利用微卫星研究普洱亚洲象种群的遗传多样性

本文采用非损伤性取样法获得普洱地区亚洲象粪便样品113份,试剂盒法提取粪便基因组总DNA,利用9对微卫星引物对DNA进行特异性扩增,CERVUS 3.0软件基因分型得到49个独特的基因型。利用GenAlEx v6.5与Arlequin v3.5进行位点遗传信息检测和种群遗传多样性分析,结果表明：研究采用的所有微卫星位点均未偏离哈迪温伯格平衡,位点的平均等位基因数为3.111,平均香农信息指数为0.804,平均期望杂合度为0.468,平均观测杂合度为0.476。比较相同位点上不同地区亚洲象的遗传杂合度,表明普洱地区亚洲象的种群遗传多样性较低。     

布氏罗非鱼微卫星位点筛选和群体遗传多样性分析

为阐明布氏罗非(Tilapia buttikoferi)群体遗传变异和遗传结构状况,采用50个尼罗罗非鱼特异性的微卫星分子标记对45个布氏罗非鱼个体进行遗传检测.结果有27对引物能获得稳定的特异性条带,占总数的54%,其中16个多态性微卫星座位共检测出52个等位基因.每个座位的等位基因数为2～6之间,平均每个座位为3.24;平均观测杂合度(Ho)为0.5266,平均期望杂合度(He)为0.5237,平均多态信息含量为0.4652,表明布氏罗非鱼群体遗传多样性较丰富,种群结构处于合理状态.     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中,13对引物能成功扩增,且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定,其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间,扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个;观测杂合度在0.25与0.8之间,平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2 ,平均期望杂合度(He)是0.8±0.09 ;群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下,养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体,分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

种间转移扩增筛选仙湖苏铁微卫星位点及其遗传多样性研究

运用刺叶苏铁、葫芦苏铁、海南苏铁的SSR引物,在仙湖苏铁中进行种间转移扩增,筛选得到7对引物能扩增出清晰的特异带,其中3对引物的扩增产物具有多态性.为验证微卫星的真实性,扩增产物切胶回收后克隆测序.结果表明：重复单元的数目变化是扩增片段长度多态性的主要来源.运用筛选出的3对 SSR标记对4个仙湖苏铁野生种群进行遗传结构研究,等位基因数从2~5,杂合度从0．000~0．667,期望杂合度为0．000~0．610.种群两两遗传分化系数从0~0．382.总体上仙湖苏铁遗传多样性水平低,而种群间遗传分化显著.STRUCTURE分析结果表明,4个野生种群可被分配到3个假想的遗传簇.BOTTLENECK 分析结果表明种群近期没有遭遇瓶颈效应.     

尚勇保护区亚洲象种群数量评估和遗传多样性分析

亚洲象(Elephas maximus)是我国国家一级保护动物,准确地评估其种群大小和遗传多样性对该物种的保护具有十分重要的意义。本文采用非损伤性取样方法,并结合野外观察数据对尚勇保护区当前亚洲象种群数量进行了评估,同时对该种群的遗传多样性进行了分析。采用7对微卫星引物对185份粪便样品进行扩增,通过基因分型,得到59个独特的基因型。文章采用两种方法评估种群数量,即聚集曲线法和分子标记重捕法,估计尚勇保护区的亚洲象种群数量为76±8头(95%置信区间内为67–99头)。遗传多样性方面,平均等位基因数为3.86,平均观察杂合度为0.52,平均期望杂合度为0.42,平均多态信息含量为0.34,表明尚勇保护区亚洲象种群遗传多样性水平为中等偏低,与勐养种群遗传多样性水平相似。     

孔雀微卫星引物筛选及其遗传多样性分析

利用29对鸡微卫星标记对孔雀基因组DNA进行种间扩增, 发现14对引物能扩增出特异性条带, 每对引物扩增的平均等位基因数为1.71, 有7对引物具有较丰富的多态性, 其中MCW0080和MCW0098最为理想。蓝孔雀和绿孔雀群体间和群体内的遗传分析结果表明, 绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为0.7422和0.6943, 群体间的遗传分化系数为0.078, Reynolds’遗传距离和基因流分别为0.0603和3.896, 结果显示这两个孔雀群体的杂合度和遗传多样性水平都很低, 且有相互混杂的趋势。     

跨种扩增筛选大鳄龟微卫星标记及遗传多样性分析

跨种扩增是一种能够快速、有效地获得物种微卫星标记的方法。本研究利用在近缘种中已发表的微卫星DNA引物,对大鳄龟（Macroclemys temminckii）进行跨种PCR扩增,在合成的69对引物中获得8对具有多态性的微卫星位点。对PCR扩增产物进行统计,得出观测杂合度（H_o）的范围是0.041 7~0.954 5,平均为0.384 8;期望杂合度（H_E）的范围为0.041 7~0.811 8,平均为0.479 1;多态信息含量范围为0.040 0~0.759 2,平均为0.423 2;经过卡方检验后,部分微卫星位点符合哈迪-温伯格平衡。总体来说,这些位点是研究大鳄龟遗传结构的良好分子标记。     

梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析

利用16个微卫星标记对黑龙江省部分地区(兴凯湖农场、大庆市银浪牧场、五大连池大庆农场鹿苑)的3个梅花鹿(Cervus nippon)群体进行了遗传多样性检测.统计了3个鹿群的等位基因组成、平均有效等位基因数(Ne)、平均遗传杂合度(h)和多态信息含量(PIC).结果表明,除5个位点外,其余11个微卫星位点均表现出不同的多态信息含量,其中高度多态位点5个,中度多态位点4个.这说明本研究所选用的微卫星位点可较准确地评估3个梅花鹿群体的遗传多样性,并为今后相关研究筛选出了有价值的引物.3个梅花鹿群体的平均h在0.454～0.636之间变动,其中兴凯湖梅花鹿群体最高,为0.636,具有较大的遗传潜力.     

雪豹的微卫星DNA遗传多样性

利用微卫星DNA标记,对来自青海囊谦县、治多县以及甘肃阿克塞县3个地区的36份雪豹(Panthera uncia)粪便DNA样品进行了遗传多样性研究。结果显示,在8个微卫星位点上共检测到57个等位基因,有效等位基因数为2.190~5.488,平均每个位点的等位基因数为7.130,基因频率分布不均匀;期望杂合度为0.543~0.847,平均0.759;多态信息含量为0.458~0.829,平均0.722;表明这8个微卫星位点均为高度多态性位点,有较丰富的遗传多样性。3个样地雪豹居群之间的遗传距离与地理距离相关,地理距离最近的青海省囊谦县和治多县的雪豹居群遗传距离最小。根据雪豹平均遗传分化度Fst(0.053)、平均基因流(4.488)以及STRUCTURE聚类分析结果(当K=1时,ln P(D)值最大),推测3个居群间虽然有一定的遗传距离,但均来自同一个种群,暂无分化现象。     

微卫星标记分析白斑狗鱼遗传多样性

为了解我国境内白斑狗鱼(Esox lucius)野生群体的遗传多样性现状,利用8对微卫星引物对额尔齐斯河流域185河段、635河段、乌伦古湖及吉力湖4个地理群体的遗传多样性进行了研究。结果显示,8个微卫星位点的平均等位基因数为6.625 0,多态信息含量为0.603 6～0.656 5,可有效用于白斑狗鱼遗传多样性和遗传结构分析。4个群体的平均期望杂合度为0.712 6～0.660 0,表明我国境内野生白斑狗鱼群体有较高的遗传多样性水平。整个群体的总近交系数为0.266 6,少数个体存在近交现象,白斑狗鱼群体有近交倾向。平均分化系数为0.062 2,群体间的遗传变异占总群体变异的6.22%,白斑狗鱼各群体间的分化程度不大。群体间的基因流值变化范围为10.077 5～3.360 6,说明白斑狗鱼不同群体间存在较为广泛的基因交流。     

基于线粒体DNA的中国亚洲象种群遗传多样性及种群遗传结构

亚洲象是我国国家一级保护动物.本文利用非损伤性取样法,以亚洲象粪便中脱落的肠道上皮细胞为DNA来源,选用线粒体DNA作为分子标记,对分布于我国境内的亚洲象种群的遗传结构和种群遗传多样性进行研究.本研究得到mtDNA序列片段长度为556 bp,经对178个个体进行扩增结果分析,共得到24个单倍型.在5个地理种群中,除南滚河种群外,其他4个种群中的114个个体共享同一单倍型,南滚河种群与其他种群间未观察到共享单倍型.系统发生分析,观察到中国境内现有亚洲象种群在进化上分为两大分支,α和β.其中分支α中包含除南滚河种群外的4个地理种群,分支β仅含有南滚河种群,表明南滚河种群与其他4个地理种群间存在明显分化.遗传多样性分析结果表明,中国境内的亚洲象种群的遗传多样性水平较低,分析原因认为是栖息地破碎化阻断了种群间有效的基因交流.     

西双版纳勐养自然保护区生境格局研究

使用ARC/INFO和ARC/VIEW地理信息系统 ,对以 1 995年 3月的卫星影像图、相关图件及数据为基础的图形数据库进行迭加分析 ,研究了西双版纳勐养自然保护区的生境格局 .结果表明 :1 )生境格局不是所有生态因素图件的简单迭加 ,以年均温和年降水量为主导因素 ,以自然植被为可见指标研制了生境格局 ;2 )确定出 3种生境类型的 2 0个生境个体 :热带季节雨林生境 (2 37.53km2 ,占总面积的 2 1 % )、热带山地雨林生境(1 2 6 .93km2 ,占 1 1 % )和亚热带季风常绿阔叶林生境 (764 .88km2 ,占 68% ) ;3)初步建立了一个山地生境格局的研究体系 :生态小区→生境类型→生境组分 ;4)生境格局研究揭示了保护区 59%的现有重点保护对象 (热带雨林 )不在核心区的现实 ,为保护区功能区调整提供了科学依据 .     

Hierarchical analysis of population genetic structure in the monogynous ant Cataglyphis cursor using microsatellite and mitochondrial DNA markers

Despite having winged queens, female dispersal in the monogynous ant Cataglyphis cursor is likely to be restricted because colonies reproduce by fission. We investigated the pattern of population genetic structure of this species using eight microsatellite markers and a mitochondrial DNA (mtDNA) sequence, in order to examine the extent of female and nuclear gene flow in two types of habitat. Sampling was carried out at a large spatial scale (16 sites from 2.5 to 120 km apart) as well as at a fine spatial scale (two 4.5-km transects, one in each habitat type). The strong spatial clustering of mtDNA observed at the fine spatial scale strongly supported a restricted effective female dispersal. In agreement, patterns of the mtDNA haplotypes observed at large and fine spatial scales suggested that new sites are colonized by nearby sites. Isolation by distance and significant nuclear genetic structure have been detected at all the spatial scales investigated. The level of local genetic differentiation for mitochondrial marker was 15 times higher than for the nuclear markers, suggesting differences in dispersal pattern between the two sexes. However, male gene flow was not sufficient to prevent significant nuclear genetic differentiation even at short distances (500 m). Isolation-by-distance patterns differed between the two habitat types, with a linear decrease of genetic similarities with distance observed only in the more continuous of the two habitats. Finally, despite these low dispersal capacities and the potential use of parthenogenesis to produce new queens, no signs of reduction of nuclear genetic diversity was detected in C. cursor populations.     

西双版纳自然保护区勐养片土地利用模式研究

在应用农村快速评估法和参与性农村评估法调查现存土地利用方式的基础上,区分出生态旅游、农场种植园和乡村农业等3种基本的土地利用模式.乡村农业土地利用又分为传统模式、粮作模式、多种经营模式和产销协作模式.对比分析表明,土地利用模式是自然环境多样性和文化传统多样性综合作用的结果,从乡村农业土地利用的传统模式到生态旅游,是研究区特定生态环境条件下土地利用趋同发展的不同阶段.土地利用模式的变化从根本上减少了农业用地和提高土地产出效率,促进了地区生物多样性保护和社会经济可持续发展,也有利于宏扬优秀传统.     

种群微卫星DNA分析中样本量对各种遗传多样性度量指标的影响

我们以中国飞蝗种群的微卫星遗传分析数据为例 ,评估了取样对种群遗传多样性指标的影响 ,结果显示 :样本大小与所观测到的每位点等位基因数、平均等位基因数及基因丰富度指数均呈显著正相关 ,而与期望杂合度无显著相关 ;微卫星位点多态性的高低直接影响所观测到的种群基因丰富度及其检测所需的样本量 ;对大多数种群遗传和分子生态学研究而言 ,30 - 5 0个个体是微卫星DNA分析所需要的最小样本量。基因丰富度经过稀疏法或多次随机抽样法校正后 ,可适用于瓶颈效应等种群历史数量变动的检测。另外 ,在研究中 ,还应避免采集时间的不同及样本的性比构成所可能造成的对种群遗传结构的影响     

中国龙虾微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

文章以M13通用引物和重复序列(CT)₁₅、(AT)₁₅引物, 利用PCR法对中国龙虾(Panulirus stimpsoni Hoehuis)部分基因组DNA文库进行筛选。共获得78个微卫星序列, 分别分布于55个阳性重组克隆中, 其中完美型(perfect)共50个, 占64%; 非完美型(imperfect)3个, 占3.8%; 混合完美型(compound perfect)6个, 占7.7%; 混合非完美型(compound imperfect)19个, 占24.5%。根据微卫星序列, 设计并筛选出15对微卫星多态性引物, 对中国龙虾的群体进行了遗传多样性分析。获得3~12个等位基因, 等位基因大小在78~425 bp之间, 基本符合引物设计的理论长度。期望杂合度范围为0.48~0.87, 平均值为0.71, 表明中国龙虾基因组微卫星具有较高的杂合度与遗传多样性。15个微卫星位点的PIC值从0.44到0.84, 平均值为0.60, 说明这些微卫星位点在中国龙虾基因组中包含丰富的遗传信息, 合适用于中国龙虾的各种分子标记及遗传学分析和应用。     

Population genetic analysis among five Indian population groups using six microsatellite markers

Genetic variation at six tetranucleotide microsatellites (HUMTHO1, HUMVWA, F13A01, D3S1359, D12S66, and D12S67) has heen determined in five endogamous ethnic population groups of India belonging to two major linguistic families. The populations analyzed were Konkanastha Brahmins and Marathas (Maharashtra state) from the Indo-Aryan linguistic family and Nairs, Ezhavas, and Muslims (Kerala state) from the Dravidian family. All six loci show high gene diversity, ranging from 0.63 +/- 0.04 to 0.84 +/- 0.02. The average GST value observed was 1.7%, indicating that the differences between the populations account for less than 2% of the diversity, while the genetic variation is high within the five population groups studied (>98%). The phylogenetic tree fails to show any clear cluster. The absence of any cluster along with low average GST is suggestive of substantial genetic similarity among the studied populations, in spite of clear geographical, linguistic, and cultural barriers. This similarity indicates either a greater gene flow between these groups or, alternatively, may reflect a recent evolution for them, considering that the Indian caste system evolved only about 3000 years ago.     

Assessment of population genetic structure in common wild rice Oryza rufipogon Griff. using microsatellite and allozyme markers

The genetic structure of five natural populations of common wild rice Oryza rufipogon Griff. from China, was investigated with 21 microsatellite loci and compared to estimates of genetic diversity and genetic differentiation detected by 22 allozyme loci. Microsatellite loci, as expected, have much higher levels of genetic diversity (mean values of A = 3.1, P = 73.3%, Ho = 0.358 and He = 0.345) than allozyme loci (mean values of A = 1.2, P = 12.7%, Ho = 0.020 and He = 0.030). Genetic differentiation detected by microsatellite loci ( FST = 0.468, mean I = 0.472) was higher than that for allozyme loci ( FST =0.388, mean I = 0.976). However, microsatellite markers showed less deviation from Hardy-Weinberg expectation (Wright's inbreeding coefficient FIS = -0.069) than do allozymes ( FIS = 0.337). These results suggest that microsatellite markers are powerful high-resolution tools for the accurate assessment of important parameters in population biology and conservation genetics of O. rufipogon, and offer advantages over allozyme markers.