黄河三角洲滨海湿地非培养放线菌多样性

【目的】利用免培养技术对黄河三角洲滨海湿地土壤中放线菌多样性进行分析。【方法】提取样品总DNA, 利用放线菌门特异引物扩增放线菌16S rRNA基因序列, 构建放线菌16S rRNA基因克隆文库, 文库经RFLP分析后挑选代表序列测序并进行多样性指数分析和系统发育分析。【结果】构建的放线菌16S rRNA基因克隆文库覆盖率(C)为96.3%, 116个测序序列可化分为46个OTUs, 58.7%的OTUs (27个)存在于放线菌亚纲(Actinobacteridae)放线菌目(Actinomycetales)的7个亚目中, 分布于10个科中, 其中弗兰克氏菌亚目(Frankineae)最多, 共7个OTUs, 有30.4%的OTUs (14个)存在于酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)醋微菌亚目(Acidimicrobineae)中, 没有发现与红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)和科里氏杆菌亚纲(Coriobacteridae)亲缘关系较近的序列。有10.9%的OTUs序列与有效发表的所有类群无亲缘关系, 在进化树上成为一个独立的进化分支, 有可能代表新亚目或更高级分类单元的类群。【结论】黄河三角洲滨海湿地蕴含着丰富的放线菌物种多样性及潜在的放线菌新类群, 具有深一步研究的价值。     

颉颃放线菌XA-1菌株分子鉴定及生物学特性研究

通过对从辽宁沈阳土壤中筛选获得的颉颃放线菌XA-1菌株的16S rKNA基因序列测定,发现XA-1菌株与橘色糖丝菌(Saccharothrix tangerinus)同源性达99.65%,亲缘关系最近,综合其生物学特性,可以确定放线菌XA-1菌株的分类地位属于橘色糖丝菌.该菌株在多种培养基上均能生长,但菌落颜色和性状不同.在PDA培养基上,菌落表面干燥,坚实多皱.孢子呈橘橙色粉末状,椭圆形,大小0.5～1.0μm.该菌株生长的温度范围为15～37℃,pH为5-10.该菌发酵液对供试的13种植物病原真菌均有较强的抑菌作用,是一株颉颃作用明显的放线菌.     

我国放线菌系统学研究历史、现状及未来发展趋势

放线菌系统学是以实现对放线菌进行分类、鉴定、命名为目标的基础学科, 因此它是放线菌资源研究和开发利用的重要理论基础。自20世纪50年代起, 我国放线菌系统学的奠基人阎逊初院士及同事们就开创了我国放线菌系统学的研究, 经过近六十年、几代人的艰苦努力, 我国放线菌系统学工作者在国际微生物系统学权威杂志(International Journal of Systematics and Evolutionary of Microbiology, IJSEM)发表的有关放线菌新分类单元的论文数量连续十年排名稳居前列, 部分学者在国际上发表的某些改良的分类技术和新修订的分类系统等为国际同行所广泛采用, 这些均标志着我国放线菌系统学研究在国际上已成为微生物系统学界的一支重要力量。本文全面介绍了我国放线菌系统学研究的发展历程, 同时对其发展现状给予理性分析, 并就未来发展方向进行了展望。     

同功酶电泳图说类放线菌分类中的应用研究

从国内外收集部分放线菌的典型菌种,研究它们６种同功酶的凝胶电泳图谱。并进行了聚类分析。与现有分类方法比较,讨论了同功酶谱应用于放线菌分类的可能性及相关的问题,认为同功酶电泳图谱可以作为分类方法之一在放线菌分类中应用。     

同功酶电泳图谱在放线菌分类中的应用研究

从国内外收集部分放线菌的典型菌种,研究它们6种同功酶的凝胶电泳图谱。并进行了聚类分析。与现有分类方法比较,讨论了同功酶图谱应用于放线菌分类的可能性及相关的问题。认为同功酶电泳图谱可以作为分类方法之一在放线菌分类中应用。     

同功酶电泳图谱在放线菌分类中的应用研究*

从国内外收集部分放线菌的典型菌种,研究它们6种同功酶的凝胶电泳图谱。并进行了聚类分析。与现有分类方法比较,讨论了同功酶图谱应用于放线菌分类的可能性及相关的问题。认为同功酶电泳图谱可以作为分类方法之一在放线菌分类中应用。     

基于CHD基因序列的隼形目12种鸟系统发育关系

对12个隼形目物种CHD基因的一段内含子序列进行比较和分析。CHD-W和CHD-Z基因的多态性存在差异,CHD-W基因不适合系统发生学的研究。通过对CHD-Z基因扩增序列构建的NJ和MP树,结果显示隼科鸟类与鹰科和鹳科鸟类关系较远,与传统形态分类和和鸟类新的分类系统不一致。在白腹鹞的分类地位上与传统形态学分类不一致,将白腹鹞归入鹰属一支。NJ树显示鸢属(黑鸢)与鵟属(毛脚鵟)亲缘关系较近,MP树显示鵟鹰属(灰脸鵟鹰)与鵟属(毛脚鵟)亲缘关系较近。NJ和MP树都显示雕属(金雕)和鹰雕属(鹰雕)与其他鹰科各属亲缘关系较远。     

八门湾红树林土壤小单孢菌的分离及其多样性

采用平板稀释法从海南八门湾红树林潮间带、木果榄和海莲红树根际土壤样品中分离和筛选小单孢菌科放线菌,对其分离方法进行了评价和比较,并通过16S rRNA基因测序探索了八门湾红树林小单孢菌科放线菌的多样性。采用4种预处理方法和5种分离培养基,经过排除重复菌株后共得到115株放线菌。16S rRNA基因测序结果显示,这些放线菌分布在5个科、9个属。其中小单孢菌科的菌株约占全部菌株的90%(105株),主要分布于3个属:Micromonospora(85%),Jishengella(9.5%)和Verrucosispora(5.5%),与其亲缘关系最近的菌株的相似性分布于98.5%~100%之间。     

《中国雉类——白腹锦鸡》

《中国雉类——白腹锦鸡》一书由中国科学院昆明动物研究所杨岚等编著,1992年中国林业出版社出版,这是研究我国白锦鸡较全面、系统的一本专著。 该书内容丰富,从白腹锦鸡的地理分布、生态习性、亲缘关系、分类地位、生长发育及人工养殖等多方面进行认真的研究。     

国家自然科学基金委员会生命科学部1997年度资助自由申请科学基金项目一览表

项目名称姓名单位名称1微生物学学科（44项）双歧杆菌与放线菌的亲缘关系研究东秀珠中国科学院微生物研究所新型隐球菌的分子生物学分类研究吴建华中国人民解放军第二军医大学链相抱小抱子种的分子系统学研究张天守山东农业大学武夷山自然保护区珍稀濒危树种菌根群落的系统研钱     

中国东北15种藓类植物RAPD分析及其分类学意义

本研究选用15 种东北藓类植物, 其中塔藓、赤茎藓、垂枝藓、拟垂枝藓、羽平藓、木藓、万年藓等为北半球广泛分布的大型藓类, 而褶叶藓、粗枝藓、球蒴金发藓等则是东亚特有种。在野外调查和采集的基础上, 进行RAPD 分析, 旨在从DNA 水平上对它们的亲缘关系和分类问题加以研究, 为它们的分类问题和亲缘关系提供分子证据。结果:从分子水平上进一步验证了15 种东北藓类植物形态分类的正确性。不同种类分别聚在金发藓目(Polytrichinales), 变齿藓目(Isobryales)和灰藓目(Hypnobryales)中, 与现采用分类系统一致。东北特产属褶叶藓属(Okamuraea)和粗枝藓属(Gollania)与垂枝藓科(Hyitidiaceae)植物关系较近, 而赤茎藓(Pleurozium)与绢藓(Entodon)有一定亲缘关系。因此, 将赤茎藓置于塔藓科(Hylocomiaceae)是合适的。     

放线菌纲内亚纲、目、亚目、科的16S rDNA/rRNA特征序列简介

介绍了放线菌纲(Actinobacteria)Stackebrandtet a.l,1997年新分类系统中5个亚纲、6个目、14个亚目、43个科的16S rRNA特征序列。供分类鉴定时参考,有助于新放线菌和新资源的发现。     

罗布泊盐湖可培养放线菌多样性及PKS Ⅱ功能基因筛选

目的:挖掘新疆罗布泊盐湖可培养放线菌的资源和探索该环境放线菌产生Ⅱ型聚酮合成酶(PKS)基因的潜能。方法:从新疆罗布泊盐湖采集到10份样品,采用不同盐浓度的9种选择性培养基分离放线菌,并通过PCR技术扩增其16S r DNA序列、聚酮合成酶(PKS)基因分子筛选,测序后进行系统发育分析和BLAST比较研究。结果:试验结果共得42株放线菌,包括6个属,链霉菌属(Streptomyces)和拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)的类群最多,糖霉菌属(Glycomyces)、放线多孢菌属(Actinopolyspora)、微球菌(Micrococcus)和栖白蚁菌属(Isoptericola)的菌株相对较少。研究获得新的放线菌分类单元,其16S r DNA基因序列与已知菌株的序列相似性低于97%。42株放线菌中共有29株产生PKSⅡ基因,主要是链霉菌属和拟诺卡氏菌属。结论:研究结果表明罗布泊盐湖放线菌具有丰富的资源多样性和较强合成抗生素的潜在能力。     

Frankia放线菌正体细胞化学成份的分析

从六十年代初期,人们就开始试图从化学成份方面进行放线菌分类,近年来这方面的报导已日益增多,Lechevalier等人(1966,1967)分析了600多株放线菌的细胞壁(正体细胞)成分及正体细胞糖的组成,据此,并将放线菌的许多属作了类型上的划分。由于细胞化学成分稳定、分     

新疆于田盐池放线菌群落结构

应用免培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对新疆于田盐池土壤放线菌群落结构进行研究。结果表明, 41个克隆序列属于26个OTUs, 分别分布于放线菌门放线菌亚纲(Actinobacteridae)的7个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae), 其中链孢囊菌亚目(Streptosporangi- neae)中放线菌组成丰富, 占到了全部挑选克隆的42.3%, 是于田盐池放线菌群落中的优势菌, 而链霉菌不是高盐环境放线菌的优势菌群。在这些克隆序列中有71.8% 的克隆序列同已知序列的相似性低于97%, 属于放线菌的新类群, 这些可能的新类群中有15.3%的克隆序列与已知菌株的相似性小于85%, 这些克隆序列的分类地位都在科一级的分类单元上, 有的可能分类地位更高。这些研究结果说明于田盐池中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性, 并且潜藏着新类型的放线菌资源。另外, 由于微生态效应的存在, 不同高盐环境之间放线菌群落也存在明显差异。     

建立放线菌门的证据*

放线菌是细菌域中的一个重要类群,其分类地位一直受到人们的关注。《伯杰氏细菌系统学手册》第二版,把放线菌从厚壁菌门中的一个纲提升为放线菌门。目前的研究发现,在细胞色素C氧化酶1亚基(Cox1)、CTP合成酶以及谷氨酰tRNA合成酶(GluRS) 3个蛋白中存在着放线菌特异的插入或缺失序列,可以将放线菌与其它细菌区分开,为放线菌门的建立提供了新的有力证据。简述了国内外的研究信息,并提出了自己的一些观点,供国内学者参考。     

介绍《古脊椎动物学与进化》

<正> 继罗美尔的第三版《古脊椎动物学》(1966)之后,又一本古脊椎动物学教科书问世了.这本长达698页的巨著,内容十分浩瀚.书中收集了近20年来古脊椎动物研究中几乎全部新的重要资料,因而能相当全面地反映出目前这一学科的新进展和新趋势.和罗美尔的《古脊椎动物学》一样,该书具有坚实的动物解剖学基础,并着重讨论了各类群之间的亲缘关系.然而由于古生物新资料的大量涌现以及研究内容的深入和改革,无论在分类方法、进化理论和系统发育的探讨等方面都出现了质的飞跃.因此新的教科书与罗美尔的版本必然具有显著的差别.该书并不局限于骨骼结构,而是加上了各门类     

放线菌形态观察的一种简易方法

在放线菌分类研究工作中,经常要观察气丝、基丝、孢子及孢囊等的形态。现介绍一种简易观察方法。1.气丝和基丝的区分:用埋片法(见阮继生:放线菌分类基础,科学出版社,1977年),将菌种培养适当时间,取出载片(或盖片),不染     

不同放线菌属的化学与分子分类

随着科学的发展与新技术在分类学中不断地应用,放线菌分类学已从经典的形态分类转向化学分类(细胞壁化学组份,磷酸类脂,枝菌酸及甲基萘醌等).现在有些国家又开展了分子分类.本实验室自80年代始开展了放线菌化学分类,建立了上述化学指征的分析方法.自90年代起,又开展了分子分类,DNA-DNA杂交、23S rRNA寡核甘酸序列分析.近来,许多人用16S rRNA部分序列区分微生物不同的基因种.作者选用了23S rRNA部分序列区分放线菌的不同属种.现将研究结果简报如下:1 材料和方法1.1菌种菌株10,13,23,C_(43),350,41,53,4650及N分离自云南省土壤中.C_(51)及3306来自日本微生物菌种保藏中心.     

基于全基因组的微生物亲缘关系与分类系统研究工具——CVTree

组分矢量构树(CVTree)方法是基于全基因组的、不用序列联配的物种亲缘关系研究方法。CVTree3是我们最新开发的CVTree网络服务器,它基于并行化的核心程序,以适应当前基因组数据的海量增加;它自动对比物种亲缘关系与分类系统,并在网页上以交互作用形式显示,从而使研究更加直观。使用CVTree3网络服务器,用户可以快速的对未知的全基因组序列进行亲缘关系分析,并对其分类地位进行初步鉴定。由于合理利用全基因组信息,CVTree方法能对种以下的亲缘关系与分类具有高分辨力。随着CVTree方法的深入与完善,希望其能成为阐明原核生物亲缘关系与分类系统的定义性的工具。