革兰氏阳性细菌分类研究概况

细菌分类学既是一门基础学科,又是综合性学科。它的任务是在全面了解细菌生物学特性的基础上,研究细菌的种类,探求其起源、演化与其它类群生物及其内部各类群间的亲缘关系,从而提出反映自然发展的分类系统,并将细菌加以分门别类。细菌分类学发展较晚,开始也是以外部形态为分类依据,以后逐渐采用一般生理生化特征,但是,依此所建立的分类系统仍摆脱不了人为因素。近二十年来,     

定向进化同源基因在细菌系统进化研究中的应用

１　细菌系统进化及分类研究的发展──从表型到基因型 近年来,随着分子生物学理论和技术的发展,细菌系统进化及分类研究有了长足的进步。过去,判断某一群细菌的分类地位,往往仅利用其表观特征,如细菌形态、菌落形态、生理特征、细胞组份等。随着分子生物学研究的深入,基因型特征成为细菌系统进化及分类研究的主要依据。常用的基因型特征包括：ＤＮＡ Ｇ＋Ｃｍｏｌ％、ＤＮＡ－ＤＮＡ相关性分析、ＤＮＡ指纹分析及ｒＲＮＡ同源性分析等。值得一提的是,Ｗｏｅｓｅ通过对各类生物ｒＲＮＡ序列进行分析,认为ｓｓｕ ｒＲＮＡ（１６Ｓ或…     

陕西定边盐湖嗜盐菌A393的分离及其种属鉴定

采用高盐选择性培养基和稀释平板法,从陕西定边盐湖土壤样本中,分离筛选获得嗜盐菌株A393,通过形态学观察、生理生化特征和系统发育学16S rDNA序列分析鉴定嗜盐菌株A393分类学地位。获得的A393最适生产盐浓度在8%～20%。表型特征和16S rDNA序列分析结果初步鉴定其为中度嗜盐菌,属于海球菌属(Marinococcus sp.)菌株。     

细菌比较基因组学和进化基因组学

通过比较不同细菌基因组间差异性与相似性,进而深入研究其分子机理,最终与其表型特征联系起来,是为比较基因组学;不同细菌经过长期进化,其基因组在结构与功能上存在着明显的分化,并构成表型进化的遗传基础,大量细菌全基因组测序的完成,细菌进化基因组学应运而生;以比较基因组学为研究手段,细菌进化基因组学可从基因组水平深入认识物种分化、生境适应、毒力进化、耐药性产生蔓延等表型进化过程。     

生物造粒流化床污水处理反应器的微生物多样性

为了研究生物造粒流化床污水处理反应器颗粒污泥的微生物种群多样性,分别从生物造粒流化床10、60和110cm处取颗粒污泥,通过细胞裂解直接提取颗粒污泥细菌基因组DNA,PCR扩增后经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离,获得微生物群落的DNA特征指纹图谱,对特征条带进行序列测定及序列同源性分析。16S rRNA序列分析表明,获得的18个OTUs均属于细菌域,其中61%属于变形菌,17%属于放线菌,11%属于低G C革兰氏阳性菌,11%属于其它未知细菌。     

铜绿假单胞菌二鸟苷酸环化酶SiaD突变体的功能研究

【目的】铜绿假单胞菌(Pseudomonas aerugionsa)二鸟苷酸环化酶SiaD调控着铜绿假单胞菌的生物被膜形成等表型。在研究过表达siaD对生物被膜的调控作用时发现,与野生型siaD基因回补菌株相比,一株回补菌株的生物被膜产量显著升高。本文的目的即是探究该菌株生物被膜产量升高的原因,并对该菌株的其他表型进行研究。【方法】通过测序确定突变位点;利用生物被膜定性和定量实验对发生点突变的菌株表型进行分析;利用Western blotting实验检测SiaD^R119M蛋白表达水平;利用GST-pulldown实验检测SiaC蛋白与SiaD^R119M蛋白在体外的结合能力;针对siaD^R119M点突变基因进行融合蛋白表达载体的构建,表达并纯化该蛋白,利用高效液相色谱检测SiaD^R119M的酶活;为了进一步研究c-di-GMP与细菌运动能力的关系,对细菌的运动能力进行检测。【结果】测序比对结果显示,序列的第119个氨基酸发生了突变,由精氨酸突变成了甲硫氨酸。生物被膜定性和定量实验显示,与野生型siaD...     

黑蜈蚣叶属(蜈蚣衣科)地衣一新种

该文基于形态学、解剖学、化学及分子系统学的方法,对采自中国泰山的黑蜈蚣叶属地衣进行了分类学研究,发现了1新种,即泰山黑蜈蚣叶(Phaeophyscia taishanensis)。该新种的主要特征为地衣体上表面末端具稀疏的皮层毛;髓层白色;下表面黑色,裂片末端处呈灰白色或浅褐色;盘托上部偶有白色或浅色的皮层毛,常常稀疏可数;子囊孢子褐色,厚壁,Physcia型,孢子大小为(18.0～20.5)μm×(9.0～10.0)μm。该文还基于表型特征讨论了新种与相似种的异同,并基于分子数据以ITS序列构建最大似然系统发育树且进行了序列分析,同时提供了详细的形态学描述及特征图片。该新种的发现为蜈蚣衣科地衣生物多样性研究积累了基础资料。     

纤溶酶产生菌—藤黄微球菌的筛选、鉴定及纤溶酶基因的克隆

通过血粉培养基富集、纤维蛋白培养基筛选,从自然环境中分离到一株纤溶酶产生菌,命名为ML909.利用传统细菌分类鉴定方法对其形态和生理生化特征进行了研究,发现其与藤黄微球菌的特征相符,16S rDNA序列分析的结果也表明它与藤黄微球菌的16S rDNA序列的同源性高达99%,因此该茵在系统分类学上属于微球茵属(Micrococcus Cohn)藤黄微球菌(Micrococcus luteus).通过PCR方法对其纤溶酶的编码区序列进行了克隆和序列分析,基因登录GenBank,登录号为EU232121.     

细菌分类学中日益重要的DNA体外杂交方法

由于微生物分类学中日益广泛应用分子生物学和遗传学成就,例如DNA中G C克分子%、核甙酸序列的相似性和基因组大小等,使人们对微生物的认识从表型相似性逐步深入到遗传本质的相关性,从而探索其间的亲缘关系。DNA链由腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)四种碱基和脱氧核糖及磷酸相连而成,其中碱基的组成和排列直接关系着决定性状的“遗传密码”。因此,这些测定项目是本质性的。从最近的     

对ERP非专业成员有用的遗传术语词汇表（5）

基因敲入 一种特定的DNA序列被其他序列替代或在它的基因组特异位点插入了附加序列的动物。 基因敲除 通过修饰动物某一特定基因序列而阻止该基因表达。表型动物的表现特征（在特定的环境中）。 无特定病原体（SPF） 是指没特定病原体如病毒、细菌、寄生虫等的特定健康动物。     

一种利用通用图像处理软件提高黑白生物特征图质量的方法

生物分类学工作者发表分类学文章常常需要制作和处理黑白生物特征图.本文利用通用图像处理软件Photoshop和Ilhustrator的不同功能特点,结合扫描仪、数位板等电脑外设,总结了一套专门适用生物分类特征草图覆墨的操作方法.方法包括草图输入、绘制墨线路径、覆墨、绘制阴影、排版输出等步骤.     

分支系统学评述

本文论述了分支分类学说的主要内容及有关问题。全文包括7方面的内容：(1)分支分类学说 的哲学原理为波普尔的证伪主义科学哲学;(2)分支分析的三个基本原则是近裔共性原则、严格单系 原则及简约性原则;(3)分支分析的工作步骤包括：单系类群的确立、性状分析、分支分析运算、分支图与分类系统的建立及分支图与性状再分析;(4)本文讨论厂分支分类学派、表型分类学派与演化 分类学派;(5)由于板块构造理论及分支分析的兴起,生物地理学发生了重大变化,出现了传统的演化生物地理学、系统发育生物地理学及替代生物地理学争鸣的局面;(6)由于杂交导致性状矛盾,因 此可以由分支分析识别杂种;(7)由科学理论的三条标准来看,分支系统学属于严格意义的科学理论。     

放线菌的分子分类

在放线菌分类学研究中,最初是根据形态特征、生理生化特征等表观分类学特征进行研究。随着分子生物学的飞速发展,放线菌的分类鉴定亦从传统的表型分类进入到各种基因型分类水平。分子分类在放线菌分类研究中起到越来越重要的作用,目前放线菌的分子分类研究主要包括:G Cmol%测定、DNA杂交、核酸结构分析以及DNA指纹图谱分析等方面。     

子囊菌石耳目同源生物系统学

生物系统学亦即演化生物学或生物分类学,其目的在于为人类可持续发展中的生物资源研发提供生物信息。以单基因和多基因片段为基础的系统树分析难以获得同一祖先后代的单系类群。同源生物系统学是以共同祖先遗传的基因型和表型为基础进行的分析,是探明单系类群的最佳途径。同源性分析结果表明,石耳亚纲具有一条同源序列S及6种彼此相近的子囊顶器结构,其中包括石耳目以及未定位的5个属。石耳目包括一条同源序列O及石耳型子囊顶器结构。石耳科具有一条同源序列F及脐叶型地衣体。其中疱脐衣属具有一条同源序列L及疱状脐叶体与单孢子囊,石耳属具有一条同源序列U与非疱状脐叶体和八孢子囊。边缘种宾州疱脐衣除具有疱脐衣属同源序列L及疱状脐叶体内含单孢子囊以外,还兼具石耳属同源序列U以及疱狀脐叶体下表偶见气生根;而边缘种卡罗里石耳除具有石耳属同源序列U及非疱状脐叶体内含八孢子囊以外,还兼具疱脐衣属同源序列L以及疱脐衣属特有的砖壁型子囊孢子。     

趋磁性细菌的研究进展

自1975年Blakemore’‘’偶尔发现自然界中存在一类奇特的微生物一一趋磁性细菌以来,生物磁学的研究翻开了新的一页。趋磁性细菌（MagnetotacticBacterium）是一类对磁场具有趋向性反应的细菌总称,不是分类学的单位p’。在前对年中,磁细菌的研究取得了较大的进展。l趋磁性细     

用DNA探针检定细菌

<正> 在现代细菌分类学中,作为比较菌种间类似性的最终手段,极其重视比较其全染色体DNA的碱基序列。如果菌株间有70％以上的碱基序列相同,则为同一菌种,否则,就是相异菌种。尽管是比较全染色体碱基序列的相同性,但并不是直接比较决定DNA的碱基配对,而是测定某种细菌的两条DNA链中的一条链,与另一种细菌的一条DNA链反应时,用多大比例才能形成双链DNA,进而推测其相同性。     

不同居群野生早樱形态变异研究

利用数量分类学手段对福建武夷山和江苏宝华山不同居群野生早樱形态特征进行了比较研究。通过对2大居群24项形态指标的分析,不论是聚类分析还是主成分分析,2大居群的各个个体均归并为2类,自然体现出不同居群野生早樱表型特征的较大差异。主成分分析显示,叶部特征的长度、宽度、叶基夹角等,以及花部特征的花萼筒、花冠幅、花序总梗等是造成不同居群野生早樱表型差异的主要因素,单因素方差分析也印证了这一结论。最后,建议在分类学关系上将福建武夷山野生早樱做为大叶早樱新变种处理。     

国外粘菌开发利用研究进展

粘菌是真核生物,它是兼有真菌和原生动物特征的一类生物,由于它在生物系统中占有特殊地位,因而有关粘菌的生态学、分类学等历来都被中外研究者所重视,１９９６年哈罗德（Ｈａｒｏｌｄ）等人合编的《世界粘菌学家词典》（ＷｏｒｌｄＤｉｒｅｃｔｏｒｙｏｆＭｙｘｏｍｙ...     

基因组分析方法在微生物分类学中的应用

细菌分类学始于19世纪后半叶,当时主要是以表型标记和生理生化特性为基础的简单分类,之后DNA-DNA分子杂交、16S rRNA基因序列分析方法的出现给微生物分类带来了极大的便利。尽管如此,这些分类学方法仍然存在一些局限性,而基因组时代的到来,为微生物分类带来了新思路。本文主要介绍了5种基于全基因组数据的微生物分类方法,包括平均核苷酸同源性分析、核心基因组分析、最大唯一匹配指数分析、K串组分矢量法和基因流动性分析,并论述了这些方法在微生物分类学中的应用。     

一株新分离巴氏杆菌的初步鉴定

对清洁级昆明小鼠常规监测中分离的一株可疑嗜肺巴氏杆菌进行了有关遗传学和生物表型特征的检定。该菌形态学及一般培养特性与嗜肺巴氏杆菌相似 ,与嗜肺巴氏杆菌参考血清发生凝集反应 ,生化试验不符合嗜肺巴氏杆菌典型特征 ,染色体DNA的G -Cmol%测定不能排除巴斯德氏菌属细菌的可能 ,进一步生化检定不符合国外报道的嗜肺巴氏杆菌Jawetz和Hey 1 .2个生物型 ,但与国外报道的Pasteurella .sp组细菌相似。