分子系统学研究进展

分子系统学 ( molecular systematics)是近 30年发展起来的一门综合性前沿学科 ,它在分子水平上对生物进行遗传多样性、分类、系统发育和进化等方面的研究 ,其研究结果对于保护生物多样性 (尤其是遗传多样性 ) ,揭示生物进化历程及机理具有十分重要的意义。1　分子系统学的定义及发展简史分子系统学是通过检测生物大分子包含的遗传信息 ,定量描述、分析这些信息在分类、系统发育和进化上的意义 ,从而在分子水平上解释生物的多样性、系统发育及进化规律的一门学科。它以分子生物学、系统学、遗传学、分类学和进化论为理论基础 ,以分子生物学…     

DNA分子系统学在爬行动物中的应用

爬行动物因其在脊椎动物中具有承上启下的作用,对其进行系统学研究,了解它们的进化关系显得尤为重要。本文ＤＮＡ杂交、ＤＮＡ指纹、ＲＦＬＰ、ＲＡＰＤ及测序等五个方面对爬行动物的ＤＮＡ分子系统学研究工作进行了综述,对其中的一些问题进行了讨论。     

分子系统学原理及其在林木上的应用

综述了林木分子系统学的是新研究进展,分析了现代分子生物学方法的不断改进给林木系统学研究带来的革命性进展,阐述了RAPD,cpDNA,rDNA等在林木分子系统学研究中的应用及取得的成果,评述了各种不同分子标记的适用范围以及对相关基因进化规律的认识,同时提出了这些分子标记在分子系统学研究中应注意的一些问题。     

植物系统学研究中常用基因分子标记特点分析

阐述了目前用于植物系统学和进化研究的一些常用的ＤＮＡ分子标记技术,分析了各自的使用范围和应用特点,提出在使用这些分子标记来研究分子系统学时必须注意的问题。     

蝗虫分子系统学研究进展

本文从遗传多样性、近缘种鉴别以及分子进化和系统发育重建 3个方面综述了蝗虫分子系统学的研究进展。     

分子系统学的发展及其现状

分子系统学在生物研究中的地位日益显得重要,本文概述了分子系统学的形成以及常用的研究方法。介绍了该学科的应用和研究中存在的一些争议。     

昆虫核酸分子系统学研究进展

本文从研究对象、方法、类群、内容等方面综述了近十年来昆虫核酸分子系统学研究进展概况。文中首先介绍了ＲＦＬＰＡ、探针杂交及ＤＮＡ指纹、ＰＣＲ与ＲＡＰＤ－ＰＣＲ、顺序分析方法及应用情况,列举了在双翅目、膜翅目、同翅目、直翅目等目昆虫中的研究进展,并从居群遗传结构、分类学研究、系统发育和分子进化４个方面总结了昆虫核酸分子系统学的研究内容和主要成果,最后指出ＲＡＰＤ－ＰＣＲ与ＲＦＬＰ联合用于测序是近期昆虫分子系统学上最有应用价值的方法。     

蜘蛛分子系统学研究进展

蜘蛛是地球上最古老和物种最丰富的生物类群之一,有化石记录最早可追溯至泥盆纪(距今约三亿八百万年).对蜘蛛的系统学研究长期以传统的形态分类为主,随着分子生物学技术的发展,蜘蛛分子系统学研究也取得了长足进展:部分类群依据分子数据或分子结合形态的系统发育关系得以解决,并建立了相应的系统发育树; 所选择的分子标记除来自于线粒体DNA外(如:COI、12S rDNA和16S rDNA等)还有核DNA(如:18S rDNA、28S rDNA和Hitone 3等); 最新的分析方法和分析软件也得到运用.这些工作为蜘蛛的生命之树研究奠定了重要基础.本文对蜘蛛分子系统学研究所涉及到的问题进行了分析讨论,以期为蜘蛛分子系统学的深入开展提供基础资料.     

团藻目分子系统学研究进展

包含许多重要类群的团藻目在绿色植物系统演化中占有十分重要的地位。普遍认为现在的绿色植物起源于团藻目的绿色鞭毛类 ,有人认为鞭毛细胞表面覆盖有鳞片的塔胞藻类是绿色植物的祖先。团藻目是分子系统学研究比较多和比较深入的一个类群 ,通过研究证实其有单一共同祖先 ,而莱茵衣藻在所有已经经过DNA测序分析系统发育的绿色单细胞类群中是最可能的种类。本文结合自己的工作 ,对国内外这一研究领域概况进行综述。     

团藻目分子系统学研究进展

包含许多重要类群的团藻目在绿色植物系统演化中占有十分重要的地位。普遍认 为现在的绿色植物起源于团藻目的绿色鞭毛类,有人认为鞭毛细胞表面覆盖有鳞片的塔胞藻类是绿色植物的祖先。团藻目是分子系统学研究比较多和比较深入的一个类群,通过研究证实其有单一共同祖先,而莱茵衣藻在所有已经经过DNA测序分析系统发育的绿色单细胞类群中是最可能的种类。本文结合自己的工作,对国内外这一研究领域概况进行综述。     

绣球属(Hydrangea L.)植物分子系统学及系统发育分析

该研究基于对绣球属(Hydrangea L.)的大尺度取样,选取国内外61种绣球属和近缘属植物,分别基于核基因片段(ITS)和叶绿体基因片段(rbcL,trnL-F,atpB)重建了绣球属及其近缘种属的系统发育关系。结果表明:(1)核基因与叶绿体基因树之间在树形上没有明显的冲突,进而基于核基因和叶绿体基因联合数据重建了绣球属及其近缘种属的系统发育关系。(2)基于联合数据构建的系统树确认了2个大分支,并得到了果实顶端截平与否这一形态学证据的强力支持;每个大分枝又分为4个类群,共确定了8个类群。部分类群也得到了广义宏观形态性状的支持,如第1类群得到了叶形、花粉以及种子形态的支持。因此,该系统发育关系的重建对于全面理解绣球属及其近缘种属的演化关系具有重要的启发。     

中国特有属苞藜属的系统学研究

苞藜属(Baolia Kung et G. L. Chu)根据1978年在甘肃和四川交界的迭部县发现的苞藜(Baolia bracteata Kung et G. L. Chu)而建立,但其系统学地位从未在分子水平上得到解决。该研究分析了包含苞藜属的苋科(Amaranthaceae Juss.)32属48个物种的核基因片段(ITS)和叶绿体基因片段(rbcL、atpB-rbcL),构建了其分子系统发育树,探讨了苞藜属的生物系统学关系。结果表明:(1)苞藜属位于藜亚科(Chenopodioideae Burnett)。(2)苞藜属与虫实属(Corispermum L.)在约晚渐新世至中中新世出现分化。(3)虫实族(Corispermeae Moq.)与藜族(Chenopodieae Dumort.)关系密切。     

北部湾海洋原甲藻的形态特征及其系统进化分析

为探讨广西北部湾海洋原甲藻(Prorocentrum micans)的形态特征及其系统进化意义,利用光学显微镜、分子生物学方法,对海洋原甲藻BBW-01 藻株的形态特征进行了描述,并分析了其分子系统进化关系.结果表明,各地理株系的海洋原甲藻的形态特征相似,仅在细胞大小上存在差异.海洋原甲藻BBW-01 与采自于广东大亚湾的海洋原甲藻形态特征最为接近,其壳板后端的7 个呈“V”字形对称排列的大孔可作为海洋原甲藻鉴定的重要指标.18S rDNA 序列同源检索和系统进化分析表明,海洋原甲藻BBW-01 与源自中国南海的海洋原甲藻的亲缘关系最近,并与其他2 株海洋原甲藻聚成一支,属于浮游、兼性浮游类原甲藻.因此,对赤潮原因种的准确识别有助于预防和减轻赤潮对海洋环境和人类带来的危害.     

Phylogenetic relationships of graminicolous downy mildews based on cox2 sequence data

Graminicolous downy mildews (GDM) are an understudied, yet economically important, group of plant pathogens, which are one of the major constraints to poaceous crops in the tropics and subtropics. Here we present a first molecular phylogeny based on cox2 sequences comprising all genera of the GDM currently accepted, with both lasting (Graminivora, Poakatesthia, and Viennotia) and evanescent (Peronosclerospora, Sclerophthora, and Sclerospora) sporangiophores. In addition, all other downy mildew genera currently accepted, as well as a representative sample of other oomycete taxa, have been included. It was shown that all genera of the GDM have had a long, independent evolutionary history, and that the delineation between Peronosclerospora and Sclerospora is correct. Sclerophthora was found to be a particularly divergent taxon nested within a paraphyletic Phytophthora, but without support. The results confirm that the placement of Peronosclerospora and Sclerospora in the Saprolegniomycetidae is incorrect. Sclerophthora is not closely related to Pachymetra of the family Verrucalvaceae, and also does not belong to the Saprolegniomycetidae, but shows close affinities to the Peronosporaceae. In addition, all GDM are interspersed throughout the Peronosporaceae s lat., suggesting that a separate family for the Sclerosporaceae might not be justified.     

基于ITS和trnL-F以及rps4基因片段的 粗疣藓属分类学地位研究

选择粗疣藓属及相关属样本作为内群,油藓属样本作为外群,选取核基因ITS片段以及叶绿体基因trnL-F和rps4片段进行PCR扩增、测序,运用贝叶斯推论(BI)、最大似然法(ML)和最大简约法(MP)构建分子系统发育树,以明确粗疣藓属的分类学地位。结果表明:(1)用于分子系统分析的基因序列共有1 744个位点,其中747个位点属于核基因片段,997个位点属于叶绿体基因片段。(2)3种系统发育树拓扑结构基本一致,都显示粗疣藓属与毛锦藓科成员聚成一支,支持粗疣藓属应隶属于毛锦藓科的观点。(3)小粗疣藓和粗疣藓的种间界限模糊。(4)小鼠尾藓属的3个种与棉藓属成员聚成一支,支持将其归入棉藓科的观点。     

Evolutionary relationships among aquatic anamorphs and teleomorphs: Lemonniera, Margaritispora, and Goniopila

The hypothesis that similar conidial morphologies in aquatic hyphomycetes are a result of convergent evolution was tested using molecular sequence data. Cladistic analyses were performed on partial sequences of 28S rDNA of seven species of Lemonniera, one species of Margaritispora and one species of Goniopila. Lemonniera has tetraradiate conidia with long arms, whereas Margaritispora and Goniopila have typically globose (isodiametric) conidia, with short conical protuberances in a stellate or quadrangular arrangement. Lemonniera and Margaritispora have phialidic conidiogenesis and both produce dark, minute sclerotia in culture whereas Goniopila has holoblastic conidiogenesis and does not produce sclerotia in culture. Goniopila produces a microconidial phialidic synanamorph in culture. All three genera have schizolytic conidial secession. Molecular analyses demonstrate that Lemonniera species are placed in two distinct clades: one within Leotiomycetes; the other within Pleosporales, Dothideomycetes. Margaritispora is placed with Lemonniera species within Leotiomycetes. Goniopila and Lemonniera pseudofloscula are placed within Dothideomycetes. No morphological character was entirely congruent with the molecular derived phylogeny. This suggests that for the group of species studied, conidial shape is not a reliable indicator of phylogeny but more likely the result of convergent evolution in response to the aquatic environment.     

16S rRNA及rpoC1基因用于螺旋藻、节旋藻系统发育的比较北大核心CSCD

【目的】利用16S rRNA和rpoC1基因分子标记研究螺旋藻、节旋藻的系统发育关系,并对其区分能力进行比较。【方法】以84株螺旋藻、节旋藻为研究对象,对其进行16S rRNA、rpoC1基因序列的扩增、测序及分析,并对构建的系统发育树进行对比。【结果】rpoC1基因序列保守位点所占比例49.7%、平均G+C百分含量47.7%和序列相似度76%–100%明显低于16S rRNA基因序列的79.4%、55.6%和91%–100%,其变异程度高于16S rRNA基因;基于16S rRNA、rpoC1基因构建的系统发育NJ树拓扑结构基本一致,84株实验藻株分为2个属3个类群,其中仅F-351、F-904-2、F-1070和TJBC14-1藻株为螺旋藻,其余均为节旋藻;虽然2个基因都不能区分形态种和地理种,但rpoC1基因NJ树的置信度(100%)高于16S rRNA基因(99%),属内分群效果也明显优于16S rRNA基因。【结论】支持了螺旋藻、节旋藻为两个不同属的结论,且在属内分类时rpoC1基因比16S rRNA基因具有更高的区分度。