产蓝色素放线菌细胞化学组分及16S rDNA序列分析

对分离自南京土壤中的一株高产水溶性蓝色素的放线菌菌株Streptomyces sp.进行了细胞化学组分及16S rDNA序列分析。细胞化学组分分析结果表明待定菌株的细胞壁含LL－DAP及甘氨酸,全细胞水解物含葡萄糖及核糖,全细胞脂肪酸组分主要为14－17碳的脂肪酸,其中anteiso-15和iso-16为主要组分,应归入链霉菌属。基于16S rDNA序列的聚类结果表明所选菌株基本分成9个分支,能够产生可溶性蓝色素的菌株聚成其中两个分支,即以S.coelicolor为代表的分支和以S.cyaneus为代表的分支,待定菌株与Streptomyces in-digocolor的相似性为99.4%,属于S.cyaneus分支。     

对诺卡氏菌AS4.1186和AS4.1187保藏菌株的重新分类研究

重新对念球状诺卡氏菌 (Nocardianostocoides)AS4 1 1 86和鲑色诺卡氏菌桔橙变种(Nocardiasalmonicolorvar.aurantiaca)AS4 1 1 87进行的多相分类研究表明 ,菌株AS4 1 1 86与德克萨斯糖丝菌 (Saccharothrixtexasensis)NRRLB 1 6 1 3 4 T 关系密切 ,它们的 1 6SrDNA序列相似性为 99 3 % ,DNA同源性为 77 6 % ;菌株AS4 1 1 87与赤红球菌 (Rhodococcusruber)DSM 43 3 3 8T 之间有着密切的关系 ,其 1 6SrDNA序列相似性为 99 5 % ,DNA同源性为 82 9%。胞壁组分、枝菌酸、甲基萘醌、磷酸类脂和DNAG +Cmol%测定等化学分类结果支持了上述结论。在形态和生理生化特性上 ,菌株AS4 1 1 86与NRRLB 1 6 1 3 4 T,菌株AS4 1 1 87与DSM 43 3 3 8T 之间也表现出非常相似的性状。根据系统发育分析、DNA同源性值、化学分类、形态和生理生化特性等研究结果 ,我们对菌株AS4 1 1 86和…     

基于rDNAITS序列分析Alternaria与相似属的关系及A.leucanthemi的分类地位

对Alternaria,Stemphylium,Ulocladium,Nimbya,Embellisia等五个形态相似属的代表性种进行了5.8S/ITS区段序列测定,连同从GenBank下载的相关有性型Pleospora,Lewia的同项资料,由Neighbor-joining方法构建系统发育树。序列对比结果显示,所有参试的菌株/种的5.8SrDNA序列保守程度较高,ITS序列变化较大,ITS1比ITS2变化更大。由5.8S/ITS构建的系统发育树可以足够将供试菌区分到属;系统发育树显示Alternaria,Ulocladium,Nimbya和Embellisia系统学关系较近,又存在一定的分化;Stemphylium聚在相对较远的分支上,与上述四属关系较远,相对独立进化;有性型的Pleospora与无性型的Stemphylium被聚到一个分支,这种不同阶段菌株在遗传基础上的一致,充分证明所用方法及所选测序的rDNA区段对本类群真菌的分类很有价值。Alternarialeucanthemi位于系统发育树的外侧,较为独立进化,与Alternaria的其它种亲缘关系较远,却与Stemphyliumspp.和Bip…     

两个黄芪根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA序列分析

对黄芪根瘤菌两个新类群中心菌株CA8561和JL84进行了16S rDNA全序列测定,并进行了系统发育学分析。结果表明,CA8561位于Rhizobium分支中,JL84位于Sinorhizobium分支中。     

基于β-微管蛋白基因部分序列探讨灵芝属菌株的亲缘关系

PCR分别扩增了38个灵芝属菌株的β-微管蛋白基因片段,并对PCR产物进行序列测定,得到419bp的一段核苷酸系列。根据MEGA2.1软件中的neighbour-joiningmethods对上述序列进行聚类分析,结果所有供试菌株被分成9个聚类组。中国栽培灵芝菌株分布于6个聚类组,其中树舌亚属、紫芝组的菌株各自聚成一组,灵芝组的菌株分成四组,但大部分灵芝组菌株均聚于同一组,这表明树舌亚属、紫芝组和灵芝组间的遗传差异较大,灵芝组内虽然存在着一定的遗传差异,但总体上亲缘关系比较近,遗传多样性并不丰富。同时,序列分析的结果显示,β-tubulin基因序列在第三位密码子和内含子部位有高的碱基替换率,这些变异提供了丰富的系统发育信息,提示β-tubulin基因适合于灵芝属菌株的亲缘关系研究。     

除莠活性链霉菌的系统发育研究及其活性产物分析

从云南地区土壤中分离到一株具有除莠活性的放线菌（Actinomycetes）,对其产生的活性物质进行了分离、纯化及分析。从该菌株的发酵液中获得了有除莠活性的黄色结晶,薄板层析的结果表明,该结晶为多组分混和物,且每一组分均具有除莠活性。通过红外分析对其组分作了初步鉴定。同时对该菌株进行了形态、化学及系统发育学研究,根据16S rDNA全序列构建了系统发育树,结果表明此菌株应属于链霉菌属（Streptomyces）,同时具有耐低温和耐盐的特性。     

根瘤菌新类群代表菌株的16S rDNA全序列测定及其系统发育地位

用双脱氧法测定了一个根瘤菌新类群代表菌株SH2672的16S rDNA全序列,将此全序列与根瘤菌各已知种及相关种的16S rDNA全序列进行了比较及聚类分析,得到系统发育树状图。在系统发育树状图中,菌株SH2672与百脉根中慢生根瘤菌(Mesorhizobium loti),华癸中慢生根瘤菌(M. huakuii)、天山中慢生根瘤菌(M. tianshanense)、地中海中慢生根瘤菌(M. mediterraneum)、鹰嘴豆中慢生根瘤菌(M. ciceri)共同构成一个分支,与各已知种的模式菌株16S rDNA相似性分别为:96.3％,96.4％,97.2％,95.1％,95.6％,均在95％以上,它们应归属于同一属。且分支内各种间DNA同源性低于70％,表明它们分别为不同的种,菌株SH2672代表着一个新的根瘤菌种。     

新疆棉田土壤固氮菌遗传多样性分析

利用ERIC-PCR和16SrDNA全序列测定方法,研究了新疆棉田土壤中分离获得的58株固氮菌的遗传多样性及系统发育。采用平均连锁法(UPGMA)分析ERIC-PCR的聚类结果表明在Watson距离为0.65左右时可以将供试菌株分为9个大群。选取ERIC-PCR各群中代表菌株进行16SrRNA全序列测定分析,结果表明这些菌株分别属于Enterobacter、Bacillus、Acinetobacter、Pseudomonas、Serratia和Yersinia6个属。     

一株转化淀粉或麦芽寡糖生成海藻糖的菌株D-97鉴定

由东北大田采集的土样中筛选到菌株D 97,该菌株胞内酶可以利用淀粉或麦芽寡糖合成海藻糖。通过生理、形态、结构特征分析及 1 6SrDNA基因全序列与参比菌株的序列比较 ,菌株D 97与食尼古丁节杆菌的 1 6SrDNA序列同源性高达 97 98% ,故将该菌株命名为食尼古丁节杆菌D 97(ArthrobacternicotinovorusD 97)。我们还将D 97菌株与日本林原公司的海藻糖生产菌———节杆菌Q36的有关生理生化特征进行了比较。     

沙坡头地区根瘤菌DNA同源性及16SrDNA全序列

数值分类和多位点酶电泳分析表明,分离自宁夏沙坡头 地区的12株根瘤菌构成一个独立的表观群。对这一菌群进行了DNA同源性和群内中心菌株1 6SrDNA全序列分析。12个菌株的G+C mol%在56.4～62.2范围内;群内DNA同源性为72.3% ～9.5%,大于70%,属种内水平;中心株N220的16SrDNA全序列与参比菌株的序列比较,从 模拟系统发育树看出,它与三株土壤杆菌、三株根瘤菌的16SrDNA序列同源性在94.8%～99 .2%的相似性水平上构成一个分支,看来沙坡头地区这群根瘤菌是一个独立的新种群。     

立克次体脂肪酸图谱及其相似性判别

用气相色谱-质谱法分析了7株立克次体浓盐乙醚纯化物的脂肪酸成分,即R．ProwazekiE株、R. conorii Simkoo株、R.rickettsii R株、R sibirica Barbash株和246株、R．Si—nkiangensis Jinghe。株以及R.heilugkiangensis 54株。所得脂肪酸色谱图中有近50个色谱峰,初步确认有以下1 6种： C11:10、2OH—C10:1、C12:0、2OH—C12:0、C13:0、C14:0、C15:0、3OH-C14:0,C16:1、C16:0、C17:0、C18:1、C18:1、C18:0、C19:0和C22:0。其中主要成分是直链饱和脂肪酸C16:0、C18:0及C14:0与不饱和脂肪酸C18:1、C18:2及C16:1。实验菌株脂肪酸图谱经改进的Kulik—Vincent相似系数法处理后,精河株和246株的相似系数为9 7.09%,54株和其他菌株的相似系数在81．6--94．6％之间。     

一个甲烷杆菌新种的描述和系统分类学研究

从清华大学环境科学系处理北京啤酒厂污水的厌氧消化器中分离到一株产甲烷菌菌株Px1。其菌体形态为弯曲杆状 ,淡黄色菌落 ,只利用H2 +CO2 产生甲烷。通过生理、形态、结构特征与 1 6SrDNA序列的同源性分析 ,表明菌株Px1是甲烷杆菌属中一个与其它成员不同的新种 ,命名为弯曲甲烷杆菌 (Methanobacteriumcurvumsp .nov .)。     

放线菌目中的一个新属

自我国云南省热带植物园的土壤中,分离到一株好气中温放线菌Y388。该菌株气丝蓝灰色,粉状,形成直形或柔曲气生孢子丝,孢子卵圆或短杆状,表面光滑或略粗糙。基丝深灰至黑棕,分隔井有断裂和自溶。产生淡紫色至青灰色可溶性色素。细胞壁为“型+赖氨酸,全细胞水解液含半乳糖。DNA中G+c含量为69 54克分子％。根据该菌株的形态和细胞壁化学组分与现有放线菌目中已知属的不同,因此成立新属——异壁放线菌属Actinoalloteichusgen．N．。典型种为蓝灰色异壁放线菌Actinoalloterichus cyanogriseus n. sp.。典型菌株为Y388。     

类核环形结构在耐辐射球菌电离辐射抗性中不起主要作用

近来基于透射电子显微镜研究的论点“耐辐射球菌(Deinococcus radiodurans) R1类核致密的环形结构是其极端辐射抗性的关键因素”已引起广泛争议. 本文在以前研究基础上系统地比较了野生型R1菌株、pprI (DR0167)基因突变株YR1及pprI基因功能补偿株在电离辐射前后的类核结构的形态差异. 荧光显微镜观察结果显示: (ⅰ) 具有超强电离辐射抗性的野生型菌株R1细胞类核主要呈现紧凑的环形结构, 而同样有环形类核结构的pprI突变株YR1细胞却对辐射非常敏感; (ⅱ) 2个pprI基因功能补偿株, YR1001(pprI全基因功能补偿株)类核绝大多数呈现絮乱松散的不规则形态, YR1002(pprI部分基因功能补偿株)呈现约60%左右的环形类核结构, 这两个菌株都具有与野生型R1同样的电离辐射抗性; (ⅲ) 另一pprI部分基因功能补偿株YR1004 (敲除pprI基因3′端333个碱基对)对电离辐射极其敏感, 其约60%左右的细胞含有环形的类核结构. 上述结果表明, 耐辐射球菌类核的环形结构在辐射极端抗性中不起主要作用.     

天山根瘤菌（Rhizobium tianshanense）全细胞蛋白电泳和多位点酶电泳分析

用全细胞可溶性蛋白电泳和多位点酸电泳对１５株天山根瘤菌（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ　ｔｉａｎｓｈａｎｅｎｓｅ）和其它１０株快慢生根瘤菌进行聚类分析,结果表明Ｒ．Ｔｉａｎｓｈａｎｅｎｓｅ种内菌株关系密切而与其它种不同。分析时将全细胞蛋白电泳图谱分为２５４等份,根据每等份内条带的有无进行聚类,结果与数值分类基本一致,说明用该方法对全细胞蛋白电泳结果进行聚类可以作为根瘤菌的分群手段;用所有出现的１０９种迁移率对１７种多位点酶的电泳结果作聚类分析,得到与全细胞蛋白电泳相似的结果。     

一株高毒力致病杆菌CB6的鉴定

从北京郊区果园采集的小卷蛾斯氏线虫（Steinernema carpocapsae）肠道内分离到一株具有较强杀虫和抑菌活性的致病杆菌菌株CB6。形态特征及生理生化特征测定结果表明,CB6菌株与致病杆菌属（Xenorhabdus）中的嗜线虫致病杆菌（X. nematophila）种的特征基本一致。测定了该菌株的16S rRNA序列并根据16S rRNA序列构建了系统发育树;在系统发育树中,CB6菌株与嗜线虫致病杆菌其他4个菌株形成一个类群,序列同源性大于99%。但CB6菌株的酪氨酸酶、脂酶（蛋黄）的产生、核糖产酸等生化特征与嗜线虫致病杆菌种内的其他菌株存在一定的差异,且具有更强的杀虫和抑菌活性。因此认为CB6菌株是嗜线虫致病杆菌的一个变种,命名为嗜线虫致病杆菌北京变种（X. nematophila var. pekingensis）。     

一株对Monacolin K有转化作用菌株的鉴定

从1000多株放线菌中筛选出对Monacolin K有转化作用的菌株并对其进行初步鉴定。结果发现菌株ST2710的气丝交替或不规则分枝,不形成螺旋;可利用多种碳源;牛奶不凝固,不胨化;不利用纤维素,水解淀粉;通过对其细胞化学组分的分析,结果表明菌株ST2710细胞壁为Ⅳ型,糖型为A型,醌组分为MK-9(H4,H6),不含枝菌酸,G C含量为67.3%(摩尔比);将该菌株的16S rDNA序列与GenBank数据中已有序列进行比对,发现其序列与Amycolatopsis属菌株的16SrDNA序列相似性最高,达到99%以上。初步将菌株ST2710归类为Amycolatopsis sp.     

一株产紫杉醇的南方红豆杉内生真菌的分离及分类研究

从生长在湖北的南方红豆杉树皮中韧皮部分离出一批内生真菌,从中获得一株能产紫杉醇的菌株TPF6。对其形态特征的研究以及生理生化特性的测定(b ilog)结果表明,菌株TPF6与链格孢属有很大的相似性;与18SrDNA分析比对表明,菌株TPF6属于链格孢属,并与链格孢属其他种共享95%~99%的保守序列,其中与交链格孢(Alternaria alternata)18S rDNA的保守度高达99%;全细胞脂肪酸分析结果显示,18:2 CIS9、12/18:0a为TPF6的主要脂肪酸组分,该菌株与链格孢属(Alternaria)相似度最高,SIM值为59.8%。根据分类学研究结果,菌株TPF6属于半知菌门链格孢属,定名为交链格孢(A. alternata)。应用高压液相色谱技术测定结果表明,菌株TPF6发酵液中紫杉醇含量为84.5μg/L。     

一株产紫杉醇的南方红豆杉内生真菌的分离及分类研究

从生长在湖北的南方红豆杉树皮中韧皮部分离出一批内生真菌,从中获得一株能产紫杉醇的菌株TPF6。对其形态特征的研究以及生理生化特性的测定(b ilog)结果表明,菌株TPF6与链格孢属有很大的相似性;与18SrDNA分析比对表明,菌株TPF6属于链格孢属,并与链格孢属其他种共享95%~99%的保守序列,其中与交链格孢(Alternaria alternata)18S rDNA的保守度高达99%;全细胞脂肪酸分析结果显示,18:2 C IS9、12/18:0 a为TPF6的主要脂肪酸组分,该菌株与链格孢属(Alternaria)相似度最高,SIM值为59.8%。根据分类学研究结果,菌株TPF6属于半知菌门链格孢属,定名为交链格孢(A.alternata)。应用高压液相色谱技术测定结果表明,菌株TPF6发酵液中紫杉醇含量为84.5μg/L。     

两株刚果红结合突变型志贺菌大质粒全基因组比较研究

对福氏志贺菌(Shigella flexneri)5型及志贺氏志贺菌(Shigella dysenteriae)1型两株与刚果红结合突变菌株的大质粒pSF5及pSD1进行了全基因组测序及分析. pSF5全长136694 bp, 包含165个ORFs, 其中133个功能明确, 32个功能未知. pSD1全长182726 bp, 共有224个ORFs, 其中181个功能明确, 43个功能未知. pSF5中IS序列为53787 bp, pSD1中为49616 bp, 分别占整个基因组的39.3%, 27.2%. 二者中共有22种不同类型的IS出现, 其中ISEc8, ISSbo6在志贺菌大质粒中为首次报道. 与pCP301相比, pSF5和pSD1都发生了大范围基因缺失, 并在多处发生基因片段倒置等现象. pSF5中除与侵袭相关ipa-mxi-spa基因岛完全缺失外, 与O-抗原生物合成密切相关的shf-rfbU-msbB基因也部分缺失, 而在pSD1中上述基因则完整存在, 但pSD1中与侵袭基因表达调控相关的virF基因缺失. 结果表明, 在pSF5和pSD1中与侵袭相关的调控因子及侵袭基因的缺失是导致刚果红结合突变的原因之一, 但是否是唯一的原因还需进一步的验证.