新型冠状病毒SARS-CoV-2研究进展

在武汉发生的由新型冠状病毒SARS-CoV-2引发的人类冠状病毒病COVID-19,仅仅2个多月时间在我国及国际上70多个国家出现迅速传播,致病和死亡率高,人类生命受到了极大威胁。一些科学家火速投入研究,对SARS-CoV-2的来源和进化、形态特征和基因结构、感染和致病分子机制开展深入研究,取得了重大进展,为科学防控COVID-19提供了重要依据。根据上述研究的基础,文中对COVID-19病毒疫苗、抗体和抑制剂研发提出了设想,在研究防控COVID-19核心技术上具有一定的参考价值。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)SNV分型检测技术

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的全球大流行对整个人类社会造成了重大影响,人类面临着财政刺激、金融压力、债务重整等挑战。在特效治疗药物与方法出现之前,大规模的人群筛查隔离成为现在疫情治理的最有效方法。然而,这一次的新冠病毒(SARS-CoV-2)展示出了极高的遗传变异性,截至2022年3月31日统计突变率超过了2.3‰,迄今为止高传染性的新病毒株不断出现,被世界卫生组织正式警告的变异株就达到了7个。因此,在接下来的病毒防控与研究中,不但需要检测SARS-CoV-2,更需要精准、实用的单核苷酸变异(single nucleotide variation, SNV)基因分型技术,特别针对大规模人群筛查中,不仅需要获得SRAS-CoV-2的信息,还需要精准快速区分具有更高传染性与毒性的变异株感染。对病毒的感染和突变机制进行了简要介绍,并着重对现有主要的SARS-CoV-2 SNV分型技术进行了分类综述,希望为新型检测技术的开发提供参考。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测技术

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的迅速传播,导致了新冠肺炎(COVID-19)的全球大流行。COVID-19给世界各国的经济发展和健康生活带来了巨大影响,已成为全球公共卫生关注的核心问题。控制COVID-19大流行的一种有效策略是开发快速识别和隔离SARS-CoV-2感染者的高精度方法。因此,本文总结了SARS-CoV-2病毒核酸检测的技术方法、标本类型和质量控制,对比了各种核酸检测技术的优势和不足及其研究进展和应用,分析了标本和质量控制对检测结果的影响,以期为未来的发展趋势与面临的挑战提供思路。     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白靶位的生信分析

目前新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情仍在全球肆虐,但尚无针对该病毒的治疗特效药.在此背景,以美国化学文摘社(Chemical Abstracts Service,CAS)提供的SARS-CoV-2病毒及宿主蛋白靶标为研究对象,运用基因功能富集、蛋白网络等方法进行生物信息分析.结果发现,人网格蛋白介导型内吞和依赖...     

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的致病过程及疫苗设计策略

2019年12月中国发现了一场由新型冠状病毒(Severe acute respiratory syndromes coronavirus,SARS-CoV-2)感染引发的肺炎疫情,感染者常伴有发热、干咳、呼吸困难等症状,严重情况下会出现急性呼吸窘迫综合征。SARS-CoV-2的致病过程涉及了跨物种传播,侵染宿主细胞以及与免疫系统相互抗争等多个环节,深入了解这一致病过程对于新型治疗药物的研发及病毒疫苗的设计至关重要。因此,本文对SARS-CoV-2的致病过程进行总结,并讨论了针对该病毒的疫苗设计策略。     

新型冠状病毒SARS-CoV-2检测技术的研究进展

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)具有较强的传播能力,已证实可人传人,无症状携带者也可传播.快速、准确诊断新型冠状病毒对控制疫情爆发尤为重要.论文基于国内外的相关研究进展,就新型冠状病毒的荧光PCR、等温扩增、基于Cas酶技术、免疫法四大类检测技术进行了详细的分析与梳理,以期为新型冠状病毒及其他流行性病毒诊断及防控提供借鉴和思路.     

从多角度分析SARS-CoV-2和SARS冠状病毒(SARS-CoV)差异

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球范围内持续肆虐,感染人数与日俱增.COVID-19的病毒SARS-CoV-2与2003年发生的严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS coronavirus,SARS-CoV)同属冠状病毒.本研究就COVID-19与SARS冠状病毒的差异以及两种冠状病毒的中间宿主进行分析和探...     

对775份毛皮动物样品检测未发现新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸阳性

目前,2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)在我国各地暴发和流行,但其主要来源尚不清楚。曾有报道称该病毒来源于野生动物,如蝙蝠。而有关SARS-CoV-2在我国北方地区人工养殖的水貂、狐狸和貉等毛皮动物中的溯源性研究尚未见报道。本研究收集2016～2019年吉林、黑龙江、辽宁、河北和山东5个省份14个地区的不明原因死亡的水貂、狐狸和貉的625份组织样品,以及2019年8～12月在吉林省采集的水貂、狐和貉的150份粪便样品,通过WHO推荐的Real-time RT-PCR检测方法对上述组织及粪便样品中SARS-CoV-2进行检测。结果显示,上述775份样品中SARS-CoV-2核酸检测结果均为阴性。     

SARS-CoV-2病毒感染潜在关键分子生物标志物及免疫浸润特征分析

应用生物信息学方法筛选新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019,COVID-19）感染的潜在关键分子生物标志物并分析其免疫浸润特征。从GEO数据库下载GSE152418数据集,其中COVID-19患者17例,健康对照17例。用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法筛选出COVID-19最相关的模块基因。与差异基因取交集得到共同基因,进行功能及信号通路富集分析,构建蛋白互作网络筛选关键基因,构建关键基因的miRNATF-mRNA调控网络,用CIBERSORT算法预测样本免疫细胞浸润特征。差异分析得到2 049个差异基因。WGCNA分析7个模块中“土耳其蓝色”模块与COVID-19相关性最高（r=0.91,P<0.001）。模块中基因显著性和模块隶属度呈显著正相关（r=0.96,P<0.001）。得到共同基因766个,主要参与有丝分裂、微管结合、阳离子通道活性及卵母细胞减数分裂、细胞衰老等。蛋白互作网络筛选到前10位关键基因分别为CDK1、BUB1、CCNA2...     

新型冠状病毒的结构基础与新型冠状病毒肺炎的临床药物治疗

新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)是指由新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus2, SARS-CoV-2)感染导致的肺炎。SARS-CoV-2结合细胞表面受体——血管紧张素转化酶2 (angiotensin-converting enzyme 2,ACE2)感染肺部细胞,导致白细胞浸润,血管和肺泡壁通透性增加,肺表面活性物质减少,引起呼吸系统症状。局部的炎症加重引起细胞因子风暴,造成全身性炎症反应综合征。2019年12月,武汉市卫生健康委员会报告了多例新型肺炎,分离并确定了病原体SARS-CoV-2。截至2020年9月13日,全世界216个国家或地区受累,2 860余万人确诊COVID-19,90余万人死于该疾病,病死率高达3.20%。到目前为止,尚无特效药物可治疗COVID-19,因此解析病毒结构,探索治疗药物显得尤其重要。本文总结了SARS-CoV-2的病毒结构和COVID-19的临床药物治疗,并分析了他们之间可能的相关性。     

新型冠状病毒肺炎的治疗进展

2019年12月在湖北武汉出现不明原因肺炎,随后在国内和全球引起传播.目前,全球已有200多个国家出现感染病例,WHO将新型冠状病毒(简称为"新冠")引起的疫情暴发定义为全球大流行,严重危害人类的生命健康.我国经过前期的精准施策、科学防治,我国疫情已得到良好控制,取得了阶段性的胜利.在新冠肺炎患者的治疗中,通过对治疗方法的探索和实践,全国90％以上患者达到出院标准,在新冠肺炎的治疗中积累了宝贵的经验.本文就新冠肺炎的治疗作一综述,以期为新冠肺炎救治提供参考.     

新型冠状病毒(2019-nCoV)IgM /IgG抗体检测试剂的研制及性能评价

目的:建立新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)IgM /IgG胶体金抗体联合检测试剂的制备方法,并对检测试剂的性能指标进行评价。方法: 采用柠檬酸三钠还原法制备胶体金溶液,分别用刺突蛋白(S蛋白)受体结合域(receptor binding domain, RBD)和核衣壳蛋白(nucleocapsid protein, NP)作为标记抗原,硝酸纤维素膜上包被鼠抗人IgM单抗(M线)和鼠抗人IgG单抗(G线),并用二硝基苯酚-牛血清白蛋白(DNP-BSA)和兔抗DNP多抗为独立C线质控系统制备胶体金检测试剂;比较RBD蛋白和NP蛋白临床测试符合率,选取较优抗原制备检测试剂,对试剂交叉、干扰反应性,加速稳定性及临床诊断特异性和灵敏度进行性能评价。结果: RBD蛋白临床测试总符合率 98.48%(389/395);NP蛋白临床测试总符合率89.11%(352/395),RBD蛋白总符合率高于NP蛋白。选用RBD蛋白制备检测试剂盒,与13种常见病原体抗体阳性样本均无交叉反应;样本中的甘油三酯、血红蛋白、胆红素、类风湿因子(RF)、人抗鼠抗体(HAMA)、抗核抗体(ANA)对测试结果无干扰。试剂盒50℃加速破坏6周稳定。临床确诊样本及排除样本测试,IgM灵敏度为78.31%(65/83),特异性为98.90%(721/729);IgG灵敏度为92.77%(77/83),特异性为99.31%(724/729);IgM和IgG联合检测灵敏度为92.77%(77/83),特异性为98.35%(717/729);一致性检验Kappa值为0.883 0,P<0.05。结论: 2019-nCoV IgM/IgG抗体检测试剂(胶体金法)检测性能的特异性和灵敏度高,检测速度快,操作便携,可作为已有的2019-nCoV核酸检测法的补充手段。     

新型冠状病毒肺炎与mNGS技术

新型冠状病毒肺炎(Coronavirus Disease 2019,COVID 19)是指2019新型冠状病毒(Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2,SARS CoV 2)感染导致的肺炎。截至2020年5月21日已造成全球超过496万人感染、30万人以上死亡。宏基因组下一代测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS)技术是在发现和检测新冠肺炎中发挥重要作用的技术。本文介绍了mNGS在新冠肺炎疫情中的作用及核心技术特点,并为mNGS在抗击全球疫情中的应用做出技术性归纳总结。     

新型冠状病毒抗体检测临床应用的初步研究

探讨新型冠状病毒(SARS-CoV-2)特异性总抗体检测的临床应用价值。本研究通过回顾性研究,使用酶联免疫法检测39例确诊的新型冠状病毒肺炎患者、90例健康人群血清样本中的抗体;后对确诊病例不同发病时间的血清样本和40例疑似病例的血清样本进行检测,将抗体检测结果结合核酸检测结果、病例资料进行分析。SARSCoV-2特异性总抗体检测灵敏度为92.31%,特异性为100%;病人血清样本中的总抗体产生时间随时间推移而升高,中位检出时间为13d;1例确诊病例的抗体检测结果先于核酸检测结果呈阳性,40例疑似排除病例的抗体检测结果均为阴性。SARS-CoV-2总抗体检测可作为SARS-CoV-2感染的辅助诊断指标,也可作为排除核酸检测阴性的疑似病例和疫情高发地区人群补充手段,减少非SARS-CoV-2感染患者的核酸检测次数。     

41例新型冠状病毒肺炎患者血清抗体检测分析

目的比较新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019, COVID-19)不同临床分型患者血清中新冠病毒(SARS-CoV-2)特异性IgM和IgG抗体的差异和不同时期的浓度变化,并以抗体水平变化判断核酸复阳是否为二次感染。方法选取2020年2—3月南华大学附属南华医院收治的41例COVID-19患者,共收集其患病15-65天血清标本126份;作为对照,同时选取91例发热门诊核酸检测阴性患者采集血清各1份。采用化学发光免疫分析法(chemiluminescence immunoassay, CLIA)检测血清中新冠病毒IgM和IgG抗体水平,经组间t检验和Mann-Whitney U检验对抗体浓度变化进行统计学分析。结果无症状感染者IgM和IgG抗体平均浓度高于阴性对照组,低于普通型和重型患者,差异均具有统计学意义(P0.05);普通型患者IgM和IgG抗体浓度均低于重型患者,IgM抗体差异有统计学意义(P0.05),但IgG抗体差异没有统计学意义(P=0.06);COVID-19患者急性期的IgM和IgG抗体浓度均高于康复期,差异均有统计学意义(P0.05)。复阳后,患者体内IgM和IgG抗体浓度没有增加,持续下降。结论 COVID-19患者的SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体浓度,依无症状感染、普通型、重症型患者临床类型逐次升高,康复期逐渐降低,但大部分体内仍存在较高水平的IgG抗体。核酸复阳之后的SARS-CoV-2 IgM和IgG抗体浓度并未增高,说明未发生二次感染。     

基于MS2噬菌体病毒样颗粒的RT-PCR检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)质控品制备*

目的: 制备热稳定性好、耐RNase攻击及可全程监控操作的核酸检测新型冠状病毒阳性质控品。方法: 分别扩增MS2噬菌体外壳蛋白CP(含PAC位点)基因以及成熟酶蛋白A基因序列(含核糖体结合位点),先后插入质粒pET28a多克隆位点不同位置,构建通用重组载体pET28a/CP-A。合成包含ORF1ab基因、N基因和E基因三个靶标的特定核酸序列,插入到重组载体pET28a/CP-A中PAC位点的下游,构建包含靶序列的重组载体pET28a/CP-A/S。通过原核表达系统表达目的蛋白,采用硫酸铵和凝胶过滤层析进行纯化,利用透射电镜和动态光散射对蛋白质进行物理表征。全能核酸酶消化形成的盔甲RNA,通过RT-PCR检测其残余核酸和热稳定性。结果: 成功构建包含MS2噬菌体外壳蛋白CP基因、成熟酶蛋白A基因和外源靶核酸的重组载体,目的蛋白在25℃、IPTG 0.3mmol /L、诱导14h时以可溶性形式得到高效表达,纯化后,得到了大小均一、直径为23~28nm的病毒样颗粒,经核酸酶消化后RT-PCR检测,颗粒溶液中几乎无核酸残余且形成了包封靶基因的盔甲RNA。加速破坏试验表明该盔甲RNA无菌过滤后可在37℃稳定保持10天。结论: 在体外,利用MS2噬菌体外壳蛋白和成熟酶蛋白自组装包封外源靶序列制备的盔甲RNA,其热稳定性好,可全程监控整个检测过程,可作为核酸检测SARS-CoV-2的定性或定量质控品。     

基于MS2噬菌体病毒样颗粒的RT-PCR检测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)质控品制备*

目的: 制备热稳定性好、耐RNase攻击及可全程监控操作的核酸检测新型冠状病毒阳性质控品。方法: 分别扩增MS2噬菌体外壳蛋白CP(含PAC位点)基因以及成熟酶蛋白A基因序列(含核糖体结合位点),先后插入质粒pET28a多克隆位点不同位置,构建通用重组载体pET28a/CP-A。合成包含ORF1ab基因、N基因和E基因三个靶标的特定核酸序列,插入到重组载体pET28a/CP-A中PAC位点的下游,构建包含靶序列的重组载体pET28a/CP-A/S。通过原核表达系统表达目的蛋白,采用硫酸铵和凝胶过滤层析进行纯化,利用透射电镜和动态光散射对蛋白质进行物理表征。全能核酸酶消化形成的盔甲RNA,通过RT-PCR检测其残余核酸和热稳定性。结果: 成功构建包含MS2噬菌体外壳蛋白CP基因、成熟酶蛋白A基因和外源靶核酸的重组载体,目的蛋白在25℃、IPTG 0.3mmol /L、诱导14h时以可溶性形式得到高效表达,纯化后,得到了大小均一、直径为23~28nm的病毒样颗粒,经核酸酶消化后RT-PCR检测,颗粒溶液中几乎无核酸残余且形成了包封靶基因的盔甲RNA。加速破坏试验表明该盔甲RNA无菌过滤后可在37℃稳定保持10天。结论: 在体外,利用MS2噬菌体外壳蛋白和成熟酶蛋白自组装包封外源靶序列制备的盔甲RNA,其热稳定性好,可全程监控整个检测过程,可作为核酸检测SARS-CoV-2的定性或定量质控品。     

新型冠状病毒肺炎:实验室检测、治疗及疫苗

新型冠状病毒肺炎(2019 novel coronavirus disease,COVID-19),一种由动物来源的新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SRAS-CoV-2)感染所致的疾病在全球范围内急速传播,严重的危害人类的健康.快速、准确的诊...     

对24例宠物临诊病例检测未发现新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸阳性

2019新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是一种在人体中新发现的冠状病毒,来源于野生动物。SARS-CoV-2属于冠状病毒科β冠状病毒属,而感染宠物犬猫类的冠状病毒主要来自α冠状病毒属。SARS-CoV-2是否感染犬、猫等宠物是当前抗击新冠肺炎疫情的重要公共卫生问题,也是大众关切的热点问题之一。本研究试图通过对有明晰腹泻和呼吸道症状的宠物犬和猫进行病原学检测,来阐明SARS-CoV-2是否感染宠物的科学问题,探究腹泻和呼吸症状宠物感染的普遍病因。本研究采用SARS-CoV-2的荧光定量PCR试剂和已经建立的诊断方法,对SARSCoV-2流行期间北京地区有腹泻和呼吸道症状的(特别是有发烧、严重咳嗽症状)临床宠物猫病例(20例)和宠物犬病例(4例)采集咽拭子,并进行SARS-CoV-2核酸荧光定量PCR检测和犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)、犬细小病毒(Canine parvovirus,CPV)、犬腺病毒Ⅱ型(Canine adenoviru-2,CAV-2)、犬副流感病毒(Canine parainfluenza virus,CPIV)、猫疱疹病毒I...