高粱基因组DNA提取方法的比较与优化

目的：比较CTAB法和高盐低pH法提取高粱总DNA效果,进一步优化建立高盐低pH值法提取高粱基因组DNA的方法。方法：采用CTAB法、高盐低pH法对高粱叶片DNA进行提取,并从电泳结果、纯度、得率三方面进行比较研究。通过提取缓冲液中SDS浓度的优化,不同组织器官的DNA提取纯化以及不同沉淀方法的优化,比较不同方法对高粱基因组DNA提取的影响。结果：高盐低pH法DNA平均得率为689.36μg/g,略小于CTAB法的718.26μg/g,但其A260/A230平均值为1.854,比CTAB法的2.164更接近标准要求。高盐低pH法提取高粱基因组DNA的适宜条件确定如下：提取液中含有2%SDS、2%PVP、2%β-巯基乙醇;水浴时间30min;沉淀方法采用0.7体积异丙醇室温沉淀的沉淀方法。结论：综合考虑高盐低pH法是提取高粱基因组DNA的最佳方法。     

难提取细菌基因组DNA提取方法的比较与优化

目的:比较并优化2种试剂盒提取以巨型球菌为代表的难提取细菌基因组DNA的方法,以获得高质量的DNA用于高通量测序,探索高通量测序样品的前期处理方法。方法:用Life Technologies公司的Charge Switchg DNA Mini Bacteria Kit和Roche公司的High Pure PCR Template Preparation Kit提取制备困难的巨型球菌基因组DNA,然后通过添加溶葡球菌酶和增加溶菌酶、RNase A、Protein K的投入量及延长消化时间优化2个试剂盒,对4种方法提取的细菌基因组DNA进行浓度、纯度和基因组完整性测定,选取质量良好的基因组进行高通量测序。结果:改良后的2个试剂盒提取的巨型球菌DNA浓度较高,分别达到78.4和67.8 ng/μL,可满足高通量测序的需求,并获得基因组全序列。结论:改良后的2种方法是提取制备困难的巨型球菌基因组DNA更好的方法。     

一种快速经济提取革兰氏阴性和革兰氏阳性细菌基因组DNA的方法

细菌基因组DNA提取是分子生物学技术应用的基础,提取的DNA的质量可直接影响其结果的准确性和精确性。本研究提出了一种快速、经济的适用于多种细菌的基因组DNA提取方法,并比较了本方法与传统酚-氯仿法和试剂盒法提取3种革兰氏阴性细菌和4种革兰氏阳性细菌DNA的效果。结果显示,3种方法均可提取到较完整的基因组DNA(约23 kb)。在DNA纯度上,本法与传统酚-氯仿法无显著差异,略低于试剂盒法,但可满足PCR扩增等分子生物学技术的要求,并且其提取效率高于试剂盒法。在成本方面,本法单个样本的成本仅为试剂盒法的20%,且完成整个实验的时间仅为传统酚-氯仿法和试剂盒的50%(约60 min)。总之,本研究提出了一种快速、经济、适用于G-和G+细菌的基因组DNA提取方法,本法不仅适用于本研究中的各种细菌,对其它革兰氏阴性细菌和革兰氏阳性细菌也具有重要的潜在应用价值。     

香鱼基因组DNA提取方法的优化

为获得高质量的基因组DNA,分别采用传统酚-氯仿法、高盐法、试剂盒法和改进酚氯仿法提取香鱼肌肉基因组DNA。琼脂糖凝胶电泳检测结果表明,改进酚氯仿法提取的基因组DNA电泳条带整齐明亮且无降解。紫外分光度计测定DNA浓度和纯度,结果表明,改进酚氯仿法提取的鱼类基因组DNA浓度约为300μg/mL,A260/A280为1.80-1.86。用改进的酚氯仿法提取的DNA进行AFLP分析,扩增结果稳定,电泳条带清晰。综上所述,改进酚氯仿法能够获得高质量DNA,且可以用于进一步的分子生物学研究。     

马蹄金基因组DNA的提取方法比较

对马蹄金基因组DNA的提取方法———快速提取法、小量提取法和大量提取法进行了对比分析,结果表明,利用快速提取法可在20 min内快速可靠地从马蹄金(Dichondra repensForst.)组织中提取DNA,与小量提取法和大量提取法获得的DNA用于PCR检测结果一致,可为转基因植物的快速检测提供方法。     

大青杨基因组DNA提取方法的比较

本研究采用改良SDS法、常规CTAB法和改良CTAB法(1.5×CTAB,2×CTAB,3×CTAB)提取大青杨基因组DNA,并用紫外光普分析、凝胶电泳、限制性内切酶消化和RAPD方法进行鉴定.结果表明:5种方法中,改良SDS法DNA提取率最高,但CTAB法比改良SDS法提取获得的DNA纯度高,OD260/OD280为1.73～1.81.与常规CTAB法比较,改良SDS法和改良CTAB法能有效去除蛋白、多糖、酚类及次生代谢物质.综合分析确定改良2×CTAB法为大青杨基因组DNA的最佳提取方法.     

蜘蛛基因组DNA提取方法的比较

分别用SDS法,SK251基因组DNA小量抽提试剂盒法,自制试剂盒法,对蜘蛛组织的基因组DNA进行了提取,经比较,自制试剂盒法对提取蜘蛛基因组DNA最简便面又有效的方法。     

金丝小枣基因组DNA的优化提取方法

采用SDS和CTAB两种方法分离提取金丝小枣基因组DNA,并比较其提取效果。结果表明,改进后的CTAB法可获得高质量、高得率的基因组DNA,可用于金丝小枣的各种分子生物学研究。     

胡椒叶片基因组DNA提取方法比较

目的：研究建立胡椒叶片中提取高质量DNA的方法。方法：采用各种CTAB法和SDS法的改良方法,提取胡椒叶片中的总DNA,并对DNA进行紫外和电泳检测。结果：改良CTAB法4和5提取的DNA经电泳检测,有一条明亮主带,且无拖尾现象,样品槽无荧光出现,说明抽出的DNA纯度较高,一致性好;测定其OD260和OD280值,并计算其比值,OD260/OD280值在1.8-2.0之间,提取率在51.667-60.000μg/g之间,获得的基因组DNA质量高。结论：改良CTAB法4和法5可从胡椒幼叶中提取高质量DNA。     

三种人全血基因组DNA提取方法的比较

目的：比较改良酚一氯仿抽提法、盐析法、试剂盒法从人全血中提取基因组DNA的效果,以期建立一种快速、经济的提取高质量基因组DNA的方法。方法：分别用上述三种方法从人全血中提取基因组DNA,通过紫外分光光度计、琼脂糖凝胶电泳、聚合酶链式反应（PCR）、限制性内切酶酶切检测提取的基因组DNA的产量、纯度和质量。结果：改良酚一氯仿抽提法与试剂盒法提取的基因组DNA相比,DNA的产量有统计学差异,DNA的纯度无统计学差异,但试剂盒法提取的基因组DNA有较明显的降解现象：盐析法与改良酚．氯仿抽提法、试剂盒法相比,基因组DNA的产量和纯度都存在统计学差异,并且基因组DNA聚合酶链式反应（PCR）扩增的稳定性也明显劣于另外两种方法;三种方法提取基因组DNA均能进行限制性内切核酸消化。结论：改良酚一氯仿抽据取法是一种经济、快速、高效、稳定提取人全血基因组DNA的方法,适用于批量临床标本处理。     

层次化教学在“微生物学”课程中的应用

“微生物学”是高等农业院校的专业基础课。当前,农业院校专业类群复杂,学生个体差异很大,社会竞争力较弱。针对上述问题,基于专业特色和培养目标的差异,在教学大纲、教学内容、教学目标和考核方式等方面采取层次化设计,因材施教,充分发挥学生的能动性,提升教学效果,提高人才培养质量。     

大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取方法的比较

目的比较两种肠内容物前处理和两种提取方法对清洁级SD大鼠肠内容物细菌基因组DNA提取效率。方法分别选用PBS多次离心漂洗、液氮破细胞两种前处理方法和酚/氯仿抽提、试剂盒过柱法两种提取方法进行组合分析,对4份肠内容物和16份含金黄色葡萄球菌肠内容物进行随机提取。结果大鼠肠内容物细菌基因组DNA含量和纯度测定结果显示,与PBS反复离心相比,液氮研磨前处理能显著提高大鼠肠内容物基因组DNA。荧光定量PCR表明,液氮研磨前处理较PBS反复离心能更好地收集细菌基因组DNA,其Ct值最低。结论研究结果表明,采用液氮研磨试剂盒法在大鼠肠内容物DNA提取中是较为优良的方法,该方法为建立实验动物中微生物的定量PCR检测方法打下了基础。     

Comparison of three methods for DNA extraction from bone remains

Extraction of amplifiable DNA is a frequent problem when working with degraded specimens like bone samples. The possibility of obtaining as much information as possible from these samples has a particular significance in many forensic investigations. The present investigation was aimed to assess the efficiency of three organic extraction methods for purifying amplifiable DNA from bone samples. The amount of nucleic acids obtained, the success rate in the amplification of DNA microsatellite (STR) markers and amelogenin by PCR, the influence of PCR inhibitors and environmental conditions, and where the samples were found before their processing in the laboratory, were all evaluated in this investigation for the three methods. Results showed that method A (a modification of FBI method for DNA extraction) performed better in producing not a higher amount but a better quality amplifiable DNA, in comparison with the other two methods evaluated. It was also demonstrated that the quality of the DNA to be amplified by PCR was influenced by the presence of inhibitors and/or contaminants and the environmental conditions where the bone sample was taken from. The worst conditions were observed from aquatic environments. The results suggest that the implementation of some specific modifications in the method A (use of purification columns, reliable quantification methods and different dilutions) would help to obtain better DNA extracts intended to be used in different molecular identification tests.     

乙醇保存的动物标本基因组DNA提取方法的比较

为提高从乙醇长期保存的动物标本中提取大分子DNA的质量,用5种不同方法对动物组织进行预处理实验,然后采用SDS／蛋白酶K裂解,酚一氯仿抽提和乙醇沉淀提取总DNA,通过0．8％琼脂糖凝胶对模板进行电泳和PCR产物作鉴定,经比较,用0．9％NaCL法、PBS法和混合液法进行预处理,消除乙醇对Taq酶的影响以及蛋白质和核酸交联问题,为提取动物基因组DNA的3种更理想方法。     

苔藓植物DNA提取方法研究

提取高质量的 DNA是对苔藓植物遗传多样性进行研究的基础。该文以苔藓植物为试材 ,用 5种方法 ,即快速提取法、改良 CTAB法、CTAB法、SDS法及高盐法 (第一种为自行设计 ,第二种是对原有方法的改进 )对苔藓植物 DNA提取方法进行了比较研究。结果表明 ,快速提取法和改良 CTAB法是 2种适合于苔藓植物 DNA提取的方法。这 2种方法提取的 DNA浓度和纯度均比较高 ,凝胶电泳显示无明显降解现象 ,适宜作为 PCR扩增的模板 ,并成功地进行了 RAPD扩增。     

松突圆蚧基因组DNA提取方法的比较

分别采用醋酸钾(KAc)法、十二烷基硫酸钠-蛋白酶K(SDS-PK)消化法、十六烷基三乙基溴化铵(CTAB)法及DNA提取试剂盒(吸附柱型)对单只松突圆蚧的基因组DNA进行提取。同时针对盾蚧科昆虫的特点,在提取前利用氯仿和解剖针去除样品表面的介壳。结果表明,用同种提取方法提取的经氯仿处理与未经处理样本的提取效果无明显差异,而采用解剖针去除介壳的样本提取效果较好。所采用的4种提取方法均能从新鲜标本中提取出DNA,其中CTAB法提取的DNA量较多,而SDS-PK法提取的DNA质量较好。     

黑翅土白蚁基因组DNA提取方法的优化

目的 为快速地提取到质量较好的黑翅土白蚁基因组DNA进行白蚁种群多样性的研究,对基因组DNA提取方法进行了比较与改进.方法 先初步采取CTAB法与蛋白酶K法对黑翅土白蚁基因组DNA的提取方法进行比较,再利用正交设计法对蛋白酶K法中裂解液、蛋白酶、RNA酶及作用时间4个因素进行优化.结果 蛋白酶K法获得的基因组DNA的质量与产量稍优于CTAB法;较佳的提取步骤组合为:裂解液150 μL,蛋白酶K 6μL,作用时间1h,RNA酶可不添加.结论 采用优化后的方法获得的基因组DNA为模板进行PCR扩增,得到了清晰、稳定的扩增谱带,完全可用于相关后续实验.     

Comparison and optimization of ancient DNA extraction

Ancient DNA analyses rely on the extraction of the tiny amounts of DNA remaining in samples that are hundreds to tens of thousands of years old. Despite the critical role extraction efficiency plays in this field of research, no study has comprehensively compared ancient DNA extraction techniques to date. There are a wide range of methods currently in use, which rely on such disparate principles as spin columns, alcohol precipitation, or binding to silica. We have compared a number of these methods using quantitative PCR and then optimized each step of the most promising method. We found that most chemicals routinely added to ancient DNA extraction buffers do not increase, and sometimes even decrease, DNA yields. Consequently, our optimized method uses a buffer consisting solely of EDTA and proteinase K for bone digestion and binding DNA to silica via guanidinium thiocyanate for DNA purification. In a comparison with published methods, this minimalist approach, on average, outperforms all other methods in terms of DNA yields as measured using quantitative PCR. We also found that the addition of bovine serum albumin (BSA) to the PCR helps to overcome inhibitors in ancient DNA extracts. Finally, we observed a marked difference in the performance between different types of DNA polymerases, as measured by amplification success.     

模式小鼠总DNA三种提取方法比较

目的：建立简便、快捷、经济的模式小鼠总DNA提取方法,以快速鉴定大批量模式小鼠基因型。方法采用苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法提取同种模式小鼠总DNA,对比DNA纯度、得率、耗费时间,并比较基因型鉴定结果。结果苯酚抽提法得率最高,异丙醇沉淀法最低;而纯度则按照苯酚抽提法、异丙醇沉淀法、鼠耳煮沸法顺序递减;在耗时上鼠耳煮沸法最短。三种方法提取的DNA均可做模版用于基因型鉴定。结论鼠耳煮沸法操作简单、成本最低,快速、基因型鉴定结果可靠,可用于规模化的基因型鉴定实验中。