柽柳中一种新型硫氧还蛋白H基因的克隆与鉴定（英文）

硫氧还蛋白对维持生物体内稳定的氧化还原状态发挥着重要作用。为了研究硫氧还蛋白在非生物胁迫条件下的功能,我们从柽柳的cDNA文库中分离出来一条新的硫氧还蛋白cDNA序列,命名为ThTrx1。生物信息学分析表明,ThTrx1是硫氧还蛋白h亚家族的一个新成员,属于h1亚族。我们采用实时定量RT-PCR的方法检测在不同非生物胁迫(NaCl,PEG,CdCl2,低温和ABA)下,ThTrx1基因在刚毛柽柳根和叶中的表达。结果表明,在NaCl,PEG,CdCl2和ABA处理条件下,ThTrx1在柽柳根和叶中的mRNA水平都是上调表达。而在低温胁迫下,ThTrx1下调表达。我们通过Thrx1基因在大肠杆菌中的表达来分析它对于细菌生长和耐受性的影响。结果表明,含重组质粒的大肠杆菌(pET32a-Trx1)与对照相比,对于盐,金属离子和干旱胁迫体现出更高的耐受性。我们的结果表明,该ThTrx1是参与非生物胁迫应答,并且受依赖ABA信号转导途径的调节。     

葱蝇热激蛋白DaHSP23基因的克隆及在冬滞育和夏滞育蛹中的表达分析（英文）

【目的】低分子量（12~43 kDa）热激蛋白(sHSPs)具有抗逆应答的功能,滞育是昆虫抵抗不良环境的特殊发育形式,但sHSPs在昆虫滞育发育过程中的作用仍不清楚。本研究克隆和特征化葱蝇Delia antiqua sHSP基因,并研究它在夏滞育和冬滞育发育过程中的表达模式,为阐明sHSPs在滞育发育上的功能奠定基础。【方法】通过RACE-PCR方法克隆了葱蝇HSP23基因,通过相似性比较分析了其特征、结构域及与双翅目代表性同源基因的系统发育关系;采用实时荧光定量PCR研究了该基因在葱蝇冬滞育蛹和夏滞育蛹发育过程中的表达情况,通过表达的差异比较揭示了该基因与滞育发育的关系。【结果】克隆出了葱蝇HSP23基因,命名为DaHSP23（GenBank登录号：HQ392521.1）,其cDNA全长序列为904 bp,编码186个氨基酸,推测蛋白分子量为20.9 kDa,等电点为6.42。该基因的编码蛋白与其他双翅目昆虫的sHSPs有超过66%的氨基酸序列一致性,与已报道的其他双翅目昆虫的滞育相关HSP23基因同源。基因组测序显示该基因无内含子。DaHSP23基因在葱蝇非滞育蛹的发育过程中一直保持在较低的水平,各发育阶段间的表达量不存在显著差异。但在冬滞育和夏滞育蛹中,该基因从滞育起始期开始逐渐显著升高表达,到滞育维持期的中后期达到峰值,在滞育终止期逐渐降到较低的水平。【结论】DaHSP23基因在葱蝇冬滞育和夏滞育发育过程中明显上调表达,但存在差异,它在滞育期的调控可能是种专化的。DaHSP23可能在葱蝇两种类型的滞育上起重要作用。     

应用聚合酶链式反应快速特异鉴定假单胞菌和伯克霍尔德氏菌（R）-3-羟基酯酰载酯蛋白-辅酶A转酰基酶基因

聚羟基脂肪酸酯 (PHA)是一类具有广泛应用前景的可降解生物塑料。因其可以以葡萄糖等廉价底物直接发酵生产PHA而日益受到重视。目前的研究表明在积累中长链PHA的假单胞菌中 ,由phaG基因编码的（R）3 羟基酯酰载酯蛋白 辅酶A转酰基酶 (PhaG)起关键作用 ,但目前为止对该蛋白还知之甚少。通过聚合酶链式反应 (PCR)建立了一种快速、特异鉴定phaG基因的方法 ,应用该方法成功地从两株积累不同PHA的假单胞菌Pseudomonasstutzeri 1317和Pseudomonasnitroreducens 080 2中分别克隆得到phaG基因 ,并在phaG基因突变株PseudomonasputidaPHAG_N-21中表达成功。同时 ,还首次报道了从非假单胞菌菌株Burkholderiacaryophylli AS 1.274 1中鉴定得到phaG基因 ,提示PhaG介导的中长链PHA合成途径作为一种通用的代谢模式在细菌中广泛存在 ,为进一步实现从廉价的非相关底物合成中长链PHA提供了必要的分子生物学基础。     

PCR增强剂在核酸体外扩增检测技术的研究进展

在各种高致病性病原体、禽流感病毒、食源性微生物等引起的疾病随时大规模流行的背景下,利用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）技术对第一例或第一波病例的快速实验室诊断显得尤为重要,同时发展出多种以PCR技术为基础的检测技术以便更加快速、高通量、敏感地对疾病进行诊断、预防或预测。然而,在实际病原体检测中,常常出现灵敏度低、准确性差的结果。PCR增强剂是在PCR及PCR衍生技术中添加的一类物质,其可从产率、特异性、灵敏度等方面提高核酸扩增性能,从而优化核酸检测,解决病原体检测的应用瓶颈,为第一例病原体检出节约宝贵的时间。结合以PCR为基础的核酸体外扩增检测技术对PCR增强剂在其中的应用、优缺点、作用机理进行介绍,以期为病原体核酸检测的实际应用提供一些参考。     

纳米金增强复杂体系中PCR扩增低拷贝基因的反应特异性初步研究

目的：利用纳米金颗粒提高复杂体系基因组低拷贝基因PCR扩增的反应特异性。方法：首先,模拟复杂基因组扩增模式体系,以接近单拷贝的λDNA为模板,在PCR过程中加入纳米金颗粒,设计优化实验,以便模拟建立复杂基因组低拷贝目的基因PCR扩增的模式体系。随后,扩增人类基因组的疾病相关的低拷贝基因模板（如人基因组肿瘤坏死因子基因外显子1的380bp）,以检验纳米金优化增强PCR反应特异性的实际效果。结果：在复杂体系基因组的低拷贝基因PCR扩增中,纳米金颗粒能够较好地增强其PCR反应的特异性。结论：初步表明基于纳米金的纳米粒子PCR方法可以对复杂的实际基因组体系低拷贝基因的PCR扩增起到优化作用,这对于PCR反应优化方法的改进、推广具有重要的参考价值。     

竹亚科lea3基因的进化分析

选取竹亚科中两个超族、六个族和三个亚族的10个竹种为材料,分别是泰竹、凤尾竹、青皮竹、大叶慈、慈竹、野龙竹、毛竹、香竹、苦竹、菲白竹,分离克隆了它们的lea3基因,并将它们与外类群物种水稻进行序列比对和进化分析。结果发现在分支模型与分支位点模型的检测中,不同竹种所含lea3基因承受了不同的正选择压力,清除选择作用在lea3基因编码区中占主导地位（ω<1）。在位点模型的检测中,共检测出了18个显著性正选择位点,占总氨基酸数目的111%。对这18个显著性正选择位点进行定位后,发现其中的15个位于11个氨基酸串联重复序列附近。这说明lea3基因中的11个氨基酸串联重复序列区比基因其它区域更容易受自然选择作用影响。同时,在位点模型检测结果的基础上,通过对强烈清除选择位点的定位,发现在11个氨基酸串联重复序列区内存在一长段无强烈清除位点的序列区。     

棉铃虫核多角体病毒lef-3基因的序列分析

在棉铃虫核多角体病毒(Helicoverpa armigera Single-nucleocapsid Nucleopolyh edrovirus,HaSNPV)基因组中发现了lef-3基因,该基因位于病毒基因组的BamHⅠ -F片段上, 全长1140bp,编码379个氨基酸,预计蛋白质分子量为44kD,启动子区具有TATAbox,位于起 始密码子ATG上游40～43nt处,在终止密码子下游具典型的poly(A)终止信号AATAAA.并且 在它的氨基酸序列的N-端也具有一个类似SSB保守序列的基元结构.     

利用PCR方法从人染色体DNA中扩增G-CSF基因

利用PCR技术从染色体基因组DNA中扩增大DNA片段具有相当大的难度。本试验采用碱变性模板以及热启动等方法,成功地扩增出1.5kb的人基因组DNA,并讨论了影响扩增大DNA片段特异性和产量的因素。     

过量DMSO显著降低低模板浓度PCR扩增的特异性

DMSO通常经验性地用于提高PCR扩增的效率,但是过量的DMSO可以显降低特异序列的扩增效率,尤其是导致非特异性扩增的现象却被忽视。在6％的DMSO存在时,开始出现非特异条带,同时特异扩增产物减少。本首次报道DMSO对PCR产物特异性的影响并确定了克服上述现象产生的途径,即通过增加模板－引物的比例消除非特异条带。而通常提高复性温度只能部分减少非特异产物,不能避免非特异扩增。本结果有助于提高常规PCR,尤其是分子遗传学分析中经常使用的随机扩增多态性DNA（random amplifeid polymorphic DNA,RAPD）检测的准确度。     

利用PCR法扩增透明颤菌血红蛋白基因条件的优化

以透明颤菌染色体基因组DNA为模板,利用PCR技术获取透明颤菌(Vitreoscilla)血红蛋白基因(vgb)。在多聚合酶链式反应中采用碱变性模板与热启动等方法进行透明颤菌血红蛋白基因体外扩增,成功地扩增出约0.5 kb的透明颤菌血红蛋白基因,并对vgb的PCR条件进行了研究。获取理想的目的基因PCR反应的综合参数比十分重要。     

Primer Design and Optimization for RAPD Analysis of Nepenthes

Primers with higher G+C content produced better random amplified polymorphic DNA (RAPD) profiles in Nepenthes. The occurrence of clustered G's and C's in the center of the primer seemed also to influence the banding patterns. It was also observed that for certain polymerases, the use of different buffers other than that recommended by the manufacturer provided a better amplification profile for Nepenthes.     

用PCR方法扩增深红红螺菌的draT基因

聚合酶链反应⁽¹⁾是最近几年分子生物学领域中一项重大的技术突破。典型的PCR引物内应含50％G+c,且没有自身互补序列,特别是在其3’－末端不应有内部二级结构。引物与靶DNA的退火温度一般为50℃,但当已有的引物不太符合要求时,就要调整退火温度。本文报道了用PCR方法扩增深红红螺菌draT基因,介绍了当引物Gc含量较低时,可采用适当降低退火温度,然后梯度升温的方法获得PCR产物。