cDNA-AFLP技术及其在植物基因表达研究中的应用

cDNA-AFLP技术是一种新的研究基因表达的技术,具有重复性好、稳定、可靠的特点,可对生物体转录组进行全面、系统的分析,广泛应用于基因表达特性研究、植物遗传标记分析和分离植物基因等方面.近年来随着技术的不断进步,设备的不断改进,许多新的研究方法不断的产生,该技术取得了迅速的发展.本文就cDNA-AFLP技术的原理、技术特点及其在植物基因表达研究中的应用进行了综述.     

小麦抗黄矮病相关基因cDNA-AFLP差异表达片段的验证

cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病、抗逆和生长发育等研究领域.本研究以cDNA-AFLP技术分离的抗黄矮病小麦与感黄矮病小麦间差异表达片段为对象,利用反向Northern方法,从cDNA-AFLP技术筛选的46个候选抗黄矮病防御基因差异表达片段中,筛选出抗黄矮病相关防御基因片段6个;采用对回收的差异片段进行再扩增(延伸引物再扩增),再与原选扩产物一起进行PAGE电泳分析法,并结合半定量RT-PCR分析法,又验证了候选抗黄矮病相关基因表达片段3个.反向Northern方法以及对回收的差异片段进行再扩增(PAGE再分析法),结合(半)定量RT-PCR分析方法,可以比较准确地验证cDNA-AFLP所筛选出的基因差异表达片段.     

cDNA-AFLP技术原理及其在研究植物基因差异表达中的应用

cDNA-AFLP是一种在转录水平研究基因表达的技术,因其具有灵敏度高,重复性好的特点,已经被广泛用于基因研究。介绍了cDNA-AFLP的原理和反应影响因素,并概述了其在分离和筛选植物差异表达基因研究中的应用？     

棉花洞A雄性不育系花药发育的mRNA差别显示

应用cDNA-AFLP(Amplified fragment length polymorphism）技术,分析了棉花洞A雄性不育和可育材料在花药发育过程中花粉发育相关基因表达的差异。结果表明：在花药发育的相同时期,不育和可育花粉cDNA-AFLP的谱带在单核期的差异大于减数分裂期。在花粉发育过程中,花粉发育相关基因的表达具有时空特异性。共回收了64条差异cDNA片段,随机选择3个片段标记为探针,RNA斑点杂交分析表明,GHA27具有花器官组织特异性,仅在花器官中表达;GHA28、GHA47则具有花药组织特异性且仅在可育花药中表达。序列相关性比较表明：GHA27与植物ADP-ribosylation factor(ARF）基因有较高的相似性,而GHA28、GHA47与已知序列的相似性很低。     

乙烯利调控甘蔗生长前期基因表达初报

在甘蔗(Saccharum of ficinarum L.)生长前期分别叶面喷施200mg L-1乙烯利和清水,利用cDNA-AFLP技术分析甘蔗经不同处理后体内基因表达的差异情况,以期通过对差异表达基因进行序列分析和功能分析,探讨乙烯利调控甘蔗生长的分子机理。结果表明:经乙烯利处理后的甘蔗叶片,cDNA-AFLP的扩增产物多态性丰富,基因表达差异显著;部分差异片断序列与抗病、抗逆及促进光合作用等相关基因具有较高的同源性。     

cDNA-AFLP技术在植物耐盐基因鉴定上的应用

cDNA-AFLP技术是近年来广泛应用于植物基因分离与表达研究的mRNA指纹图谱技术,在分离植物特异性基因等生物技术研究中发挥了巨大作用.在植物耐盐基因鉴定方面,该技术的应用处于新兴初始阶段,但已取得了诸多成效.本文在概述植物耐盐响应机制的基础上,着重对利用cDNA-AFLP技术鉴定的植物耐盐相关基因及其相应作用机制进行了阐述,并对其在植物耐盐分子生物学研究上的应用前景进行了展望.     

利用单酶切cDNA—AFLP技术分离玉米对生性状相关基因差异表达片段

为了深入地研究对生玉米这一珍贵的高产育种种质资源和植物形态发育突变材料形成的分子机理和调控机制,通过构建合适的玉米对生、互生近等基因系总RNA池,首次采用改进的单酶切cDNA-AFLP技术,对扩增的玉米对生性状相关基因的差异表达片段进行筛选、分离和生物信息学分析.结果共获得29条差异表达片段:对生玉米增强表达23条、抑制表达6条.选取其中5条(STT-TT、STT-TC、STT-CC、STT-GC、SCT-TG)增强表达片段进行克隆和测序,序列同源性分析表明:STT-GC与烟草细胞色素b5基因有80%的同源性、SCT-TC与玉米、牛筋草、大麦、狗尾草、水稻等的α-微管蛋白基因有90%以上的同源性.实验证明:单酶切cDNA-AFLP技术是一种研究玉米基因差异表达的实用方法.     

差减抑制杂交技术在植物研究中的应用

差减抑制杂交技术在医学研究中应用较多,而在植物研究中的应用较少,近几年有所增加。本文介绍了目前差减抑制杂交技术在植物发育、逆境胁迫或人为诱导条件下差异基因表达以及不同组织中差异基因表达和突变等研究方面的应用。随着研究的不断深入,差减抑制杂交技术将在植物新基因的发现和克隆中发挥更大作用。     

干旱胁迫下茶树基因表达的AFLP分析

利用cDNA-AFLP技术分析了茶树在干旱胁迫诱导下的基因表达差异,通过256对引物组合共获得27个差异表达片段（TDF）,通过BLAST比对分析,按其功能分为转录因子、基础代谢相关蛋白、抗逆蛋白、信号转导蛋白,此外还有一些假设蛋白、未知蛋白和没有比对的基因片段。同时利用RT-PCR对片段GH2和GH15进行验证,表明GH2和GH15片段均受到干旱胁迫诱导表达。这些研究结果显示茶树在干旱胁迫下的逆境反应非常复杂,涉及多种代谢过程中的众多基因。     

辣椒冷诱导差异表达基因分析

采用cDNA-AFLP技术分析了4℃低温诱导前后耐寒辣椒(Capsicum annuum L.)品系P70的基因表达差异谱.结果获得了120个差异片段,对阳性克隆中的12个差异片段进行测序和Blast-x比对,发现其中有4个片段(KH-1、KH-2、KH-3和KH-4)与抗逆性相关,其碱基数分别为185、160、269和511 bp,4个片段分别与编码抗坏血酸过氧化物酶基因的同源性达98%、与细胞色素p450基因的同源性达98%、与牛血清蛋白(BSA)基因的同源性达94%、与水孔通道蛋白(AQP)基因的同源性达90%.4个差异基因表达模式为:基因KH-1、KH-2、KH-3上调表达,KH-4下调表达.     

Quantitative comparison of cDNA-AFLP, microarrays, and GeneChip expression data in Saccharomyces cerevisiae

cDNA-AFLP is a genome-wide expression analysis technology that does not require any prior knowledge of gene sequences. This PCR-based technique combines a high sensitivity with a high specificity, allowing detection of rarely expressed genes and distinguishing between homologous genes. In this report, we validated quantitative expression data of 110 cDNA-AFLP fragments in yeast with DNA microarrays and GeneChip data. The best correlation was found between cDNA-AFLP and GeneChip data. The cDNA-AFLP data revealed a low number of inconsistent profiles that could be explained by gel artifact, overexposure, or mismatch amplification. In addition, 18 cDNA-AFLP fragments displayed homology to genomic yeast DNA, but could not be linked unambiguously to any known ORF. These fragments were most probably derived from 5' or 3' noncoding sequences or might represent previously unidentified ORFs. Genes liable to cross hybridization showed identical results in cDNA-AFLP and GeneChip analysis. Three genes, which were readily detected with cDNA-AFLP, showed no significant expression in GeneChip experiments. We show that cDNA-AFLP is a very good alternative to microarrays and since no preexisting biological or sequence information is required, it is applicable to any species.