基于16S rDNA测序技术分析薏苡附子败酱散对急性溃疡性结肠炎小鼠肠道菌群的影响

目的从肠道菌群的角度探索薏苡附子败酱散治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法将24只雄性SPF级C75BL/6J小鼠随机分为空白组、模型组、阳性药对照组、中药组4个组别,通过自由饮用3% DSS溶液的方法制作急性UC小鼠模型。造模成功后,中药组予以1.048 g/mL的薏苡附子败酱散溶液,阳性药对照组予以0.031 g/mL的嗜酸乳杆菌(益君康)溶液,空白组和模型组予以同等体积的生理盐水,7 d的治疗结束后处死所有小鼠,取小鼠结肠组织和肠内容物。实验过程中监测小鼠的体质量、精神等一般情况,进行DAI评分,HE染色法在光镜下观察小鼠肠道病理变化,进行HS评分。提取肠道菌群的DNA,采用高通量测序技术对其16S rDNA V4区进行测序分析,并采用PCR荧光定量技术对肠道菌群中的乳杆菌进行定量检测。结果模型组小鼠DAI评分明显高于空白组(t=4.137 0,P=0.000 4),药物干预后,中药组和阳性药对照组DAI评分明显下降(t=2.240 3,P=0.035 0;t=2.081 6,P=0.048 6),差异均有统计学意义;病理HS评分显示,与模型组比较,其余组别小鼠HS评分均明显降低(空白组:t=5.452 8,P=0.000 2;中药组:t=3.117 1,P=0.009 8;阳性药对照组:t=3.306 2,P=0.007 0),差异均有统计学意义;测序结果显示模型组小鼠肠道菌群物种多样性和丰度均明显降低,药物干预后菌群多样性和丰度提高,模型组致病菌丰度较高,药物治疗后可增加有益菌数量,减少致病菌数量。PCR荧光定量检测乳杆菌结果显示,与模型组相比,其余组别小鼠肠道中乳杆菌含量均明显增加(空白组:t=3.871 8,P=0.002 6;中药组:t=2.224 3,P=0.048 0;阳性药对照组:t=2.976 4,P=0.012 6),差异均有统计学意义,而阳性药对照组和中药组之间未见明显区别(t=2.007 0,P=0.070 0)。结论薏苡附子败酱散能够调节肠道菌群的结构,增加物种多样性,改善和恢复有益菌和有害菌的丰度比例,从而发挥对急性UC的治疗作用,其中乳杆菌发挥了明显作用。     

急性化脓性扁桃体炎患者咽部菌群特征

目的基于16S rRNA基因高通量测序技术分析急性化脓性扁桃体炎患者咽部菌群特征。方法选择2017年2月至2019年10月在我院就诊的137例急性化脓性扁桃体炎(AST)患者为AST组,选择同期我院20例体检者为对照组,每个对象于左侧扁桃体采集口咽拭子,利用16S rRNA测序技术进行高通量测序分析,并对咽拭子进行细菌培养。结果AST组患者咽部菌群Ace指数、Chao指数、Shannon指数显著低于对照组,Simpson指数显著高于对照组(P<0.05)。科水平上,AST组患者咽部葡萄球菌科和巴斯德菌科相对丰度显著增加(均P<0.05)。属水平上,AST组患者咽部葡萄球菌属、嗜血杆菌属和不动杆菌属相对丰度显著增加。细菌培养结果显示,AST组患者咽部葡萄球菌属、嗜血杆菌属和克雷伯菌属的阳性率高于对照组(均P<0.05)。结论AST患者咽部菌群与健康人相比具有一定差异。AST患者的致病菌可能隶属于葡萄球菌属、嗜血杆菌属和克雷伯菌属。     

细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

低龄儿童龋病牙菌斑的菌群结构分析

目的通过低龄龋齿儿童与口腔健康儿童的微生物组检测,探讨低龄儿童龋病牙菌斑的菌群组成特征。方法在深圳地区招募轻度龋齿、重度龋齿及口腔健康儿童共100名,采集其牙菌斑或健康牙齿表面微生物样本,采用MiSeq测序平台进行16S V4-V5区域的高通量测序。同时,通过生物信息分析方法,对低龄龋齿儿童的牙菌斑的微生物组成的特征进行挖掘分析。结果相对口腔健康儿童,重度龋齿患儿的牙菌斑微生物多样性增加,轻度龋齿患儿则减少,但变化不显著。门水平的优势菌主要为放线菌门、变形菌门及拟杆菌门,虽有相对丰度变化但差异无统计学意义。前10位的优势菌属中,轻度及重度龋齿儿童的最高丰度优势菌属为棒状杆菌属,重度龋齿儿童与健康儿童中的棒状杆菌丰度差异有统计学意义(t=-2.195 5, P=0.028 1)。健康儿童口腔的优势菌属包含了卟啉单胞菌属,但在轻度及重度龋齿儿童的优势菌属则替换为月形单胞菌属。种水平的菌群结构分析显示,前10位的优势菌丰度变化差异无统计学意义,而低丰度的致病菌如变异链球菌(H=27.302 1, P<0.000 1)、Atopobium parvulum(H=17.418 2, P=0.000 2)、栖牙普氏菌(H=10.598 9, P=0.005 0)、唾液普氏菌(H=10.035 0, P=0.006 6)等则在重度龋齿儿童中显著富集。结论低龄龋齿儿童的牙菌斑微生物结构发生了改变,部分口腔有害菌的丰度显著增加与龋病严重程度密切相关。     

慢传输型便秘患者肠道粪便菌群的变化特征

目的通过16S rDNA高通量测序技术,研究慢传输型便秘(slow transit constipation,STC)患者粪便菌群的变化特征。方法选取12例慢传输型便秘患者(STC组)及12例健康志愿者(对照组),留取粪便标本后,应用16S rDNA高通量测序技术对标本进行测序,并分析测序结果。结果 STC组与对照组人群肠道在菌群物种种类(Chao1指数和Sobs指数)上差异存在统计学意义(Z=-2.771,P=0.006;Z=-2.425,P=0.015),对照组人群肠道菌群物种种类明显高于STC组;两组在物种均一性(Shannon指数、Simpson指数)上差异无统计学意义(Z=-0.520,P=0.603;Z=-0.348,P=0.728)。在门水平,两组人群粪便菌群多样性差异无统计学意义。在属水平,Phascolarctobacterium(Z=-2.194,P=0.028)、Streptococcus(Z=-4.157,P0.001)、Eggerthella(Z=-2.427,P=0.015)和Actinomyces(Z=-2.310,P=0.021)在STC组人群肠道中相对丰度增加,而Faecalibacterium(Z=-2.887,P=0.004)、Roseburia(Z=-3.118,P=0.002)、Sphingomonas(Z=-4.157,P0.001)、Variovorax(Z=-2.732,P=0.006)、Holdemania(Z=-1.970,P=0.049)、Phyllobacterium(Z=-2.732,P=0.006)、Pseudomonas(Z=-2.439,P=0.015)、Acinetobacter(Z=-2.732,P=0.006)、Aquabacterium(Z=-2.134,P=0.033)和Novosphingobium(Z=-2.134,P=0.033)在STC组中相对丰度减少。结论 STC组与对照组人群肠道在菌群物种种类丰富度上差异存在统计学意义,而在菌群分布均一性上差异无统计学意义;在菌属水平,两组人群的粪便菌群构成也存在较大差异。     

基于高通量测序的油茶地区人群肠道菌群多样性

目的探索广西油茶地区人群肠道菌群的特征。方法采用1∶1病例对照研究方法,在广西油茶地区和非油茶地区按性别、年龄匹配收集20对健康男性人群粪便和血样,同时收集个体一般信息和食物摄入信息;测定血生化指标,采用16S rDNA的 V4-V5区序列进行高通量测序分析肠道菌群的差异。 结果油茶组人群肠道菌群丰度(Ace指数、Chao1指数)较非油茶组显著增加(t=2.202、3.210,P=0.034、0.003);厚壁菌门、柔壁菌门在油茶组中丰度显著高于非油茶组,拟杆菌门、梭杆菌门在非油茶组中显著高于油茶组;油茶组Dialister、Faecalibacterium、毛螺旋菌属、普雷沃菌属、棒状杆菌、微球菌、双歧杆菌的丰度显著高于非油茶组;油茶组人群体质量、BMI、血清总胆固醇、低密度脂蛋白、超敏C 反应蛋白水平显著降低(t或z=2.682、3.843、2.238、2.702、1.581,P=0.007、<0.001、0.031、0.010、0.013)。结论广西油茶地区人群肠道菌群多样性具有显著特征,为通过肠道菌群研究油茶的健康效应提供了新的理论依据。     

早产儿高胆红素血症与肠道菌群的相关性

目的探讨高胆红素血症早产儿与非高胆红素血症早产儿肠道菌群的差异,为该病的治疗提供思路和依据。方法选择2017年1月至6月出生后即在本院新生儿科治疗的早产儿(胎龄35+1～36+6周)为研究对象,其中高胆红素血症早产儿(黄疸组)124例,非高胆红素血症早产儿(对照组)118例。采集两组对象出生后24 h内的首次胎便,采用高通量测序技术对粪便样本中细菌16S rRNA基因进行检测,分析肠道菌群组成情况。结果黄疸组早产儿肠道微生物群落组成与对照组在门水平上相似度较高。在属水平上,两组对象肠道菌群均以Ralstonia、Rhodococcus、Enterococcus为主。对照组患儿肠道Lactobacillus的相对丰度显著高于黄疸组(t=-2.073 0,P=0.039 1)。黄疸组患儿肠道Ralstonia的相对丰度与总胆红素水平呈负相关(r=-0.314 8,P=0.000 3)。结论高胆红素血症早产儿与非高胆红素血症早产儿肠道菌群的种类和丰度存在差异。Lactobacillus可能是高胆红素血症的潜在生物标记物。     

链脲佐菌素诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群变化

目的观察链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导糖尿病大鼠模型肠道菌群结构和丰度的变化。方法雄性SD大鼠25只,随机分为对照组(C)10只、模型组(M)15只。模型组腹腔注射3%的STZ,剂量30 mg/(kg·bw),连续5 d。成模后每月测量体重、血糖等指标。模型成立4周和12周时,分别在同一时间取各组大鼠的新鲜直肠粪便。在Illumina高通量测序平台上对粪便样本中细菌16S r DNA-V3区进行测序,对肠道菌群结构、丰度进行定量分析。结果模型组和对照组获得的优化序列数差异无显著性(P0.05)。模型组动物肠道菌群的相对丰度指数(Chao1)、多样性指数Shannon与对照组比较降低(P0.05),Simpson指数与对照组比较升高(P0.05)。在门水平,变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)、软壁菌门(Tenericutes)、TM7、放线菌门(Actinobacter)相对丰度降低(P0.05)。在属水平,造模4周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度降低(P0.05);拟杆菌属(Bacteroides)相对丰度升高(P0.05)。造模12周,模型组乳杆菌属(Lactobacillus)、拟杆菌属(Bacteroides)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)相对丰度升高(P0.05);双歧杆菌属(Bifidobacterium)相对丰度降低(P0.05)。结论 STZ诱导的SD大鼠糖尿病动物肠道菌群的丰度和多样性降低,为糖尿病与肠道菌群关系研究提供参考。     

乌梅对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的改善作用

本研究旨在探讨药食同源中药乌梅对抗生素所致小鼠肠道菌群失调的改善作用,为乌梅的进一步开发利用提供科学依据。构建广谱抗生素诱导的小鼠肠道菌群紊乱模型,40只ICR小鼠随机分为空白对照、模型组、乌梅低、中、高剂量组,连续灌胃15天后,采集小鼠新鲜粪便样本。采用高通量测序技术对乌梅干预前后小鼠的肠道菌群进行16S rRNA基因测序,对测序结果进行生物信息学分析,并检测体质量和炎性因子改变。结果显示,中、高剂量乌梅可以显著降低小鼠体重;中剂量乌梅可以调节抗生素引起的TNF-α、IL-1β、IL-6的变化至正常水平;病理切片显示高剂量乌梅对胃有一定刺激作用。对菌群结构的分析表明乌梅可以部分改善抗生素引起的菌群紊乱的状况:在门水平上,中、低剂量的乌梅显著降低变形菌门的相对丰度;在属水平上,中、低剂量的乌梅显著上调Lactobacillus(P=0.001,P=0.000)和Faecalibaculum(P=0.005,P=0.038),高、低剂量的乌梅显著上调Bifidobacterium(P=0.000,P=0.000)和Blautia(P=0.049,P=0.000)的相对丰度。本研究从肠道微生态的视角为乌梅的临床应用提供科学依据,并揭示其作为肠道微生态调节剂产品的前景。     

纯母乳喂养功能性便秘婴儿的肠道菌群与母乳菌群CSCD

目的利用高通量测序分析纯母乳喂养的功能性便秘(functional constipation,FC)婴儿的肠道菌群和母乳菌群特点,探讨两类菌群与该类婴儿FC发生发展的相关性。方法以6月龄以下纯母乳喂养的婴儿为研究对象,收集19例FC婴儿(病例组)与6例健康婴儿(对照组)的粪便样本及母乳样本,提取菌群的基因组DNA,扩增16S rRNA基因的V3-V4片段,通过Illumina MiSeq平台进行测序,并对测序结果进行生物信息学分析。结果6月龄以下纯母乳喂养的FC婴儿中,病例组肠道菌群的物种丰富度较对照组显著增加(t=2.279,P<0.05),母乳菌群的分布均匀度较对照组显著降低(t=2.874,P<0.05)。肠道菌群在属水平上,病例组放线菌属的丰度显著高于对照组(Z=2.673,P<0.05),而葡萄球菌属(Z=2.617,P<0.05)、罗斯菌属(Z=2.155,P<0.05)及梭菌属(Z=2.011,P<0.05)的丰度均显著低于对照组。母乳菌群在门水平上,病例组变形菌门的丰度显著低于对照组(Z=2.800,P<0.01),在属水平上,病例组的罗尔斯通菌属(Z=2.354,P<0.05)、罗伊杆菌属(Z=2.484,P<0.05)、不动杆菌属(Z=3.055,P<0.05)及伯克霍尔德菌属(Z=2.611,P<0.05)的丰度均显著低于对照组。随访病例组婴儿,大部分(13例/19例)患儿在6月龄~8月龄时排便频次增加至1~2次/d,且其身高体质量均位于中位数正负两个标准差之间。结论6月龄以下纯母乳喂养FC婴儿的肠道菌群及母乳菌群的物种多样性、组成及丰度与健康对照人群相比均存在显著差异。大部分纯母乳喂养的FC婴儿的便秘症状可自行缓解,临床应避免过度检查及干预。     

六种藓类植物茎的比较解剖学研究

通过对6种藓类植物,即褶叶青藓(Brachythecium salebrosum(Web.et Mohr.)B.S.G.)、湿地匐灯藓(Plagiomnium acutum(Lindb.)Kop.)、侧枝匐灯藓(Plagiomnium maximoviczii(Lindb.)Kop.)、大凤尾藓(Fissidensnobilis Griff.)、大羽藓(Thuidium cymbifolium(Doz.et Molk.)B.S.G.)和大灰藓(Hypnum plumaeforme Wils.)嫩茎和老茎的石蜡切片和显微观察发现,同一藓类植株的嫩茎和老茎,茎结构稳定,不同种藓类植物茎横切面具有不同特征.植物体茎横切面形状、表层细胞的层数、细胞大小和细胞壁厚薄、皮层细胞大小和形状、中轴的有无以及比例等特征可以作为藓类植物的分科分类依据之一.