草鱼PAX7基因的克隆、序列分析及组织表达

配对盒基因7(Paired box 7 gene,PAX7)在神经嵴发育及原肠胚形成、肌肉自主更新与再生中扮演着重要角色,对细胞更新、分化、凋亡等起着十分重要的调控作用。参照Gen Bank中斑马鱼、线鳍电鳗和虹鳟等物种PAX7序列的保守区域设计简并引物,进行反转录PCR扩增,获得草鱼PAX7基因的部分序列,长645 bp,编码214个氨基酸,包含编码128个氨基酸的PAX7蛋白配对框(PD)。氨基酸序列比对结果发现,草鱼PAX7基因与其他物种具有高度的相似性,与斑马鱼、线鳍电鳗、日本青鳉、金头鲷、虹鳟、大西洋鲑、北极嘉鱼、人、野牦牛、褐家鼠和小鼠的PAX7氨基酸序列同源性可达90%-97%;各物种PAX7部分氨基酸序列的系统进化树结果显示,草鱼与斑马鱼、日本青鳉、北极嘉鱼、大西洋鲑、虹鳟、线鳍电鳗和金头鲷聚为一大支,小鼠、褐家鼠,野牦牛与人类另聚一支,所得结果符合物种传统分类进化地位。运用实时荧光定量PCR检测草鱼PAX7基因在各组织中的差异表达,结果显示PAX7基因在肌肉中表达量最高;其次是前肠和皮肤,在心、脑、肾和肝中仅少量表达,所得结果与该基因的功能相一致。     

过表达Lin28a/Lin28b对let-7家族活性的影响

研究在HeLaS3细胞中过表达Lin28a/Lin28b对let-7家族miRNA表达水平和活性的影响。首先,构建Lin28a和Lin28b的表达载体pAAV2neo-Lin28a和pAAV2neo-Lin28b,分别转染HeLaS3细胞并筛选获得Lin28a和Lin28b的稳定表达细胞株HeLaS3/pAAV2neo-Lin28a和HeLaS3/pAAV2neo-Lin28b。然后,以pAAV2neo-Gluc-(Fluc)为基本骨架,构建并获得检测let-7家族miRNA活性的8种质粒型载体,并包装为相应的重组腺相关病毒(Recombinant adeno-associated virus,rAAV),作为检测miRNA靶序列介导的转录后抑制活性的传感器,命名为Asensor。在此基础上,以HeLaS3细胞为对照,用Western blot检测HeLaS3/pAAV2neo-Lin28a和HeLaS3/pAAV2neo-Lin28b细胞中Lin28a和Lin28b表达水平,用QRT-PCR测定let-7家族各成员表达水平,用Asensor检测let-7家族各成员活性。Western blot结果显示,HeLaS3/pAAV2neo-Lin28a和HeLaS3/pAAV2neo-Lin28b均能有效地表达Lin28a和Lin28b蛋白;QRT-PCR检测结果显示,相比于HeLaS3细胞,HeLaS3/pAAV2neo-Lin28a细胞中let-7家族各成员表达水平都下降(除let-7e外),但不同成员下降幅度存在差异;Asensor检测结果显示,let-7家族所有成员活性水平都下降,但不同成员下降幅度也存在差异,且同一成员活性水平与表达水平及其下降趋势也不一致。相比于HeLaS3细胞,HeLaS3/pAAV2neo-Lin28b细胞中let-7家族成员的表达和活性水平均明显下降,但表达水平的下降幅度比HeLaS3/pAAV2neo-Lin28a细胞大,而活性的下降幅度却与之相近。本研究建立了一种检测和比较miRNA靶序列介导的转录后抑制活性的方法,首次研究了过表达Lin28a和Lin28b对细胞中的let-7家族miRNA活性影响,并发现Lin28a和Lin28b对let-7家族miRNA表达水平的影响和对其相应活性的影响不一致性,说明在检测miRNA表达水平的同时检测miRNA活性能更全面揭示miRNA的调节功能,为进一步研究let-7家族的调控机制奠定了基础。     

鸡miR-148a的组织表达及其发育调控功能预测分析

为了解鸡miR-148a组织表达谱和潜在发育调控功能,采用茎-环定量RT-PCR检测了固始鸡5个发育阶段、15种组织中miR-148a的表达,利用Pictar和TargetScan算法预测了miR-148a的靶基因,并对预测靶基因分别进行了Gene Ontology分析和通路分析. 结果显示,miR-148a的表达具有明显的时序特征,胚胎期各组织中的表达水平明显低于出壳后;miR-148a在出壳后的大脑、小脑、延脑、腺胃、小肠、肝、胰和胸肌等器官组织中的表达水平随着发育进程被显著上调;miR-148a预测靶基因在胚胎器官形态发生、血细胞生成、消化道形态发生、心血管发育、感觉器官发育、肠发育、骨骼系统发育、后脑发育、呼吸系统发育、免疫系统发育、淋巴器官等发育过程显著富集. 总之,鸡miR-148a为广泛性表达miRNA,可能参与鸡诸多器官组织发育过程的调控.     

藏鸡GPX3基因的克隆、组织表达谱研究及功能预测

本研究对藏鸡GPX3基因进行克隆和生物信息学分析,检测其在藏鸡不同组织中的表达量,鉴定GPX3互作蛋白的mRNA表达水平并分析其相关性,为进一步探究GPX3基因对藏鸡免疫功能的影响奠定基础。本试验以70日龄健康藏鸡（公鸡）作为研究对象,利用RT-PCR技术获得GPX3基因CDS序列并进行生物信息学分析;利用qPCR技术检测GPX3基因在藏鸡心、肝、脾、肺和肾组织中的表达差异情况以及分析可能与GPX3蛋白存在互作关系的10个相关蛋白在脾中的mRNA表达情况及其相关性。结果显示,成功扩增藏鸡GPX3基因799 bp,包括5’UTR 78 bp,CDS区660 bp,3’UTR 61 bp,可编码219个氨基酸。GPX3mRNA在藏鸡5个组织中均有表达,且在脾中表达量最高,预测GPX3基因在脾中表达量最高这一结果可能与该蛋白的免疫功能有关。GPX3蛋白与预测互作蛋白SOD2呈极显著正相关,推测GPX3在耐药性、生殖调控等方面存在一定的调节作用。本研究成功克隆藏鸡GPX3基因CDS区660 bp,预测其可能与SOD2呈极显著正相关。为进一步了解GPX3基因的抗氧化功能在藏鸡免疫机制中的作用提供...     

miR-124a、let-7表达与胃癌临床病理特征和化疗疗效的相关性

目的:探讨外周血miR-124a和let-7的表达与胃癌临床病理特征和化疗疗效的相关性。方法:选取2013年1月～2017年3月在我院接受化疗的晚期胃癌患者为研究对象,所有患者入院后均择期行XELOX方案(奥沙利铂+卡培他滨)化疗。化疗前后,采用实时荧光定量PCR检测患者外周血miR-124a和let-7表达,分析其与患者临床病理特征的关系。根据化疗疗效将患者分为疾病控制组和疾病进展组,分析外周血miR-124a和let-7表达与化疗疗效的关系。结果:外周血miR-124a和let-7表达与肿瘤大小、分化程度、TNM分期和淋巴转移有关(P0.05)。肿瘤≥3 cm、中低分化、TNM分期Ⅳ期和有淋巴转移的患者外周血miR-124a和let-7表达量更低。与化疗前比较,化疗后患者外周血miR-124a和let-7相对表达量显著增加,差异均有统计学意义(P0.05)。95例患者,CR 0例(0.0%),PR 12例(12.6%),SD 20例(21.1%),PD 63例(66.3%),ORR为12.6%,DCR为33.7%。疾病控制组化疗后外周血miR-124a和let-7相对表达量明显高于疾病进展组,差异均有统计学意义(P0.05)。Spearman秩相关分析显示外周血miR-124a和let-7相对表达量与化疗疗效呈正相关(rs=0.613、0.574,均P0.05)。结论:晚期胃癌患者外周血miR-124a和let-7的表达与肿瘤大小、分化程度、TNM分期、淋巴转移和化疗疗效相关。     

家鸡GPR15基因的克隆、功能探究及组织表达分析

孤儿受体G蛋白偶联受体15(GPR15)在哺乳动物肠道稳态以及炎症反应中发挥重要生理效应,但在非哺乳动物中,针对GPR15的研究几属空白。本文以家鸡Gallus gallus domesticus为模型,首次克隆了GPR15基因,并对其功能与组织表达进行了探究。结果显示:家鸡GPR15编码区cDNA长度为1 107 bp,由1个外显子组成,可编码368个氨基酸的受体蛋白。序列分析表明家鸡GPR15是具有7次跨膜结构的G蛋白偶联受体,且家鸡GPR15与人Homo sapiens、北美绿蜥蜴Anolis carolinensis、小鼠Mus musculus的GPR15具有约56%的氨基酸序列一致性;虽然系统进化树分析表明GPR15与爱帕琳肽受体(APLNR)有较近的进化关系,但在表达家鸡GPR15的HEK293细胞中,APLNR的内源性配体Apelin和Apela不能激活家鸡GPR15;此外,实时定量PCR分析发现GPR15在家鸡脾脏中高表达,在盲肠、肺中有中等水平表达,而在其他组织中微弱表达。上述结果为探究GPR15在禽类中的生理功能奠定了基础。     

鲤TYK2基因的克隆鉴定及组织表达分析

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家蚕组织蛋白酶D基因的克隆、序列分析及其表达谱研究

组织蛋白酶D (cathepsin D,CtD)是溶酶体内天冬氨酸内切蛋白酶,参与机体多种生理病理过程,尤其在昆虫的发育变态过程中起着重要作用。利用NCBI上登录的组织蛋白酶D基因核酸序列和家蚕Bombyx mori表达序列标签（expressed sequence tags, EST）数据库,进行电子克隆获得家蚕组织蛋白酶D (BmCtD) 基因的全长cDNA (DQ010007)。该cDNA大小为1 543 bp,其中ORF长1 152 bp,同源性分析表明BmCtD与其他物种的CtD具有较高的相似性。BmCtD的mRNA存在选择性拼接,另外一种mRNA形式命名为BmCtDⅠ。RT-PCR实验表明该基因在本实验所调查的家蚕不同发育时期和组织中都有表达。     

棉铃虫羧酸酯酶基因的克隆、序列分析及组织表达

为了从分子水平上研究棉铃虫Helicoverpa armigera (Hübner) 对杀虫剂抗性的产生机理,本文通过RT PCR和RACE方法首次从棉铃虫中肠中克隆了一个羧酸酯酶全长cDNA序列。序列分析表明,该基因包含一个1 794 bp的开放读码框,129 bp的5′UTR和139 bp的3′UTR区域。该基因编码597个氨基酸, 推测编码蛋白质的等电点pI为4.92,分子量为67.1 kD,GenBank登录号为EF547544。通过对氨基酸的同源性分析表明,该羧酸酯酶与斜纹夜蛾Spodoptera litura羧酸酯酶的同源性最高,达60%。半定量RT-PCR分析表明,该基因在中肠组织中表达量最高,在脂肪体和生殖腺中表达量较低,在头部则不表达。推测该羧酸酯酶基因可能主要参与棉铃虫对外源物质的解毒代谢。     

白鲢肝脏CYP3A序列分析及毒死蜱对其抑制作用研究

CYP3A是I相解毒酶系CYP450家族中的重要成员,在肝脏解毒过程中发挥重要作用。首次克隆了白鲢肝脏CYP3A基因并研究了毒死蜱对该基因表达的影响。生物信息学分析预测结果表明,CYP3A基因编码513个氨基酸,其蛋白质分子量为58.8 ku,理论等电点为7.96。该蛋白是一个稳定蛋白且具有一定的亲水性。二级结构预测可知,CYP3A包含45.2%的α-螺旋、12.3%的延伸链、4.3%的β-折叠和38.2%的无规则卷曲,具有2个显著的跨膜结合区。急性毒性实验结果表明,毒死蜱对白鲢具有很高的毒性,其96h LC50为0.172 mg/L。另外,荧光定量PCR检测发现,毒死蜱对白鲢CYP3A基因表达有明显的抑制作用。       

罗非鱼颗粒蛋白前体cDNA序列与表达分析

颗粒蛋白前体(Progranulin,PGRN)在先天免疫反应调控及个体生长发育过程中均有重要作用。通过对罗非鱼外周血白细胞全长cDNA文库筛选得到的序列进行生物信息学分析,获得罗非鱼Pgrn全长cDNA序列(GenBank登录号为GQ241348)。该cDNA克隆总长843bp,包含一个完整的开放阅读框,编码206个氨基酸,其中推定信号肽20个氨基酸,两个GRN重复单位均56个氨基酸。研究采用实时定量PCR(Real-time RT-PCR)方法对感染海豚链球菌后奥尼罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼和吉富罗非鱼4种组织(脑、肝脏、脾脏和头肾)Pgrn mRNA表达情况进行分析。结果显示,Pgrn mRNA在攻毒后4种罗非鱼4种组织中表达均有上调趋势,并且在脾中的表达量最高,提示PGRN在鱼类先天免疫反应调控中起重要作用。另外,奥尼罗非鱼在感染海豚链球菌后6h的脑和肝脏、6h和12h的脾脏和头肾中Pgrn mRNA表达均下调,然后表达升高,这种表达变化在其他三种鱼中不明显,这也许是奥尼罗非鱼抗病力较强的一个原因。研究为从分子水平探讨PGRN在罗非鱼先天免疫反应中的作用机制提供了数据,也为罗非鱼的抗病选育提供了参考分子标记。       

三个鲤品种微卫星丰度与遗传多样性分析

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银鲫卵母细胞Spindlin基因的表达特征及其功能分析

在卵母细胞成熟过程中,Spindlin与纺锤体微管蛋白相互作用,在配子到胚胎的过程中具有调节细胞周期的作用。前期研究表明,银鲫Spindlin(CagSpin)与微管蛋白相互作用,并与减数分裂的纺锤体共定位。在成熟过程中,CagSpin被磷酸化,在卵母细胞受精和卵胚转换中发挥重要的作用。研究通过对激素诱导后的卵母细胞进行追踪,采用RT-PCR和Western-blot分析,揭示卵母细胞在完成成熟的过程中,CagSpin持续大量表达。采用体外诱导卵母细胞成熟技术和显微注射的方法,揭示过量表达CagSpin导致胚泡(Germinalvesicle,GV)不能破裂,卵母细胞成熟过程被抑制。这些结果表明,CagSpin在卵母细胞成熟过程中发挥着关键的作用,同时为深入研究CagSpin的功能提供依据。     

鲤、青鱼肠粘膜内分泌细胞的免疫组织化学鉴别和定位

使用过氧化物酶——抗过氧化物酶(PAP)的免疫组织化学染色技术,用10种哺乳动物激素培育出的抗血清对鲤、青鱼肠道粘膜中内分泌细胞的鉴別表明,它们的肠道粘膜上皮中存在有胃泌素、P物质、牛胰多肽、亮氨酸脑啡肽、胰高血糖素样免疫反应物、抑胃多肽等6种免疫活性內分泌细胞;而五羟色胺、胆囊收缩素和神经降压素没有免疫活性反应。在鲤的肠粘膜中存在生长抑素免疫活性内分泌细胞;青鱼中则未见到这种细胞。两种鱼的各种免疫活性內分泌细胞多数在前肠的分布密度较大;但青鱼肠粘膜中P物质和亮氨酸脑啡肽两种免疫活性内分泌细胞却在直肠中分布最多;胰高血糖素样免疫活性内分泌细胞在中肠分布最多。P物质和胃泌素免疫活性內分泌细胞大多数分布于肠褶顶部;其他各种免疫活性內分泌细胞则主要分布于肠褶的中、底部。本文比较了鲤、青鱼的肠内分泌细胞在各肠段中的分布密度,并对其形态学及分布特点进行描述和讨论。     

三倍体湘云鲫3个Sox基因保守区的序列分析

SOX/Sox基因家族成员的主要特征是具有一个HMG(high mobility group)保守盒,其编码的蛋白质可以和DNA序列特异性结合,是一类重要的转录调控因子1,在个体发育过程中SOX/Sox基因对性别分化和组织器官形成起着重要作用。SOX/Sox基因的研究不仅可以揭示性别分化和胚胎发育的机制,而且可为某些遗传疾病的诊断和治疗提供分子方面的资料,因而有着非常重要的理论和应用价值。       

鲤鲫人工多倍体谱系中同工酶和蛋白的基因表达

通过对红鲤、红鲫、镜鲤、鲤鲫杂种二倍体一代,二代,鲤鲫杂种三倍体,鲤鲫复合三倍体,鲤鲫杂种四倍体一代,二代的同工酶及蛋白电泳谱型和扫描数据分析表明,在鲤鲫人工多倍体谱系中,亲代的等位基因在杂交子代中共有四种表达模式;（1）两亲本基因在子代中共同表达,即共显表达;（2）父本的基因表达受到部分或完全的抑制,即母本的基因优先得到表达;（3）母本的基因表达受到抑制,父本的基因得到表达;（4）双亲本的基因表达均受到一定程度的抑制或都不表达。其中第一种表达模式是主要的模式。根据以上基因在杂交子代中的表达特点,可用同工酶和蛋白电泳图谱将鲤鲫人工多倍体谱系的各种生物型逐一加以区分。     

草鱼、鲤、鲢、鳙和尼罗罗非鱼肝胰脏和肠道蛋白酶活性的初步探讨

草鱼、鲤、鲢、鳙肝胰脏和肠蛋白酶的最适pH值分别为8.7、8.7、7.6、7.6和8.4、8.7、8.0、8.4。草鱼、鲤和尼罗罗非鱼的肝胰脏蛋白酶活性比肠的高;鲢和鳙的肝胰脏蛋白酶的活性却比肠的低;尼罗罗非鱼胃的蛋白酶活性明显高于肝胰脏和肠的。草鱼、鲤和尼罗罗非鱼的肝胰脏蛋白酶活性明显高于鲢和鳙的;5种鱼的肠蛋白酶活性,鲤最高,尼罗罗非鱼最低,草鱼、鲢、鳙和尼罗罗非鱼间蛋白酶活性无明显差异。草鱼、鲤、鲢和尼罗罗非鱼的肠蛋白酶活性由前向后递减,而鳙的则以中肠活性最高。     

银鲫果糖-1,6-二磷酸酶的分子克隆与表达分析

果糖-1,6-二磷酸酶(EC 3.1.3.11)是糖异生中的关键限速酶之一, 在糖代谢中起重要作用。哺乳动物存在肝脏型和肌肉型两种果糖-1,6-二磷酸酶同工酶,分别由Fbp1和Fbp2编码。银鲫作为我国重要的经济养殖鱼类, 尚无果糖-1,6-二磷酸酶基因的有关资料, 其组织分布特征和胚胎发育模式亦不清楚。本研究采用RACE方法从银鲫原肠胚SMART cDNA文库中扩增了果糖-1,6-二磷酸酶基因的全长cDNA, 其长度为1170 bp,编码337个氨基酸残基,多重序列比对和系统发育分析表明该基因为肝脏型果糖-1,6-二磷酶。RT-PCR分析虽在银鲫的肝、脑、心、脾、肾、肠、肌肉和卵巢组织中皆能检测到该基因的表达, 但以肝组织的表达量最高。Western Blot检测表明, 肝脏组织除有一条与其他组织(肌肉除外)共有的蛋白带之外,还有一条特异带;肌肉中有不同于其他组织的特异带。成熟卵子和不同发育阶段胚胎的RT-PCR和Western Blot分析都可检测到母源的CagFbp转录本和蛋白,且其转录本从原肠期开始上升, 到神经胚时迅速上升到较高水平, 其蛋白从尾芽期以后出现一条比母源蛋白分子量小、与肝脏的特异带大小基本相同的蛋白带。这些结果证实本研究克隆的CagFbp为肝脏型,且鱼类至少存在肝脏型和肌肉型两种果糖-1,6-二磷酸酶同工酶。