丙型肝炎病毒非结构蛋白5B的研究进展

已知丙型肝炎病毒非结构蛋白(NS5B)具有RNA依赖的RNA聚合酶的功能,负责病毒基因组的复制。通过体外表达及晶体衍射分析,目前对NS5B的三维结构已有了清晰的描述,对顺B催化该病毒基因组复制的分子机制也有了初步了解;对RNA聚合酶抑制物的研究将为人工设计特异性的抗该病毒药物奠定扎实基础。     

流感病毒的分子生物学研究进展

流感病毒是分节段的负链RNA病毒,由RNA依赖的RNA聚合酶起始病毒的复制。流感病毒的特殊基因组结构和病毒蛋白的功能使其极易发生抗原转换和抗原漂移,这使得病毒能够逃避多种宿主的长效中和性免疫反应。本文从病毒结构、基因组及其编码蛋白质、病毒复制过程和病毒的易感宿主等几方面论述了流感病毒的分子生物学研究进展。     

带卫星RNA黄瓜花叶病毒保护接种的植物中病毒积累与基因组RNA合成及病状表达

本文报道了三生烟在接种带卫星RNA的黄瓜花叶病毒(CMV-S52)后,或接种后用强毒CMV攻击,其病状表现、组织中病毒含量,病毒基因组RNA合成与卫星RNA合成的关系.植物在接种CMV-S52后7～10天,所有接种植物都表现出不同程度的轻度花叶症状,此期正是组织内病毒含量最高,而卫星dsRNA占总dsRNA百分比较低时期.接种后不同时间的测定证明,组织内病毒基因组dsRNAl和dsRNA2的合成水平均较低,而卫星dsRNA则始终保持较高的合成水平;到接种后15天病状消失时,卫星dsRNA占总dsRNA合成百分比的84.79％之多. 用CMV-S52保护接种后再用强病毒攻击,植物中的病毒含量、病毒ssRNA合成不增加或稍有增加;而基因组dsRNA和卫星dsRNA合成都有增加,但卫星dsRNA合成仍占绝对优势.保护作用的效果,取决于攻强病毒时已存在于组织内的卫星RNA与基因组RNA合成量的相对比例。讨论了卫星RNA的保护机理。     

呼肠孤病毒内源性转录的结构基础

呼肠孤病毒为自然界特有的分段dsRNA基因组,其宿主范围十分广泛,包括哺乳动物、无脊椎动物、植物、真菌与细菌.随着结构生物学与信息处理等新技术的运用与发展,近年来,在呼肠孤病毒结构研究方面已取得突破性成果.特别是运用X射线晶体衍射及低温电镜与三维重构术对呼肠孤病毒核心蛋白与完整颗粒结构高分辨率的解析,不仅揭示了呼肠孤病毒核衣壳蛋白所具有的转录酶活性,同时阐明了内源性RNA转录与调节的结构基础.     

RNA病毒基因组和转录复制多样性的分子基础

自然界中RNA病毒的种类和数量比DNA病毒多得多,根据基因组类型,RNA病毒可分为多种类型,许多研究者认为,存在于古细菌Myxobacteria中,仅仅有一个逆转录酶基因的反转子（Retron)可能是所有病毒的祖先,进化的模式如下,反转子→反座子→反转录转座子→反转录病毒→副反转录病毒→DNA病毒,RNA病毒转录。／复制在很多特征上与DNA病毒迥然不同,依赖于RNA的RNA聚合酶是RNA病转录／复制的主要催化剂,RNA病毒基因组转录和复制都从3'端poly(A)或类tRNA结构或其他结构起始,内部终止是转录,通读到5'末端终止是复制,RNA病毒的模板有正链病毒（RNA模板,负链病毒RNA模板和全长正负链反基因组RNA模板,RNA模板的选择调控机制非常复杂,目前知之甚少,选择模板,RNA聚合酶与转录因子结合形成复制体是两种主要的调控方法,另外,5'UTR和3'UTR也可以调控RNA病毒的转录。     

A型流感病毒RNA聚合酶及其对基因组复制和转录的调控作用

A型流感病毒是正粘病毒科成员,为单股负链分节段RNA病毒,全基因组由八个节段组成,分别编码八种结构蛋白(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M1和M2)和两种非结构蛋白(NS1和NS2).核蛋白(NP)和RNA聚合酶复合体与病毒的八个RNA节段组成八个螺旋丝状的病毒核衣壳(RNP),核衣壳被双层类脂膜包裹,脂膜内为基质蛋白(M1)层,膜上镶嵌着HA、NA和M2三种膜蛋白.HA和NA为流感病毒的主要抗原.根据HA和NA抗原性的差异,A型流感病毒可分16个HA亚型和9个NA亚型[1].A型流感病毒具有广泛的宿主范围和超强的重组变异能力,对人类健康的威胁日趋严重,引起各国政府和科技工作者的广泛关注.研究RNA聚合酶的功能、揭示病毒复制和变异机理是目前抗流感病毒感染研究的热点之一.本文综述了流感病毒RNA聚合酶及其对病毒基因组复制和转录调控的研究进展.     

质粒介导的核衣壳蛋白siRNA干扰A型流感病毒复制的研究

A型流感病毒(Influenzavirus)属于正粘病毒科流感病毒属,可引起鸟类、多种禽类、人类和低等哺乳动物的严重疾病[1],该病毒基因组为负链单股RNA病毒,分8个节段,容易引起抗原漂移和抗原变异,现有的疫苗和药物不能有效的控制该病毒感染。RNA干扰是由双链RNA(dsRNA)引发的信使RNA(mRNA)序列特异性消减现象,是一种保守的抗病毒机制,已发现于线虫、植物和哺乳动物中[2]。自然发生的RNAi是由一种dsRNA特异的的核酸内切酶Dicer RDE1引发的,它将dsRNA切割成21～23nt的小分子干扰RNA片断(small interferenceRNA,siRNA),siRNA再与某…     

呼肠孤病毒内源性转录的结构基础

呼肠孤病毒为自然界特有的分段dsRNA基因组,其宿主范围十分广泛,包括哺乳动物、无脊椎动物、植物、真菌与细菌。随着结构生物学与信息处理等新技术的运用与发展,近年来,在呼肠孤病毒结构研究方面已取得突破性成果。特别是运用X射线晶体衍射及低温电镜与三维重构术对呼肠孤     

RNA病毒遗传重组研究进展

RNA病毒是以RNA作为遗传物质的病毒。RNA病毒的基因组经历着快速的进化,呈现高度的遗传多样性,单个RNA病毒的子代常包含相似而不相同的病毒[1]。RNA病毒基因组高度的遗传变异性主要原因有[2]:①突变:病毒进入宿主细胞后,由RNA复制酶(依赖于RNA的RNA聚合酶,RdRp)催化RNA的复制。     

从鸡IBDV中分离和提纯dsRNA

上海交通大学农学院生物技术研究所孙建和等 4人在实践和研究中发现鸡传染性法氏囊病病毒 (IB DV)不纯。它的基因组由含A、B两个节段的双链RNA组成 ,属于双RNA病毒科 ,研究发现病毒基因组被 1个 1.4 85× 10 - 2 0 g的蛋白环绕 ,它通过磷酸二酯键与基因片段的 5′端共价。此蛋白对病毒RNA分离有很大影响。鉴于此 ,研究者和作者们应用蛋白酶K消化法和Trizo1(异硫氰酸胍 酚 氯仿法 )处理从感染IBDV鸡法氏囊中分离出的IBDVdsRNA ,并比较了 2种纯化方法获得的dsRNA的质量和产量。同时 ,对所获得的dsRNA用ET PCR扩增IBDV基因…     

幽影病毒属病毒的研究现状与展望

幽影病毒是一类较为特殊的植物病毒,其基因组不编码外壳蛋白,因此不形成通常的病毒粒体结构。这类病毒可以通过机械摩擦方式传播,在黄症病毒的帮助下也可以通过蚜虫传播。幽影病毒属病毒由7个确定种和3个暂定成员组成,烟草丛顶病毒是目前国内发现的幽影病毒属唯一成员。幽影病毒的寄主范围较窄,体外抗性也较差。幽影病毒感病组织中含有大量dsRNA。有些病毒还含有卫星RNA。幽影病毒的基因组为单分体的 ssRNA,编码4个非结构蛋白,其中的ORF3蛋白在病毒RNA的稳定性及寄主体内的长距离运输中起到非常重要的作用。文章综述了国内外幽影病毒的研究现状,并对未来的相关研究趋势和研究领域进行了展望。     

新型夹竹桃天蛾质型多角体病毒的分离与初步鉴定

为了开发新型的夹竹桃天蛾的生物杀虫剂,本文从自然死亡的夹竹桃天蛾幼虫分离到病原微生物。通过电镜观察、FLAC(Full Length Amplification of cDNAs)技术以及病原体的基因组S2和S10片段的同源性分析,初步确认该病原体是一种质型多角体病毒(Daphnis nerii Cypovirus,DnCPV))。该病毒基因组电泳分析显示病毒基因组由10条dsRNA组成,大小在89 2bp和(约)4 160bp之间,其条带大小与现有的22类型均不相同。采用FLAC技术克隆了一种该CPV的基因组cDNA,并完成了基因组S2片段和S10片段序列测定工作。测序结果显示,DnCPV基因组S2片段编码RNA聚合酶,S10片段编码多角体蛋白。两者末端保守序列相同,正链5’端和3’端分别存在末端保守序列5’AGUCAAA·AGC3’。基于RNA聚合酶和多角体蛋白的氨基酸序列的系统发育分析显示该质型多角体病毒与19型和5型质型多角体病毒有较近的亲缘关系,但是电泳型上存在明显差异。因此推测该病毒是一种多角体病毒新类型,暂命名为夹竹桃质型多角体病毒南昌株(DnCPV-NC)。     

一种新香菇病毒基因组部分cDNA序列及病毒RT-PCR检测

本文报道从香菇菌丝体和子实体中分离到一种大小约20nm×(100-200)nm的杆形病毒颗粒,病毒基因组是大小约8.0kb的dsRNA。对病毒基因组部分cDNA序列进行克隆,完成1457bp的核酸序列测定(Accession No:GQ372842),该序列含1个不完整ORF,编码314个氨基酸残基,推测为病毒RNA聚合酶部分序列。病毒基因组部分cDNA序列与GenBank中的已知核酸序列无明显同源性,表明它可能是新发现食用真菌病毒。为了对实验室和野外的香菇病毒进行快速检测,我们根据得到的病毒基因组部分cDNA序列设计特异性引物,建立了一种方便、有效检测香菇病毒的RT-PCR方法,对感染病毒异常菌丝体中的病毒成功地进行了检测。     

冠状病毒的基因重组

冠状病毒的基因组约有高达25％的重组频率。已经证明在病毒基因组之间以及缺损性干扰（DI）RNA与病毒RNA之间可以发生重组,这为病毒RNA及DI RNA提供了一种进化的工具,并可用来解释冠状病毒基因组的多样性,冠状病毒能进行重组的特性可能与其mRNA的转录机制有关,其RNA的合成是不连续的,产生了病毒聚合酶的非持续性,重组还被用作病毒基因组RNA突变的一种工具。     

RNA病毒感染性克隆技术及其应用

为实现对RNA病毒基因分子水平上的操作与研究,可将病毒基因组RNA体外转换成cDNA,构建出cDNA克隆,通过cDNA克隆与重组技术实现对RNA病毒基因分子水平的修饰,从而为病毒基因组的结构和功能研究提供有效的方法。这种方法是现代实验病毒学非常有用的工具,称为RNA病毒感染性克隆技术或反向遗传学技术。我们对该技术及其应用进行简要综述。     

野田村病毒RNA的复制机制

野田村病毒科Nodaviradae分为2个属,分别为主要感染昆虫的α野田村病毒属(Alphanodavirus)和主要感染鱼类的β野田村病毒属(Betanodavirus)。野田村病毒的基因组由2条单链正义RNA分子(RNA1和RNA2)所组成,RNA1编码蛋白A,即病毒负责复制病毒两条基因组的依赖RNA的RNA聚合酶催化亚基。RNA2编码衣壳前体蛋白α,此前体蛋白α先组装成原病毒粒子,再经历一次自我催化的成熟切割成2个病毒的衣壳蛋白β和γ,就成了成熟的有感染性的病毒粒子。在RNA复制过程中,从RNA1的3′末端会合成一个不被包装进病毒粒子的亚基因组RNA3。RNA1能在无RNA2的情况下自我复制,并持续地产生亚基因组RNA3,RNA3的合成采取的是提前终止机制。本文还介绍了野田村病毒复制的调节、非结构蛋白的功能和病毒复制在细胞内的定位。     

昆虫质型多角体病毒的研究进展

质型多角体病毒(Cytoplasmic polyhedrosis virus,CPV)隶属呼肠孤病毒科Reoviridae质型多角体病毒属Cypovirus,通常基因组由10个节段双链RNA构成。RNA分子量为3～27u。根据病毒基因组dsRNA片段在聚丙烯酰胺或琼脂糖凝胶中电泳图谱的差异,目前CPV已被分为19个电泳型。不同于呼肠孤病毒科其它成员,CPV为单层衣壳,而不是常见的双层衣壳结构,衣壳蛋白主要由衣壳蛋白、大突起蛋白及塔式突起蛋白组成。大部分质型多角体病毒引起昆虫慢性疾病,造成寄主死亡或适应性降低。随着RNA病毒基因序列测定技术的成熟,质型多角体病毒的序列测定方面取得较大进展,目前GenBank核苷酸序列数据库中已经公布了家蚕Bombyx mori CPV电泳型1两个株系(H株和I株)、舞毒蛾Lymantria dispar CPV电泳型1、舞毒蛾CPV电泳型14及粉纹夜蛾Trichoplusia ni CPV电泳型全基因组序列,为该病毒的进化与起源的研究提供更多的遗传信息。本文从结构功能、侵染特点、基因组特点及应用前景等方面综述了昆虫质型多角体病毒的研究进展。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒RNA依赖性RNA聚合酶中SDD功能区的突变分析

猪繁殖与呼吸综合征病毒PRRSV亚基因组的转录和基因组的复制由病毒复制酶引导.病毒首先合成两个多聚蛋白,随后多聚蛋白被加工分解成若干较小的非结构蛋白（nsps）,从而产生了复制酶.病毒复制酶所在的nsp9含有特异性的功能性序列模体,在正链RNA病毒的RNA依赖性RNA聚合酶RdRp中共同含有这些保守的序列模体.为了验证PRRSV所特有的SDD模体是否能够替换为其他RNA病毒相应所含有的保守模体,以及SDD的每一个氨基酸对于RdRp催化活性的影响,将其分别替换为多种不同的氨基酸.研究发现,只有将nsp9中SDD替换为GDD,即丝氨酸替换为甘氨酸S3050G时,才能拯救出病毒,并且传代后此病毒在遗传上是稳定的.改变SDD中的任何一个天门冬氨酸都对病毒是致死性的,突变后破坏了聚合酶的活性和RdRp的翻译功能,但却没有使RdRp失去复制功能.所以研究认为,SDD模体是PRRSV的RdRp所特有和保守的,不能被替换为除GDD外的其他RNA病毒所含有的保守模体,套式病毒与其他正链RNA病毒在进化上具有一定的联系.研究表明,SDD模体的两个天门冬氨酸对于PRRSV亚基因组的转录是不可缺少的;从进化上看,SDD模体可能是正链RNA病毒GDD模体的一种变异形式.     

RNA聚合酶——抗流感病毒的新靶点

RNA聚合酶是由PA、PB1和PB2三个亚基构成的蛋白质复合物,在流感病毒基因组的转录复制过程中发挥着重要作用。随着研究的不断深入,RNA聚合酶已经成为抗流感病毒药物重要的靶点。本文介绍了RNA聚合酶各个亚基结构、功能以及RNA聚合酶抑制剂的研究进展。     

戊型肝炎病毒亚基因组RNA的研究

本文利用同位素代谢标记在HEV感染85～10.5,6.5～7.5h分别检测到1及2个亚基因组RNA,而感染21h后及在成熟的病毒颗粒内未能检测到亚基因组RNA。通过杂交实验,发现HEV的亚基因组RNA具有典型的共3′端的半套式结构,且基因组RNA与亚基因组RNA的5′端不存在共同的引导序列。通过紫外转录图谱发现HEV的亚基因组RNA是通过独立转录的方式产生的。利用引物延伸反应发现两种亚基因组RNA的转录起始位点分别位于RNA聚合酶区及非结构区、结构区的基因间序列。