PRELIMINARY STUDY ON MITOCHONDRIAL CYTOCHROME b DNA SEQUENCES AND PHYLOGENY OF FORMALIN FIXED SISORID FISHES (Teleostei:Siluriformes)

从９种科鱼类的福尔马林标本中获得了３３３ｂｐ的细胞色素ｂ基因片段的序列。这９个种分别代表科鱼类的８个属。３３３ｂｐ的ＤＮＡ序列经ＭＵＳＴ软件排序后,有１０１个变异位点,其中有３９个信息位点。序列在成对物种间的距离为８～４８。平均遗传距离为２４％～１４４％。简约分析产生了最大简约系统树,其步长是１６２（ＣＩ＝０７３５,ＲＩ＝０４９４）。在该系统树上,Ｂａｇａｒｉｕｓ是最原始的属,并与所有其他的物种形成姊妹群。其余８个属形成一个单系类群并分为二个姊妹群。尽管在形态上具有１３个离征,但在分子系统树上,鱼类并未形成一个单系类群。可能的原因是３３３ｂｐ序列中的星系信息位点太少;另外单从福尔马林浸制标本获得的ＤＮＡ序列的可靠性尚有待进一步验证     

(鱼兆)科鱼类细胞色素b基因片段的序列测定及其系统发育的初步研究

从9种(鱼兆)科鱼类的福尔马林标本中获得了333 bp的细胞色素b基因片段的序列.这9个种分别代表(鱼兆)科鱼类的8个属.333 bp的DNA序列经MUST软件排序后,有101个变异位点,其中有39个信息位点.序列在成对物种间的距离为8～48.平均遗传距离为2.4%～14.4%.简约分析产生了最大简约系统树,其步长是162(CI=0.735,RI=0.494).在该系统树上,Bagarius是最原始的属,并与所有其他的物种形成姊妹群.其余8个属形成一个单系类群并分为二个姊妹群.尽管在形态上具有13个离征,但在分子系统树上,(鱼宴)(鱼兆)鱼类并未形成一个单系类群.可能的原因是333 bp序列中的星系信息位点太少;另外单从福尔马林浸制标本获得的DNA序列的可靠性尚有待进一步验证.     

中国5种珍稀绢蝶非损伤取样的mtDNA序列及系统进化

应用非损伤性取样ＤＮＡ测序技术测定了４种来自云南白马雪山和１种来自新疆天山的５种珍稀绢蝶的线粒体ＤＮＡ细胞色素ｂ基因部分ＤＮＡ序列。在获得的４３３ｂｐ的序列中,Ａ＋Ｔ约占７５．４％,其中４０个核苷酸位点存在变异（约９．２４％）。ＤＮＡ一级序列数据显示,该５种绢蝶间ＤＮＡ序列变异丰富。ＰＡＵＰ３．１．１（简约法）数据分析软件构建该５个种绢蝶的分子系统树显示,爱珂绢蝶和巴裔绢蝶的亲缘关系比较接近,阿波     

具有内含子的大鳞副泥鳅Sox8基因(英文)

鱼类在脊椎动物系统进化过程中起着承先启后的作用,其性别决定具有原始性、多样性和可塑性。深入研究鱼类的性别决定和分化具有重大的理论意义。Ｓｏｘ基因家族是九十年代发现的一个新的基因家族,其中的许多成员都与性别决定和分化具有直接的关系。大鳞副泥鳅是一种常见的小型鱼类,属于鲤形目鳅科,是少数具有异形性染色体中的一种。本文根据已发表的Ｓｏｘ蛋白质的序列资料,选择在不同物种中保守程度最高的区段设计兼并引物。该组引物可以特异扩增 Ｓｏｘ基因的 ＨＭＧ盒区。以大鳞副泥鳅基因组 ＤＮＡ为模板,在扩增产物中有三条主带,其大小分别为２２０ｂｐ,５５０ｂｐ和１５００ｂｐ,另有一条相当弱的带,大小为７００ｂｐ（Ｆｉｇ．１）。雌雄个体中扩增结果一致。经克隆和ＤＮＡ序列分析,从５５０ｂｐ扩增带中得到一新的基因片段,长５００ｂｐ,编码５３个氨基酸;其余部分长３４０ｂｐ,可能为一内含子,且符合“ＧＴ…ＡＧ”规律（Ｆｉｇ．２）。其可能编码的蛋白质氨基酸序列与小鼠的 Ｓｏｘ８, ９, １０,ＳＲＹ基因的相似性分别为 ９６％, ９４％, ９０％和 ４７％;与人类 Ｓｏｘ ８, ９, １０, ＳＲＹ基因的相似性分别为６４％, ９４％, ５８％和４０％（Ｆｉｇ．３）。     

基于线粒体COⅠ基因的海陵岛鲷科鱼类系统发育分析

对采自海陵岛的6种鲷科鱼类(Sparidae)86个个体的线粒体COⅠ基因进行测序,结合Gen Bank上的17条同源序列,共7属11种103个个体进行系统进化分析。海陵岛11种鲷科鱼类COⅠ基因序列的T、C、A、G的平均含量分别为31.9%、27.6%、23.4%和17.1%,有保守位点359个,变异位点165个,简约信息位点162个,序列中转换大于颠换。Kimura 2-parameter种间遗传距离显示,真赤鲷和二长棘犁齿鲷的遗传距离小于前者与蓝点赤鲷的遗传距离。应用邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)对103条序列分别构建了鲷科鱼类的分子系统进化树。结果显示,鲷科鱼类分为两大类群,一类包括犁齿鲷属、赤鲷属、牙鲷属和四长棘鲷属,另一类包括平鲷属、棘鲷属和拟牛眼鲷属。根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,真赤鲷与二长棘犁齿鲷可能属于同一属,这与传统的形态分类学观点不完全相符。     

PHO4和PHO2蛋白与PHO81基因调控序列的相互作用

高效表达产纯化了ＰＨＯ４和ＰＨＯ２蛋白,凝胶阻抑电泳分析证明了ＰＨＯ４和ＰＨＯ２蛋白与ＰＨＯ８１上游－４０１－２８９ｂｐ片段的结合,定点突变ＰＨＯ２的２３０位丝氨酸为天冬氨呈丙氨酸,不影响ＰＨＯ２蛋白与此片段的结合。足迹法分析证明了ＰＨＯ４结合在ＰＨＯ８１基因上游的３５４－３３３ｂｐ,ＰＨＯ２结合在３４１－３３４ｂｐ。因此,这些结果表明－４０１－２８９ｂｐ包含了ＰＨＯ８１的上游激活序列（ＵＡＳ）,     

鱼类LZF-IDNA指纹探针的制备

利用Ｏｌｉｇｏ１０００ＤＮＡ合成仪（Ｂｅｃｋｍａｎ）合成了长度为４５ｂｐ的寡核苷酸单链,经纯化后用同位素γ－３２Ｐ－ＡＴＰ作５′末端标记后,制备成鱼类ＬＺＦ－ＩＤＮＡ指纹探针。通过对鱼类的群体实验、亲子鉴定实验、组织细胞的稳定性实验和鱼类种类的适用范围实验后,测得：（１）ＬＺＦ－ＩＤＮＡ指纹探针属多位点寡核苷酸探针;（２）ＬＺＦ－ＩＤＮＡ指纹探针在鱼类种群中的鉴别机率为９．２３×１０－１６;（３）ＬＺＦ－ＩＤＮＡ指纹探针在鱼类亲子鉴定实验中的父系概率为０．９９９９６２;（４）ＬＺＦ－ＩＤＮＡ指纹探针,是一种稳定的,既具有个体识别能力,又具有一定种属特异性的、适用于鱼类ＤＮＡ指纹图研究的基因指纹探针。     

酵母转录因子PHO81基因的上游序列功能分析

利用ＰＨＯ８１ｌａｃＺ融合基因,对它的上游进行缺失分析,发现有两个区域对ＰＨＯ８１基因的表达是必需的：－４０１～－２８９ｂｐ和－１０１２～－８０１ｂｐ。比较ＰＨＯ８１和ＰＨＯ５,ＰＨＯ８４基因上游,未发现有较高同源性的序列存在,但在－４０１～－２８９ｂｐ区域有ＰＨＯ４蛋白结合位点的核心序列５′ＣＡＣＧＴＧ／Ｔ３′,以及ＣＡＣＧＴＧ／Ｔ两侧富含Ａ／Ｔ的序列（可能是ＰＨＯ２结合位点）。推测－４０１～－２８９ｂｐ包含了ＰＨＯ８１的上游激活序列（ＵＡＳ）,－１０１２～－８０１ｂｐ可能起增强的作用。用酵母总蛋白质对－１０１２～－８０１ｂｐ进行凝胶阻抑电泳分析,证明有未知的蛋白因子结合在这个区域。     

依据乳蛋白基因序列构建反刍动物种系发生树的研究

依据牛的４种乳蛋白（α－乳清蛋白、β－乳球蛋白、β－和К－酪蛋白）基因已知序列设计引物,用ＰＣＲ的方法扩培并生测定了牦牛α－乳清蛋白全序列（２９９９ｂｐ）,水牛的α－乳清蛋白基因全序列（２７８４ｂｐ）,东北马６鹿的α－乳清蛋白基因部分序列（１５８２ｂｐ）,β－酪蛋白基因的５’侧翼序列（９８７ｂｐ）和第４￣第９外显子区序列（１０９０ｂｐ）、β－乳球蛋白５’侧翼序列（２１６７ｂｐ）,３’端侧翼序列（１     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).     

葡萄扇叶病毒外壳蛋白基因的克隆,序列分析及其在大肠杆菌中…

通过ＲＴ－ＰＣＲ方法把葡萄扇叶病毒（ＧＦＬＶ）外壳蛋白基因（ＣＰ ｇｅｎｅ）分成两部分扩增,扩增产物克隆入ｐｇＥＭ－５Ｚｆ（＋）载体,并通过ＢｇｌⅡ位点连接成一完整的外壳蛋白基因,通过序列分析测得全长外壳蛋白基因为１５１２ｂｐ,编码５０４个ＡＡ＇ｓ与国外株系ＧＦＬＶ－Ｆ１３相比,核苷酸同源性为８８．４％,氨基酸同源性为９５．８％。并且这一外壳蛋白基因在大肠杆菌Ｅ． ｃｏｌｉＤＨ－５α中得到了表达。     

鱼类LZF—I DNA指纹探针的设备

利用Ｏｌｉｇｏ １０００ＤＮＡ合成仪合成了长庶４５ｂｐ的寡核苷酸单链,经纯化后用同位素γ－＾３２Ｐ－ＡＴＰ作５‘末端票房后,制备鱼类ＬＺＦ－Ｉ ＤＮＡ指纹探针。通过对鱼类的九体实验,亲子鉴定实验,组织细胞的稳定性实验和鱼类种类的适用范围实验后,测得：（１）ＬＺＦ－Ｉ ＤＮＡ指纹探针属多位点寡核苷酸探针;（２）ＬＺＦ－Ｉ ＤＮＡ指纹殖在鱼类种群中的临别机率为９．２３－１０＾０１６;（３）ＬＺＦ－Ｉ     

传染性法氏囊病病毒中国强毒株A节段cDNA基因的克隆和序列分析

以来自哈尔滨传染性法氏囊病病毒（ＩＢＤＶ） 强毒株（Ｈａｒｂｉｎ 毒株,Ｈ） 的基因组ＲＮＡ为模板,用反转录聚合酶链反应（ＲＴ－ ＰＣＲ） 的方法得到了其Ａ 节段的全长ｃＤＮＡ 片段,分５＇端（１ ６５９ｂｐ） 和３＇端（１ ４４４ｂｐ） 上下两段分别克隆到ｐＧＥＭＢ○Ｒ － Ｔ 载体上,测定了其核苷酸顺序,在长为３ １０１ ｂｐ 中含有两个阅读框ＯＲＦＡ１ 和ＯＲＦＡ２ ,分别编码１ ０１２ 个氨基酸的前体蛋白（ＶＰ２ － ４ －３） 和１４５ 个氨基酸的ＶＰ５,ＯＲＦＡ１ 和ＯＲＦＡ２ 有部分的重叠。将核苷酸序列及推测出的氨基酸序列与已报道的ＩＢＤＶ 血清Ⅰ型和Ⅱ型毒株的相应序列进行了比较,结果表明：Ｈ 毒株与其它血清Ⅰ型毒株之间,在核苷酸水平上存在２５ｂｐ － ２６７ｂｐ 的差异;在氨基酸水平上存在１７ ～４０ 个氨基酸的差异。在ＶＰ２ － ４ － ３ 内比较显示,Ｈ 毒株与Ｐ２ 、Ｃｕ－ １ 之间氨基酸的差异最小为１ ．７％ ,Ｈ 毒株与ＵＫ６６１ 之间氨基酸的差异最大为３ ．９ ％ 。变异主要发生在ＶＰ２ 的可变区（２０６ － ３５０ 位氨基酸） ,在Ｈ 毒株所特有的１２ 个氨基酸当中,该区就占５ 个,代表１ ．７６ ％ 的变异。ＶＰ４、ＶＰ３ 和ＶＰ５区各有     

11例重度内源性高甘油三酯血症患者脂蛋白脂酶基因…

对成都地区１１例重度内源性高甘油三酯血症患者脂蛋白脂酶基因外显子１－９的序列进行了分析。结果发现，１１例患者中有４例其ＬＰＬ基因在外显子６，８及９具有３种杂合子变异。其中一种为ｈｒ＾３６１－Ｔｈｒ（外显子８，Ｃ＾１３３８→Ａ）突变，为无义突变，尚未见报道，在７４例血脂正常中国人中的发生频率为１１．４％。另外２种变异Ａｌａ＾３６１－Ｔｈｒ（外显子６，Ｇ＾１０３７→Ａ）及Ｓｅｒ＾４４７－Ｔｅｒ外显子９     

细胞色素b基因序列与11种熊蜂的系统进化

通过比较一段357b的细胞色素b的序列,分析了熊蜂属5亚属11种熊蜂系统发育关系。5亚属包括Bombus( 5种）,Thoracobombus(3种）,Mendacibombus(1种）,Fervidobombus(1种）和Pyrobombus(1种）,该序列有65个单变异态位点和71个简约信息多态位点,翻译成119个氨基酸序列后有45个氨基酸变异位点。根据P－距离构建的邻接树（NJ tree)和最大简约树（MP tree)都显示同样的结果：Mendacibombus (B.avinovielllus)分化最早;Fervidobombus(B.pensylvanicus)次之;Pyrobombus(B.impatiens)和Bombus形成姊妹群;Bombus亚属是单系群,其中B.ignitus在所研究的5个种中分化最早。     

痘苗病毒增强子样序列的特性研究

利用带有氯霉素乙酰转移酶报道基因的检测载体,从痘苗病毒基因组ＤＮＡ中筛选到一个增强子样片段。序列分析表明,该片段长２８３ｂｐ,是痘苗病毒ＤＮＡ依赖性ＲＮＡ聚合物的一部分,具有两段２４ｂｐ长的重复序列。采用带有β－半乳糖甘酶报道基因的载体检测发现,该片段正向可以使报道基因表达增强１０．９倍,反向可以增强３．８倍。     

Ds因子在烟草染色体插入位点旁邻顺序的克隆

用Ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ方法从含Ｄｓ因子的转基因烟草ＤＮＡ中克隆了Ｄｓ因子在烟草染色体插入位点的９个旁邻ＤＮＡ片段,以这些片段作探针,和野生型烟草的ＤＮＡ进行Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交,以检测这些片段在烟草染色体上的低拷贝ＤＮＡ。另外,对这些ＤＮＡ片段进行核苷酸序列测定,并将它们的顺序与Ｇｅｎｂａｎｋ数据中已有的核苷酸序列相比较,其中长度为１２８核苷酸的片段１和荷兰芹的４ＣＬ－２基因的一个区段有５７．８％     

中国沙塘鳢属鱼类线粒体12S rRNA基因序列分析

沙塘鳢属鱼类为东亚特有的小型淡水经济鱼类,中国产沙塘鳢属鱼类分类问题长期存在争议。本文测定了中国产沙塘鳢属鱼类全部种类的线粒体12S rRNA基因部分序列,结合GenBank中下载的2种日本沙塘鳢属鱼类和塘鳢科鱼类同源序列,探讨中国产4种沙塘鳢属鱼类的物种有效性,分析沙塘鳢属鱼类的系统发育关系。作者所使用的同源序列长度为690bp,其中变异位点258个,简约信息位点201个,包括插入/缺失位点34个,转换/颠换平均值为3.0,表明12S rRNA基因是研究沙塘鳢属鱼类系统发育关系的合适分子标记。基于p-distance模型的6种沙塘鳢属鱼类种内遗传距离为0.000—0.024,种间遗传距离为0.058—0.064,支持暗色沙塘鳢和中华沙塘鳢为不同种,中国产沙塘鳢属鱼类包括中华沙塘鳢、河川沙塘鳢、海丰沙塘鳢、鸭绿江沙塘鳢4个种的观点;至于中国还有没有新的沙塘鳢属鱼类,尚有待进一步研究。系统发育分析表明海丰海塘鳢是河川沙塘鳢的姐妹群,暗色沙塘鳢与O.hikimius的亲缘关系最为密切,而同属其余类群之间的系统发育关系则由于自展数据支持率较低而尚不明确。中国产沙塘鳢和日本产沙塘鳢并未单独分群,推测沙塘鳢属鱼类的共同原始祖先可能广泛分布于中国、朝鲜和日本等东亚地区,约在4.9—6.5百万年前的上新世开始分化,系统发育过程比较适合离散假说。     

用核糖体DNA的ITS序列探讨裂叶沙参的系统位置——兼论ITS片段在…

本采用ＰＣＲ直接测序方法,对来自沙参属全部２组７亚组的１０个种和作为外类群的风铃草属２个种的核糖体ＤＮＡ ＩＴＳ片段进行了序列分析。在重点探讨裂叶沙参分类地位的同时,分析了ＩＴＳ片段序列的沙参属系统发育重建中的价值。结果表明,在沙参属中,ＩＴＳ片段在长度、ＧＣ含量和位点变异量上均比较一致;长度５３９ｂｐ￣５４１ｂｐ,ＧＣ含量５７％￣６０％,信息位点与只占总位点的３．９％。采用ＰＡＵＰ软件进行的系     

抗胃癌鼠单抗3G_9轻链可变区基因的克隆和序列分析

本文报导了用ＰＣＲ方法（ＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ）从抗胃癌单抗３Ｇ９杂交瘤细胞的基因组ＤＮＡ中,扩增出３３３ｂｐ的轻链可变区基因,克隆至ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔⅡｋｓ十／一载体上,筛选到阳性克隆。核苷酸序列分析．表明：有５３％的核苷酸序列与抗体基因库中的一般序列相符。证明已获得抗胃癌单抗轻链可变区基因．