一个人类凋亡相关新基因TFAR15的cDNA克隆化与表达

运用cDNA RDA(cDNA Representationaldifferencesanalysis)的方法 ,已获得了在细胞因子依赖性红白血病细胞系TF 1中撤除GM CSF(Granulocytemacrophage colonystimulatingfactor)后表达增高的多个基因片段 ,其中一个经GenBank检索为新基因 .利用RACE (rapidamplificationofcDNAends)和EST (expressedsequencetags)重叠片段拼接的方法克隆了该基因的cDNA全长序列 ,命名该基因为TFAR1 5 (TF 1cellapoptosisrelatedgene 1 5 ) .TFAR1 5全长cDNA由 1 2 1 8个碱基组成 ,其分布十分广泛 .随着GM CSF的去除 ,TF 1细胞中TFAR1 5的mRNA和蛋白表达水平均有不同程度的增高 .体外活性研究发现 ,重组TFAR1 5蛋白片段可抑制人胚肾细胞 2 93的自然凋亡 .     

编码人分化抗原5D4的全长cDNA克隆及 其编码蛋白质的二级结构分析*1)

用3D5细胞染色强阳性,而Daudi与Jurkat细胞染色弱阳性的单克隆抗体5D4,从一个人扁桃体细胞λgt11 cDNA文库(ATCC No.37546)筛选到一个长1 846 bp的cDNA克隆.RT-PCR显示3D5细胞、Daudi细胞和Jurkat细胞5D4 mRNA均阳性,但3D5细胞明显强于后两者.5D4 cDNA中88～1 209 bp为一个开放阅读框架,编码374个氨基酸的蛋白质.Northern blot分析结果和起始密码子前5′端非编码区有2个连续的终止密码子表明,这是一个全长cDNA.从其开放阅读框架推断的蛋白质的氨基酸序列中295～334 aa为一强疏水区,预测313～334 aa为一分值极高的跨膜螺旋区,其方向最可能是由膜内到膜外.     

编码人分化抗原5D4的全长cDNA克隆及其编码蛋白质的二级结构分析

用 3D5细胞染色强阳性 ,而Daudi与Jurkat细胞染色弱阳性的单克隆抗体5D4,从一个人扁桃体细胞λgt1 1cDNA文库 (ATCCNo .375 46 )筛选到一个长 1 846bp的cDNA克隆 .RT_PCR显示 3D5细胞、Daudi细胞和Jurkat细胞 5D4mRNA均阳性 ,但 3D5细胞明显强于后两者 . 5D4cDNA中 88～ 1 2 0 9bp为一个开放阅读框架 ,编码374个氨基酸的蛋白质 .Northernblot分析结果和起始密码子前 5′端非编码区有 2个连续的终止密码子表明 ,这是一个全长cDNA .从其开放阅读框架推断的蛋白质的氨基酸序列中 2 95～ 334aa为一强疏水区 ,预测 31 3～ 334aa为一分值极高的跨膜螺旋区 ,其方向最可能是由膜内到膜外 .     

人肺腺癌细胞分化相关基因cDNAs的克隆

在用10^-5 mol/L全反式维甲酸(RA)诱导人肺腺癌细胞系GLC-82分化的基础上,以M13噬菌粒pSPORT1为载体,应用定向克隆技术,分别构建了未经RA诱导和RA诱导1d及4d细胞的3个cDNA文库.以含重组子的诱导文库单链DNA为靶标(Target)同未诱导文库的cDNA驱除子(Driver)进行消减杂交,富集RA特异性单链DNA,将富集的单链DNA回复为双链后转化感受态菌,建立细胞诱导分化过程中活化表达基因的cDNA消减文库,得到124个cDNA消减克隆.经同源性分析和与文库总cDNA作Southern印迹杂交,进而与RA诱导前后细胞的RNA作Northern印迹杂交,筛选出2个(RA5,RA28)诱导后呈早期瞬时表达和1个(RA42)呈早期并持续表达的cDNA克隆,cDNA全长分别为1.8,1.5和0.7kb.序列测定及初步功能分析结果表明,RA5,RA28和RA42这3个首次报道的序列,可能是人肺腺癌细胞分化相关基因的cDNA克隆.     

兔防御素(MCP-1)cDNA的克隆与序列分析

从兔脾脏细胞中分离提取总RNA,经反转录PCP(RT-PCR)扩增出兔巨嗜细胞阳离子多肽(MCP-1)cDNA,插入经EcoRI和XbaI双酶切的pUC19中,构建了克隆质粒pUCDEF.进行了限制性酶切鉴定和序列分析,结果在扩增出的cDNA288个碱基中,在前片段中有一个碱基与发表的兔MCP-1cDNA序列不同,即第157位碱基由G变为A,导致编码的氨基酸由丙氨酸变为苏氨酸.该cDNA全长288bp,编码94个氨基酸,由编码信号肽,前片段及成熟肽片段的序列组成.     

外加紫杉醇对悬浮培养东北红豆杉细胞的诱导效应

研究表明外加紫杉醇能够诱导悬浮培养的东北红豆杉(Taxus cuspidata)细胞总DNA发生梯带化降解。利用mRNA差异显示技术比较了紫杉醇诱导凋亡与不诱导凋亡的东北红豆杉细胞基因表达的差异,得到了8个特异表达的cDNA克隆,经Northern杂交证实其中3个在不发生凋亡的细胞中表达,5个在凋亡的细胞中表达。对这8个cDNA克隆单向序列测定后,与GenBank/EMBL/DDBJ中同源序列进行了比较,结果表明：1个cDNA片段与拟南芥中ABA应答蛋白基因的保守区有86%的同源性;2个cDNA片段与番茄内切壳聚糖酶前体基因的保守区有50%的同源性;其他5个cDNA片段无明显的同源基因,可能是新基因。     

杨树细胞色素P450类固醇单加氧酶(CYP90)基因的克隆与分析

拟南芥的CPD基因编码一种与植物油菜素内酯(brassinosteroids,BRs)生物合成有关的细胞色素P450类固醇单加氧酶(CYP90 )。为探讨油菜素内酯这类新型植物激素在多年生木本植物中生物合成及作用的分子机理,以拟南芥CPD基因的一个cDNA片段为探针,从一种杂交杨 (Populustremula×tremudelois)的cDNA文库中分离出一个长 1 442bp的cDNA片段,然后再以这个cDNA的 5′区为探针,从这种杂交杨的基因组文库中分离出一个长 1 900bp的基因组DNA(gDNA)片段。测序结果表明,这段cDNA的 5′区与这段gDNA的 3′区重合; 由这段cDNA和gDNA组成的读框编码一个由 476个氨基酸组成的分子量为 63kD的蛋白质。该蛋白与拟南芥CYP90的同源性为 78 32%,比后者仅长 4个氨基酸,在所有已知的功能结构域,其中包括与BR生物合成密切相关的类固醇结合位点,也具有较高的同源性,表明CPD基因在一年生的草本和多年生的木本植物之间具有很高的保守性。系统树分析还表明,CYP90蛋白与番茄和玉米的矮化基因产物、鱼的all trans retinoicacid4 hydroxy lase及微澡青菌(Synechocystissp. )的细胞色素P450在进化上有较密切的联系。     

鳜两种生长抑素受体cDNA全长克隆与组织表达

利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆了鳜(Siniperca chuatsi)脑中2种生长抑素受体(somatostatin receptor,SSTR2和SSTR3)cDNA全长序列。结果显示,鳜SSTR2 cDNA全长1 820 bp,含开放阅读框1 146 bp,编码382个氨基酸;SSTR3 cDNA全长1 874 bp,含开放阅读框1 458 bp,编码486个氨基酸。SSTR均由5个结构区域组成:N端、7个转膜区(TMD)、3个细胞外袢(ECLs)、4个细胞内袢(ICLs)和C末端。NJ系统进化树分析显示,鳜SSTR2和SSTR3分别形成相对独立的分支,两者间的氨基酸序列相似度为51.2%,表明它们是由不同基因编码而成。利用实时荧光定量RT-PCR技术检测了鳜SSTR2和SSTR3 mRNA的组织表达特征,它们均在多种组织中广泛表达,SSTR2 mRNA在肝中表达量最高,SSTR3 mRNA在胃中表达量最高。SSTR2、SSTR3表达差异反映它们可能参与不同生理调控作用。     

红树植物秋茄中液泡膜内在蛋白（TIP）全长cDNA的克隆和表达分析

利用cDNA快速末端扩增 (RACE )技术获得红树植物秋茄液泡膜内在蛋白 (TIP)的全长cDNA (GenBank登录号 :AF5 2 1135 )。该cDNA全长为 1 1kb ,含有一个 75 6个核苷酸的完整开放阅读框 ,编码 2 5 2个氨基酸 ,等电点为5 77,分子量为 2 6 3kD。该氨基酸序列含有 6个跨膜区和两个高度保守的Asparagine proline alanine (NPA)基序。与冬葡萄、花椰菜、拟南芥的TIP相比 ,氨基酸的一致性达到 77%～ 79%。Northern分析表明盐分抑制该基因在红树 3个种中的表达 ,这种下调表达可能降低液泡膜水分渗透 ,有利于盐胁迫下细胞的保水。     

扩展青霉PF898碱性脂肪酶cDNA的克隆及序列分析

扩展青霉 (Penicilliumexpansum)PF898可产生一种具有工业价值的碱性脂肪酶 (PEL) .在测定了其N端 12个氨基酸残基序列的基础上 ,通过RT PCR、5′RACE、基因克隆及序列测定 ,获得了PEL完整的cDNA序列 (GenBank登录号为AF2 84 0 6 4 ) .cDNA全长 10 5 0bp ,包括PEL编码区、3′非翻译区和部分 5′非翻译区基因的序列 .编码区cDNA由 85 5个碱基组成 ,编码 1个由 2 85个氨基酸残基组成的酶蛋白 ,其信号肽及前肽部分由 2 7个氨基酸残基组成 ,成熟肽部分由 2 5 8个氨基酸残基组成 .根据氨基酸组成推导该脂肪酶蛋白的分子量为 2 7 3kD .该脂肪酶的氨基酸序列 130～ 134位上有各类脂肪酶中普遍存在的G X S X G保守序列     

三个MS3基因克隆的初步鉴定

我们已经克隆了一个小鼠未分化胚胎癌 (EC）细胞特异的cDNA )Rt序（MS, cDNA)o 用MS, cDNA作探针,证明编码MS3 cDNA的 基因在小鼠基因组中约有3,000个拷贝［w。由 于MS3 cDNA顺序较短,仅长250bp,就产生 了这样一个可能性：MS3 cDNA仅是一个中等 重复顺序,在绝大多数情况下,它分散在小鼠基 因组的不表达顺序中,虽然也存在于某些少数 基因中,但仅局限于3'端的非编码区。     

水稻花药绒毡层特异表达基因RA39的克隆与表达特性分析

利用cDNA减法杂交、差异杂交筛选和RACE等技术,从水稻(Oryza sativa L. ssp. japonica)中克隆了一个新的绒毡层特异性cDNA,其编码基因被命名为RA39.该cDNA长1 013 bp, 编码由298个氨基酸残基组成的多肽.RA39是一个单拷贝基因,在绒毡层细胞中特异性表达,在小孢子母细胞减数分裂期的绒毡层细胞中有较高的表达活性.用PSORT和PPSEARCH软件进行的结构分析揭示出RA39蛋白的N端是一个由17个氨基酸残基组成的信号肽,该蛋白包含一个跨膜区和一个胞质尾区两个主要结构域以及多个蛋白激酶的磷酸化位点.     

MES23.5细胞酪氨酸羟化酶的种属来源及其重组酶的活性测定

MES 2 3 5细胞作为研究神经变性疾病的工具 ,是一种杂交瘤性多巴胺能神经元细胞系 ,由大鼠胚胎中脑细胞与小鼠神经母细胞瘤 胶质瘤细胞系N18TG2杂交而成 .其酪氨酸羟化酶 (tyrosinehydroxylase ,TH)的动物种属来源不清楚 .应用反转录聚合酶链反应 (RT PCR)法从MES 2 3 5细胞系中克隆了编码TH的cDNA ;结构分析表明 ,其cDNA编码区由 14 97碱基构成 ,共编码 4 98个氨基酸 ,与大鼠和小鼠TH的同源程度分别为 93%和 10 0 % .该杂交瘤细胞系表达小鼠TH .将该cDNA亚克隆至原核表达载体pGEX 4T 1,经原核细胞表达、亲和层析得到了电泳纯的基因重组小鼠TH(recombinantmousetyrosinehydroxylase ,rmTH) .改良和建立了一种体外分析TH活性的新方法 .活性分析证明 ,纯化的rmTH能催化L 酪氨酸发生加单氧反应生成L 3,4 二羟基苯丙氨酸 (L 多巴 ) .rmTH的表观分子量为 5 6kD ;其酶促加单氧反应的最适pH值为 7 0 .乙二胺四乙酸能显著抑制此酶的活性 ,而亚铁离子能明显增强其活性 .     

盐地碱蓬GST基因的克隆、序列分析及其表达特征

从盐地碱蓬 (Suaedasalsa)幼苗的cDNA文库中克隆到一个 0 .9kb的全长cDNA ,同源性分析表明该全长cDNA与已报告的大豆 (Glycinemax)GST基因相应序列的同源性达 5 5 % ,可能编码由 2 35个氨基酸组成的谷胱甘肽转移酶 (glutathioneS transferase ,GST)。Southern杂交结果证明GST基因在碱蓬基因组中可能有至少两个以上的拷贝 ;Northern杂交结果表明 ,4 0 0mmol/L的NaCl处理 4 8h ,幼叶中GSTmRNA的表达量是对照的 2～ 3倍 ,说明碱蓬中GST基因受盐诱导     

梅花鹿Fibulin 5 编码区cDNA的克隆及功能研究

为研究梅花鹿扣针蛋白5(Fibulin5, FBLN5)在鹿茸再生过程中的作用,本研究通过RT-PCR获得了梅花鹿FBLN5的cDNA编码区,并对其进行生物信息学分析。同时利用RNA干扰技术（RNA interference, RNAi）下调了梅花鹿角柄骨膜致敏区（Potentiated pedicle periosteum, PPP）细胞中FBLN5基因表达,并研究了基因表达下调后PPP细胞条件培养液对HUVEC细胞增殖的影响。结果显示：(1) 梅花鹿FBLN5 cDNA编码区长1347 bp,编码448个氨基酸;(2) 生物信息学软件分析显示,梅花鹿FBLN5蛋白含有一个跨膜区,一段23个氨基酸的信号肽序列,vWA_Matrilin、cEGF和EGF_CA等重要的功能结构域;(3) 构建了梅花鹿FBLN5基因的RNAi重组质粒并获得了一条能有效下调目的基因效率达88.72%的靶序列pLVTHM-FBLN2,MTT结果显示PPP细胞FBLN5基因表达量下调后,所获细胞条件培养液可显著促HUVEC细胞增殖,推测FBLN5可能参与了鹿茸再生过程中的血管生成及稳态维持等过程。     

不同花色矮牵牛细胞色素b5蛋白的cDNA克隆及序列分析

以云南不同花色矮牵牛的花瓣为材料,提取总RNA,用Oligo(dT)作为引物反转录合成cDNA第一链。以此为模板,用根据国外报道的矮牵牛细胞色素b5蛋白的cDNA序列设计合成的引物进行PCR扩,均扩增到一条约450bp的片段,分别克隆到pGEM-T载体上。对重组克隆进行序列分析,结果表明所克隆到的矮牛细胞色素b5蛋白的cDNA的编码区均含有447个核苷酸,编码149个氨基酸残基,与国外报道的一致;但其核苷酸及氨基酸的序列与国外报道的有所不同,即与国外的相比,紫红色、蓝紫色矮牵牛中的该cDNA的核苷酸有1个不同,而氨基酸完全相同;粉红色、白色矮牵牛中的3个核苷酸不同,并导致了2个氨基酸的不同。暗示该基因对花色的调控可能与其编码cDNA的一级结构有关。     

尼罗罗非鱼Hepcidin成熟肽的cDNA克隆及真核表达载体的构建

Hepcidin是一类由动物肝脏细胞表达,具有调节铁代谢功能并具有抗菌作用的小分子阳离子抗菌肽,富含半胱氨酸,它们在机体免疫系统中发挥了重要作用,被认为是抗生素的理想替代品。TH1-5属莫桑比克罗非鱼(Oreochromis mossambicus)3种Hepcidin cDNA序列中的一种。参考莫桑比克罗非鱼Hepcidin TH1-5的cDNA序列,以尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)肝脏Hepcidin全长cDNA为模板,通过PCR扩增到编码22个氨基酸的类似于TH1-5的尼罗罗非鱼Hepcidin成熟肽片段"mTH";通过设计含Xba I和Xho I酶切位点以及信号肽酶切位点的引物,将目的片段成功连接至pGAPZ-A真核表达载体,并转化进毕赤酵母菌GS115。经鉴定,重组真核表达载体"pGAPZ-A-mTH"已被成功构建,目的片段已整合进酵母染色体中。     

人乳铁蛋白cDNA的克隆及序列分析

从北京正常人乳腺组织中提取总RNA,用RT-PCR的方法扩增人乳铁蛋白(hLF)的cDNA,将其克隆到pGEM-T载体上并进行DNA序列测定。结果表明,所克隆的hLF cDNA序列全长为2136bp,其DNA序列与GenBank中另外5个hLF cDNA序列相比,有2个碱基与这5个序列不同：1740位这5个序列是G,本文序列是C;1756位这5个序列是T,本文序列是C。其中1740位碱基的变化导致了第580位氨基酸由Glu变为Asp。     

应用抑制性消减杂交技术筛选流感病毒感染宿主应答基因

从宿主系统寻找病毒感染特异性相关的生物大分子是研究病毒药物靶标和诊断标志物的新方向 .为了筛选宿主细胞中流感病毒感染特异性基因 ,采用抑制性消减杂交技术 (SSH) ,以流感病毒A 鲁防 93 9(H3N2 )感染MDCK细胞及正常MDCK细胞为材料 ,构建病毒感染特异性差减cDNA文库 ,PCR法扩增鉴定其中插入片段大小 .从差减文库中随机挑取 10 0个克隆进行测序 ,用生物信息学方法对其同源性和基因功能进行分析和预测 .结果显示 ,成功构建了流感病毒感染特异性差减cDNA文库 ,文库中cDNA片段长度在 2 5 0～ 10 0 0bp之间 .从文库中随机选取 10 0个克隆测序 ,获得了 95个有效序列 ,经blast同源性分析发现 ,大部分基因为参与宿主细胞能量代谢和蛋白质生物合成过程中的基因 ;其中 19个为无任何功能线索的新基因片段 .流感病毒感染特异性差减cDNA文库的建立和筛选出病毒感染应答候选新基因cDNA片段 ,为发现新型流感病毒药靶和诊断标志物以及病毒感染机制研究打下基础