医学真菌基因组学研究进展(上)

近年来,一系列重要医学致病真菌全基因组数据陆续被公布,使人类对这些致病菌的认识提高到全新水平.本文在回溯医学真菌基因组学和基因组测序技术发展历程、综述其发展现状及应用的基础上,再分别介绍重要医学真菌全基因组测序的进展.     

医学真菌分类学最新进展

近年分子生物学、遗传学和生物信息学进步迅速,真菌分子系统学研究日新月异,真菌命名及分类已发生划时代的改变。诸多真菌存在种属拆分与合并,甚至菌名的改变,亟需更新相关信息。该文总结了子囊菌门(Ascomycota)、担子菌门(Basidiomycota)及接合菌门(Zygomycota)等分类学新进展,涵盖了主要医学真菌致病菌,如毛霉菌、皮肤癣菌、念珠菌、隐球菌、马拉色菌及暗色真菌等。     

常见致病真菌基因与蛋白质研究中的格式规范

针对我国科技期刊中大量的基因和蛋白质表达不规范的情况,在《TIG遗传命名指南》基础上,探讨念珠菌、曲霉、隐球菌这几种常见致病真菌的基因及蛋白质规范表达方法.     

1988～2011年国家自然科学基金真菌病学资助项目分析及文献复习

目的通过分析1988～2011年国家自然科学基金对真菌病学的资助情况和复习相关文献总结国内真菌病学领域1988～2011年的热点问题及研究现状。方法访问国家自然科学基金ISIS系统C0107、H1104、H1903,检索1988～2011年真菌病学获得国家自然基金资助的项目总数,并对其进行统计分析。结果 1988～2011年真菌病学获得国家自然科学基金资助项目共计95项,每年的资助项目数逐步上升,面上项目和青年基金项目为资助主体。1988～2011年国家自然科学基金对真菌病学的各个研究方向都有项目资助。排在前3位的分别是:隐球菌、念珠菌、曲霉,发表了很多有价值的文章。结论 1988～2011年真菌病学在国家自然科学基金的引领下取得了长足的进步与发展。     

产毒真菌基因组研究进展

真菌毒素是产毒真菌产生的次生代谢产物,以木霉、曲霉、毛霉、青霉和根霉为主的丝状真菌是农产品中常见的产毒真菌。阐明农产品中产毒致病微生物的基因组序列信息是揭示真菌特殊遗传性状的基础。截至2013年12月,共有子囊菌门中204个种和担子菌门中62个种的基因组序列已经测序或公布,它们的基因组大小大部分在30-40 Mb。整理了部分已完成基因组测序的具有产毒能力或致病力的真菌基因组信息,并对真菌测序方案、主要产毒真菌及其比较基因组学的研究进展进行了综述。     

真菌疫苗的研究进展

近年来,条件致病性真菌引起的真菌病发病率显著上升,临床应用的抗真菌药物疗效不佳。真菌疫苗的开发显示了良好的应用前景。由于我们对真菌及宿主的免疫应答认识有限,真菌疫苗的研制也因此受到限制。但随着对上述问题的深入探索,真菌疫苗的研究在过去几年中取得了很大的发展。现将几种常见真菌疫苗的研究进展作一综述。     

杀虫真菌比较基因组研究获进展

能够感染杀虫的真菌种类达数千种,广布于世界各地,在昆虫种群生态调控中发挥着重要的作用,     

马铃薯卷叶病毒（PLRV）基因组研究进展

马铃薯卷叶病毒（ＰＬＲＶ）基因组研究进展张鹤龄（内蒙古大学生物系,呼和浩特０１００２１）关键词马铃薯卷叶病毒,基因组ＴｈｅＡｄｖａｎｃｅｓｉｎＰＬＲＶＧｅｎｏｍｅＲｅｓｅａｒｃｈＺｈａｎｇＨｅｌｉｎｇ（ＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ,...     

我国植物病原真菌最新研究进展——植物病原真菌专刊序言

本期《菌物学报》"植物病原真菌专刊"刊登了12篇文章,其中关于病原真菌种类调查、鉴定及形态描述的文章5篇,病原真菌检测与检疫的文章2篇,病原真菌种群结构的文章2篇,基因组学研究进展的文章3篇。本期内容基本体现了我国植物病原真菌研究的最新进展,对今后的植物病原菌形态分类、分子分析和基因组学研究都具有重要的参考价值。     

CARD9突变在真菌感染性疾病中的研究进展

胱天蛋白酶募集域蛋白 9(caspase recruitment domain-containg protein 9,CARD9)属于 CARD 家族中的一员,存在于脾、肝、胎盘、肺、脑等人体多种组织中,是高度表达于中性粒细胞、巨噬细胞及树突细胞等髓系细胞中的一个重要衔接蛋白。CARD9可与Bcl-10、黏膜相关淋巴组织淋巴瘤转运蛋白1(mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1,MALT-1)结合并形成CARD9-Bcl-10-MALT-1(CBM)复合体,作为C型凝集素受体(C-type lectin receptor,CLR)等通路的重要媒介,激活核因子κB(nuclear factor κB,NF-κB)等炎症信号通路,在抗真菌免疫中发挥重要作用。迄今为止,全世界已报道14个国家共56例患者发生18种CARD9突变的报道,真菌类型涉及念珠菌、皮肤癣菌、暗色真菌及曲霉等。本文针对CARD9突变在不同真菌感染性疾病中的研究进展进行综述。     

基于高通量测序的群体基因组学——植物病原真菌研究新方向

群体基因组学能够从全基因组水平揭示种群结构与进化、物种形成、适应性机制等。随着高通量技术的不断发展,基因组测序成本不断降低,大规模测序已成为可能。近几年被全基因组测序的真菌数量迅速增加,极大地促进了真菌群体基因组学的发展,加深了人们对植物病原真菌起源、遗传多样性、选择作用、致病性、毒力因子、杀菌剂抗药性、寄主专化型等生物学特性的认识。本文简要介绍了植物病原真菌的全基因测序以及比较基因组学的研究进展,重点综述了基于高通量测序的病原真菌群体基因组学的最新研究动态。群体基因组学将成为植物病原真菌一个新的研究方向。     

Two-component signal transduction in human fungal pathogens

Signal transduction pathways provide mechanisms for adaptation to stress conditions. One of the most studied of these pathways is the HOG1 MAP kinase pathway that in Saccharomyces cerevisiae is used to adapt cells to osmostress. The HOG1 MAPK has also been studied in Candida albicans, and more recently observations on the Hog1p functions have been described in two other human pathogens, Aspergillus fumigatus and Cryptococcus neoformans. The important, but not surprising, concept is that this pathway is used for different yet similar functions in each of these fungi, given their need to adapt to different environmental signals. Current studies of C. albicans focus upon the identification of two-component signal proteins that, in both C. albicans and S. cerevisiae, regulate the HOG1 MAPK. In C. albicans, these proteins regulate cell wall biosynthesis (and, therefore, adherence to host cells), osmotic and oxidant adaptation, white-opaque switching, morphogenesis, and virulence of the organism.     

耐热黑曲霉3.316菌株全基因组测序及分析

黑曲霉3.316是一株耐热型丝状真菌,最高生长温度达47℃,在工业发酵中有着巨大的应用潜力.为了更加充分地在工业发酵中利用其耐热特性,需要对菌株信息进行全面了解.通过PacBio Sequel测序平台的CLR测序方式对黑曲霉3.316菌株进行全基因组测序.结果表明,基因组最后得到15个contigs,总长度为34 95...     

真菌性肉芽肿的研究进展

真菌性肉芽肿在感染性肉芽肿中占第二位。引起肉芽肿的真菌种类繁多,包括球孢子菌、组织孢浆菌、芽生菌、隐球菌、副球孢子菌、孢子丝菌、着色芽生菌、暗色丝孢菌、链格孢霉、霉菌性足分支菌、洛博芽生菌、鼻孢子菌、结合菌、斑替支孢霉等,此外红色毛癣菌、须癣毛癣菌等皮肤癣菌和白念珠菌等也可引起肉芽肿。该文综述真菌性肉芽肿的病因及发病机制、临床表现、诊断及鉴别诊断、治疗等研究进展。     

Rice functional genomics research in China

Rice functional genomics is a scientific approach that seeks to identify and define the function of rice genes, and uncover when and how genes work together to produce phenotypic traits. Rapid progress in rice genome sequencing has facilitated research in rice functional genomics in China. The Ministry of Science and Technology of China has funded two major rice functional genomics research programmes for building up the infrastructures of the functional genomics study such as developing rice functional genomics tools and resources. The programmes were also aimed at cloning and functional analyses of a number of genes controlling important agronomic traits from rice. National and international collaborations on rice functional genomics study are accelerating rice gene discovery and application.