福建一例HAstV-5型星状病毒的全基因组测序与重组分析

为了探究一例福建省检出的HAstV-5型星状病毒2013/Fuzhou/85毒株基因组分子结构特点,本研究采用PCR分段扩增、测序、拼接的方法,获得2013/Fuzhou/85毒株基因组序列全长6 803bp:5’端和3’端均有85bp非编码区;中间3个开放阅读框:ORF1a长2 802bp(86～2 887nt),编码非结构蛋白丝氨酸蛋白酶;ORF1b长1 548bp(2 827～4 374nt),编码非结构蛋白RNA聚合酶;ORF2长2 352bp(4 367～6 718nt),编码结构蛋白衣壳蛋白前体。目前,GenBank中仅有两株HAstV-5型星状病毒全基因组序列:中国辽宁毒株(JQ403108)和巴西哥亚尼亚毒株(DQ028633),2013/Fuzhou/85毒株和中国辽宁毒株核苷酸相似度最高,达94.4%。对该HAstV-5型星状病毒3个开放阅读框分别构建系统进化树,发现ORF1a与HAstV-1(JF327666)相似度最高,ORF1b和ORF2与HAstV-5(JQ403108)相似度最高,提示其有可能存在重组,用Simplot软件进行重组分析,重组位点位于2 741bp,在ORF1a和ORF1b重叠区的上游。本研究中对2013/Fuzhou/85毒株的全基因组测序和重组分析,可以为星状病毒的重组和遗传进化规律研究提供参考。     

宁夏地区5株GI型诺如病毒的全基因组序列分析

为分析宁夏地区GI型诺如病毒全基因组序列，了解其基因结构特点及进化特征。对2019-2021年宁夏腹泻患者粪便标本进行GI/GII型诺如病毒初筛，GI型阳性样本扩增其聚合酶（RdRp）-衣壳蛋白（Capsid）区基因，利用BLAST及诺如病毒在线分型网站进行型别鉴定后，选取Ct≤30的样本进行全基因组序列测序，使用MEGA-7、Simplot和BioEdit等软件进行相关分析。本研究共收集腹泻患者粪便标本4 249份，检出GI型诺如病毒阳性样本57份，获得RdRp-Capsid区基因序列11株及全基因组序列5株。11株GI型诺如病毒鉴定后分别属于GI.3[P13]、GI.3[P10]、GI.5[P4]和GI.6[P11]4种型别。5株全基因组株中，SZS21-047和HY21-029在靠近ORF1与ORF2重叠区发生重组，3个GI.3型及1个GI.5型毒株与各型原型株之间在衣壳蛋白P2区存在多处位点变异。宁夏地区GI型NoV型别多样，重组和变异频繁，故应加强本地区诺如病毒监测，为疫情防控提供理论依据。     

辽宁省首株柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

研究引起辽宁地区手足口病的柯萨奇病毒B组5型（coxsackievirus B5,CV-B5）基因组特征。对2018年从辽宁省688份肠道病毒核酸阳性的标本中分离到的1株CV-B5进行高通量测序，并对其全基因组进行遗传进化分析。结果表明，CV-B5辽宁分离株与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为78.5%～97%，氨基酸序列同源性为75.3%～96.7%。基于全基因组的进化分析将CV-B5流行株分为A～D四个基因型，辽宁分离株属于D基因型。通过重组分析发现其在P3区的3D区段发生重组。首次在辽宁地区手足口病患儿中分离出CV-B5，辽宁省分离株（LN2018-23-21/CHN/2018）可能为重组株。     

猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒(porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计一对PCV-2特异性引物,用该室分离的PCV-2豫A株感染PK-15细胞,从中提取PCV-2复制型基因组DNA,并以之为模板进行PCR扩增.回收PCR产物,构建重组测序质粒T-PCV-2.测序结果表明,猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组为1767bp,与GenBank收录的PCV-2国外分离株核苷酸的同源性可高达97%.序列分析表明,复制型豫A株的基因组包含10个读码框架,其中ORF1、ORF2是其两个最主要的读码框架,分别编码314、234个氨基酸.豫A株和PCV-1间的ORF1、ORF2的氨基酸序列同源性分别为85%、66%,与其它PCV-2毒株间的ORF1氨基酸同源性均在98%以上,而ORF2的氨基酸同源性为92%～97%.     

猪圆环病毒2型福建株的全基因组克隆与序列分析

根据GenBank上公布的猪圆环病毒2型全基因序列设计一对扩增PCV-2全基因的引物,建立扩增PCV-2全序列的PCR方法,并应用此方法从福建省不同地区采集的疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的仔猪肺组织病料中扩增出PCV-2全基因组(1 767 bp),将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV-2,并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,福建省不同地区采集的猪肺组织扩增出的PCV-2全序列与GenBank上公布的的全基因组同源性介于94.9%-99.8%之间,ORF1的同源性介于97.2%-99.9%,ORF2的同源性也很高,介于97.7%-99.8%之间。其中福州株、福清株和漳州株与中国农大报道的12株、郑州株5株、杭州4株、武汉株3株、上海株2株、扬州2株、南京1株和兰州1株共30株在一个进化分支上,同源性也高达99.3%。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究福建省生猪猪圆环病毒来源奠定一定基础。     

GI型诺如病毒湖州株2008/Huzhou/N11进行全基因组序列测定与分析

为了对GI型诺如病毒湖州株2008/Huzhou/N11进行全基因组序列测定,了解其分子特征及基因类型。方法是根据GenBank上下载的GI型诺如病毒各基因型代表株保守序列设计特异性引物对2008/Huzhou/N11进行全基因组测序,并与GI型诺如病毒各基因型的原型株进行全序列的比对,使用MEGA 4.0软件绘制系统进化树。利用Simplot3.5.1软件进行相似性分析,对基因重组加以验证。结果表明,诺如病毒2008/Huzhou/N11基因组全长7 691bp,有3个开放阅读框(ORF)。ORF1长5 367bp(5~5 371nt),ORF2长1 623bp(5 355~6 977nt),ORF3长630bp(6 977~7 606nt)。RNA聚合酶区(4 320~5 091bp)系统进化分析显示2008/Huzhou/N11属于GI.2基因型,VP1区(5 355~6 977bp)和VP2区(6 977~7 606bp)的系统进化分析显示2008/Huzhou/N11属于GI.6基因型。进一步的Simplot分析提示2008/Huzhou/N11为GI.2/GI.6重组株,重组位点位于ORF1和ORF2重叠区的上游。本文确定了我国GI型诺如病毒湖州株2008/Huzhou/N11为GI.2/GI.6重组株,可为国内诺如病毒的遗传进化研究提供序列参考。     

2010年云南省1株ECHO-9病毒全基因序列的遗传特性分析

为了解云南省手足口病患者标本中分离到的一株ECHO-9病毒基因组特征,对2010年云南省ECHO-9病毒分离株MSH-KM812-2010全基因组序列测序,并与GenBank中其它ECHO-9病毒株基因组序列比对和分析。MSH-KM812-2010基因组长为7 424bp,编码2 203个氨基酸,其结构基因区与其它ECHO-9病毒核苷酸和氨基酸的同源性高于其它型别肠道病毒;而在非结构区,与其它肠道病毒血清型的同源性高于ECHO-9病毒株。VP1系统进化分析显示ECHO-9病毒株可形成A、B和C三个进化分支,MSH-KM812-2010株以及其它中国分离株属于C簇。三个分支之间核苷酸序列的差异大于15.0%可将ECHO-9病毒分为三个基因型。通过重组检测软件3(RDP3)和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析,发现在非结构区可能存在重组。本文首次对我国分离的ECHO-9病毒全基因组序列的测定和分析,对了解ECHO-9病毒遗传特性具有重要意义。     

一株重组乙型肝炎病毒的全基因克隆和序列分析

通过血清学和PCR方法对广西地区乙型肝炎病毒感染者样本进行检测,发现一株乙型肝炎病毒基因序列与其余病毒差异较大,利用PCR的方法,扩增出该株病毒的全长cDNA序列,并将其克隆到T载体,进行序列测定,结果显示基因全长为3 215bp,血清型为adr.将测定序列与网上公布的标准基因序列进行比对分析,发现该株病毒全基因组序列进化分析结果与C型基因比较接近,而对其全基因组进行分析时发现1 630bp～2 880bp间基因起源与和C型基因最为接近,而其余基因序列则与A型基因更接近,提示这是一株C型和A型重组的乙型肝炎病毒,首次在国内发现这种类型的基因重组病毒,丰富了我国乙型肝炎病毒研究内容,并对基因型别研究和病毒进化研究提供了参考.     

来自肺炎患儿的A1基因亚型人偏肺病毒全基因组序列分析

人偏肺病毒(human metapneumovirus,HMPV)是婴幼儿呼吸道感染的重要病原之一。本研究目的在于分析在HMPV监测中发现的少见型别A1基因亚型BJ-1610的全基因组序列,为HMPV的进一步研究提供数据支持。BJ-1610来源于一名患有肺炎的3月龄女婴的鼻咽洗液标本。对该毒株进行全基因组RNA分段扩增、测序、序列拼接并分析其基因组特征、变异程度及是否存在重组等现象。BJ-1610株基因组全长为13 406nt(KU821121)。BJ-1610与HMPV参考株进行全基因和各蛋白核苷酸和氨基酸序列比较,显示全基因组的核苷酸相似性范围为81.2%~98.4%,其中相似性最高的为澳大利亚株(KC562226),而SH和G基因则与其他澳大利亚株相似性更高。系统进化分析发现BJ-1610与HMPV A1基因亚型参考株位于同一分支,显示了与相似性分析相同的特征。对BJ-1610的膜表面蛋白F、SH和G蛋白序列进行分析结果显示,F蛋白最为保守,SH基因编码区的终止密码发生了突变,导致终止密码后移15位,长度由552bp变为567bp;G蛋白氨基酸序列突变较多,并导致N-糖基化位点的减少。HMPV作为儿童呼吸道疾病的重要病原之一,对其流行株基因组的分析将对其流行特征、遗传进化、致病机理、疫苗研制和抗病毒药物研发等方面的研究产生积极的推动作用。     

2010–2015年华东地区猪圆环病毒2型的分子流行病学分析

【目的】猪圆环病毒2型(PCV2)是严重危害世界养猪业的重要传染病,即猪圆环病毒相关疾病(PCVAD)的重要病原,其致病机制及流行规律尚未阐明。本研究对2010–2015年间采集自中国华东地区的病料进行PCV2检测,以探讨中国华东地区PCV2的分子流行病学特征,分析PCV2的遗传演化规律。【方法】本研究利用PCR方法对384份断奶仔猪多系统衰竭综合征疑似发病猪样本进行检测,并对随机选取的42份阳性样品进行PCV2全基因组的测定和分析。【结果】华东地区普遍存在PCV2的感染,阳性率为41.15%。序列扩增获得42株PCV2全长基因组,同源性和系统进化树分析表明,基于PCV2 ORF2和全长核苷酸序列构建的系统进化树结构是基本一致的。从病料中测得的42株PCV2与11株参考毒株序列的ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.0%–100.0%和82.5%–100.0%。遗传进化分析显示,53株PCV2毒株可分为4个基因型,即PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d。本文获得的42株序列ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%–100.0%和86.8%–100%,...     

河南省猪戊型肝炎病毒HN-JY40的全基因组序列测定及分析

本文旨在测定猪戊型肝炎病毒HN-JY40株的全基因组序列,并对其序列特征和进化关系进行分析。设计8对引物,利用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术得到了戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)河南分离株HNJY40的近似全基因组序列,命名为"HN-JY40";用Expasy、Megalign、Clustal X和MEGA 4等生物学软件进行序列分析、同源比对和进化树的构建。测序得到的HN-JY40序列去除polyA后全长7 223bp,5′UTR有9个碱基,3′UTR全长69bp。ORF1(5 124bp)编码1 707个氨基酸,ORF2(2 025bp)编码674个氨基酸,ORF3(345bp)编码114个氨基酸。全基因组相似性分析发现,HN-JY40为典型的基因4型病毒,且属于一个新亚型。猪HN-JY40ORF1的部分核苷酸(153~432bp)与人源HK104-2004同源性高达到96%,为揭示戊型肝炎的跨种传播提供了新的分子生物学依据。     

猪Ⅱ型圆环病毒全基因组的克隆及感染性鉴定

设计合成一对扩增猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组的特异性引物,从3份患断奶后仔猪多系统衰弱综合征（PMWS）的死亡仔猪病料中,PCR扩增和克隆了3株PCV2全基因组序列。将所测序列与已公布的PCV毒株序列进行同源性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示,所测毒株间的核苷酸同源性为957%～994%,与其它毒株的同源性较高,达951%以上;ORF1的核苷酸同源性高达978%以上,氨基酸同源性大于98%;ORF2的核苷酸同源性较低,为90%～98%不等,推导的氨基酸序列同源性介于87%～991%。进化树分析表明各分离毒株在进化上存在地域上的相关性。将克隆到的PCV2基因组环化后,脂质体介导转染PK15细胞,盲传3代。间接免疫荧光检测表明,克隆到的基因组具有感染性。     

南通地区9株4型星状病毒的全基因组序列分析

人类星状病毒（Human astrovirus,HAstV）是全球流行的引起急性胃肠炎常见病原体，主要引起幼儿、老年人及免疫功能低下人群的感染。本研究收集了江苏南通地区定点监测医院门、急诊<5岁儿童急性胃肠炎腹泻监测粪便标本712份，共检测出HAstV阳性22例。对Ct<30的样本进行病毒的分离培养，共得到9个HAstV分离株。对这9个分离株进行了全基因组的测序及分析，以表征其遗传变异及进化特征。所有分离株经blastn比对后，发现其基因序列均与4型HAstV一致性最高。与HAstV-4原型株MK059952相比有较大变异，核苷酸一致性为88.15%～91.98%。重组分析发现9个分离株呈现出两种不同的进化重组方向。氨基酸置换熵值分析及选择压力分析发现有3个氨基酸位点同时满足易突变位点及适应性演化位点，这可能是HAstV能持续在全球流行的因素之一。本研究为南通地区流行的HAstV的遗传多样性和重组提供了进一步的证据，对HAstV引起相关疾病的预防控制将发挥重要作用。     

云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒全基因组序列遗传特征分析

为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定。结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4%和97.7%;2株I型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin I疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9%和97.9%。减毒位点分析发现II型和I型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变。VP1序列分析显示II型和I型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1%和2.3%,重组分析显示II型和I型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关。因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据。     

天津市致病毒性脑炎柯萨奇病毒B组5型全基因组序列分析

肠道病毒是我国病毒性脑炎(Viral encephalitis,VE)的主要病原体。本文研究对4株引起VE的天津柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus B5,CV-B5)分离株进行Illumina MiniSeq高通量测序,并对其全基因组特征、进化及重组特点进行分析。结果提示,4株CV-B5天津分离株的全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84.5%~100.0%和98.1%~100.0%,与国内流行株的全基因组核苷酸序列同源性为83.2%~96.5%,氨基酸序列同源性为96.4%~99.4%。基于全基因组的系统进化分析将CV-B5流行株分为A-D四个基因型,其中天津与国内流行株均属于C基因型。C基因型进一步分为3个进化分支,而天津分离株处在两个不同的分支上。基于基因组各区段序列的系统进化与SimPlot重组分析结果显示,天津分离株15-39N、15-41N与埃可病毒30型(Echovirus 30,E-30)原型株在P3区3B、3C、3D区域均检测到重组信号。本研究有助于了解CV-B5的全基因组特点和重组规律,为相关疾病的防控提供依据。     

自然界斜纹夜蛾核型多角体病毒的基因型多态性

【目的】从基因组序列角度进一步揭示自然界斜纹夜蛾核型多角体病毒（Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus, SpltNPV）的基因型多态性。【方法】病毒克隆A5, F1, X3 和 X15分别以活体克隆法分离自SpltNPV埃及株、 日本福冈株和日本小笠原株。根据SpltNPV基因组全序列（GenBank登录号: AF325155）和海灰翅夜蛾核型多角体病毒（S. littoralis NPV, SpliNPV）部分基因序列（GenBank登录号: X99377, X99376 和X98924）设计引物, PCR扩增获得A5, F1, X3 和 X15的多角体蛋白（polyhedrin, polh）基因和ORF18~ORF23序列。【结果】根据多角体蛋白基因序列, X3和X15属于SpltNPV型, 而A5和F1属于SpliNPV型。将A5, F1, X3 和 X15的ORF18~ORF23与SpltNPV和SpliNPV相应的基因序列进行同源性比较。结果发现, F1与SpliNPV以及X3与SpltNPV的核苷酸序列相似性高, 但X3的ORF20在172~558 nt处缺失387 bp。尽管依据多角体蛋白基因序列X15属于SpltNPV型, 但对于ORF18~ORF23序列, X15与SpliNPV的相似性高于与SpltNPV的相似性。同样, A5属于SpliNPV型, ORF18~ORF20与SpliNPV相应的核苷酸序列相似性高, 但ORF21与SpltNPV相应的核苷酸序列一致性为100%, 特别是ORF22, SpltNPV的特有序列出现在A5的基因组中, 而且与SpltNPV的ORF22一致性为100%; 反过来, ORF23又与SpliNPV相应的核苷酸序列相似性高。【结论】所有这些都表明, SpltNPV在自然界不仅存在基因型多态性, 而且即使属于同一基因型, 它们的基因组序列也有显著差异。可利用SpltNPV在自然界的这种异质性筛选适宜防治斜纹夜蛾幼虫的株系。     

利用长距离PCR扩增国内肠道病毒流行株基因组方法的建立和评价

目的:通过调查近年来我国肠道病毒EV-71型和柯萨奇病毒A16型流行株的全基因组序列,建立一种能够获得我国肠道病毒序列的通用扩增方法,为今后的手足口病流行病学分析、致病机理研究等打下基础。方法:收集我国近5年各地报道的肠道病毒流行株全基因组序列作为参考序列进行比对分析,在保守区设计通用引物,利用3'RACE、长距离PCR扩增及简并引物扩增肠道病毒全基因组序列,采用IonTorrentPGM二代测序仪对扩增产物进行深度测序,以对扩增方法进行验证和评价。结果:通过比对肠道病毒流行株序列设计了通用扩增引物,经二代测序实验获得了肠道病毒全基因组序列;以系列比例模拟混合病毒感染,该扩增方法能够同时获得2株肠道病毒的全基因组序列;能够完整地揭示肠道病毒重组情况。结论:建立了针对我国近年来肠道病毒流行株的通用全基因组扩增方法,在病毒培养液中肠道病毒的提取与扩增中显示了较高的灵敏度,能够反映混合病毒感染、重组病毒的情况。     

犬圆环病毒全基因组克隆与序列分析

犬圆环病毒(Dog circovirus,DogCV)是近年来新发现的一种哺乳动物圆环病毒。为研究DogCV中国流行毒株基因组特性和遗传进化,以犬血清样品提取的DNA为模板,采用重叠PCR技术首次获得DogCV中国流行毒株的全基因组序列,命名为JZ98/2014。序列分析表明JZ98/2014全基因组长度为2063nt,编码3个主要开放阅读框:ORF V1(Rep蛋白,303个氨基酸)、ORF C1(Cap蛋白,270个氨基酸)和ORF C2(106个氨基酸)。同源性比较显示JZ98/2014与美国、欧洲流行毒株的全基因组序列同源性为82.1%-89.5%,而Rep和Cap基因同源性分别为82.1%-89.5%和84.6%-89.1%。遗传进化树分析显示,目前世界流行的DogCV存在多个分支,而JZ98/2014与美国、欧洲流行毒株处于不同分支。     

两株田间重组猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定、进化分析及其致病性研究

为了解2型猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV2)田间毒株重组特征,本研究对两株分离物(HENXX-8、HENJY-2)进行全基因测序、进化分析及毒力测定,并对其全基因序列进行重组分析。结果显示,两个毒株均属于PRRSV 2,两者与其代表株VR-2332的核苷酸相似性分别为85.6%、85.7%;与高致病性PRRSV(HPPRRSV)毒株JXA1、TJ和WUH4株分别为85.7%～85.8%、85.4%～85.5%;与经典毒株CH-1a、HB-2(sh)分别为84.7%～85.7%、84.5%～85.7%;而与所有NADC30类毒株均在90.0%以上。全基因、ORF5及Nsp2序列进化分析结果均显示两个分离物与国内报道的类NADC30毒株遗传距离较近,同处于一个分支。全基因组重组分析结果表明,两个分离毒株存在明显重组现象,且重组模式均以类NADC30毒株为骨架病毒,与HP-PRRSV毒株发生重组。但重组对象不同:HENJY-2是由类NADC30毒株与TJ株发生重组;而HENXX-8则是由类NADC30毒株与WUH4、TJ株发生3毒株间重组。由于重组部位序列缺乏特异性分子标志,因此无法确定与类NADC30发生重组的是HP-PRRSV还是其减毒的疫苗毒株。两株分离物的重组部位与早期分离毒株HENANHEPB、JL580等有所不同,均未涉及到ORF5基因,而是集中在Nsp1～Nsp2以及ORF2a～ORF3区域,主要发生在病毒基因组的靠5'端(30～7 000 bp)和3'端(11 000～13 000 bp)处。对部分重要基因的核苷酸相似性分析结果显示,两个分离株的ORF2a、ORF3基因与HP-PRRSV毒株相似性最高,表明重组病毒的这两个基因可能来自HPPRRSV毒株。致病性试验结果表明,参考毒株HENXC-4的毒力略高于分离毒株HENXX-8,主要表现在体温升高、日均增重降低和肺部病变上。但两个分离物均未引起发病猪死亡。以上结果表明,目前PRRSV2在田间的基因重组事件存在随机性,提示不同毒株在田间的存在会加剧PRRSV重组事件的发生和流行、毒株类型更加复杂,从而增加了临床防控难度。因此,慎重使用活疫苗并持续监测活疫苗毒株在田间的变异动态,对更好防控本病具有一定的临床指导意义。     

草莓轻型黄边病毒中国分离物全基因组序列测定和分析

草莓轻型黄边病毒（Strawberry mild yellow edge virus,SMYEV）是引起我国草莓病毒病害的重要病毒之一,我们测定了共侵染草莓植株的2个SMYEV中国分离物FJ1和FJ2的全基因组序列。FJ1和FJ2分离物基因组全长均为5 971 nt,包含5个开放阅读框（ORF）,其中,FJ2分离物ORF4编码蛋白C端缺乏7 aa。SMYEV分离物FJ1和FJ2的基因组核苷酸序列一致性为89.8%,两者和其他SMYEV分离物的基因组核苷酸序列一致性分别为83.7%～89.8%和84.1%～90.0%;基于CP基因的系统进化分析表明,SMYEV分离物分为2个大组群4个亚群,FJ1和FJ2分别归属不同的组,两者具有较远的亲缘关系,其中FJ1与中国分离物sy01和sy04、日本分离物T1以及韩国分离物KNS1亲缘关系最近,FJ2与中国分离物sy02、加拿大一株分离物PEI113＿12以及日本分离物T2亲缘关系最近。RDP4重组分析表明,FJ1和FJ2均存在潜在的重组事件。本研究首次报道了我国SMYEV基因组全长序列,为该病毒在我国的侵染流行、检测和防控提供了理论基础。