注意缺陷多动障碍儿童肠道菌群特点及与行为问题的相关性研究

分析注意缺陷多动障碍（ADHD）儿童肠道菌群特点与行为问题的相关性。

选取2022年1月到2023年5月我院收治的96例ADHD患儿和健康体检的96例儿童,分别作为研究组和对照组。对所有儿童粪便样本进行宏基因组测序并分析肠道菌群特点。采用Conners儿童行为问卷－家长版（PSQ）评估两组儿童的行为。采用Pearson相关性分析肠道菌群分布与行为问题的相关性。

研究组患儿肠道菌群α−多样性低于对照组,肠杆菌属、气味杆菌属和枸橼酸杆菌属相对丰度均高于对照组,韦荣球菌属、拟杆菌属、双歧杆菌属和普氏栖粪杆菌相对丰度均低于对照组,差异均具有统计学意义（P＜0.05）。研究组患儿Conners PSQ问卷评分高于对照组（P＜0.05）。研究组患儿Conners PSQ问卷各因子评分与肠道肠杆菌属、气味杆菌属和枸橼酸杆菌属均呈正相关（P＜0.05）,与韦荣球菌属、拟杆菌属、双歧杆菌属和普氏栖粪杆菌均呈负相关（P＜0.05）。

ADHD儿童肠道菌群构成与健康儿童不同,不同肠道菌群与患儿行为问题有相关性。

     

高原地区慢性肝病肠道微生态结构的变化

分析高原地区慢性肝病患者肠道菌群物种多样性及菌群丰度结构变化,探讨肠道微生态失衡与慢性肝病的关联。

收集高原地区90例慢性肝病（慢性乙型病毒性肝炎30例、乙肝后肝硬化30例、原发性肝癌30例）及25例健康人的粪便,利用高通量基因测序及生物信息学分析技术,探讨慢性肝病患者与健康人之间物种多样性以及不同分类水平上肠道菌群组成是否存在差异。

慢性肝病患者肠道菌群多样性较健康人显著降低（Z=1.462,P=0.005）,Beta多样性分析发现慢性肝病患者与健康人肠道菌群组成上差异存在统计学意义（r=0.122,P=0.020）;对慢性肝病组与健康组进行组间肠道菌群差异性分析,发现在门水平上,拟杆菌门在慢性肝病组中富集（Z=1.065,P=0.043）,慢性肝病组内比较发现拟杆菌门在慢性乙型病毒性肝炎、乙肝后肝硬化、原发性肝癌患者中的相对丰度呈逐渐减少的趋势,但差异无统计学意义（P＞0.050）;属水平上,粪杆菌属在慢性肝病组中富集（Z=1.092,P=0.032）,而肠球菌属分布减少（Z=1.398,P=0.036）,同时慢性肝病患者肠道菌群中一些潜在致病菌如链球菌属、韦荣球菌属较健康人富集,而双歧杆菌属、乳杆菌属等益生菌相对丰度较低,但差异无统计学意义。组内比较发现存在差异菌属链球菌属（H=6.026,P=0.049）、韦荣球菌属（H=10.317,P=0.005）,对差异菌属进行两两比较发现相较原发性肝癌组,链球菌属在乙肝后肝硬化组中更加富集,差异有统计学意义（P＜0.050）,同时发现肝硬化及肝癌组中韦荣球菌属的相对丰度较慢性乙型病毒性肝炎组高,但差异无统计学意义（P＞0.050）。相关性分析发现粪杆菌属与ALT、AST、ALP水平呈正相关（r=0.192、0.187、0.276,均P＜0.050）,韦荣球菌属与TB、ALP水平呈正相关（r=0.257、0.225,均P＜0.050）。

高原地区慢性肝病患者肠道微生物多样性显著降低,且慢性肝病患者与健康人肠道菌群组成上存在差异,在慢性肝病的进展中一些潜在致病菌的丰度逐渐增加,同时益生菌的相对丰度呈逐渐减少的趋势。

     

Lynch综合征患者肠道菌群特征及其与糖脂代谢水平的相关性

探讨遗传性非息肉性结直肠癌（Lynch综合征）患者肠道菌群特点及其与糖脂代谢指标的相关性。

选取2011年9月至2021年9月我院收治的42例Lynch综合征患者作为Lynch组,并选取42例同期健康体检人群作为对照组。比较两组对象粪便菌群的丰度和多样性,应用Pearson相关性检验分析不同菌属拷贝数与糖脂代谢指标水平的相关性。

Lynch组患者肠道菌群Chao1指数、Ace指数、Shannon指数均高于对照组,Simpson指数低于对照组（均P＜0.05）。Lynch组患者HbA1c、TC、TG、LDL-C、FPG、apo-B水平均高于对照组,HDL-C和apo-A1水平低于对照组（均P＜0.05）。Lynch组患者粪便中以变形菌门、肠球菌属、埃希菌属、消化链球菌属、韦荣球菌属、不动杆菌属为主要优势菌。Lynch组患者TG水平与乳杆菌属拷贝数呈负相关,与埃希菌属和韦荣球菌属拷贝数呈正相关（均P＜0.05）;HDL-C水平与乳杆菌属和布劳特菌属拷贝数呈正相关,与埃希菌属、韦荣球菌属、消化链球菌属拷贝数呈负相关（均P＜0.05）;FPG水平与乳杆菌属和布劳特菌属拷贝数呈负相关,与肠球菌属、埃希菌属、韦荣球菌属拷贝数呈正相关（均P＜0.05）。

Lynch综合征患者肠道菌群丰度和多样性低于健康人,其中乳杆菌属、布劳特菌属、埃希菌属等菌群与糖脂代谢具有相关性。

     

基于16S rDNA测序技术分析功能性便秘患者粪便菌群

运用16S rDNA测序技术分析功能性便秘（FC）患者粪便菌群特征,以期寻找FC特征菌,为FC诊治寻找新的治疗靶点。

收集福建中医药大学附属第二人民医院60例实验组（FC患者）和30例正常组的粪便,采用16S rDNA测序技术分析粪便菌群结构,并进行基因功能的预测。

两组在门水平上,主要由厚壁菌门和拟杆菌门组成;在属水平上,主要优势菌以粪杆菌属和拟杆菌属为主。实验组粪便菌群丰富度指数Chao1、Observed_OTUs较正常组升高（P＜0.05）,多样性指数Shannon指数和Simpson指数虽有上升趋势,但差异无统计学意义（P＞0.05）。布劳特菌属、罗氏菌属、Ruminococcus_gnavus_group、Ruminococcus_gauvreauii_group、Eubacterium_hallii_group、Anaerostipes、Lachnospiraceae_ND3007_group、Dorea、乳球菌属在实验组中丰度均显著降低（P＜0.01）。实验组特征菌为小杆菌属,正常组为布劳特菌属和埃希菌−志贺菌属。实验组蔗糖降解Ⅲ（PWY-621）、丙酮酸发酵成乙酸和乳酸（PWY-5100）和琥珀酸发酵成丁酸盐（PWY-5677）功能下降（P＜0.05）。

功能性便秘患者主要表现为肠道菌群丰度与多样性升高,FC的发病可能与菌群结构发生改变有关。

     

不同健康状况百岁老人肠道菌群的差异性

探索广西不同健康状况百岁老人肠道菌群的特征。

采用1∶1病例对照研究方法,在广西长寿地区按年龄收集不同健康状况的21对百岁老人粪便和血样标本,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;使用标准量表测量身体机能和认知功能（MMSE）,测定血生化指标,采用16S rRNA的V4–V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。

非健康组百岁老人较健康组百岁老人肠道菌群丰度和多样性显著降低（t = 3.987、4.000、3.703,均P＜0.001）;健康组百岁老人肠道菌群中蓝藻菌门（Cyanobacteria）、黏胶球形菌门（Lentisphaerae）丰度显著高于非健康组,拟杆菌门（Bacteroidetes）丰度显著低于非健康组;健康组百岁老人肠道菌群中别样杆菌属（Alistipes）、瘤胃球菌属（Ruminococcus）、气味细菌属（Odoribacter）、厌氧菌属（Anaerotruncus）、丁酸单胞菌属（Butyricimonas）丰度显著高于非健康组;非健康组百岁老人肠道菌群中拟杆菌纲（Bacteroidia）、拟杆菌目（Bacteroidales）、拟杆菌种（Bacteroides coprophius）丰度显著高于健康组;非健康组百岁老人身体机能、MMSE评分显著降低（t = 2.775、2.058,P = 0.008、0.046）。

广西不同健康状况百岁老人肠道菌群丰度和多样性具有显著特征,健康状况良好的百岁老人可能具有更好的肠道菌群构成。

     

圈养食叶猴的肠道菌群特征

充分认识圈养食叶猴的肠道菌群组成特征, 为饲养管理方法的改进提供参考依据。

通过MiSeq高通量测序平台对3个物种的19个个体[黑叶猴(n=5)、川金丝猴(n=9)和西非黑白疣猴(n=5)]的肠道菌群16S rRNA V4-V5区进行测序和分析。

食叶猴肠道菌群以厚壁菌门和拟杆菌门为优势菌门, 瘤胃菌科、普氏菌科、理研菌科和毛螺菌科为优势菌科, 普氏菌属、密螺旋体属和瘤胃球菌属为优势菌属; 食叶猴物种间肠道菌群组成存在显著差异, 肠道菌群按照宿主物种聚类, 而不受环境因素的影响。

宿主物种是决定肠道微生物组成的重要因素, 食叶猴肠道菌群特征反映了宿主对其食性的适应。

     

原发性干燥综合征患者肠道菌群特征分析

通过比较原发性干燥综合征(pSS)患者和健康人群肠道菌群的差异, 深入探讨pSS患者肠道菌群与pSS发生发展的关系。

招募2019年1月至2021年2月于大连市中心医院风湿免疫科住院的pSS患者60名, 作为本研究的pSS组; 同时招募大连市中心医院体检中心的健康志愿者50名作为本研究的对照组(Control组)。收集两组粪便标本, 各50例, 提取细菌DNA进行16S rDNA高通量测序后进行菌群多样性和LEfSe分析。

pSS组肠道菌群α-多样性较Control组显著降低(P < 0.05)。与Control组相比, pSS组厚壁菌门/拟杆菌门比值降低; 普雷沃菌科、红蝽菌科、消化链球菌科、Eggerthellaceae, unidentified_Clostridiales丰度降低, 而拟杆菌科升高; 罗姆布茨菌属和Dorea等丰度降低, 拟杆菌属、韦荣球菌属等丰度升高。并且在pSS组肠道菌群中发现大肠埃希菌丰度明显升高。

pSS患者存在肠道菌群失调, 提示菌群失调可能与pSS的发生发展有关。

     

妊娠期糖尿病孕妇肠道菌群变化及其与血糖的相关性——

利用16S rDNA高通量测序技术,研究妊娠期糖尿病（GDM）孕妇的肠道菌群变化及与血糖的相关性。

2020年9月—2021年3月,选取在温州市人民医院定期产前检查并分娩的孕妇44例,根据妊娠24~28周口服75 g葡萄糖耐量试验结果分为妊娠期糖尿病组（22例）及正常对照组（22例）,收集孕妇的一般资料。通过Illumina Miseq平台对受试者粪便细菌DNA进行16S rDNA测序,比较两组肠道菌群的结构、丰度及多样性。

肠道菌群ɑ−多样性分析结果显示,GDM组孕妇Chao1、Shannon、Ace、Coverage指数与正常对照组相比,差异无统计学意义（P＞0.05）。两组孕妇肠道菌群的共同优势菌群为厚壁菌门和拟杆菌门,GDM组弯曲杆菌门比例高于对照组（P＜0.05）。LEfSe分析结果显示两组丰度有显著差异的物种共有28种,其中24种在GDM组中富集,4种在正常对照组中富集。通过Bray-Curtis dbRDA分析发现,肠道菌群结构与75 g OGTT 0 h血糖及75 g OGTT 1 h血糖呈负相关（P＜0.05）。采用Spearman相关性分析评估两组肠道菌群与OGTT血糖值的相关性,发现瘤胃球菌属、链球菌属、丁酸球菌属与OGTT 0 h血糖呈负相关（P＜0.05）;小杆菌属、布劳特菌属、Monoglobus与OGTT 1 h血糖呈负相关（P＜0.05）;毛螺旋菌属、普雷沃菌属与OGTT 2 h血糖呈负相关（P＜0.05）。

16S rDNA高通量测序有助于分析GDM孕妇肠道菌群的丰度及多样性,为研究GDM孕妇肠道菌群结构的特点及与血糖的相关性提供新的思路和理论依据。

     

基于16S rDNA技术研究隔药饼灸对高脂血症兔肠道菌群属水平的影响

研究隔药饼灸对高脂血症兔属水平肠道菌群的作用,筛选相关菌属。

将24只兔按随机数表法分为正常组、模型组和隔药饼灸组,每组8只;干预12周后,观察TC、TG、LDL-C水平的变化,采用16S rDNA高通量测序技术分析属水平菌落差异。

与模型组比较,隔药饼灸组兔血清LDL-C、TG、TC水平均下降（均P＜0.05）。隔药饼灸组肠道菌群结构发生改善,un_f_Muribaculaceae、un_o_Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度均显著提高（均P＜0.05）,毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度均降低（均P＜0.05）。

隔药饼灸能改善异常血脂及调整菌群结构,可能与上调un_f_Muribaculaceae、un_o_Gastranaerophilales、瘤胃球菌科UCG-014属、阿克曼菌属相对丰度,降低毛螺菌属NK4A136、瘤胃梭菌属6、拟杆菌属相对丰度有关。

     

不同程度颅脑疾病患者肠道菌群分析

检测不同程度颅脑疾病患者肠道菌群分布情况, 探讨患者肠道菌群分布与疾病的关系, 为该类患者的治疗提供参考。

通过MiSeq PE2x300 bp高通量测序技术对21例重度颅脑损伤患者(G1组, GCS≤8分)和14例轻度颅脑损伤患者(G2组, GCS > 8分)粪便样本中细菌的16S rRNA基因V3-V4可变区进行定性分析, 并对两组患者肠道菌群进行生物学分类比较、多样性分析和组间物种差异分析。

两组患者肠道菌群多样性差异无统计学意义(均P > 0.05)。G1组患者肠道厌氧球菌属(Anaerococcus)、埃希菌-志贺菌属(Escherichia-Shigella)、链球菌属(Streptococcus)、肠球菌属(Enterococcus)、棒状杆菌属(Corynebacterium)数量高于G2组(均P < 0.05)。

颅脑疾病患者肠道菌群紊乱, 其肠道菌群丰度及多样性显著下降, 有害菌数量升高, 有益菌数量下降。

     

慢性萎缩性胃炎患者肠道菌群特征

探讨不同炎症程度慢性萎缩性胃炎（CAG）患者肠道菌群特征,为该类患者的治疗提供参考。

对36例健康人（健康对照组）和8例轻度炎症（轻度炎症组）、26例中度炎症（中度炎症组）、8例重度炎症（重度炎症组）的CAG患者的粪便样本进行16S rRNA基因高通量测序（V4—V5区）,采用Sobs、Shannon、Simpson、Ace、Chao指数评估4组对象肠道菌群的物种丰富度与多样性;采用PLS-DA分析评估4组对象肠道微生物群落结构;采用LDA与LEfSe分析确定4组对象相对丰度存在显著差异的肠道菌群;采用PICRUSt预测CAG患者显著富集肠道菌属的代谢通路信息。

与健康对照组相比,轻、中、重度炎症组患者肠道菌群Sobs、Ace、Chao、Simpson指数有降低趋势,但差异均无统计学意义（均P＞0.05）。Ruminococcus_gnavus_group、norank_f_Ruminococcaceae、Erysipelatoclostridium、Actinomyces在轻度炎症组中显著富集,Flavonifractor、Sellimonas在中度炎症组中显著富集,Eubacterium_rectale_group、Erysipelotrichaceae_UCG-003、Tyzzerella_3、Coprococcus_1、Candidatus_Soleaferrea在重度炎症组中显著富集。此外,Lachnospiraceae_UCG-004、Eubacterium_nodatum_group的丰度在健康对照组、轻度炎症组、中度炎症组、重度炎症组中呈递增趋势;Anaerostipes、Ruminiclostridium_9、Halomonas、Pelagibacterium的丰度在健康对照组、轻度炎症组、中度炎症组、重度炎症组中呈递减趋势,但差异均无统计学意义（均P＞0.05）。PICRUSt分析结果显示4组对象肠道菌群代谢通路相似,但是代谢通路的丰度不同,其中重度炎症组患者肠道菌群代谢功能潜力高于健康对照组、轻度炎症组和中度炎症组。

CAG患者肠道菌群变化的总体特征为产丁酸盐的菌属丰度减少,促炎菌属的丰度增加。促炎菌属可能通过附着于肠道上皮导致黏膜屏障受损和肠道通透性增加,影响宿主免疫反应,引起炎症。

     

原发性肝癌H-ras12V小鼠肠道微生态的初步研究

目的 探索原发性肝癌小鼠（H-ras12V小鼠）肠道微生态的特异性。方法 设立7月龄的H-ras12V小鼠为实验组,C57BL/6J常态小鼠为对照组。小鼠在标准饮食下饲养2个月。于实验第8周无菌收集小鼠粪便,进行V3‒V4高可变区16S rDNA基因组测序,分析两组小鼠肠道菌群多样性和组成的差异。结果 肝癌小鼠成瘤率为100%。α多样性：稀释曲线趋于平缓,样品测序数据量较合理。β多样性：通过Anosim分析确定两组组间差异显著大于组内差异（R=0.2857,P=0.0037）。菌群结构：门水平优势菌群有拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门等,属水平优势菌群有Barnesiella、Alloprevotella、拟杆菌属等。显著性差异物种：通过Kruskal-Wallis test分析,发现拟杆菌属等7个属差异有统计学意义（P<0.05）。结论 原发性肝癌H-ras12V小鼠肠道微生态多样性和菌群结构有显著差异,其中拟杆菌属及其特殊结构鞘脂与肝硬化及肿瘤关系密切,可能与肝癌存在联系。     

不同分期的慢性阻塞性肺疾病患者肠道微生态的变化

探讨慢性阻塞性肺疾病(COPD)不同分期肠道微生态的菌群多样性及丰度变化。

本研究为前瞻性病例对照研究。纳入COPD急性加重期患者(A组)、COPD稳定期患者(S组)以及正常对照者(N组)各30例。收集3组研究对象临床资料, 留取粪便标本, 通过16S V3-V4区引物进行细菌多样性鉴定, 对序列进行可操作分类单元(OTU)聚类和物种注释, 分析3组研究对象肠道菌群结构、丰度以及多样性变化。

完成研究且标本合格者80例, 其中A组29例、S组29例、N组22例。比较3组研究对象肠道菌群组内多样性指标(Alpha多样性)和组间多样性指标(Beta多样性), 均提示差异有统计学意义(均P < 0.01)。3组研究对象肠道菌群结构发生改变, 在门水平, 厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、软壁菌门、变形菌门和梭杆菌门差异有统计学意义(均P < 0.01);在属水平, 29种菌属差异有统计学意义(均P < 0.05)。进一步采用线性判别分析效应量(LEfSe分析)找出3组的差异菌。

与正常对照相比, COPD急性加重期及稳定期肠道菌群多样性均有下降, 而急性加重期下降更显著; 3组研究对象肠道菌群结构差异显著, 菌群结构改变可能与急性加重有关。

     

Use of stable isotopes to measure the metabolic activity of the human intestinal microbiota

The human intestinal microbiota is a complex biological system comprising a vast repertoire of microbes with considerable metabolic activity relevant to both bacterial growth and host health. Greater strides have been made in the analysis of microbial diversity than in the measurement of functional activity, particularly in vivo. Stable isotope probing offers a new approach by coupling measurements of metabolic activity with microbial identification. Using a low-enrichment labeling strategy in vitro, this study has identified metabolically active bacterial groups via magnetic-bead capture methodology and stable isotope ratio analysis. Using five probes (EUB338, Bac303, Bif164, EREC482, and Clep866), changes in the activities of key intestinal microbial groups were successfully measured by exploiting tracers of de novo RNA synthesis. Perturbation of the nutrient source with oligofructose generated changes in the activity of bifidobacteria as expected, but also in the Bacteroides-Prevotella group, the Eubacterium rectale-Clostridium coccoides group, and the Clostridium leptum subgroup. Changes in activity were also observed in response to the medium type. This study suggests that changes in the functional activity of the gut microbiota can be assessed using tracers of de novo nucleic acid synthesis combined with measurement of low isotopic enrichment in 16S rRNA. Such tracers potentially limit substrate bias because they are universally available to bacteria. This low-enrichment labeling approach does not depend on the commercial availability of specific labeled substrates and can be easily translated to in vivo probing experiments of the functional activity of the microbiota in the human gut.     

不同富集和分离培养条件下的含酚废水处理生物膜微生物群落结构与活性比较分析

采用Biolog和变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术研究了不同苯酚浓度培养对焦化废水处理厂反硝化池生物膜样品中微生物群落结构和代谢类型的影响。DGGE结果表明, 不同浓度苯酚和不同培养方式富集培养后, 细菌16S rDNA的部分条带分布谱形发生改变, 还有部分条带只受到了苯酚浓度变化的影响; 富集培养过程中由于碳源组成相对焦化废水简单, DGGE条带所代表的优势微生物多样性有所降低。Biolog试验结果表明, 生物膜样本的细菌群落代谢能力最强; 低浓度苯酚富集后的样品能利用的底物碳源类型最丰富。对Biolog试验结果的主成分分析显示, 相同浓度苯酚富集培养后的细菌群落代谢功能多样性相似, 但从DGGE结果看出其结构组成产生了变化。富集培养使样品微生物群落的代谢功能发生改变, 低浓度的苯酚富集增加了群落中微生物的代谢类型。而不同条件获得的分离物其苯酚降解能力的初步分析也表明, 富集与分离条件对苯酚降解菌的分离能力和得到的菌株特性具有差别。     

椰心叶甲、椰子织蛾肠道菌群多样性分析

[目的] 椰心叶甲、椰子织蛾同属棕榈科食叶性入侵害虫,两者同时取食棕榈科植物却无明显竞争作用,本文通过分子生物学手段对两者的肠道菌群组成、肠道代谢通路进行比对,以此探讨两者食性之间相关性。[方法] 以16S rRNA菌群分析等预测手段对两者肠道微生物群落、代谢通路等进行差异分析。[结果] 椰心叶甲体内变形菌门群落丰度显著高于椰子织蛾,椰子织蛾体内蓝菌门、放线菌门、酸杆菌门、疣微菌门等菌群丰度显著高于椰心叶甲;椰心叶甲体内膦酸酯和亚膦酸盐代谢、N-聚糖合成等肠道代谢通路显著强于椰子织蛾,而椰子织蛾肠道中酮体的合成和降解、维生素B6代谢、核黄素代谢、黄酮和黄酮醇生物合成等代谢通路显著强于椰心叶甲。[结论] 椰子织蛾体内相对较高的酸杆菌门丰度可能导致了其偏好取食纤维素高的椰子老叶,而椰心叶甲则相反。同时,椰子织蛾肠道内显著较高的维生素B含量在其族群发展过程中起到了主要作用。两者细菌丰度以及代谢通路强度的差异可能影响了两者的食性。     

Molecular-phylogenetic characterization of microbial communities imbalances in the small intestine of dogs with inflammatory bowel disease

An association between luminal commensal bacteria and inflammatory bowel disease (IBD) has been suggested in humans, but studies investigating the intestinal microbial communities of dogs with IBD have not been published. The aim of this study was to characterize differences of the small intestinal microbial communities between dogs with IBD and healthy control dogs. Duodenal brush cytology samples were endoscopically collected from 10 dogs with IBD and nine healthy control dogs. DNA was extracted and 16S rRNA gene was amplified using universal bacterial primers. Constructed 16S rRNA gene clone libraries were compared between groups. From a total of 1240 selected clones, 156 unique 16S rRNA gene sequences were identified, belonging to six phyla: Firmicutes (53.4%), Proteobacteria (28.4%), Bacteroidetes (7.0%), Spirochaetes (5.2%), Fusobacteria (3.4%), Actinobacteria (1.1%), and Incertae sedis (1.5%). Species richness was significantly lower in the IBD group (P=0.038). Principal component analysis indicated that the small intestinal microbial communities of IBD and control dogs are composed of distinct microbial communities. The most profound difference involved enrichment of the IBD dogs with members of the Enterobacteriaceae family. However, differences involving members of other families, such as Clostridiaceae, Bacteroidetes and Spirochaetes, were also identified. In conclusion, canine IBD is associated with altered duodenal microbial communities compared with healthy controls.     

A Modular Organization of the Human Intestinal Mucosal Microbiota and Its Association with Inflammatory Bowel Disease

Abnormalities of the intestinal microbiota are implicated in the pathogenesis of Crohn''s disease (CD) and ulcerative colitis (UC), two spectra of inflammatory bowel disease (IBD). However, the high complexity and low inter-individual overlap of intestinal microbial composition are formidable barriers to identifying microbial taxa representing this dysbiosis. These difficulties might be overcome by an ecologic analytic strategy to identify modules of interacting bacteria (rather than individual bacteria) as quantitative reproducible features of microbial composition in normal and IBD mucosa. We sequenced 16S ribosomal RNA genes from 179 endoscopic lavage samples from different intestinal regions in 64 subjects (32 controls, 16 CD and 16 UC patients in clinical remission). CD and UC patients showed a reduction in phylogenetic diversity and shifts in microbial composition, comparable to previous studies using conventional mucosal biopsies. Analysis of weighted co-occurrence network revealed 5 microbial modules. These modules were unprecedented, as they were detectable in all individuals, and their composition and abundance was recapitulated in an independent, biopsy-based mucosal dataset 2 modules were associated with healthy, CD, or UC disease states. Imputed metagenome analysis indicated that these modules displayed distinct metabolic functionality, specifically the enrichment of oxidative response and glycan metabolism pathways relevant to host-pathogen interaction in the disease-associated modules. The highly preserved microbial modules accurately classified IBD status of individual patients during disease quiescence, suggesting that microbial dysbiosis in IBD may be an underlying disorder independent of disease activity. Microbial modules thus provide an integrative view of microbial ecology relevant to IBD.     

冬末春初圈养梅花鹿健康与腹泻个体粪便菌群的比较分析

腹泻是制约梅花鹿(Cervus nippon)养殖发展的主要因素之一，通常与肠道菌群失衡有关，而健康与腹泻梅花鹿个体菌群组成变化尚不清楚。为探究健康与腹泻梅花鹿肠道菌群差异，分析梅花鹿腹泻原因，以圈养雄性梅花鹿为实验对象，采集正常及腹泻梅花鹿粪便共18份，通过16S rRNA基因测序进行比较分析。研究结果表明，腹泻组菌群丰度及多样性较健康组均有所下降。在门至属水平，腹泻组理研菌科(Rikenellaceae)、克里斯滕森菌科(Christensenellaceae)等有益菌丰度下降，Treponema＿2菌属等促炎菌丰度上升。此外，瘤胃球菌科UCG-014菌属(Ruminococcaceae＿UCG-014)和理研菌科RC9菌属(Rikenellaceae＿RC9＿gut＿group)在健康组中显著富集；疣微菌门(Verrucomicrobia)、拟普雷沃氏菌属(Alloprevotella)、阿克曼氏菌属(Akkermansia)在腹泻组显著富集。腹泻梅花鹿与健康梅花鹿粪便菌群组成和多样性存在显著差异，疣微菌门丰度升高可能是导致梅花鹿腹泻的一个原因。