基于线粒体基因cyt b的鹟亚科部分鸟类系统发育

采用分子系统学方法对鹟亚科(Muscicapinae)6属31种鸟类的cytb基因序列992bp进行系统发生分析。以荒漠伯劳(Lanius isabellinus)和发冠卷尾(Dicrurus hottentottus)为外群,采用贝叶斯法(Bayesian,BI)、最大似然法(Maximum-likelihood,ML)和最大简约法(Maximumparsimony,MP)分别构建鹟亚科的系统发育树。结果支持:寿带属(Terpsiphone)、扇尾鹟属(Rhipidura)与方尾鹟属(Culicicapa)可从鹟亚科中移出,其中寿带属归入王鹟科(Monarchidae),扇尾鹟属与方尾属归入扇尾鹟科(Rhipiduridae);鹟属(Muscicapa)、仙鹟属(Niltava)为单系发生,并聚为姐妹群,亲缘关系较近;姬鹟属(Ficedula)并非单系发生,白眉姬鹟(Ficedulazanthopygia)在3种系统发生树中的位置差别较大,研究结果未能确定其分类地位;铜蓝(Muscicapa thalassina)与白腹蓝(Cyanoptila cyanomelana)亲缘关系较近,前者应从属中移出,后者应从姬属移出,共同归入仙属或列为仙属的姐妹属。上述结论解决了亚科部分有争议属、种间的进化关系,为亚科分类系统提供了DNA水平证据。     

基于16S rDNA序列探讨中国剑角蝗科的单系性及其六属的系统发育关系

在中国学者夏凯龄的分类系统中,剑角蝗科Acrididae一直被看作是单系群,包含6个亚科。但是,近年来的研究对其单系性争议较大。为探讨其单系性和剑角蝗属等6属的系统发育关系,我们测定了剑角蝗科14种蝗虫的16S rRNA基因部分序列,并从GenBank中下载了1种蝗虫的同源序列。以蚱科的2个种作外群,用NJ、MP及ML法重建系统发生树。由三棵分子系统树中得出的系统发生关系与中国的分类系统差别较大,都不支持剑角蝗科是单系群,但与国外Kevan的系统相一致,提示我们国内的分类系统亟待修改和完善。长腹蝗亚科与斑腿蝗科的亲缘关系要近于与剑角蝗科的其他种类的关系。另外,尽管所测的红足剑角蝗和上海剑角蝗的16S rDNA的片段序列完全相同,我们仍不能断定二者是同一个物种[动物学报52 (2) : 302 -308 , 2006]。     

基于Cyt b基因的网翅蝗科系统发生重建

研究测定了蝗总科25种蝗虫的线粒体Cyt b部分序列,并从GenBank中下载了19种蝗亚目昆虫的Cyt b基因相应序列片段。本文目的是要建立网翅蝗科的系统发育关系并说明网翅蝗科在蝗总科中的分类地位。以瘤锥蝗科的云南蝗Yunnanites coriacea和长额橄蝗Tagasta marginella作为外群,用MP法和贝叶斯法重建系统发生树。比对后的序列长度是384 bp,包括167个简约信息位点。A T平均含量为70.7%,C G 平均含量29.3%。分子系统树表明:网翅蝗科并不是一个单系群。网翅蝗亚科和竹蝗亚科并非单系群。现存的雏蝗属并非单系群,应该是多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的网翅蝗科分类体系有很大的不同。     

基于12S rRNA和16S rRNA基因序列探讨中国蚤蝇科部分属间的系统发育关系

基于线粒体12S rRNA和16S rRNA基因序列联合分析,采用最大简约法、最大似然法和贝叶斯法分别构建了中国蚤蝇科14属的系统发育树.结果表明:联合分析序列总长度为819 bp,其中可变位点277个,简约信息位点200个;A+T平均含量为77.7%,具A、T偏倚性.系统发育分析显:中国蚤蝇科为单系发生,分为蚤蝇亚科和裂蚤蝇亚科两个单系群.蚤蝇亚科内脉蚤蝇属、锥蚤蝇属和刺蚤蝇属亲缘关系较近,栅蚤蝇属与栓蚤蝇属亲缘关系较近;裂蚤蝇亚科中虼蚤蝇属与裂蚤蝇属互为姐妹群,寡蚤蝇属与伐蚤蝇属互为姐妹群.     

蝗科高级阶元的分子系统发育(英文）

迄今,蝗科内各分类阶元之间的系统发生关系大部分是未知的。本文用来自中国24种蝗科昆虫的12SrDNA和16SrDNA2个基因的联合序列(共795bp)数据,以锥头蝗科的锥头蝗(Pyrgomorpha conica)为外群,重建了分子系统树。研究结果表明,在12SrDNA与16SrDNA组成的联合数据中,转换的替代速率明显比颠换的替代速率高得多,核酸的替代已经发生了饱和。分子系统树表明:斑翅蝗亚科是一单系群,该亚科是一个合法的亚科,但斑腿蝗亚科和蝗亚科都不是单系群;斑翅蝗亚科在蝗科内是一个相对原始的类群,而稻蝗亚科比斑翅蝗亚科相对进化,比蝗科的其他亚科的种类相对原始。     

应用16S rDNA序列探讨斑腿蝗科的单系性及其亚科的分类地位

本文测定了斑腿蝗科10亚科20种蝗虫和其他蝗科3种蝗虫的线粒体16S rDNA部分序列,并从GenBank中下载了15种蝗亚目昆虫的16S rRNA基因相应序列片段。比对后的序列长度是397 bp,其中有196个变异位点,157个简约信息位点,A+T平均含量为71.7%,C+G平均含量为28.3%。以序列差异比值为横坐标,以碱基转换数和颠换数为纵坐标作散点图,结果表明颠换多于转换,且随着差异程度的增加,转换明显出现了饱和。以蚱总科的日本蚱Tetrix japonica和卡尖顶蚱Teredorus carmichaeli作外群,用ME、等权MP、加权MP及贝叶斯法重建系统发生树。分子系统树表明,斑腿蝗科并非是一单系群,该科的切翅蝗亚科与稻蝗亚科也均不是一单系群;卵翅蝗、伪稻蝗和稻蝗三者有很近的亲缘关系;支持将黑蝗亚科和秃蝗亚科合为一个亚科——秃蝗亚科;现行的稻蝗亚科并非一单系群,而是一多系群。分子系统学研究结果和传统的基于形态特征的斑腿蝗科的分类体系有很大的不同。     

基于16S rRNA部分序列中国蝙蝠科蝙蝠系统发生分析

蝙蝠科蝙蝠遍布全世界,是蝙蝠中种类最多的一个科.尽管从形态学、胚胎学和分子生物学等方面认为蝙蝠科内长翼蝠亚科应该提升到科、鼠耳蝠属应该提升到亚科的分类地位,但是其科内的系统关系长期以来一直处于争议之中.本文对蝙蝠科11种38个标本线粒体16S rRNA部分序列进行了测序,并结合以前报道的13种(属于7科13属)蝙蝠的线粒体16S rRNA部分序列构建了系统树,结果表明:长翼蝠亚科可以提升到科的分类地位、鼠耳蝠属提升到亚科的分类地位,这与前人报道的结果一致;相对于由鼠耳蝠亚科、彩蝠亚科和管鼻蝠亚科构成的分支,蝙蝠亚科和Antrozoinae是一个并系群.蝙蝠亚科内的亲缘关系也进行了进一步的讨论.     

27种瓢虫mtDNA-COI基因序列分析及系统发育研究(鞘翅目:瓢虫科)

将自测的瓢虫科4亚科16种和从GenBank中检索到相关物种的mtDNA-COI基因编码区序列片断进行同源性比较,计算核苷酸使用频率,并构建分子系统树。在获得的471bp序列中,共有227个变异位点,195个简约信息位点,A T约占66.7%,转换发生比颠换更频繁。分子系统树表明:同种和同属的瓢虫均以较高置信值聚在一起,4个亚科都能恢复为单系;食植瓢虫亚科从系统树的基部最早分出,是瓢虫科最为原始的类群,小毛瓢虫亚科和盔唇瓢虫亚科首先聚为一支,显示二者具有较近的亲缘关系,然后再与瓢虫亚科相聚,食植瓢虫亚科的食植瓢虫属和裂臀瓢虫属均不是单系群。     

应用COⅠ基因序列探讨中国蚱总科四亚科部分物种的系统发生关系(英文)

通过测定蚱科26种蚱的线粒体DNA细胞色素c氧化酶Ⅰ基因的部分序列,分析了蚱亚科、短翼蚱亚科、刺翼蚱亚科及股沟蚱亚科部分物种的系统发育关系。以蜢总科的Vandiemenella viatica和Proriferasp.作为外群,构建了MP树和Bayes树。在获得的598bp的序列中,有289个变异位点,253个简约信息位点; A、T、G和C的碱基平均含量分别为31.6% ,32.7% ,19.5% ,16.2% , A+T含量高于G+C含量。分子系统树显示:蚱亚科尖顶蚱属和该亚科其他属的亲缘关系较远,而与短翼蚱亚科的狭顶蚱属有较近的亲缘关系。尖顶蚱属的广西尖顶蚱聚在短翼蚱科内,与该亚科的尖翅狭顶蚱形成姐妹群且支持两者关系的置信度很高,广西尖顶蚱不应属于蚱亚科尖顶蚱属。龙滩柯蚱与蚱属的桂南蚱形成姐妹关系,而庭蚱属的细庭蚱聚在柯蚱属中,且蚱亚科柯蚱属的防城柯蚱与刺翼蚱亚科的二刺羊角蚱形成姐妹关系,因此柯蚱属不是单系群,作为一个单独的属是可疑的;蚱属不是单系群,日本蚱也不是蚱属中的原始物种,锯齿股蚱和粗体蚱碱基序列完全相同,再次证明二者为同一物种。     

基于线粒体CO Ⅰ和Cyt b基因的粉蝶亚科及黄粉蝶亚科(粉蝶科)部分类群的分子系统发生

测定了粉蝶科的粉蝶亚科和黄粉蝶亚科14属共24种线粒体COⅠ和Cyt b基因部分序列,并从GenBank中下载了2种粉蝶的同源序列,以眼蝶科的2个物种为外类群,运用NJ法、贝叶斯法分别重建了分子系统树,探讨了它们的系统发生关系。基因序列分析结果表明,经比对和处理后的序列总长度为1111bp,其中变异位点478个,简约位点382个,碱基T、C、A、G平均含量为39.9%、16.9%、30.9%、12.3%,A＋T含量和C＋G含量分别为70.8%和29.2%。分子系统树显示：黄粉蝶亚科不是单系群,但其中迁粉蝶属和豆粉蝶属在不同的分析方法中均聚合在一起。粉蝶亚科形成一个独立的支系,其中,襟粉蝶族为并系群;粉蝶族的粉蝶属、飞龙粉蝶属和云粉蝶属具有较近的亲缘关系。     

基于COⅡ基因序列的斑腿蝗科部分亚科的分子系统学研究

采用PCR产物直接测序法测定了斑腿蝗科10个亚科16属22种的COⅡ基因585 bp的片段, 对序列的碱基组成进行了分析,并评估了数据集的系统发育信号;最后,以癞蝗科的肃南 短鼻蝗作为外群,采用NJ法、MP法、ML法以及贝叶斯推论法构建了系统树,以解决这些物种所代表的亚科之间的系统发育关系。结果表明：22种斑腿蝗科昆虫的COⅡ基因序列碱基组成表现强烈的A+T含量偏向性。对COⅡ基因585 bp序列片段构成的全数据组和根据密码子不同位点划分的密码子第一、第二和第三位点数据组的系统发育信号分析显示,所有数据组都具有一定的系统发育信息。在4种方法得到的合一树中发现： （1）星翅蝗亚科、刺胸蝗亚科、黑背蝗亚科、斑腿蝗亚科的亲缘关系较近;（2）卵翅蝗亚科与稻蝗亚科亲缘关系较近,建议卵翅蝗亚科似乎应归入稻蝗亚科中,板胸蝗亚科与这两个亚科的关系较近;（3）黑蝗亚科和秃蝗亚科似乎应合并为一个亚科;（4）切翅蝗亚科的4个属未聚在一起,表明这些属的区别较大,不是一个单系群;（5）黑蝗亚科和秃蝗亚科关系较近,且与本研究中其他几个亚科的亲缘关系相对较远。研究结果表明COⅡ基因在解决斑腿蝗科的亚科以下属种间的系统发育关系时是一个有效的分子标记。     

基于COⅠ基因的中国广头叶蝉亚科系统发育初探

广头叶蝉亚科Macropsinae广泛分布于世界各地,其内部分类系统较混乱,部分族属级分类地位一直存在争议。本文选取23种叶蝉样本(内群22种+外群1种),分析其线粒体COⅠ基因部分片段的序列组成和遗传距离,基于最大似然法和贝叶斯法构建广头叶蝉亚科系统发育树。结果发现,COⅠ基因片段序列A+T含量(68. 3%)明显较G+C含量(31. 7%)高;遗传距离在种间、属间和亚科间的差异有统计学意义;系统发育树较好地支持了横皱叶蝉属Oncopsis和尖尾叶蝉属Pedionis的单系性,但广头叶蝉属Macropsis和暗纹叶蝉属Pediopsoides较为混乱。     

基于28S rDNA片段的叩甲科昆虫系统发育分析:系统发育与分类(鞘翅目:叩甲科)（英文）

叩甲科昆虫是叩甲总科中最大的一科,广泛分布于全世界。但是直到现在叩甲科的分类系统还存在着不确定的地方,因为早期的分类系统是基于成虫和幼虫的外部形态特征建立的,很多的族、属、甚至亚科的划分都有争议。本研究利用核糖体28S rD NA片段,对国内采集的叩甲科昆虫共80种进行系统发育分析。分析中还采用了Gen Bank已有的86种叩甲科昆虫序列作为内群,14种外群,利用邻接法、最大似然法、最大简约法和贝叶斯法构建系统发育树。不同方法构建的系统发育树结构相同,并部分支持了基于外部形态特征建立的分类系统。结果显示,叩甲科共分为5个分支,分别为齿胸叩甲亚科分支、小叩甲亚科分支、心盾叩甲亚科分支、萤叩甲亚科分支以及叩甲亚科分支。其中,方胸叩甲属属于叩甲科类群,在系统树中却更加接近于红萤科,并且外群中萤科的位置也与以前的观点不同。研究的结果支持叩甲科昆虫具有良好的单系性。并且根据结果提出以下假设:尖鞘叩甲亚科、异角叩甲亚科和胖叩甲亚科可以纳入齿胸叩甲亚科内部;单叶叩甲亚科和槽缝叩甲亚科并入萤叩甲亚科;梳爪叩甲亚科并入叩甲亚科。这个结论还需要引入更多的种类及分子标记来加以证实。     

基于线粒体16S rDNA序列探讨蛱蝶科(鳞翅目, 蝶亚目)主要分类群的系统发生关系

本文测定了蛱蝶科7亚科27种蛱蝶和斑蝶科2种蝴蝶的线粒体16S rRNA基因部分序列,并从GenBank中下载了6种蛱蝶的同源序列。以斑蝶科的幻紫斑蝶和绢斑蝶作外群,通过遗传分析软件对这些序列进行了比较分析,用邻接法和贝叶斯法重建了蛱蝶科的系统发育树,探讨了蛱蝶科主要类群间的系统发育关系。序列分析的结果显示:经比对处理后获得494bp长度序列,其中有可变位点206个,简约信息位点145个;A T平均含量78.4%,C G平均含量为21.6%,具A、T偏倚性。分子系统树显示:蛱蝶亚科并非单系群;蛱蝶族中眼蛱蝶属应移入斑蛱蝶族;闪蛱蝶和蛱蝶亚科与蛱蝶亚科具有较近的系统关系;结果支持豹蛱蝶和釉蛱蝶合为一亚科即釉蛱蝶亚科;支持将秀蛱蝶和蛱蝶亚科从线蛱蝶亚科中分离出来。     

基于形态学证据的长足虻科系统发育研究(双翅目,短角亚目)

试图根据成虫形态学证据探讨长足虻科各亚科之间的系统关系,同时检验各个亚科的单系性.在比较形态学研究基础上,同时参考前人有关长足虻科高阶元分类的研究结果,筛选出42个来自头部、胸部(包括足和翅)、腹部、雌性和雄性外生殖器在亚科水平的分类特征,为了考察亚科的单系性,也包括亚科的自有衍征;运用支序分类的方法,首次分析并讨论了世界长足虻科17个亚科之间的系统发育关系.结果表明,长足虻科是一个严格的单系群,其支持的共同衍征为体色金绿,亚前缘脉端部与第1径脉中部愈合,前缘脉接近肩横脉处有1个缺刻,第2基室与盘室愈合,臀室短小、终止于径脉分叉点之前,雄性外生殖器明显向下或向前弯折,生殖背板具生殖孔,下生殖板与第9背板愈合.金长足虻亚科Sciapodinae腋瓣发达,中脉分叉,为最基部的支系,是最原始的亚科;而长足虻科的其他亚科构成一单系群,其共同衍征为腋瓣不明显,中脉不分叉.斜脉长足虻亚科Plagioneurinae也比较原始,是靠基部的支系,支持其单系性的特征为腹部第7～8节膜质化,生殖孔基位.异长足虻亚科Diaphorinae和锥长足虻亚科Rhaphiinae以及斯长足虻亚科Stolidosomatinae和合长足虻亚科Sympycninae分别构成姊妹群关系,斯长足虻亚科Stolidosomatinae的两个属Pseudosympycnus和Stolidosoma系统地位还有待进一步研究.此外,巴长足虻亚科Babindellinae、聚脉长足虻亚科Medeterinae和寇长足虻亚科Kowmunginae构成单系群,其共同衍征为臀脉短或不明显,无后顶鬃.研究所用标本大部分保存在中国农业大学昆虫标本馆,包括与美国史密森研究院和澳大利亚博物馆交换而来的标本,部分标本保存在比利时皇家科学院.     

基于叶绿体基因组数据的芸香科属间系统发育初步分析

为探究花椒属种水平系统进化关系以及为新品种培育研究奠定理论基础，该研究以芸香科物种的叶片为材料，采用改良CTAB法提取叶绿体DNA,利用BGISEQ-500平台进行叶绿体基因组测序，并对叶绿体基因组进行组装、注释，联合NCBI数据库数据，共获得芸香科19属49个物种的全叶绿体基因组序列。构建了芸香科属间系统进化关系。结果表明，(1)基于叶绿体基因组序列矩阵(总长196 641 bp),ML和BI 2种方法得到的系统发育树的拓扑结够基本一致，系统发育树各分支具有较强的支持率，叶绿体基因组数据可以解决芸香科属间的系统发育关系。(2)芸香科为单系类群，并进一步形成两大分支，其中柑橘亚科为单系，与芸香亚科内的芸香属聚为分支I,分支Ⅱ由芸香亚科和飞龙掌血亚科组成，两亚科均不是单系，其中飞龙掌血亚科的香肉果属，茵芋属与芸香亚科的白鲜属，臭常山属是最早分化出来的类群，其次是蜜茱萸属和山油柑属；黄檗属和吴茱萸属与花椒属类群形成姊妹群，飞龙掌血属的物种飞龙掌血嵌套于花椒属分支中，支持飞龙掌血物种并入花椒属的处理。     

从Cyt b基因序列探讨鹿亚科动物的系统发生关系

鹿亚科共有4个属,各属间和属内特别是鹿属内的系统进化关系存在疑义。根据Cyt b基因序列分析,探讨了鹿亚科及中国鹿属、马鹿亚种的进化关系。结果分析表明：现行分类系统中,斑鹿属可能并非单系发生,暗示应将豚鹿并入鹿属;麋鹿属与鹿属有较近的进化关系,也应并入鹿属;黄占鹿属的进化地位有待进一步研究;归并后的鹿属为单系发生。中国马鹿各亚种在系统发生上是一单系群,其中马鹿天山亚种和阿尔泰亚种聚为最原始的一支。     

凤蝶亚科(凤蝶科,鳞翅目)16S rRNA基因的分子系统发生分析

对15种凤蝶亚科蝶类线粒体16S rRNA基因部分序列进行了测定,并结合GenBank中其它相关类群的序列,采用邻接法(NJ)、最大简约法(MP)、最大似然法(ML)和贝叶斯法构建凤蝶亚科的分子系统树,探讨该亚科各类群间的系统发生关系.结果表明,燕凤蝶族构成凤蝶亚科蝶类系统树基部的一个独立分支;燕凤蝶族和裳凤蝶族为单系发生,且裳凤蝶族聚在凤蝶族内部;喙凤蝶族的单系性尚不能确定.综合分子系统学、形态学及寄主植物等相关证据,推测斑凤蝶类为凤蝶族中早期分化的一支;较之裳凤蝶类,斑凤蝶类可能更早从二者最近的共同祖先中分化出来.     

缘蝽总科支序分析及其高级分类系统(半翅目:异翅亚目)(英)

本文在已有大量比较形态学研究和各科支序分析研究基础上,对缘蝽总科的科、亚科、族等亚群的系统发育关系作了支序分析研究,结果表明,缘蝽总科、蛛缘蝽科、姬缘蝽科的单系群地位得到证明。而缘蝽科由于其棒缘蝽亚科和希缘蝽亚科分别占据支序图的两个最低位置,它们在缘蝽总科中具有较多的原始特征,缘蝽亚科的Chariesterini族与南美缘蝽亚科互为姐妹群而与缘蝽亚科其它族差异较大;姬缘蝽科的红缘蝽亚科处在该分支的最高位置且与姬缘蝽亚科中的Harmostini族互为姐妹群,与姬缘蝽亚科其它族关系也较近,因而传统的缘蝽科、缘蝽亚科、姬缘蝽亚科为并系群。为使各分类单元为单系群即自然类群,使分类系统更忠实于系统发育关系,本文将棒缘蝽亚科和希缘蝽亚科分别提升为科,Chariesterini族提升为亚科;红缘蝽亚科降为族,姬缘蝽科不设亚科。据上述分类学变动提出了缘蝽总科族以上高级阶分类系统。     

基于线粒体Cyt b基因的线蛱蝶亚科的系统发育

基于线粒体Cytb基因部分序列,以波蛱蝶为外群,采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法分别构建了中国线蛱蝶亚科10属25种蝶类的系统发育树,探讨了各主要类群间的系统发育关系。其结果表明,所有线蛱蝶亚科聚为两大枝:第一枝包括环蛱蝶属、菲蛱蝶属、蟠蛱蝶属和缕蛱蝶属,其中缕蛱蝶属与环蛱蝶族亲缘关系较近;第二枝包括丽蛱蝶属、穆蛱蝶属、线蛱蝶属、带蛱蝶属、律蛱蝶属和翠蛱蝶属,其中线蛱蝶属为非单系群,翠蛱蝶属和律蛱蝶属则为单系发生,并构成姐妹群。