鼻咽癌恶性转化基因Tx核苷酸序列分析

从人类鼻咽癌细胞系CNE2基因组DNA文库中克隆一个恶性转化基因Tx转染小鼠JB6 + 细胞 ,使细胞恶性转化 ,宿主细胞具有停泊非依赖生长的特性 .已经报道的Tx中一个 3 0kb片段(Tx3 0 )的序列分析结果表明 ,Tx包含人类免疫球蛋白κ轻链完整的J区 .进一步对Tx全长进行亚克隆和测序 ,并采用生物信息学方法进行分析表明 ,Tx包含人类Igκ完整的J区、C区基因片段、还有 5个重组信号序列 ,1个核基质结合序列和 1个N segment的插入 .Tx与正常人IgκJ、C区比较只是在某些位点存在碱基的缺失、插入或置换 ,二者同源性高达 98% ,其电子定位于 2p11 2 ,这与人Igκ的染色体定位是一致的 .可以认为 ,Tx是一个缺乏V区的异常的人类免疫球蛋白kappa轻链基因     

人类鼻咽癌细胞株CNE2的转化基因Tx的一个Eco RI片段的核苷酸序列分析

本文运用定点克隆法并结合鸟枪法,对人类鼻咽癌细胞抹CNE2转化基因Tx中一个与转化作用有关的Eco RI片段,进行了核苷酸序列分析。此种克隆方法的运用,大大减少了DNA模板的数量,并加快了测序的进展。将序列分析结果输入美国NCI的CRAY-2型超级电子计算机作进一步分析,以寻找基因库中的同源序列,酶切位点,开放阅读框架(ORF)。在人类DNA基因数据库中没有找到同源序列,从而证实Tx基因是一种新的人类转化基因。计算机的分析还得出了一系列有价值的结论,为进一步深入探讨这个基因在人类鼻咽癌发病学中的作用,提供了重要的资料。这是首次报道的Tx基因核苷酸序列分析结果。     

对鼻咽癌恶性转化基因Tx表达的初步研究

运用杂交组化及Ｎｏｒｔｈｅｒｎ法,对中国人鼻咽癌细胞株恶性转化基因Ｔｘ的表达进行了初步研究。结果表明该基因在鼻咽癌细胞株中表达１．３ｋｂｍＲＮＡ,但表达强度较低,在ＨＰＶ阳性或阴性人宫颈癌细胞中均无表达,ＥＢＶ阴性的Ｂ淋巴细胞系及ＨＴＬＶ－１阳性的Ｔ细胞系中为阴性,而在ＥＢＶ阳性的Ｂ９５－８及Ｒａｊｉ细胞中Ｔｘ基因表达强烈,从而提示ＨＰＶ及ＨＴＬＶ－１不增强Ｔｘ的表达水平,而ＥＢＶ可能使Ｔｘ基因活化．这为进一步研究ＥＢＶ与Ｔｘ等瘤基因协同作用提供了新的依据。     

斜纹夜蛾核多角体病毒DNA XbaI 4.0 kb片段锌指蛋白基因及重复序列分析

测定了斜纹夜蛾核多角体病毒 (Spodopteralituranucleopolyhedrovirus,SpltNPV)中山大学分离株基因组DNAXbaI4.0kb片段全序列 ,该片段包括一个锌指蛋白基因及三个区域的DNA重复序列 (SR1、SR2、SR3)。该锌指蛋白基因读码框为 2 196个核苷酸 ,编码 731个氨基酸的蛋白质 ,分子量为 83 .0 9kD ,该蛋白的等电点为 4.6 1。在其 5′非编码区内有一个杆状病毒早期启动子基序GAGT及一个TATA盒 ,在其终止密码的下游有 5个真核生物转录mRNA时poly(A)加尾信号AATAAA。在 2 2 3～ 2 41氨基酸残基之间有一个锌指蛋白基序 ,这一基序属于锌指蛋白基序中的C3HC4类 ,即环指 (Ringfinger)类基序。在 32 3～ 340氨基酸残基区域为一个核定位信号。该蛋白可能为一个高度折叠的蛋白质。在该片段中存在三个DNA重复序列区域 (SR1、SR2、SR3) ,其中SR1与SR3区域存在更大量的重复序列 ,SR1区域其中的一个重复序列长达 41bp ,SR1、SR3重复序列区域可能作为该病毒转录的增强子 ,或者作为DNA复制的起始点。     

斜纹夜核多角体病毒DNA XbaⅠ4.0kb片段锌指蛋白基因及重复序列分析

测定了斜纹夜核多角体病毒（Spodoptera litura nucleopolyhedrovirus,SpltNPV)中山大学分离株基因DNA XbaI4.0片段全序列,该片段包括一个锌指蛋白基因及三个区域的DNA重复序列（SR1、SR2、SR3）。该锌指蛋白基因读码框为2196个核苷酸,编码731个氨基的蛋白质,分子量为83．09KD,该蛋白的等电点为4．61,在其5‘非编码区内有一个杆状病毒早期启动子基序GAGT5及一个TATA盒,在其终止密码的下游有5个真核生物转录mRNA时poly(A)加尾信号AATAAA。在223－241氨基酸残基之间有一个锌指蛋白基序,这一基序属于锌指蛋白基序中的C3HC4类,即环指（Ring finger)类基序,在323－340氨基酸残基区域为一个核定位信号,该蛋白可能为一个高度折叠的蛋白质。在该片段中存在三个DNA重复序列区域（SAR1、SR2、SR3）,其中SR1与SR3区或存在更大量的重复序列,SR1区域其中的一个重复序列长达41bp,SR1,SR3重复序列区域可能作为该病毒转录的增强子,或者作为DNA复制的起始点。     

小菜蛾碱性磷酸酶基因cDNA片段的克隆及其序列分析

利用DNAman设计简并引物,通过反转录一多聚酶链式反应(RT-PCR)克隆小菜蛾Plutella xylostella(L.)抗性、敏感种群中可能与苏云金芽孢杆菌(Bt)抗性相关的碱性磷酸酶基因。琼脂糖电泳结果显示扩增条带与预期片段长度一致,阳性克隆经测序获得了403bp的基因片断。经blast比较得出所克隆基因属于碱性磷酸酶基因。与敏感种群相比,抗性种群中该基因片段有18个碱基发生变化,有1个氨基酸发生替换(缬氨酸转变为苏氨酸)。研究结果对于进一步研究小菜蛾全基因结构、功能有重要的意义。     

鼻咽癌中差异表达基因的分析和克隆

为了验证通过ＣＤＮＡ代表性差性分析法（ｃＤＮＡ ｒｅｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎａｌ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ,ｃＤＮＡ ＲＤＡ）分离的ＣＤＮＡ序列在鼻咽癌活给组织中的差异表达,并进一不克隆鼻咽癌差异表达基因,采用ＲＴ－ＰＣＲ方法并结合Ｎｏｔｔｈｅｒｎ杂交确定其转录本的大小,进而充分利用生物信息学对有差异表达ＣＤＮＡ全长进行克隆,并对其基因产物进行了结构和功能预测。结果显示,ＡＦ０９１５     

粘虫核型多角体病毒基因组3.3kb片段的序列测定和分析

本文测定了粘虫核多角体病毒的一个长３３３６ｂｐ的大片段,该片段包括了３个完整的开放阅读框（ＯＲＦ２、ＯＲＦ３、ＯＲＦ４）和两个不完整的开放阅读框（ＯＲＦ１、ＯＲＦ５）。与ＡｃＮＰＶ比较发现,ＯＲＦ１编码重蛋白与Ｐ９４同源,ＯＲＦ３、ＯＲＦ４、ＯＲＦ５分别与ＡｃＮＰＶ的ＯＲＦ６０、ＯＲＦ５９、ＯＲＦ５７同源。且转录方向一致。ＯＲＦ２则是ＬｓＮＰＶ的特有基因。分析结果表明,ＬｓＮＰＶ基因组上基因的组织     

家蝇气味结合蛋白基因cDNA片段的克隆与序列分析

根据同源性设计特异性引物,采用RT-PCR方法扩增出了家蝇Musca domestica 2种气味结合蛋白基因cDNA片段,大小分别为381 bp和353 bp,分别命名为MdomOBP1(GenBank登录号：AY730350)和MdomOBP2(GenBank登录号：AY730351)。测序分析结果表明,它们具有气味结合蛋白的标志性结构域。对这2个片段推导的氨基酸序列进行同源性分析,结果表明两者与已报道的双翅目昆虫的气味结合蛋白的同源性分别达57%～88% 和52%～91%。     

NGX6基因单核苷酸多态及与鼻咽癌的相关性

NGX6基因是本研究室在鼻咽癌 9p最小共同缺失区内新克隆的鼻咽癌候选抑瘤基因。通过采用病例 对照研究方法 ,利用动态等位基因杂交 (DASH)技术对 10 5例鼻咽癌患者和 183例正常人NGX6基因的 2个单核苷酸多态 (SNP)进行了分型 ,经相关分析发现 ,位于NGX6基因上游调控区的SNPrs8792 84与鼻咽癌发病存在显著相关性 ,基因型CT和TT的相对危险度分别为 3.93和 2 .2 7。实验结果进一步支持了NGX6基因与鼻咽癌的发生发展可能存在密切关系 ,SNPrs8792 84由于处在NGX6基因上游调控区域 ,其多态类型可能在某种程度上影响NGX6基因的表达调控 ,从而与鼻咽癌发病相关     

一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析

鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.     

重组酵母菌乙醇脱氢酶基因的克隆及序列分析

目的:克隆产麻黄碱重组酵母菌乙醇脱氢酶基因片段,并对其进行序列分析,为研究该基因在重组酵母中与麻黄碱生物合成途径的关系提供参考.方法:根据一段利用抑制差减杂交技术获得的来源于重组酵母乙醇脱氢酶基因片段,采用RACE的方法扩增Adh基因,使用分子生物学软件对该基因进行生物信息学分析.结果:获得一段大小为1 245 bp的基因片段,编码375个氨基酸,含有两个催化域和两个锌结合域,与来源于Gandida boidinii ADH3基因的同源性为85％.结论:克隆的基因为乙醇脱氢酶基因,并在GenBank注册,登录号为JF293468.     

鼻咽癌细胞中ezrin基因增强子区的定位分析

本研究采用嵌套缺失和荧光素酶检测技术对鼻咽癌CNE2细胞ezrin基因增强子区进行定位分析。实验结果显示,CNE2细胞中,ezrin基因-1541/-706具有转录激活和转录增强作用,存在转录正调控区和负调控区。对5个潜在转录调控区的进一步研究发现,ezrin基因-1297/-1186对ezrin启动子和SV40启动子具有显著的转录增强作用;其它4个区域对启动子不表现转录调控作用,或表现弱的转录增强作用。结果表明,ezrin基因-1297/-1186是具有增强子作用的关键转录调控区,它有可能与其它潜在转录调控区以共同或协同的方式调控ezrin基因转录。     

斜纹夜蛾核多角体病毒几丁质酶基因上游4.0kb的序列分析

本文报道了斜 诳蛾核多角体病毒几丁质酶基因（chiA）上游约4.0kb范围内的序列,它包括了六个读码框（ORF1－6）,其长度分别为156bp、279bp、540bp、369bp、1281bp和228bp,可编码的氨基酸长度分别为51、98、179、122、426和75个,分子量分别为6.15kD、11.46kD、21.70kD、14.69kD 、47.59kD和9.09kD。在ORF1ORF2、ORF3起始密码前分别有一个、二个及一个杆状病毒早期启动子基序CAGT;在ORF4、ORF5起始密码前各有一个及二个杆状病毒晚期启动子基序TAAG。在ORF1、ORF4、ORF5终止密码下游有真核生物mRNA转录poly（A)加尾信号。ORF4为AcMNPV ORF53、BmNPV ORF42、OpMNPV ORF56、LdMNPV ORF54的同源基因。ORF1、ORF2、ORF6与已知的杆状病毒基因沿有同源性,可能为三个新的基因。     

NGX6基因转染对鼻咽癌细胞基因表达谱的影响

鼻咽癌是我国南方的常见肿瘤 .NGX6是新近克隆的定位于 9p2 1 2 2 ,在鼻咽癌组织中表达下调的基因 .初步的研究结果显示 ,NGX6基因转染鼻咽癌细胞HNE1能够延缓其生长速度 ,使肿瘤细胞更多地停留在G0 G1期 .为探索NGX6基因在鼻咽癌发病机制中的作用 ,建立了高表达NGX6的鼻咽癌细胞系 .利用包含 14 0 0 0个基因的cDNA微阵列分析了NGX6基因转染对HNE1细胞基因表达谱的影响 ,发现NGX6基因的转染能够上调p2 9、APC7、NEU1、RNasek6、αE catenin和TFⅡEα等基因的表达 ;同时也下调properdinP因子、G0S2、BAZ2B、ZHX1,OS4和PBX3等基因的表达 .研究结果提示 ,NGX6基因对鼻咽癌细胞的生物学行为的影响可能与它对一些细胞周期调控因子和转录调控因子的影响相关 .作为一种高通量的分析技术 ,cDNA微阵列为新基因的功能研究提供了重要的线索     

河套蜜瓜ACC合成酶cDNA片段的克隆和序列分析

1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC）合成酶是高等植物中乙烯生物合成的关键酶。以成熟河套蜜瓜（CucumismeloL．cvHetau）果实的RNA为模板,经反转录和PCR扩增得到预期大小的DNA片段,插入到pUC19的SmaⅠ位点后转化E.coliJM109,筛选出重组子pHMAS1。序列分析表明获得了长627bp的ACC合成酶cDNA片段。与已报道的ACC合成酶基因相应序列比较有很高的同源性．     

斜纹夜蛾核多角体病毒几丁质酶基因上游4.0kb的序列分析

本文报道了斜纹夜蛾核多角体病毒几丁质酶基因(chiA)上游约4.0 kb范围内的序列,它包括了六个读码框(ORF1～6),其长度分别为156 bp、297 bp、540 bp、369 bp、1281 bp和228 bp,可编码的氨基酸长度分别为51、98、179、122、426和75个,分子量分别为6.15?kD、11.46 kD、21.70 kD、14.69 kD、47.59 kD和9.09 kD。在ORF1、ORF2、ORF3起始密码前分别有一个、二个及一个杆状病毒早期启动子基序CAGT;在ORF4、ORF5起始密码前各有一个及二个杆状病毒晚期启动子基序TAAG。在ORF1、ORF4、ORF5终止密码下游有真核生物mRNA转录poly(A)加尾信号。ORF4为AcMNPVORF53、BmNPVORF42、OpMNPVORF56、LdMNPVORF54的同源基因。ORF1、ORF2、ORF6与已知的杆状病毒基因没有同源性,可能为三个新的基因。     

冰核微生物中冰核基因重复序列PCR分析

在本试验的条件下,Pseudomonoas svringae inaZ基因产生的蛋白的主要重复基元的编码区：5’－GCCGGTTATGGCAGCACGCTGACC－3’序列既在冰核真菌、细菌中存在,也在非冰核真菌、细菌中存在,即冰核细菌、真菌和非冰核细菌、真菌都有扩增产物,并且产物呈多态性,同一个种不同菌株间也呈多态性,说明该引物不适合用于鉴定真菌、细菌中冰核基因是否存在,也不能用于区分冰核真菌和非冰核真菌以及分区冰核细菌和非冰核细菌,更不能根据其扩增片段的量和大小说明冰核真菌、细菌冰核活性的强弱。