应激心肌细胞蛋白质组双向凝胶电泳分析

采用双向凝胶电泳技术和计算机辅助的图像分析方法 ,对去甲肾上腺素诱导的应激心肌细胞与正常心肌细胞蛋白质进行分离和比较分析 .正常心肌细胞可分离 12 32± 5 6个蛋白点 ,蛋白点匹配率为 83 3%± 1 0 %.有 11种蛋白质在NE应激后发生了明显和稳定的质和量的改变 (P <0 0 5 ) ,其中 6种 (Mr pI :4 9 7kD 7 8,38 3kD 5 9,37 1kD 6 6 ,2 9 3kD 7 4 ,18 7kD 6 1,18 5kD 7 7)在应激后表达降低 ,4种 (Mr pI:4 7 6kD 5 5 ,31 9kD 4 4 ,2 6 6kD 4 6 ,33 2kD 8 1)在应激后表达增高 ,1种 (Mr pI:19 4kD 6 9)只在应激后发生表达 .这些差异表达的蛋白质可能参与了心血管应激反应乃至应激损伤发生的过程 .     

红色红曲菌蛋白质组双向凝胶电泳体系的建立

红曲菌是一种具有较高食用和药用价值的丝状真菌,能够产生红曲色素、莫纳可林K等多种生理活性物质。通过分析比较培养基、蛋白质裂解液组成以及水化上样条件对双向电泳结果的影响,建立了红色红曲菌蛋白质组的双向凝胶电泳体系,为从蛋白质水平研究红曲菌及其次级代谢产物的生物合成提供依据。结果表明：用YES培养基培养红色红曲菌6 d,TCA 丙酮法提取菌体总蛋白质,蛋白质裂解液组分为8mol/L尿素,2mol/L硫脲,4 % CHAPS,1 % DTT和2 % Bio-lyte,可获得蛋白质样点数量多,清晰度高的双向电泳图像,为进一步研究红曲菌蛋白质组奠定了基础。     

蛋白质组研究进展

蛋白质组研究技术是后基因组时代的重要研究手段.综述了流感嗜血杆菌、细菌、酵母、线虫、果蝇蛋白质组的研究进展以及蛋白质组研究技术在人类疾病研究中的应用.     

蛋白质组信息学

生物信息学已经成为当代生物学和医药学的组成部分,用于巨量生物信息资源的收集、存储、处理、搜索、利用、共享、服务、研究和开发。它常由数据库、计算机网络和应用软件三大部分组成。在基因组计划中它已经发挥了不可取代的作用,而在蛋白质组计划中也日益成为强力的支...     

蛋白质组中蛋白质磷酸化研究进展

随着后基因组时代的到来 ,对生命体器官、组织或细胞的全部蛋白质的表达、修饰及相互作用的研究已成为蛋白质组学的重要任务。蛋白质磷酸化是细胞内信号转导和酶调控最常见的机制之一 ,人类基因组约 2 %的基因编码 5 0 0种激酶和 10 0种磷酸酶。蛋白质磷酸化和去磷酸化作为原核和真核细胞表达调控的关键环节 ,了解其对功能的影响可以深入理解生命系统在分子水平的调控状况。目前蛋白质组磷酸化研究仍是功能基因组面临的重大课题 ,本文对此作一综述     

玉米早期花药蛋白质组和磷酸化蛋白质组分析

蛋白质磷酸化修饰是调控其功能的一种重要方式。植物有性生殖过程在农作物产量形成和物种繁衍过程中起着重要作用。作为植物雄性生殖器官的花药,其正常生长发育对于保证形成功能性配子(花粉)以及完成双受精过程至关重要。本研究以重要农作物玉米(B73)为材料,利用Nano UHPLC-MS/MS质谱技术对玉米早期发育的花药在蛋白质组和磷酸化蛋白质组水平进行全面分析,以探究玉米花药发育过程中的蛋白调控网络和磷酸化修饰调控网络。在蛋白质组学分析中,共鉴定到了3 016个多肽,匹配到1 032个蛋白质上。通过Map Man分析,预测到了一些和花药发育相关的蛋白质,例如受体激酶(GRMZM2G082823_P01、GRMZM5G805485_P01等)。另外,在磷酸化蛋白质组学研究中,通过对Ti O2亲和层析富集到的磷酸化多肽进行质谱分析,检测到了257个磷酸化多肽,匹配到210个蛋白质上。我们的数据揭示了玉米花药发育过程中的223个磷酸化位点。与已发现的玉米中的86个磷酸化蛋白质(植物蛋白磷酸化数据库(P3DB):http://www.p3db.org/organism.php)相比,其中203个磷酸化蛋白和218个磷酸化位点为首次揭示。进一步生物信息学分析表明:磷酸化在14-3-3蛋白质、激酶、磷酸酶、转录因子、细胞周期和染色质结构相关的蛋白质介导的玉米早期花药发育过程中起着重要的调控作用。总之,本研究首次在蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学水平研究了玉米早期花药发育的蛋白质调控网络,不仅丰富了玉米蛋白质和磷酸化修饰蛋白质数据库,并为利用遗传学和生物化学手段深入研究玉米花药发育的分子调控机理提供了基础。     

应用超高分辨双向凝胶电泳技术进行正常人类肝脏蛋白质组研究

肝脏是人体最大的实质器官, 承担着人体许多关键的生理功能, 在生命活动中占有重要地位. 根据人类肝脏蛋白质组计划, 本实验旨在构建人肝脏蛋白质双向凝胶电泳表达谱, 尽可能分离和鉴定更多的蛋白. 在双向凝胶电泳第一向等电聚焦水平上, 从上样方式、水化液配方、聚焦时间等方面优化了碱性蛋白的分离条件, 利用超放大胶分离技术搭建了高分辨的双向凝胶电泳分离平台, 构建了人类肝脏蛋白质2-DE参考谱, 检测到5481个蛋白质点. 这是目前国际上最为全面的人体器官蛋白质组2-DE参考谱, 为其他肝病的研究提供了较好的参照系. 成功鉴定了429个非冗余蛋白, 对pH 4.0~7.0, 5.0~6.0, 5.5~6.7, 6.0~9.0部分蛋白质点在胶上进行了注释, 由此构建了人肝2-DE蛋白质表达谱数据库. 对蛋白质的理化性质、功能及亚细胞定位进行了全面分析. 研究中构建的人类肝脏蛋白质2-DE图谱将为肝脏比较蛋白质组学研究提供参考.     

Smad3基因剔除致骨关节炎小鼠血清蛋白质组双向凝胶电泳分析

Smad3基因剔除导致小鼠骨关节炎,为了进一步深入研究Smad3基因缺失导致骨关节炎形成的分子机制,寻找骨关节炎发生早期的分子变化,用双向电泳技术结合肽质量指纹谱技术对Smad3基因剔除小鼠和野生型小鼠血清蛋白质组进行了初步分析,对其中7个表达差异蛋白质进行了鉴定,并探讨了所鉴定蛋白质与骨关节炎发生的关系,为揭示SMAD3介导的TGF－β信号在骨骼发育中的重要作用提供了线索。     

种子蛋白质与蛋白质组的研究

综述了种子蛋白质与蛋白质组的研究, 主要介绍了种子发育与形成、种子休眠与萌发、种子保存与活力以及种子与环境相互作用的蛋白质与蛋白质组的研究。同时阐述了当今蛋白质组学在种子研究中的应用以及所取得的成果, 并展望了种子蛋白质组学的发展方向, 种子生物学的研究将从基因水平走向整体水平, 因此环境因子与种子蛋白质的相互作用是研究的重点。运用蛋白质组学将能揭示蛋白质的功能并明晰种子的生命机制。     

种子蛋白质与蛋白质组的研究

综述了种子蛋白质与蛋白质组的研究,主要介绍了种子发育与形成、种子休眠与萌发、种子保存与活力以及种子与环境相互作用的蛋白质与蛋白质组的研究.同时阐述了当今蛋白质组学在种子研究中的应用以及所取得的成果,并展望了种子蛋白质组学的发展方向,种子生物学的研究将从基因水平走向整体水平,因此环境因子与种子蛋白质的相互作用是研究的重点.运用蛋白质组学将能揭示蛋白质的功能并明晰种子的生命机制.     

蛋白质组表达谱

文章： M. Bantscheff et al., ＂Quantitative chemical proteomics reveals mechanisms of action of clinical ABL kinase inhibitors[定量化学蛋白质组学提示ABL激酶抑制剂的作用处理],＂Nat Biotech, 25：1035-44, 2007.（被67篇文章引用）     

人类蛋白质相互作用组

高通量酵母双杂交与免疫亲和纯化技术的快速发展和日臻成熟,使得在蛋白质组水平上大规模地研究蛋白质之间的相互作用成为可能。目前,人类蛋白质互作网络在细胞、组织、器官乃至整个个体水平的研究已经陆续展开。蛋白质互作网络中蛋白质数量也由少数几个向整个蛋白质组扩展。同时,功能、疾病、生态等相关的蛋白质互作网络研究也取得了一定的成果。然而,人类的蛋白质互作网络研究正面临着一些问题和挑战。本文综述了人类蛋白质互作网络的研究方法、研究进展以及面临的挑战,同时指出了人类蛋白质互作网络研究的方向和目标。     

叶绿体蛋白质组研究进展

亚细胞蛋白质组学是近年来蛋白组学研究中的一个热点。通过细胞器的纯化和亚细胞组分的分离,降低了样品的复杂性,增大了相应蛋白质组分的富集,有利于由此分离获得的蛋白质的序列分析及功能鉴定。叶绿体蛋白质组为植物亚细胞蛋白质组学研究中相对全面的一部分,利用亚细胞分离结合双向电泳技术系统地鉴定叶绿体中蛋白质组分是获取叶绿体蛋白质信息、确定其功能的重要技术手段。本文就近年来植物叶绿体蛋白质组涵盖的叶绿体内、外被膜、叶绿体基质、类囊体膜和类囊体腔蛋白的研究进行综述,以全面认识叶绿体蛋白的组成、特点及其在叶绿体生理生化代谢网络中的作用。     

微生物蛋白质组研究进展

本文概括性地叙述蛋白质组相关的基本概念,主要蛋白质组技术,微生物学蛋白质、比较蛋白质组、功能蛋白质组研究进展和蛋白质组技术在细胞微生物学研究中的应用。     

蛋白质组与蛋白质组学

１９９４年澳大利有针对后基因组时代研究趋势,提出了蛋白质组和蛋白质组学的新概念。即把基因组所编码的所有蛋白为研究对象,直接探讨基因、蛋白的功能。其核心技术包括双向电泳、质谱分析、生物信息学等。该技术在探索疾病发生,寻找新药等方面取得越来越广泛的应用。     

血清蛋白质组分析方法

蛋白质组学一经出现 ,人们便开始尝试将其用于疾病特定分子标志物的研究当中 ,比如通过比较疾病与正常生理状况下蛋白质表达谱的差异来寻找与疾病密切相关的蛋白质 .但采用该方法有一明显的缺点 ,即需要分析大量同一肿瘤组织的二维凝胶电泳 (two dimensionalgelelectrophoresis ,2 DE)图谱 ,否则难以得到有统计学意义的差异蛋白质 .另外 ,由于细胞内的蛋白质表达是不均匀的 ,这就导致了高表达和易溶解的蛋白质远较其他低表达、难溶解的蛋白质容易出现在2 DE图谱中 ,因而明显地降低了计算机匹配分析发现有生物学意义的差异蛋白质的灵敏性…     

乳腺癌蛋白质组研究进展

乳腺癌是发生在乳房腺上皮组织的恶性肿瘤,其发病率占女性恶性肿瘤首位。近年来,蛋白质组研究广泛深入乳腺癌发病机理、临床早期诊断和治疗等各个方面。本文比较系统地综述了乳腺蛋白质组研究的样品处理、研究技术和研究成果。     

蛋白质组技术进展

蛋白质组研究是近年兴起的生命科学的前沿领域,是生命科学进入后基因组时代的标志之一。蛋白质组研究中的主要技术是双向凝胶电泳技术和质谱技术。本文简要综述了双向凝胶电泳和质谱技术的现状及存在的问题。     

转录组与蛋白质组比较研究进展

转录组和蛋白质组比较研究发现,总体而言其间的相关性不高 . 根据数据的类型不同可以将现有的研究分为 4 类：单点比较、两点差异比较、多点时序比较和多点非时序比较 . 对其差异原因的研究和分析表明：除了由实验系统及数据类型不同导致的差异外,转录后蛋白质合成各步骤所受到的限制,以及在此过程中的分子调控也对其有重要的影响;而且不同基因,不同组织和细胞在不同状态下可能也会有差异 . 因此,结合转录组和蛋白质组的表达谱研究倾向于利用蛋白质组和转录组研究的差异和互补性,同时对生物体特定状态下的基因和蛋白质表达水平进行全方位度量,以获得表达谱的全景图,并挖掘受到转录后调控的基因 .     

血浆蛋白质组——人类蛋白质组计划的“探路者”

概述了血浆蛋白的研究现状、难点和策略.血浆是血液中无形的液体成分,是一种十分复杂和多样化的基质,包含数百万种蛋白质和小分子多肽、盐、类脂、氨基酸和糖等.血浆蛋白参与机体免疫、凝血-抗凝血、物质运输、营养和对生长信号调节等多种重要的生理功能.人体器官的病理变化可导致血浆蛋白在结构和数量上的改变,这种特征性的变化对疾病诊断和疗效监测具有十分重要的意义.然而,迄今为止人类对血浆蛋白的了解还十分有限,只有很少一部分血浆蛋白被用于常规的临床诊断.全面而系统地认识健康和疾病状态下血液循环中血浆蛋白的性质,会极大地加速对具有疾病诊断和治疗监测作用的血浆标志蛋白的研发.国际人类蛋白质组组织于2002年首先选择了血浆蛋白质组作为人类蛋白质组首期执行计划之一,其初期目标是：a.比较各种蛋白质组分析技术平台的优点和局限性;b.用这些技术平台分析人类血浆和血清的参考样本;c.建立人类血浆蛋白质组知识库.