肠道病毒ECHO13中国分离株的基因特征

为研究ECHO13病毒中国分离株的分子特征及其与世界其它分离株之间的基因关系,对1998年、2000年从中国福建省分离到2株ECHO13病毒进行基因序列对比分析.2株病毒分别命名为Fujian98-1和Fujian00-1,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因全长861个核苷酸片段并进行序列测定,将2株ECHO13病毒的VP1序列与所有已发表的ECHO13病毒VP1基因全长进行同源性比较.结果显示,福建分离株之间核苷酸同源性为79.6%,氨基酸同源性为93.4%;与遗传距离最近的法国CF1089-91(AJ537604)毒株的核苷酸同源性分别为80%和88%,与代表株Del Carmen的核苷酸同源性分别为75.8%和77.9%.通过VP1基因分析,福建2株病毒均属于ECHO13病毒,与血清中和试验鉴定结果一致.下载所有已发表的ECHO13病毒VP1序列并构建进化树,发现福建2株病毒分属不同的分枝,提示这2株病毒来自不同的病毒传播链.进一步分析发现,整个ECHO13病毒可划分为3个不同的基因型:A、B和C基因型.福建Fujian98-1和Fujian00-1分别被划分在基因型B和C中,各基因型之间的核苷酸差异均大于20%.为验证该分型方法,将26株来自不同国家和时间的ECHO13病毒和2株福建分离ECHO13病毒部分VP1基因序列进行对比分析,建立进化树.结果显示,所有ECHO13病毒被分在A、B和C3个基因型中,而2株福建分离病毒仍然被分在B和C基因型中.除了B基因型1株病毒以外,所有3个基因型之间的核苷酸差异均大于15%,与VP1全长分型结果基本一致,说明部分VP1序列的基因分析也能用于对ECHO13病毒进行规律和分子流行病学的研究中.该研究首次报道了ECHO13病毒中国分离株的VP1蛋白基因全长序列,并推荐按VP1基因全长核苷酸差异≥20%作为划分基因型的标准,将已知的ECHO13病毒划分为A、B和C3个基因型.同时也可用病毒VP1基因5′端部分序列替代VP1全长序列来划分基因型.     

肠道病毒ECHO20血清型鉴定和VP1序列初步分析

肠道病毒(Enterovirus)是最常见的人类致病病毒之一,包括脊髓灰质炎病毒、柯萨奇A组病毒、柯萨奇B组病毒和ECHO病毒。一般认为大多数肠道病毒感染症状轻微或不明显,然而有时肠道病毒感染也可能是严重甚至致命的[1]。2004年云南省潞西县局部地区发生小规模的甲肝流行,我们从当地     

肠道病毒ECHO20血清型鉴定和VP1序列初步分析

肠道病毒(Enterovirus)是最常见的人类致病病毒之一,包括脊髓灰质炎病毒、柯萨奇A组病毒、柯萨奇B组病毒和ECHO病毒.一般认为大多数肠道病毒感染症状轻微或不明显,然而有时肠道病毒感染也可能是严重甚至致命的[1].2004年云南省潞西县局部地区发生小规模的甲肝流行,我们从当地部分患者粪便标本中分离到多株甲肝病毒,同时,经过肠道病毒组合血清和单价血清的中和试验,证明患者为甲肝和ECHO20病毒双重感染.通过文献检索我们发现,国内对ECHO20病毒的相关研究极少,且多限于病毒的血清学分离鉴定,而对其重要的衣壳蛋白编码基因vp1的测定和分析尚未见报道,为阐明ECHO20分离株的分子流行病学特征,分析其基因变异规律,探讨我国分离株和国外分离株的区别和联系,我们测定了编码重要抗原决定簇的整个vp1序列,并和GenBank中已有的ECHO20病毒vp1基因序列进行了比较分析.     

肠道病毒ECHO25河南分离株基因特征分析

首次对ECHO25病毒进行分子生物学分析,阐明ECHO25(Entric Cytopathic Human Orphanviruses Type25)病毒河南分离株的分子生物学特征及其与世界其它分离株的基因关系。逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因并进行序列测定,将所测4株ECHO25病毒的VP1序列与GenBank上已发表的ECH-O25病毒VP1区进行同源性比较及遗传进化分析发现:河南省4株ECHO25与标准株JV-4核苷酸同源性为79.2%～80.1%,氨基酸同源性为89.0%～92.4%;河南省4株ECHO25核苷酸同源性为93.0%～99.0%,氨基酸同源性为92.4%～97.5%;HN-01分离株与HN-26分离株高度同源,其核苷酸同源性达99.0%;河南省4株ECHO25同属B1基因亚型。     

我国新分离ECHO30病毒VP1序列分析

测定了引起2003年苏北地区无菌性脑膜炎暴发流行的病因病毒FDJS03分离株的VP1基因序列,并与国外同型流行毒株做比较,以了解本流行株的分子生物学特点及遗传变异规律。随机选取FDJS03分离毒株中的4株,用肠道病毒、VP1序列的特异性引物008／011进行RT-PCR,扩增产物经凝胶纯化后测序。将序列输入GenBank,用BLAgr程序进行核苷酸和氨基酸序列比对;选取32株不同地区不同年代的ECHO30分离毒株,在PHYLIP3．573C和TREE-PUZZLE5．0中构建进化树,比较它们完整VP1序列(876nt)的进化关系。核苷酸和氨基酸同源性比较结果证明：4株分离病毒均为ECHO30。进化树分析显示：本次FDJS03分离株与欧美20世纪70、80年代流行株亲缘关系最近,但自成一簇,与国外毒株仍然有地区差别。ECHO30的VP1基因进化有时间效应,但存在地区差异。本次流行的病原可能是单一基因型的ECHO30病毒。     

手足口病病例肠道病毒CVA12型的鉴定及VP1基因特征分析

目的运用分子生物学方法对长沙市1例手足口病(Hand foot and mouth Disease,HFMD)患者咽拭子标本进行未分型肠道病毒的鉴定及VP1基因特征分析。方法采用兼并引物RT-PCR扩增病毒VP1区片段,BLAST比对确定其型别;特异性引物扩增VP1区基因全长,测定序列进行分析。结果所得序列BLAST比对分析为Coxsackievirus A12(CVA12)型肠道病毒;病毒VP1区基因序列全长为888bp,编码296个氨基酸,同源性分析显示与国内外CVA12毒株核苷酸同源性介于81.9%~98.4%之间;氨基酸同源性在95.3%~100.0%之间。与CVA12美国标准株Texas-12核苷酸同源性为81.9%,氨基酸同源性为95.3%。系统进化表明,长沙市CVA12与国内毒株亲缘关系较近,而与日本、美国则亲缘关系较远。结论从1例手足口病轻症病例中鉴定出CVA12型肠道病毒,该病毒VP1区基因进化特征与国内CVA12毒株亲缘关系近。     

安徽省2017-2018年手足口病柯萨奇病毒A6型基因进化特征分析

人肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)是引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体.近年来非EV-A71和非CV-A16的其他肠道病毒(Enterovirus,EV)已成为HFMD流行或暴发疫情的优势病原体.安徽省HFMD监测数据显示,2017-2018年HFMD样本非EV-A71和非CV-A16其他EV核酸阳性率超过50％,其中大部分为柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6).为了解安徽省2017-2018年HFMD其他肠道病毒构成和CV-A6基因进化特征,本研究收集2017-2018年HFMD咽拭子EV核酸阳性标本,采用人横纹肌肉瘤(RD)细胞进行病毒分离培养,对分离到的CV-A6毒株VP1全长序列基因扩增及核苷酸序列测定.从NCBI GenBank数据库下载CV-A6原型株和代表性毒株基因参考序列,运用生物软件MEGA 6.0构建VP1基因序列系统进化树,分析其基因遗传特征.结果 显示,安徽省2017-2018年HFMD实验室确诊病例其他EV占66.1％,CV-A16占23.5％,EV-A71占10.4％.52株CV-A6毒株均为D3a基因亚型,其VP1区核苷酸序列间相似度为93.7％～100％,编码的氨基酸序列相似度为98.3％～100％;与CV-A6 Gdula原型株核苷酸相似度为78％～82.3％,氨基酸相似度为94.6％～96.3％.VP1区15个氨基酸位点有变异,氨基酸位点Q98L和G160S的变异发生率为100％.其他EV已成为安徽省引起HFMD流行的重要病原体,D3基因型CV-A6为优势流行毒株.持续加强其他EV的病原学监测与分析,对安徽省HFMD防控策略制定与疫情处置具有重要意义.     

人类肠道病毒基因重组的研究进展

人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)在传播过程中存在复杂的基因变异,由于基因重组导致的HEV毒力及致病力的增强也对人群健康造成严重威胁。尤其是重组后脊髓灰质炎(脊灰)病毒疫苗衍生株在全球多个免疫覆盖率较低地区导致的脊灰暴发,已让各国学者对HEV基因组重组变异机制产生了新的兴趣。本文对HEV基因组的进化特征、基因重组类型及体外重组体构建等方面的研究进展进行了综述研究。     

急性弛缓性麻痹病例中ECHO11病毒的基因特征分析

该文首次分析了我国ECHO11病毒的分子流行病学资料。1999~2004年,ECHO11病毒是山东省急性弛缓性麻痹(AFP)病例中分离到的优势毒株,2003年从山东省482例AFP病例中共分离到11株ECHO11病毒,其中相关的10例病例分布跨越山东省大部分地区,但发病日期集中在7月和12月。该研究试图通过对VP1编码基因全序列的测定和分析,为探讨ECHO11病毒与AFP之间的病因关系提供线索。分子流行病学研究提示,11株E-CHO11毒株都位于同一传播链,核苷酸同源性为97.2%~100%,氨基酸同源性为99.6%~100%,其中7月和12月的分离株之间相差8~9个核苷酸,氨基酸序列一致。这说明山东省2003年7月和12月分别发生了ECHO11病毒流行,但这些毒株与AFP的病因关系尚需进一步研究。11株病毒组成了A基因型中的一个新亚型,在进化树上单独呈密切相关的一簇,与同基因型内的其它亚型的核苷酸同源性为82.2%~84.7%,氨基酸同源性为94.8%~97.6%。     

肠道病毒71型的RT-PCR诊断及基因特征

2002～2003年从上海市和重庆市手足口病患儿的疱液标本中分离到10株病毒,其中上海9株,重庆1株.利用两对分别针对EV71和Cox.A16病毒VP1区的特异性引物,用RT-PCR方法对病毒进行初步鉴别.根据PCR所用引物及PCR扩增出的产物片段大小不同,可初步判定出EV71和Cox.A16病毒的血清型别.RT-PCR结果提示,上海分离到的9株病毒中,有2株为EV71,其余7株病毒为Cox.A16;重庆分离到的1株病毒为EV71.10株病毒的RT-PCR产物经序列测定和分析证实,PCR定型结果正确,说明PCR法具有很高的特异性,可作为EV71初步鉴定的首选方法.对所分离的3株EV71病毒进行VP1区编码基因全序列的测定和遗传学分析,通过同源性比较和构建系统发生树发现,此3株EV71病毒和中国大陆已发表的7株EV71病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26和CHN-87)全部属于C基因型,与该型代表株比较,同源性为89.3%～94.6%;与A、B基因型代表株比较,同源性为81.3%～84.0%,差异较大.在C基因型中,此3株EV71病毒和中国大陆先前分离的6株病毒(SHZH03、SHZH98、SH-F1、SH-F2、SH-H25、SH-H26)的同源性较高,在94.5%～100%范围内.在系统发生树上,这9株病毒形成一个较独立的分支.与CHN-87株的同源性在92.1%～93.6%之间.与已知的C1、C2、C3亚型代表株比较,同源性在89.3%～92.9%,差异≥7%,因此认为可将这9株病毒划分为C4亚型.上海、重庆和深圳的EV71病毒有较高的同源性,提示该病毒EV71-CA亚型在中国大陆1998～2003年间有较广泛的传播.建立中国流行的EV71病毒毒株库和基因库,对诊断、预防和控制EV71在中国的爆发有重要意义,对加强EV71的实验室诊断、病毒学监测和病毒基因型和亚型的标准命名和分子流行病学研究有重要帮助.     

上海市人群Echo30病毒性脑膜炎隐性感染调查

为了了解上海市不同年龄组人群的Echo30病毒隐性感染情况及IgG抗体阳性率分布。采集上海市412份不同年龄组人群血清,用间接酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清中的Echo30IgG抗体。发现受检普通人群血清中Echo30IgG抗体阳性率为25.8%。其中1岁以下婴幼儿中未见抗体阳性者,15岁以下儿童抗体阳性率较低(10%～16.7%),15岁以上人群抗体阳性率水平明显升高(45.0%～46.7%)。孕妇与普通人群抗体阳性率无显著性差异。研究结果提示上海市人群中存在隐性感染者,人群通过自然感染获得免疫保护,15岁以下儿童为Echo30感染及发病的高危人群,母体传递给婴幼儿的抗体水平较低,不能为婴幼儿提供先天性免疫保护。     

我国四株埃可病毒6型全基因组序列及重组特征分析

埃可病毒6型(Echovirus 6,ECHO6)作为肠道病毒B组(Enterovirus B,EV-B)的一员,在临床上常导致无菌性脑膜炎(Aseptic meningitis,AM)、急性弛缓性麻痹(Acute flaccid paralysis,AFP)、手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)等多种疾病。本文挑选四株中国大陆地区不同年份、地区及疾病严重程度的代表毒株进行全基因组测定分析,与GenBank上ECHO6全长代表株及EV-B组原型株比对分析,了解其进化特征,并筛选BLAST结果的EV-B组流行株,探究我国流行的ECHO6与其他血清型的基因重组特征。结果提示,本研究四株ECHO6毒株在非结构蛋白区与EV-B其他血清型均发生重组,其中死亡病例标本重组模式更为复杂,可能与疾病严重程度有关。通过本研究分析,可进一步揭示ECHO6的遗传特征,为肠道病毒血清型研究提供基础数据,对了解其进化变异及临床致病力影响具有重要意义。     

Characterization of a Novel Enterovirus Serotype and an Enterovirus EV-B93 Isolated from Acute Flaccid Paralysis Patients

Non-polio enteroviruses (NPEVs) are among the most common viruses infecting humans worldwide. Most of these infections are asymptomatic but few can lead to systemic and neurological disorders like Acute Flaccid Paralysis (AFP). Acute Flaccid Paralysis is a clinical syndrome and NPEVs have been isolated frequently from the patients suffering from AFP but little is known about their causal relationship. The objective of this study was to identify and characterize the NPEV serotypes recovered from 184 stool samples collected from AFP patients in Federally Administered Tribal Areas (FATA) in north-west of Pakistan. Overall, 44 (95.6 %) isolates were successfully typed through microneutralization assay as a member of enterovirus B species including echovirus (E)-2, E-3, E-4, E-6, E-7, E-11, E-13, E-14, E-21 and E-29 while two isolates (PAK NIH SP6545B and PAK NIH SP1202B) remained untypeable. The VP1 and capsid regions analysis characterized these viruses as EV-B93 and EV-B106. Phylogenetic analysis confirmed that PAK NIH isolates had high genetic diversity and represent distinct genotypes circulating in the country. Our findings highlight the role of NPEVs in AFP cases to be thoroughly investigated especially in high disease risk areas, with limited surveillance activities and health resources.     

人类肠道病毒B组73、75和97型山东地方株的鉴定及其基因特征分析

本研究对3例急性弛缓性麻痹患者标本的阳性病毒分离物进行了分子生物学定型。按照文献报道的方法,用扩增人类肠道病毒(Human Enterovirus,HEV)VP1完整编码区通用引物008-013、011-012进行逆转录-聚合酶链反应,反应产物纯化后进行序列测定。所得序列通过BLAST程序进行基因定型,显示3株病毒分别为HEV B组中新型病毒HEV73、HEV75和HEV97。将获得的序列与GenBank数据库中已有的各型病毒株VP1基因序列进行同源性分析并构建系统发生树,结果显示与各自的原型株相比有较大的变异,提示本次发现的HEV B组73、75、97型山东地方株与各型原型株相比具有不同的基因特征,这是在国内首次发现HEV97。