMP15中的FecX^B 突变（S99I）和GDF9中的V79I突变之外,还从贵州白山羊的BMP15和GDF9成熟肽分别发现7个和3个位点突变。其中,BMP15成熟肽的S32G、N66H、S99I/P99I和G107R突变可能影响二聚体与受体的结合;GDF9成熟肽的P78Q和V79I影响二聚体与I型受体的亲和力,将值得进一步深入研究。对Bmp15和Gdf9基因编码的蛋白前体序列进行聚类分析,结果显示在鱼类到哺乳类的进化过程中,BMP15出现长度逐渐增加的现象,以BMP15成熟肽N端长度增加为主。这种演变可能使BMP15对低排卵哺乳动物繁殖力的控制更为灵敏。该文的研究结果为贵州白山羊Bmp15和Gdf9基因变异与繁殖力的关系提出了合理的解释,并支持这两个因子是贵州白山羊高产性状重要调节因子的观点。