基于ISSR标记的96份兰属种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建

为加强我国兰属种质资源的保护利用,本研究通过ISSR分子标记对96份兰属种质进行多样性分析和指纹图谱构建。结果显示,共筛选出11条可扩增清晰条带的多样性引物,在96份材料共检测67条多态性条带,平均多态性条带比例为73.63%;等位基因数（Na）为1.925,有效等位基因数（Ne）为1.450,Nei′s遗传多样性指数（H）为0.277,Shannon多样性指数（I）为0.427,多态性位点百分比（PPL, percentage of polymorphic loci）为92.54%;种群内基因多样性（Hs）为0.1934,基因分化度（Gst）为0.3009,总遗传多样性指数（Ht）为0.2767,种群间的平均基因流（Nm）为1.1619,种群间的两两遗传分化固定指数值范围为0.002～0.527,平均值为0.325。系统聚类结果表明,兰属种群间遗传分化程度高,8个种群可分为3类,春兰和墨兰为一大类,寒兰、春剑、蕙兰、莲瓣兰、建兰为第二类,杂交种独为一类,与其他两类种群之间的遗传距离较大。主坐标分析表明,莲瓣兰和春兰表现出较远的亲缘关系。本研究筛选出6对引物构建了96个品种的指纹图谱二...     

兰属14种植物遗传多样性RAPD及AFLP分析

用RAPD和AFLP技术分析了14种兰属植物的遗传多样性.RAPD筛选出12个随机引物和AFLP 3对选择性引物组合均扩增出了丰富的多态性片段.分析结果按UPGMA类平均法进行聚类,所得到的RAPD和AFLP聚类结果基本一致,显示建兰与墨兰,寒兰与峨眉春蕙以及大雪兰与独占春之间的亲缘关系最近.     

ISSR分子标记技术及其在植物遗传多样性分析中的应用

ISSR分子标记技术是近年发展而来的一种DNA多态性分子标记,具有简单、经济、信息量大、稳定性高等特点。本文论述了ISSR的反应原理及ISSR实验过程中的技术要点．并总结了ISSR在植物品种鉴定、亲缘关系分析,群体遗传结构、遗传多样性检测,以及植物育种研究中的应用。     

濒危植物毛瓣金花茶遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记对毛瓣金花茶6个自然居群的遗传多样性进行了分析。利用11个引物对150个个体进行了扩增,共扩增出92条条带,其中多态性条带74条。毛瓣金花茶在物种水平和居群水平都表现出相对较高的遗传多样性,在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为80.43%,Nei’s基因多样性指数(h)为0.245 1,Shannon多样性指数(I)为0.377 6;在居群水平上,PPB为58.70%~66.30%,h为0.199 7~0.229 3,I为0.300 9~0.343 8。Nei’s遗传多样性分析和AMOVA分析表明,毛瓣金花茶的遗传变异主要存在于居群内,居群间的遗传分化程度较低(Gst=0.126 6,Φst=11.37%),基因流(Nm)为3.448 0。Mantel检测表明,居群间的遗传距离和地理距离之间存在显著的相关关系(r=0.755 1,P0.05)。研究认为,毛瓣金花茶较高的遗传多样性和较低的遗传分化可能与其异交型繁育系统和鸟类传粉有关。     

金花茶遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记对金花茶的4个自然分布居群的126份样品的遗传多样性水平进行了研究。用12条引物,共检测到105个清晰的扩增位点,其中多态性位点79个,多态位点百分率(PPB)为75．24％。采用POPGENE软件进行分析,结果表明：居群总的Nei’s基因多样性指数为0．2302,Shannon信息多态性指数为0．3502,金花茶总的遗传多样性水平较高。但金花茶居群内的遗传多样性相对较低。基因分化系数为0．5752,遗传变异主要存在于居群间。用NTSYS软件对样品进行UPGMA聚类分析,结果4个居群的样品各自聚在一起,而金花茶两间断分布区区内的居群又各自聚在一起。金花茶4个居群间的遗传距离与地理距离呈显著的正相关(r=0．68261,P=1．0000)。     

濒危植物山白树遗传多样性及亲缘关系的ISSR分析

利用ISSR分子标记,对我国特有种金缕梅科(Hamamelidaceae)濒危植物山白树(Sinowilsonia fienryi Hemsl)6个野生居群和2个栽培居群75份试验材料的遗传多样性进行研究,以期为该物种种质资源的保护和合理利用提供科学依据。试验结果显示:(1)10条引物共检测到89条清晰的谱带,其中多态性条带85条,多态位点百分率(PPB)为95.5%,说明山白树在物种水平上遗传多样性较高;(2)Nei's基因多样度指数(H)为0.283 3,Shannon's多样性信息指数(I)为0.4034;Nei's遗传分化系数(G_(st))为0.3507,居群间与居群内变异百分率分别是25.49%,74.51%,说明山白树居群内与居群间都存在遗传分化,且主要遗传分化来自居群内部;(3)聚类分析(UPGMA法)得到,在阈值0.87处,山白树8个调查居群分为三类,分类结果与其地域分布存在一定规律。     

广东省五节芒遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对广东省内分布的能源植物五节芒(Miscanthus floridulus)13个野生居群共215个个体的遗传多样性进行了研究.9个ISSR引物共扩增到了81个位点,其中76个是多态性位点.结果表明,广东五节芒的遗传多样性水平很高,物种水平上,多态位点百分率(PPB)为93.83％,Nei's...     

小苍兰种质遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR(Inter Simple Sequence Repeat)分子标记对12份小苍兰(Freesia refracta)种质进行了遗传多样性分析研究。从34条ISSR引物中筛选出了12条适宜的引物。这12条引物中每条引物可扩增出5~11条DNA片段,共扩增了96个条带,其中多态性片段62条,平均每条引物可产生5.2条多态性片段,多态性条带比率(PPB)为64.6%。经NTSYS-pc分析,12份小苍兰种质间的遗传距离(GD)的变化范围为0.123~0.907,平均为0.442。根据Nei’s相似系数建立了UPGMA聚类图,在相似系数为0.56时,可将紫色花系的小苍兰种质与其它种质分开,形成两个组。结果表明,ISSR分子标记可有效地分析小苍兰种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为小苍兰的杂交育种和新品种保护提供理论基础。     

孑遗植物银杏群体遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术,对江苏泰兴、美国纽约的栽培银杏(Ginkgo biloba)群体和中国3个可能为野生的银杏自然群体(浙江西天目山、贵州务川、湖北大洪山区)的遗传多样性水平和群体遗传结构进行了研究。用13个引物对5个群体共66个样品进行扩增,共得到88个清晰的扩增位点,其中多态性位点62个,多态位点百分率(PPB)为70．45％。POPGENE分析结果表明：与其他裸子植物相比,银杏具有丰富的遗传变异(He=0．2408;Ho=0．3599)。贵州务川群体的遗传多样性水平最高(PPB=56．82％,He=0．2089,Ho=0．3087),江苏泰兴栽培群体(PPB=34．09％,,Ho=0．1269,Ho=0．1858)和美国纽约的栽培群体(PPB=23．86％,,He=0．0884,Ho=0．1312)的遗传多样性水平较低。Nei′s遗传多样性分析和AMOVA分析表明,3个可能的自然群体间出现了一定程度的遗传分化(Gst=0．1476,Φst=14．26％)。群体间一定程度的遗传分化可能是人为选择压力和基因流障碍引起的。根据Nei′s遗传距离矩阵分别构建了群体间和个体间的遗传关系树状图。由UPGMA聚类分析可知,贵州务川群体与浙江西天目山群体优先聚类;美国纽约群体与湖北大洪山群体具有较近的亲缘关系,它们可能为同一野生群体的后裔。通过对银杏群体遗传结构的分析并结合群落学调查研究,结果表明：贵州务川银杏群体很可能为野生自然群体。基于银杏群体遗传学和生态学的研究结果,建议在自然银杏群体最适生境和遗传多样性最高的贵州务川建立银杏保护区。由于银杏群体间出现了一定程度的分化,建议3个自然群体间可进行植株和幼苗相互移栽,以提高群体间的基因交流,以最大限度地保护银杏的遗传多样性。     

濒危植物华东黄杉种群遗传多样性ISSR分析

采用ISSR分子标记技术分析了5个华东黄杉居群的遗传多样性水平和居群遗传结构。用10个引物对5个居群共76个样品进行扩增,共得到76条清晰的扩增带,其中69个位点为多态性位点。在物种水平上,多态性百分率（PPB）为90.79%,Nei’s基因多样性指数（H）为0.3361,Shannon’s信息多样性指数（I）为0.4974。在居群水平上,多态性位点百分率在56.58%～85.53%之间,Nei’s基因多样性指数为0.2084～0.2675,Shannon’s信息多样性指数为0.2695～0.4076。物种和居群遗传多样性水平都较高,居群间产生了一定的遗传分化（Gst=0.2366,Φst=26.88%）。由UPGMA聚类分析可知,在5个居群中,湖南阳明山两支与浙江临安先聚为一支,再与安徽休宁聚为一支,最后与江西三清山聚合。鉴于华东黄杉生境的特殊性和人为大量的砍伐,华东黄杉的数量逐渐减少,建议在华东黄杉分布区建立自然保护区,对其生存空间进行长期、有效的保护。     

珍稀濒危植物夏蜡梅遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术,对濒危植物夏蜡梅10个居群的遗传多样性进行了分析.结果表明:夏蜡梅种的遗传多样性较高,多态位点百分率为73.08%,Shannon指数为0.3097,Nei指数为0.1987;而居群水平的遗传多样性较低,多态位点百分率平均为23.65%,Shannon指数平均为0.1251,Nei指数平均为0.0839.AMOVA分子差异分析显示:居群间遗传分化程度高,57.11%的变异存在于居群间,42.89%存在于居群内,基因分化系数(G_st)为0.5779;居群间的基因流为0.3651.生境的片断化使居群间的基因流受阻,可能是导致居群间高遗传分化和居群水平低遗传多样性的主要原因.10个居群间的平均遗传距离为0.1471.利用UPG-MA法对10个居群进行聚类,结果是天台县内的2个居群、临安市内的8个居群各组成一大类群.     

不同海拔高度木荷种群遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术分析了浙江天台山不同海拔高度木荷种群的遗传多样性和遗传分化.用12个引物对4个木荷种群共80个样品进行扩增,共检测到170个位点,其中多态位点154个,多态位点百分率(P)为90.59%.木荷总的Shannon信息指数(I)为0.5033,Nei指数(h)为0.3408,表明种水平的遗传多样性较高.而种群水平的遗传多样性比种水平低,P平均为63.68%,I平均为0.3789,h平均为0.2608.AMOVA分子差异分析表明,在总的遗传变异中,29.56%的变异存在于种群间,70.44%的变异存在于种群内,种群间的基因分化系数(Gst)为0.2348.木荷种群间的基因流为1.6293,4个种群间的平均遗传距离为0.1500.     

叶艺春兰组培苗遗传稳定性的ISSR研究

采用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记技术,对来自叶艺春兰同一母株并经多次无性繁殖获得的组培苗进行基因组DNA分析。研究结果表明,在多次继代培养过程中,组培苗遗传物质稳定,在DNA水平上未见明显差异,保持了母株的特性。     

鸢尾属植物遗传多样性的 RAPD和ISSR分析

应用RAPD和ISSR标记技术,对来自不同产地的鸢尾属(IrisL.)4个野生种的遗传多样性进行了分析。结果表明,12个RAPD和ISSR引物分别扩增出225和196条带,多态性条带分别为215和196条,多态性条带百分率分别为95.56%和100.00%;种间总基因多样度分别为0.368 9和0.357 5、种内基因多样度分别为0.107 7和0.138 0,表明鸢尾属种间遗传多样性较高,且种间变异大于种内变异。4个野生种中,蝴蝶花(I.japonicaThunb.)的遗传组成较为丰富。此外,种内遗传关系与地理分布和环境差异有一定的相关性。     

用ISSR标记检测黄麻野生种与栽培种遗传多样性

利用ISSR标记对黄麻属((Corchorus)10个种27份材料的遗传多样性进行分析,25个ISSR引物共扩增出283条带,平均每个引物扩增出10．48条带,多态性条带比例(PPB)为92．85％;种间遗传相似系数在0．33～0．97之间。表现出丰富的遗传多样性．系统聚类结果显示,第I、Ⅲ类群均为黄麻属8个种11份原始野生种,种间存在丰富的遗传多样性;第Ⅱ类群为黄麻两个栽培种及其近缘野生种,共16份材料。种遗传相似性较高;基因组聚类结果与经典分类相符．利用分子标记技术研究初步可以认为。荨麻叶种为最原始的黄麻野生种之一;三室种21C为三室种的一个变种;甜麻为一个尚待定性的野生种．同组材料的RAPD和ISSR分析结果,具有较高的相似性和可信度．     

ISSR analysis of genetic diversity in sacred lotus cultivars

In this study, inter-simple sequence repeats (ISSR) markers were applied to assess genetic diversity and genetic relationships of 92 cultivars of sacred lotus (Nelumbo nucifera Gaertn.), one of the most famous flowers in China. Our results showed that sacred lotus exhibited a low level of genetic diversity (percentage of polymorphic bands, PPB = 55.8%), which may result from its asexual mode of reproduction and long-term artificial selection. Clustering analyses indicated that these cultivars could be divided into two clades. Most cultivars of Chinese lotus species origin were included in one clade, and one cultivar of American lotus species origin was nested in the other clade. The hybrid cultivars from hybridization between the two subspecies were interspersed in these two clades. Seven cultivars native to Thailand formed a distinct subclade among the cultivars of Chinese lotus species origin. Genetic differentiation between two subspecies, and between cultivars from Thailand and other cultivars could be attributed to geographic isolation. The monophyly of three cultivars of Sanshui Winter Lotus and their closest relationships to Chinese lotus species origin suggests that they might have a common origin and may consist completely or mainly of genetic material from N. nucifera subsp. nucifera.     

Assessment of the genetic diversity and genetic relationships of Lilium in China using ISSR markers

China is a center of natural distribution and diversity of genus Lilium around the world. In the study, the genetic diversity and genetic relationships of Lilium in China were analyzed by inter-simple sequence Repeat (ISSR) markers. The 6 highly polymorphic ISSR primers were selected to amplify the 20 Lilium species. The results showed that a total of 114 DNA bands were amplified, all of which were polymorphic loci (P = 100%), the effective number of alleles (Ne) was 1.2753, and the difference value between observed number of alleles (Na) and effective number of alleles (Ne) was 0.7247, and the Nei's genetic diversity (H) was 0.2048, and the Shannon's information index (I) was 0.3503. These results indicated that there is significant genetic difference among Lilium species in China. Taking the average genetic similarity coefficient (Gs) 0.5313 as the threshold, the 20 tested Lilium species were clustered into 5 groups, which was not entirely consistent with traditional clustering by morphological traits. The results obtained from this study can provide a reference for the molecular study of Lilium germplasm resources.     

Assessment of ISSR based molecular genetic diversity of Hassawi rice in Saudi Arabia

Inter simple sequence repeat (ISSR) analysis, using 14 primers was performed to estimate genetic diversity among 27 landraces of Hassawi rice growing in Al-Ahsa region of Saudi Arabia and deposited at King Abdulaziz City for Science and Technology with KACST IDs. The average polymorphism produced by 11 selected primers was more than 75%. The analysis of ISSR polymorphism divided the examined rice landraces into two groups; In one group (A), one accession (KACST 191) was clearly delimited as a distant landrace from other 12 landraces grouped in two clusters; cluster I of seven landraces of close geographic distributions; four of them grow at close geographic locations (KACST IDs 32, 183, 184, 185, 186, 187 and 188) and cluster II is comprised of five landraces KACST IDs (190, 308, 352, 353 and 355). In group B, the landraces were more closely related to each other as compared to the landraces of group A. In this group a small cluster of two landraces (KACST 305 & KACST 333) was clearly distant from a large group of three clusters comprised of landraces having KACST IDs 189 & 192, landraces 302, 306, 307, 308 & 310 and landraces with KACST IDs 334, 351, 354, 356 & 357 respectively. These results indicate that ISSR fingerprints are efficient in the identification and resolution of genetic diversity between the landraces of the Hassawi rice and will be an efficient method in the authentication of the rice germplasm in the gene bank of Saudi Arabia.     

不同龙眼资源遗传多样性的SCoT和ISSR 比较分析

应用SCoT和ISSR标记对36份龙眼资源和1份近缘种龙荔的遗传多样性进行分析。结果表明:12对SCoT引物共扩增出127条带,平均每条引物扩增10.58条带;15条ISSR引物共扩增出117个条带,平均扩增7.8条带。UPGMA聚类结果表明:SCoT标记和ISSR标记分别在相似系数0.672和0.685水平上,均可将37份材料分成6大类群,SCoT和ISSR标记均适用于龙眼材料的遗传多样性分析,如果将两种标记的数据进行综合分析,可以缩小单一标记的误差。研究结果为龙眼种质资源的保存和利用提供了重要的依据。     

锥栗自然居群遗传多样性的ISSR分析

采用20条ISSR分子标记对栗属中国特有种-锥栗(Castanea henryi)的16个自然居群进行了遗传多样性与遗传关系分析。在449份试材上共扩增得到379个位点,其中多态性位点378个,多态性位点百分率(PPL)达99.74%,平均期望杂合度(He)为0.2950,Shannon信息指数(I)为0.4522;居群水平遗传多样性为46.09%,且不同居群遗传多样性水平有较大差异,16个自然居群中以湘西居群的遗传多样性水平最高(PPL=53.30%,He=0.1861,I=0.2781),其次为靖州、庆元、昭通及都江堰居群,南平居群最低(PPL=36.94%,He=0.1202,I=0.1817)。Nei’s遗传多样性和AMOVA分析表明,居群间产生了较大的遗传分化(Gst=0.4466),锥栗自然居群内的遗传变异稍占优势(52.51%)。UPGMA聚类分析将16个锥栗居群分为2大类5亚类。湘西地区可能是锥栗的次生分布中心和现代遗传多样性分布中心,是锥栗研究的资源中心,也是最有价值的基因库,需要重点保护。