综合养殖池塘中三角帆蚌和鱼类肠道细菌的组成

采用 PCR-DGGE (PCR-denaturing gradient gel electrophoresis)方法研究了综合养殖池塘中三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)、草鱼(Ctenopharyngodon idella)、鳊(Parabramis pekinensis)、银鲫(Carassius auratus gibelio)、青鱼(Mylopharyngodon piceus)和鳙(Aristichthys nobilis)的肠道细菌组成,并分析了水体中的浮游细菌对鱼、蚌肠道细菌的影响。研究结果表明,三角帆蚌和混养鱼类肠道细菌属于厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、蓝细菌(Cyanobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)。其中,三角帆蚌肠道优势菌群为不动杆菌属(Acinetobacter)、志贺氏菌属(Shigella)和分枝杆菌属(Mycobacterium),草鱼肠道优势菌群为梭菌属(Clostridium),鳊肠道优势菌群为梭菌属和假单胞菌属(Pseudomonas),银鲫肠道优势菌群为不动杆菌属和志贺氏菌属,青鱼肠道优势菌群为梭菌属和不动杆菌属,鳙肠道优势菌群为不动杆菌属和弧菌属(Vibrio)。三角帆蚌与银鲫肠道细菌谱带相似性较高,草鱼与鳊肠道细菌谱带相似性较高,表明鱼类肠道细菌组成特点与食性存在一定的关系。水体浮游细菌优势菌群为类芽孢杆菌属(Paenibacillus)。三角帆蚌及鱼类肠道细菌群落与水体浮游细菌群落组成相似性较低,表明水体浮游细菌对三角帆蚌和鱼类肠道细菌优势菌群的影响有限。     

美洲大蠊(Periplaneta americana)肠道微生物多样性分析

【目的】分析美洲大蠊(Periplaneta americana)肠道微生物群落的组成。【方法】以美洲大蠊肠道微生物基因组为模板,Bact-27F和Univ-1492R为引物,PCR扩增16S rRNA基因,连接pGEM-T载体,构建肠道微生物16S rRNA基因文库,并对肠道微生物的组成及多样性进行分析。【结果】美洲大蠊肠道微生物主要包括变形杆菌门(Proteobacteria,66.4%),拟杆菌门(Bacteroidetes,17.8%),厚壁菌门(Firmicutes,14.5%),梭杆菌门(Fusobacteria,0.6%),以及未分类微生物(unclassified bacteria,0.6%)。系统发育分析显示,15%的美洲大蠊肠道微生物16S rRNA基因序列与亲缘关系较近的杂食蟑螂肠道微生物的16S rRNA基因序列聚于一支;59%的美洲大蠊肠道微生物16S rRNA基因序列与不同食性动物肠道微生物的16S rRNA基因序列聚于一支。另一方面,18%的美洲大蠊肠道微生物16S rRNA基因序列与潜在的微生物致病菌一致性高于99%,说明美洲大蠊是一类潜在的致病菌携带者。【结论】美洲大蠊肠道微生物群落组成多样,宿主系统进化以及杂食性生活方式对其肠道微生物的组成有较大影响。     

圈养食叶猴的肠道菌群特征

目的 充分认识圈养食叶猴的肠道菌群组成特征,为饲养管理方法的改进提供参考依据。方法 通过MiSeq高通量测序平台对3个物种的19个个体[黑叶猴(n=5)、川金丝猴(n=9)和西非黑白疣猴(n=5)]的肠道菌群16S rRNA V4-V5区进行测序和分析。结果 食叶猴肠道菌群以厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门,瘤胃菌科、普氏菌科、理研菌科和毛螺菌科为优势菌科,普氏菌属、密螺旋体属和瘤胃球菌属为优势菌属;食叶猴物种间肠道菌群组成存在显著差异,肠道菌群按照宿主物种聚类,而不受环境因素的影响。结论 宿主物种是决定肠道微生物组成的重要因素,食叶猴肠道菌群特征反映了宿主对其食性的适应。     

光唇鱼仔稚幼鱼肠道菌群与养殖水体细菌群落的相关性

采用16S rRNA高通量测序,系统研究了光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)仔鱼、稚鱼和幼鱼肠道菌群组成及与同时期养殖水体细菌群落的相关性。研究结果表明,光唇鱼仔鱼、稚鱼和幼鱼的肠道菌群中Chao1指数和Shannon指数均没有显著变化(P>0.05);而随着光唇鱼幼体的发育,养殖水体中Chao1指数和Shannon指数呈现显著下降趋势(P<0.05)。光唇鱼仔鱼和稚鱼肠道菌群中的优势菌门由变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes)组成,而同时期养殖水体中优势菌门为变形菌门;光唇鱼幼鱼肠道菌群中的优势菌门为梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门,同时期养殖水体中优势菌门由变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门组成。线性回归分析结果显示,随光唇鱼幼体发育,在光唇鱼肠道菌群中变形菌门、厚壁菌门和梭杆菌门相对丰度的时序变化趋势与其在养殖水体中相同。在属水平上,光唇鱼仔鱼、稚鱼肠道菌群中优势菌属均为醋酸杆菌属(Acetobacter),而幼鱼肠道菌群中优势菌属为鲸杆菌属(Cetobacte...     

基于16S rRNA基因扩增子测序分析日本囊对虾肠道菌群结构与功能的特征

【背景】肠道菌群在对虾的生理活动中起关键作用。日本囊对虾是我国海水养殖虾类中的主要品种之一,迄今为止有关其肠道菌群结构与功能的研究还鲜有报道。【目的】利用高通量测序技术探究日本囊对虾肠道菌群的组成结构与功能作用,揭示虾体肠道菌群与外源菌群结构间的相关性。【方法】60 d的养殖周期结束后,分别采集日本囊对虾肠道样品(归为虾肠组,n=3)、养殖水体样品(归为水体组,n=3)和对虾饲料样品(归为饲料组,n=3),提取各样品总DNA进行16SrRNA基因扩增子测序,基于生物信息学方法分析与比较样品间的菌群结构特征,并使用PICRUSt软件预测日本囊对虾肠道菌群功能。【结果】3组样品测序共获得822 713条有效序列,抽平处理后可聚类为3 416个OTU。虾肠组样品中有28.49%、59.30%的OTU可以依次在水体组、饲料组样品中检测到。门水平上,虾肠组样品中的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和梭杆菌门(Fusobacteria)。水体组、饲料组与虾肠组样品中的优势菌门结构不尽相同,但均由变形菌门和拟杆菌门组成。属水平上,虾肠组样品中的优势菌属包括弧菌属(Vibrio)、另类弧菌属(Aliivibrio)、假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假黄棕杆菌属(Pseudofulvibacter)、科尔韦尔氏菌属(Colwellia)、小纺锤状菌属(Fusibacter)、发光杆菌属(Photobacterium)、脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter)以及弓形杆菌属(Arcobacter)。水体组和饲料组中检出的核心菌属结构与虾肠组相比有明显差异,其中海命菌属(Marivita)和假单胞菌属(Pseudomonas)分别为养殖水体及对虾饲料样品中的最优势菌属。PICRUSt预测结果显示,日本囊对虾肠道菌群的基因功能主要与新陈代谢类功能有关,包含氨基酸代谢、碳水化合物代谢与能量代谢等。【结论】日本囊对虾肠道菌群与其他种类对虾肠道菌群的结构间存在共性,其形成在一定程度上受到了外源菌群的干预,并在虾体的日常代谢活动中发挥了一定的作用。     

不同性别和生长阶段对克氏原螯虾肠道菌群多样性的影响

为研究性别和生长阶段对克氏原螯虾(Procambarus clarkii)肠道菌群的影响,实验对来自虾塘的雌雄成虾肠道样品及来自实验室养殖的幼虾和成虾的肠道样品进行了16S rRNA高通量测序分析。结果表明,不同性别间克氏原螯虾肠道菌群的多样性和功能均没有显著性差异(独立样本t检验:P>0.05),其优势菌群在门水平上均包括厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)等;属水平上包括拟杆菌属(Bacteroidia)、希瓦氏菌属(Shewanella)、梭菌属(Clostridium)和柠檬酸杆菌属(Citrobacter)等;但各优势菌群在个体间的丰度差异较大,且在成虾阶段趋于保守,属肠道常驻菌群。幼虾肠道菌群的Alpha多样性显著高于成虾(独立样本t检验:P<0.05)。在门水平上,优势菌群较为一致,包括变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和放线菌门(Actinobacteria)。成虾厚壁菌门与拟杆菌门的比例高于幼虾,表明成虾分解食物和吸收营养的潜力更强。在属水平上,成虾和幼虾肠道中均存在大量的黄杆菌属(F...     

我国家居蜚蠊细菌的研究

从我国不同地区的147头家居蜚蠊中分离获得562株细菌分属于13个属,其优势菌群属于埃希氏菌属、芽抱杆菌属、短杆菌属共422株菌,占总菌数的75．09％;其次为沙雷氏菌属、假单胞菌属共85株,占总数的15．12％;其他8个属仅43株菌,占总数的9．25％。比较了德国小蠊、美洲大蠊和黑胸大蠊及它们的体表、体腔、中肠和粪便所携带的细菌类群和数量,其结果有很大差异。该文讨论了蜚蠊细菌与人类疾病之间的关系。     

基于16S rRNA基因高通量测序的 太原地区健康成年人肠道菌群结构分析

目的探讨太原地区健康成年人的肠道菌群结构及多样性。方法采集太原地区20份健康成年人的粪便样本,提取DNA、构建菌群16S rRNA基因克隆文库、高通量测序并进行生物信息学分析。结果测序获得优质序列1 383 680条,平均序列为69 184条±551条,归类于455个OTUs;所有样本共含有10个菌门,101个菌属,141种菌;其中核心菌门3个,依次为拟杆菌门(63.13%)、厚壁菌门(31.14%)和变形菌门(5.10%),占所有样本微生物总量的99.37%;丰度最高的前10个菌属依次为拟杆菌属(43.34%)、普氏菌属(15.51%)、栖粪杆菌属(4.92%)、罗氏菌属(4.73%)、毛螺菌属(3.27%)、萨特菌属(2.50%)、粪球菌属(2.38%)、布劳特菌属(2.31%)、瘤胃球菌属(2.18%)和副杆状菌属(1.61%),占样本微生物总量的82.75%,未分类的菌属占6.84%。结论健康成年人肠道微生物群落复杂,但主要菌群相对稳定,为进一步研究人体肠道菌群结构与功能提供了参考依据。     

高通量测序方法分析两种草食性淡水螺肠道菌群多样性

淡水螺是水生态系统中重要的生物类群，也是多种寄生虫的中间宿主。肠道菌群在动物能量代谢和抵抗病原体方面起着重要作用。本文分析了耳萝卜螺Radix auricularia和三旋卷丽螺Planorbella trivolvis肠道菌群的多样性。结果表明：在门水平上，耳萝卜螺有23个菌门，以变形菌门 (Proteobacteria，33.63%)、蓝细菌门(Cyanobateria，15.33%)、绿弯菌门 (Chloroflexi，13.95%) 和放线菌门 (Actinobacteria，12.99%)为主；三旋卷丽螺有13个菌门，以变形菌门 (54.88%)、拟杆菌门 (Bacteroidetes，28.49%) 和放线菌门 (7.65％) 为主。属水平上，耳萝卜螺有厚皮藻属Pleurocapsa、硫网菌属Thiodictyon、纤毛菌属Leptotrichia及类诺卡氏菌属Nocardioides等445个属；三旋卷丽螺有Cloacibacterium、OM60NOR5_clade、假单胞菌属Pseudomonas及红杆菌属Rhodobacter等238个属。有93个菌属为两种螺的共有核心菌群 (所有样本中都存在)，其中27个菌属丰度大于0.5%。两种螺肠道菌群结构差异显著 (P=0.027)。PICRUSt功能预测分析表明，两种螺肠道菌群KEGG功能组成相似，氨基酸代谢、碳水化合物代谢及膜转运丰度较大。综上，两种草食性淡水螺肠道菌群多样性较高且差异显著，但有数量较多的共有核心菌群。     

三种跳虫肠道菌群的多样性分析及功能预测

【目的】跳虫在土壤生态系统中发挥着重要的作用。本研究旨在调查Sinella(Coecobrya)oligoseta,Proisotoma minuta和Tomocerus missus 3种跳虫肠道菌群的结构和多样性以及潜在功能。【方法】采用16S rDNA扩增子测序法对以上3种跳虫成虫肠道内容物中的菌群进行分析和比较;应用Tax4Fun法对其肠道菌群基因进行功能预测。【结果】3种跳虫中成虫肠道菌群多样性最高的是T.missus,最低的是S.(C.)oligoseta。在门水平上3种跳虫成虫肠道中最主要的菌群均为变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),放线菌门(Actinobacteria)也具有较高的丰度;在属水平上S.(C.)oligoseta肠道中假单胞菌属Pseudomonas的丰度(16.21%)明显高于P.minuta和T.missus肠道中的丰度(分别为0.87%和1.37%);P.minuta肠道中弧菌属Vibrio的丰度(25.81%)明显高于S.(C.)oligoseta和T.missus肠道中的丰度(分别为3.35%和0.004%)。另外,KEGG pathway注释预测出3种跳虫成虫肠道菌群基因功能涉及碳水化合物和氨基酸代谢、传染性疾病和耐药性。【结论】S.(C.)oligoseta,P.minuta和T.missus这3种跳虫肠道菌群在门水平上的核心菌群相同,而在属水平上的优势菌属丰度存在较大差异,其影响因素应该包括物种自身遗传特点及栖息地环境中微生物种类和数量的不同。在这3种跳虫肠道内发现放线菌,有利于新型放线菌的开发及其代谢产物的利用,并且它们的肠道内很可能存在耐药性和致病性菌株,这为跳虫肠道菌群的功能研究指引了新方向。     

黎族人肠道微生物群落结构特征及其与饮食关联性

【目的】对采集自海南省白沙地区的黎族健康志愿者肠道菌群进行研究,旨在揭示黎族人肠道微生物群落结构特征及其与饮食的相关性。【方法】以海南省白沙黎族自治县征集的22名志愿者晨便为研究对象,应用基于16S r RNA基因V3–V4可变区的高通量测序技术测定其肠道菌群组成,并与其他民族肠道菌群进行比较分析,详细记录黎族22名志愿者的营养物质摄入情况,探索其肠道微生物群落结构特征及其与饮食的相关性。【结果】在门水平上,拟杆菌门(Bacteroidetes,58.96%)和硬壁菌门(Firmicutes,37.77%)在黎族志愿者肠道内含量最高;在属的水平上,普氏菌属(Prevotella,49.38%)在黎族健康志愿者肠道内含量最高。基于微生物群落α和β多样性的分析结果表明,黎族人肠道菌群与中国其他民族人群肠道菌群呈现出显著差异且α多样性显著低于其他民族,特征性差异菌属为:链型杆菌属(Catenibacterium)、普氏菌属(Prevotella)、巨型球菌属(Megasphaera)、巨单胞菌属(Megamonas)、考拉杆菌属(Phascolarctobacterium)和布劳特氏菌属(Blautia)。基于肠道核心微生物与营养物质相关性的研究显示,普氏粪杆菌(Faecalibacterium prausnitzii)与膳食纤维、Cu、Mg和Mn的摄入量呈现显著正相关,与脂肪和VB2的摄入量呈现显著负相关,而罗氏乳杆菌(Lactobacillus rogosae)与膳食纤维、Zn和Fe的摄入量呈显著正相关,与烟酸摄入量呈显著负相关。【结论】揭示了肠道微生物在不同地域和民族之间的差异,研究结果提供了一种通过膳食来优化菌群结构、调控宿主肠道微生态平衡的新思路。     

不同健康状态的棘胸蛙肠道菌群结构分析

为探究不同健康状态下棘胸蛙(Paa spinosa, David)肠道菌群结构, 文章对13个健康(Health组)、19个患歪头病(WHD组)和18个患蓝眼病(BED组)的棘胸蛙肠道微生物总DNA进行16S rRNA V4—V5高变区测序。结果显示: 共获得3984个总操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs), 35个门, 80个纲, 155个目, 283个科, 501个属。α多样性结果表明, 健康组的菌群丰富度显著高于患病组(P<0.05), 患病组间的菌群丰富度差异不显著(Chao1指数: Health: 1232.92; WHD: 975.57; BED: 1048.76); 健康和患病组间微生物群落均匀度无显著差异(Shannon指数: 5.27; 5.20; 5.41)。门分类水平分析发现: 厚壁菌门(Firmicutes; 52.08%; 49.57%; 26.48%)、拟杆菌门(Bacteroidetes; 30.55%; 21.93%; 43.02%)和变形菌门(Proteobacteria; 15.55%;10.42%; 5.25%)是棘胸蛙肠道菌群的优势菌门。患病蛙肠道中的优势菌门及其丰度均发生变化, 特别是脱铁菌门(Deferribacteres)在歪头病组和蓝眼病组棘胸蛙肠道中丰度显著上升(0.18%; 14.05%; 22.16%; P<0.05)。属分类水平分析发现: 拟杆菌属(Bacteroides; 29.70%; 16.09%; 21.76%)、丹毒丝菌科中未定义的一个属(An unclassified Erysipelotrichaceae; 21.38%; 6.92%; 4.94%)、毛螺科中未定义的一个属(An unclassified Lachnospiraceae; 12.23%; 15.98%; 4.43%)、柠檬杆菌属(Citrobacter; 10.31%; 6.19%; 1.10%)和真杆菌属(Eubacterium; 9.09%; 4.88%; 0.54%) 是棘胸蛙肠道菌群优势菌属, 但各组间的丰度差异显著; 脱铁菌门的Mucispirillum在患病棘胸蛙肠道中丰度显著上升(0.17%; 13.89%; 21.94% ; P<0.05)。研究表明: 棘胸蛙肠道菌群结构与健康状态相关, 且健康与患病棘胸蛙肠道菌群结构差异显著。     

人工饲养恒河猴幼猴不同肠段微生物宏基因组学研究

目的以恒河猴幼猴为模型,采用16S rRNA宏基因组方法探讨十二指肠、盲肠、直肠的菌群组成。方法收集4例健康幼猴十二指肠、盲肠、直肠样本,提取细菌总DNA,采用新一代高通量测序技术对16S rRNA基因的V3-V4高变区测序,分析比较菌群结构及多样性。结果 (1)门水平各肠段微生物优势菌群主要为硬壁菌门、变形菌门及拟杆菌门,在各肠段中的占比总和超过88%;(2)属水平,十二指肠中以芽胞杆菌属等为优势菌属,盲肠中以螺杆菌属、颤杆菌属、孢杆菌属等为优势菌属,直肠中以乳酸菌属、链球菌属、颤杆菌属等为优势菌属;(3)各肠段微生物功能差异较大,十二指肠主要承担营养物质的消化吸收,盲肠主要承担细胞及遗传物质的合成,直肠主要承担调节机体免疫力、抗感染等功能。结论各肠段菌群组成差异较大;各肠段细菌功能差异较大,且与其生理功能有一定关联;在肠道菌群研究中,应充分考虑粪便样品微生物的组成是否能够完全代表肠道微生物的组成。     

基于性别二分类的青海天峻藏民肠道菌群差异分析

目的对青海省天峻县的藏族牧民健康志愿者肠道菌群进行研究,探讨青海藏民肠道菌群结构及性别对肠道菌群组成的影响。方法以28例藏族牧民志愿者的粪便样品作为研究对象,应用基于16SrDNA V3+V4可变区的高通量测序技术测定肠道菌群组成及核心菌群;通过db-RDA和菌群多样性分析,探索性别因素对肠道菌群结构的影响。结果在门水平上,厚壁菌门和拟杆菌门是青海藏族志愿者的优势菌群。在属水平上,优势菌属是普氏菌属、Lachnospiracea_incertae_sedis、Faecalibacterium和拟杆菌属;特有优势菌属是Lachnospiracea_incertae_sedis。db-RDA结果显示性别因素对肠道微生物群结构有一定分离趋势,多样性结果进一步证实性别差异显著影响菌群结构。男性和女性存在12种差异菌群,包括普氏菌属、Acidaminobacter属等。结论性别差异对青海藏民肠道菌群影响显著。     

不同温度下刺参肠道菌群结构与功能

采用Mi Seq高通量测序技术,研究了温度为10、16、21、26℃条件下,养殖刺参(Apostichopus japonicus)肠道菌落结构。结果表明:刺参肠道内优势菌门主要为拟杆菌门(Bacteroidetes)、疣微菌门(Verrucomicrobia)、变形菌门(Proteobacteria);优势菌属主要为Rubritalea、Lutibacter和弧菌属(Vibrio); Lutibacter与弧菌属在10℃组的比例最大,Rubritalea在26℃时所占比例最大,这些优势菌群在不同温度下占刺参肠道菌群的比例互不相同,说明刺参的肠道菌群与其生长温度之间有一定联系;不同温度下刺参的肠道菌群存在特殊菌属,10℃组的特别菌属为Luteolibacter和Colwellia,21℃组特有的菌属为珊瑚微球菌(Coraliomargarita),26℃组特别菌属为发光杆菌属(Photobacterium),夏眠组的特有菌属最多,包括鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)、气单胞菌属(Aeromonas)和苯基杆菌属(Phenylobacterium);鞘脂单胞菌属是动物病原体且气单胞菌属对刺参有一定毒力,是刺参高温下存活率低的原因之一;各样品中菌群经COG及KEGG数据库分析,共注释到24组COG功能分类,主要分布在氨基酸转运与代谢、转录、细胞壁/膜/包膜生物发生; 41条KEGG信号通路,集中分布在氨基酸转运与代谢、碳水化合物代谢、膜转运、复制和修复;刺参肠道微生物基因功能大多集中在氨基酸代谢、碳水化合物代谢、能量代谢与物质转运、复制和修复方面,这些功能与刺参正常生长密切相关,在10℃组功能丰度最低。     

不同饲料饲育的家蚕幼虫肠道细菌的多样性分析

【目的】为研究饲料对不同家蚕Bombyx mori品种肠道微生物菌群的影响。【方法】以筛选到的家蚕广食性品种GS和普通品种1015为研究对象,收集从收蚁开始分别饲育桑叶(GS. m和C1015. m组)和人工饲料(GS. b组)至4龄盛时期的家蚕肠道样本,采用高通量测序的方法对其肠道微生物16S r DNA的V3-V4区进行测序分析,比较它们之间肠道微生物的差异。【结果】在门水平上,所测家蚕肠道样本的优势菌为厚壁菌门(Firmicutes)和变形杆菌门(Proteobacteria);在科水平上,所测样本主要优势菌为明串珠菌科(Leuconostocaceae)、乳酸杆菌科(Lactobacillaceae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)等;在属水平上,所测样本主要的优势菌为魏斯氏属Weissella、乳酸菌属Lactobacillus、布赫纳氏菌属Buchnera、甲基杆菌属Methylobacterium、叶瘤菌属Phyllobacterium、肠球菌属Enterococcus和脆弱拟杆菌属Bacteroides等。家蚕品种GS经桑叶和人工饲料饲育后,甲基杆菌属Methylobacterium、布赫纳氏菌属Buchnera等菌属仅在桑叶饲育的GS肠道内出现,而魏斯氏菌Weissella、短芽孢杆菌属Brevibacillus等菌属只在人工饲料饲育的GS肠道内出现。同是桑叶饲育的家蚕品种GS和1015,其肠道内相同的优势菌有叶瘤菌属Phyllobacterium、脆弱拟杆菌属Bacteroides、不动细菌属Acinetobacter等。相较于广食性蚕品种GS的肠道菌群,肠球菌属Enterococcus、草螺菌属Herbaspirillum、丝硫菌属Thiothrix等菌属仅在普通蚕品种1015肠道中被检测到。GS. b组家蚕肠道细菌的物种多样性低于GS. m和C1015. m。GS. m肠道中丰度差异显著性最高的菌群为变形菌门(Proteobacteria),GS. b肠道中丰度差异显著性最高的菌群为杆菌纲(Bacilli)和乳杆菌目(Lactobacillales),而C1015. m肠道中丰度差异显著性最高的菌群为粪肠球菌属Enterococcus和肠球菌科(Enterococcaceae)。【结论】经桑叶饲育的不同蚕品种(GS和1015)的肠道微生物比人工饲料饲育的家蚕肠道微生物更趋于一致;经桑叶饲育的广食性家蚕肠道微生物物种多样性较高于经人工饲料饲育的广食性家蚕。     

石棉地区藏族、彝族和汉族人群肠道微生物菌群构成与分布

目的探讨石棉地区藏族、彝族和汉族人群肠道微生物菌群构成分布情况。方法将2017年7月至2019年7月在我院进行健康体检的并符合纳入和排除标准的125例健康人作为研究对象,其中汉族65例,彝族32例,藏族28例。收集受试健康人群清晨空腹粪便标本,利用高通量测序技术测定石棉地区藏族、彝族和汉族人群粪便样本16S rRNA序列并建立分类操作单元(OTU),分析肠道微生物结构特征及优势菌群,并对各民族人群肠道微生物进行聚类分析。结果共获得514 069条高质量16S rRNA序列,每个样品平均生成序列数为(4 112.55±1 258.67)条;97%相似度归并共获得68 232个OTU,每个样品平均OTU为(545.86±157.49)个;石棉地区汉族人群粪便标本中占优势细菌门为拟杆菌门和厚壁菌门,彝族及藏族人群粪便标本占优势细菌门为厚壁菌门和拟杆菌门,菌门水平上丰富度差异存在统计学意义(F=13.810,P0.001;F=17.797,P0.001);石棉地区汉族人群粪便标本优势细菌属为拟杆菌属、栖粪杆菌属,彝族及藏族人群粪便标本优势细菌属为普氏菌属、栖粪杆菌属和拟杆菌属,在拟杆菌属和栖粪杆菌属水平上丰富度差异存在统计学意义(F=39.836,P0.001;F=141.194,P0.001);石棉地区彝族和藏族与汉族人群肠道微生物差异度48%。结论石棉地区藏族和彝族与汉族人群间肠道微生物优势细菌门及细菌属虽相似但在丰富度上存在差异,汉族健康人群肠道微生物菌群呈现不规律、分散聚类现象,彝族、藏族健康人群肠道微生物菌群呈现集中聚类现象,临床应根据种族差异对人群进行膳食指导以调控肠道微生态平衡。     

非人灵长类肠道菌群组成及影响因素

与其他哺乳动物一样,非人灵长类肠道内含有复杂的细菌群落,与其营养和健康密切相关。非人灵长类肠道菌群研究具有生态和保护的双重意义。近十几年来,得益于分子生物学研究方法的成熟和应用,非人灵长类肠道菌群研究发展迅速。本文总结了非人灵长类肠道菌群组成及其四个主要影响因素的最新研究成果。研究表明,非人灵长类肠道菌群基本上是由来自12个门的细菌组成的,其中,拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)和变形菌门(Proteobacteria)是优势菌门。这些菌门包括数目繁杂的下级阶元,总体上,不同非人灵长类的肠道菌群组成在科和属水平上的相似度比在门水平上低得多。有些菌科和菌属在某些非人灵长类的肠道菌群中所占比例特别高,这些细菌往往与宿主的食物消化紧密相关。非人灵长类肠道菌群组成受到宿主种类及其系统发育关系、食性、年龄与性别、社会互动等因素的重要影响。最后,针对相关研究现状,本文提出了有待于深入探讨的研究问题。我国非人灵长类肠道菌群研究相对滞后,希望本文对推进国内相关研究有所贡献。     

携带松材线虫对松墨天牛成虫肠道和气管细菌的影响

【目的】探究被松墨天牛Monochamus alternatus携带的松材线虫Bursaphelenchus xylophilus对松墨天牛肠道和气管细菌的影响。【方法】野外采集携带松材线虫的松墨天牛成虫后,取出完整肠道和气管进行细菌总DNA抽提后进行16S rDNA基因测序并拼接,并利用生物信息学方法分析松墨天牛成虫肠道和气管细菌组成、结构、丰度和多样性。【结果】携带松材线虫的松墨天牛成虫肠道和气管细菌菌群共检测到15门26纲66目110科201属296种,可操作分类单元(operational taxonomic unit, OTU)数目为444。携带松材线虫的松墨天牛成虫比未携带松材线虫的松墨天牛成虫肠道优势细菌菌群变化不显著,均为变形菌门(Proteobacteria)肠杆菌目(Enterobacterales);携带松材线虫的松墨天牛成虫气管优势细菌菌群为变形菌门肠杆菌目,未携带松材线虫的松墨天牛成虫气管优势细菌菌群为厚壁菌门(Firmicutes)乳杆菌目(Lactobacillales)。携带松材线虫的松墨天牛成虫较未携带松材线虫的松墨天牛成虫气管细菌多样性和丰度升高,细...     

不同养殖场林麝肠道微生物组成和功能的差异

肠道疾病是养殖林麝(Moschus berezovskii)常见疾病。动物肠道微生物伴随宿主进化并与胃肠道构成了复杂的微生态系统。为探究不同饲养环境对圈养林麝肠道微生物组成和功能的影响,本研究对采自国内5个不同养殖场的215份粪便样品进行了16S rRNA基因高通量测序,对比分析不同养殖场林麝肠道微生物组成、多样性和功能的差异。结果显示,厚壁菌门和拟杆菌门是未喂食复合益生菌的祁连县养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门,而喂食复合益生菌的甘肃两当县和陕西凤县的4家养殖场林麝肠道菌群的绝对优势菌门为厚壁菌门和变形菌门。不同养殖场林麝肠道菌群组成、优势菌门、优势菌属、潜在致病菌、代谢及疾病相关功能均有显著差异。祁连县养殖场林麝肠道微生物的α多样性和疾病相关功能表达量显著低于其他养殖场,并以肠型2为主,其主导菌为厚壁菌门、UCG-005和拟杆菌属;两当县和凤县的4家养殖场林麝肠道菌群潜在致病菌相对丰度较低。本研究推测食物组成差异可能是导致不同养殖场林麝肠道微生物差异的主要因素,复合益生菌的使用可能是导致α多样性和潜在致病菌下降的重要因素。该结果可为林麝的人工养殖和有效管理提供科学依据,也对人工饲养...