菊花SRAP-PCR反应体系的优化与确立

采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中Mg2+ 、 dNTPs和引物浓度以及Taq DNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适合菊花[Dendranthema×grandiflorum (Ramat.) Kitamura]SRAP-PCR的反应体系.菊花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应体系总体积20 μL,含3.125 mmol·L-1 Mg2+ 、187.5 μmol·L-1 dNTPs、10.0 μmol·L-1引物、50 ng模板DNA、0.5 U Taq DNA 聚合酶及1×PCR buffer.各因素对菊花基因组DNA SRAP-PCR扩增结果的影响程度不同,其中dNTPs浓度影响最大,Taq DNA聚合酶用量的影响最小.运用菊花品种'奥运含笑'和'雨花落英'及二者的F1杂交后代单株的基因组DNA对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明所确立的菊花SRAP-PCR反应体系稳定可靠.     

缢蛏SRAP-PCR体系的正交优化

运用L16(45)正交设计对影响缢蛏SRAP-PCR反应的5个因素:Taq酶浓度、Mg2+浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度和引物浓度在4个水平上进行了优化试验,PCR结果采用SPSS v16.0软件分析.结果表明,各因素对SRAP-PCR反应的影响依次为:引物>Taq酶>模板DNA>Mg2+;缢蛏SRAP反应最佳体系为:在20μL PCR反应体系中,引物0.3 μmol/L、Taq 酶0.5 U、模板DNA 50 ng、dNTPs 0.2 mmol/L及Mg2+2 mmol/L.用不同缢蛏的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,8对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带.因而建立的缢蛏反应体系稳定可靠.     

正交设计优化绿竹ISSR-PCR体系和引物筛选

旨在建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序,并筛选适于绿竹ISSR-PCR分析的高多态性引物。以绿竹基因组DNA为ISSR-PCR扩增模板,采用正交试验方法,对d NTPs浓度、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA用量设计5因素4水平试验,采用极差分析法和方差分析法对试验结果进行分析。并对退火温度和循环次数进行筛选,建立绿竹ISSR-PCR最佳反应体系和扩增程序。并利用优化后的体系对100条ISSR引物进行筛选。最终确定的最佳反应体系为:20μL的扩增体系中,d NTPs浓度为0.2 mmol/L,Mg~(2+)浓度为2.0 mmol/L,Taq DNA聚合酶浓度为1.5 U,引物浓度为0.4μmol/L,DNA浓度为60 ng,10×PCR Buffer体积为2μL、剩下用灭菌ddH_2O补全。各因素影响大小依次是:Mg~(2+)d NTPs模板DNATaq DNA聚合酶引物。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性45 s,(根据引物的退火温度)复性30 s,72℃延伸90 s,循环38次,72℃延伸10 min,4℃保存。以此体系为基础进行引物筛选,在100条ISSR引物中筛选出14条扩增条带清晰、多态性较高、重复性好的引物。     

白木香SRAP-PCR反应体系的建立

本实验对白木香SRAP-PCR反应体系的影响因素(模板DNA,Taq 酶,Mg2+,dNTP,引物)在4个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立白木香SRAP-PCR反应的最佳体系(20 μL):模板DNA 50 ng、引物0.30 μmol/L、Mg2+ 1.5 mmol/L、dNTP 0.4 mmol/L和Taq DNA聚合酶1.0 U.适用于白木香的SRAP-PCR反应体系迄今未见报道,这一优化系统的建立为今后利用SRAP标记技术对白木香进行基础研究提供了一个标准化的程序.     

莲SRAP-PCR反应体系的优化与建立

以中国古代莲(Nelumbo nucifera)和美洲黄莲(N.lutea)为材料,利用单因素分析法对影响莲SRAP-PCR扩增效果的模板、Mg2+、dNTP、Taq DNA聚合酶、引物浓度进行了探索和研究.获得了能稳定扩增莲基因组的SRAP-PCR最佳10 μL反应体系:模板DNA浓度为50 ng、1μL10×Buffer、MgCl2浓度为2 mmol/L、dNTPs浓度为0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶浓度为0.75 U、正反向引物浓度均为0.8μmol/L.为检测该优化体系的稳定性,进一步选取16对引物组合对88份花莲核心种质进行PCR扩增,获得了183条清晰的谱带,其中165条具有多态性,比率为90％,说明建立的莲SRAP反应体系是稳定可靠的.莲SRAP-PCR反应体系的优化和建立,为利用SRAP标记技术深入开展莲的遗传多样性评价、遗传连锁图构建和分子辅助育种等研究提供成熟的技术体系支撑.     

菰（Zizania latifolia）ISSR反应体系的建立及优化

菰是一种稻族野生资源,水生或沼生,在我国有着广泛的分布。野生菰群体不仅是一种重要的育种基因资源,同时还有着巨大的生态作用。为建立适宜于菰的ISSR反应体系,以菰DNA基因组为模板对ISSR反应体系中的主要影响因子进行优化。采用单因素变量法在12个不同梯度水平上设计正交试验针对体系中d NTPs浓度、Mg2+浓度、Taq聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA浓度及引物退火温度等6个因子进行优化,确定了在20μL ISSR反应体系中各组分的最适因素水平分别为:3.0 mmol Mg2+(10×Buffer),0.5 mmol d NTPs、1.0μmol引物浓度、0.24 U/μL Taq聚合酶、1.5 ng/μL DNA模板以及55℃退火温度。应用该优化体系对80个菰材料进行扩增,证实了该体系的适用性和稳定性,为菰遗传资源的鉴定、评价与利用提供了技术支撑。     

油茶SRAP-PCR反应体系的建立和优化

为了建立油茶SRAP-PCR扩增体系,本研究使用单因素试验设计,对反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度5个主要影响因子各设10个不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,对影响油茶SRAP-PCR反应体系的5个因素在4水平上进行优化,建立了油茶SRAP-PCR最佳反应体系,即25μL体积中包含模板DNA30ng,Mg2+2.8mmol/L,引物0.44μmol/L,dNTP0.2mmol/L和Taq酶1.0U。该SRAP-PCR体系的建立为油茶种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及指纹图谱构建等研究提供了一个标准化的程序。     

莲座蕨ISSR—PCR扩增条件优化的研究

以披针莲座蕨为材料,对PCR-ISSR扩增条件中的各个因素进行了多梯度的优化研究,建立了引物浓度1.3 mmol/L,Mg2 +浓度为 1.5 mmol/L,dNTP浓度为0.2 mmol/L,Taq聚合酶浓度为2U,DNA模板用量为32 ng/μL的最佳扩增条件.     

罗汉果SRAP反应体系的建立与优化

建立适合罗汉果的SRAP-PCR扩增体系,为罗汉果的遗传图谱构建及基因定位奠定基础。实验对罗汉果SRAP-PCR反应体系的影响因素(引物,dNTP,Taq酶,Mg~(2+),模板DNA)在多个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了罗汉果SRAP-PCR反应的最佳体系(10μL):引物0.6μmol/L、dNTP0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、Mg~(2+)2.0 mmol/L和模板DNA 30 ng。该体系的建立能很好的满足罗汉果基因组DNA的扩增要求,SRAP标记应用于罗汉果遗传研究是可行的。     

节瓜ISSR-PCR反应体系的建立与正交优化

旨在开展节瓜种质资源分类鉴定与遗传多样性研究。通过正交试验设计与单因素分析相结合的方法,对节瓜ISSR-PCR反应体系5个因素(模板DNA浓度、dNTP浓度、Mg2+浓度、引物浓度与Taq聚合酶浓度)在4个水平上进行优化分析,建立了节瓜稳定可靠且具丰富多态性的最佳反应体系,进而对引物退火温度进行梯度试验分析。结果表明,20μL节瓜ISSRPCR最佳反应体系为70 ng模板DNA、0.2 mmol/L dNTP、1.2 mmol/L Mg2+浓度、0.96μmol/L引物、0.8 U Taq DNA聚合酶和2.0μL10×buffer;引物IS807最佳退火温度为53℃。以此为基础,利用4条引物对4份节瓜种质进行最佳反应体系稳定性验证,证明该体系稳定可靠、扩增谱带清晰、多态性丰富且重复性较好。     

芋ISSR-PCR扩增反应体系的建立

目的:获得清晰可靠、重复性较好的ISSR-PCR扩增反应体系,应用于芋种质资源进行遗传多样性的研究中.方法:以芋的幼叶提取基因组DNA为材料,采用正交试验设计L16(45),从模板DNA浓度、引物浓度、Mg2+浓度、dNTPs浓度及TaqDNA聚合酶的用量5因素4水平出发,构建芋最佳反应体系.结果:芋ISSR-PCR的最佳反应体系为:在25μl的反应体系中,40ng DNA模板、0.4μmol/L引物浓度、2.5 mmol/L Mg2+、0.2 mmol/L dNTPs、1 U Taq DNA聚合酶.结论:利用芋种质资源对最佳反应体系的验证,结果显示该反应体系具有扩增稳定性.     

利用正交设计优化异色瓢虫SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验,试验结果用DPS和MINITAB软件进行分析,建立了异色瓢虫SRAP-PCR反应的最佳体系,即在20μL体系中模板50~100ng、引物0.25μmol/L、dNTPs0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、Mg2+0.375~0.625mmol/L。并对反应体系进行梯度退火试验,得到最佳退火温度为50.3℃。这一优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行瓢虫遗传图谱的构建、多态性分析和基因定位奠定了技术基础。     

芝麻RSAP-PCR反应体系的正交优化与验证

限制性位点扩增多态性(RSAP)是一种新型分子标记技术。为获得适用于芝麻的RSAP-PCR的反应体系,本研究通过L16(45)正交设计与单因素试验相结合的方法,对PCR反应体系中模板DNA、Mg2+、d NTPs、引物和Taq DNA聚合酶等影响因素进行了试验优化。结果表明,芝麻RSAP-PCR的最佳反应体系为:在15μL反应体系中,30 ng模板DNA、2.0 mmol/L的Mg2+、0.3 mmol/L的d NTPs、0.6μmol/L的引物和1.0 U的Taq DNA聚合酶。利用17个芝麻品种对该体系进行了稳定性验证和多态性检测,结果表明,该反应体系稳定、可靠,29对随机引物组合共扩增DNA条带454条,每对引物扩增8~21条,平均15.66条,多态性比例为0%~56.25%,平均25.77%。利用普通芝麻与有限生长习性芝麻构建的F2分离群体对RSAP标记进行了初步遗传验证,结果表明,F2群体植株中出现了亲本位点的分离。该RSAP-PCR反应体系的建立与优化为芝麻遗传多样性分析、连锁图谱构建和分子标记辅助育种提供了新技术。     

黔产宽叶缬草ISSR反应体系的建立与优化

旨在建立稳定、可靠的宽叶缬草ISSR反应体系。以10个水平单因素试验为基础,应用L16(45)正交设计对反应体系中4个主要因子在4个水平上进行组合优化,并采用直观法、极差法和方差法对试验结果进行分析;利用优化的反应体系,筛选引物以及最佳退火温度;同时,以9份不同产地宽叶缬草样品对反应体系进行稳定性检测。结果显示,宽叶缬草25μL ISSR最佳反应体系为:2.5μL 10×Taq Buffer,2.0 mmol/L Mg2+,0.28 mmol/L d NTPs,0.3μmol/L引物,1.75 U Taq DNA聚合酶,60 ng DNA模板,dd H2O补齐;影响大小依次是:Mg2+引物d NTPsTaq DNA聚合酶;确定了各引物的最佳退火温度以及筛选出扩增条带清晰稳定的17条ISSR引物;稳定性实验表明,该体系稳定可靠。优化出宽叶缬草ISSR最佳反应体系并筛选出理想的引物。     

均匀设计在枇杷ISSR-PCR反应体系优化中的应用

本实验通过U25(54)均匀设计实验研究,对枇杷ISSR-PCR分子标记体系中模板DNA、dNTPs、Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物5个组分的浓度进行优化.获得25 μL反应体系中各成分的适宜浓度或用量分别是:模板DNA为10ng、dNTPs为0.5 mmol/L、Taq DNA聚合酶为1 U、Mg2+为2.5 mmol/L,引物为0.4 μmol/L.与单因素梯度优化体系相比,操作简便,简化了实验步骤,获得的实验结果可靠,从100条ISSR引物中筛选出27条扩增良好的引物,并获得了这些引物的最佳退火温度,经琼脂糖凝胶电泳获得了清晰的图谱.这一优化体系的建立为进一步利用ISSR标记技术进行枇杷种质鉴定及遗传多样性分析提供了一个标准化程序.     

丹参ISSR-PCR反应体系的建立与正交优化

利用正交试验设计的方法,从引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度4种因素3个水平,对丹参ISSR-PCR反应体系进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测。结果表明:20μL ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为1×PCR buffer、200μmol/L dNTP、1.0μmol/L引物、1.5mmol/L Mg2+和1 U Taq DNA聚合酶,最佳模板DNA浓度为20～60ng,引物UBC 835的最佳退火温度为51.7℃。     

云南松SSR-PCR反应体系的建立与优化

为了建立适宜云南松SSR-PCR的反应体系和扩增程序,利用近缘种火炬松的引物,采用正交设计L16(45)对云南松SSR-PCR反应体系的5因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物)在4个水平上进行优化,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了适于云南松的SSR反应体系.在10μL的反应体系中,模板DNA的用量为30.0 ng,Taq DNA聚合酶的用量为1.0 U,Mg2+的浓度为2.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.4 mmol/L,引物的浓度为0.2 μmol/L.扩增程序为:94℃预变性4 min;94℃变性45 s,48℃退火30 s,72℃延伸30 s,30个循环;72℃延长10 min,4℃保存.最后利用1个居群对该体系进行稳定性验证,结果可用于云南松SSR标记的研究.     

黄皮SRAP反应体系优化正交实验研究

以黄皮(Clausena lansium)‘甜黄皮’品种为试材,利用正交设计L₁₆(4⁵)对黄皮SRAP-PCR反应体系中的5因素(Taq聚合酶、Mg²⁺、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验。结果表明,不同因素对黄皮SRAP反应体系影响从大到小的顺序为:Mg²⁺和Taq聚合酶> 模板DNA> 引物> dNTPs;初步确立了适合黄皮的SRAP-PCR扩增体系为:在25 μl反应体系中,包括10×PCR buffer 2.5 μl、Taq DNA聚合酶0.75U、Mg²⁺ 2.0 mmol/L、模板DNA 60 ng、dNTPs 0.2 mmol/L、引物0.2 μmol/L。     

桂花SRAP—PCR体系的确立及验证

以桂花[Osmanthus fragrans (Thunb. ) Lour. ]品种'早银桂'的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、 dNTPs和引物浓度以及Taq DNA聚合酶用量进行单因子实验, 确立了适合桂花总DNA的 SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10 μL,包括30 ng模板DNA、 2.5 mmol·L-1 Mg2+ 、 0.20 mmol·L-1dNTPs、 0.4 μmol·L-1上下游引物和0.75 U Taq DNA聚合酶及1×PCR buffer.采用SRAP引物组合pm21-em8,以78个桂花品种的总DNA为样品,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,共扩增出632条带,多态性条带百分率75.32%;扩增位点15个,多态性位点百分率为86.67%.运用优化的SRAP-PCR体系,使用筛选出的18对SRAP引物组合对88个桂花品种、1个桂花野生种以及2个外类群[柊树O. heterophyllus (G. Don) P. S. Green和华东木犀O. cooperi Hemsl. ]的总DNA进行扩增,共扩增出296个位点,其中多态性位点248个,多态性位点百分率为83.78%.实验结果显示,运用优化的SRAP-PCR反应体系获得的DNA条带清晰、扩增结果稳定、多态性较丰富;SRAP分子标记可用于桂花遗传多样性、品种资源鉴定、亲缘关系以及系统进化等方面的研究.     

怀地黄SRAP扩增体系的建立与引物的筛选

为建立适合怀地黄SRAP-PCR分子标记技术体系,通过单因子实验分别研究了DNA模板浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、引物浓度以及dNTP浓度对怀地黄SRAP扩增反应的影响,确立了适合怀地黄SRAP最佳反应体系为:在25μL的反应体系中,模板DNA量20ng/25μL、2.5mmol/LMg2+、0.32μmol/L的上下游引物、0.30μmol/L的dNTP以及2.5UTaq酶,并利用确定的体系从88个引物组合中筛选出12对适合怀地黄SRAP-PCR反应的引物。