江苏省2017年新报告HIV感染者治疗前耐药分析及基因亚型分布

基于大样本量的亚型及治疗前耐药分析,更准确地掌握江苏省HIV-1流行亚型,更真实地评估江苏省治疗前耐药水平并为抗病毒治疗的开展提供依据收集2017年全年全江苏省新报告感染者治疗前血样.逆转录PCR扩增HIV-1蛋白酶区(pol)基因并送测序.ChromasPro剪辑,拼接,合成序列.MEGA7做序列比对并构建进化树分析亚型.序列在线比对耐药位点.治疗前耐药分析,耐药率达16.3％.蛋白酶区(PR)主要耐药位点是L33F,占44.4％.核苷酸逆转录酶区(NRTI)主要耐药位点是M184位点变异,占35％.非核苷酸逆转录酶区(NNRTI)耐药位点主要是V179位点变异,占59.2％.CRF01_AE亚型(456,37.7％)和CRF07_BC亚型(381,31.6％)仍为江苏省主要流行亚型;不同的是复杂重组体(CPXs)和独特重组体(URFs)数量极速上升至第三位(241,19.9％).江苏省HIV-1复杂重组体大量出现,提示新人病毒或病毒交叉重组频繁,艾滋病的防制依然任重道远.在治疗前耐药比例大幅上升的情况下,治疗前耐药检测成为个体选择抗病毒治疗方案的关键.     

中国HIV-1 B’亚型毒株不同基因区与全长基因组系统进化比较

本研究旨在探索不同基因区的使用对HIV-1 B’亚型毒株系统进化分析结果的影响。首先利用既往研究中已发表的共计47条来自泰国,缅甸和中国多个地区不同传播途径的B’毒株近全长基因组序列,将其按基因区分为不同的数据集 (gag, pol, vif, vpr, vpu, env, nef),并分别进行系统进化分析研究。比较不同基因区系统进化分析的结果发现,B’亚型毒株 pol基因在分析的基因区中,具有最低的复杂度和进化速率,可以较好的区分B’TH和B’YN毒株,重复近全长基因组序列的分析结果;尽管env基因则具有最高的复杂度和进化速率,但无法获得类似结果。本研究比较了不同基因区对HIV-1 B’亚型毒株系统进化分析结果的影响,对进一步开展HIV分子流行病学调查,分析我国B’毒株在我国的传播奠定了基础。     

HIV-1 gag与gp41基因片段的序列特征与亚型研究

本文对华北地区出入境39例HIV-1阳性样本(中国21例,非洲17例,东南亚1例)的gag和env两个基因片段进行了序列特征和亚型对比分析。发现了A、A1、A3、B、C、G亚型和重组亚型03_AB、01_AE、AG、02_AG、07_BC、08_BC、CD和06_CPX共14个亚型,其中重组亚型占57.2%(8/14)。表明HIV-1基因变异较快,亚型分布广泛,重组亚型有增多趋势。此外发现26.7%(8/30)的样本,其gag和env基因区亚型表现不一致。提示在研究HIV-1亚型中应综合gag和env两个基因区的序列特征进行亚型分析。     

柳州和南宁HIV-1亚型分布及耐药情况调查

为了解柳州和南宁两市HIV-1亚型分布和耐药情况,在柳州和南宁招募HIV感染者和AIDS患者共304名,采集外周静脉血,从血浆中提取HIVRNA,扩增HIVpol基因并测序。将获得的序列进行系统进化树分析,结果表明柳州的HIV-1毒株中存在CRF01_AE和CRF07_BC两种亚型,其中CRF01_AE毒株占75.2%,CRF07_BC毒株占24.8%;南宁的HIV-1毒株中存在CRF01_AE、CRF08_BC、B亚型和C亚型共4种亚型,其中CRF01_AE和CRF08_BC仍是南宁最主要的亚型,CRF01_AE占85.8%,CRF08_BC占11.5%。根据所得的序列资料进行HIV-1耐药性分析,计算耐药率。计算结果表明,柳州未治疗和治疗研究对象的耐药率分别为3.3%和8.7%,南宁未治疗和治疗研究对象的耐药率分别为1.4%和27.5%。     

我国河南、陕西两省献血感染者HIV-1 B亚型毒株gag基因变异研究

从河南和陕西既往献血感染的109份HIV-1阳性血浆样本中提取病毒RNA,扩增并测定其gag全长基因序列。按照采样时间对序列进行分组并利用Entropy软件分析不同组别的氨基酸序列差异。结果表明,2004年、2005年的序列与2002年的序列比较,分别存在8个和13个氨基酸组成有统计学意义的位点,其中有5个位点在两组比较中同时出现。存在差异的16个氨基酸位点中,10个位点的氨基酸分布呈现多态性增加的趋势,其中8个位点被我国人群主要HLA递呈的CTL表位覆盖;6个位点的氨基酸分布呈现多态性减少的趋势,这些位点均位于Gag蛋白重要的功能区内。     

山东省归国劳务人员中HIV-1感染毒株的序列特征和亚型分析

为了解自1992年以来,山东省归国劳务人员HIV-1感染毒株的分子流行病学特征。我们采集了11份确认为HIV-1感染者的全血分离单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,用套式PCR扩增HIV-1膜蛋白(env)基因,并对其env C2-V3区进行序列测定和分析。结果表明10名归国劳工人员及1名归国劳工配偶的样本经序列测定和基因分析发现了HIV-1的4种基因亚型A、B、C、E亚型。其中C亚型7名,B亚型2名,A和E亚型各1名。由此可见;山东省归国劳务人员中HIV-1毒株的感染情况较复杂,通过计算发现这些毒株间的基因离散率相差较大。提示应加强归国劳务人员的教育、检测和控制以防其它国家毒株传入。     

上海地区HIV毒株基因亚型分布及原发基因耐药的分子流行病学研究

本文通过对未经抗病毒治疗患者的人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）毒株进行检测,了解上海地区HIV-1的亚型分布及原发耐药基因变异现状。对118例未经治疗的HIV感染者其标本中HIV蛋白酶全长和部分反转录酶基因进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增,经DNA测序后进行系统进化树分析和重组分析,以确定HIV-1基因亚型和重组体,并与斯坦福耐药数据库比对,了解耐药性突变位点。使用斯坦福REGA HIV亚型分型工具和美国国立生物技术信息中心（NCBI）HIV亚型分析工具分析亚型,获得118例患者的HIV基因序列,基因分型分别为CRF01_AE重组体57例(48.3%)、B亚型36例(30.5%)、CRF07_BC 15例 (12.7%)、CRF08_BC 7例(5.9%)、C亚型2例(1.7%),亚型间或重组体间二重重组体(B/CRF01_A E)1例(0.8%)。蛋白酶抑制剂(PI)和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率达54.2%（64/118）,其中2例（1.7%）发生PI耐药,基因突变位点：M46L、Q58E。5例(4.1%)对反转录酶抑制剂产生耐药,其中对核苷类反转录酶抑制剂（NRTI）和非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTI）的耐药率分别为3例(2.4%)和5例(4.1%)。基因突变位点：NRTI为M41L、D67N、T69I/N/S、K70L、L74V、V75L、V118I、M184V、L210W/F/M/S和T215F;NNRTI为V90I、L100V、K103R/N、V106M/P/I/G、E138G/A、V179E/D/T、Y181C、G190A、H221Y、F227L、K238S和Y318F。结果提示,上海地区HIV毒株以CRF01_AE重组亚型为主,且发现新的重组体,可能出现新重组体流行的趋势。PI和反转录酶抑制剂相关的耐药基因突变率较高,且存在高度原发耐药毒株,应加强HIV-1耐药基因变异监测,科学、合理地给予抗病毒治疗。     

HIV-1 C亚型密码子优化gp120基因重组腺病毒载体的构建及表达

目的构建含有HIV-1C亚型gp120基因重组腺病毒载体,并在293细胞中表达gp120蛋白。方法PCR扩增,获得HIV-1C亚型gp120片段,定向克隆人腺病毒转移载体pTrack-CMV,线性化后转化至含有腺病毒骨架载体pAd-easy-1的大肠埃希菌BJ5183,获得重组子prAd—gp120,PacI酶切纯化后转染293细胞,包装成复制缺陷型重组腺病毒vAd—gp120。结果经PCR、酶切及DNA测序,插入片段大小、方向正确,获得了具有感染力的vAd—gp120重组腺病毒;通过Western印迹检测,重组腺病毒在293细胞中表达出分子量为120kD的蛋白。结论成功构建了含有HIV-1C亚型gp120基因重组腺病毒载体,并获得该基因的表达。     

HIV-1 C/B'亚型多价重组MVA病毒疫苗

目的：检测人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1） C/B'亚型与痘苗病毒安卡拉株（MVA）的多价重组疫苗的免疫原性,此疫苗中包含HIV-1 C/B'CRF 株的五个基因,分别是env、gag、pol、nef、tat。方法：设105 pfu/mL 、106 pfu/mL、107 pfu/mL ADMVA三个剂量组,用ELISPOT方法检测细胞免疫反应。同时,以Gag蛋白作为包被抗原,使用间接ELISA的方法检测体液免疫反应。结果：免疫后的小鼠对插入基因env、gag、pol和nef所表达蛋白均产生了特异性细胞免疫应答,且免疫效果与免疫剂量呈正相关。ELISA结果表明, MVA重组疫苗免疫诱导产生了特异性体液免疫,抗HIV-1Gag的抗体滴度与免疫次数和免疫剂量都存在正相关性。结论：多价MVA重组疫苗能有效地诱导小鼠产生特异地细胞免疫和体液免疫反应。     

利用基因芯片技术筛选HIV-1F亚型基因限制性显示探针

为筛选限制性显示技术制备的HIV 1F亚型基因探针 ,应用基因芯片打印仪将其有序地打印在玻片上制备基因芯片 .在随机引物延伸的过程中进行HIV样品的荧光标记 ,然后与芯片进行杂交 .杂交后清洗玻片并干燥 ,对芯片进行扫描 ,分析各探针的杂交信号 .从中筛选了 14个基因片段作为芯片下一步研究的探针 .实验证明 ,限制性显示技术是一种制备基因芯片探针的实用方法     

HIV-1 B亚型gag基因密码子优化及其免疫原性的研究

从河南HIV-1流行区感染者中克隆HIV-1 B亚型gag基因,通过序列比对获得其一致性共有序列,对该共有序列按照哺乳动物优势密码子的使用原则进行优化,以Western blot方法比较优化前后gag基因体外表达量.发现对gag基因进行密码子优化可显著提高其表达水平.将优化后的mod.gag基因插入重组腺病毒载体,构建了重组病毒rAdV-mod.gag.在BALB/c小鼠体内分别以108PFIJ及108PFU rAdV-mod.gag疫苗单独免疫两次均可产生较高水平的gag特异性细胞免疫反应.由此得出结论,对gag基因的密码子优化是成功的;表达优化后gag基因的重组腺病毒疫苗,可以在小鼠体内诱导较强的gag基因特异性CTL应答.     

分子生物学方法在HIV-1病毒检测中的应用

人类免疫缺陷病毒（HIV）是获得性免疫缺陷综合征（AIDS）的病原体。根据血清学反应和核酸序列测定将HIV分为HIV-1和HIV-2两型,本研究就HIV-1基因的分子特征、HIV基因分型分类、HIV基因分型常用的方法、HIV-1病毒载量的分子生物学检测方法等方面进行讨论。     

广西壮族自治区HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

使用ＰＣＲ技术对１４份广西ＨＩＶ－１阳性感染者外周血单核细胞（ＰＢＭＣｓ）样品进行扩增,获得ＨＩＶ－１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段,并对其Ｃ２－Ｖ３及邻区３５０－４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明,１４份样品中９份为泰国Ｂ（Ｂ′）亚型,５份为Ｅ亚型毒株。其中Ｂ′亚型毒株的基因离散率为４．２％,与Ａ－Ｅ参考亚型及部分Ｂ亚型代表株序列相比较,与包括泰国、缅甸及云南德宏在内的Ｂ亚型毒株序列十分接近,相互之间基因离散率在３．０％－４．４％的范围内;而Ｅ亚型毒株的基因离散率为２．１％,与国际Ｅ亚型毒株的基因离散率最近,为５．６％,与其它国际参考亚型基因离散率很远,在２１．１％－２７．３％。根据以上数据及其它资料提示,广西存在Ｂ′和Ｅ两种亚型的ＨＩＶ－１的流行,且其Ｂ′亚型毒株的传入,与流行在云南德宏州的相同亚型ＨＩＶ－１毒株密切相关,而Ｅ亚型毒株则可能是由泰国经越南传入广西的     

趋化因子基因对HIV-1外膜蛋白基因疫苗诱导的免疫应答的影响

研究趋化因子基因对HIV-1外膜蛋白基因疫苗诱导免疫应答的影响,以探求防治HIV的新策略。将 pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1α基因或者pVAX1GP120单独免疫Balb／c小鼠,采用ELISA检测免疫小鼠 的特异性抗体和IFN-γ水平,用MTT比色法检测免疫小鼠脾淋巴细胞的增殖,用乳酸脱氢酶(LDH)试验检测小 鼠特异性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的应答。与pVAX1GP120免疫组比较,pVAX1GP120联合RANTES、MIP- 1α基因免疫组小鼠血清的抗HIV-1gp120抗体滴度升高,有显著性差异(p<0．01);与pVAX1GP120免疫组比较, pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1α基因免疫组小鼠血清的IFN-γ升高,有显著性差异(p<0．01); pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1α基因免疫组小鼠的脾淋巴细胞增殖实验刺激指数(SI)以及特异性CTL活性 均高于pVAX1GP120免疫组,有显著性差异(p<0．01)。RANTES、MIP-1α基因联合HIV-1外膜蛋白基因疫苗免 疫小鼠,可能增强HIV特异性Th1细胞和CTL反应,RANTES、MIP-1α基因对体液免疫有加强作用。因此, RANTES、MIP-1α基因对于HIV-1外膜蛋白基因疫苗具有较好应用前景的免疫佐剂。     

趋化因子基因对HIV-1外膜蛋白基因疫苗诱导的免疫应答的影响

研究趋化因子基因对HIV-1外膜蛋白基因疫苗诱导免疫应答的影响,以探求防治HIV的新策略.将pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1α基因或者pVAX1GP120单独免疫Balb/c小鼠,采用ELISA检测免疫小鼠的特异性抗体和IFN-γ水平,用MTT比色法检测免疫小鼠脾淋巴细胞的增殖,用乳酸脱氢酶(LDH)试验检测小鼠特异性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)的应答.与pVAX1GP120免疫组比较,pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1d基因免疫组小鼠血清的抗HIV-1gp120抗体滴度升高,有显著性差异(p＜0.01);与pVAX1GP120免疫组比较,pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1d基因免疫组小鼠血清的IFN-γ升高,有显著性差异(p＜0.01);pVAX1GP120联合RANTES、MIP-1α基因免疫组小鼠的脾淋巴细胞增殖实验刺激指数(SI)以及特异性CTL活性均高于pVAX1GP120免疫组,有显著性差异(p＜0.01).RANTES、MIP-1α基因联合HIV-1外膜蛋白基因疫苗免疫小鼠,可能增强HIV特异性Th1细胞和CTL反应,RANTES、MIP-1α基因对体液免疫有加强作用.因此,RANTES、MIP- 1α基因对于HIV-1外膜蛋白基因疫苗具有较好应用前景的免疫佐剂.     

siRNA抑制HIV-1基因表达的研究

RNA干扰(RNAinterfering,RNAi)现象是动植物体内的一种序列特异性的、转录后基因沉默的过程.在哺乳动物细胞中,19～25个核苷酸长短的双链siRNA(smallinterferingRNA)可有效地抑制基因表达.利用pBS/H1SP载体,它表达的双链RNA的转录产物可以用来抑制特异性HIV-1基因的表达.在siRNA实验中,为了比较由H1启动子转录的siRNA在细胞内的作用,使用以绿色荧光蛋白(EGFP)为报告基因的载体——pEGFP-C1质粒,在荧光显微镜下,很容易地看到EGFP在细胞中表达.将HIV-1siRNA表达载体与表达相应EGFP-HIV融合基因的质粒,共转染人胚肾293细胞,结果表明,和对照质控载体相比,转染了pHIV-siRNA质粒的细胞中EGFP-HIV的表达得到显著抑制.通过该途径,筛选出能抑制HIV-1基因表达的有效siRNA.此外,还在同一载体上表达两种或三种siRNA,分别针对不同的HIV基因,获得了良好的抑制效果.     

HIV-1重组机制

人类免疫缺陷病毒(HIV)属于逆转录病毒,包含2个正链的RNA基因组。其复制过程需要逆转录酶发生模板转换,这样极容易导致重组。重组是导致HIV多样性的重要原因,给病毒的诊断、治疗以及疫苗研发带来巨大困难。本文综述了HIV-1重组的条件、机制、特性以及重组对于HIV-1防控和疫苗研究的影响。     

HIV-1分型技术进展

建立发展大规模、准确、快速、经济的HTV-1分型技术对于及时监测HTV-1流行状况，预测流行趋势，制定科学的防治策略具有重要的参考价值。该文就近年来HTV-1基因分型、血清学分型、表型分型等分型技术的发展及其优缺点做一综合比较。