中国河南两株庚型肝炎病毒（HGV）NS5区部分cDNA的克隆与序列分析

通过逆转录－聚合酶链反应从我国河南省２例重叠感染ＨＣＶ或ＨＢＶ／ＨＤＶ的献血啼中,分离到ＨＢＶＮＳ５区的部分ｃＤＮＡ,对其进行序列分析比较,结果表明,河南株ＨＧＶＮＳ５工核苷酸与两中国ＨＧＶ主同源性高于国外代表株（８８．５－９０．６％）,但由核苷酸推导的氨基酸的同源性都无明显的地区性区别。ＨＧＶＮＳ５区氨基酸序列较保守,缺乏明显高变区,中国４株ＨＧＶ在７３８４位发生了由Ｃ→Ｔ的变异,从而导致一个人     

丙型肝炎病毒北京株NS3基因的克隆及测序

用ＲＴ－ＰＣＲ方法从北京株丙型肝炎病毒中扩增出ＮＳ３区基因片段,该片段经ｐＧＥＸ－Ｔ载体克隆到大肠杆菌ＤＨ５α菌株中．经自动序列分析仪测出ＮＳ３基因的７２８ｂｐ长的核酸序列．发现在该片段中第３１位核苷酸发生Ａ→Ｔ突变,产生一个终止突变．这表明,丙型肝炎病毒北京株存在一定的变异,产生缺陷型病毒,这类缺陷型病毒的出现可能是丙型肝炎病毒持续性感染的原因之一．     

庚型肝炎病毒（HGV）NS5区部分基因的克隆和cDNA序列测定

用RT－PCR技术从一例献血员血清标本中扩增出HGV非结构区的部分基因片段,克隆后测定。cDNA序列。该序列与国外三株HGV的核苷酸同源性在90％以上;与GBV—A和GBV—B的同源性分别为44．7％和33．17％;与已发表的23个HCV全序列的相应序列比较,同源性均小于40％。结果表明,克隆的病毒株为HGV中国株。同时,用RT—PCR检测了河北固安和南京地区的115份HCV感染者标本．HGVRNA阳性率为3．47％。表明我国某些特殊人群中HGV感染率较高,是一个不容忽视的问题。     

HGV广东株和香港株NS5区部分基因的克隆及序列分析

采用ＨＧＶＮＳ５特异的２对引物,对两个香港株和一个广东株ＨＧＶＲＮＡ进行逆转录套式ＰＣＲ扩增,ＰＣＲ产物克隆入ｐＵＣ１９,重组质粒转化ＤＨ５α和ＪＭ１０９菌株。ＰＣＲ和酶切法鉴定阳性克隆,双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列并进行同源性分析。结果发现核苷酸变异呈散在分布,三株间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为９３．３％～９４％及９７％～９９．２％,与已报道的中国株（ＣＮ）相比,则同源性分别为９０％～９１．２％和９４％～９６．３％,与美国株（ＰＮＦ２１６１及Ｒ１０２９１）相比,为８７．１％～８９．５％和９５．２％～９７％,而与西非株（ＧＢＶＣ）相比,则达９１．４％～９３．８％和９７％～９７．９％。提示ＨＧＶＮＳ５区核苷酸和氨基酸序列相对保守,不同ＨＧＶ株存在一定的地区差异。     

HGV广东株和香港株NS5区部分基因的克隆及序列分析

采用HGV NS5特异的2对引物,对两个香港株和一个广东株HGV-RNA进行逆转录套式PCR扩增,PCR产物克隆入pUC19,重组质粒转化DH5α和JM109菌株.PCR和酶切法鉴定阳性克隆,双脱氧链末端终止法测定核苷酸序列并进行同源性分析.结果发现核苷酸变异呈散在分布,三株间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.3%～94%及97%～99.2%,与已报道的中国株(CN)相比,则同源性分别为90%～91.2%和94%～96.3%,与美国株(PNF2161及R10291)相比,为87.1%～89.5%和95.2%～97%,而与西非株(GBV-C)相比,则达91.4%～93.8%和97%～97.9%.提示HGV NS5区核苷酸和氨基酸序列相对保守,不同HGV株存在一定的地区差异.     

丙型肝炎病毒NS3区研究现状

丙型肝炎病毒（ＨＣＶ）ＮＳ３区是ＨＣＶ的核酶区,编码的ＮＳ３蛋白有血清蛋白酶、ＮＴＰ酶和ＲＮＡ解旋酶的活性,可影响ＨＣＶ的复制和增殖过程;而且ＨＣＶＮＳ３区还可以激发机体的细胞免疫应答。目前ＨＣＶＮＳ３区已成为研制抗ＨＣＶ药物和疫苗的靶基因区,本文就ＨＣＶＮＳ３区的研究现状进行了论述     

同型HCV不同分离株NS5区基因片段的比较分析

对同一地区两例输血后丙型肝炎进行ＰＣＲ分型,结果为Ⅱ型。分别将其ＮＳ５区基因部分片段克隆到ｐＵＣ１８和Ｍ１３ｍｐ１８中,序列分析结果表明在ＮＳ５区基因相同区段,二者的核苷酸同源性为８９．０４％,氨基酸同源性为９０．７５％。而且在分离株Ｖ中第７０～７２位发现阅读框内终止密码子ＴＧＡ。与Ⅱ型代表株ＨＣＶＢＫ序列相比,相同区段的核苷酸和氨基酸同源性分别为：９１．５％,９１．９２％和９１．９１％,９１．９１％。对比分析表明,在同一地区基因型相同的不同分离株间ＮＳ５区基因仍存在较大变异,分离株Ｖ可能为缺陷性病毒     

同型HCV不同分离株NS5基因片段的比较分析

对同一地区两例输血后丙型肝炎进行ＰＣＲ分型,结果为Ⅱ型。分别将其ＮＳ５区基因部分片段克隆到ｐＵＣ１８和Ｍ１３ｍｐ１８中,序列分析结果表明在ＮＳ５区基因相同区段,二者的核苷酸同源性为８９．０４％,氨基酸同源性为９０．７５％。而且在分离株Ｖ中第７０￣７２位发现阅读框内终止密码子ＴＧＡ。与Ⅱ型代表株ＨＣＶ ＢＫ序列相比,相同区段的核苷酸和氨基酸同源性分别为：９１．５％,９１．９２％和９１．９１％,９１．     

猪瘟病毒石门株NS2—3基因片段的序列测定及比较

根据猪瘟病毒Ｃ株的序列,以计算机辅助设计,化学合成１对引物（ＰＦ５６４８／ＰＲ６６０４）,应用ＲＴＰＣＲ技术从感染猪血中成功地扩增了我国猪瘟病毒强毒石门株ＮＳ２３基因片段,大小为９５７ｂｐ,位于ＮＳ３基因的中部ＮＴＰａｓｅ和Ｈｅｌｉｃａｓｅ活性区。克隆后测序,结果表明该段基因产物具有解旋酶超家族全部七个特征性保守序列,包括共同的ＮＴＰ结合基序Ａ位点（ＧＸＧＫＴ／Ｓ）和Ｂ位点（３ｈｙ,２ｘ）Ｄ。序列同源性比较表明,石门株与日本的ＡＬＤ和ＧＰＥ－株同源性最高,与其它３株猪瘟病毒（Ｃ株、Ｂｒｅｓｃｉａ株和Ａｌｆｏｒｔ株）的同源性也很高,并与２株牛病毒性腹泻病毒（ＢＶＤＶ）（ＮＡＤＬ株和ＳＤ１株）也有较高的同源性,尤其是由核苷酸序列推导的氨基酸序列,同源性均大于９０％,是瘟病毒属基因组中最保守的区段,这与该基因产物在病毒复制及聚蛋白前体加工过程中所具有的重要功能是一致的     

登革病毒NS3全基因的扩增与克隆

登革热(DF)、登革出血热及登革休克综合征(DHF/DSS)是由登革病毒所致的两种不同临床类型的急性传染病,广泛流行于全球热带及亚热带地区.DHF/DSS以高热、出血、休克、高病死率为主要特征,近年来其发病率有迅速增加的趋势,已成为严重影响人类健康的公共卫生问题.     

中国猪瘟兔化弱毒兔脾毒NS2-3基因的序列分析

根据已发表的猪瘟病毒序列,设计并合成了覆盖有ＮＳ２－３全基因的４上物,应用ＲＴ－ＰＣＲ技术从接种了猪瘟兔化弱毒（ｈｏｇ ｃｈｏｌｅｒａ ｖｉｒｕｓ ｌａｐｉｎｉｚｅｄ Ｃｈｉｎｅｓｅ ｓｔｒａｉｎ,ＨＣＬＶ）的兔脾组织中,成功地扩增了ＮＳ２－３基因,将其克隆到Ｔ载体后,测定了其核苷酸序列。结果显示,所克隆的ＮＳ２－３基因长２９６４个核苷酸,编码９８８年氨基酸。用ＤＮＡＳＩＳ和ＰＲＯＳＩＳ软件分析表     

登革病毒NS3全基因的扩增与克隆

登革热(ＤＦ)、登革出血热及登革休克综合征(ＤＨＦ/ＤＳＳ)是由登革病毒所致的两种不同临床类型的急性传染病,广泛流行于全球热带及亚热带地区。ＤＨＦ/ＤＳＳ以高热、出血、休克、高病死率为主要特征,近年来其发病率有迅速增加的趋势,已成为严重影响人类健康的公共卫生问题。迄今,ＤＨＦ/ＤＳＳ的发病机制仍不清楚,亦无有效的特异性预防方法[1]。登革病毒属于黄病毒科的黄病毒属,有Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四个血清型,基因组为单股正链ＲＮＡ,全长约11ｋｂ,编码三种结构蛋白和七种非结构蛋白。基因组顺序为5′ＣＰｒＭＥＮＳ1ＮＳ2ａＮＳ2ｂＮＳ3Ｎ…     

H5N1亚型高致病性禽流感病毒NS1基因的克隆及其序列分析

目的：克隆H5N1亚型禽流感病毒的NS1基因,并分析其序列特性。方法：通过RT-PCR方法克隆H5N1亚型禽流感病毒NS1基因,并对该基因片段进行测序,将此序列与数据库中不同时间、地点、宿主来源的H5N1亚型流感毒株NS1基因序列进行同源性比较。结果：获得了678bp的NS1全长基因,可编码225个氨基酸;其与毒株A／chicken／Jilin／hq／2003的同源性最高,二者的核酸和氨基酸的同源性分别为99．7％和99．1％。比对分析发现,该毒株NS1基因在第238-252位有15个核苷酸的缺失;进化树分析表明,它与1997年香港流行的H5N1亚型禽流感病毒毒株分别属于2个不同的分支。结论：克隆了一株H5N1亚型禽流感病毒的NS1基因,并初步分析了其序列特性,为进一步研究NS1基因的功能奠定了基础。     

香蕉束顶病毒NS株DNA组分5的克隆和序列分析

本文利用PCR技术扩增得到香蕉束顶病毒(BBTV)NS株DNA组分5的全基因,该基因全长为1014nt,具有一个开放阅读框,编码146个氨基酸,蛋白质二级结构包括6个α螺旋,7个β折叠。NS株系与南太平洋组澳大利亚、夏威夷、埃及分离物DNA组分5核苷酸和编码的氨基酸序列相比较,核苷酸序列同源率介于88%～89%之间,氨基酸序列同源率介于80%～88%之间。NS株系与其它分离物在编码成视网膜细胞瘤蛋白(Retinoblastomaprotein,Rb)的基元序列“LXCDE”附近的二级结构上表现明显的差异,推测这种差异可能影响与植物中Rb蛋白的结合效率。     

应用噬菌体随机肽库技术筛选丙肝病毒NS3抗原模拟表位

以抗 HCVNS3的单克隆抗体作为固相筛选分子 ,对人工合成的噬菌体随机 12肽库进行 5轮“吸附 洗脱 扩增”的筛选过程 ,随机挑取 4 2个克隆 ,经噬菌体酶联免疫吸附法 (ELISA)鉴定并进行交叉反应实验以及竞争抑制性结合实验 ,最后对所选克隆进行DNA序列分析 ,以确定HCVNS3抗原的模拟表位。经噬菌体富集后 ,从随机筛选的 4 2个克隆中得到 11个阳性克隆 ,确定氨基酸序列XXIXXXXMSNXX为HCVNS3的模拟表位。我们用噬菌体12肽库成功筛选得到HCVNS3的模拟表位 ,为开展用HCV模拟表位探索HCV的防治研究创造了条件     

香蕉束顶病毒NS株DNA组分5的克隆和序列分析

本文利用PCR技术扩增得到香蕉束顶病毒(BBTV)NS株DNA组分5的全基因,该基因全长为1014nt,具有一个开放阅读框,编码146个氨基酸,蛋白质二级结构包括6个α-螺旋,7个β-折叠.NS株系与南太平洋组澳大利亚、夏威夷、埃及分离物DNA组分5核苷酸和编码的氨基酸序列相比较,核苷酸序列同源率介于88%～89%之间,氨基酸序列同源率介于80%～88%之间.NS株系与其它分离物在编码成视网膜细胞瘤蛋白(Retinoblastoma protein,Rb)的基元序列"LXCDE"附近的二级结构上表现明显的差异,推测这种差异可能影响与植物中Rb蛋白的结合效率.     

丙型肝炎病毒准种在NS2区的变异状况初探

探讨HCV准种在NS2区的基因结构特征及变异状况。利用逆转录－巢式PCR从1份HCV慢性携带者的阳性血清及1份丙肝患者的血清中获得HCV NS2全长cDNA,将其克隆于T载体,各随机挑取5个阳性克隆进行序列测定,结果显示克隆到HCV NS2全长基因,所测克隆在核苷酸水平和氨基酸水平互不相同。该慢性携带者HCV NS2区序列以完整读码框架（ORF）为主,一个于HCV多聚蛋白第835位氨基酸的位置出现终止信号,而该丙型肝炎患者以NS2N端发现终止信号的序列为主,其中三个于第835位氨基酸的位置出现终止信号,一个于第887位氨基酸的位置出现终止信号,仅一个克隆的序列为完整ORF。对ORF完整的序列进行比较,发现丙型肝炎患者氨基酸变异主要集中于N端,蛋白二级结构模拟显示丙肝患者NS2与慢性携带者的优势二级结构类似,研究表明从我们选择的两种感染者的HCV NS2序列看,不同临床类型的HCV病人体内的HCV准种在NS2区存在差异,这种差异可能与病毒存在于机体的状态一定的一致性。