中国水稻地方品种与选育品种遗传多样性的比较分析

利用98对SSR标记对202份中国水稻地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析.结果显示供试品种具有较丰富的遗传多样性,共检测到等位基因1350个,每个位点的等位基因数(Na)变化范围为3～ 39,平均14个;Nei基因多样性指数变化范围(He)为0.125 ～0.955,平均0.733;多态信息量(PIC)变化范围为0.122 ～0.953,平均0.680;稀有等位基因数(Nr)913个;等位基因丰度(Rs)8.33.栽培稻地方品种和选育品种遗传多样性差异明显,地方品种等位基因数、Nei基因多样性指数、多态信息量、稀有等位基因数和等位基因丰度(Na=1219,He=0.747,PIC=0.710,Nr=756,Rs =8.50)均高于选育品种(Na =919,He =0.704,PIC =0.650,Nr=529,Rs =7.01).各染色体组水平的遗传多样性分析表明,选育品种仅在1号染色体上的遗传多样性高于地方品种,进一步分析显示选育品种的遗传改良在基因组水平上具有区间特异性.     

中国水稻地方品种与选育品种的遗传多样性比较分析

利用98对SSR标记对202份中国水稻地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析。结果显示供试品种具有较丰富的遗传多样性,共检测到等位基因1350个,每个位点的等位基因数(Na)变化范围为3~39,平均14个;Nei基因多样性指数变化范围(He)为0.125~0.955,平均0.733;多态信息量(PIC)变化范围为0.122~0.953,平均0.680;稀有等位基因数(Nr)913个;等位基因丰度(Rs)8.33。栽培稻地方品种和选育品种遗传多样性差异明显,地方品种等位基因数、Nei基因多样性指数、多态信息量、稀有等位基因数和等位基因丰度(Na=1219,He=0.747,PIC=0.710,Nr=756,Rs=8.50)均高于选育品种(Na=919,He=0.704,PIC=0.650,Nr=529,Rs=7.01)。各染色体组水平的遗传多样性分析表明,选育品种仅在1号染色体上的遗传多样性高于地方品种,进一步分析显示选育品种的遗传改良在基因组水平上具有区间特异性。     

粗山羊草居群间遗传分化及多样性的SSR分析

选用分布在粗山羊草14条染色体上的32对SSR引物,对来自中国河南、陕西、新疆和中东地区共147份粗山羊草材料进行遗传分化及多样性分析,结果表明在26个多态性位点中,等位基因数平均为4.15,Ne i基因多样性指数(He)平均为0.243,多态性信息含量指数(PIC)平均为0.226;居群间遗传变异差异明显,中东粗山羊草居群具有丰富的遗传变异(He=0.607,PIC=0.551),而来自陕西和河南的粗山羊草资源遗传多样性较低(He=0.055,PIC=0.047)和(He=0.024,PIC=0.021)。AMOVA分子变异分析显示,居群间遗传变异占总变异的52%,达到显著水平;河南粗山羊草和陕西粗山羊草间发生了一定的遗传分化(Fst=0.210),为研究中国粗山羊草资源的起源与分化问题提供了有用的信息与证据。     

56个中国地方猪种微卫星基因座的遗传多样性

采用FA0—ISAG联合推荐的27个微卫星DNA标记对56个中国地方猪品种和3个引进猪种(杜洛克猪、长白猪、大白猪)进行遗传多样性分析,通过计算等位基因频率、有效等位基因数、平均遗传杂合度、基因分化系数、多态信息含量和遗传距离并进行系统聚类分析,评估其种内遗传变异和种间遗传关系。以聚类结果为基础,将56个中国地方猪种分为12类：Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类都是《中国猪品种志》中的华北型猪种;Ⅳ类相当于其中的江海型猪种;Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ和Ⅸ类的品种大部分属于华中型;Ⅹ和Ⅺ类相当于华南型品种;Ⅻ类相当于西南型品种。提出保种场结合保护区是一种比较符合我国地方猪种实际状况的保种模式。研究结果可为我国地方猪种种质特性研究提供基础数据,为我国地方猪品种资源的合理保护和利用提供科学依据。     

基于微卫星的中华鳖(Pelodiscus sinensis)选育世代遗传多样性监测

本研究利用微卫星技术,对选育的中华鳖F3、F4、F5代群体的遗传多样性进行了监测,并与日本鳖群体进行了比较。结果显示,在筛选的15个微卫星位点中,4个群体共218个个体共检测到等位基因数138个,平均等位基因数(Na)为7.2~8.4,平均观测杂合度(Ho)为0.512 3~0.626 5,平均期望杂合度(He)为0.574 9~0.646 1,平均多态信息含量(PIC)为0.534 6~0.604 9,表明这些中华鳖群体有较丰富的遗传多样性。中华鳖选育群体F3、F4、F5代及日本鳖群体的遗传多样性参数Na分别为8.400、7.733、7.200、7.200,Ho分别为0.626 5、0.527 4、0.478 7、0.512,He分别为0.646 1、0.639 8、0.642 0、0.574 9,PIC分别为0.604 9、0.598 2、0.594 9、0.534 6,显示中华鳖群体随着选育进程,遗传多样性逐渐下降,但仍然比日本鳖群体高,还可以进行进一步的选育。中华鳖选育群体在聚类分析中聚为一支,而日本鳖群体单独聚为一支,这说明人工选育对生物进化与地理分化的历史局面没有产生影响。     

利用SSR标记研究菜心资源的遗传多样性分析

利用白菜SSR引物对56份菜心种质资源进行遗传多样性分析。结果表明:19对SSR引物扩增出131条等位基因,平均每对引物扩增出6.89个位点,说明白菜SSR引物在菜心遗传分析中具有通用性;多态性位点百分率P、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、Shannon-Wiener指数(H')和多态信息含量(PIC)的均值结果分别为:93.03%、0.884、10.344、2.340、0.870,各指标间相关性极显著;聚类结果与遗传相似性的相关性r=0.746,说明聚类图可以大致描述菜心资源分类;56份菜心聚为2大类:第Ⅰ类多为地方特色菜心,属于白菜薹类型,第Ⅱ类群为菜心商品种类型,深色菜心是浅叶材料的进化方向,但要注意系谱选育的自交代数。     

梵净山特种野猪RYR1基因的RFLP检测

猪兰尼定受体1(Ryanodine Receptor1,RYR1)基因是导致猪应激综合征、影响猪肉质的主效基因。采用RFLP方法采,以野猪、杜洛克猪、江口萝卜猪为对照,检测了特种野猪的RYR1基因的分布类型。结果表明,对照组中,杜洛克猪中检测到RYR1Nn基因型,杂合基因型的发生频率为14.81%,野猪、杜洛克猪未检测到RYR1Nn基因型。在特种野猪中检测到不利的n等位基因,n等位基因频率为5.88%,说明n等位基因已经侵入特种野猪猪中,应加强特种野猪的保护和品种的进一步选育。     

猪a1-岩藻糖转移酶基因(FUT1)M857位点遗传变异分析

肠毒素大肠杆菌 (ETEC) F18是引起仔猪断奶后水肿和腹泻病的主要病原菌, a-1岩藻糖转移酶(FUT1)基因是ECEC F18侵染猪小肠的受体蛋白基因。利用PCR-RFLP方法检测了1个野猪以及20个中外家猪猪种(群)共696个个体在FUT1基因开放阅读框架的857核苷酸位点的遗传变异, 结果表明: 在所有猪种中, 均未检测到抗性的AA型纯合子, 在外来猪种杜洛克和约克夏、国内猪种临高猪和杂交猪种中检测到AG型杂合子, 外来猪种中的皮特兰、长白猪以及除临高猪外的所有国内猪种和野猪均表现为极端的单态分布, 只有易感的GG基因型。研究结果提示, 中国地方猪种不具备抵抗ETEC F18大肠杆菌的遗传基础, 与外来猪种确实存在差异, 这种差异可能与各自不同的起源有关, ETEC F18抗性基因可能起源于欧洲野猪; 并推测猪种的生长速度与ETEC F18大肠杆菌病的发生具有密切的关系。     

东南亚国家引进水稻种质的遗传多样性和遗传结构分析

用72对SSR引物对316份东南亚不同地理来源的水稻种质资源进行遗传多样性和遗传结构分析。结果表明,共检测到387个等位基因,平均每对引物检测到5.375个,变幅在2~12之间;其中频率5%的稀有等位基因有293个,占全部等位基因数的75.7%。Nei基因多样性指数(He)变化幅度在0.055~0.855之间,平均为0.623。He以菲律宾的种质资源最为丰富(He=0.619),其余国家的He大小依次是越南(He=0.515)老挝(He=0.467)柬埔寨(He=0.455);聚类分析显示分为籼粳稻两大群体,地理分组不是特别清晰。AMOVA分析表明,遗传变异主要来源于不同地理类群间,且遗传分化极显著。遗传结构分析结果显示K=2时,有相对明显的遗传结构。其次是K=5时,显示菲律宾群体分为了3个比较明显的小类群,存在较为明显的遗传分化结构。东南亚引进水稻种质资源丰富的遗传多样性和遗传结构为后期水稻育种的亲本选择提供依据。     

应用Weitzman方法分析华中型猪品种的遗传多样性

本文根据华中型20个猪品种27个微卫星DNA标记的研究数据, 应用Weitzman方法, 即通过估计总体遗传多样性、期望多样性、品种对总体遗传多样性的贡献、边际遗传多样性、保种潜力等指标, 评估华中型20个猪品种的遗传多样性, 并通过构建品种间遗传多样性的最大似然树, 图示化展示20个品种间遗传多样性的相互关系。20个华中型猪品种的总体遗传多样性是11,707, 期望多样性占总的遗传多样性的66.96%, 金华猪、皖南花猪、嵊县花猪和乐平猪是对总体遗传多样性贡献最大的4个品种, 其贡献率分别是8.90%、7.46%、7.40%和7.04%, 保种潜力最大的4个品种分别是金华猪、嵊县花猪、杭猪和大花白猪。根据遗传多样性进行聚类分析, 大致可将华中型猪分为3类: 大围子猪、沙子岭猪、宁乡猪等分布于湖南、湖北的品种为一类; 南城猪、嵊县花猪与杭猪聚成另一类; 金华猪与皖南花猪单独聚成一类。研究结果可为我国华中型地方猪种遗传多样性的最大化保护和利用提供科学决策依据, 本文也对Weitzman方法在应用中的关键性问题进行了探讨。