西部某些根瘤菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP分析

选用61株分离自我国西北地区的野豌豆、棘豆、苜蓿和草木樨根瘤菌和4株已知参比菌株,进行了营养利用、抗生素抗性和耐逆性等13个表型性状研究,通过MINTS软件分析,得到了数值分类树状图,发现全部供试菌株在79％的相似性水平上,分为5个群。对57株未知菌株和10株参比菌株16SrDNAPCR－RFLD分析,发现共具有20个遗传图谱类型,聚类分析树状图表明所有菌株共分为5个系统发育分支,与数值分类结果有较好的一致性。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究。数值分类结果表明, 在84%相似性水平上, 所有的菌株可分为3群：群Ⅲ为未知菌群, 群Ⅰ为慢生菌群, 群Ⅱ为快生和中慢生菌群。从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看, 在70%相似性水平上, 所有的菌株可分为5个系统发育分支：分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株, 为未知分支; 分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium, 分支Ⅲ为Mesorhizo- bium, 分支Ⅳ为Bradyrhizobium。数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致, 有2株菌与A. tumefaciens IAM13129T聚在一起。     

我国豇豆和绿豆根瘤菌的数值分类及16S rDNA PCR-RFLP研究

对分离自中国14个不同省(自治区)的79株豇豆和绿豆根瘤菌及12株参比菌株进行了唯一碳、氮源利用,抗生素抗性,抗逆性和酶活性等128个表型性状的测定,并用MINTS软件进行聚类分析。表型性状测定结果发现,所有菌株都有极其广泛的碳、氮源利用谱,大多数菌株可在较宽的pH(pH5·0~11·0)值范围内生长,大部分菌株能在37℃高温条件下生长,个别菌株能耐受60℃高温较长时间(20~45min)的热激。聚类分析结果表明,全部供试菌株在63·5%的相似性水平上分为两大群:一个群为慢生菌群,另一群为快生和中慢生菌群;在79%的相似性水平上分为7个亚群。在数值分类的基础上,又将参比菌株增加到22株,对79株待测菌株进行了16SrDNAPCR-RFLP分析,16SrDNAPCR产物经HaeⅢ、HinfⅠ、MspⅠ和AluⅠ4种内切酶酶切共产生34种遗传图谱类型,经GelComparⅡ软件聚类后,在79%的相似性水平上也可划分为7个亚群,与数值分类的结果有很好的一致性。     

鸡眼草根瘤菌的１６SrDNA全序列分析

Based on the previous studies on numerical taxonomy, SDS-PAGE of whole-cell protein and DNA hybridization, the rhizobial strains isolated from Kummerowia sp. in semi-arid area of North-west constituted a new subgroup, the 16S rDNA sequence of representative strain SH714 were tested. The unrooted phylogenetic tree was produced. In this tree, the strain SH714 with Sinorhizobium xinjiangensis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga constituted a branch of Sinorhizobium. Within this branch, the similarity valuse of 16S rDNA sequence between strain SH714 and S. xinjiangesis, S. fredii, S. meliloti, S. medicae, S. saheli and S. teranga were 97.4%, 97.5%, 96.8%, 96.7%, 97.2% and 95.6% respectively, the values were more than 95%, this indicated that these known species should belong to the same genus. The values of DNA homology between type strains of these species were less than 70%. Thus, the strain SH714 represented a new rhizobial species, and there were some diversity between SH714 and known rhizobial species in phenotypic feature and composition of protein.     

我国蚕豆根瘤菌的数值分类及其16SrDNA PCR-RFLP研究

对分离自我国11个省24个地区49株蚕豆根瘤菌及11株参比菌株进行了唯一碳源、氮源、抗生素、耐逆性和酶活性等138个表型性状测定,并用MINTS软件进行聚类分析。结果表明,全部供试菌株在59％的相似水平上聚在一起,在80％的相似水平上可分为6个群。其中群4与参比菌株聚在一起,而其他5个群均由未知菌组成。进一步对36株菌进行了16S rDNA PCR—RFLP分析,在85％相似水平上供试菌可分为4个群和1个独立的分支,其聚群结果与数值分类结果有较好的一致性。表型及遗传型分析结果表明,我国蚕豆根瘤菌具有极大的多样性。     

根瘤菌数值分类

对56株根瘤菌及3株土壤杆菌进行了200个形态、生理、生化及生物学性状测定,根据Ssm相似性系数及最短距离聚类公式,用电子计算机进行数值分类。试验结果,将快生型根瘤菌、慢生型根瘤穗和土壤杆菌在届的水平上分开,豌豆根瘤菌、三叶草根瘤菌和菜豆根瘤菌三者的相似性很高,合并为一个种。以上结果与《伯杰系统细菌学手册》第一卷中Jordan的根瘤菌科分类系统相一致。此外,紫云英根瘤菌自成一群,包括在根瘤菌属(Rhizobium)中。柱花草根瘤菌独立成群,包括在慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)中。     

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

斜茎黄芪根瘤菌的16SrDNA和23SrDNAPCR—RFLP比较分析

在表型性状数值分析和ＡＦＬＰ指纹图谱分析的基础上,选取５４株斜茎黄芪根瘤菌的代表菌株及已知根瘤菌参比菌株,进行１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡ的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ比较分析。结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有极大的系统发育多样性,分别具有２４个１６ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型和２２个２３ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ聚类分析树状图谱有较好的一致性,但也存在一些差异。在对较大类群的划分上,它们的结果与表型性状数值分析结果有较好的一致性。将１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析数据合并在一起进行分析时,得出２６个综合遗传图谱类型和１个综合聚类分析树状图谱。很明显,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡ的合并,能够得出更可靠的系统发育结论。     

斜茎黄芪根瘤菌的16S rDNA和23S rDNA PCR-RFLP比较分析

在表型性状数值分析和ＡＦＬＰ指纹图谱分析的基础上,选取５４株斜茎黄芪根瘤菌的代表菌株及已知根瘤菌参比菌株,进行１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡ的ＰＣＲ－ＲＦＬＰ比较分析。结果表明斜茎黄芪根瘤菌具有极大的系统发育多样性,分别具有２４个１６ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型和２２个２３ＳｒＤＮＡ遗传图谱类型,１６ＳｒＤＮＡ与２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ聚类分析树状图谱有较好的一致性,但也存在一些差异。在对较大类群的划分上,它们的结果与表型性状数值分析结果有较好的一致性。将１６ＳｒＤＮＡ和２３ＳｒＤＮＡＰＣＲ－ＲＦＬＰ分析     

用AFLP技术和16S rDNA PCR-RFLP分析毛苜蓿根瘤菌的遗传多样性

采用选择主增片断长度多态性（简称ＡＦＬＰ）ＤＮＡ指纹技术对采自我国云南省与西藏交界的高山地区的野生型豆科植物毛苜蓿根际土样分离的２９１株毛苜蓿（Ｍｅｄｉｃａｇｏ ｅｄｇｅｗｏｒｔｈｉｉ）根瘤菌进行遗传多样性的研究。从ＡＦＬＰ图谱中,揭示出毛苜蓿根瘤菌有较显著的遗传多样性,从２９１株中选择出９０年代表株用计算机进行树状图的分析。结果表明,所分析的菌株在７９％的相似性水平上聚类成３个群。对这９０年代表     

内蒙古根瘤菌的数值分类

对63株新分离的内蒙古根瘤菌与6株来自Rhizobiumleguminosarum及Sinorhizobiummililoti的参比菌株一起进行了数值分类。结果表明：所有测试菌株在67％的相似性水平上分为三个表观群,群Ⅰ包括3株Sinorhizobiummeliloti的参比菌和9株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅱ包括3株RhizobiumLoguminosarum参比菌和37株新分离的内蒙古根瘤菌;群Ⅲ全部由20株新分离的内蒙古根瘤菌组成。在78％的相似     

花生根瘤菌的数值分类

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值分类方法不能将花生根瘤菌和大豆根瘤菌在属的水平上分开,但亚群和未归入亚群的菌株可能暗示亚种或种存在,同时本文结果还表现出花生根瘤菌的地域分布差异及其多样性。     

胡枝子属根瘤菌的多相分类研究

采用了数值分类、全细胞可溶性蛋白电泳分析、ＤＮＡＧ＋Ｃｍｏｌ％和ＤＮＡ相关性的测定以及１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析等多相分类技术对来源于不同地区的１６种寄主的胡枝子根瘤菌进行了系统的分类研究。数值分类的结果表明,在６７％的相似性水平上,全部供试菌可以分为快生型根瘤菌和慢性型根瘤菌两大群,在８０％的相似性水平上又可分为四个亚群。在此基础上,对各亚群的胡枝子根瘤菌进行了ＤＮＡ相关性的测定,以进一步证实和确定它们的分类地位,并通过１６ＳｒＤＮＡＰＣＲＲＦＬＰ分析对各亚群的系统发育关系进行了初步研究。     

西藏根瘤菌的数值初步分类研究

选取分离自西藏林芝和拉萨地区11种豆科植物的根瘤菌菌株64株,并与6株Rhi-zobium leguminosarum,Sinorhizobium fredii和Mesorhizobium loti的参比菌株一起进行了105项表型特征的测定,数值分类的结果表明,除菌株XZ8-6,XZ47-7和XZ18-1外,全部供试菌株在80%相似性水平上可分为8个表观群,其中表观群1,表观群7分别由13株和7株西藏根瘤菌组成,是不同于已描述根瘤菌种的新表观群,是否为新属种有待于进一步研究。     

分离自补骨脂等宿主根瘤的24株菌的数值分类和16S rDNA PCR-RFLP 研究

采用数值分类和16S rDNA PCR-RFLP对分离自云南省豆科植物补骨脂(Psoralea corylifolia)、葛藤(Pueraria lobata)、杭子梢(Campylotropis macrocarpa)等宿主的24株菌及10株根瘤菌参比菌株进行了研究.数值分类结果表明,在84%相似性水平上,所有的菌株可分为3群:群Ⅲ为未知菌群,群Ⅰ为慢生菌群,群Ⅱ为快生和中慢生菌群.从依据16S rDNA PCR-RFLP分析建立的树状图来看,在70%相似性水平上,所有的菌株可分为5个系统发育分支:分支Ⅰ和Ⅴ没有参比菌株,为未知分支;分支Ⅱ为Agrobacterium-Sinorhizobium-Rhizobium,分支Ⅲ为Mesorhizobium,分支Ⅳ为Bradyrhizobium.数值分类和16S rDNA PCR-RFLP的结果部分一致,有2株茵与A.tumefaciens IAM13129T聚在一起.     

陕西部分地区胡枝子和草木樨根瘤菌的数值分类研究

选用寄主为胡枝子、草木樨的51株未知菌株与34株模式参比菌株进行数值分类研究,结果表明：不同菌株在碳源、氮源利用、抗生素抗性和耐盐碱性等方面存在着差异。采用UPGMA法对105项表型性状进行聚类分析,从聚类图潜可以看出：在86％的相似性水平上,未知菌株构成四个表观群。群Ⅰ有17株菌,中心菌株为NWYCH155;群Ⅱ有15株菌,中心菌株为NWNL178;群Ⅲ有9株菌,中心菌株为NWYL167;群Ⅳ有3株菌,中心菌株为NWZL200。     

花生根瘤菌的数值分类*

从我国 １１个省、 １６种土壤类型、 ２０多个花生（Ａｒａｃｈｉｓ ｈｙｐｏｇａｅａ Ｌ．）品种上分离到的花生根瘤菌［Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．（Ａｒａｃｈｉｓ）］中选取５０个代表菌株、并与从津巴布韦引进的４株花生根瘤菌及７株慢生根瘤菌常用的参比菌株共６１株菌进行了１２８项表型特征的测定。数值分类的结果表明,全部菌株在７５％水平上相聚,并在７６％和７７％的水平上分别聚成两大群（群Ⅰ、群Ⅱ）,每大群以较高的相似性（８５％- ９４％）各聚成６个亚群。所用数值     

西藏根瘤菌的数值初步分类研究*

选取分离自西藏林芝和拉萨地区 1 1种豆科植物的根瘤菌菌株 64株 ,并与 6株Rhizo biumleguminosarum、Sinorhizobiumfredii和Mesorhizobiumloti的参比菌株一起进行了 1 0 5项表型特征的测定 ,数值分类的结果表明 ,除菌株XZ8 6、XZ47- 7和XZ1 8- 1外 ,全部供试菌株在 80 %相似性水平上可分为 8个表观群 ,其中表观群 1、表观群 7分别由 1 3株和 7株西藏根瘤菌组成 ,是不同于已描述根瘤菌种的