利用氨基酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质

为了降低固有不规则蛋白质预测模型中特征矩阵的稀疏性,提高预测模型的性能,提出一种利用氨基酸结构倾向性预测固有不规则蛋白质的方法.利用氨基酸结构倾向性将20种氨基酸进行分类,构建氨基酸简化集合,从间接角度提取氨基酸序列中蕴含的不规则结构特征,利用新的简化集合重新描述氨基酸序列,构建固有不规则蛋白质预测模型.预测结果表明,基于氨基酸结构倾向性的预测模型能够有效地挖掘氨基酸结构倾向性中隐藏的不规则结构特征信息,提高固有不规则蛋白质预测模型的预测精度.     

非自然氨基酸在蛋白质中的引入方法及其在化学生物学中的应Q用

蛋白质是生命的物质基础,在生物体中行驶着极为重要的功能,各种细胞活动和生命过程的发生都需要蛋白质的参与。例如,DNA复制转录,RNA翻译,以及信号传导等过程中发挥关键作用的聚合酶、翻译复合物、信号传导受体等都是蛋白质。正常细胞体内的所有蛋白质都由20种天然存在的氨基酸组成,它们通过立体构象变化及翻译后修饰等来控制其功能的发挥。而在实际应用中,学者们为了实现不同的研究目的,发展了很多在蛋白质中引入20种自然氨基酸之外的非自然氨基酸(unnatural amino acid,UAA)的方法,如化学修饰合成、体外翻译、遗传密码扩展等,从而将蛋白质的性质根据研究和应用的需要进行拓展。本文综述了各类化学与生物中引入非自然氨基酸的方法,并介绍了非自然氨基酸在化学生物学研究中的最新应用。     

蛋白质内含子在特定氨基酸序列中的剪接

基因工程技术已经被广泛应用于抗体的生产。但是由于抗体的分子量较大,导致合成抗体较为困难。蛋白质内含子是前体蛋白质中的一段氨基酸序列,能够将自身剪切出来,并将两端的外显子连接形成成熟的蛋白质。将抗体的Fab(antigen binding fragment)和Fc(crystalline fragment)分别与蛋白质内含子(intein) 的N端(IN)和C端(IC)融合表达,利用蛋白质内含子的剪接功能,可形成完整的抗体分子。KSCDKTH是存在于抗体铰链区(hinge region)的一段氨基酸序列,如果在KSCDKTH序列中筛选到高效剪接的蛋白质内含子,即可通过蛋白质剪接,将抗体分子的Fab和Fc剪接形成完整抗体。本文筛选发现,Ssp DnaX的3种断裂蛋白质内含子(S0, S1, S11)具有在KSCDKTH序列中高效剪接的能力,这一研究结果为抗体的剪接合成提供了可行性。     

凉水自然保护区阔叶红松林林分空间结构特征及其与影响因子关系

根据凉水自然保护区28块典型阔叶红松林样地的5个林分空间结构参数和18个影响因子数据,采用典范对应分析(CCA)方法,对凉水自然保护区阔叶红松林林分空间结构与影响因子间关系进行分析。研究结果表明:(1)研究区域阔叶红松林整体具有较好的林分空间结构,其水平分布格局主要表现为随机分布,树木生长整体处于中庸状态,林木的整体混交程度较高;(2)林分空间结构的CCA排序较好的揭示了该区林分空间结构与影响因子的关系;CCA第一排序轴反映了林龄、坡度、阔叶比和坡向的变化,第二排序轴反映了坡向、土壤有机质和平均胸径的变化,上述6因子的组合是决定林分空间结构特征的主要影响因子;(3)影响林分空间结构的变量中,地形、土壤和林分因子共解释了林分空间结构变化的59.20%,其中纯地形因子占30.68%,纯林分因子占19.01%,纯土壤因子占8.21%,未能解释部分为40.80%。     

微生物传感器及其在氨基酸分析中的应用

介绍了微生物传感器的发展状况、制作方法,综述了微生物传感器在氨基酸分析中的应用,引文献４２篇。     

核糖体在蛋白质生物合成中的功能

核糖体是细胞中蛋白质合成的机器。许多科学研究的工作小组都试图阐明这种合成机器的机理。     

基于HNP模型及相对熵的蛋白质设计方法在不同蛋白质体系中的应用

详细考察了基于HNP(H:hydtophobic,N:neutral,P:hydrophilic)模型及相对熵的蛋白质设计方法对于不同结构类型蛋白质的适用性,并与基于HP模型的结果进行了比较.通过对190个4种不同结构类型的蛋白质进行预测,结果表明,基于HNP模型及相对熵的设计方法对于不同结构类型的蛋白质具有普适性.进一步的研究发现,对于α螺旋、β折叠等规则的二级结构,该方法的预测成功率高于无规卷曲结构预测成功率.另外,还比较了对不同氨基酸的预测差异,结果显示亲水残基的预测成功率较高.此外,研究表明该方法对于蛋白质保守残基的预测成功率高于非保守残基.在以上分析的基础上,进一步讨论了导致这些差异的原因.这些研究为基于相对熵的蛋白质设计方法的实际应用和进一步的发展打下了良好基础.     

凉水自然保护区阔叶红松林林分空间结构特征及其与影响因子关系简

根据凉水自然保护区28块典型阔叶红松林样地的5个林分空间结构参数和18个影响因子数据,采用典范对应分析（CCA）方法,对凉水自然保护区阔叶红松林林分空间结构与影响因子间关系进行分析。研究结果表明：（1）研究区域阔叶红松林整体具有较好的林分空间结构,其水平分布格局主要表现为随机分布,树木生长整体处于中庸状态,林木的整体混交程度较高;（2）林分空间结构的CCA排序较好的揭示了该区林分空间结构与影响因子的关系;CCA第一排序轴反映了林龄、坡度、阔叶比和坡向的变化,第二排序轴反映了坡向、土壤有机质和平均胸径的变化,上述6因子的组合是决定林分空间结构特征的主要影响因子;（3）影响林分空间结构的变量中,地形、土壤和林分因子共解释了林分空间结构变化的59.20%,其中纯地形因子占30.68%,纯林分因子占19.01%,纯土壤因子占8.21%,未能解释部分为40.80%。     

细胞壁氨基酸的定量分析在放线菌分类中的应用研究

从国内外公认的各菌种保藏中心收集 70株典型放线菌菌株 ,用薄层层析和薄层色谱扫描仪分析两种方法相结合来定量分析放线菌细胞壁中氨基酸组成 ,将这些分析结果与现行的定性化学分类结果作比较 ,进行讨论 ,建议将原来的定性化学分类中胞壁类型的划分标准作出修正 ,从而对放线菌化学分类提供一些有意义的信息以推动放线菌化学分类学的研究。     

氨基酸组成对蛋白质耐热性的影响

为了研究一级结构对蛋白质耐热性的影响,利用软件DNAMAN对16个家族32种蛋白质序列进行了氨基酸含量分析,并统计分析了氨基酸组成对蛋白质耐热性的影响。通过比较同一家族的高低温蛋白质序列及16个家族中所有高温和低温蛋白质序列中氨基酸含量的变化可以推断(从低温到高温)：Ser、Cys．含量降低显著,Arg、Ile、Pro含量升高显著。由此可知高温蛋白质倾向于含有疏水性氨基酸而避免亲水性氨基酸。     

转移因子中游离氨基酸的测定

随着免疫学理论研究的不断深入,人们已经对免疫类药物表示出越来越浓厚的兴趣,转移因子就是目前最具代表性的药物之一;转移因子是一种细胞免疫增强剂及免疫调节剂,在临床上有着广泛用途。氨基酸自动分析仪测定转移因子中游离氨基酸含量,具有简便,准确,重现性好等优点,有利于药厂确定转移因子生产的最佳工艺条件。     

氮素对不同类型玉米籽粒氨基酸、蛋白质含量及其组分变化的影响

以普通玉米掖单22和高油玉米高油115为材料,研究了不同供氮条件下玉米籽粒中蛋白质及其组分的含量、清蛋白和球蛋白含量、醇溶蛋白和谷蛋白含量、籽粒氨基酸总鼍以及氨基酸组分含量的品种差异。结果表明。氮素供应水平对两种类型玉米灌浆期间籽粒蛋白质含量变化作用相同,前期逐渐下降,至成熟期略有升高;籽粒清蛋白和球蛋白、醇溶蛋白和符蛋白含量变化动态各处理基本一致,两种类型玉米籽粒清蛋白含量随时间的推移逐渐降低。球蛋门含量的变化动态旱单峰曲线,峰值出现在授粉后30d。醇溶蛋白含量均呈“V”型变化,以授粉30d后最低。谷蛋白的含量则均呈上升趋势。氮素供应水平对两种类型玉米籽粒中各蛋白质组分禽量的变化的影响作用有所不同。对高油115籽粒中球蛋白含量的影响较小;施氮水平并不改变两种类型玉米籽粒氨基酸总量的变化趋势。但两种类型玉米籽粒中氨基酸组分的含量变化较大。     

虫草不同部位氨基酸和蛋白质的分布研究

本文对云南丽江地区出产虫草不同部位的蛋白质、氨基酸的组成进行定量分析,从中找出虫草中蛋白质及水解氨基酸的组成和分布的定量规律。     

闽产李果实氨基酸组成及其营养分析

为了弄清不同闽产李（Prunus salicina）果实氨基酸含量、组成及营养价值,采用氨基酸自动分析仪 对不同李果实样品中各种氨基酸的含量进行检测,并对其组成进行比较分析。结果表明,李果实含有18种蛋白质氨基酸和3种非蛋白质氨基酸。田黄李的牛磺酸含量与蛋白质氨基酸含量均最高分别为26.54 mg/100 g和496.14 mg/100 g;皇后李的鸟氨酸、药用氨基酸、酸味氨基酸含量以及特殊功效蛋白质氨基酸的比重均最高分别为0.36 mg/100 g、364.67 mg/100 g、298.28 mg/100 g和73.45%;早熟胭脂李的γ-氨基丁酸含量最高为7.98 mg/100 g;大胭脂李的支链氨基酸含量最高为46.77 mg/100 g。李果实中氨基酸种类齐全、含量存在一定的差异,可根据不同的开发利用目标选择合适的品种。     

根据蛋白质的氨基酸组成实现其快速鉴定

常规进行蛋白质鉴定的方法是测定其氨基酸顺序,它需要蛋白质顺序分析仪,对蛋白质的纯度要求高,费时和花费大,与之相比,蛋白质的氨基酸组成和分子量是容易实验测定的。本文描述了一个基于蛋白质的组成和分子量进行其快速鉴定的方法。其基本出发点是,通过统计蛋白质序列数据库中每个序列的氨基酸组成和分子量,得到一个含蛋白质长度、组成和分子量的数据库,将靶蛋白质的组成等数据与该数据库进行对比,可以检出组成和分子量与之接近的蛋白质。从而对该蛋白质进行初步鉴定。在有些情况下,甚至能相当准确地确定靶蛋白质与数据库中的某个（些）蛋白质相关。根据这一原理本文设计了根据氨基酸组成检索蛋白质组成数据库的程序,通过对胰岛素原、细胞肿瘤抗原Ｐ５３和泛肽等多种蛋白质的组成分析,证实根据氨基酸组成能较好地进行蛋白质鉴定。     

蛋白质氨基酸网络研究进展

氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如：度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。     

氨基酸分析仪测定饲料添加剂——叶酸的方法

用６ｍｏｌ／Ｌ盐酸于１１０℃条件下水解饲料添加剂——叶酸,使之游离出谷氨酸,用氢氧化钠中和调节ｐＨ到２,氨基酸分析仪测定谷氨酸含量,经与标准叶酸水解样品比较,计算出叶酸的纯度。该方法重现性好,变异系数ＣＶ＝０．０８％,平均回收率为９８．３４％,浓度与峰面积呈线性相关,相关系数ｒ＝０．９９８７,可随氨基酸分析同时进行,不需改变任何分析条件。     

In Vitro Protein Import of a Putative Amino Acid Transporter from Arabidopsis thaliana into Chloroplasts and Its Suborganellar Localization

We identified a gene product of At5g19500 (At5g19500p) from Arabidopsis thaliana that is homologous to EcTyrP, a tyrosine-specific transporter from Escherichia coli. Computational analyses of the amino acid sequence of At5g19500p predicted 11 transmembrane domains (TMDs) and a potential plastid targeting signal at its amino terminus. As a first step toward understanding the possible role of At5g19500p in plant cells, we attempted to determine the localization of At5g19500p by an in vitro chloroplastic import assay using At5g19500p translated in a cell-free wheat germ system (Madin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97, 559–564 (2000)), followed by subfractionation of the chloroplasts. At5g19500p was successfully imported into chloroplasts, and the newly transported mature form of At5g19500p was recovered from the inner envelope membrane.     

The Molecular Biology of Euglena gracilis. X. Amino Acid Composition of Protein

SYNOPSIS. Cells of Euglena gracilis strain Z were extracted with trichloroacetic acid. Samples of gross cellular protein were hydrolyzed by a variety of reagents. Amino acids released by these procedures were analyzed and the overall composition of cell protein was quantitatively determined.