Investigations on some properties oflisterella monocytogenes

Résumé Après un court aper?u historique les auteurs font part de quelques recherches effectuées au sujet des propriétés culturales et biochimiques deL. monocytogenes. Du point de vue antigénique aucune différentiation n'a pu être obtenue au moyen de la précipitation, quant à l'agglutination, celle-ci a donné des résultats assez divergents. L'isolement à partir de substance nerveuse a pu être opéré après enrichissement par séjour prolongé à la glacière. L'isolement au moyen de milieux furacinés n'a pu être tenté. Il est fait part de quelques résultats obtenus lors de monocytose expérimentale chez le lapin. La réaction oculaire a donné des résultats fidèles, si au préalable la conjonctive avait été scarifiée. Parmi les animaux de laboratoire, les souris et les petits passereaux constituent les réactifs de choix. Le lapin et le cobaye donnent des résultats irréguliers, alors que la volaille et le pigeon adultes deviennent en général des infectés latents. Quelques sulfamidés, de même que la pénicilline et l'auréomycine inhibent à doses réduites la croissance deL. monocytogenes.      

Studies onGesonula punctifrons Stål (Orthoptera: Acrididae: Cyrtacanthacridinae) attacking water-hyacinth in India

Résumé L'AcridienGesonula punctifrons St?l attaque la Jacinthe d'eau (Eichhornia crassipes) dans plusieurs parties de l'Inde et est adapté à un habitat aquatique ou semi-aquatique. Les œufs, pondus dans les pétioles des feuilles, éclosent en 3 à 4 semaines. Les larves se développent en 4 à 5 semaines et demi, avec 5 mues. Les adultes vivent au maximum 4 à 5 mois en s'alimentant seulement de Jacinthe d'eau. En essais de laboratoire cet Acridien se nourrit activement deCanna orientalis dont les tiges sont percées de trous pour la ponte par les femelles, mais aucun œuf n'est déposé. Quarante trois autres plantes d'intérêt économique ont été expérimentées: plusieurs d'entre elles ont été l'objet d'attaques légères à modérées. L'analyse de la littérature concernant les plantes-h?tes du genreGesonula et la distribution deG. punctifrons montrent que cette espèce s'est adaptée secondairement àE. crassipes. Bien que cet Acridien s'observe en grand nombre dans quelques régions, l'ensemble de ses dégats à la mauvaise herbe n'est pas suffisant pour assurer le contr?le de celle-ci.

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This research has been financed in part by a grant made by the United States Department of Agriculture under P. L. 480.     

Sélection artificielle pour la résistance au méthidathion chezPhytoseiulus persimilis A. H.

Résumé La toxicité du méthidathion a été mesurée sur 7 souches dePhytoseiulus persimilis provenant de collections de laboratoire, d'unités de production ou du terrain. Les résultats obtenus se sont avérés être très variables: la CL50 de la souche la plus résistante est 100 fois plus élevée que celle de la souche la plus sensible. Chaque souche a ensuite été sélectionnée pour la résistance à cet insecticide; toutes les souches ont répondu à la sélection et ont atteint des niveaux de résistance similaires. Elles ont ensuite été mélangées, à nouveau sélectionnées pour la résistance au méthidathion et à d'autres insecticides et utilisées dans les programmes de lutte intégrée. La résistance a pu ainsi être légèrement augmentée et la souche obtenue, bien qu'encore affectée par le méthidathion sur le terrain, n'est plus complètement éliminée par les traitements et est moins sensible aux résidus présents sur les feuilles.      

Effet du rayonnement solaire sur la persistance des conidiospores de L'hyphomycète entomopathogène,Nomuraea rileyi, à la surface d'un couvert végétal

Résumé La persistance des conidiospores deNomuraea rileyi (F.) Samson à la surface du couvert végétal a été étudiéein situ en culture de féverole (?Féverole 1 et 2?) et de chou. L'effet du rayonnement solaire sur la survie du germe a été analysé, d'une part, dans des microparcelles recouvertes d'écrans sélectifs arrêtant les radiations de longueurs d'onde inférieures à 320 nm (UV A⁺) ou à 400 nm (UV⁻) ou par un écran total vis-à-vis du rayonnement direct (RYT⁻) et, d'autre part, dans une microparcelle découverte (RYT⁺). Les conditions microclimatiques ont été suivies pendant toute la durée des expérimentations et le contr?le de l'activité résiduelle du champignon a porté essentiellement sur le dénombrement des spores viables sur milieu nutritif après mise en suspension d'un broyat des échantillons de feuilles prélevés sur le terrain. Dans le cas des variantes expérimentales (RYT⁺) et (RYT⁻) le potentiel infectieux a été éprouvé sur des larves deSpodoptera littoralis Boisd. (Lépidoptère Noctuidae) alimentées pendant 24 h avec des rondelles de feuilles recueillies dans le couvert. La durée de demi-vie de l'inoculum sporal est étroitement liée à l'ensoleillement; par temps clair elle peut atteindre un minimum de 3,6 h (?Féverole 1?), alors que dans les microparcelles totalement protégées du rayonnement direct, elle est supérieure à 40 h. Les données d'activité pathogène confirment l'inactivation de l'inoculum soumis au rayonnement solaire. Parallèlement, le recours aux écrans transparents (UV A⁺) ou opaques (UV⁻) au proche ultra-violet (320–400 nm) a permis de démontrer clairement l'effet léthal de l'UV A naturel sur les conidiospores deN. rileyi, dont les demi-vies peuvent être réduites jusqu'à 4 fois (?Féverole 1?: X_{UV A} +=11,6 h au lieu de X_UV−=48,2 h). A partir de ces résultats, on estime que par temps ensoleillé en été, le potentiel d'inoculum deN. rileyi exposé au rayonnement solaire direct peut chuter de 10⁴ fois en une semaine, alors que par temps couvert cette réduction n'aurait été que de 100 fois. Avec la collaboration technique deH. Vermeil de Conchard.     

Occurrence ofBacillus popilliae and two nematode pathogens in populations ofAmphimallon solstitialis (Col.: Scarabaeidae) near darmstadt,Germany

Populations of the June beetle,Amphimallon solstitialis (Coleoptera: Scarabaeidae), were sampled from grasslands near Darmstadt, Germany, and found to be infected by a number of diseases and parasitic nematodes. Several milky diseased larvac were found, andBacillus popilliae type A 1 isolated as the causative agent. The bacterium readily infected healthy larvae ofA. solstitialis when administeredper os in the laboratory, but was not infective to larvae ofMelolontha hippocastani by this route. A large mermithid nematode was found parasitising 10% of theA. solstitialis larvae at one site andHeterorhabditis bacteriophora was found infecting larvae at the other.

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Résumé Des populations deAmphimallon solstitialis (Col.: Scarabaeidae) ont été échantillonnées dans deux prairies distinctes près de Darmstadt (Allemagne) et se sont révélées infestées par des maladies et des nématodes parasites. Plusieurs larves dans chaque site étaient infectées par la maladie laiteuse etBacillus popillae, type A1 a été isolé comme étant l'agent responsable. La bactérie infeste facilement des larves saines deA. solstitialis quand elle est administrée par voie orale au laboratoire mais n'a pas d'effet infectieux pour les larves deMelolontha hippocastani par cette même voie. Un grand nématode mermithide a été trouvé parasite de 10% des larves deA. solstitialis sur un seul site, mais comme seuls les jeunes ont été trouvés, la détermination à l'espèce n'a pu être faite.Heterorhabditis bacteriophora était responsable de l'infection de 1,5% des larves sur seulement un site. Plusieurs larves deA. solstitialis présentaient une couleur ambrée, identique à celle trouvée sur le scarabéeCostelytra zealandica infecté parSerratia spp., et ne se nourrissaient pas de carotte au laboratoire. Les bactéries isolées à partir de ces larves ne provoquent aucun effet visible quand elles sont données en nourriture à des larves saines.

     

A comparative study of the effect of some pesticides on three predacious mite species:Typhlodromus pyri,Amblyseius potentillae andA. bibens [Acarina: Phytoseiidae]

Toxicological responses to 10 different pesticides were determined for 3 species of typhlodromid mites,Typhlodromus pyri Scheuten,Amblyseius potentillae Garman, andA. bibens Blommers, in order to investigate whether or notA. bibens might be used as a substitute for the 2 other species as a testing object for measuring adverse effects of pesticides. T. pyri andA. potentillae are important predators in orchards on phytophagous mites. These species can be reared on the common spider mite,Tetranychus urticae Koch, but they seem averse to the webbing of the spider mite. When placed on detached bean leaves on moist cotton wool withT. urticae present as prey, these typhlodromids tend to run off the leaves, especially when in addition such leaves have been treated with pesticides.A. bibens on the other hand will stay on the leaves when prey is present; it seems to be attracted by the webbing of the spider mite. This makesA. bibens an attractive testing object. In the present study the 3 species mentioned were tested comparatively in closed cells to see whether or not there might be differences in intrinsic susceptibility to pesticides. Mortality of adults, the effect on reproduction, and the mortality of eggs and juveniles were determined. It was found thatA. bibens can reasonably well replace other typhlodromids as a testing objeot for obtaining information on adverse effects of pesticides in orchards.

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Résumé Les effets toxiques de 10 pesticides sur 3 espèces de typhlodromes,Typhlodromus pyri Scheuten,Amblyseius potentillae Garman etA. bibens Blommers ont été examinés afin de déterminer si on peut employer ou nonA. bibens à la place des 2 autres espèces en tant qu'espèce test pour la mesure des effets nocifs des pesticides. t. pyri etA. potentillae sont d'importants prédateurs d'acariens phytophages en vergers. Ces espèces peuvent être élevées sur l'acarien commun,Tetranychus urticae Koch, mais présentent des réactions de répulsion à la soie de ce tetranyque. Placés sur des feuilles de haricot plantées dans du coton humide avecT. pyri comme proie, ces typhlodromes ont tendance à quitter les feuilles, surtout si elles ont été traitées par des pesticides.A. bibens, par contre, demeure sur les feuilles en présence de la proie et semble attiré par le tissage de l'acarien. Ce fait rend intéressantA. bibens. Dans ce travail les 3 espèces ont été étudiées comparativement dans des cellules fermées, afin de montrer si elles font preuve de différences dans leur sensibilité intrinsèque aux pesticides, d'après la mortalité des adultes, la reproduction et la mortalité des œufs et des jeunes. On a trouvé queA. bibens peut très bien remplacer les autres typhlodromes comme espèce-test.

     

Entomofaune associée à la culture de cucurbites oléagineuses africaines (Lagenaria siceraria Molina (Standl. 1930) et Citrullus lanatus Thumb (Matsum & Nakai 1916)) et impact des ravageurs sur la production

Les observations faites sur deux cucurbitacées africaines, Lagenaria siceraria Molina (Standl.) et Citrullus lanatus Thumb (Matsum & Nakai) ont permis d’inventorier l’entomofaune (utiles et ravageurs) associée à la pratique culturale. L’évaluation des dégâts occasionnés par les ravageurs a mis en évidence leur impact sur la production. Suivant un schéma expérimental, des parcelles de 49 m² traitées au CYPERCAL 50 EC (50 g/l de Cypermétrine) et au FURADAN 5G (50 g/kg de Carbofuran) et non traitées ont été disposées en blocs aléatoires. Les observations ont porté sur l’identification et le dénombrement des insectes, sur le pourcentage de plants attaqués ainsi que sur la production de baies mûres et de graines. Au total, 71 espèces ont été identifiées, réparties en 41 familles et 10 ordres (Coléoptères, Hyménoptères, Diptères, Lépidoptères, Orthoptères, Homoptères, Hétéroptères, Dictyoptères, Odonates et Dermaptères). Les principaux ravageurs appartiennent à la famille des Chrysomelidae (Lamprocopa occidentalis, Aulacophora foveicolis, Aulacophora africana, Asbecesta cyanipennis, Ootheca mutabilis et Lilioceris livida), des Coccinellidae (Henosepilachna elaterii et Henosepilachna reticulata) et des Meloidae (Mylabris holosericea). Plus de 50 % de plants sains ont été recensés dans les parcelles traitées contre 0 à 33 % dans les parcelles témoins. Les nombres moyens des baies obtenues dans les parcelles traitées (37,16 ± 2,99 pour L. siceraria et 42,33 ± 2,58 pour C. lanatus) sont significativement (P < 0,001) plus importants que ceux observés dans les parcelles témoins (29,33 ± 4,67 pour L. siceraria et 31,33 ± 3,5 pour C. lanatus). Les rendements moyens en graines dans les parcelles traitées (222,39 ± 15,78 kg/ha pour L. siceraria et 127,4 ± 8,16 kg/ha pour C. lanatus) sont significativement (P < 0,001) supérieurs à ceux observés dans les parcelles témoins (144,4 ± 14,52 kg/ha pour L. siceraria et 88,18 ± 8,09 kg/ha pour C. lanatus). Les traitements insecticides, en réduisant les populations de ravageurs et les dégâts sur les plants, ont entrainé une augmentation du rendement à l’hectare de plus de 40 %.     

Zur Parasitenfauna vonQuadraspidiotus perniciosus comstock (Hom., Diaspidinae) unter besonderer Berücksichtigung der importiertenProspaltella Perniciosi Tower (Hym. Aphelinidae)

Résumé Commencés en 1954, les essais de naturalisation deProspaltella perniciosi Tower pour la lutte biologique contre le Pou de San-José,Quadraspidiotus perniciosus Comstock dans la région Sud-Ouest de l'Allemagne ont conduit aux résultats suivants. Jusqu'en 1965, dans une région d'expérience de plus de 1 000 ha située près de Heidelberg, en moyenne le quart desQ. perniciosus ont été exterminés parProspaltella peerniciosi, tant sur les arbres où ils avaient été lachés, que sur les arbres voisins. Les résultats donnés par les graphiques et les tableaux précédents expliquent l'augmentation des taux de parasitisme, la composition et l'importance des différents éléments de la faune des parasites dans le Baden-Württemberg ainsi que dans la région de Stutgtart où se trouvent des échantillons de pommier du Connecticut. Dans les régions d'expérience,Prospaltella perniciosi est le parasite le plus important. L'origine du parasite joue seulement un r?le secondaire. LesProspaltella bisexués, mis en élevage et lachés depuis 1963 se sonst bien maintenus à c?té des races unisexuées qui avaient été libérées précédemment. Sous le climat des lieux d'expérience, leP. perniciosi parthénogénétique a aussi bien réussi que le bisexué.      

READER REACTION

R. M. Fewster , J. L. Laake , and S. T. Buckland 856 Melville et Welsh (2001, Biometrics 57, 1130–1137) considèrent une approche de l'échantillonnage d'un transect en ligne en employant une étude de calibration séparée pour estimer la fonction de détection g. Ils présentent une étude de simulation opposant leurs résultats à ceux bien piètres d'un estimateur traditionnel, appelé l'estimateur “Buckland” et référencé dans Buckland et al. (1993, London, Chapman and Hall). Les résultats médiocres de l'estimateur “Buckland” peuvent être expliqués par : (i) l'estimateur est prévu pour des données de distance non tronquées, mais appliqué par Melville et Welsh à des données de distance tronquées ; (ii) les données de distance n'étaient pas fusionnées le long des transects, à l'opposé des pratiques courantes ; (iii) le biais de l'estimateur était évalué par rapport à une grille fixe plutôt que randomisée des lignes de transects. Nous examinons en détail les points précédents et nous montrons que les méthodes traditionnelles marchent bien lorsqu'on les applique correctement. Nous mettons aussi l'accent sur le fait que ce que Melville et Welsh appellent estimateur “Buckland” n'est pas un estimateur recommandé par Buckland et al. pour les applications pratiques d'échantillonnage. R. V. Gueorguieva 862 Souvent dans des études longitudinales ou dans des analyses de classification on observe simultanément des variables à réponse binaires et des variables continues qui doivent être modélisées conjointement. Dans une publication récente Dunson, Chen et Harry, 2003 (DCH) proposent une approche bayésienne pour modéliser en commun les résultats binaires et les résultats continus ; ils illustrent cette approche avec un exemple sur des données de toxicité. Dans cette note nous démontrons comment un logiciel standard (PROC NLMIXED dans SAS) peut être employé pour obtenir des estimations du maximum de vraisemblance d'un modèle dont le paramétrage est une alternative à celui utilisé par DCH pour cet exemple. Nous suggérons également qu'un modèle plus général avec les effets aléatoires additionnel ajuste mieux les données. Une anomalie apparente entre les estimations obtenues par DCH et les estimations obtenues plus tôt par Catalano et Ryan en 1992 est également résolu. La question du biais concernant l'effet dose est discutée. L'approche du maximum de vraisemblance est applicable aux situations générales avec des résultats de différents types et n'exige ni spécification à priori ni programmation supplémentaire. S. Pledger 868 Dorazio et Royle (2003, Biometrics 59, 351–364) ont étudié le comportement de trois modèles de mélange pour l'analyse des données de capture‐recapture en population fermée, en présence d'une hétérogénéité de capture entre individus. Leurs simulations provenaient d'une distribution béta‐binomiale, et leurs analyses étaient faites à partir des modèles béta‐binomial, logit‐normal, ou de mélange fini (à classes latentes). Dans cette réponse, des simulations à partir de distributions nombreuses et variées permettent d'avoir une vision plus large de la valeur relative de la distribution béta‐binomiale et des modèles de mélange fini, et donnent un premier aperçu des situations dans lesquelles ces modèles sont utiles.     

Studies on the effect ofbacillus thuringiensis Berl. on the spiny bollworm,Earias insulana Boisd. and other lepidopterous insects

Résumé Bacillus thuringiensis Berl. tue 50 % des chenilles d'Earias insulana après 72 heures. Le traitement est appliqué avec une suspension de 4 g par litre d'eau (à raison de 30 milliards de spores par gramme). Dans les mêmes conditions, la mortalité atteint 100 % pour le ver à soie. Une mortalité plus élevée est constatée lors des applications sur chenilles jeunes. La poudre de larves mortes après infection parB. thuringiensis détermine une mortalité faible, tandis que les chenilles nourries de feuilles de muriers préalablement traitées par une suspension d'excrétats de vers à soie infectés deBacillus thuringiensis, ne sont pas tuées. Dans les champs de coton, leBacillus détermine une réduction considérable de l'infestation parEarias mais cette réduction n'atteint pas celle obtenue par traitement chimique. LeBacillus est sans effet sur la population d'Aleurodes et sur celle des Acariens (Tetranychus atlanticus Mcgregor) contrairement à l'endrine qui favorise la pullulation de ces derniers.      

Effect of shade on the rate of infestation of Triplochiton scleroxylon by Diclidophlebia species

A comparative account is given of the rate of infestation of seedlings of Triplochiton scleroxylon Schum. by Diclidophlebia sp. under three regimes of ‘shade’. Population increase in relation to leaf production under the different regimes, and insect activity in ‘Deep shade’ is also discussed. Shade decreased the rate of infestation of the host plant and the build-up of populations of the insect. Under ‘Deep shade’ practically no infestation occurred, probably because the adult insects were less active there. Shading is recommended as a method of silvicultural control of this pest in nursery and transplant beds.

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Effet de l'ombre sur le taux d'infestation de Triplochiton scleroxylon par le psylle Diclidophlebia sp

Résumé On a étudié l'influence de l'ombre sur le taux d'infestation d'une plante (Triplochiton scleroxylon) par un Psylle, Diclidophlebia sp. en utilisant trois degrés différents d'éclairement, correspondant à ce qu'on a nommé ≪ombre foncée≫, ≪ombre claire≫, et ≪ombre nulle≫. L'éclairement et la température ont été mesurées et chacune des expériences a été répétée quatre fois. On a enregistré chaque semaine: (a) le nombre total de feuilles (b) le nombre de feuilles infestées et (c) le nombre de psylles adultes présents sur les jeunes plantes. Une rectification a été faite pour les feuilles endommagées par d'autres espèces d'insectes. On a donc calculé le pourcentage de feuilles infestées par des larves et le nombre des insectes adultes pour cent feuilles. On a trouvé une différence significative du taux d'infestation, entre les trois expériences correspondant à des éclairements variés. On a observé que l'ombre diminue l'intensité des attaques de Diclidophlebia sp. sur sa plante-h?te. Le taux d'infestation des feuilles et l'ensemble de la population d'insectes furent fort réduits chez les plantes soumises aux régimes d'éclairement ≪ombre foncée≫ et ≪ombre claire≫. Il n'y avait pratiquement pas d'infestation des plantes en ≪ombre foncée≫. La rareté des insectes dans ce cas fut considérée en rapport avec (1) le taux de protéines et/ou des hydrates de carbone dans les feuilles des jeunes plantes qui sont ombragées et (2) l'incidence d'un éclairement réduit du type ≪ombre foncée≫. On a conclu que l'élément le plus important est le niveau bas de l'éclairement d? à l'ombrage, qui réduit l'activité des insectes adultes. L'ombrage ayant peu d'influence sur la croissance des jeunes plantes de Triplochiton scleroxylon, on a recommandé ce moyen pour protéger semis et pépinières contre les attaques de Diclidophlebia.

     

Les modalités du percher dans un assemblage de Scarabaeinae de la forêt de Guyane française

Le percher est un comportement répandu chez les espèces d’un assemblage de Scarabaeinae d’une forêt non perturbée de Guyane française. Quarante-trois espèces de percheurs ont été répertoriées sur 7 ans d’échantillonnage. Les fouisseurs diurnes de petite taille (moyenne 7,0 mm) dominaient sur les feuilles isolées et autour des défécations de Singes hurleurs ou des fèces humaines, avec une hauteur moyenne de percher de 62,8 cm. Les hauteurs étaient positivement corrélées aux tailles des insectes excepté pour cinq grandes espèces dont trois possédaient une défense chimique contre les prédateurs. Deux complexes mimétiques ont été identifiés. L’agrégation en dehors de la présence de ressource a été montrée. Les défécations de singes provoquaient une concentration d’insectes dont des Canthon (Glaphyrocanthon) arboricoles qui formaient leurs pilules sur les feuilles. D’autres espèces perchaient en attente de rencontrer au sol un partenaire ou de se livrer au kleptoparasitisme. Les signaux olfactifs pourraient jouer un rôle dans diverses modalités du percher. Compétition et prédation semblent être les principales contraintes auxquelles le percher répond.     

REGULAR ARTICLES

Generalized Additive Modeling with Implicit Variable Selection by Likelihood‐Based Boosting L'utilisation des modèles additifs généralisés dans l’analyse statistique de données souffre de la restriction à quelques variables explicatives et du problème du choix des paramètres de lissage. Le «boosting» d’un modèle additif généralisé contourne ces problèmes par l’intermédiaire d’un ajustement par étapes d’algorithmes d'apprentissage faibles. Une procédure d’ajustement est dérivée qui fonctionne pour toutes les familles de distribution exponentielle simple, incluant les variables réponse binomiale, de Poisson et normales. La procédure combine la sélection de variables et la détermination du degré approprié de lissage. Comme algorithmes d’apprentissages faibles, sont considérés les splines de régression pénalisés et les «stumps» pénalisés nouvellement introduits. Les estimations des déviations standard et les critères d’arrêt qui sont des problèmes notoires dans les procédures itératives sont basés sur une matrice chapeau approchée. La méthode est montrée comme étant un fort compétiteur par rapport aux procédures habituelles pour ajuster des modèles additifs généralisés. En particulier, il fonctionne très bien dans des situations à haute dimensionnalité avec beaucoup de variables de nuisance dans le prédicteur. Variable Selection for Logistic Regression Using a Prediction‐Focused Information Criterion L’utilisation de critères d’information pour guider la sélection des variables est habituelle en biostatistique. Nous proposons de nouvelles versions du critère de l’information ciblée (CIC) pour sélectionner les variables en régression logistique. Ce critère fournit des ensembles de variables qui dépendent de la cible à estimer. Sous sa forme standard, le CIC mesure l’erreur quadratique moyenne associée à l’estimateur de la quantité d’intérêt dans le modèle sélectionné. Nous proposons des formulations plus générales du CIC, autorisant d’autres mesures de risque, comme celles fondées, par exemple, sur l’erreur‐L_p. Quand on s’intéresse à la prédiction d’un événement, comme c’est souvent le cas dans les applications médicales, nous construisons un CIC fondé sur une mesure naturelle du risque, le taux d’erreurs. Une étude par simulation et l’application à une étude concernant la rétinopathie diabétique illustrent l’intérêt d’un critère de l’information dépendant à la fois de la quantité d’intérêt et de la mesure de risque choisie. A Goodness‐of‐Fit Test for Multinomial Logistic Regression Cet article propose un test d’adéquation d’un modèle logistique à des réponses multinomiales ou binomiales. Il s’agit d’un test du score de l’hypothèse nulle d’adéquation contre l’hypothèse alternative que les résidus de sous‐échantillons proches dans l’espace des covariables ont tendance à se ressembler. La statistique de test est une somme de carrés de résidus lissés qui peut s’interpréter comme un test du score dans un modèle mixte. La spécification de la distance dans l’espace des covariables permet de choisir l’hypothèse contre laquelle le test est dirigé et d’en faire soit un test omnibus, soit un test ad hoc de l’adéquation par rapport à l’effet de certaines covariables du modèle ou par rapport à certaines modalités d’une réponse multinomiale. A Generalized Response Surface Model with Varying Relative Potency for Assessing Drug Interaction Lors de l’administration simultanée de plusieurs traitements les investigateurs cherchent souvent àétablir quel est le type d’interaction entre les substances: potentialisation, synergie ou antagonisme. De nombreux modèles de surface de réponse, basés sur le modèle d’additivité de Loewe, exigent que le rapport d’activité (ou la puissance relative) soit constant et certains d’entre eux utilisent un seul paramètre pour décrire le type d’interaction. L’hypothèse d’un rapport d’activité constant est cependant trop restrictive et les modèles à un paramètre sont inadéquats quand le type d’interaction varie en fonction des combinaisons des substances. Nous proposons un modèle généralisé de surface de réponse utilisant une fonction de la dose au lieu d’un paramètre unique pour décrire l’écart à l’additivité. Le modèle proposé peut incorporer également des variations des rapports d’activité variables entre plusieurs substances. La capacité du modèle à décrire les différentes formes d’interaction est illustrée par des exemples et des simulations. Semiparametric Analysis of Zero‐Inflated Count Data La recherche médicale et de santé publique est souvent impliquée dans l’analyse de données de comptage qui contiennent une grande proportion de zéros, telles que le nombre d’attaques cardiaques et le nombre de jours d’arrêt de travail dans une période donnée. Pour modéliser de telles données, on utilise généralement un modèle de régression de Poisson avec un grand nombre de zéros, qui suppose une hétérogénéité en deux points dans la population caractérisée par un effet binaire aléatoire. Les sujets sont grossièrement séparés en deux catégories, le groupe à faible risque pour les comptages à zéro, et le groupe à haut risque (ou normal) pour lequel on peut utiliser un modèle de régression de Poisson. Le but principal est d’identifier les variables explicatives qui ont des effets significatifs sur (i) la probabilité que le sujet appartienne au groupe à faible risque au moyen d’une régression logistique; et (ii) la taille des comptages sachant que le sujet est issu du groupe à haut risque, au moyen d’un modèle de régression de Poisson où les effets des covariables sont supposés liés linéairement au logarithme naturel de la moyenne des comptages. Dans cet article, nous construisons un modèle semi‐paramétrique de régression de Poisson à zéro augmenté qui postule une relation possiblement non linéaire entre le logarithme naturel de la moyenne des comptages et une covariable particulière. Nous proposons une méthode de criblage pour l’estimation par maximum de vraisemblance. Les propriétés asymptotiques de cette méthode d’estimation sont discutées. Nous montrons que, sous certaines conditions assez faibles, les estimateurs sont asymptotiquement efficaces et normalement distribuées. Des études de simulation ont été réalisées pour voir les performances de la méthode proposée. Pour l’illustrer, cette méthode a été utilisée sur un jeu de données provenant d’une enquête de santé publique en Indonésie, où la variable d’intérêt est le nombre de jours d’arrêt de travail dus à la maladie pendant une période de quatre semaines Semiparametric Analysis of Two‐Level Bivariate Binary Data Dans les études médicales, des réponses binaires appariées sont souvent observées pour des sujets étudiés au cours du temps ou pour des grappes. L'intérêt premier est d'étudier comment l'association bivariée et les risques marginaux univariés sont affectés par des mesures répétées sur chaque sujet. Pour atteindre ce but, nous proposons une classe très générale de modèles binaires bivariés semi‐paramétriques. Les effets spécifiques du sujet inclus dans le log odds‐ratio bivarié et les composantes logit univariées sont supposées suivre un processus non paramétrique de Dirichlet (DP). Nous proposons une méthode hybride pour faire de l'inférence basée sur le modèle. Dans la construction de la méthode hybride proposée, l'estimation des paramètres est faite en implémentant un algorithme de Monte‐Carlo EM (MCEM). La méthodologie proposée est illustrée par une étude de l'efficacité du Tibolone, pour réduire les problèmes liées à la ménopause rencontrés par les femmes indiennes. Une étude de simulation est aussi conduite pour évaluer l 'efficacité de la nouvelle méthodologie. A Nonlinear Model with Latent Process for Cognitive Evolution Using Multivariate Longitudinal Data La cognition n’est pas directement mesurable. Elle est évaluée à l’aide d’une batterie de tests psychométriques qui peuvent être considérés comme des mesures quantitatives bruitées de la cognition. L’objectif de cet article est de proposer un modèle permettant de décrire la cognition non observée chez les personnes âgées et d’évaluer l’impact de variables explicatives directement dessus. Le processus latent défini en temps continu et représentant la cognition est modélisé par un modèle linéaire mixte prenant en compte des variables dépendantes du temps et les tests psychométriques sont ensuite définis comme des transformations nonlinéaires paramétrées du processus latent. L’estimation des paramètres à la fois dans le modèle mixte et dans les transformations nonlinéaires est obtenue en maximisant la vraisemblance observée et des méthodes graphiques sont utilisées pour évaluer l’adéquation du modèle. La méthode est appliquée aux données de la cohorte prospective française PAQUID. Low‐Rank Scale‐Invariant Tensor Product Smooths for Generalized Additive Mixed Models Une méthode générale est présentée pour construire des fonctions de lissage basées sur des produits tensoriels de faible rang et utilisées comme composantes de GAMs ou de GAMMs. Une approche de type régression pénalisée est adoptée dans laquelle chaque produit tensoriel de plusieurs variables est construit à partir des lisseurs de chaque variable prise séparément, ces lisseurs «marginaux»étant définis avec une fonction de faible rang et associée à une pénalité quadratique sur les fluctuations. Les lisseurs offrent plusieurs avantages (i) ils ont une pénalité sur les fluctuations pour chaque covariable et sont donc insensibles à une transformation linéaire des covariables, les rendant utiles quand il n’y a pas de façon naturelle pour mettre à l’échelle les covariables entre elles; (ii) ils ont un plage utile du degré de lissage personnalisable, à la différence de la pénalité unique des lisseurs par produit tensoriels qui sont invariants à l’échelle; (iii) le rang relativement bas des lisseurs fait qu’ils sont numériquement efficients; (iv) les pénalités des lisseurs sont aisément interprétables en terme de forme de la fonction; (v) les lisseurs peuvent être générés complètement automatiquement à partir des fonctions de lissage marginales et des pénalités quadratiques associées, donnant au modélisateur une flexibilité considérable pour choisir la combinaison de base des pénalités la plus apporpriée à chaque tâche de modélisation; (vi) les lisseurs peuvent aisément être écrits comme des composants d’un modèle mixte linéaire ou linéaire généralisé standard, permettant de les utiliser comme des composants de la riche famille de tels modèles implémentés dans des logiciels standard et d’avoir l’avantage de méthodes numériques efficientes et stables qui ont été développées pour de tels modèles. Une petite étude de simulation montre que les méthodes peuvent favorablement se comparer aux méthodes ANOVA avec splines lissants récemment développées. Joint Modeling of Survival and Longitudinal Data: Likelihood Approach Revisited L’approche par le maximum de vraisemblance a permis de modéliser conjointement, dans les études longitudinales, le délai de survie et ses covariables longitudinales. Des effets aléatoires dans le processus longitudinal est souvent utilisé pour modéliser les délais de survie au travers d’un modèle à risques proportionnels, et cela fait appel à un algorithme EM pour rechercher l’Estimateur du Maximum de Vraisemblance (MLEs). Plusieurs problèmes sont étudiés ici, à savoir la robustesse du MLEs par rapport à un écart à l’hypothèse de normalité des effets aléatoires, ainsi que les difficultés pour obtenir des estimateurs fiables de l’écart type du MLEs via l’approche par la vraisemblance. Nous apportons des éclaircissements sur la propriété de robustesse et suggérons de passer outre les difficultés de la fiabilité de l’estimateur des écart‐types en utilisant des procédures de bootstrap. Des simulations et des analyses de données illustrent nos propos. Bayesian Semiparametric Dynamic Frailty Models for Multiple Event Time Data Beaucoup d’études biomédicales collectent des données sur le délai d’apparition d’un événement de santé, qui peut se produire de manière répétitive, comme les infections, les hospitalisations, les rechutes de la maladie, ou les évolutions tumorales. Pour analyser de telles données, il est nécessaire de prendre en compte la dépendance intra‐sujet entre les délais de ces multiples événements. Motivé par des données d’étude sur les tumeurs palpables, cet article propose un modèle dynamique de fragilité, et une approche inférentielle Bayesienne semi‐paramétrique. Le modèle à risques proportionnels est généralisé pour incorporer une fragilité spécifique à l’individu qui change de manière dynamique avec l’âge, tout en s’accommodant aux risques non‐proportionnels. Les hypothèses paramétriques sur la distribution de fragilité sont évitées en utilisant le processus de Dirichlet comme un a priori pour la fragilité partagée ainsi que pour les innovations multiples sur cette fragilité. En centrant le modèle semi‐paramétrique sur un modèle gamma dynamique conditionnellement‐conjugué, nous facilitons la programmation a postériori et nous évaluons convenablement le manque d’ajustement du modèle paramétrique. La méthode que nous proposons est appliquée à des données issues d’une étude de chimio‐prévention. Interval Mapping of Quantitative Trait Loci for Time‐to‐Event Data with the Proportional Hazards Mixture Cure Model Les modèles de mélange normaux pour établir des cartes génétiques par intervalle ont été un outil fondamental pour l’analyse de traits quantitatifs (QTL) sur des organismes expérimentaux. Quand le phénotype principal étudié est un événement retardé dans le temps, il est naturel d’utiliser alors des modèles de survie, tels que le modèle à risques proportionnels de Cox plutôt que le modèle de mélange normal pour modéliser un tel phénotype. Un enjeu supplémentaire dans la modélisation du temps jusqu’àévénement est de considérer que la population étudiée peut être composée de sujets susceptibles et de sujets non susceptibles. Dans cet article, nous proposons un modèle de mélange semi‐paramétrique à risques proportionnels permettant de prendre en compte une fraction de sujets non atteints, et qui permette de considérer des valeurs manquantes parmi les covariables. Nous discutons les applications de ce modèle à la cartographie des régions chromosomiques QTL, quand le trait principal est un événement apparaissant dans le temps au sein d’une population mixte de patients susceptibles ou non de présenter l’événement. Ce modèle peut être utilisé pour caractériser ces effets QTL, à la fois sur la susceptibilité et sur la distribution du temps jusqu’àévénement, et d’estimer la position de ces QTL. Ce modèle peut intégrer naturellement l’effet conjoint d’autres facteurs de risque. Les estimations par maximum de vraisemblance des paramètres du modèle ainsi que de leur variance peuvent être obtenues numériquement à l’aide d’un EM algorithme. Les méthodes proposées sont évaluées par des simulations sous des conditions couramment rencontrées en pratique et illustrées sur un jeu de données réelles comportant des temps de survie de souris infectées par Listeria monocytogenes. Une extension du modèle aux intervalles multiples est également discutée. Feature‐Specific Penalized Latent Class Analysis for Genomic Data Les données de la génomique sont souvent caractérisées par un nombre important de variables catégorielles mesurées chez un nombre relativement faible d’individus. Certaines de ces variables peuvent être absentes ou non informatives. Un exemple de telles données est la perte d’hétérozygocité (PH), une variable dichotomique observée sur un nombre limité de marqueurs génétiques. Nous considérons d’abord un modèle de classes latentes où, conditionnellement à l’appartenance non observée à l’une des k classes, les variables sont indépendantes avec des probabilités déterminées par un modèle régressif de faible dimension q. A l’aide d’une famille de pénalités incluant l’arête et le lasso, nous étendons ce modèle aux problèmes de plus grande dimension. Enfin, nous présentons une carte orthogonale qui transforme l’espace marqueurs en un espace de ‘caractéristiques’ pour lequel le modèle contraint a un meilleur pouvoir prédictif. Nous illustrons ces méthodes sur des données de PH recueillies sur 19 marqueurs chez 93 patients présentant une tumeur cérébrale. Pour ce jeu de données, la méthode de classe latente non pénalisée ne produit pas d’estimations. De plus, nous montrons que les classes a posteriori obtenues avec cette méthode sont associées à la survie des patients. Quantifying Genomic Imprinting in the Presence of Linkage L’analyse de liaison génétique classique confère le même poids à l’analyse des transmissions des allèles marqueurs paternels et maternels ce qui conduit à une nette baisse de puissance si les gènes étudiés sont soumis au phénomène d’empreinte parentale. Plusieurs stratégies ont été proposées pour prendre en compte les empreintes parentales dans le cadre de l’analyse de liaison modèle‐indépendante des traits binaires. Cependant, aucune de ces méthodes ne propose l’identification et la quantification du phénomène d’empreinte parentale en présence de liaison. En outre, les méthodes disponibles reposent sur l’analyse de paires de germains atteints et décomposent artificiellement les fratries de taille supérieure au prix d’une perte de puissance certaine. Nous proposons ici une approche globale, le MLB‐I (Maximum Likelihood Binomial – Imprinting), pour l’analyse de fratries de toute taille, qui associe i) un test de liaison prenant en compte le phénomène d’empreinte parentale, ii) un test d’empreinte parentale en présence de liaison, iii) un test du caractère complet ou partiel de l’empreinte. Par ailleurs, l’empreinte parentale est quantifiée au moyen d’un indicateur original. La distribution des trois statistiques proposées est dérivée et validée sous leur hypothèse nulle respective par étude de simulation sous différents modèles de transmission génétique. La puissance des tests est également évaluée. Cette méthode est directement applicable au criblage entier du génome comme l’illustre l’analyse de fratries avec des germains atteints de lèpre. Notre approche fournit un nouvel outil pour la dissection de l’empreinte parentale en analyse de liaison modèle‐indépendante, et sera d’un intérêt majeur pour identifier et évaluer la contribution des gènes soumis à empreinte parentale dans les maladies génétiques complexes. A Method for Estimating Penetrance from Families Sampled for Linkage Analysis Quand on découvre un variant génétique en ségrégation avec une maladie, il peut être intéressant d’estimer le risque de la maladie (ou le risque spécifiquement associéà l’âge) pour les individus porteurs du variant. Les familles ayant contribuéà la découverte du variant doivent généralement compter plusieurs porteurs et, de ce fait, si le variant est rare, elles peuvent constituer une source intéressante de sujets d’étude pour l’estimation du risque. Mais ces familles, qui ont attiré l’attention des chercheurs sur le gène en question, peuvent de ce fait ne pas être représentatives de la relation existant entre le statut de porteur du gène et le risque de maladie dans la population. Utiliser ces familles pour estimer le risque pourrait affecter d’un biais l’association trouvée entre le variant et le risque. Le but de cet article est de présenter une méthode d’ajustement pour ce biais potentiel quand on utilise les familles de l’analyse de liaison pour estimer le risque. A Unified Approach for Simultaneous Gene Clustering and Differential Expression Identification Bien que la classification non‐supervisée et l’identification de gènes différentiellement exprimés soient d’importance égale dans la plupart des études utilisant les puces à ADN, ces deux problèmes sont souvent traités de façon indépendante. Clairement, cette stratégie n’est pas la plus efficace pour extraire l’information. L’objectif principal de cet article est de développer une méthode statistique cohérente qui permette de classifier et de détecter simultanément les gènes différentiellement exprimés. Grâce à l’échange d’informations entre ces deux opérations, l’approche proposée produit une classification des gènes plus adéquate et est plus sensible pour identifier les gènes différentiellement exprimés. L’amélioration par rapport aux méthodes existantes est illustrée à la fois par nos résultats de simulations et par une étude de cas. Shrunken p‐Values for Assessing Differential Expression with Applications to Genomic Data Analysis Pour beaucoup de problèmes liés aux technologies produisant des données à grande échelle, l’inférence statistique implique des centaines ou des milliers d’hypothèses. Récemment, beaucoup d’attention a été dévolue aux tests multiples; on s’est concentré en particulier sur le taux de faux positifs. Dans cet article, nous considérons une autre procédure d’estimation nommée «p‐valeurs rétrécies pour l’évaluation de l’expression différentielle» (SPADE). Les estimateurs sont inspirés du principe de risque issu de la théorie de la décision et conduisent à une méthode complètement nouvelle d’ajustement des p‐valeurs obtenues lors de tests multiples. De plus, la théorie de la décision permet de dériver une règle de décision pour contrôler le nombre de faux positifs. Nous présentons des résultats théoriques et illustrons la méthodologie proposée à l’aide de simulations et d’une application à des données d’expression issues d’une étude sur le cancer de la prostate. Fragment Length Distributions and Collision Probabilities for AFLP Markers L’AFLP est une technique d'empreinte digitale d'ADN fréquemment utilisée en sciences végétales et animales. Un de ses inconvénients est l'occurrence de fragments multiples d'ADN de même longueur dans une simple ligne d'AFLP, que nous appelons une collision. Dans cet article nous quantifions le problème. Le problème bien connu du jour de naissance joue un rôle. Le calcul des probabilités de collision exige une distribution de la longueur du fragment (fld). Nous discutons trois manières d'estimer le fld: basé sur des considérations théoriques, sur la détermination in‐silico en utilisant des données de séquence d'ADN d'Arabidopsis thaliana, ou sur l'estimation directe à partir des données d'AFLP. Dans le dernier cas nous employons un modèle linéaire généralisé avec lissage monotone des probabilités de longueur de fragment. Des probabilités de collision sont calculées à partir de deux perspectives, en supposant des comptages connus de fragment et en supposant de comptages connus de bande. Nous comparons des résultats pour un certain nombre de fld, s'étendant de l'uniformitéà la dissymétrie la plus forte. La conclusion est que les collisions se produisent souvent, avec des probabilités plus élevées pour des nombres plus élevés de bandes, pour des distributions plus dissymétriques et, à un moindre degré, pour de plus petits intervalles de marquage. Pour un génome végétal typique un AFLP avec 19 bandes est susceptible de contenir la première collision. Des implications pratiques des collisions sont discutées. Des exemples d'AFLP de la laitue et de la chicorée sont employés en guise d’illustration. Susceptibility of Biallelic Haplotype and Genotype Frequencies to Genotyping Error Avec la mise à disposition de techniques de génotypage à haut débit ainsi que des bases de données génétiques, la recherche d'association entre des polymorphismes de substitution et un trait complexe est devenue un domaine important de recherche méthodologique en génétique médicale. Cependant, les erreurs de génotypage même relativement faibles peuvent conduire à de fausses associations et diminuer la puissance statistique. Nous proposons une approche systématique pour étudier comment des erreurs de génotypage peuvent changer les distributions génotypiques d'un échantillon. Le cas général à M‐marqueurs est réduit à celui d'un seul marqueur en identifiant la structure sous‐jacente du produit tenseur de la matrice des errors. La méthode et les conclusions s'appliquent au modèle général d'erreur; nous donnons des résultats détaillés pour le modèle à“erreur allélique" qui dépend à la fois du locus marqueur et de l'allèle présent. Les erreurs multiples sont traitées à partir du processus de diffusion associéà l'espace des distributions génotypiques. Nous montrons que certaines distributions génotypiques et haplotypiques restent inchangées en présence d'erreurs de génotypage et que ces erreurs rendent généralement la distribution plus proche de la distribution stable. Dans le cadre d'étude d'association cas‐témoins, cela conduit à une perte de puissance en présence d'erreurs de génotypage non‐différentielles et à une augmentation de l'erreur de type I pour des erreurs différentielles. De plus, nous montrons que des erreurs de génotypage sous le modèle à“erreur allélique" ne modifient pas l'équilibre d'Hardy‐Weinberg au niveau génotypique. Sous ce type d'erreurs, nous identifions les distributions les plus affectées. Comme elles correspondent aux situations où les allèles sont rares et les marqueurs en fort déséquilibre de liaison, une attention toute particulière aux erreurs de génotypage est recommandée en présence d'associations cas‐témoins observées au niveau allélique ou haplotypique. Statistical Analysis for Haplotype‐Based Matched Case–Control Studies En utilisant des données génotypiques déphasées, nous étudions l’inférence statistique de l’association entre une maladie et un haplotype dans des études cas‐témoins. L’inférence statistique pour les données d’haplotype est compliquée due à l’ambiguïté des phases de génotypes. Une méthode basée sur une équation d’estimation est développée pour estimer des odds ratios et tester des associations maladie – haplotype. La méthode peut potentiellement être appliquée au test de l’interaction haplotype – environnement. Des études de simulations montrent les bonnes performances de la méthode. La performance de la méthode en présence de déviations de l’équilibre de Hardy‐Weinberg est aussi étudiée. Optimization of Two‐Stage Genetic Designs Where Data Are Combined Using an Accurate and Efficient Approximation for Pearson's Statistic Dans la recherche des gènes associés à telle ou telle pathologie, les études cas‐témoin réalisées en deux étapes successives suscitent un intérêt croissant, en raison de la réduction des coûts de génotypage qu’elles permettent. De plus, au lieu d’analyser séparément les données de la deuxième étape, on peut effectuer un test plus puissant en regroupant les données des deux étapes. Cependant, il n’est alors pas possible d’utiliser les tests classiques, puisque seuls sont sélectionnés, pour la deuxième étape, les marqueurs jugés significatifs lors de la première étape; de surcroît, parce qu’elles portent en partie sur les mêmes données, les statistiques de test utilisées lors de chacune des deux étapes sont nécessairement corrélées entre elles. Or, on ne dispose pas d’approximations théoriques pour les tests les plus courants; quant aux simulations, leur lourdeur calculatoire, dans ce contexte spécifique, peut s’avérer problématique. C’est pourquoi nous proposons une approximation performante – c’est‐à‐dire à la fois précise et rapide en termes de temps de calcul CPU – pour la distribution de la statistique de Pearson associée à des tables de contingence 2 x m dans les études en deux étapes avec données poolées. Nous avons utilisé cette approximation dans le cadre d’une méthode itérative de recherche de plans optimaux en deux étapes. Les simulations effectuées étayent la fiabilité de notre approximation, et les résultats numériques confirment que l’utilisation de plans en deux étapes réduit de façon substantielle la quantité des génotypages à réaliser. En choisissant de pooler les données (plutôt que ne pas les pooler), on diminue en moyenne les tailles d’échantillons de 15% et le nombre de génotypages de 5%. Case‐Cohort Designs and Analysis for Clustered Failure Time Data Les plans de type cas‐cohorte apportent un schéma efficient et économique pour l’étude de facteurs de risque de maladies non fréquentes dans une large cohorte. Ils demandent le recueil de covariables pour les événements vérifiés au sein de toute la cohorte, et pour les individus d’une sous‐cohorte sélectionnée au début du suivi. Dans la littérature, les plans cas‐cohorte ont été très étudiés mais seulement dans le cadre de données univariées. Dans cet article, nous proposons des plans de type cas‐cohorte pour des données de durée multivariées. Une procédure d’estimation s’appuyant sur un modèle d’indépendance est utilisée pour estimer les paramètres de régression dans le modèle marginal des hasards proportionnels, où on laisse non spécifiée la structure de corrélation entre individus d’une même classe. On développe les propriétés statistiques des estimateurs proposés. Des études de simulations permettent d’étudier la performance des estimateurs proposés, et de comparer les qualités statistiques. On illustre la méthode proposée à l’aide de données provenant de l’étude TRIAD. A Semiparametric Empirical Likelihood Method for Biased Sampling Schemes with Auxiliary Covariates Nous considérons une procédure d’inférence semi‐paramétrique pour des données d’études épidémiologiques conduites selon un plan d’échantillonnage à deux composantes oùà la fois un échantillonnage aléatoire simple et des échantillons de résultats multiples ou de résultats auxiliaires sont observés. Ce plan de sondage permet aux enquêteurs de sur‐échantillonner certaines sous‐populations dans le but d’avoir plus d’informations sur le modèle de régression tout en améliorant la connaissance de la population sous‐jacente à travers le plan d’échantillonnage aléatoire simple. Nous restreignons notre étude à des dispositifs dans lesquels il n’y a pas d’information additionnelle sur la cohorte‐parent et où la probabilité d’échantillonnage est non identifiable. Notre problématique est motivée par une étude destinée àévaluer l’association entre le niveau de mutation du gène EGFR et la réponse anti‐tumorale à une thérapie ciblée EGFR parmi des patients ayant un cancer pulmonaire (hors anaplasique à petites cellules). La méthode proposée s’applique à la fois à des réponses binaires et multinomiales et admet une fonction de lien arbitraire dans le cadre des modèles linéaires généralisés. Des études de simulations montrent que l’estimateur proposé a des bonnes propriétés pour des petits échantillons. La méthode est illustrée par un exemple. Augmented Designs to Assess Immune Response in Vaccine Trials Ce papier introduit des méthodes utilisables dans les essais cliniques de vaccins pour aider à savoir si la réponse immunitaire à un vaccin est vraiment la cause d’une réduction du taux d’infection. Cela n’est pas facile car la réponse immunitaire à un vaccin(par exemple, contre le VIH) n’est observée que dans le groupe vacciné. Si nous savions ce qu’aurait été la réponse immunitaire spécifique au vaccin anti‐VIH dans le groupe placebo s’il avait été vacciné, cette réponse pourrait être traitée comme une covariable et son interaction avec le traitement pourrait être évaluée. De même, le taux d’infection en fonction de la valeur de cette covariable pourrait être comparé entre les deux groupes et appuierait le rôle causal de la réponse immunitaire si le risque infectieux diminuait en relation avec une réponse immunitaire accrue au vaccin uniquement dans le groupe vacciné. Nous introduisons deux méthodes d’inférence sur la réponse immunitaire spécifique. La première consiste à vacciner tout le monde avant le démarrage de l’essai par un autre vaccin sans rapport avec le vaccin anti‐VIH, par exemple le vaccin anti‐rabique. La randomisation garantit que la relation entre les réponses immunitaires au vaccin anti‐rabique et au vaccin anti‐VIH observée dans le groupe vacciné est la même que celle qui aurait pu être observée dans le groupe placebo. Nous déduisons une réponse au vaccin anti‐VIH pour les sujets sous placebo à partir de leur réponse au vaccin anti‐rabique et d’un modèle de prédiction dans le groupe vacciné. La deuxième méthode consiste à vacciner tous les sujets du groupe placebo non infectés à la fin de l’essai par le vaccin anti‐VIH et à enregistrer leur réponse immunitaire. Nous supposons que la réponse à la fin de l’essai est la même que ce qu’elle aurait été au début. Nous pouvons donc en déduire quelle aurait été la réponse immunitaire chez les sujets infectés du groupe placebo. De tels schémas peuvent aider àélucider le rôle de la réponse immunitaire dans la prévention des infections. Plus précisément, ils pourraient aider à décider l’amélioration ou l’abandon d’un vaccin anti‐VIH ayant montré une efficacité médiocre dans un essai de phase III. Statistical Inference in a Stochastic Epidemic SEIR Model with Control Intervention: Ebola as a Case Study Un modèle stochastique susceptible‐exposé‐infecté‐résistant (SEIR) à temps discret pour les maladies infectieuses est développé dans le but d’estimer les paramètres à partir de la série d'incidence quotidienne et de la série de mortalité d’une épidémie d'Ebola dans la république démocratique du Congo en 1995. La série d’incidence montre beaucoup de comptages faibles voir nuls ce qui nécessite une approche de modélisation stochastique. Pour identifier la nature stochastique des transitions entre les compartiments, nous spécifions des distributions binomiales conditionnelles appropriées. De plus, une fonction temporelle simple du taux transmission est introduite pour prendre en compte l’effet des interventions. Nous développons des méthodes MCMC pour l’inférence basée sur les distributions a posteriori des paramètres. L’algorithme est étendu pour intégrer numériquement des variables d’état du modèle non observées. Ceci conduit à un modèle stochastique réaliste qui peut être utiliser par des épidémiologistes pour étudier les dynamiques d’une maladies et l’effet des interventions. Measurement Error in a Random Walk Model with Applications to Population Dynamics Les abondances des populations naturelles sont rarement connues. Elles sont estimées avec une certaine imprécision. Cette erreur de mesure a des conséquences sur les analyses ultérieures, comme la modélisation de la dynamique de la population et l'estimation des abondances probables dans le futur. Cet article analyse certaines questions encore ouvertes sur les conséquences de l'erreur de mesure sur la dynamique d'un modèle simple, la marche aléatoire avec dérive, et propose de nouvelles méthodes de correction de l'erreur de mesure. Nous présentons un éventail large de modèles d'erreur de mesure qui tolèrent à la fois l'hétéroscédasticité et de possibles corrélations entre erreurs de mesure, et nous fournissons des résultats analytiques sur les biais des estimateurs ignorant l'erreur de mesure. Nos nouveaux estimateurs incluent à la fois la méthode des moments et des «pseudo estimateurs» résultant de la synthèse d'estimations observées d'abondances de population et d'estimations de paramètres du modèle d'erreur de mesure. Nous dérivons les propriétés asymptotiques de notre méthode et des méthodes existantes et comparons leurs performances en échantillons finis par simulation. Nous analysons aussi les implications pratiques de ces méthodes en les utilisant pour analyser deux jeux de données réels de dynamique de populations. Multistage Evaluation of Measurement Error in a Reliability Study Nous proposons des procédures de tests séquentiels pour la planification et l’analyse dans des études de fiabilité pour évaluer l’erreur de mesure d’une exposition. Nos schémas permettent l’évaluation répétitive de la fiabilité des mesures, et un arrêt de test lorsque l’erreur de mesure est mise en évidence précocement dans les limites de tolérance. Nos méthodes sont développées et les valeurs critiques calculées pour un certain nombre de schémas à deux étapes. Nos méthodes sont illustrées à l’aide d’un exemple évaluant la fiabilité de bio marqueurs associés au stress oxydatif. Effects of Residual Smoothing on the Posterior of the Fixed Effects in Disease‐Mapping Models Les modèles de cartographie de maladies pour des données aréolaires ont souvent des effets fixes pour mesurer l'effet de covariables variant spatialement et des effets aléatoires avec un a priori autorégressif conditionnel (CAR) pour prendre en compte la corrélation spatiale. Dans de telles régressions spatiales, l'objectif peut être d'estimer les effets fixes en prenant en compte la corrélation spatiale. Mais ajouter les effets aléatoires CAR peut provoquer de grands changements dans la moyenne et la variance a posteriori des effets fixes, comparé au modèle de régression non‐spatial. Ce papier explore l'impact de l'ajout des effets aléatoires spatiaux sur les estimations des effets fixes et la variance a posteriori. Des diagnostiques sont proposés pour mesurer l'inflation de la variance a posteriori due à la colinéarité entre les covariables à effets fixes et les effets aléatoires CAR et de mesurer chaque influence des régions sur le changement des estimations des effets fixes lorsque des effets aléatoires CAR sont ajoutés. Un nouveau modèle qui allège la colinéarité entre les covariables à effet fixe et les effets aléatoires CAR est développé. Des extensions des ces méthodes à des modèles pour données ponctuellement référencées sont discutées. Equivalence of Truncated Count Mixture Distributions and Mixtures of Truncated Count Distributions Ce papier porte sur la modélisation de données de comptage avec une troncation en zéro. Une famille de densités paramétrique de comptage est considérée. Le mélange tronqué de densités de cette famille est différent du mélange de densités tronquées de la même famille. Alors que le premier modèle est plus naturel à formuler et interpréter, le deuxième est théoriquement plus facile à traiter. Il est montré que pour n'importe quelle distribution mélangeante conduisant à un mélange tronqué, une distribution mélangeante (d'habitude différente) peut être trouvée, si bien que le mélange associé de distributions tronquées est égale au mélange tronqué et vice versa. Ceci implique que les surfaces de vraisemblance pour les deux situations s'accordent, et dans ce sens les deux modèles sont équivalents. Les modèles de données de comptage avec troncation en zéro sont utilisés fréquemment en capture‐recapture pour estimer la taille de la population et il est montré que les deux estimateurs de Horvitz‐Thompson associés à ces deux modèles sont en accord. En particulier il est possible d'obtenir des résultats forts pour les mélanges de densités de Poisson tronquées incluant une construction globale fiable de l'unique estimateur NPMLE de la distribution mélangeante, ce qui implique un estimateur unique pour la taille de la population. Le bénéfice de ce résultat réside dans le fait qu'il est valide de travailler avec le mélange de densités de comptage tronquées, qui est moins attractif pour le praticien mais théoriquement plus facile. Les mélanges de densités de comptage tronquées forment un modèle linéaire convexe, pour lesquels une théorie a été développée incluant une théorie du maximum de vraisemblance globale aussi bien que des approches algorithmiques. Une fois que le problème a été résolu dans cette classe, il devrait être facile de revenir au problème original par une transformation explicitement donnée. Des applications de ces idées sont données, spécialement dans le cas de la famille de Poisson tronquée. New Approximations to the Malthusian Parameter Des approximations du paramètre malthusien d’un processus de branchement age‐dépendant sont obtenues en fonction des moments de la distribution du temps de survie, en utilisant un lien avec la théorie du renouvellement. Plusieurs exemples montrent que nos nouvelles approximations sont plus précises que celles actuellement utilisées, même lorsqu’elles ne sont basées que sur les deux premiers moments. Ces nouvelles approximations sont étendues pour s’adapter à une forme de division cellulaire asymétrique rencontrées chez certaines espèces de levures. Nous montrons qu’elles sont d’efficience élevée lorsqu’on les utilise dans un cadre inférentiel. Adaptive Web Sampling Une classe flexible d'échantillonnage adaptatif est introduit pour échantillonner dans un contexte de réseau ou spatial. Les sélections sont réalisées séquentiellement avec un mélange de lois basé sur un ensemble actif qui change lorsque l'échantillonnage progresse en utilisant des relations de réseau ou spatiales ainsi que des valeurs de l'échantillon. Les nouveaux plans de sondage ont des avantages certains comparés aux plans adaptatifs préexistants et aux plans par dépistage de liens, incluant un contrôle sur les tailles d'échantillons et sur la proportion de l'effort alloué aux sélections adaptatives. Une inférence efficace implique un moyennage sur tous les chemins consistant avec la statistique suffisante minimale. Une méthode de réechantillonnage par chaîne de Markov permet de réaliser l'inférence. Les plans sont évalués dans des dispositifs de réseaux ou spatiaux en utilisant deux populations empiriques: une population humaine cachée à risque pour le VIH/Sida et une population d'oiseaux irrégulièrement distribuée. Motor Unit Number Estimation—A Bayesian Approach Toute contraction musculaire dépend de l’état de fonctionnement des unités motrices. Dans des maladies comme la sclérose latérale amyotrophique (SLA), la perte progressive des unités motrices conduit à la paralysie. Une difficulté majeure dans la recherche d’un traitement pour ces maladies réside dans l’absence d’une mesure fiable de la progression de la maladie. Une mesure possible serait l’estimation du nombre d’unités motrices restant en vie. Toutes les méthodes proposées pour l’estimation du nombre d’unités motrices (ENUM) pendant près de 30 ans ont été confrontées à des objections pratiques et théoriques. Notre but est de développer une méthode ENUM surmontant ces objections. Nous enregistrons le potentiel d’activité musculaire composé (PAMC) d’un muscle donnée, en réponse à un stimulus électrique gradué appliqué au nerf. Lorsque l’intensité du stimulus augmente le seuil de chaque unité motrice est dépassé, et la valeur du PAMC augmente jusqu’à ce qu’une réponse maximale soit atteinte. Cependant, le potentiel seuil requis pour l’excitation d’un axone n’est pas une valeur précise, mais fluctue dans un petit intervalle, ce qui conduit à une activation probabiliste des unités motrices, en réponse à un stimulus donné. En cas de recouvrement des intervalles seuils des unités motrices, on peut être en présence d’alternatives dues à un nombre variable d’unités motrices activées en réponse au stimulus. Ceci signifie que les incréments de la valeur du PAMC correspondent à l’activation de différentes combinaisons d’unités motrices. Pour un stimulus fixé la variabilité du PAMC, rapportée par sa variance, peut être utilisée pour piloter une ENUM à l’aide d’une méthode de Poisson. Cependant cette méthode repose les hypothèses d’une part de distribution de Poisson pour le nombre d’unités motrices activées, et d’autre part de taille fixe et identique pour tous les potentiels d’activation des unités motrices (PAUM) simples. Ces hypothèses ne sont pas nécessairement justifiées. Nous proposons une méthodologie bayésienne pour l’analyse des données électrophysiologiques en vue de l’estimation du nombre d’unités motrices. Notre méthode ENUM incorpore la variabilité des seuils, la variabilité intra‐ et inter‐ PAUM simples, et une variabilité de base. Notre modèle ne donne pas seulement le nombre le plus probable d’unités motrices, mais fournit également des informations sur la population formée par ces unités, et sur les unités individuelles. Nous utilisons les méthodes MCMC pour obtenir l’information sur les caractéristiques des unités motrices individuelles, sur la population des unités motrices, et le BIC pour ENUM. Nous testons notre méthode ENUM sur trois sujets. Notre méthodes fournit une estimation reproductible pour un patient atteint de SLA sévère mais stable. Dans une étude de série, nous montrons la chute du nombre des unités motrices chez un patient présentant une maladie rapidement évolutive. Enfin, avec le dernier patient, nous montrons que notre méthode permet d’estimer de grands nombres d’unités motrices. Extension of the Rank Sum Test for Clustered Data: Two‐Group Comparisons with Group Membership Defined at the Subunit Level Le test de somme des rangs de Wilcoxon est largement utilisé pour comparer deux groupes de données non normales. Ce test suppose l'indépendance des unités d'échantillonnage à la fois entre les groupes et à l'intérieur des groupes. En ophtalmologie, les données concernent souvent les deux yeux d'un même individu, qui sont hautement corrélées. Dans les essais cliniques en ophtalmologie, la randomisation est effectuée au niveau de l'individu, mais l'unité d'analyse est l'?il. Si l'?il est utilisé comme unité dans l'analyse, alors la formule usuelle de la variance du test de somme des rangs de Wilcoxon doit être modifiée pour tenir compte de la dépendance à l'intérieur des grappes. Dans certains dispositifs avec données en grappes, où l'unité d'analyse est la sous‐unité, l'appartenance au groupe doit être définies au niveau de la sous‐unité. Par exemple, dans certains essais cliniques en ophtalmologie, des traitements différents peuvent être appliqués à chaque ?il de certains patients, alors que le même traitement peut être appliqué aux deux yeux d'autres patients. En général, il peut y avoir des covariables binaires spécifiques de l'?il (cotées comme ‘exposé' ou ‘non exposé') et l'on souhaite comparer des résultats distribués non normalement entre yeux exposés ou non exposés au moyen d'un test de somme des rangs de Wilcoxon tout en prenant en compte les grappes. Dans cet article, nous présentons une formule corrigée pour la variance de la statistique de la somme des rangs de Wilcoxon en présence de covariables spécifiques de l'?il (sous‐unité). Nous l'appliquons pour comparer des scores de démangeaison chez des patients qui ont une allergie oculaire entre yeux traités par des gouttes actives ou des gouttes placebo, sachant que certains patients reçoivent les mêmes gouttes dans les deux yeux, alors que d'autres patients reçoivent des gouttes différentes dans chaque oeil. Nous présentons également des comparaisons entre le test de Wilcoxon pour des grappes, et chacune des approches par tests de rangs signés et modèle mixte, et nous montrons des différences très notables de puissance en faveur du test de Wilcoxon pour grappes dans certains dispositifs.     

Control experiments usingAgrotis segetum granulosis virus againstAgrotis ipsilon [Lep.: Noctuidae] on tobacco seedlings in Northern Pakistan

Agrotis segetum Schiff. granulosis virus propagated in Denmark was applied against released 2nd instar larvae ofAgrotis ipsilon (Hfn.) in tobacco plots in nurseries at Peshawar and Bhurbun (Murree), Northern Pakistan. Nursery bed plots were isolated from the surroundings by net roof and plastic sheets. Granulosis virus concentrations used were 5×10⁷ and 10⁹ capsules per ml water, and 250 ml water per plot (1–4 m²). Reductions of cutworms as well as cutworm damages varied between 72 and 100% as compared to plots only treated with water. Addition of active coal to the GV did not increase reduction percentages. A possible effect of the GV could be traced one year after treatment.

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Résumé Le virus de la granulose d'Agrotis segetum Schiff. multiplié au Danemark a été appliqué contre le 2^e stade des chenilles deAgrotis ipsilon (Hfn.) dans des parcelles expérimentales à Peshawar et Bhurbun (Murree), Pakistan du nord. Les parcelles isolées avec des filets et des feuilles plastiques furent infestées artificiellement en chenilles. Les concentrations de GV utilisées furent de 5×10⁷ et 10⁹ granules par ml d'eau, 250 ml de la suspension préparée étant distribués par parcelle de 1 à 4 m². La réduction du nombre de chenilles et celui des plantes endommagées varie de 72 à 100% par rapport aux notations effectuées dans les parcelles traitées avec de l'eau pure. L'addition du charbon actif au GV n'augmente pas son effet. Une action du traitement a été retrouvée un an après l'application.

     

Influence of relative humidity on the development of fungal infection caused byBeauveria bassiana [Fungi Imperfecti,Moniliales] in imagines ofAcanthoscelides obtectus [Col.: Bruchidae]

The incubation of imagines ofAcanthoscelides obtectus Say inoculated with conidia ofBeauveria bassiana (Bals.) Vuillemin under different relative humidities, between 0 and 100% R. H., shows that infection develops independantly of the humidity; the development of the fungus on the cadaver is only possible when the humidity values are near the saturation point.

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Résumé L'infection des imagos d'Acanthoscelides obtectus Say par des conidies deBeauveria bassiana (Bals.) Vuillemin a été étudiée, au laboratoire, en fonction des valeurs de l'humidité relative de l'atmosphère ambiante (de 0 à 100% H. R.). Il a été ainsi démontré que l'infection est possible quelle que soit la valeur de l'humidite relative; par contre le développement végétatif du champignon et donc sa sporulation à l'extérieur des cadavres ne se produisent qu'à des humidités égales ou supérieures à 92% H. R. On comprend, dans ces conditions, que le développement des épizooties naturelles, lié à la présence d'un inoculum pathogène, n'ait lieu que dans les biotopes où règne une humidité relative proche de la saturation; à l'inverse les résultats obtenus indiquent qu'il est possible d'infecter une population de ravageurs par dispersion artificielle d'un inoculum multiplié au laboratoire indépendamment des valeurs de l'humidité relative de l'atmosphère.

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Avec la collaboration technique deP. H. Robert etAnnick Glandard.     

Étudein vitro en microcinématographie des réactions cellulaires d'invertébrés vis-a-vis d'agents bactériens et cryptogamiques

Le déroulement de divers types de phagocytoses, et de la formation de granulomes hémocytaires a été analysé en détail en utilisant la microcinématographie image par image. Ces réactions de défense ont été reproduitesin vitro sur les systèmes hémocytaires des mollusquesHelix etZonites, et ont permis de montrer pour les bactéries (Streptococcus) les différents stades de l'englobement direct et rapide des corps bactériens, ainsi que les mouvements orientés des pseudopodes accompagnés de déplacements des cellules qui aboutissent à l'incorporation des germes. Il a été observé que des hémocytes parviennent à phagocyter même des filaments myceliens de taille importante (Metarrhizium) par un processus lent consistant en la fixation progressive de la cellule qui plie le mycelium. Enfin, toute l'évolution de la formation des granulomes multicellulaires a été suivie d'une manière ininterrompue, notamment l'attraction des premières cellules, l'afflux et la superposition de plus en plus serrée d'hémocytes en nombre croissant, jusqu'à l'arrêt de l'évolution de cette réaction. Ces résultats mettent en évidence l'acquisition par les cellules groupées autour du champignon d'une attraction nette sur d'autres hémocytes, déclenchant de leur part une réaction d'adhésion. Ils montrent enfin que l'association de la reproductionin vitro des réactions cellulaires avec la technique microcinématographique est un principe d'étude particulièrement intéressant pour suivre la dynamique des réactions de défense à l'échelle cellulaire, et l'action de substances chimiques ou d'influences microbiennes sur ces processus.     

CARACTÉRISTIQUES DE LA REPRODUCTION DE MACHAERIDIA BILINEATA DANS UNE SAVANE DE CÔTE D'IVOIRE

A partir de dissections systématiques de femelles capturées sur le terrain, une étude des caractéristiques de la reproduction de Machaeridia bilineata Stål a été réalisée dans les savanes de Lamto (Côte d'Ivoire), complétée par quelques données en provenance de Ouango-Fitini. Cet acridien univoltin, une des espèces dominantes de Lamto, passe la saison sèche au stade d'imago immature. Le dépôt du vitellus commence dans les ovocytes vers la mi-février, soit près de 2 mois après les mues. Au cours de sa vie, une femelle ne pond en moyenne qu'une fois et demi à deux fois, mais avec un taux de réussite de 95%. Chaque femelle produit alors de 15 à 20 ?ufs. Une des caractéristiques de cette espèce est la rétention des ovocytes dans les calices avant la ponte. A Ouango-Fitini, les phénomènes sont décalés de 5 à 6 semaines par rapport à Lamto. Il n'y a pas de lien entre le début de la maturation sexuelle et le passage des feux. Pour la période d'étude, il existe une relation avec l'arrivée des premières pluies, mais les limites de ce synchronisme restent à préciser.     

Studies on the use ofMetarhizium anisopliae to controlOryctes rhinoceros

Selected strains ofMetarhizium anisopliae (Metsch.) Sor. were grown on oat grain and tested in field experiments againstOryctes rhinoceros L. It was found thatM. anisopliae survived in breeding site materials for at least 24 months, with survival not greatly affected by the type of material or by seasonal factors. Naturally occurring breeding sites were examined 3 months after they had been surface treated with oat grain inoculum ofM. anisopliae. In most sites all the larvae had been killed by the fungus while some contained both diseased and apparently healthy larvae. Recommendations are made for the use ofM. anisopliae as part of a general control programme for this coconut pest.

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Résumé Certains types sélectionnés deMetarhizium anisopliae ont été cultivés sur des grains d'avoine et examinés en tant qu'insecticides biologiques au cours d'expériences pratiques contre lesOryctes rhinoceros. Les résultats ont montré queM. anisopliae peut survivre sur les matériaux du lieu de culture pendant au moins vingt-quatre mois, leur survie n'étant pas particulièrement affectée par le type de matériel ou par les facteurs saisonniers. Les lieux de culture naturels ont été examinés trois mois après qu'ils aient été traités superficiellement par l'inoculum de grain d'avoine deM. anisopliae. La plupart des lieux de culture contenaient seulement des cadavres de larves d'O. rhinoceros tués par le champignon tandis que certains autres contenaient à la fois des larves malades et des larves en apparence saines. L'utilisation deM. anisopliae est recommandée dans le cadre du programme général de lutte contre cet insecte nuisible qui s'attaque à la noix de coco.