草鱼野生和养殖群体间遗传变异的微卫星分析

运用微卫星标记对江苏境内草鱼(Ctenopharyngodonidella)一个野生群体(邗江群体)和两个养殖群体(淡水中心群体和无锡前洲群体)遗传多样性进行了分析。在10个座位中,每个座位检测到的等位基因数2~8个。有效等位基因数、多态信息含量、期望杂合度、平均表观杂合度均以邗江草鱼野生群体最高,分别为3·9、0·5068、0·6939、0·7;无锡前洲草鱼养殖群体最低,分别为2·2、0·1796、0·5235、0·5286;淡水中心草鱼养殖群体各参数均介于两者之间,分别为3·5、0·2902、0·5418、0·5429。以上结果表明:草鱼野生群体遗传多样性更为丰富,而草鱼养殖群体存在杂合度降低,遗传多样性下降的现象。邗江草鱼野生群体与淡水中心草鱼养殖群体和无锡前洲草鱼养殖群体间遗传分化系数分别为0·219和0·246,而两个草鱼养殖群体间遗传分化系数为0·034。这表明草鱼野生群体与草鱼养殖群体间分化严重,而草鱼养殖群体间分化微弱。各座位分化程度的χ2检验结果表明,10个座位中有GM18、MFW1-1、MFW1-2三个座位群体间分化达到极显著水平,GM03-2、MFW5两个座位群体间分化差异显著,其他座位分化不显著。针对每个座位对各群体进行Hardy-Weinberg平衡检验发现:由于草鱼养殖群体在GM03-1、GM03-2、GM18三个位点杂合子缺失,草鱼野生群体在位点GM19杂合子过剩而严重偏离平衡。实验表明:近交容易引起草鱼遗传多样性下降,纯合速度加快。     

德宏水牛微卫星标记分析的群体遗传变异

德宏水牛是云南省地方水牛的优良品种之一，为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构，筛选了分别位于水牛14条染色体上的15对微卫星引物，对德宏水牛81个个体进行了检测分析。共检测到62个等位基因，每个座位等位基因数目从2到6个不等，平均等位基因数为4.13，该水牛群体期望杂合度和多态信息含量分别为0.6520±0.1526和0.5863±0.1789，各座位的遗传分化系数在0～0.0919之间，平均值为0.0202。每个座位的基因流较大，平均12.1502。研究结果表明德宏水牛群体遗传多样性较丰富，亚群间的遗传分化程度低，基因流较大，且很少发生近交。     

林麝微卫星座位的分离和鉴定

利用改进的磁珠富集法从林麝(Moschus berezovskii)的基因组中分离到10个新的(AC)n重复微卫星座位，并分析其在24个林麝个体(取样于中国四川金凤山群体)中的多态性。其中，5个位点在24个林麝个体中具有4—13个等位基因，观察杂合度和期望杂合度分别是0.429—0.957和0.587—0.902，平均多态信息含量是0.730。表明这5个微卫星位点具有高度的多态性，可以用于林麝遗传多样性研究，对林麝的保护具有很重要的意义。     

我国草鱼野生群体D-Loop序列遗传变异分析

利用线粒体DNA的D-Loop区序列, 对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生群体开展了遗传变异分析。在424尾鱼中检测到34个变异位点, 34个单倍型, 单倍型多样性介于0.4740.708。群体间Kimura双参数遗传距离介于0.00200.0049。长江下游3个群体间遗传距离最近, 遗传分化不显著(P0.05); 肇庆群体与长江上游3个群体遗传距离较近, 与九江群体遗传分化不显著(P0.05); 嫩江群体与长江上游2个群体遗传距离较近, 与万州群体遗传分化不显著(P0.05)。遗传距离与地理距离存在极显著正相关(R=0.61, P0.01)。分子方差分析显示, 不同流域间遗传变异占总变异26.24%, 差异极显著(P0.01)。34个单倍型分为2个分支, 分化极显著(FST=0.644, P0.01), 推测分化时间为第四纪更新世纪晚期。       

草鱼野生群体遗传变异的微卫星分析

利用12个微卫星标记, 对来自长江水系(邗江、吴江、九江、石首、木洞和万州)、珠江水系(肇庆)和黑龙江水系(嫩江)的8个草鱼野生地理群体进行了遗传多样性及遗传结构等分析。遗传多样性分析显示, 12个微卫星位点均为高度多态位点(PIC=0.755~0.930), 8个草鱼野生群体显示出较高的遗传多样性水平(Ho=0.839~0.893), 其中长江水系的6个群体和肇庆群体的多样性水平高于嫩江群体。瓶颈效应分析显示, 嫩江、肇庆群体及2个长江上游群体(木洞、万州)近期出现了瓶颈效应, 群体数量发生下降。群体间遗传分化指数F^ST及AMOVA分析显示, 群体间出现极显著遗传分化(P<0.01), 整体分化水平较低(F^ST<0.05)。遗传距离分析结果显示, 长江水系的6个群体与肇庆群体遗传距离较近, 与嫩江群体较远; 基于此的UPGMA聚类树显示, 长江水系下游、中游和上游的群体依次聚类, 然后与肇庆群体聚类, 最后与嫩江群体聚类, 遗传距离与地理距离呈现出较强的正相关性。遗传结构分析显示, 所有样本被划分为5个理论群, 肇庆和嫩江群体中个体的遗传结构相对独立, 而长江上游、中游和下游群体中个体的遗传结构则存在一定程度的混杂。综上所述, 中国草鱼野生资源具有较高的遗传多样性, 地理群体间存在遗传分化, 具有进一步遗传改良的潜力; 但部分群体出现的瓶颈效应也需要引起重视。     

鲮鱼的微卫星位点筛选和群体遗传多样性初步分析

利用鲤科鱼类微卫星引物在鲮鱼中进行扩增,结果在24对引物中，13对引物能成功扩增，且在鲮鱼中的扩增产物表现稳定，其中11对有较高多态性,等位基因数在2—7个之间，扩增的条带符合孟德尔遗传规律。随后利用筛选的微卫星座位对鲮鱼野生和养殖群体遗传多样性进行了初步分析。分析结果显示：鲮鱼野生群体的平均等位基因数5.2个；观测杂合度在0.25与0.8之间，平均观测杂合度(Ho)是0.61±0.2，平均期望杂合度(He)是0.8±0.09；群体座位平均多态信息含量(PIC)为0.72±0.1。相比之下，养殖群体的平均观测杂合度(Ho)和平均期望杂合度(He)都低于野生群体，分别是0.59±0.2、0.75±0.1。两群体间的遗传相似度为0.7774、遗传距离为0.2518。研究表明：用其他鱼类分离出的微卫星引物可以快速筛选到适用于鲮鱼遗传分析的微卫星座位。     

我国斑鳜六个群体mtDNA Cyt b序列的遗传变异

采用PCR技术扩增了鸭绿江、海河、长江、钱塘江、闽江、西江6个群体31尾斑鳜(Siniperca scherzeri)mtDNA Cyt b基因的部分序列。在长度为781 bp的同源序列中，共检测到78个变异位点，占分析位点数的9.6%，碱基替换大都发生在密码子的第三位点上；在31个体中共检出16种单倍型。鸭绿江、海河群体与长江、钱塘江、闽江、西江群体间的遗传距离较大。分子方差分析表明，斑鳜6个群体间总的遗传分化水平F _ST为0.9307(P<0.01)，差异极显著。构建的NJ分子系统发育树表明，海河群体和鸭绿江群体构成了一支北方群体；长江群体、闽江群体和西江群体构成了南方群体；而钱塘江群体单独聚为一支。这表明我国斑鳜不同地理群体间已产生明显的遗传分化，但未与其自然地理分布格局呈完全对应关系。     

太平洋牡蛎养殖与野生群体遗传变异的微卫星研究

应用微卫星标记技术研究5个中国太平洋牡蛎养殖群体和2个日本太平洋牡蛎野生群体的遗传变异。研究中所使用的7个微卫星位点在养殖和野生群体中都显示出了高多态性,平均等位基因数为19.1～29.9,平均期待杂合度为0.916～0.958。养殖群体和野生群体的平均等位基因丰度及观察杂合度没有显著性差异。遗传分化系数及等位基因杂合度分析显示所有的群体间都有显著性差异。构建的NJ树中,7个群体聚为3支,养殖群体和野生群体可以清楚地分开,在养殖群体中又分为南北两支。分配检验中,97%～100%的正确率证明了微卫星标记在群体识别分析中的可行性。本研究结果对太平洋牡蛎管理模式的设计和选择育种具有重要意义。     

利用微卫星分子标记分析四个中华绒螯蟹群体的遗传多样性

利用本实验室克隆的16个和国际上发表的8个微卫星标记，对4个中华绒螯蟹群体（江苏、安徽、辽宁、天津）的遗传多样性进行检测。所检测到的扩增片段长度为80—445 bp，在群体间扩增出2—10个等位基因，共计155个等位基因，平均等位基因6.458个。4个中华绒螯蟹群体的平均有效等位基因数(Ne) 为4.3491—4.7234，平均观察杂合度(Ho) 为0.5690—0.6722，平均期望杂合度(He) 为0.7238—0.7546，并通过基因型的P值, 确定了7个座位处于Hardy-Weinberg平衡；同时对4个群体的遗传距离进行了估算, 聚类分析结果表明，安徽、江苏、天津聚为一支，属于长江河蟹类型，辽河种群单独聚为一支。     

草鱼野生与选育群体线粒体DNA控制区D-loop遗传变异分析

为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化, 研究对4个野生群体(邗江、九江、石首和吴江)和2个选育世代(F1和F2)进行了线粒体DNA控制区(D-loop)序列的遗传变异分析。实验结果表明, 4个野生群体在单倍型数目(H)、单倍型多样性(H_d)、核苷酸多样性(π)、平均核苷酸差异数(K)水平上均高于2个选育世代, 在2个选育世代内表现为F1代群体的核苷酸多样性(π)和平均核苷酸差异数(K)大于F2代群体, 但单倍型多样性(H_d)小于F2代群体; 单倍型分析结果表明, 6个群体间无共享单倍型, 4个野生群体间共发现2种共享单倍型(Hap1和Hap3), 石首群体和2个选育世代共享1种单倍型(Hap15); 遗传分化指数(F_st)分析结果表明, 邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间存在较大的遗传分化(F_st范围为0.41475—0.55128), 石首群体与F1代群体之间存在较小的遗传分化, 与F2代群体之间存在中等水平的遗传分化, 同时F1代群体与F2代群体之间存在较小的遗传分化; 基于6个群体276个个体构建的邻接(Neighbor-Joining, NJ)进化树和基于27种单倍型构建的单倍型网络图也得到了相似的结论, 即邗江、九江、吴江3个野生群体和2个选育世代间的亲缘关系较远, 石首群体和2个选育世代两两之间的亲缘关系较近。以上结果表明, 经过2个世代的选择育种, 选育群体的遗传结构已发生了变化, 并且随着选育的进行, 选育世代的遗传多样性下降的较为明显, 这警示着我们在今后的育种工作中应适当改变现有的选育方案, 并实时监测选育群体的遗传多样性, 以便为今后进一步的选育工作打下坚实的基础。     

长江中上游两个鲢群体遗传变异的微卫星分析

对长江中上游2个鲢群体使用39个微卫星标记进行了遗传多样性分析, 计算并统计了平均观测等位基因数、平均有效等位基因数、多态信息含量、遗传杂合度、Hardy-Weinberg平衡偏离指数、遗传相似系数、遗传距离等遗传参数。结果表明: 万州鲢和监利鲢群体所检测微卫星位点的平均观测等位基因数分别为6.128和4.974; 平均有效等位基因数分别为4.107和3.395; 多态位点百分率分别为100和94.87; 39个微卫星标记共有等位基因259个, 173个等位基因为两群体所共有; 多态微卫星位点的PIC在0.077~0.865之间变动,平均为0.617; 两群体所检测位点平均观测杂合度为0.834和0.775, 平均期望杂合度为0.713和0.623; 两个群体间的遗传相似系数为0.618, 群体间的遗传距离为0.482。结果显示长江中上游两个鲢群体间存在显著遗传分化, 应隶属于不同的种群。     

微卫星标记对牙鲆有丝分裂雌核发育家系的亲子鉴定

利用18个微卫星标记,对6个家系的26尾有丝分裂雌核发育牙鲆进行亲子鉴定,PCR扩增产物经8％非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果表明：1个座位在母本中表现为相同的基因型,视为单态座位,其他17个座位为多态;多态座位在亲子鉴定中的累计排除概率和累计个体识别概率分别为0.9985、0.9999;根据被测个体在17个微卫星座位的基因型,最后确认26尾子代的母本,其中7尾子代在某些座位表现出与其母本不完全匹配的基因型。利用微卫星标记可确定雌核发育后代的亲子关系,从而构建牙鲆雌核发育家系系谱,对牙鲆雌核发育的深入研究具有重要意义。     

群体规模对越冬灰鹤警戒行为的影响

2005年1—3月，在云南丽江拉市海就群体规模对越冬灰鹤(Grus grus)警戒行为的影响进行了研究。用扫描取样记录群体的规模和警戒个体的数量、用焦点取样记录群体中个体警戒行为的频次和持续时间，结果显示：灰鹤群体和个体的警戒力均随群体规模增加而降低，但集群个体数超过30只后，群体警戒力便不会再下降(P>0.05)、成体的警戒持续时间也会增加(P<0.01)；当群体规模超过50只后，成体的警戒频次也会上升(P<0.05)。推测亚成体维持低警戒的群体规模上限值要高于成体，单从警戒行为分析，20—30只个体的集群可能代表越冬灰鹤的最适群体大小。     

贺兰山马鹿冬季食性分析

2003年11月—2004年2月在宁夏贺兰山国家级自然保护区和内蒙古贺兰山国家级自然保护区，利用粪便显微组织学分析技术结合野外啃食调查对马鹿阿拉善亚种（Cervus elaphus alxaicus）冬季食性进行了研究。从7个沟系中一共收集了219堆马鹿粪便中捡拾粪粒，组成14个复合样本进行分析，其结果表明，灰榆（27.37%）、山杨（11.75%）、蒙古扁桃（9.83%）、金露梅（8.12%）、锦鸡儿（6.52%）等植物的当年枝和落叶以及禾本科草本植物（7.51%）是马鹿冬季主要食物，其中灰榆为大宗食物，针叶树种（杜松、油松、青海云杉）和其他草本植物所占比例均较小。马鹿对灰榆、山杨、蒙古扁桃、金露梅、锦鸡儿和杜松有正选择性；而对禾本科草本植物、油松和青海云杉有负选择性。马鹿对它们选择性的强弱顺序为：山杨＞杜松＞锦鸡儿＞蒙古扁桃＞金露梅＞灰榆＞禾本科草本植物＞油松＞青海云杉。马鹿取食乔木36.8%、灌木44.7%、禾本科草本植物8.0%和非禾本科草本植物10.5%，这4类植物的利用性与可利用性存在极显著差异，乔木和灌木的利用性高于可利用性；禾本科草本植物和非禾本科草本植物的利用性低于可利用性，说明马鹿的食物以木本植物为主，草本植物为辅。Spearman相关分析得出马鹿对食物的选择性与水分、灰分、粗蛋白、粗脂肪、粗纤维和无氮浸出物之间无明显的相关关系。被啃食植物中粗蛋白含量较高，蛋白质不是越冬马鹿的限制因子，而能量可能是影响冬季马鹿采食较为关键的因子。马鹿冬季采食策略主要是以最小的能量消耗获取最大的能量收益。     

中国灵长类文献纵览

把1870—2001年来自美国“现代灵长类文献题录数据库”、“维普中文数据库”及“中国灵长类研究文献题录”的资料按4个时期（I：1870—1949；II：1950—1965；III：1966—1977；IV：1978—2001）分类整理。此外，使用了“科学引文数据库（扩展版）”。结果如下：（1）1870—2001年共有2 052篇文献，2个文献数量高峰分别出现于1950—1965和1978—2001年；科研部门所发表的论文占54.2%，并随时间而增加；而国外部门则随之减少。（2）2 052篇文献中，超过9%的文献为SCI所收录，其中1966—1977年被SCI收录的文献百分比最高；在全部被SCI收录的文献中又以科研部门的占优势（59.1%）；但国外部门则以其30.1%的文献被SCI收录而领先。（3）统计了灵长类研究9个领域文献百分比及其变化，其中1978—2001间生态学和行为、神经生物学、繁殖和饲养快速发展；化石灵长类、形态学和解剖学减少；分类及分布、细胞及分子进化显得不甚突出；在第II时期和第 IV时期疾病防治研究相当多；保护生物学得到越来越多的关注。第IV时期作者数量最多，但每个作者的文献平均数却不如第I时期。一般地说，在SCI收录的作者中以中国作者居多，但在第I时期唯一被SCI收录的作者则是一名外国学者；在第III时期外国作者占被收录作者数的60%。     

中国沙皮犬微卫星DNA分析的遗传多样性

运用20对微卫星引物对来自中国广东省的92份沙皮犬血液样品（骨嘴型沙皮犬21只,骨肉嘴型沙皮犬29只,肉嘴型沙皮犬42只）进行了遗传背景的检测。结果表明,20个多态性微卫星座位共检测到272个等位基因,平均每个座位为13.6个。中国沙皮犬群体的平均杂合度为0.8259,所有微卫星标记座位的多态信息含量（PIC）在0.5352到0.9226之间,说明中国沙皮犬群体存在较为丰富的遗传多样性。遗传距离和聚类分析结果显示,3种类型沙皮犬之间已产生了一定的遗传分化。上述结果为中国沙皮犬细分为不同的品系以及澄清中国沙皮犬种质资源的混乱状况提供了理论依据。     

文昌鱼的实验室繁育及子二代获得

文昌鱼特殊的进化地位、简单的器官系统和终生透明的躯体等特征，使其很有希望成为一个新型实验室模式动物。要实现文昌鱼的模式动物化，实验室内全人工条件下繁殖是关键的第一步。为此，我们于2003年9月和2004年4月两次采集产于厦门海域的2种文昌鱼，开展实验室内养殖研究。经过3年多的持续实验室养殖，继2005年夏季于实验室内繁殖出子一代文昌鱼后，又在2006年夏季成功获得了这两种文昌鱼的子二代，初步实现文昌鱼在实验室内的全人工养殖。对子代文昌鱼养殖的初步观察发现，不同水温对生长发育速度有一定影响，提示有可能通过水温控制实现文昌鱼一年多次产卵的目的。目前这两种文昌鱼子二代幼体已完成变态，进入亚成体生长发育阶段，其体长分别已达14.6 mm(日本文昌鱼Branchiostoma japonicum)和6.5 mm(白氏文昌鱼B. belcheri)。     

水产养殖动物遗传连锁图谱及QTL定位研究进展

自1997年美国农业部启动5种水产养殖动物基因组计划以来，在不到10年的时间里，世界各国都相继开展了本国主要水产养殖动物基因组研究。截至2005年底，有近17种海淡水养殖动物公布了遗传连锁图谱：属于高密度连锁图谱的有虹鳟和大西洋鲑(标记数超过1 000)；属于中密度遗传连锁图谱的有罗非鱼、沟鲶、黑虎虾、日本牙鲆和欧洲海鲈(标记数为400—1 000)；属于低密度遗传连锁图谱的有泰国的胡鲶，中国的栉孔扇贝、鲤鱼，日本的黄尾shi，美国的牡蛎等近10种养殖种类(标记数少于400)。水产养殖动物遗传连锁图谱的构建和发展，促进了一些与经济性状(如生长、抗逆、发育等)相关的数量性状位点(QTL)的定位研究。然而，QTL定位研究目前只在具有中高密度遗传连锁图谱的鲑科鱼类(虹鳟、大西洋鲑和北极嘉鱼)、罗非鱼、沟鲶和日本牙鲆等种类中开展，而且定位研究仍处在初级水平。遗传连锁图谱的高分辨率和QTL在图谱上的精确定位，是今后能否实现对主要水产养殖动物的经济性状进行遗传操作的技术保证，同时也是实现分子标记或基因辅助育种在水产养殖动物中成功运用的制胜法宝。     

广州地区犬蝠的食性

2004年5月—2006年4月采用拾遗法、粪便内容物分析法及实地观察对广州地区常见的食果蝙蝠¬—犬蝠(Cynopterus sphinx)进行了食性研究。对26份食物残留物和粪便样品的分析结果表明：犬蝠的食物包含13科21种的植物果实,3科3种的植物叶片,如：蒲桃（Syzygium jambos）、蒲葵（Livistona subglobosa）及龙眼（Dimocarous longan）的果实。其食性随果实的成熟季节而出现明显的季节性变化,夏秋两季大量食用各种水果,而在食物欠缺的春冬两季则主要食用棕榈科蒲葵的种子。广州地区犬蝠的繁殖期在每年的5—10月。     

鱼类特异的基因组复制

辐鳍鱼类是脊椎动物中种类最多、分布最广的类群，其基因组大小不等。过去的观点认为，在脊椎动物进化历程中曾发生了两次基因组复制。近期的系统基因组学研究资料进一步提出，在大约350百万年，辐鳍鱼还发生了第三次基因组复制，即鱼类特异的基因组复制(fishspecific genome duplication，FSGD)，且发生的时间正处在“物种极度丰富”的硬骨鱼谱系(真骨总目)和“物种贫乏”的谱系(辐鳍鱼纲基部的类群)出现分歧的时间点，表明FSGD与硬骨鱼物种和生物多样性的增加有关。进一步开展鱼类比较基因组学和功能基因组学研究将进一步验证FSGD这一假说。