五氯酚钠降解菌的遗传特性研究

以五氯酚钠为惟一碳源,从五氯酚钠污染区土壤中离出了16株具有降解五氯酚钠能力的细菌。用REP-PCR、AFLP指纹图谱技术研究了其遗传特性。结果显示,供试的16株细菌间以及与参考菌株间遗传特性的差异明显,供试菌株间存在较大的遗传多样性。AFLP和REP-PCR技术均能很好地反映菌株的遗传学差异。     

基于PLFA指纹图谱表征浓香型酒糟醅微生物群落结构

以9株白酒酿造过程中常见的菌株为对象,研究了不同种属菌株的细胞膜特征组分磷酸脂肪酸(PLFA)的特征,以及检出量与菌株生物量之间的关系.结果表明:供试细菌、放线菌、霉菌和酵母菌的PLFA指纹图谱存在显著差异,各菌株的PLFA指纹图谱可作为区别种属的依据.不同供试菌株生物量在一定范围内与检出的总PLFA量或16:0含量呈线性关系.将不同生物量的革兰氏阳性菌G+、革兰氏阴性菌G-和真菌分别加入糟醅后,检出的PLFA相对含量与对照差异显著.基于PLFA的指纹图谱能够定量或半定量地表征糟醅微生物群落结构特征及动态变化.经对多家酿酒企业糟醅PLFA组成的检测及微生物群落结构的剖析,该方法具有普适性.     

不同培养基对SELDI-TO FMS细菌蛋白指纹图谱的影响

目的检测不同培养基对细菌蛋白SELDI-TOF MS指纹图谱的影响。方法 3株参考菌株分别接种在不同培养基中,利用SELDI-TOF MS检测蛋白指纹图谱,分析其异同。结果在所有培养基中参考菌株ATCC 12600、ATCC 25922和ATCC 27853蛋白质谱图恒定表达的蛋白峰个数为11、11、9个,同时菌株在不同培养基中也表达少量其独特的蛋白峰。结论比较不同培养基上生长的同株菌蛋白指纹图谱,显示在不同培养基其细菌特征蛋白恒定表达。     

中国黑木耳主要栽培菌株ISSR指纹分析及SCAR标记

采用ISSR标记技术对来自全国的黑木耳34个主要栽培菌株进行DNA指纹分析,初步构建其标准化DNA指纹图谱;在ISSR指纹分析基础上进行聚类分析,并将黑木耳两个栽培菌株173和186中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR标记.研究表明,我国黑木耳栽培菌株遗传背景差异不大,存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR标记鉴定黑木耳栽培菌株具有重要意义.     

甘薯质体遗传方式的DNA指纹图谱分析

用DNA指纹图谱分析了甘薯(Ipomoea batatas Lam.)徐薯18和AB78-1品系及它们的正反交子代叶绿体DNA,结果显示子代叶绿体DNA指纹均与母本相同,而未发现与父本或双亲相同的指纹图谱,因此在该杂交组合中质体遗传方式为母系遗传.这个结论与先前根据细胞学研究所推测的甘薯质体遗传方式不同,表明旋花科植物可能并不存在一个一致的父系或双亲质体传递模式.DNA指纹图谱分析用于质体遗传的研究尚未见报道,本文对其优越性进行了讨论.     

中国东部栗疫病菌群体的遗传分化*

本实验采用RFLP技术,对中国东部栗疫病菌(Cryphonectria parasitica)进行了群体遗传结构的研究。313个参试菌株来自10个省(市)的16个群体(子群体),样本分布在北纬24°N—41°N。各菌株的DNA分别用限制性内切酶Pst Ⅰ和EcoR Ⅰ酶切,先后以10个低拷贝DNA探针和1个DNA指纹图谱探针进行了杂交和检测。结果表明,两个探针(pCB29和pMS29.1)的杂交图谱呈单态性;探针pCB19的杂交图谱显示,菌株DNA以PstⅠ酶切的为单态性,以EcoR Ⅰ酶切的则呈多态性;其他7个低拷贝探针的杂交图谱都呈多态性(Pst Ⅰ酶切)、指纹图谱探针的检测结果显示,辽宁凤城群体的菌株与中国东部其他群体的菌株相比,具有更多的限制性杂交片段,菌株间的遗传变异性也更大。     

中国东部栗疫病菌群体的遗传分化

本实验采用RFLP技术,对中国东部栗疫病菌(Cryphonectria parasitica)进行了群体遗传结构的研究。313个参试菌株来自10个省(市)的16个群体(子群体),样本分布在北纬24°N—41°N。各菌株的DNA分别用限制性内切酶Pst Ⅰ和EcoR Ⅰ酶切,先后以10个低拷贝DNA探针和1个DNA指纹图谱探针进行了杂交和检测。结果表明,两个探针(pCB29和pMS29.1)的杂交图谱呈单态性;探针pCB19的杂交图谱显示,菌株DNA以PstⅠ酶切的为单态性,以EcoR Ⅰ酶切的则呈多态性;其他7个低拷贝探针的杂交图谱都呈多态性(Pst Ⅰ酶切)、指纹图谱探针的检测结果显示,辽宁凤城群体的菌株与中国东部其他群体的菌株相比,具有更多的限制性杂交片段,菌株间的遗传变异性也更大。     

BOX-PCR技术在微生物多样性研究中的应用

近年来在微生物多样性研究中,利用微生物基因组中广泛分布的短重复序列设计引物,选择性地扩增重复序列之间的不同基因区域,以得到大小不等的DNA扩增片段的方法日渐增多.以BOX插入因子(细菌基因组重复序列)为基础的PCR技术,具有操作简单快捷,可重复性强,容易获得较为丰富的扩增条带等特点,最初主要应用于细菌的多样性研究.目前研究发现用BoxA1R引物对微生物中的真菌、放线菌进行选择性的扩增,也能够达到很好的遗传及多样性分析的目的.本文综述了BOX-PCR指纹图谱分析技术的特点和一般步骤;结合作者对植物内生细菌的BOX-PCR指纹图谱分析体系的优化,对BOX-PCR技术的改进进行了总结:并对该技术在微生物菌株多样性研究领域的应用现状和前景进行了阐述.     

药用植物内生芽孢杆菌的多样性和系统发育研究

[目的]了解药用植物内生芽孢杆菌的生物多样性.[方法]采用数值分类、16S rDNA PCR RFLP、BOX-PCR指纹图谱和16S rDNA序列分析技术对分离于几种药用植物的内生芽孢杆菌和已知参比菌株进行表型、遗传多样性及系统发育研究.[结果]供试菌株在数值分类聚类分析中在84%的相似水平上产生13个表观群.16S rDNAPCR-RFLP分析表明供试菌株表现出丰富的遗传多样性.BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明药用植物的内生芽孢杆菌的基因组也具有多样性,聚群的结果与数值分类有较好一致性.用软件在Genbank中进行所得序列的同源性检索,并构建系统发育树.由16S rDNA序列分析可知,供试的代表菌株SCAU11与球形芽孢杆菌(Bacillus sphaericus)亲缘关系最近,SCAU78和SCAU25为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)的两个亚种,代表菌株SCAU39与巨大芽孢杆菌(Bacillus megaterium)的亲缘关系最近.[结论]研究结果表明药用植物内生芽孢杆菌具有明显的表型和遗传多样性.     

中国黑木耳主要栽培菌株ISSR指纹分析及SCAR标记

采用ISSR标记技术对来自全国的黑木耳34个主要栽培菌株进行DNA指纹分析,初步构建其标准化DNA指纹图谱;在ISSR指纹分析基础上进行聚类分析,并将黑木耳两个栽培菌株173和186中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR标记。研究表明,我国黑木耳栽培菌株遗传背景差异不大,存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR标记鉴定黑木耳栽培菌株具有重要意义。     

中国黑木耳主要栽培菌株ISSR指纹分析及SCAR标记

采用ISSR标记技术对来自全国的黑木耳34个主要栽培菌株进行DNA指纹分析,初步构建其标准化DNA 指纹图谱;在ISSR指纹分析基础上进行聚类分析,并将黑木耳两个栽培菌株173和186中扩增获得的ISSR特异性DNA带转化为可以直接用于菌株快速鉴定的SCAR标记。研究表明,我国黑木耳栽培菌株遗传背景差异不大,存在同物异名现象,而采用ISSR指纹及其SCAR标记鉴定黑木耳栽培菌株具有重要意义。     

水生实验动物剑尾鱼的DNA指纹图谱构建

目的剑尾鱼是由原良种委员会审定并由农业部公布的水生实验动物,在遗传学研究、水环境污染监测、细菌性疾病研究方面显示出较好的应用前景。为了对剑尾鱼选育系进行种质资源监测、区分选育系与非选育以及鉴定近交系纯度,本研究采用微卫星DNA进行水生实验动物剑尾鱼的指纹图谱构建。方法根据相关报道设计合成了50对微卫星引物,对几个剑尾鱼品系的种质资源进行检测,筛选品系间差异性引物;确立剑尾鱼核心引物,用EXCEL散点图绘制DNA指纹图谱模式图;并将数字化指纹数据输入珠江水产研究所鱼类种质鉴定软件V1.0,形成剑尾鱼标准化指纹图谱鉴定数据库。结果共获得剑尾鱼品系间特异标记5个可用于剑尾鱼近交系鉴定,确立46个微卫星标记为核心引物,构建剑尾鱼选育系RR-B系、RW-H系和非选育的野生品种的DNA指纹图谱。结论本研究筛选出的微卫星标记与构建的指纹图谱,可用于剑尾鱼3个品种间的品种鉴定、纯度检测及遗传监测。     

幽门螺杆菌的分子指纹法研究进展

分子指纹法包括：细菌全细胞蛋白ＳＤＳ－ＰＡＧＥ图谱分析法,染色体ＤＮＡ限制酶酶切图谱分析法,ｒＲＮＡ基因限制酶酶切图谱分析法。分子指纹法能敏感表达幽门螺杆菌（ＨＰ）基因变异,从菌株水平准确鉴定ＨＰ,并应用于ＨＰ感染复发,耐药性,致病机理和分子流行病学等重要问题的研究中。     

DNA指纹图谱在乳酸菌分类鉴定中的应用

目的 探讨DNA指纹图谱在乳酸菌分类鉴定中的应用。方法 选用S23随机引物,对乳酸菌基因组DNA进行RAPD随机扩增,获得能够区分不同菌株的DNA指纹图谱,依据图谱DNA条带的多态性,对10株乳酸菌菌株进行分类与鉴定。结果 实验室保藏菌株LAP2、LAT、LAM、LAC和LAO之间的基因组DNA相似性达80%,亲缘关系最为相近,而LAB菌株与所有菌株的亲缘关系最远。结论 DNA指纹图谱技术与常规方法结合使用,将使乳酸菌的分类、鉴定更为准确、便捷。     

不同生境中沼泽红假单胞菌基因型多样性分析

沼泽红假单胞菌(Rhodopseudomonas palustris,R.palustris)是一种分布广泛的紫色非硫细菌,代谢方式的多样性赋予了它们重要的生态学意义和应用价值。从湖泊、池塘和河流的11个底泥样品中富集培养紫色非硫细菌,利用基于pufM基因的PCR-DGGE技术鉴定为R.palustris,再利用rep-PCR技术进行基因型指纹图谱分析。结果发现相近生境,即湖泊中的菌株基因型相似度较高,80%,而差异越大的生境中菌株基因型指纹图谱差异也越大。这种基因型差异性分析不仅可以帮助研究者更全面地了解不同环境中R.palustris基因型多样性,也为进一步揭示其生态学意义和进化过程提供基础。     

细菌基因组重复序列PCR技术及其应用

细菌中散在分布的DNA重复序列近年来不断被报道,基因外重复回文序列和肠细菌基因间共有重复序列是两个典型的原核细胞基因组散在重复序列。重复序列在染色体上的分布和拷贝数具种间特异性,用它们的互补序列作为引物,以细菌基因组DNA为模板进行PCR扩增反应,反应产物的琼脂糖电泳可以提供非常清晰的DNA指纹图谱,使用此图谱既可对各种微生物进行快速分型及鉴定,又可对它们进行DNA水平上的遗传多样性分析。细菌基因组重复序列PCR技术具有简捷、快速、结果稳定等特点,可对细菌进行分子标记,用于菌株分型、分类鉴定和亲缘关系等方面的研究。     

临床常见葡萄球菌蛋白指纹图谱的建立

目的 建立临床常见三种葡萄球菌的蛋白指纹图谱,为其快速诊断奠定基础.方法 收集临床常见葡萄球菌包括金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌及溶血性葡萄球菌,利用16S rDNA测序技术对其进行鉴定;表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF MS)技术检测其蛋白表达,采用Ciphergen Protein chip软件自动采集数据.评价该检测方法的重复性及细菌蛋白表达的稳定性.结果 在分子量3000 ～20000 Da范围内,3种葡萄球菌有各自特异的蛋白指纹图谱;SELDI-TOF MS检测细菌蛋白的孔间重复性和芯片间重复性好,同一株细菌4次重复的蛋白指纹图谱相似;同种细菌不同株之间蛋白指纹图谱表达稳定,共有蛋白峰分子量变异系数≤0.5％.结论 在分子量3000 ～20000 Da范围内,各细菌蛋白指纹图谱差异明显,为细菌的快速鉴定提供了新方法.     

甘薯质体遗传方式的DNA指纹图谱分析

用DNA指纹图谱分析了甘薯（Ipomoea batatasLam.)徐薯18和AB78-1品系及它们的正反交子代叶绿体DNA,结果显示子代叶绿体DNA指纹均与母本相同,而未发现与父本或双亲相同的指纹图谱,因此在该杂交组合中质体遗传方式为母系遗传,这个结论与先前根据细胞学研究所推测的甘薯质体遗传试不同。表明旋花科植物可能并不存在一个一致的父系或双亲质体传递模式。DNA指纹图谱分析用于质体遗传的研究尚未见报道,本文对其优越性进行了讨论。     

HPLC指纹图谱技术在灵芝组织分离试验中的应用

利用HPLC指纹图谱技术研究从同一灵芝子实体不同部位组织分离获得的菌株三萜化合物的差异。用常规组织分离方法获得不同菌株,在A、B、C、D四种培养基上进行出菇试验,运用HPLC指纹图谱技术获得各子实体三萜提取物HPLC指纹图谱,计算图谱间的相似度,分析三萜指纹的差异。结果表明,从子实体不同部位分离获得的四个菌株在同一培养基相同条件下培养获得的灵芝子实体的三萜指纹图谱相似度均大于0．99;同一部位分离获得的菌株在不同培养基相同培养条件下获得的子实体,其粗三萜HPLC图谱相似度均大于0．96;不同的组织分离部位和不同的培养基对灵芝菌株三萜指纹图谱的影响均不显著。18号菌株在C培养基上培养获得的子实体三萜含量最高,上层菌肉为最优组织分离部位,C培养基为最优培养基。灵芝的三萜组成不受生长环境的影响,而生长环境会对其三萜化合物含量产生一定的影响。本文首次应用HPLC指纹图谱方法对灵芝组织分离获得的菌株的差异性进行了研究。     

白黄侧耳Pleurotus cornucopiae微卫星间区(ISSR)分析

本试验对我国1982年至2004年22年间栽培的白黄侧耳Pleurotus cornucopiae 30个菌株进行了锚定ISSR分析,试验表明,引物P4和P5都能对白黄侧耳P.cornucopiae进行多态性扩增,P4将供试菌株扩增出45个条带,大小在200～20000bp,P5将供试菌株扩增出39个条带,大小在500～15000bp,扩增出的条带100%具多态性。聚类分析在遗传相似性61%的水平下将30个供试菌株划分为15个类群,即15个具一定遗传差异的菌株;具有相同ISSR图谱、遗传相似性程度100%的可能为同一菌株,属于同物异名。试验表明我国的食用蕈菌野生环境面临人工栽培种质的污染,采自河北、山东、云南自然环境下的白黄侧耳P.cornucopiae与此前大量栽培的一些商业品种具完全相同的ISSR指纹图谱,聚类分析相似性系数100%。