采用微卫星DNA标记分析东北黑蜂小群保种效果

本研究利用16对荧光标记微卫星引物分析国家蜜蜂基因库(吉林)保种群体东北黑蜂的小群保种效果,为进一步保护和利用东北黑蜂遗传资源提供理论依据。分别选取国家蜜蜂基因库(吉林)保种群体和国家级东北黑蜂保护区(原产地)群体东北黑蜂各30头,利用测定优势等位基因频率(Pi)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和群体内近交系数(F_(is))比较基因库保种群体与原产地群体的遗传差异。两群体间东北黑蜂的Pi、He、PIC和F_(is)均没有显著差异(P0.05)。国家蜜蜂基因库(吉林)对东北黑蜂群体保种效果良好,异地小群保种的方法对东北黑蜂具有潜在可行性。     

利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性

微卫星是近几年来应用较多的一种分子标记,可有效地进行基因鉴定与系谱分析,并可估算群体间的遗传距离。通过选用5个微卫星标记,检测了山东省5个地方鸡种：日照麻鸡、寿光鸡、莱芜黑鸡、济宁百日鸡、鲁西斗鸡以及一个外来鸡种——安卡黄鸡和一个外省地方鸡种——广西黄鸡共7个鸡种的遗传多样性。根据测试结果计算了每个等位基因的频率,以基因频率为基础分析了品种内的遗传变异和品种间的DA遗传距离,并讨论了微卫星多态性在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面的意义。结果表明：共检测到40个等位基因,其中等位基因数最多的位点为。ADL0136(10个);等位基因数最低的位点为ADL0146(5个);而且每个位点的等位基因分布并不均匀,都有一种或几种优势基因存在。在7个品种中,杂合度最低的为寿光鸡,杂合度值为0．3327,因为此鸡种多年来一直由寿光市慈伦种鸡场进行纯繁保种,未与其他鸡种杂交,因此杂合度最小;其他鸡种杂合度也都低于0．4,据分析可能是由于日照麻鸡、济宁百日鸡群体较小;莱芜黑鸡是正在选育的一个品种,个体间遗传关系也不远;安卡黄鸡和广西黄鸡自从引人嘉明公司后,群体近交现象普遍,因此各鸡种杂合度都偏低。由此可见,通过对杂合度的计算,微卫星可以较好地反应群体内的变异。各品种PIC值的变动范围从0．6196(寿光鸡)到0．7027(莱芜黑鸡),PIC值的大小与杂合度的高低体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：日照麻鸡与济宁百日鸡的距离最近,而鲁西斗鸡与其他鸡种距离均较远。用UPGMA法进行聚类分析,结果7个鸡种被聚为3类：山东的4个地方鸡种寿光鸡、日照麻鸡、莱芜黑鸡与济宁百日鸡聚为一类;安卡黄鸡和广西黄鸡聚在一起;鲁西斗鸡独自为一类。这与几个鸡种的分化与选育历史是一致的,因此聚类图能够比较正确地反映7个品种之间的亲缘关系。     

利用微卫星标记分析中国地方鸡种的遗传多样性

中国幅员辽阔, 拥有丰富的鸡种遗传资源. 由于中国地方鸡种生产性能相对较低, 很难与国内外家禽公司育成的商业品种竞争, 现存数目较少, 有些已经濒临灭绝. 为了进一步了解中国地方鸡品种的遗传多样性状况, 本研究采集了分布于中国各地的78个地方鸡品种血样, 并利用分布于13条染色体上27个微卫星标记进行分析. 通过对2740个样本的检测分析发现, 在所有27个微卫星座位中, 等位基因数从6~51个不等, 平均值为18.74. 所检测的78个品种的杂合度(H)均在0.5以上, 所有品种的平均杂合度值为0.622, 多态信息含量(PIC)平均值为0.573. 与国外的同类研究相比, 这一结果表明中国的地方鸡品种具有更加广泛的遗传多样性. 在27个微卫星座位中, 总群内亚群的固定系数(F_ST)从0.065(LEI0166)到0.209(MCW0078)不等, 平均值为0.106. 在检测的位点中, 只有LEI0194位点在所有的群体中均偏离了Hardy-Weinberg平衡(HWE), 而其他位点基本上都处于Hardy-Weinberg平衡状态. 由于小群体中的基因漂移及非随机交配, 一些保种场保存的地方品种(如狼山鸡)的杂合度相对较低, 而保种区的品种由于保种群群体较大, 杂合度也就相对较高. 中国地方鸡品种的高杂合度与其表型多样性是一致的. 通过Nei氏遗传距离和邻接法将中国地方鸡种进行聚类, 结果表明, 中国地方鸡品种可以分为六大类, 分类结果与品种的地理分布基本一致. 通过分子生物学手段进行中国地方鸡品种的遗传多样性分析, 将对中国地方鸡品种的利用和保护提供重要的理论依据.     

利用微卫星技术分析中国部分地方鸡种的遗传结构

利用7个微卫星标记对鹿苑鸡、固始鸡、藏鸡、白耳鸡、仙居鸡、茶花鸡、大骨鸡、北京油鸡、狼山鸡、河南斗鸡、泰和乌骨鸡和萧山鸡等12个中国地方鸡种的等位基因频率、基因杂合度、平均基因杂合度、多态信息含量以及群体间的亲缘关系进行分析。研究结果表明,12个地方鸡种在7个微卫星座位上的基因频率存在一定的差异;鹿苑鸡的平均基因杂合度最高,为0．5929;茶花鸡的平均遗传杂合度最低,为0．3514。平均多态信息含量也出现了类似的结果,说明鹿苑鸡的遗传多样性最丰富。模糊聚类分析结果表明,12个地方鸡种间,泰和乌骨鸡与河南斗鸡的亲缘关系相对较近,而固始鸡与其他11个地方鸡种的亲缘关系相对较远。12个地方鸡种可以聚为3类：泰和乌骨鸡、河南斗鸡、狼山鸡、大骨鸡、萧山鸡、北京油鸡、鹿苑鸡聚为第1个类群;茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为第2类群;固始鸡为第3类群。     

利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性

通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了四川省8个地方鸡品种：峨嵋黑鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡、米易鸡、石棉草科鸡、凉山崖鹰鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡的遗传多样性。利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度（H）、多态信息含量（PIC）和群体间的DA遗传距离。结果表明：30个微卫星位点中有24个微卫星位点在8个鸡群体中的多态信息含量均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于各鸡品种的遗传多样性和系统发生关系的分析。各鸡种的杂合度都较高,平均杂合度范围是0.629~0.681,最高的是泸宁鸡（0.681）,最低的是旧院黑鸡（0.629）。据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性。对DA遗传距离的计算表明：用UPGMA法进行聚类分析,结果8个鸡品种被聚为3类：Ⅰ类：峨嵋黑鸡、米易鸡、泸宁鸡、旧院黑鸡聚为一类。米易鸡、泸宁鸡先聚在一起,然后又与峨嵋黑鸡在较近的距离聚在一起,然后再与旧院黑鸡聚在一起;Ⅱ类：石棉草科鸡、兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡聚为一类。兴文乌骨鸡、沐川乌骨鸡在较近的距离聚在一起,然后又与石棉草科鸡在较近的距离聚在一起;Ⅲ类：凉山崖鹰鸡独自聚为一类。这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。     

微卫星技术分析地方鸡种群体的遗传结构

利用微卫星技术和14对引物MCW150、MCW134、MCW145、MCW104、ADL210、MCW88、ADL237、ADL201、ADL289、MCW5、MCW217、MCW29、ADL176、MCW4对7个地方鸡种和1个引进鸡种的群体遗传结构特征进行了分析。根据池DNA所获得的品种间相似指数计算遗传距离。结果表明:AA鸡与其它品种鸡遗传距离最远,白耳鸡次之,其余品种间较近。这些鸡种的遗传结构特征与其地理分布有关,说明微卫星技术作为畜禽遗传结构分析的辅助手段是可行的,也是高效的 。     

尼西鸡遗传多样性微卫星标记分析

尼西鸡抗病力强,产蛋性能高,适应高海拔及寒冷的气候条件,是具有独特群体遗传特性的高原地方鸡种。为了对其有效保护和合理利用提供遗传背景资料,筛选了家鸡基因组24条染色体上的33个微卫星标记,对随机选取的50个尼西鸡个体进行多态性检测,共检测到122个等位基因,每个座位平均等位基因数为3·7个。该群体平均多态信息含量和平均杂合度分别为0·5514和0·6350,大染色体较小染色体的微卫星多态性程度高。表明尼西鸡属多态性较丰富的群体。     

用微卫星多态性和RAPD分析广东地方鸡种的群体遗传变异

用５个座位的微卫星标记和７０个１０碱基引物得出的ＲＡＰＤ,研究分析了惠阳胡须鸡、杏花鸡和清远麻鸡３个广东地方鸡种和培育品种粤黄鸡的群体遗传变异及相互间的关系,并讨论了微卫星多态性和ＲＡＰＤ这两种标记在应用于群体遗传变异及亲缘关系等方面分析的意义。微卫星多态性分析结果说明,样本采自保种群的惠阳胡须鸡和杏花鸡以及经长期封闭选育的粤黄鸡的杂合度均较低,而在起源地采样的清远麻鸡杂合度较高,但总的说来这几个鸡种的杂合度仍然是较低的。ＲＡＰＤ分析结果说明,４个鸡种群体间变异较小,但在惠阳胡须鸡发现具有品种特异性的ＲＡＰＤ图带。微卫星多态性和ＲＡＰＤ分析都说明４个鸡种的亲缘关系较近。由于微卫星标记多态性程度高且等显性遗传,因而通过它计算杂合度可以较好地反映群体内的变异;ＲＡＰＤ则在反映群体间的区别甚至某一群体的特征时可提供明确而直接的信息。     

我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立

利用20个微卫星标记对国家家禽品种资源基因库中保存的11个地方鸡品种保种群进行了遗传检测,计算各群体的等位基因频率、平均基因杂合度、平均多态信息含量及各群体间的遗传距离,并用类平均法进行聚类分析。研究结果表明：20个微卫星标记在11个地方鸡品种保种群共检测到176个等位基因,平均为8.8个,基因频率分布在0.013～0.838之间。检测到等位基因中,有45个等位基因为11个地方鸡品种所共有;11个地方鸡品种平均杂合度在0.6800～0.7432之间。其中藏鸡最高,为0.7432;狼山鸡最低,为0.6800;平均多态信息含量在0.6329～0.7023之间,均大于0.5,表现为高度多态性;11 个鸡品种聚为4类。丝羽乌骨鸡、茶花鸡、仙居鸡、藏鸡、萧山鸡聚为一类,鹿苑鸡、狼山鸡聚为一类,固始鸡、北京油鸡、大骨鸡聚为一类,河南斗鸡单独聚为一类;通过利用20个微卫星基因座检测不同世代群体中等位基因及其频率、群体基因平均杂合度和多态信息含量,建立地方鸡品种保种群微卫星标记档案,并分析世代间的差异,预期可以达到监测保种效果的目的。     

微卫星标记与灵昆鸡体重、体尺性状的相关分析

对30只灵昆鸡采用12个微卫星标记进行了遗传多样性检测,并采用最小二乘法拟合线性模型和方差分析法,分析了其与体重、体斜长、胸宽、胸深、龙骨长、骨盆宽、胫长和胫围等性状的相关性。结果表明:灵昆鸡的体重与体斜长、胸宽、胸深、龙骨长、胫长差异极显著(P<0.01);体斜长与胸宽、胸深、龙骨长、胫长差异极显著(P<0.01),与胫围差异显著(P<0.05);胸宽与龙骨长、胫长差异极显著(P<0.01),与胸深、胫围差异显著(P<0.05);胸深与龙骨长、胫长、胫围差异极显著(P<0.01);龙骨长与胫长、胫围差异极显著(P<0.01);胫长与胫围差异极显著(p<0.01);骨盆宽除了与胫围显著相关(P<0.05)外,与其余性状均无显著相关(P>0.05)。方差分析结果表明:在所测定的12个微卫星座位中,只有MCW0165座位的不同基因型对8个性状差异均不显著(P>0.05);其余座位的不同基因型对一个或多个性状差异均显著或极显著。经多重比较发现,每个性状受到多个基因座的影响。     

Genetic Diversity of Five Local Swedish Chicken Breeds Detected by Microsatellite Markers

This study aimed at investigating the genetic diversity, relationship and population structure of 110 local Swedish chickens derived from five breeds (Gotlandshöna, Hedemorahöna, Öländsk dvärghöna, Skånsk blommehöna, and Bohuslän- Dals svarthöna, in the rest of the paper the shorter name Svarthöna is used) using 24 microsatellite markers. In total, one hundred thirteen alleles were detected in all populations, with a mean of 4.7 alleles per locus. For the five chicken breeds, the observed and expected heterozygosity ranged from 0.225 to 0.408 and from 0.231 to 0.515, with the lowest scores for the Svarthöna and the highest scores for the Skånsk blommehöna breeds, respectively. Similarly, the average within breed molecular kinship varied from 0.496 to 0.745, showing high coancestry, with Skånsk blommehöna having the lowest and Svarthöna the highest coancestry. Furthermore, all breeds showed significant deviations from Hardy-Weinberg expectations. Across the five breeds, the global heterozygosity deficit (F_IT) was 0.545, population differentiation index (F_ST) was 0.440, and the global inbreeding of individuals within breed (F_IS) was 0.187. The phylogenetic relationships of chickens were examined using neighbor-joining trees constructed at the level of breeds and individual samples. The neighbor-joining tree constructed at breed level revealed two main clusters, with Hedemorahöna and Öländsk dvärghöna breeds in one cluster, and Gotlandshöna and Svarthöna breeds in the second cluster leaving the Skånsk blommehöna in the middle. Based on the results of the STRUCTURE analysis, the most likely number of clustering of the five breeds was at K = 4, with Hedemorahöna, Gotlandshöna and Svarthöna breeds forming their own distinct clusters, while Öländsk dvärghöna and Skånsk blommehöna breeds clustered together. Losses in the overall genetic diversity of local Swedish chickens due to breeds extinction varied from -1.46% to -6.723%. The results of the current study can be used as baseline genetic information for genetic conservation program, for instance, to control inbreeding and to implement further genetic studies in local Swedish chickens.     

中国6个国家级保护鸭种群遗传多样性分析

为探讨国家级保护鸭种群的遗传多样性和遗传分化关系,利用17个微卫星标记,对我国6个国家级保护鸭品种资源的遗传多样性进行了分析,统计了平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)、基因多样度(FST)、平均遗传分化系数(GST)和遗传距离等。结果表明,各鸭品种的杂合度较高,除两个群体表现为显著的杂合子缺失外,其他群体均处于Hard-Weinberg平衡状态。6个鸭种群间平均FST值为17.0%,平均遗传分化系数GST为14.7%,各品种平均杂合度为0.706～0.604,平均多态信息含量(PIC)为0.561～0.663。本研究说明我国6个国家级保护鸭品种资源各品种内和品种间的遗传变异大,遗传多样性丰富。     

Genetic Diversity and Conservation Implications of Four Cupressus Species in China as Revealed by Microsatellite Markers

Understanding the extent and distribution of genetic diversity is crucial for the conservation and management of endangered species. Cupressus chengiana, C. duclouxiana, C. gigantea, and C. funebris are four ecologically and economically important species in China. We investigated their genetic diversity, population structure, and extant effective population size (35 populations, 484 individuals) employing six pairs of nuclear microsatellite markers (selected from 53). Their genetic diversity is moderate among conifers, and genetic differentiation among populations is much lower in C. gigantea than in the other three species; the estimated effective population size was largest for C. chengiana, at 1.70, 2.91, and 3.91 times the estimates for C. duclouxiana, C. funebris, and C. gigantea, respectively. According to Bayesian clustering analysis, the most plausible population subdivision scheme within species is two groups in C. chengiana, three groups in C. duclouxiana, and a single group for both C. funebris and C. gigantea. We propose a conservation strategy for these cypress species.     

茶花鸡群体遗传多样性

茶花鸡是我国具有独特遗传特性的地方家禽品种,为了进一步阐明其群体遗传变异和遗传结构状况,采用了33个家鸡特异性的微卫星标记对该鸡种自然群体中30个个体进行了多态性电泳检测。33个微卫星座位共检测到105个等位基因,所有座位都呈现出多态性,每个座位的等位基因数在2~5个之间,平均每个座位等位基因数3.20个。群体平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.612 9和0.527 6。结果表明,茶花鸡自然群体遗传多样性较丰富。     

应用生物技术保存地方猪种种质资源研究

我国地方猪种资源十分丰富,拥有许多突出特性的品种,受到国内外养猪业者的重视。由于种种原因,有些猪种濒临绝种。生物技术的发展给地方猪种种质资源长期保存带来了希望。结合课题组近年来来的相关工作,概述了我国地方猪种资源概况及保种的迫切性,冷冻保种研究现状及地方猪种种质资源长期保存的主要技术,包括猪种配子和胚胎冷冻技术、基因组DNA库、猪体细胞克隆技术及其在长期保存种的作用。     

Population Structure in Naegleria fowleri as Revealed by Microsatellite Markers

Naegleria sp. is a free living amoeba belonging to the Heterolobosea class. Over 40 species of Naegleria were identified and recovered worldwide in different habitats such as swimming pools, freshwater lakes, soil or dust. Among them, N. fowleri, is a human pathogen responsible for primary amoeboic meningoencephalitis (PAM). Around 300 cases were reported in 40 years worldwide but PAM is a fatal disease of the central nervous system with only 5% survival of infected patients. Since both pathogenic and non pathogenic species were encountered in the environment, detection and dispersal mode are crucial points in the fight against this pathogenic agent. Previous studies on identification and genotyping of N. fowleri strains were focused on RAPD analysis and on ITS sequencing and identified 5 variants: euro-american, south pacific, widespread, cattenom and chooz. Microsatellites are powerful markers in population genetics with broad spectrum of applications (such as paternity test, fingerprinting, genetic mapping or genetic structure analysis). They are characterized by a high degree of length polymorphism. The aim of this study was to genotype N. fowleri strains using microsatellites markers in order to track this population and to better understand its evolution. Six microsatellite loci and 47 strains from different geographical origins were used for this analysis. The microsatellite markers revealed a level of discrimination higher than any other marker used until now, enabling the identification of seven genetic groups, included in the five main genetic groups based on the previous RAPD and ITS analyses. This analysis also allowed us to go further in identifying private alleles highlighting intra-group variability. A better identification of the N. fowleri isolates could be done with this type of analysis and could allow a better tracking of the clinical and environmental N. fowleri strains.     

应用微卫星标记对不同基因组组合生物型遗传多态性的研究(英文)

微卫星ＤＮＡ在真核基因组中分布频率为每２０～３０ｋｂ一个,具有片段长度短、序列 高度重复、种类多以及高度多态的特点,极适于遗传变异研究。本文报道：采用微卫星 标记对不同基因组组合的鱼类进行了基因组指纹图谱构建。受试材料为红鲤（ＲＣ）、红鲫 （ＲＡ）、镜鲤（ＭＣ）、鲤鲫杂种二倍体（ＣＡ）鲫鲤杂种三倍体（ＣＡＡ）,人工复合三倍体（ＣＣＡ） 等六种生物型。微卫星ＤＮＡ座位（探针）ＭＦＷ２、ＭＦＷ８和ＭＦＷ１６各自存在１２、１６和 １０个等位基因（Ｆｉｇ．１,２,＆３）。通过对微卫星标记图谱的量化分析,利用ＵＰＧＭＡ构建了 不同生物型的遗传关系树系图（Ｔａｂｌｅ　１,Ｆｉｇ．４）。本研究发现,徽卫星和ＲＡＰＤ分析两种 手段反映六种生物型之间的聚类模式完全一致。然而由微卫星标记获得的生物型内和生 物型之间的遗传距离均大于ＲＡＰＤ的,此结果表明微卫星标记在揭示群体内个体间差 异上有独到之处。     

微卫星DNA标记在蚌科生物多样性保护中的应用

蚌科动物是世界上最濒危的动物类群之一,对该类动物的生物多样性保护是非常有意义的。微卫星DNA标记的发展和利用将有利于蚌科动物的遗传多样性保护。从微卫星标记的特点、研究方法、研究结果等方面综述了微卫星DNA标记在蚌科动物中的研究进展,并展望了中国蚌科微卫星DNA标记的研究方向。