测序级胰蛋白酶的制备工艺与质量检测简

目的：制备高纯度、酶解效率高、酶切位点专一的测序级胰蛋白酶,应用于蛋白组学研究的蛋白质鉴定与分析中。方法：取实验室自制的猪胰蛋白酶粗酶,经硼氢化钠、甲醛还原甲基化修饰抑制胰蛋白酶自水解,采用高效液相色谱仪15RPC反相柱纯化,收集对应的甲基化胰蛋白酶峰组分,冷冻干燥;甲基化修饰的胰蛋白酶进一步经甲苯磺酰苯丙氨酰氯甲酮（TPCK）修饰,以抑制糜蛋白酶等非特异性酶切活性,并经反相色谱柱再纯化,获得终产物即质谱测序级胰蛋白酶;自制的测序级胰蛋白酶经SDS-PAGE、HPLC反相色谱分析、酶比活力测定,并应用于胶内蛋白质酶切质谱鉴定氨基酸序列等,检测其纯度、酶水解效率及酶切位点特异性。结果：自制甲基化TPCK修饰的测序级胰蛋白酶纯度大于95％,酶比活力为200U/mgP（TAME）以上,质谱分析酶切特异性好;且酶的制备工艺流程稳定,可应用于测序级胰蛋白酶产品的生产与开发中。结论：制备的测序级胰蛋白酶纯度高、酶解效率优、酶切特异性强,可广泛应用于实验室中蛋白质和肽段测序鉴定、HPLC肽段谱图分析等蛋白组学研究分析中。     

固定化胰蛋白酶的快速制备

目的：快速制备高活力的固定化胰蛋白酶,用于转肽反应。方法：将壳聚糖与硅胶搅拌均匀,同时用戊二醛进行活化制成活化载体,再通过交联反应将胰蛋白酶固定至载体制备固定化胰蛋白酶。用正交法进行优化。结果：用快速工艺制得的固定化胰蛋白酶的活力单位为5990．5U/g,活力回收为16．7％,整个制备过程耗时21h。结论：快速工艺的制备过程较之改进前更为快捷简便,制备的固定化胰蛋白酶活力单位显著提高,利于工业应用。     

多糖的制备工艺与质量控制研究进展

多糖作为新药研究开发的热点，近年来受到越来越多科研人员的广泛关注。综述近几年多糖的提取与分离纯化、含量测定及相对分 子质量测定方法研究进展，旨在为多糖的深入研究提供参考。     

酶法制备纳米级珍珠粉工艺研究

以珍珠粉粒径为考察指标,采用食品工业用酶处理,研究了蛋白酶种类、酶解时间、加酶量与珍珠粉粒径分布范围的关系。实验表明：10g珍珠粉,加入50mL去离子水溶解,使用饱和Ca（OH）2溶液调pH值至11．0,再加入0．3g碱性蛋白酶,于40℃水浴保温酶解6h。酶解后约有60％珍珠粉粒径分布小于1μm,已满足国家标准（征求意见稿）的规定要求,为纳米级珍珠粉。     

转豇豆胰蛋白酶CPTI基因棉花检测用标准分子的制备

利用PCR的方法克隆豇豆胰蛋白酶基因CPTI、基因表达调控元件35S启动子、NOS终止子以及棉花内标基因Sad1,连接到克隆载体上,构建成质粒标准分子pGB。PCR检测过程中,质粒标准分子和转基因棉花中能扩增出4个目的条带,而非转基因棉花中不能扩增出相应的条带,证明构建好的质粒标准分子能用于转基因棉花的定性检测。荧光定量PCR绘制4个目的基因片段的标准曲线,各标准曲线的相关系数均达到0.985以上,说明建立的PCR具有很好的Ct值-初始浓度相关性,达到定量分析的需求,而且荧光定量PCR反应具有很好的重复性和稳定性,可用于实际样品的定量检测。     

胰蛋白酶酶解文蛤的工艺条件

用正交试验法确定胰蛋白酶酶解文蛤的最佳工艺条件 ,用薄层层析和氨基酸自动测定仪鉴定酶解液中氨基酸的种类和含量 ,进一步判定酶解效果。结果表明 :在 5 0℃ ,加酶量 2 %,pH8.0 ,酶解 8h的酶解效果最好。层析发现 ,酶解温度为5 0℃的提取液含氨基酸较全面 ,氨基酸自动测定仪测定显示 ,胰蛋白酶酶解法的文蛤提取液中氨基酸的含量大于热水提取法的含量。     

豇豆胰蛋白酶抑制剂不同组分的制备方法

以豇豆种子为材料,经脱脂、乙酸钠抽提、硫酸铵分级沉淀得到胰蛋白酶抑制剂粗提物。再经凝胶过滤、离子交换层析和FPLC,分别得到了豇豆蛋白酶抑制剂的不同组分,并进行了SDS-PAGE分析。同时通过明胶活性电泳,证实了各部分均具备专一的胰蛋白酶抑制剂活性。     

古DNA单链测序文库的建立与检测

2005年问世的第二代测序技术在古DNA领域的应用,突破了第一代测序技术在绝灭或死亡生物全基因组获取手段上的局限。借助古基因组信息,研究者能够从更为系统的实时分子证据角度,解读诸如人类起源、大型绝灭哺乳动物迁移演化、动植物家养驯化以及早期人类社会生活模式等古生物学、遗传学与演化生物学问题。引入第二代测序技术之后,传统的古DNA研究方法及流程得以改变,剔除了原有的实验流程中耗时的分子克隆步骤,引入了与第二代测序技术紧密相关的古DNA单链测序文库构建环节。古DNA单链测序文库的构建,是将古DNA双链模板变性成单链后,通过向单链古DNA两端添加人工DNA片段,将古DNA分子转变成能被测序仪识别的文库分子。针对古DNA分子微量、高度片段化以及普遍存在碱基损伤的特点,古DNA单链测序文库,能够高效获取古DNA材料中的遗传信息。本文系统介绍古DNA单链测序文库建立流程,以及对文库质量进行检测的方法,为研究者运用第二代测序技术测定绝灭或死亡生物全基因组提供方法借鉴。     

胰蛋白酶的制备及其在细胞培养中的应用研究

无菌采集健康牛胰脏,用0.125 mol/L的硫酸对牛胰脏进行预处理和保存,并对原材料的细菌、真菌、内毒素、支原体、噬菌体和一些病毒外源因子进行检测,筛选合格原料.通过盐析、CM-Sepharose-FF层析、超滤等方法对胰蛋白酶进行提取和纯化.结果表明:经筛选原料提纯的胰蛋白酶通过细胞传代实验240 h后,细胞生长良好,形态正常,而未经筛选直接提取的胰蛋白酶通过细胞传代实验144 h后,细胞出现拉丝、病变等异常情况.     

吸血诱导的埃及伊蚊海口株后期胰蛋白酶基因测序及与美国株同源性比较

应用逆转录-聚合酶链式反应（RT-PCR）技术从吸血后24 h埃及伊蚊海口株总RNA中扩增出了后期胰蛋白酶编码区cDNA序列。采用自动DNA分析仪进行序列分析,并与已知埃及伊蚊美国株后期胰蛋白酶基因及推导的氨基酸序列进行了同源性比较。结果表明：埃及伊蚊海口株后期胰蛋白酶基因序列与美国株同源性达98%,有11个碱基发生变异;氨基酸同源性达99%,仅有3个氨基酸发生变异,但与催化位点密切相关的氨基酸及N末端氨基酸序列完全一致。以上结果显示,埃及伊蚊胰蛋白酶不同地理株间存在微小的差异。     

胰蛋白酶与ANS的相互作用

利用荧光光谱法研究了在不同ｐＨ、压力及不同浓度的脲作用时荧光探针１,８－ＡＮＳ（１－ａｎｉｌｉｏｎｎａｐｈｔｈａｌｅｎｅ－８－ｓｕｌｆｏｎｉｃａｃｉｄ）与胰蛋白酶的相互作用．发现在低ｐＨ时ＡＮＳ可以结合到胰蛋白酶上,其中以ｐＨ２．０、３．０时结合最强．进一步的研究发现脲变性对胰蛋白酶结合ＡＮＳ的能力有很大的影响：１．５ｍｏｌ／Ｌ的脲即可使得胰蛋白酶结合ＡＮＳ的能力大大降低,但有趣的是即使高达４ｍｏｌ／Ｌ的脲对胰蛋白酶色氨酸残基荧光也无明显影响．另外,在ｐＨ猝变、脲变性、及逐渐改变压力时,胰蛋白酶色氨酸残基荧光和结合到胰蛋白酶分子上的ＡＮＳ的荧光的变化大不相同．上述结果暗示胰蛋白酶的色氨酸残基所在的区域和其结合ＡＮＳ的区域是两个不相同的区域．     

应用高通量测序技术检测与奶牛乳产量和乳质量调控相关的miRNA

本实验将中国荷斯坦牛泌乳期高乳品质奶牛（H）和泌乳期低乳品质奶牛（L）乳腺组织作为实验对象,利用高通量测序技术进行了miRNA测序,与miRNA数据库比对,获得已知miRNA,整合miREvo和mirDeep2这两个miRNA预测软件,进行新miRNA分析,通过差异表达分析筛选组间差异miRNAs,获得56个差异表达miRNA(P <0.05,FDRq <0.05)并对差异表达miRNA进行靶基因预测;利用DAVID对靶基因进行GO(Gene Ontology)和信号通路富集分析。经过对靶基因筛选,发现了4个已报道与乳蛋白、乳脂紧密相关的功能基因：CSN3、SCD、LALBA和DGAT2。靶基因聚集的生物学功能多数参与了蛋白质和脂肪代谢,乳腺发育和分化,以及免疫功能。靶基因主要富集在MAPK 信号通路、甘油磷酸脂质代谢、缺氧诱导因子1和磷脂酰肌醇3激酶 蛋白激酶B信号转导通路。结果显示,靶基因主要富集在糖类代谢、脂肪代谢、蛋白质代谢、细胞凋亡以及免疫相关通路。     

新一代测序的拷贝数变异检测算法研究与设计

基于不同的测序技术,基因拷贝数变异的检测方法有多种,但时间复杂度较高,而新一代测序技术的发展为基因拷贝数变异检测的研究开辟了新领域。通过仿真实验、置换检验设计出一种新的基于新一代测序的拷贝数变异检测算法。不同于其它算法,本算法无需参考样本,通过直接研究比对后的序列以及reads与拷贝数的关系,来研究检测拷贝数变异,实验结果表明在时间复杂度上能提高50%以上的运算速度,这对今后拷贝数与疾病的研究具有重要意义。     

新一代测序技术应用于microRNA检测

MicroRNAs(miRNAs)是一类在进化上高度保守的非编码小分子单链RNA(~22nt),在基因转录后调控中发挥至关重要的作用。越来越多的证据表明,miRNAs参与很多重要的生理和病理过程,例如发育、器官形成、调亡、细胞增殖、肿瘤发生等。近年来飞速发展的新一代测序技术在miRNA检测方面具有重要的应用。文章简要介绍了新一代测序技术3大平台的基本步骤和原理,测序数据的生物信息学分析方法以及新一代测序技术在miRNA方向的主要应用。相比于传统的miRNA检测方法,新一代测序技术具有通量高、对遗传物质检测完全且准确度高,可重复性好等优点,在探索新miRNA、miRNA互补链、miRNA编辑、miRNA异构体检测以及miRNA靶基因检测等方面具有巨大优势。随着新一代测序技术的不断发展,测序成本不断降低,在未来几年,新一代测序技术的使用率或将大大增加。新一代测序技术的不断应用将进一步促进人类对于miRNA在各种生理病理过程中的功能和调控的认识。     

小檗碱与胰蛋白酶的相互作用

小檗碱对胰蛋白酶有抑制作用.应用紫外光谱和荧光光谱进一步研究发现小檗碱使胰蛋白酶的紫外吸收光谱发生改变,特征荧光峰产生静态淬灭.据Forster非辐射能量转移理论,在20和37℃时,测定了小檗碱-胰蛋白酶间的结合常数和结合位点数,确定了作用力主要为疏水作用力.     

基于高通量测序的RNA修饰检测技术

转录后修饰广泛存在于各种RNA分子中,对RNA发挥功能至关重要.目前,RNA上的化学修饰已达到160余种(https://iimeb.genesilico.pl/modomies/),其中甲基化修饰是最常见的修饰类型.薄层层析、高效液相色谱及质谱等传统的检测方法对RNA修饰的鉴定和定量做出了重要贡献.然而,RNA修饰的...     

Illumina-Solexa测序数据质量评估系统的构建

目的：针对下一代测序数据量大、序列长度短的特点,研究数据分析和质量评估方法。方法：选择已发布的Illumina-Solexa平台测序数据为研究对象,通过MAQ软件将测序数据与人类全基因组序列进行比对,并以外显子区域为例,在位点水平对测序数据质量进行评估。结果：结合已有软件系统和本文自创线性算法,建立了一套包括比对、拼接在内的测序数据质量评估系统。比对分析后,发现原始测序序列共覆盖了127,113,378个位点,涉及24条染色体上的64868个外显子。其中,每个位点都被测到的外显子为0.50%,位点平均测序深度大于等于1的外显子为3.98%。结论：成功构建了基于Illumina-Solexa测序平台的数据分析和质量评估方法,其可适用于其它第二代测序平台。研究者可在质量评估的基础上完善测序试验设计,并进行SNP和突变筛选及后续功能性研究。     

常规聚丙烯酰胺凝胶电泳快速检测胰蛋白酶抑制剂的方法

ＳＤＳ—ＰＡＧＥ－　明胶电泳是检测蛋白酶抑制剂的常用方法,基本原理为：聚丙烯酰胺凝胶中加入ＳＤＳ和明胶,　　ＳＤＳ使蛋白酶抑制剂发生可逆变性。电泳完毕,用　Ｔｒｉｔｏｎ　Ｘ－　１００恢复凝胶板中蛋白酶抑制剂的活性,凝胶板置于蛋白酶溶液里保温,含蛋白酶抑制剂部位的明胶不被蛋白酶水解而呈现蛋白染色带。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ一明胶电泳检测蛋白酶抑制剂时,在同一块凝胶板上可同时检测酸性、碱性及中性的蛋白酶抑制剂,但电泳后处理（包括复性,酶解,漂洗和染色）时间长（约２０ｈ）,而且对于同一样品中分子量相近的蛋白酶…     

古DNA单链测序文库的建立与检测北大核心CSCD

2005年问世的第二代测序技术在古DNA领域的应用,突破了第一代测序技术在绝灭或死亡生物全基因组获取手段上的局限。借助古基因组信息,研究者能够从更为系统的实时分子证据角度,解读诸如人类起源、大型绝灭哺乳动物迁移演化、动植物家养驯化以及早期人类社会生活模式等古生物学、遗传学与演化生物学问题。引入第二代测序技术之后,传统的古DNA研究方法及流程得以改变,剔除了原有的实验流程中耗时的分子克隆步骤,引入了与第二代测序技术紧密相关的古DNA单链测序文库构建环节。古DNA单链测序文库的构建,是将古DNA双链模板变性成单链后,通过向单链古DNA两端添加人工DNA片段,将古DNA分子转变成能被测序仪识别的文库分子。针对古DNA分子微量、高度片段化以及普遍存在碱基损伤的特点,古DNA单链测序文库,能够高效获取古DNA材料中的遗传信息。本文系统介绍古DNA单链测序文库建立流程,以及对文库质量进行检测的方法,为研究者运用第二代测序技术测定绝灭或死亡生物全基因组提供方法借鉴。